单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 22161 - 22180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22161 | 2024-08-08 |
CAMML: Multi-Label Immune Cell-Typing and Stemness Analysis for Single-Cell RNA-sequencing
2022, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:34890149
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CAMML的新型单细胞RNA测序细胞类型分类方法，该方法利用细胞类型特异性加权基因集对每个细胞进行评分，支持单标签和多标签分类 | CAMML方法能够处理免疫微环境中细胞类型重叠的问题，支持多标签分类，相较于现有方法具有更强的适应性和鲁棒性 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序细胞类型分类方法，以解决细胞类型重叠和数据稀疏性问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 22162 | 2024-08-08 |
Identifying Cell Type-Specific Chemokine Correlates with Hierarchical Signal Extraction from Single-Cell Transcriptomes
2022, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:34890154
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研究论文 | 本文通过结合信号提取神经网络架构和公理化特征归因，基于单细胞基因表达谱对组织样本进行分类 | 提出的方法不仅可解释，而且对噪声具有鲁棒性，仅需要5%的基因和23%的细胞即可在模拟组织样本中以超过70%的准确率区分信号与噪声 | NA | 旨在识别与特定标签相关的细胞和基因子集 | 单细胞转录组数据中的细胞类型特异性趋化因子相关性 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | 神经网络 | 基因表达数据 | 在模拟组织样本中需要5%的基因和23%的细胞 |
| 22163 | 2024-08-08 |
CloudPred: Predicting Patient Phenotypes From Single-cell RNA-seq
2022, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:34890161
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研究论文 | 本文开发了一种可解释的机器学习算法CloudPred，用于从单细胞RNA测序数据中预测个体的疾病表型 | CloudPred通过一种新颖的端到端可微学习算法，结合生物学上合理的细胞类型混合模型，自动推断对表型重要的细胞亚群，无需先验注释 | NA | 开发一种新的机器学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中预测临床表型并识别相关细胞 | 单细胞RNA测序数据和疾病表型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 可微学习算法 | 单细胞RNA测序数据 | 142名狼疮患者和对照组 |
| 22164 | 2024-08-08 |
A Compass to Guide Insights into TH17 Cellular Metabolism and Autoimmunity
2022, Immunometabolism
DOI:10.20900/immunometab20220001
PMID:34900348
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序和代谢图谱数据，探讨了TH17细胞代谢及其在自身免疫和慢性炎症中的作用 | 本文首次强调了多胺途径在调节TH17/Treg细胞功能中的关键作用，并提出其作为治疗靶点的潜力 | NA | 研究TH17细胞代谢及其在自身免疫疾病中的作用 | TH17细胞和Treg细胞的代谢差异 | NA | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 代谢图谱数据 | NA |
| 22165 | 2024-08-08 |
Spatial genomics enables multi-modal study of clonal heterogeneity in tissues
2022-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-04217-4
PMID:34912115
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研究论文 | 本文开发了一种名为slide-DNA-seq的方法，用于从完整组织切片中捕获空间解析的DNA序列，并展示了该方法在保留局部肿瘤结构和发现不同肿瘤克隆及其拷贝数变异方面的应用 | 开发了一种新的空间基因组学方法slide-DNA-seq，能够准确测量基因组序列的空间位置及其表型输出，为研究细胞内和细胞外因素对基因表达和细胞表型的贡献提供了多功能平台 | NA | 研究细胞内和细胞外因素如何影响基因表达、蛋白质丰度和其他细胞表型 | 肿瘤克隆及其拷贝数变异，以及它们与肿瘤微环境的关系 | 数字病理学 | NA | slide-DNA-seq | NA | 基因组序列 | 包括小鼠转移模型和人类原发性癌症样本 |
| 22166 | 2024-08-08 |
Constructing local cell-specific networks from single-cell data
2021-12-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2113178118
PMID:34903665
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研究论文 | 本文开发了一种名为locCSN的方法，用于从单细胞RNA测序数据中构建细胞特异性基因共表达网络，该方法能够保留细胞异质性信息并检测非线性相关性 | locCSN方法能够检测非线性相关性，并且在处理分布挑战时更为稳健，此外，该方法还能识别在基因表达上无差异但在共表达网络上存在差异的基因 | 单个细胞特异性网络的估计存在较大噪声，尽管平均网络提供了稳定的估计 | 开发一种新的方法来构建准确的细胞特异性基因共表达网络，并利用这些网络进行下游分析以深入理解疾病 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达网络 | 生物信息学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 22167 | 2024-08-08 |
splatPop: simulating population scale single-cell RNA sequencing data
2021-12-15, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02546-1
PMID:34911537
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研究论文 | 本文介绍了splatPop模型，用于模拟具有已知表达数量性状位点的群体规模单细胞RNA测序数据 | splatPop模型能够灵活、可重复且有文档记录地模拟群体规模的scRNA-seq数据，并考虑了遗传效应 | NA | 开发和测试适用于群体规模单细胞RNA测序数据的方法 | 群体规模单细胞RNA测序数据的模拟 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 22168 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics captures features of human midbrain development and dopamine neuron diversity in brain organoids
2021-12-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-27464-5
PMID:34911939
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研究论文 | 本研究建立了一种中脑类器官培养系统，通过单细胞RNA测序技术，研究了从多能干细胞到成熟多巴胺神经元的发育轨迹，并识别出三种分子特征不同的多巴胺神经元亚型。 | 设计了由重组蜘蛛丝微纤维支持的生物工程化腹侧中脑类器官，这些类器官在多巴胺神经发生的关键分子方面具有高相似性，并减少了类器官间的细胞类型组成和多巴胺神经元形成的变化。 | 尽管取得了显著进展，但脑类器官的使用仍受限于重复性和不完全成熟的问题。 | 研究人类中脑发育和多巴胺神经元多样性。 | 人类中脑发育和多巴胺神经元。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及多种细胞类型和多巴胺神经元亚型 |
| 22169 | 2024-08-08 |
The hidden genomic diversity of ciliated protists revealed by single-cell genome sequencing
2021-12-14, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-021-01202-1
PMID:34903227
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研究论文 | 本文通过单细胞基因组测序技术揭示了纤毛原生生物的隐藏基因组多样性 | 优化了单细胞测序方法和数据分析，有效去除了共生细菌的污染，生成了多个Euplotia物种的高质量基因组 | NA | 揭示纤毛原生生物的基因组多样性及其系统发育关系和代谢潜力 | 纤毛原生生物的基因组 | 基因组学 | NA | 单细胞基因组测序 | NA | 基因组数据 | 八个高质量的Euplotia基因组 |
| 22170 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis identifies a unique tumor cell type producing multiple hormones in ectopic ACTH and CRH secreting pheochromocytoma
2021-12-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.68436
PMID:34905486
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，识别出一种独特的肿瘤细胞类型，该细胞类型在异位ACTH和CRH分泌的嗜铬细胞瘤中产生多种激素 | 发现了新的多功能嗜铬样细胞类型，该细胞高表达POMC和CRH，并提出了这种细胞类型导致库欣综合征的分子机制 | 研究基于一个罕见病例，可能需要更多样本验证结果的普遍性 | 探究异位ACTH和CRH分泌的嗜铬细胞瘤中是否存在独特的细胞类型负责多种激素分泌 | 异位ACTH和CRH分泌的嗜铬细胞瘤及其周边组织 | 数字病理学 | 嗜铬细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 三个不同解剖位置的肿瘤组织和一个肿瘤周边组织，以及三个常见的嗜铬细胞瘤和肾上腺皮质腺瘤样本 |
| 22171 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-sequencing reveals distinct immune cell subsets and signaling pathways in IgA nephropathy
2021-Dec-11, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-021-00706-1
PMID:34895340
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了IgA肾病中免疫细胞亚群及其信号通路的早期转录变化 | 首次在单细胞水平上解析了IgA肾病中免疫细胞的动态变化，并发现了与疾病进展相关的特定细胞亚群和信号通路 | NA | 揭示IgA肾病中免疫细胞的早期转录变化及其与疾病进展的关系 | IgA肾病患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 22172 | 2024-08-08 |
Dissecting the single-cell transcriptomeunderlying chronic liver injury
2021-Dec-03, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2021.11.008
PMID:34900395
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研究论文 | 本研究通过建立慢性肝损伤小鼠模型并进行单细胞RNA测序，揭示了慢性肝损伤过程中的单细胞转录组特征 | 首次在单细胞分辨率下系统地描述了慢性肝损伤过程，并识别了潜在的肝损伤标志物和细胞间通信变化 | NA | 探究慢性肝损伤过程中的分子机制，并为有效干预慢性肝病提供临床策略 | 慢性肝损伤小鼠模型中的单细胞转录组 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 总共捕获了16,389个高质量细胞 |
| 22173 | 2024-08-08 |
Can single cell RNA sequencing reshape the clinical biochemistry of hematology: New clusters of circulating blood cells
2021-12, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.671
PMID:34898038
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在血液学临床生物化学中的应用及其对循环血细胞分类的影响 | scRNA-seq有助于深入理解疾病，识别疾病特异性目标组，并提出新的治疗策略 | scRNA-seq的应用需要标准化和规范化，并在大量健康和疾病患者中进行验证 | 研究scRNA-seq在临床决策和分子医学指导中的作用 | 循环血细胞的分类和分化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 大量健康和疾病患者 |
| 22174 | 2024-08-08 |
Combinatorial immunotherapy induces tumor-infiltrating CD8+ T cells with distinct functional, migratory, and stem-like properties
2021-12, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-003614
PMID:34903555
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研究论文 | 研究通过高维流式细胞术和单细胞RNA测序分析了组合免疫疗法对肿瘤浸润性CD8+ T细胞功能和迁移特性的影响 | 发现OX40/4-1BB激动剂扩展了一种干细胞样PD-1loKLRG-1+Ki-67+CD8+ T细胞亚群，与PD-(L)1阻断协同作用，显著增强了干细胞样TIL的存在 | 对单一疗法作用机制的理解尚不完全，且不清楚组合疗法是否会导致协同作用、引发新的免疫机制或产生叠加效应 | 探讨组合免疫疗法中各成分之间的相互作用机制 | 肿瘤浸润性淋巴细胞（TILs）及其在不同治疗方案下的功能和迁移特性 | 免疫学 | NA | 高维流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 来自携带B16或MC38同基因肿瘤宿主的肿瘤浸润性淋巴细胞 |
| 22175 | 2024-08-08 |
Statistical tests for intra-tumour clonal co-occurrence and exclusivity
2021-12, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009036
PMID:34910733
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研究论文 | 本文开发了一种名为GeneAccord的新统计测试框架，用于识别在同一肿瘤的不同亚克隆中发生改变的基因对，这些基因对在患者样本中以共现或克隆排他性方式过度表达 | 提出了GeneAccord统计测试框架，用于检测肿瘤内克隆共现和排他性，并考虑了克隆间的进化依赖性 | NA | 开发和验证一种新的统计方法，用于识别影响肿瘤进化和治疗结果的基因对 | 急性髓系白血病患者的单细胞测序数据 | NA | 急性髓系白血病 | 单细胞测序 | NA | 基因数据 | 123名急性髓系白血病患者 |
| 22176 | 2024-08-08 |
Preparation and Transfection of Populus tomentosa Mesophyll Protoplasts
2021-Nov-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.4220
PMID:34909441
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研究论文 | 本文详细介绍了一种简单且高效的方法来制备和转染毛白杨叶肉原生质体 | 提出了一种新的方法来克服木本植物中由于细胞壁富含果胶而难以分离叶肉原生质体的难题 | NA | 开发一种适用于木本植物的叶肉原生质体制备和转染技术 | 毛白杨叶肉原生质体 | NA | NA | 转染技术 | NA | 原生质体 | NA |
| 22177 | 2024-08-08 |
[Circulating tumor cells in the diagnosis and treatment of early and advanced prostate cancer]
2021-10-20, Zhonghua nan ke xue = National journal of andrology
PMID:34914273
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综述 | 本文总结了循环肿瘤细胞（CTC）技术在前列腺癌（PCa）诊断和治疗中的研究进展 | CTC检测已从简单的计数发展到表型分类，甚至结合特定基因表达（如AR, AR-V7等）和单细胞测序 | CTC技术在早期PCa诊断中的意义有限，主要价值在于晚期药物敏感性和预后评估 | 探讨CTC技术在PCa诊断和治疗中的应用及进展预测风险 | 循环肿瘤细胞（CTC）和前列腺癌（PCa） | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞测序 | NA | 血液样本 | NA |
| 22178 | 2024-08-08 |
Dupilumab Effects on Innate Lymphoid Cell and Helper T Cell Populations in Patients with Atopic Dermatitis
2021-Mar, JID innovations : skin science from molecules to population health
DOI:10.1016/j.xjidi.2021.100003
PMID:34909707
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研究论文 | 研究探讨了Dupilumab在特应性皮炎患者中对先天淋巴细胞和辅助T细胞群体的影响 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了Dupilumab治疗前后Th2细胞和ILC2s的基因表达变化 | 研究样本仅限于27名日本患者，可能限制了结果的普遍性 | 探究Dupilumab治疗特应性皮炎的机制，特别是对Th2细胞和ILC2s的影响 | 特应性皮炎患者的Th2细胞和ILC2s | NA | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 27名日本特应性皮炎患者 |
| 22179 | 2024-08-08 |
Reverse engineering of a mechanistic model of gene expression using metastability and temporal dynamics
2021, In silico biology
DOI:10.3233/ISB-210226
PMID:34897081
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CARDAMOM的新算法，用于从时间戳单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络（GRN），该算法利用了细胞分化的亚稳态和转录爆发的概念 | 首次描述了一种利用亚稳态概念进行GRN推断的方法 | NA | 开发一种新的算法来推断基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | CARDAMOM算法 | 时间戳单细胞RNA测序数据 | NA |
| 22180 | 2024-08-08 |
Identifying Diagnostic and Prognostic Biomarkers and Candidate Therapeutic Drugs of Gastric Cancer Based on Transcriptomics and Single-Cell Sequencing
2021, Pathology oncology research : POR
DOI:10.3389/pore.2021.1609955
PMID:34899080
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研究论文 | 本研究通过转录组学和单细胞测序技术，筛选并验证了胃癌的诊断和预后生物标志物以及潜在的治疗药物靶点 | 本研究通过整合GSE54129和TCGA STAD数据集，识别了胃癌中的关键基因，并通过单细胞RNA测序进一步验证了这些基因的表达 | 本研究主要依赖于公共数据库和单细胞测序数据，可能存在样本选择偏倚和数据集的局限性 | 探索胃癌的新诊断和预后指标以及潜在的治疗靶点 | 胃癌的诊断、预后以及治疗药物敏感性 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 222个重叠基因，17个关键基因 |