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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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2181 | 2025-10-06 |
deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq
2023-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.11.536275
PMID:37090649
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研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据的鲁棒样本解复用算法deMULTIplex2 | 基于标签交叉污染物理机制构建统计模型,使用广义线性模型和期望最大化算法概率推断细胞样本身份 | NA | 解决大规模、样本细胞数不平衡和噪声数据中的单细胞样本解复用问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞样本标签 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型, 期望最大化算法 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2182 | 2025-10-06 |
Cisplatin Neurotoxicity Targets Specific Subpopulations and K+ Channels in Tyrosine-Hydroxylase Positive Dorsal Root Ganglia Neurons
2022, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2022.853035
PMID:35586548
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研究论文 | 本研究揭示顺铂通过靶向酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元中的特定亚群和K+通道导致神经毒性 | 首次在单细胞水平揭示顺铂神经毒性的特异性细胞靶点,发现K2P18.1钾通道在其中的关键作用 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类样本验证;维生素E的保护作用有限 | 探究顺铂化疗引起的外周神经病变的细胞机制 | 小鼠酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元 | 神经科学 | 化疗引起的周围神经病变 | 单细胞转录组测序,电生理分析 | NA | 转录组数据,电生理记录 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2183 | 2025-10-06 |
Cell type hierarchy reconstruction via reconciliation of multi-resolution cluster tree
2021-09-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab481
PMID:34125905
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研究论文 | 开发了一种名为MRtree的算法,用于从单细胞RNA测序数据构建细胞类型层次结构 | 提出了一种高度灵活的树构建算法,能够从多个分辨率的平面聚类结果生成聚类层次结构 | 需要依赖现有的平面聚类算法,可能受到这些算法固有局限性的影响 | 解决单细胞RNA测序数据分析中分辨率参数选择困难和细胞簇演化特征难以比较的问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 树构建算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2184 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-seq Reveals Profound Alterations in Mechanosensitive Dorsal Root Ganglion Neurons with Vitamin E Deficiency
2019-Nov-22, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2019.10.064
PMID:31733517
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示维生素E缺乏对背根神经节机械敏感性神经元的分子特征和功能特性的深刻影响 | 发现维生素E缺乏主要影响机械敏感性TH+神经元而非预期的本体感觉神经元,揭示了电压门控钙钾通道上调的新机制 | 研究使用Ttpa基因敲除小鼠模型,在人类中的直接适用性需要进一步验证 | 研究维生素E缺乏对背根神经节神经元分子特征和功能特性的影响 | 背根神经节神经元,特别是酪氨酸羟化酶阳性(TH+)的机械敏感性神经元 | 单细胞测序 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | Ttpa基因敲除小鼠的背根神经节神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2185 | 2025-10-06 |
NanoCRISPR-assisted biomimetic tissue-equivalent patch regenerates the intervertebral disc by inhibiting endothelial-to-mesenchymal transition
2025-Nov, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 开发了一种纳米CRISPR辅助的仿生组织等效补片,通过抑制内皮-间质转化来促进椎间盘再生 | 首次将纳米CRISPR系统与仿生纳米纤维支架结合,靶向消除VEGF介导的血管生成因子,同时复制天然纤维环的层次结构 | NA | 开发能够同时解决纤维环物理缺损和血管生成障碍的椎间盘再生策略 | 椎间盘纤维环组织 | 组织工程 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序,CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 基因表达数据,组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2186 | 2025-10-06 |
Deciphering the regulatory networks of human male germline development from embryo to adulthood
2025-10, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167918
PMID:40409516
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研究论文 | 构建了从胚胎到成年的人类男性生殖细胞发育图谱,揭示了调控网络重配置和关键信号通路 | 首次整合从6周胚胎到老年男性的92,488个睾丸细胞,构建了全面的人类男性生殖细胞发育图谱 | 研究主要基于单细胞转录组数据,需要进一步功能验证 | 解析人类男性生殖细胞从胚胎到成年的发育调控网络 | 人类睾丸细胞,包括从胚胎期到老年期的生殖细胞 | 单细胞生物学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 92,488个睾丸细胞,涵盖从6周胚胎到老年男性 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2187 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq reveals the immune profile changes in patients with diarrhoeal-irritable bowel syndrome
2025-10, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167945
PMID:40456298
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示腹泻型肠易激综合征患者免疫特征变化及潜在治疗靶点 | 首次在IBS-D中绘制T淋巴细胞单细胞图谱,发现FOS信号通路作为新治疗靶点,并鉴定PLK3和NFKBIZ异常表达 | 样本量较小(4例患者+4例对照),动物模型与人类疾病存在差异 | 解析T淋巴细胞在腹泻型肠易激综合征发病机制中的作用 | IBS-D患者血液样本、健康对照血液样本、IBS-D大鼠模型血清和结肠组织 | 单细胞组学 | 肠易激综合征 | 单细胞RNA测序,ELISA,三参数荧光分析 | 轨迹分析,单细胞调控网络推断聚类分析 | 单细胞转录组数据,蛋白质浓度数据,荧光信号数据 | 8例人类血液样本(4患者+4对照),IBS-D大鼠模型组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2188 | 2025-10-06 |
Anti-tumor effects on tumor-infiltrating natural killer cells by localized ablative immunotherapy and immune checkpoint inhibitors: An integrated and comparative study using scRNAseq analysis
2025-Sep-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217825
PMID:40436260
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析局部消融免疫疗法和免疫检查点抑制剂对肿瘤浸润自然杀伤细胞的调控作用 | 首次使用单细胞RNA测序技术系统比较LAIT和ICI对NK细胞的转录调控,发现二者通过不同但互补的机制增强NK细胞抗肿瘤反应 | 研究主要基于小鼠乳腺癌模型,临床转化需要进一步验证 | 阐明局部消融免疫疗法和免疫检查点抑制剂对肿瘤浸润自然杀伤细胞的调控机制 | 肿瘤浸润自然杀伤细胞 | 单细胞转录组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠乳腺癌模型,TCGA数据库乳腺癌患者数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2189 | 2025-10-06 |
BCLAF1 restrains stress responses in hematopoietic stem cells to support expansion and repopulation
2025-Aug-12, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024014916
PMID:40435510
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研究论文 | 本研究揭示了转录调节因子BCLAF1通过限制造血干细胞应激反应来维持其发育和移植后重建功能的新机制 | 首次发现BCLAF1在造血干细胞中通过限制应激反应基因表达来维持干细胞功能的新作用机制 | BCLAF1与染色质结合的具体分子机制尚不明确,需要进一步研究 | 探究BCLAF1在造血干细胞发育和移植后重建功能中的调控作用 | 小鼠胎儿和成年造血干细胞 | 干细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序,染色质结合分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,染色质结合数据 | 小鼠造血干细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2190 | 2025-10-06 |
Zn-Based Multi-Active Framework Nanoparticles TSA-CAN-Zn Inhibit Skin Glycation via Dual Blockade of HMGB1/RAGE and AGEs/RAGE Pathways
2025-Aug, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202500664
PMID:40370206
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研究论文 | 本研究开发了锌基多活性框架纳米颗粒TSA-CAN-Zn,通过双重阻断HMGB1/RAGE和AGEs/RAGE通路抑制皮肤糖化损伤 | 首次设计可同时抑制HMGB1/RAGE和AGEs/RAGE两条通路的纳米颗粒,并通过单细胞RNA测序揭示其对皮肤不同细胞类型的影响机制 | 研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型,尚未进行人体临床试验 | 开发治疗糖化诱导皮肤损伤的新型纳米疗法 | HaCaT细胞和小鼠皮肤糖化模型 | 纳米医学 | 皮肤糖化损伤 | 分子对接,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 细胞系和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2191 | 2025-10-06 |
Visualization of the Spiral Ganglion Neuron in Vivo Using a Novel 177Lu Nuclear Molecule Label
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504464
PMID:40387257
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研究论文 | 开发了一种新型放射性核素标记的抗体药物,实现了耳蜗螺旋神经节神经元的活体成像 | 首次利用放射性核素标记的抗VGLUT1抗体实现耳蜗螺旋神经节神经元的活体成像 | 目前仅在动物模型水平验证,尚未应用于临床 | 开发评估耳蜗神经完整性的新方法,为人工耳蜗植入术前评估提供依据 | 小鼠和猪模型的螺旋神经节神经元 | 分子影像学 | 听力损失 | 核素成像,单细胞测序分析 | NA | 影像数据,分子探针数据 | SGN损伤的小鼠和猪模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2192 | 2025-10-06 |
Activation of HTR2B Suppresses Osteosarcoma Progression through the STAT1-NLRP3 Inflammasome Pathway and Promotes OASL1+ Macrophage Production to Enhance Antitumor Immunity
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202415276
PMID:40387572
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研究论文 | 本研究探讨了HTR2B通过STAT1-NLRP3炎症小体通路抑制骨肉瘤进展并促进OASL1+巨噬细胞产生以增强抗肿瘤免疫的双重作用机制 | 首次揭示HTR2B在骨肉瘤中的抑癌作用及其通过STAT1-NLRP3炎症小体通路和免疫调节的双重作用机制 | NA | 探索HTR2B在骨肉瘤进展中的潜在作用及其治疗靶点价值 | 骨肉瘤细胞系、骨肉瘤组织样本、CD45+免疫细胞 | 肿瘤生物学 | 骨肉瘤 | 转录组测序, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据 | TARGET和GEO数据库数据及医院骨肉瘤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2193 | 2025-10-06 |
Bi-allelic variants in POPDC2 cause an autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and hypertrophic cardiomyopathy
2025-Jul-03, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.04.016
PMID:40409267
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研究论文 | 本研究证实POPDC2基因的双等位基因变异会导致常染色体隐性遗传的心脏综合征,表现为心脏传导缺陷和肥厚型心肌病 | 首次发现POPDC2基因变异与人类心脏传导疾病和肥厚型心肌病之间的因果关系,并阐明其通过cAMP结合能力受损影响TREK-1钾通道功能的机制 | 研究样本量较小(仅四个家系),肌肉活检未显示明显的肌病特征 | 探究POPDC2基因变异与心脏传导系统疾病和心肌病的关联机制 | 四个携带POPDC2双等位基因变异的家系患者及人类心脏组织 | 遗传学 | 心脏传导疾病和肥厚型心肌病 | 同源建模,体外电生理研究,单细胞RNA测序,群体遗传数据分析 | NA | 基因组数据,电生理数据,RNA测序数据 | 四个家系,超过100万人的群体遗传数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2194 | 2025-10-06 |
Ocular immune privilege in action: The living eye imposes unique regulatory and anergic gene signatures on uveitogenic T cells
2025-Jun-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115780
PMID:40450686
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了眼睛对自身免疫性T细胞的独特调控机制 | 首次在分子水平揭示了眼内T细胞分化为调节性T细胞和无能细胞的平行分化路径 | 研究基于体内免疫特权模型,可能不完全反映人类生理状况 | 探究眼部免疫特权对自身反应性T细胞的调控机制 | 视网膜特异性T细胞 | 免疫学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2195 | 2025-10-06 |
Bile acids engage the SIPR-STAT3 signaling axis to modulate regulatory T cell responses in fibrosing cholangiopathies
2025-Jun-20, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.05.032
PMID:40545044
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研究论文 | 本研究揭示了胆汁酸通过S1PR-STAT3信号轴调控调节性T细胞反应,影响纤维化胆管病的免疫损伤机制 | 首次发现胆汁酸通过S1PR-STAT3信号通路抑制Treg功能并促进Th17样表型,揭示了IBAT抑制剂恢复Treg功能的新治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限,临床转化需进一步验证 | 探究胆汁酸在纤维化胆管病中如何调控调节性T细胞反应及其治疗潜力 | 小鼠模型(SC模型、Abcb4-/-模型)、体外细胞实验、130例胆道闭锁婴儿肝组织样本 | 免疫学 | 纤维化胆管病 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 功能验证实验 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 临床数据 | 多个小鼠模型+130例人类婴儿肝组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
2196 | 2025-10-06 |
Refinement of histologic subtypes and identification of biomarkers linked to unfavorable prognosis in cholangiocarcinoma: The ENSCCA registries' framework for digital twin advancement
2025-Jun-16, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001425
PMID:40513068
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研究论文 | 本研究通过建立欧洲胆管癌组织学注册库,揭示了组织学亚型与预后的关联并鉴定了不良预后的生物标志物 | 首次基于PAS染色(黏蛋白含量)将大胆管型肝内胆管癌分为不同亚型,发现PAS HIGH亚型与不良预后显著相关,并整合空间转录组学验证其分子特征 | 样本量相对有限(293例),空间转录组学分析仅包含18个病例,需要更大规模验证 | 研究胆管癌组织学异质性的临床意义并鉴定与不良预后相关的组织生物标志物 | 293例胆管癌患者,包括肝内和肝门部胆管癌亚型 | 数字病理学 | 胆管癌 | 组织化学染色,免疫组织化学,计算机断层扫描,放射组学,空间转录组学 | 多变量Cox回归 | 组织图像,放射影像,分子表达数据 | 293例患者(其中112例有CT扫描,18例进行空间转录组学分析) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
2197 | 2025-10-06 |
A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity
2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.02.656433
PMID:40502191
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研究论文 | 构建了包含约120万个细胞的人类婴儿肺部空间转录组图谱,揭示发育和损伤过程中的分子空间关系 | 首次创建涵盖不同发育阶段和损伤程度的人类婴儿肺部空间转录组图谱,采用基于影像的空间转录组技术解析细胞类型模式 | 样本量相对有限(17个婴儿肺部),主要关注急性新生儿肺损伤 | 阐明肺器官发生的分子机制,揭示发育和疾病中组织结构和分子空间关系的协调与破坏 | 17个不同发育阶段和损伤程度的人类婴儿肺部组织 | 空间转录组学 | 新生儿肺损伤 | 空间转录组学,单细胞转录组学,计算聚类分析 | 计算聚类方法 | 空间基因表达数据,影像数据 | 17个人类婴儿肺部样本,约120万个细胞 | NA | 空间转录组学,单细胞转录组学 | NA | 基于影像的空间转录组技术 |
2198 | 2025-10-06 |
scExploreR: a flexible platform for democratized analysis of multimodal single-cell data by non-programmers
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656649
PMID:40501593
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研究论文 | 开发了一个名为scExploreR的灵活平台,使非编程人员能够轻松分析多模式单细胞数据 | 通过R Shiny应用实现无需编程经验的单细胞数据分析,支持多模式数据处理和高质量图表生成 | 未提及具体的性能基准测试或与其他工具的详细比较 | 开发一个使非编程研究人员能够进行综合单细胞数据分析的平台 | 单细胞测序数据和多模式生物医学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | R Shiny应用 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学 | NA | 基于SCUBA软件包的多模式数据处理平台 |
2199 | 2025-10-06 |
Single-Cell Profiling of the Microenvironment in High-Risk Neuroblastoma
2025-06, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.70029
PMID:40536225
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析高风险神经母细胞瘤的肿瘤微环境特征 | 首次在单细胞水平揭示高风险神经母细胞瘤的肿瘤微环境景观,发现具有免疫抑制作用的特定细胞亚群及其分化过程 | 样本量较小(16个样本),需要更大规模研究验证 | 深入理解高风险神经母细胞瘤的复杂肿瘤微环境特征 | 16个神经母细胞瘤样本(11例高风险,5例中低风险) | 单细胞生物学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,SCENIC分析 | 免疫相关风险模型 | 单细胞RNA测序数据 | 16个样本,来自16名患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2200 | 2025-10-06 |
Altered Hepatic Metabolism in Down Syndrome
2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656393
PMID:40502193
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研究论文 | 通过多组学分析揭示唐氏综合征患者肝脏代谢异常及其与饮食调控的关系 | 首次通过大规模人群多组学分析发现唐氏综合征患者胆汁酸代谢异常,并在小鼠模型中验证了饮食脂肪调控对肝脏代谢的影响 | 研究样本量相对有限,机制研究主要依赖动物模型 | 探究唐氏综合征对肝脏代谢的影响及其调控机制 | 400多名唐氏综合征患者血浆样本和Dp16唐氏综合征小鼠模型 | 代谢组学 | 唐氏综合征 | 多组学分析, bulk RNA测序, 单细胞转录组测序 | NA | 血浆代谢组数据, 转录组数据 | 400多人血浆样本和唐氏综合征小鼠模型 | NA | 单细胞转录组测序, bulk RNA测序 | NA | NA |