单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22141	2024-08-08	Single cell sequencing analysis identifies genetics-modulated ORMDL3+ cholangiocytes having higher metabolic effects on primary biliary cholangitis 2021-Dec-06, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-021-01154-2 PMID:34872583	研究论文	本研究通过构建计算框架整合GWAS和scRNA-seq数据，揭示了遗传因素调控的胆管细胞亚群在原发性胆管炎中的作用	首次将遗传信息与单细胞测序数据整合，解析遗传因素对原发性胆管炎风险的影响	NA	研究遗传因素对原发性胆管炎中肝脏细胞及其免疫微环境的影响	原发性胆管炎中的胆管细胞	数字病理学	原发性胆管炎	scRNA-seq	NA	基因组数据	NA
22142	2024-08-08	Azvudine is a thymus-homing anti-SARS-CoV-2 drug effective in treating COVID-19 patients 2021-12-06, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-021-00835-6 PMID:34873151	研究论文	本文研究了阿兹夫定（FNC）作为一种胸腺归巢抗SARS-CoV-2药物，对COVID-19患者的治疗效果	发现FNC不仅抑制HIV-1 RNA依赖的RNA聚合酶，还能有效抑制SARS-CoV-2和HCoV-OC43冠状病毒，并具有胸腺归巢特性	临床试验样本量较小，且为单臂试验，需要进一步的大规模双盲随机对照试验来验证其疗效和安全性	评估阿兹夫定作为COVID-19治疗药物的有效性和安全性	COVID-19患者和SARS-CoV-2感染的猕猴	NA	COVID-19	NA	NA	NA	临床试验涉及31名COVID-19患者
22143	2024-08-08	Gene biomarker prediction in glioma by integrating scRNA-seq data and gene regulatory network 2021-12-04, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-021-01115-6 PMID:34863158	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据和基因调控网络，探索胶质瘤的分子机制并预测基因生物标志物	提出了一种算法框架，通过整合单细胞基因表达谱和基因调控关系来探索胶质瘤的分子机制	NA	探索胶质瘤的分子机制并预测基因生物标志物	胶质瘤的分子机制和基因生物标志物	数字病理学	脑肿瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个胶质瘤样本中的恶性细胞
22144	2024-08-08	Ground tissue circuitry regulates organ complexity in maize and Setaria 2021-Dec-03, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abj2327 PMID:34855479	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，生成了玉米根部的细胞分辨率图谱，揭示了组织形成转录因子SHORT-ROOT (SHR)的替代配置及其在皮质层扩展中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术详细解析了玉米根部皮质层的形成机制	研究主要集中在玉米和Setaria两种植物上，可能不适用于其他植物种类	探讨植物根部皮质层的形成及其在生理功能中的作用	玉米和Setaria植物的根部皮质层	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及玉米和Setaria植物的多个皮质层细胞
22145	2024-08-08	An adaptive method of defining negative mutation status for multi-sample comparison using next-generation sequencing 2021-12-02, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-021-00880-8 PMID:34856988	研究论文	本文提出了一种自适应方法，用于在多样本比较中通过下一代测序（NGS）定义负突变状态	本文提出的自适应突变特异性负（MSN）方法，能够更准确地区分负突变状态和未知状态，相较于传统的通用最小覆盖（UMC）方法，能产生更多的可用数据	NA	开发一种新的方法，用于在多样本比较的下一代测序数据中区分未知和负突变状态	癌症基因组学研究中的多样本比较	数字病理学	NA	NGS	NA	测序数据	模拟数据集包含不同肿瘤细胞分数的样本，以及一个真实的双平台单细胞测序数据集
22146	2024-08-08	Single-cell analysis of salt-induced hypertensive mouse aortae reveals cellular heterogeneity and state changes 2021-12, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-021-00704-w PMID:34862465	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了高盐饮食诱导的高血压小鼠主动脉中的细胞异质性和状态变化	首次系统描述了高血压进展中血管细胞的组成和反应，并揭示了细胞组成和细胞间通讯在高血压进展中的显著变化	NA	研究高血压进展中血管细胞的组成和反应	高盐饮食诱导的高血压小鼠主动脉中的细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	C57BL/6J小鼠的主动脉弓样本
22147	2024-08-08	Inferring Differential Networks by Integrating Gene Expression Data With Additional Knowledge 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.760155 PMID:34858477	研究论文	本研究提出了一种名为加权联合稀疏惩罚D-trace模型（WJSDM）的框架，通过整合多平台基因表达数据和多种先验生物学知识来推断差异基因网络	本研究的创新点在于采用非参数正态图形模型处理含有缺失值的基因表达数据，并提出加权组桥惩罚方法整合多平台基因表达数据和多种现有生物学知识	本研究的主要限制在于依赖于高吞吐量基因表达数据的积累，以及单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的稀疏性和高噪声率	研究目的是通过计算方法推断两种不同状态或细胞类型之间的基因网络变化	研究对象包括卵巢癌和前列腺癌的基因表达数据，以及循环肿瘤细胞的单细胞RNA测序数据	生物信息学	卵巢癌，前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	加权联合稀疏惩罚D-trace模型（WJSDM）	基因表达数据	涉及卵巢癌和前列腺癌的基因表达数据及循环肿瘤细胞的单细胞RNA测序数据
22148	2024-08-08	Cancer-specific type-I interferon receptor signaling promotes cancer stemness and effector CD8+ T-cell exhaustion 2021, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2021.1997385 PMID:34858725	研究论文	本文研究了癌症特异性I型干扰素受体信号在头颈部鳞状细胞癌中的作用，发现其促进癌症干细胞性和效应CD8+ T细胞耗竭	首次揭示了癌症特异性I型干扰素受体信号在癌症干细胞性和免疫检查点受体配体高表达中的作用	研究仅限于头颈部鳞状细胞癌，可能不适用于其他类型的癌症	探讨I型干扰素信号在癌症中的双重功能及其对免疫反应的影响	头颈部鳞状细胞癌患者及同基因肿瘤模型	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	组织微阵列，单细胞RNA序列数据	195名头颈部鳞状细胞癌患者
22149	2024-08-08	Topical Application of Temperature-Sensitive Gel Containing Caerin 1.1 and 1.9 Peptides on TC-1 Tumour-Bearing Mice Induced High-Level Immune Response in the Tumour Microenvironment 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.754770 PMID:34858827	研究论文	本研究展示了含有caerin 1.1和1.9肽的温度敏感凝胶局部应用于TC-1肿瘤携带小鼠，显著改善肿瘤微环境并增强免疫反应	本研究首次证明了caerin 1.1和1.9肽凝胶能够通过局部应用显著减少肿瘤重量，并增强肿瘤微环境中的免疫激活	NA	开发能够增强肿瘤浸润淋巴细胞对肿瘤和慢性病毒感染相关病变的免疫激活的局部药物	TC-1肿瘤携带小鼠	NA	肿瘤	单细胞转录组分析, TMT10plex标记蛋白质组定量	NA	蛋白质, 转录组	TC-1肿瘤携带小鼠
22150	2024-08-08	The Identification of a Tumor Infiltration CD8+ T-Cell Gene Signature That Can Potentially Improve the Prognosis and Prediction of Immunization Responses in Papillary Renal Cell Carcinoma 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.757641 PMID:34858833	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据筛选与肿瘤浸润CD8+ T细胞相关的差异表达基因，构建并验证了一个与肿瘤浸润CD8+ T细胞相关的预后基因签名，用于评估乳头状肾细胞癌（papRCC）的预后和免疫治疗反应。	本研究构建了一个新的基因签名，能够评估乳头状肾细胞癌的预后和免疫治疗反应，为该疾病的治疗提供了潜在的治疗靶点。	NA	评估肿瘤浸润CD8+ T细胞在乳头状肾细胞癌中的作用，以及其在预后评估和免疫治疗反应中的应用。	乳头状肾细胞癌（papRCC）中的肿瘤浸润CD8+ T细胞及其相关的基因表达。	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	621个细胞死亡抑制RNA基因
22151	2024-08-08	The Transcriptional Differences of Avian CD4+CD8+ Double-Positive T Cells and CD8+ T Cells From Peripheral Blood of ALV-J Infected Chickens Revealed by Smart-Seq2 2021, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2021.747094 PMID:34858872	研究论文	本研究使用Smart-Seq2 scRNA-seq技术比较了ALV-J感染鸡的外周血单个核细胞中CD8和CD4CD8双阳性T细胞亚群的转录差异	首次比较了鸡外周血单个核细胞中表达CD8受体的T细胞亚群的差异，并揭示了CD8 αα T细胞在应对ALV-J感染中的重要作用	NA	研究鸡外周血单个核细胞中不同T细胞亚群在ALV-J感染中的转录差异	鸡的CD8 T细胞和CD4CD8双阳性T细胞	数字病理学	禽类疾病	Smart-Seq2 scRNA-seq	NA	转录组数据	ALV-J感染鸡的外周血单个核细胞
22152	2024-08-08	Revisit the Cellular Transmission and Emerging Techniques in Understanding the Mechanisms of Proteinopathies 2021, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2021.781722 PMID:34867177	研究论文	本文重新探讨了Aβ和α-synuclein在细胞间传递机制及其在神经退行性疾病中的作用，并总结了近期从不同角度进行的单细胞转录组测序研究	利用单细胞RNA测序技术深入解析了神经系统中的基因表达模式和信号通路	NA	探讨Aβ和α-synuclein的细胞间传递机制及其在神经退行性疾病中的作用	Aβ和α-synuclein的病理聚集和传播机制	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
22153	2024-08-08	Identification of Genetic Predisposition in Noncirrhotic Portal Hypertension Patients With Multiple Renal Cysts by Integrated Analysis of Whole-Genome and Single-Cell RNA Sequencing 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.775470 PMID:34868264	研究论文	本研究通过综合分析全基因组和单细胞RNA测序数据，探索非肝硬化性门脉高压伴多囊肾患者中的潜在候选变异/基因	本研究首次整合全基因组测序和公开的单细胞RNA测序数据，优先筛选与非肝硬化性门脉高压伴多囊肾相关的潜在候选基因	研究样本量较小，且依赖于公开的单细胞RNA测序数据	探索非肝硬化性门脉高压伴多囊肾患者的潜在遗传影响因素和/或决定因素	非肝硬化性门脉高压伴多囊肾患者	基因组学	非肝硬化性门脉高压	全基因组测序（WGS），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据，单细胞RNA测序数据	8,295名肝硬化伴门脉高压患者和267名非肝硬化性门脉高压患者
22154	2024-08-08	Vascular Regulation of Hematopoietic Stem Cell Homeostasis, Regeneration, and Aging 2021, Current stem cell reports IF:2.3Q4 DOI:10.1007/s40778-021-00198-2 PMID:34868826	综述	本文综述了骨髓微环境中血管内皮细胞在调节造血干细胞活性、健康和应激反应中的中心作用	近期动态成像研究结合单细胞RNA测序和功能性检测，增进了对支持造血干细胞的细胞类型及其在稳态、再生和衰老期间调控干细胞命运的协同机制的理解	NA	旨在理解造血干细胞与骨髓血管微环境之间的空间互作和分子机制，以开发改善血液疾病和促进健康造血的治疗方法	造血干细胞及其在骨髓微环境中的调节机制	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
22155	2024-08-08	Identification of Prognostic Biomarkers Originating From the Tumor Stroma of Betel Quid-Associated Oral Cancer Tissues 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.769665 PMID:34869001	研究论文	本研究通过基因集富集分析和免疫组织化学等方法，揭示了槟榔相关口腔癌组织中肿瘤基质来源的预后生物标志物。	首次在槟榔相关口腔癌中识别出肿瘤基质来源的TGFBI和HYAL1作为独立的预后生物标志物。	研究样本仅限于台湾地区的槟榔使用者，可能限制了结果的普遍性。	识别槟榔相关口腔癌中的预后生物标志物，以改善口腔癌的控制。	槟榔相关口腔癌组织中的肿瘤基质细胞及其分子标志物。	数字病理学	口腔癌	基因集富集分析	Cox比例风险模型	转录组数据	40例台湾口腔癌组织样本
22156	2024-08-08	Deconvolution of Bulk Gene Expression Profiles with Single-Cell Transcriptomics to Develop a Cell Type Composition-Based Prognostic Model for Acute Myeloid Leukemia 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.762260 PMID:34869351	研究论文	本研究通过单细胞转录组学数据，利用CIBERSORT算法构建了一个基于细胞类型组成的急性髓系白血病（AML）预后模型，称为CTC评分。	首次基于AML患者外周血或骨髓抽吸物的细胞类型组成（CTCs）建立预后模型。	NA	开发一种基于细胞类型组成的AML预后模型，以辅助临床制定个性化治疗方案。	急性髓系白血病（AML）患者的预后评估。	数字病理学	白血病	CIBERSORT算法	Cox回归模型	基因表达数据	两个公共数据集（GSE6891和TCGA-LAML）中的患者数据，以及一个AML单细胞RNA测序数据集（GSE116256）。
22157	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Defines the Regulation of Spermatogenesis by Sertoli-Cell Androgen Signaling 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.763267 PMID:34869354	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术，分析了野生型和Sertoli细胞缺乏雄激素受体的小鼠睾丸中的细胞类型和转录变化，揭示了Sertoli细胞中雄激素信号调控精子发生的分子机制	本研究首次通过单细胞转录组测序技术，揭示了Sertoli细胞中雄激素受体信号调控精子发生的细胞特异性靶点和相关基因及信号通路	NA	探索Sertoli细胞中雄激素受体信号调控精子发生的分子和细胞过程	野生型和Sertoli细胞缺乏雄激素受体的小鼠睾丸中的细胞类型和转录变化	数字病理学	男性不育	单细胞转录组测序	NA	转录组	野生型和Sertoli细胞缺乏雄激素受体的小鼠睾丸样本
22158	2024-08-08	Integrative Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq Analysis of Peripheral Mononuclear Cells in Patients With Ankylosing Spondylitis 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.760381 PMID:34880858	研究论文	本文通过整合单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq），探讨了强直性脊柱炎（AS）发病相关的关键基因及其机制	发现了与AS进展相关的病原基因NFKB来源于CD8+ T细胞，并揭示了NFKB异常调控FOS、JUN和JUNB的可能机制	NA	构建遗传学研究与生物靶向治疗之间的桥梁	强直性脊柱炎患者的外周单核细胞	数字病理学	强直性脊柱炎	单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列，染色质可及性数据	强直性脊柱炎患者和正常对照的外周单核细胞中鉴定出18种细胞类型
22159	2024-08-08	Identification of KLF6/PSGs and NPY-Related USF2/CEACAM Transcriptional Regulatory Networks via Spinal Cord Bulk and Single-Cell RNA-Seq Analysis 2021, Disease markers DOI:10.1155/2021/2826609 PMID:34880956	研究论文	本研究通过脊髓bulk和单细胞RNA-Seq分析，识别了KLF6/PSGs和NPY相关的USF2/CEACAM转录调控网络	本研究首次通过单细胞分析识别了USF2/CEACAM1&5和KLF6/PSG3&5转录调控网络	NA	进一步理解脊髓发育的转录特征	新生小鼠脊髓的V2a中间神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	Seurat包	单细胞RNA测序数据	共筛选了949个细胞
22160	2024-08-08	Roseburia intestinalis: A Beneficial Gut Organism From the Discoveries in Genus and Species 2021, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2021.757718 PMID:34881193	综述	本文综述了Roseburia intestinalis这一厌氧、革兰氏阳性、略弯曲的杆状鞭毛细菌在肠道中的作用及其在多种疾病治疗中的潜在价值	近期在初级培养技术、培养组学、单细胞测序和代谢组学技术上的进步提高了对Roseburia intestinalis的研究，揭示了其在人类健康和疾病治疗中的益处	NA	探讨Roseburia intestinalis在人类疾病治疗中的潜在作用	Roseburia intestinalis及其在肠道炎症、能量稳态和多种疾病中的作用	NA	炎症性肠病, 2型糖尿病, 抗磷脂综合征, 动脉粥样硬化	初级培养技术, 培养组学, 单细胞测序, 代谢组学	NA	NA	NA