单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 2181 - 2200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2181 | 2025-03-25 |
Systematic evaluation of single-cell multimodal data integration for comprehensive human reference atlas
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.06.637075
PMID:40093094
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research paper | 本文系统评估了单细胞多模态数据整合方法，用于构建全面的人类参考图谱 | 开发了可解释的机器学习工具scOMM，并系统评估了整合策略，提高了细胞类型识别和分辨率 | 研究主要关注肾脏皮层，可能不适用于所有复杂组织 | 评估单细胞多模态数据整合方法在构建人类参考图谱中的应用 | 119,744个高质量核/细胞，来自19名捐赠者的肾脏皮层 | single-cell analysis | NA | scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq | interpretable machine learning (scOMM) | single-cell multimodal data | 119,744个高质量核/细胞，来自19名捐赠者 |
| 2182 | 2025-03-25 |
Efficient count-based models improve power and robustness for large-scale single-cell eQTL mapping
2025-Mar-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.01.18.25320755
PMID:40093202
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research paper | 提出了一种名为jaxQTL的高效单细胞eQTL映射框架，用于分析大规模单细胞转录组数据 | jaxQTL使用高效的基于计数的模型，能够识别低表达eGenes，并提高了对远端eQTLs的检测能力 | 虽然jaxQTL提高了eQTL的检测能力，但尚未完全解决GWAS与eQTLs之间的缺失联系 | 开发一种高效的单细胞eQTL映射方法，以识别疾病相关的eQTLs | 单细胞转录组数据中的eQTLs | 生物信息学 | 类风湿性关节炎 | scRNA-seq | 负二项模型 | 单细胞转录组数据 | 982个样本 |
| 2183 | 2025-03-25 |
Asymmetric Histone Inheritance Regulates Differential Transcription Re-initiation and Cell Fate Decisions in Mouse Olfactory Horizontal Basal Cells
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.02.641101
PMID:40093102
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研究论文 | 本研究探讨了小鼠嗅觉上皮中细胞分裂模式和组蛋白遗传模式，揭示了不对称组蛋白遗传在成年干细胞谱系中的生物学意义 | 首次在哺乳动物成年干细胞谱系中发现不对称组蛋白遗传现象，并阐明其与组织再生和动物行为的关联 | 研究仅聚焦于小鼠嗅觉水平基底细胞，其他干细胞系统的适用性尚待验证 | 探索哺乳动物中表观遗传的机制及其在细胞命运决定中的作用 | 小鼠嗅觉上皮的水平基底细胞(HBCs) | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠嗅觉上皮组织 |
| 2184 | 2025-03-25 |
Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.04.640006
PMID:40093165
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研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，解码了果蝇腿部运动神经元回路的发育过程 | 开发了新型计算工具ConnectionMiner，首次实现了通过整合转录组和连接组数据来解析神经回路组装机制 | 研究仅针对果蝇腿部运动系统，结论在其他神经系统中的普适性有待验证 | 解析运动神经元回路在发育过程中如何建立连接 | 果蝇腿部运动神经元和前运动神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq)，电子显微镜连接组学 | ConnectionMiner(新型计算工具) | 基因表达数据，神经连接数据 | 多个时间点的果蝇腿部运动神经元单细胞数据 |
| 2185 | 2025-03-25 |
MOSim: bulk and single-cell multilayer regulatory network simulator
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf110
PMID:40116657
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research paper | 介绍了一个名为MOSim的R包，用于模拟批量（bulk）和单细胞（single-cell）多组学数据 | MOSim能够模拟多种组学数据（如RNA-seq、ATAC-seq等），并支持不同的实验设计，包括基因共表达模式、生物学重复和条件间差异表达 | 未明确提及具体限制 | 开发一个工具，用于生成真实且多样化的多组学数据集，以支持方法测试和基准测试 | 批量（bulk）和单细胞（single-cell）多组学数据 | machine learning | NA | RNA-seq, ATAC-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq | NA | multi-omics data | NA |
| 2186 | 2025-03-25 |
AttentionGRN: a functional and directed graph transformer for gene regulatory network reconstruction from scRNA-seq data
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf118
PMID:40116659
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研究论文 | 提出了一种基于图变换器的新型模型AttentionGRN，用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络 | 利用软编码增强模型表达能力，设计了面向GRN的消息聚合策略，以捕捉有向网络结构信息和功能信息 | NA | 提高从scRNA-seq数据中推断基因调控网络的准确性 | 基因调控网络（GRNs） | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 图变换器（graph transformer） | 单细胞RNA测序数据 | 88个数据集 |
| 2187 | 2025-03-25 |
Machine Learning-Based Glycolipid Metabolism Gene Signature Predicts Prognosis and Immune Landscape in Oesophageal Squamous Cell Carcinoma
2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70434
PMID:40119618
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research paper | 利用机器学习方法开发并验证了一种基于糖脂代谢相关基因的食管鳞状细胞癌预后模型 | 建立了一个稳健的15基因标志物，能有效将患者分为不同的风险组，并揭示了与免疫浸润模式的显著关联 | 研究依赖于TCGA和GEO数据集，可能受到数据来源的限制 | 预测食管鳞状细胞癌的预后并探索糖脂代谢与肿瘤免疫的关系 | 食管鳞状细胞癌患者 | machine learning | oesophageal squamous cell carcinoma | machine learning, single-cell RNA sequencing | NA | gene expression data | TCGA和GEO数据集中的样本 |
| 2188 | 2025-03-25 |
CITEgeist: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes for Guided Exploration of Intrinsic Spatial Trends
2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.15.638331
PMID:40027773
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研究论文 | 介绍了一种名为CITEgeist的新工具，该工具利用抗体捕获技术从同一组织切片中解卷积空间转录组数据 | CITEgeist通过直接利用同一组织切片的细胞表面蛋白测量，避免了依赖scRNA-seq参考的限制，提供了一种经济高效且生物学基础坚实的替代方案 | 未明确提及具体限制，但可能依赖于抗体捕获技术的可用性和质量 | 开发一种无需scRNA-seq参考的空间转录组数据解卷积方法 | 空间转录组数据，特别是密集肿瘤微环境中的细胞类型解析 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 抗体捕获技术，空间转录组学 | 数学优化模型 | 空间转录组数据 | 模拟数据和来自正在进行临床试验的ER+乳腺癌肿瘤的临床样本 |
| 2189 | 2025-03-25 |
Adenosine diphosphate stimulates VEGF-independent choroidal endothelial cell proliferation: A potential escape from anti-VEGF therapy
2025-Jan-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2418752122
PMID:39835893
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research paper | 研究探讨了腺苷二磷酸（ADP）对视网膜脉络膜内皮细胞（EC）增殖的刺激作用及其与抗VEGF疗法逃逸的潜在关联 | 首次发现ADP能独立于VEGF通路刺激视网膜脉络膜内皮细胞增殖，并揭示了P2Y1受体在这一过程中的关键作用 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探究组织特异性内皮细胞对普遍代谢物的血管功能响应机制 | 牛和人类眼源性内皮细胞（BCEC） | 分子生物学 | 视网膜脉络膜新生血管疾病 | 单细胞转录组学、生化纯化技术 | 小鼠脉络膜新生血管模型 | 基因表达数据、细胞增殖数据 | 未明确说明样本数量（使用牛/人眼源性EC和小鼠模型） |
| 2190 | 2025-03-25 |
Cloning and validating systems for high throughput molecular recording
2025, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2025.01.015
PMID:40121084
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research paper | 本文描述了用于构建分子记录谱系追踪系统的优化克隆和验证程序 | 利用CRISPR-Cas9条形码编辑技术在基因组整合的工程DNA盒中产生突变，通过单细胞RNA测序读取并生成高分辨率谱系树 | 未提及具体的技术限制或样本量不足的问题 | 开发和验证高通量分子记录技术，用于细胞历史信息的记录和存储 | 细胞谱系追踪系统 | 分子生物学 | NA | CRISPR-Cas9条形码编辑, 单细胞RNA测序 | NA | DNA序列, RNA序列 | 未提及具体样本数量 |
| 2191 | 2025-03-25 |
Proinflammatory immune cells disrupt angiogenesis and promote germinal matrix hemorrhage in prenatal human brain
2024-Nov, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01769-2
PMID:39349662
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research paper | 该研究揭示了产前人类大脑中促炎性免疫细胞如何破坏血管生成并促进生发基质出血的机制 | 首次展示了小胶质细胞与新生血管的年龄依赖性相互作用，并发现GMH患儿CD45细胞中活化的中性粒细胞和单核细胞通过产生促炎因子破坏血管完整性 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本的体外分析，需要进一步验证这些发现在活体人类大脑中的适用性 | 探究早产儿生发基质出血(GMH)的发病机制 | 产前小鼠和人类大脑组织、早产儿CD45免疫细胞 | 神经发育疾病研究 | 生发基质出血(GMH) | 单细胞转录组学、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 未明确说明样本数量，涉及小鼠模型和人类早产儿样本 |
| 2192 | 2025-03-25 |
Twin study identifies early immunological and metabolic dysregulation of CD8+ T cells in multiple sclerosis
2024-09-27, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adj8094
PMID:39331727
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体分析，比较了多发性硬化症（MS）患者及其同卵双胞胎的CD8+ T细胞克隆，揭示了MS早期免疫和代谢失调的特征 | 首次在MS患者及其同卵双胞胎中，通过单细胞分析揭示了CD8+ T细胞的免疫和代谢异常，为MS的早期诊断和治疗提供了新靶点 | 研究样本量有限，且主要基于同卵双胞胎，可能无法完全代表更广泛的人群 | 探讨CD8+ T细胞在多发性硬化症（MS）病理中的作用及其早期免疫和代谢变化 | 同卵双胞胎中的CD8+ T细胞克隆，包括血液和脑脊液样本 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 高通量单细胞RNA测序，单细胞T细胞受体分析 | NA | 单细胞RNA测序数据，T细胞受体数据 | 同卵双胞胎对及独立的MS患者验证队列 |
| 2193 | 2025-03-25 |
Targeting Fibroblast-Endothelial Interactions in LAM Pathogenesis: 3D Spheroid and Spatial Transcriptomic Insights for Therapeutic Innovation
2024-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.12.544372
PMID:37398026
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研究论文 | 本研究探讨了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）发病机制中成纤维细胞与内皮细胞的相互作用，并通过3D球体模型和空间转录组学提出了治疗创新 | 使用空间转录组学技术识别了与肌成纤维细胞相关的激酶信号通路基因簇，并验证了多激酶抑制剂sorafenib在减少LAMF-LEC球体侵袭中的效果优于Rapamycin | 研究主要基于体外3D球体模型，尚未进行体内实验验证 | 探索LAM发病机制中成纤维细胞-内皮细胞相互作用的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者的肺组织、原代LAM相关成纤维细胞（LAMFs）和淋巴管内皮细胞（LECs） | 分子病理学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 空间转录组学、3D共培养球体模型、激酶阵列分析 | 3D球体共培养模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 未明确说明样本数量（使用原代LAMFs和LECs） |
| 2194 | 2025-03-25 |
Circulating KLRG1+ long-lived effector memory T cells retain the flexibility to become tissue resident
2024-06-28, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adj8356
PMID:38941479
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research paper | 该研究揭示了KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染后能够进入非淋巴组织并建立驻留记忆的能力 | 发现KLRG1+长寿命效应细胞(LLECs)虽然不能分化为其他循环记忆群体，但仍保留进入组织并建立驻留记忆的灵活性 | 研究主要基于小鼠模型，人类KLRG1+ T细胞是否具有相同特性尚需验证 | 探究KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在二次感染中的行为特征和功能 | KLRG1+ CD8 T细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | 小鼠感染模型 | 基因表达数据 | NA |
| 2195 | 2025-03-25 |
Harmonized cross-species cell atlases of trigeminal and dorsal root ganglia
2024-Jun-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj9173
PMID:38905344
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研究论文 | 构建了跨物种的背根神经节和半月神经节细胞图谱，以促进不同研究和物种间细胞类型的比较 | 创建了一个协调的细胞图谱，涵盖了六个物种和31个数据集中的18种神经元和11种非神经元细胞类型，改进了稀疏神经元亚型的注释 | 研究中未明确指出样本量的具体限制，但跨物种比较可能存在生物学差异的挑战 | 比较不同物种间背根神经节和半月神经节细胞类型的转录组差异，为未来镇痛药物开发提供指导 | 背根神经节（DRG）和半月神经节（TG）的神经元和非神经元细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞/核RNA测序（scRNA-seq/snRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 六个物种的31个数据集，包括人类和蝾螈的DRG样本 |
| 2196 | 2025-03-25 |
Emerging measurements for tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer
2024-Jun-01, Japanese journal of clinical oncology
IF:1.9Q3
DOI:10.1093/jjco/hyae033
PMID:38521965
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review | 本文综述了乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法，从传统病理学方法到人工智能、流式细胞术和多组学分析等新技术 | 介绍了使用人工智能、流式细胞术和多组学分析等新技术评估肿瘤浸润淋巴细胞的方法 | 传统方法在标准化方面存在限制，且无法预测免疫检查点抑制剂的反应 | 探讨乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法及其在个性化医疗中的应用 | 乳腺癌中的肿瘤浸润淋巴细胞 | digital pathology | breast cancer | immunohistochemistry, flow cytometry, multi-omics analyses, single-cell analysis, spatial transcriptomics | NA | image, omics data | NA |
| 2197 | 2025-03-25 |
Integrated temporal transcriptional and epigenetic single-cell analysis reveals the intrarenal immune characteristics in an early-stage model of IgA nephropathy during its acute injury
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1405748
PMID:39493754
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研究论文 | 该研究通过纵向单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序，揭示了IgA肾病早期模型中肾内免疫细胞的动态变化及其与肾实质细胞的相互作用 | 首次在IgA肾病模型中结合scRNAseq和scATACseq技术，发现具有独特表观遗传特征的巨噬细胞亚群(Nlrp1b Mac)和早期效应T细胞亚群(CX3CR1-transTeff) | 研究仅基于小鼠模型，需要在人类样本中进一步验证 | 阐明IgA肾病急性损伤期肾内免疫细胞的动态变化特征 | IgA肾病小鼠模型中的CD45+免疫细胞和肾实质细胞 | 单细胞组学 | IgA肾病 | scRNAseq, scATACseq | 小鼠疾病模型 | 单细胞转录组数据、单细胞表观基因组数据 | 4-5只小鼠/组，共分析72304个单细胞转录组 |
| 2198 | 2025-03-25 |
Single-Cell and Population Transcriptomics Reveal Pan-epithelial Remodeling in Type 2-High Asthma
2020-07-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107872
PMID:32640237
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究IL-13对人呼吸道上皮细胞的影响，揭示了2型细胞因子高表达哮喘（T2H）中上皮细胞的全域重塑 | 发现IL-13在所有细胞类型中诱导了一种独特的转录状态，特别是诱导了所有细胞类型的黏液分泌程序，导致黏液和防御分泌细胞转化为具有新生黏蛋白产生和分泌的化生状态 | 研究主要基于体外细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂的环境 | 探究IL-13在2型细胞因子高表达哮喘中对上皮细胞的影响 | 人呼吸道上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2199 | 2025-03-24 |
Mini Review: Spatial Transcriptomics to Decode the Central Nervous System
2025-Mar-22, Toxicologic pathology
IF:1.4Q4
DOI:10.1177/01926233251325204
PMID:40119776
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综述 | 本文探讨了空间转录组学（ST）在解码中枢神经系统（CNS）中的作用，特别是在神经退行性疾病研究中的应用 | 空间转录组学通过提供空间分辨的基因表达数据，革新了我们对中枢神经系统的理解，特别是在神经退行性疾病中的应用 | 当前面临的挑战包括数据解释和分辨率的限制 | 探索空间转录组学在中枢神经系统研究中的影响，特别是在神经退行性疾病中的应用 | 中枢神经系统，特别是神经退行性疾病如阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化和肌萎缩侧索硬化症 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 空间转录组学（ST） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2200 | 2025-03-24 |
DARLIN mouse for in vivo lineage tracing at high efficiency and clonal diversity
2025-Mar-21, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01141-z
PMID:40119004
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DARLIN的小鼠模型，用于在体内进行高效且具有克隆多样性的谱系追踪 | DARLIN模型通过结合Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）来提高每个条形码阵列的编辑多样性，理论上可生成10个不同的谱系条形码，并在单细胞分析中恢复超过70%细胞的谱系条形码 | 需要熟悉测序文库生成和Linux操作，实验数据收集需要约1周时间，计算分析需要约1天时间 | 研究细胞在组织发育和稳态过程中的历史和动态 | 小鼠模型 | 生物信息学 | NA | Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT） | DARLIN小鼠模型 | 测序数据 | NA |