单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27302 篇文献，本页显示第 22121 - 22140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22121 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Profiles Reveal Fibrocytes as Potential Targets of Cell Therapies for Abdominal Aortic Aneurysm
2021, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2021.753711
PMID:34901214
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了腹主动脉瘤（AAA）的小鼠模型，揭示了纤维细胞在AAA发展中的潜在作用 | 发现了多种巨噬细胞亚型，并首次定义了CD45COL1纤维细胞在AAA中的作用 | NA | 探索腹主动脉瘤形成和发病机制中不同血管和免疫细胞的作用 | 腹主动脉瘤（AAA）中的巨噬细胞、B细胞、T细胞、成纤维细胞、平滑肌细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 小鼠和人类AAA组织 |
| 22122 | 2024-08-08 |
FEM: mining biological meaning from cell level in single-cell RNA sequencing data
2021, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.12570
PMID:34909283
|
研究论文 | 本文开发了功能表达矩阵（FEM）算法，用于从单细胞RNA测序数据中挖掘细胞层面的生物学意义 | FEM算法能够利用所有表达基因的信息，将基因表达矩阵（GEM）转换为FEM，从而提供单个细胞的生物学意义 | NA | 探索表达数据分析中基因的生物学意义或功能 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-SEQ） | 功能表达矩阵（FEM）算法 | 基因表达数据 | 三个数据集（外周血单个核细胞、人肝脏和人胰腺） |
| 22123 | 2024-08-08 |
Transcriptomic and Single-Cell Analysis Reveals Regulatory Networks and Cellular Heterogeneity in Mouse Primary Sjögren's Syndrome Salivary Glands
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.729040
PMID:34912329
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研究论文 | 本文通过转录组和单细胞分析揭示了小鼠原发性Sjögren's综合征唾液腺中的调控网络和细胞异质性 | 本文通过RNA测序和单细胞RNA测序分析，揭示了与Sjögren's综合征病理生物学相关的重要通路和调控网络，以及疾病细胞群体的分子和细胞异质性 | NA | 阐明Sjögren's综合征的分子本质，为靶向治疗提供新见解 | 小鼠原发性Sjögren's综合征唾液腺 | 数字病理学 | 自身免疫病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了已建立的原发性Sjögren's综合征小鼠模型的下颌下腺 |
| 22124 | 2024-08-08 |
Identification of the Nerve-Cancer Cross-Talk-Related Prognostic Gene Model in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.788671
PMID:34912722
|
研究论文 | 本研究构建了一个基于神经-癌症交叉对话相关基因（NCCGs）的预后模型，用于预测头颈部鳞状细胞癌（HNSC）的生存率 | 首次构建了基于NCCGs的预后模型，并验证了其在HNSC中的有效性 | NA | 探索神经-癌症交叉对话相关基因在头颈部鳞状细胞癌中的作用，并构建预后模型 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSC）及其相关基因 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | TCGA-HNSC队列中共有23个基因上调或下调 |
| 22125 | 2024-08-08 |
Bone Marrow Adipocytes: A Critical Player in the Bone Marrow Microenvironment
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.770705
PMID:34912805
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综述 | 本文综述了骨髓脂肪细胞（BMAs）的起源、分化及其在造血、成骨、破骨细胞生成和免疫调节中的作用 | BMAs被认为是骨髓相关疾病（如骨质疏松和白血病）的新治疗靶点 | NA | 探讨BMAs在骨髓微环境中的关键作用及其在疾病治疗中的潜在价值 | 骨髓脂肪细胞及其在骨髓微环境中的功能 | NA | 骨质疏松, 白血病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 22126 | 2024-08-08 |
Molecular Characterization and Clinical Relevance of ANXA1 in Gliomas via 1,018 Chinese Cohort Patients
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.777182
PMID:34912807
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研究论文 | 本研究通过对中国1,018名胶质瘤患者的RNA测序和全外显子测序数据进行分析，探讨了ANXA1在胶质瘤中的分子特征及其临床相关性 | 首次揭示了ANXA1在胶质瘤中的表达与恶性进展、临床行为及患者生存结果的密切关系，并发现其在M2巨噬细胞和间质型肿瘤细胞中的高表达 | NA | 探讨ANXA1在胶质瘤中的生物学作用及其临床意义 | ANXA1在胶质瘤中的表达及其对患者生存结果的影响 | 数字病理学 | 脑瘤 | RNA测序, 全外显子测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1,018名中国胶质瘤患者, 286例全外显子测序数据, 270例不同组织区域的胶质母细胞瘤样本, 7,630个单细胞 |
| 22127 | 2024-08-08 |
A Clustering Ensemble Method for Cell Type Detection by Multiobjective Particle Optimization
2023 Jan-Feb, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2021.3132400
PMID:34860653
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研究论文 | 本文提出了一种基于多目标粒子优化的聚类集成算法CEMP，用于通过单细胞RNA测序数据检测细胞类型 | 引入了一种多子空间投影方法，用于将原始数据映射到低维子空间，以检测复杂的数据结构，并提出了一种聚类集成优化方法 | NA | 开发新的计算方法以揭示细胞群体中的细胞类型 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类集成算法 | 基因表达数据 | 9个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 22128 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals that BMPR2 mutation regulates right ventricular function via ID genes
2022-07, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00327-2021
PMID:34857612
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了BMPR2突变通过ID基因调控右心室功能 | 首次揭示了BMPR2信号通过ID和USP9X调控心脏分化，并发现ID1和ID3表达缺失导致CHD-PAH患者心肌细胞功能障碍 | NA | 旨在阐明BMPR2信号是否通过下游效应器ID蛋白在心脏发育过程中作用，从而促进CHD-PAH患者的PAH进展 | BMPR2突变对右心室功能的影响及ID基因的作用 | 数字病理学 | 先天性心脏病相关肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 25只心脏特异性Id 1/3敲除小鼠，12只发展出轻度PAH；ID1和ID3双敲除人类胚胎干细胞 |
| 22129 | 2024-08-08 |
Toxicity of perfluorooctanoic acid on zebrafish early embryonic development determined by single-cell RNA sequencing
2022-04-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2021.127888
PMID:34862108
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了全氟辛酸（PFOA）对斑马鱼早期胚胎发育的影响 | 首次详细报告了PFOA如何影响斑马鱼胚胎发育中不同细胞群体，并识别了受影响的特定细胞群体 | NA | 研究PFOA对斑马鱼早期胚胎发育的毒性影响 | 斑马鱼胚胎在2-30小时pf（受精后小时）期间暴露于1-100 μg/L的PFOA | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 斑马鱼胚胎在2-30小时pf期间暴露于不同浓度的PFOA |
| 22130 | 2024-08-08 |
Isocitrate dehydrogenase mutations are associated with altered IL-1β responses in acute myeloid leukemia
2022-04, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-021-01487-9
PMID:34857894
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研究论文 | 本研究探讨了异柠檬酸脱氢酶2（IDH2）突变对急性髓系白血病细胞内信号传导的影响 | 首次展示了IDH2突变细胞对IL-1β的增强反应，并确认了这一信号通路作为潜在治疗靶点的可能性 | NA | 研究IDH2突变对急性髓系白血病细胞内信号传导的影响 | IDH2突变细胞及其对IL-1β的反应 | NA | 急性髓系白血病 | 磷酸特异性流式细胞术和质谱细胞术 | NA | RNA序列 | NA |
| 22131 | 2024-08-08 |
Inflammatory molecular endotypes of nasal polyps derived from White and Japanese populations
2022-04, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2021.11.017
PMID:34863854
|
研究论文 | 本文通过全转录组和单细胞RNA基因表达分析，研究了白人和日本人群中鼻息肉的炎症分子亚型差异 | 首次通过全转录组和单细胞RNA测序技术，分析了不同种族和地理区域的鼻息肉炎症特征差异 | 研究样本仅限于居住在美国的白人和居住在日本的日本患者，可能无法完全代表所有种族和地理区域 | 探究慢性鼻窦炎伴鼻息肉在不同种族和地理区域中的炎症特征差异 | 白人和日本患者的鼻息肉组织 | 数字病理学 | 鼻窦炎 | 全转录组RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 8名白人患者和9名日本患者，以及46名白人和31名日本患者的独立验证集 |
| 22132 | 2024-08-08 |
Skinny deeping: Uncovering immune cell behavior and function through imaging techniques
2022-03, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.13049
PMID:34859448
|
综述 | 本文综述了通过活体成像技术揭示皮肤中中性粒细胞、树突状细胞和巨噬细胞行为及功能的关键研究 | 讨论了新兴成像技术如高含量蛋白质组筛选、空间转录组学和三维体积成像的集成应用 | NA | 深入理解皮肤中免疫细胞的行为和功能 | 皮肤中的中性粒细胞、树突状细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 活体成像技术 | NA | 图像 | NA |
| 22133 | 2024-08-08 |
Joint synovial macrophages as a potential target for intra-articular treatment of osteoarthritis-related pain
2022-03, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2021.11.014
PMID:34861384
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综述 | 本文综述了滑膜巨噬细胞在骨关节炎相关疼痛中的作用及其作为关节内治疗潜在靶点的研究进展 | 利用单细胞RNA测序和质谱流式细胞术等先进技术，揭示了不同骨关节炎亚型中滑膜微环境内存在的多样性巨噬细胞亚群及其分子机制 | 目前缺乏针对单个细胞或分子的安全治疗方法 | 开发针对滑膜巨噬细胞的新型关节内治疗方案 | 滑膜巨噬细胞及其在骨关节炎疼痛中的作用 | NA | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术 | NA | NA | NA |
| 22134 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing profiles of stem-differentiating xylem in poplar
2022-03, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.13763
PMID:34882927
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22135 | 2024-08-08 |
Isoform-level quantification for single-cell RNA sequencing
2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab807
PMID:34864849
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research paper | 本文开发了一种用于高通量单细胞RNA测序的isoform水平定量方法Scasa | Scasa方法利用转录簇和isoform同源物的概念，能够在isoform水平上进行定量，揭示了基于基因水平方法未能发现的CD14单核细胞亚群 | NA | 开发一种新的方法来实现单细胞RNA测序中的isoform水平定量 | 单细胞RNA测序数据中的isoform水平表达 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing | NA | text | NA |
| 22136 | 2024-08-08 |
CellVGAE: an unsupervised scRNA-seq analysis workflow with graph attention networks
2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab804
PMID:34864884
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研究论文 | 本文介绍了一种使用图神经网络的无监督单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析工作流程，通过开发具有图注意力层的变分图自编码器架构，直接在细胞间的连接上操作，专注于降维和聚类 | 引入图注意力网络进行无监督的scRNA-seq数据分析，能够有效提取数据特征并提供可视化和解释模型不同方面的手段 | NA | 开发一种新的无监督学习方法，用于单细胞RNA测序数据的分析 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 变分图自编码器（VGAE） | scRNA-seq数据 | 涉及9个困难且标注良好的数据集，其中一个数据集包含130万个细胞 |
| 22137 | 2024-08-08 |
Detecting spatially co-expressed gene clusters with functional coherence by graph-regularized convolutional neural network
2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab812
PMID:34864909
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研究论文 | 本文提出了一种通过蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图正则化的卷积神经网络（CNN）来聚类空间解析基因表达的方法 | 该方法通过卷积利用空间定位，并通过图-拉普拉斯正则化利用基因功能关系，提高了空间模式的一致性，并为基因簇在空间上下文中的生物学解释提供了支持 | NA | 揭示基因在潜在形态学背景下的活动，并通过其功能角色进行分析 | 空间解析基因表达 | 机器学习 | NA | 卷积神经网络（CNN） | CNN | 基因表达数据 | 22个来自10× Genomics和spatialLIBD的公开可用的Visium空间转录组学数据集 |
| 22138 | 2024-08-08 |
HDMC: a novel deep learning-based framework for removing batch effects in single-cell RNA-seq data
2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab821
PMID:34864918
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度学习的新框架HDMC，用于去除单细胞RNA测序数据中的批次效应 | HDMC框架采用分层分布匹配和对比学习策略，能够更准确地减少不同批次间的分布差异并恢复细胞类型聚类 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中批次效应的问题 | 单细胞RNA测序数据中的批次效应 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 深度自编码器 | 基因表达数据 | NA |
| 22139 | 2024-08-08 |
SCRIP: an accurate simulator for single-cell RNA sequencing data
2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab824
PMID:34874992
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研究论文 | 本研究开发了一种名为SCRIP的单细胞RNA测序数据模拟器，该模拟器能够准确模拟单细胞RNA测序数据的关键特性 | SCRIP模拟器能够更准确地模拟单细胞RNA测序数据的关键特征，包括均值-方差依赖性，并且在恢复细胞间距离方面表现优于其他方法 | NA | 优化测序协议并开发可靠的分析方法，以适应各种应用场景 | 单细胞RNA测序数据的模拟方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 22140 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq profiling of individual Biomphalaria glabrata immune cells with a focus on immunologically relevant transcripts
2022-02, Immunogenetics
IF:2.9Q3
DOI:10.1007/s00251-021-01236-3
PMID:34854945
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了Biomphalaria glabrata的两种免疫细胞——透明细胞和颗粒细胞的转录组，重点关注与免疫相关的转录本 | 这是首次对Biomphalaria glabrata免疫细胞的单细胞转录组进行分析，为理解其免疫反应提供了重要背景 | 研究仅比较了未受免疫刺激的两种免疫细胞，未探讨它们在面对不同免疫威胁时的具体反应差异 | 深入比较Biomphalaria glabrata免疫细胞的功能能力，并探讨其在面对人类寄生虫Schistosoma mansoni时的免疫反应 | Biomphalaria glabrata的免疫细胞——透明细胞和颗粒细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自对Schistosoma mansoni敏感的M-line B. glabrata和对Schistosoma mansoni有抵抗力的BS-90 B. glabrata的单个颗粒细胞和透明细胞 |