单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-05-09	Uncovering endothelial to mesenchymal transition drivers in atherosclerosis via multi-omics analysis 2025-Feb-17, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-025-04571-5 PMID:39956907	研究论文	通过多组学数据分析，识别动脉粥样硬化中内皮细胞向间充质细胞转化的驱动因子	整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和微阵列数据，识别出七个新的EndMT候选基因	研究依赖于公开数据集，实验验证仅限于qPCR分析	识别动脉粥样硬化中内皮细胞向间充质细胞转化的调控因子	人类斑块中的内皮细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列, qPCR, western blotting	NA	基因表达数据	公开数据集GSE159677、GSE118446和GSE56309
202	2025-05-09	Age-Associated B Cells in Autoimmune Diseases: Pathogenesis and Clinical Implications 2025-Feb-17, Clinical reviews in allergy & immunology IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s12016-025-09021-w PMID:39960645	review	本文综述了年龄相关B细胞（ABCs）在自身免疫疾病中的发病机制和临床意义	探讨了ABCs在自身免疫疾病中的多种功能及其作为预后、诊断和治疗靶点的潜力	需要进一步研究和验证ABC靶向治疗的有效性	研究ABCs在自身免疫疾病中的作用及其潜在治疗策略	年龄相关B细胞（ABCs）及其在自身免疫疾病中的功能	免疫学	自身免疫疾病	单细胞测序技术	NA	NA	NA
203	2025-05-09	A method for the identification of lactate metabolism-related prognostic biomarkers and its validations in non-small cell lung cancer 2025-Feb-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85620-z PMID:39962075	研究论文	本研究提出了一种识别乳酸代谢相关预后生物标志物的新方法，并在非小细胞肺癌中进行了验证	提出了一种结合Cox弹性网络回归与遗传算法（GA-EnCox）的新方法，用于预测预后并优化关键生物标志物的选择	现有方法构建的预后预测模型多基于单一模型，预后性能有限	研究乳酸代谢相关生物标志物及其对非小细胞肺癌患者预后的影响	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq	GA-EnCox	RNA-Seq数据	多个NSCLC队列数据
204	2025-05-09	Cooperative Hedgehog/GLI and JAK/STAT signaling drives immunosuppressive tryptophan/kynurenine metabolism via synergistic induction of IDO1 in skin cancer 2025-Feb-17, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02101-6 PMID:39962447	研究论文	本研究揭示了Hedgehog/GLI和JAK/STAT信号通路通过协同诱导IDO1驱动皮肤癌中免疫抑制性色氨酸/犬尿氨酸代谢的机制	首次发现IDO1作为GLI-STAT协同活性的靶基因，并揭示了其在皮肤癌免疫抑制中的作用	研究主要基于体外和部分临床样本分析，需要更多体内实验验证	探究HH-IL6信号通路是否通过激活免疫逃逸机制促进皮肤癌发展	基底细胞癌(BCC)和黑色素瘤	癌症生物学	皮肤癌	qPCR、Western blot、染色质免疫沉淀、亚硫酸氢盐焦磷酸测序、HPLC-MS、流式细胞术、RNA-seq分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、表观遗传数据、代谢物数据	人类BCC和黑色素瘤模型及患者样本
205	2025-05-09	Identification of pro-fibrotic cellular subpopulations in fascia of gluteal muscle contracture using single-cell RNA sequencing 2025-Feb-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05889-y PMID:39962491	研究论文	通过单细胞RNA测序技术识别臀肌挛缩症筋膜中的促纤维化细胞亚群	首次应用单细胞RNA测序技术研究深筋膜纤维化中的细胞异质性，并识别出两种促纤维化的巨噬细胞亚群SPP1 MP和ECM-like MP	研究仅针对臀肌挛缩症相关的纤维化筋膜，未涵盖其他类型的筋膜纤维化疾病	探究深筋膜纤维化的细胞机制及其在臀肌挛缩症等肌筋膜疾病中的作用	臀肌挛缩症患者的纤维化筋膜样本与非纤维化对照筋膜样本	数字病理学	臀肌挛缩症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但包括臀肌挛缩症患者的纤维化筋膜样本和非纤维化对照样本
206	2025-05-09	Radiogenomic method combining DNA methylation profiles and magnetic resonance imaging radiomics predicts patient prognosis in skull base chordoma 2025-Feb-17, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-025-01836-w PMID:39962547	研究论文	结合DNA甲基化谱和磁共振成像放射组学预测颅底脊索瘤患者预后的放射基因组学方法	首次将DNA甲基化谱与MRI放射组学特征结合，开发了一种非侵入性且方便的预后分类方法	样本量较小，尤其是验证队列中的患者数量有限	开发一种有效的预后分类方法以改善脊索瘤患者的康复和管理	颅底脊索瘤患者	数字病理学	脊索瘤	DNA甲基化分析、MRI放射组学、单细胞RNA测序	NA	DNA甲基化数据、MRI图像	40名患者的脊索瘤组织样本和122名患者的验证队列
207	2025-05-09	Identification and characterization of cell niches in tissue from spatial omics data at single-cell resolution 2025-Feb-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57029-9 PMID:39956823	研究论文	提出了一种名为scNiche的计算框架，用于从单细胞分辨率的空间组学数据中识别和表征细胞微环境	开发了scNiche框架，能够有效且稳健地识别细胞微环境，并在性能上优于现有方法	未提及具体局限性	解码组织中细胞微环境的特征、结构和功能	人类三阴性乳腺癌的空间蛋白质组学数据和小鼠肝脏的空间转录组学数据	空间组学	三阴性乳腺癌, 肝衰竭	空间组学数据, 单细胞分辨率	scNiche	空间蛋白质组学数据, 空间转录组学数据	未提及具体样本数量
208	2025-05-09	Integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq data to explore diverse cell death patterns and develop a programmed cell death-related relapse prediction model in pediatric B-ALL 2025-Feb-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86148-y PMID:39955305	研究论文	通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，探索儿童B-ALL中多样化的细胞死亡模式，并开发了一个与程序性细胞死亡相关的复发预测模型	识别了与复发相关的PCD模式，构建了包含七个关键PCD相关基因的复发预测模型，并验证了CDI模型在多个队列中的预测能力	研究主要基于RNA-seq数据，可能未涵盖所有潜在的PCD机制	探索儿童B-ALL中程序性细胞死亡（PCD）模式的多样性，并开发复发预测模型	儿童B-ALL患者	数字病理学	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）	bulk RNA-seq, scRNA-seq	Cox回归分析, CDI模型	RNA-seq数据	多个队列的儿童B-ALL患者数据
209	2025-05-09	Single-cell RNA sequencing identifies molecular biomarkers predicting late progression to CDK4/6 inhibition in patients with HR+/HER2- metastatic breast cancer 2025-Feb-15, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02226-9 PMID:39955556	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，识别预测HR+/HER2-转移性乳腺癌患者对CDK4/6抑制剂治疗晚期进展的分子生物标志物	首次在单细胞水平上揭示了CDK4/6抑制剂治疗响应与抵抗的分子特征，并鉴定了预测性生物标志物	样本来源局限于特定转移部位（肝、胸膜积液、腹水、骨），且样本量有限	探索预测HR+/HER2-转移性乳腺癌患者对CDK4/6抑制剂治疗反应的分子标志物	HR+/HER2-转移性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自HR+/HER2-转移性乳腺癌患者的转移性肿瘤样本（包括基线样本和疾病进展样本）
210	2025-05-09	Deconvolution and inference of spatial communication through optimization algorithm for spatial transcriptomics 2025-Feb-14, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07625-8 PMID:39948133	研究论文	提出了一种结合单细胞RNA测序信息和细胞间通讯的空间转录组学反卷积方法NODE	NODE方法结合了单细胞RNA测序数据和细胞间空间通讯信息，通过优化算法减少过拟合情况，并能推断空间通讯	未明确提及方法的计算复杂度或在大规模数据集上的适用性	开发能利用空间信息和细胞间通讯的空间转录组学反卷积算法	空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学	非负最小二乘优化算法	基因表达数据	四个数据集（未明确具体样本数量）
211	2025-05-09	Cryoablation-induced modulation of Treg cells and the TGF-β pathway in lung adenocarcinoma: implications for increased antitumor immunity 2025-Feb-14, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-03926-1 PMID:39948553	research paper	本研究探讨了冷冻消融对肺腺癌局部免疫微环境中调节性T细胞（Tregs）和TGF-β通路的影响，揭示了其通过抑制Tregs和激活抗肿瘤免疫的机制	首次通过单细胞测序和体内外实验验证冷冻消融通过TGF-β通路抑制Tregs并激活抗肿瘤免疫的新机制	研究样本量有限，且未涉及长期随访数据	探索冷冻消融对肺腺癌免疫微环境的调控机制及其对抗肿瘤免疫的影响	肺腺癌患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序、bulk RNA-seq、细胞冷冻消融和小鼠皮下肿瘤移植模型	小鼠皮下肿瘤移植模型	RNA测序数据、免疫细胞分析数据	未明确说明患者数量，涉及小鼠模型
212	2025-05-09	Interpretable AI for inference of causal molecular relationships from omics data 2025-Feb-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk0837 PMID:39951525	研究论文	本文提出了一种可解释的人工智能方法CIMLA，用于从组学数据中推断因果分子关系	在特定假设下，证明了流行的特征归因模型可以估计反映变量间直接影响的因果量，并基于此提出了基因调控关系的精确定义	方法依赖于特定假设，且在真实生物系统中的验证仍需进一步研究	解决从高维数据中发现分子关系的生物信息学难题，特别是不同生物条件下基因调控网络的差异	基因调控网络和阿尔茨海默病的潜在调控因子	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	CIMLA（基于机器学习和归因模型的反事实推理）	组学数据	已发表的单细胞RNA测序数据集（包含患病和非患病受试者）
213	2025-05-09	Chronic exposure to glucocorticoids amplifies inhibitory neuron cell fate during human neurodevelopment in organoids 2025-Feb-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn8631 PMID:39951527	研究论文	研究糖皮质激素长期暴露对人类神经发育过程中抑制性神经元命运的影响	首次在非引导的人类神经类器官中，结合单细胞转录组学和染色质可及性数据，揭示了糖皮质激素长期暴露对神经元谱系特化的影响	研究仅基于体外类器官模型，未涉及完整生物体水平的验证	探究环境因素（糖皮质激素暴露）对人类神经发育的分子和细胞水平影响	人类神经类器官	神经发育生物学	自闭症	单细胞转录组学、染色质可及性分析	人类神经类器官模型	单细胞基因表达数据、表观遗传数据	NA
214	2025-05-09	Dissecting the role of CAR signaling architectures on T cell activation and persistence using pooled screens and single-cell sequencing 2025-Feb-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp4008 PMID:39951542	研究论文	通过组合CAR信号域库、重复抗原刺激实验、池化筛选和单细胞测序，系统研究CAR信号结构对T细胞活化和持久性的影响	揭示了膜近端结构域在驱动T细胞表型中的主导作用，并发现CD40共刺激对培养强健和持久T细胞反应的关键作用	NA	理解CAR信号结构如何影响T细胞功能，以改进CAR T细胞治疗癌症的效果	CAR T细胞	生物医学工程	癌症	单细胞测序、池化筛选	NA	测序数据	NA
215	2025-05-09	Matrix mechano-sensing at the invasive front induces a cytoskeletal and transcriptional memory supporting metastasis 2025-Feb-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56299-7 PMID:39952917	research paper	研究探讨了细胞外基质（ECM）在肿瘤扩散中的作用，并识别了肿瘤体内、近端侵袭前沿和远端侵袭前沿三个区域的ECM组织特征	揭示了ECM组织在肿瘤侵袭和转移中的空间记忆机制，并发现了一种与多种肿瘤类型预后不良相关的机械炎症程序	研究主要基于体外模型和小鼠模型，人类样本的验证可能有限	探究ECM组织如何影响局部侵袭和远处转移	人类和小鼠肿瘤样本，以及体外培养的癌细胞	肿瘤生物学	肿瘤	空间转录组学	小鼠模型和体外模型	组织样本和转录组数据	人类和小鼠肿瘤样本，具体数量未明确说明
216	2025-05-09	Divergence in cellular markers observed in single-cell transcriptomics datasets between cultured primary trabecular meshwork cells and tissues 2025-Feb-14, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04528-5 PMID:39952952	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序比较了原代人类小梁网细胞培养物与组织之间的细胞标志物差异	首次报道了原代人类小梁网细胞培养物与组织之间的单细胞RNA测序比较，为细胞身份和可转化性提供了重要见解	研究样本量相对较小，且仅包括1-4代的培养细胞	研究小梁网细胞在体外培养和体内组织中的基因表达差异	原代人类小梁网细胞培养物和小梁网组织	单细胞转录组学	青光眼	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	14个原代人类小梁网体外培养样本(包括4个青光眼患者样本)
217	2025-05-09	Single-cell analysis identifies Ifi27l2a as a gene regulator of microglial inflammation in the context of aging and stroke in mice 2025-Feb-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56847-1 PMID:39953063	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，识别出Ifi27l2a作为小鼠衰老和脑卒中背景下小胶质细胞炎症的关键调控基因	首次揭示了Ifi27l2a在神经退行性疾病中的潜在作用，特别是在衰老和缺血性脑卒中背景下对小胶质细胞炎症的调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且未深入探讨Ifi27l2a调控炎症的具体分子机制	探索缺血性脑卒中病理过程中炎症调控的关键分子及其机制	年轻和老年小鼠脑组织、人类尸检脑样本	神经科学	缺血性脑卒中	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞培养、实验性脑卒中模型	小鼠脑卒中模型	RNA测序数据、组织样本	年轻和老年小鼠脑组织、人类尸检脑样本（具体数量未明确说明）
218	2025-05-09	B-cell signatures characterize the immune landscape and predict LUAD prognosis via the integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq 2025-Feb-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89213-8 PMID:39953119	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，揭示了B细胞在肺腺癌（LUAD）中的免疫景观特征及其对预后的预测作用	首次通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，识别B细胞相关差异表达基因（BRGs），并构建了一个预后风险模型，为LUAD患者的预后和免疫治疗提供了新视角	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数据质量的限制，且未进行实验验证	阐明B细胞在LUAD中的作用，并构建预后风险模型以预测患者生存和免疫治疗反应	肺腺癌（LUAD）患者及其B细胞特征	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, bulk RNA-seq, UMAP, LASSO	prognostic risk model	RNA-seq data	来自GEO数据库的GSE164983、GSE50081、GSE37745和GSE30219数据集，以及TCGA数据库的TCGA-LUAD数据集
219	2025-05-09	An integrated multi-omics analysis identifies protein biomarkers and potential drug targets for psoriatic arthritis 2025-Feb-14, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07698-5 PMID:39953266	research paper	该研究通过多组学方法识别了银屑病关节炎的蛋白质生物标志物和潜在药物靶点	首次通过蛋白质组范围的孟德尔随机化分析揭示了与银屑病关节炎显著相关的七种血浆蛋白生物标志物，并评估了其作为药物靶点的潜力	研究结果需要进一步的实验验证和临床转化	识别银屑病关节炎的生物标志物和治疗靶点	银屑病关节炎患者	生物医学研究	银屑病关节炎	多组学分析、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA-seq、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析、表型全基因组关联研究(PheWAS)	NA	蛋白质组数据、基因组数据、单细胞转录组数据	NA
220	2025-05-09	Role of CD4+ T cells in cancer immunity: a single-cell sequencing exploration of tumor microenvironment 2025-Feb-14, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06167-1 PMID:39953548	综述	本文通过单细胞测序技术探讨了CD4+ T细胞在肿瘤免疫微环境中的作用及其在肿瘤免疫治疗中的潜在应用	利用单细胞测序技术揭示了CD4+ T细胞在肿瘤微环境中的表型多样性和功能特异性，为肿瘤免疫治疗提供了新的靶点和策略	未提及具体实验样本量或研究对象的局限性	探讨CD4+ T细胞在肿瘤免疫微环境中的作用及其在肿瘤免疫治疗中的潜在应用	CD4+ T细胞及其在肿瘤微环境中的功能	肿瘤免疫学	癌症	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA