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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2026-06-13 |
Single-cell transcriptomics reveal heat shock protein dysregulation in severe SARS-CoV-2-associated pediatric encephalopathy
2026-Mar-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-41827-2
PMID:41772029
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示严重SARS-CoV-2相关儿童脑病中热休克蛋白的失调 | 首次在单细胞水平上发现热休克蛋白HSPA1A和HSPB1在严重SARS-CoV-2相关急性脑病中特异性上调,并验证其作为潜在生物标志物 | 样本量较小,仅包含一名严重患者和两名轻度患者,且未进行功能验证 | 探究SARS-CoV-2相关严重儿童脑病的致病机制 | 外周血单核细胞(PBMCs) | 单细胞转录组学 | SARS-CoV-2相关儿童脑病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 1例严重患者、2例轻度患者、1例非SARS-CoV-2发热惊厥患者及公开数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 202 | 2026-06-13 |
ANKRD1 sustains a neurogenic BMSC niche and counters cognitive aging
2026-Mar-01, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-026-00428-5
PMID:41764190
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示了ANKRD1在维持神经源性骨髓间充质干细胞龛及对抗认知衰老中的关键作用 | 首次发现ANKRD1作为维持神经源性龛的关键调控因子,并通过结合超级增强子维持染色质开放性,且通过神经元靶向递送可挽救衰老小鼠的空间记忆缺陷 | 未提及 | 阐明颅颌面骨髓间充质干细胞中神经源性潜能维持的机制及其对认知衰老的影响 | 颅颌面骨髓间充质干细胞(BMSCs)及其神经源干细胞龛 | 机器学习 | 老年疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 未提及具体样本量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 203 | 2026-06-13 |
Integrating feature selection with unsupervised deep embedding for clustering single-cell RNA-seq data
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag082
PMID:41766647
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研究论文 | 提出一个统一框架FSSC,将特征选择与无监督深度嵌入整合,用于单细胞RNA-seq数据的聚类 | 首次在单细胞RNA-seq聚类中联合优化特征选择与聚类损失,利用零膨胀负二项自编码器和组Lasso惩罚同步学习低维表示并选择判别性基因集 | 未提及计算复杂度或对大规模数据集的扩展性,可能依赖于模拟与真实数据集的验证范围 | 解决单细胞RNA-seq数据聚类中特征选择与聚类分离导致的次优问题,实现联合优化以提高聚类准确性和基因选择生物学意义 | 单细胞RNA-seq数据中的基因表达特征和细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 零膨胀负二项自编码器 | 基因表达数据 | 模拟和真实单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 204 | 2026-06-13 |
Exploring the phthalates-induced neurotoxicity mechanisms of neurodegenerative diseases via network toxicology, single-cell transcriptomics and molecular dynamic simulation
2026-Mar-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.119954
PMID:41780475
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研究论文 | 通过网络毒理学、单细胞转录组学和分子动力学模拟,探索邻苯二甲酸酯引起神经退行性疾病的神经毒性机制 | 首次结合网络毒理学、单细胞转录组学和分子动力学模拟,系统揭示邻苯二甲酸酯通过BCL2和星形胶质细胞表型转换诱发神经退行性疾病的机制 | 邻苯二甲酸酯与神经退行性疾病关联的临床样本数据有限,且主要基于帕金森病患者组织样本 | 探索邻苯二甲酸酯暴露与神经退行性疾病之间的潜在机制 | 邻苯二甲酸酯(特别是DEHP和DiBP)及其对血脑屏障、星形胶质细胞和神经退行性疾病的影响 | 机器学习 | 帕金森病、路易体病、阿尔茨海默病 | 网络毒理学、单细胞转录组学、分子动力学模拟、分子对接 | 诊断模型 | 单细胞转录组数据 | 帕金森病患者组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 205 | 2026-06-13 |
Developing a Metabolic-Associated Prognostic Index for Risk Stratification and Therapeutic Guidance in Stage I Lung Adenocarcinoma via Multiomics Analysis
2026-Mar, JCO precision oncology
IF:5.3Q1
DOI:10.1200/PO-25-00897
PMID:41771017
|
研究论文 | 通过多组学分析开发代谢相关预后指数,用于I期肺腺癌的风险分层和治疗指导 | 首次系统性地将代谢重编程与I期肺腺癌的预后关联,利用机器学习组合方法开发了代谢相关预后指数(MAPI),并在单细胞水平验证了其与恶性进展的关联 | 研究主要依赖公开数据库中的回顾性数据,且MAPI的临床应用尚需前瞻性队列验证 | 开发一个生物学可解释且临床适用的代谢相关预后指数,用于I期肺腺癌的风险分层和精准治疗决策 | I期肺腺癌肿瘤样本及临床数据 | 机器学习, 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 差异表达分析 | 机器学习组合模型 | 基因表达数据, 临床数据, 单细胞转录组数据 | 来自TCGA、GEO和EGA数据库的I期肺腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 206 | 2026-06-13 |
Mitochondrial and Ribosomal Stress Underlying Pronuclear Envelope Breakdown Failure: Insights From Single-Cell Transcriptomics in Human Zygotes
2026-Mar, Molecular reproduction and development
IF:2.7Q2
DOI:10.1002/mrd.70096
PMID:41787695
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析,揭示原核膜破裂失败的人类受精卵中线粒体与核糖体压力机制,并鉴定MT-ND1-RPL10A/RPL38轴作为评估ICSI胚胎质量的潜在分子标志物 | 首次从单细胞转录组水平揭示原核膜破裂失败中线粒体功能障碍与核糖体组装异常的协同机制,并发现MT-ND1-RPL10A/RPL38轴作为新的分子标志物 | 样本量较小且仅针对3PN对照受精卵,缺乏对正常发育胚胎的全面比较 | 阐明ICSI胚胎中PNEB失败的核心调控网络及其对早期发育的影响 | 人类受精卵(PNEB型2PN受精卵和3PN对照受精卵) | 机器学习和数字病理学 | 生育障碍 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 加权基因共表达网络分析(WGCMA)和最小绝对收缩与选择算子(LASSO) | 单细胞转录组数据 | 2PN和3PN受精卵样本 | 未明确提及 | 单细胞RNA-seq | 未明确提及 | 单细胞测序平台详细信息未提供 |
| 207 | 2026-06-13 |
Role of CTGF-LRP1 in impaired healing of cesarean section incisions
2026-Feb-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69747-9
PMID:41764198
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析剖宫产切口愈合不良的微环境,发现CTGF-LRP1通路在成纤维细胞功能障碍中的作用 | 首次在单细胞水平揭示剖宫产切口憩室(Niche)形成中LRP1缺陷导致成纤维细胞细胞外基质合成能力下降的机制,并验证重组人CTGF促进子宫肌层再生的治疗潜力 | 未提及具体限制,可能包括样本量有限(仅三个组织来源)及动物模型与人体差异的潜在影响 | 阐明剖宫产切口愈合不良的发病机制,特别是细胞和分子层面的缺陷 | 剖宫产切口组织(邻近肌层组织、愈合良好瘢痕组织、切口憩室组织),以及大鼠子宫瘢痕模型 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3组组织样本共135,793个细胞(邻近组48,587个、对照组47,653个、憩室组39,553个),30例愈合不良与30例愈合良好的组织染色 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 208 | 2026-06-13 |
GeneExt: a gene model extension tool for enhanced single-cell RNA-seq analysis
2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag094
PMID:41769841
|
研究论文 | GeneExt是一个利用单细胞RNA测序数据改进基因注释的工具,用于增强非模式物种的基因表达定量分析 | 首次提出利用单细胞RNA-seq数据来精修非模式物种的基因注释,特别是解决3'端注释不准确导致的定量问题 | 仅适用于3'端捕获的scRNA-seq方法,且主要针对非模式物种,在模式物种中的效果可能有限 | 改进非模式物种的基因注释,提升单细胞基因表达定量准确性 | 8个非模式生物的单细胞图谱数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 8个单细胞图谱数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 209 | 2026-06-13 |
STING activation induces polarized cytokine secretion of IFN-β and IL-17A promoting photoreceptor death and choroidal disruption in age-related macular degeneration
2026-Feb-27, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08491-w
PMID:41760600
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研究论文 | 揭示STING通路在年龄相关性黄斑变性中通过极化细胞因子分泌(IFN-β和IL-17A)促进感光细胞死亡和脉络膜破坏的机制 | 首次发现STING通路在AMD中具有双相、阶段依赖的功能(健康组织中起保护作用,早期AMD中驱动致病性炎症),并证明了通过空间组织化的炎症同时调控AMD多种病理过程的机制 | NA | 阐明STING通路在年龄相关性黄斑变性免疫介导的视网膜退化中的作用机制 | 人眼组织、患者来源的iPSC-RPE细胞、人视网膜类器官、Cryba1条件敲除小鼠模型、Il17a敲入小鼠模型、AAV2介导的IFN-β过表达模型、Cryba1/Sting双杂合小鼠 | 数字病理学 | 老年性疾病 | 免疫组织化学分析、单细胞转录组学、AAV2介导的基因过表达 | NA | 图像 | 人眼组织样本(数量未明确)、患者来源iPSC-RPE细胞系、小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 210 | 2026-06-13 |
Reconstructing single-cell resolution from spatial transcriptomics with CellRefiner
2026-Feb-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70090-2
PMID:41760664
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研究论文 | 提出一种名为CellRefiner的基于物理模型的方法,通过整合单细胞数据集与空间数据集,从非单细胞分辨率的空间转录组数据中重建单细胞分辨率 | 将细胞建模为受力的粒子,通过空间邻近约束、基因表达相似性和配体-受体相互作用优化细胞位置,实现空间转录组数据中单细胞分辨率的重建 | 未明确讨论对于大规模数据集的计算效率或潜在的系统性偏差 | 开发一种方法,从非单细胞分辨率的空间转录组数据中重建单细胞分辨率,以支持需要单个细胞分辨率和空间信息的下游分析 | 模拟和真实的空间转录组数据集,包括Visium、MERFISH、seqFISH、Slide-seqV2和STARmap数据,以及小鼠皮层和淋巴结组织 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学 | 物理模型 | 基因表达数据和空间坐标数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及模拟数据集和多个真实数据集(Visium、MERFISH、seqFISH、Slide-seqV2、STARmap) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台,以及其他平台如MERFISH、seqFISH、Slide-seqV2、STARmap |
| 211 | 2026-06-13 |
Extracellular vesicles conjugated with c(RGDyk) peptide targeting integrin αVβ3 repair optic nerve injury through YAP/TAZ and Smad2/3 signaling
2026-Feb-25, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1093/stcltm/szag006
PMID:41761675
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研究论文 | 本研究通过将间充质干细胞来源的细胞外囊泡与整合素αVβ3拮抗剂c(RGDyk)肽偶联,增强了其靶向性和修复功能,并研究了YAP/TAZ和Smad2/3信号通路在视神经损伤修复中的作用机制 | 首次利用c(RGDyk)肽修饰细胞外囊泡,靶向整合素αVβ3,通过单细胞RNA-seq分析揭示了YAP/TAZ和Smad2/3信号通路在视神经损伤修复中的调控机制 | 研究局限于体外和动物模型,尚未在人体临床试验中验证其疗效和安全性 | 开发增强型细胞外囊泡疗法,用于修复视神经损伤 | 间充质干细胞来源的细胞外囊泡修饰c(RGDyk)肽靶向整合素αVβ3 | 数字病理学 | 视神经损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | R28细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 212 | 2026-06-13 |
Canonical human blood dendritic cells are distinguished by robust E-selectin binding
2026-Feb-09, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf307
PMID:41764722
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研究论文 | 人类血液树突状细胞通过E-选择素结合的特征被区分 | 揭示了所有人类血液树突状细胞亚群均具有强E-选择素结合能力的统一特征,重新定义了该类免疫细胞的组织招募分子基础 | 单细胞RNA测序无法提供树突状细胞sLeX表达的关键化学酶效应物信息 | 探究人类血液树突状细胞与E-选择素结合的能力及其分子机制 | 人类血液树突状细胞 | 免疫学 | NA | 多参数流式细胞术, 生化分析, 转录本测量, 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 213 | 2026-06-13 |
TWEAK is increased in ulcerative colitis and contributes to fibroblast-mediated monocyte activation via heterologous non-canonical NF-kB/STAT3 signaling
2026-Feb-05, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjag012
PMID:41765035
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研究论文 | 研究揭示TWEAK在溃疡性结肠炎中升高,并通过非经典NF-κB/STAT3信号通路促进成纤维细胞介导的单核细胞活化 | 首次发现TWEAK处理的炎症成纤维细胞诱导的转录程序模拟UC早期单核/巨噬细胞中间体,并鉴定NIK激酶在成纤维细胞-单核细胞通讯中的关键作用 | 未详细说明体内验证实验和临床转化的具体障碍 | 阐明溃疡性结肠炎中成纤维细胞与单核细胞相互作用的机制及其失调机制 | TWEAK处理的结肠成纤维细胞、UC患者和健康供体的组织样本、单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 共培养模型、单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据、组织样本 | UC患者和健康供体的结肠活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 公共单细胞转录组数据 |
| 214 | 2026-06-13 |
Stereo-cell deciphers the spatial and functional heterogeneity of polyploid hepatocytes
2026-Jan-21, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag023
PMID:41770024
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研究论文 | 使用Stereo-cell空间分辨单细胞测序技术解析多倍体肝细胞的空间和功能异质性 | 开发了SCIPI技术流程,可精确识别6种核心肝细胞亚型,并揭示多倍体化增强肝细胞代谢活性 | 仅基于标题和摘要,未提及具体局限性 | 解析肝细胞倍性亚型间的转录组和功能异质性 | 小鼠肝细胞(二倍体、四倍体、八倍体等倍性亚型) | 单细胞转录组学 | NA | 空间分辨单细胞测序(Stereo-cell)、成像倍性鉴定(SCIPI) | NA | 单细胞转录组数据(基因表达谱) | 未明确提及样本数量 | NA | 空间分辨单细胞RNA测序 | Stereo-cell | 基于明场细胞轮廓识别、DAPI核面积和数量定量、UMI条形码单细胞转录组学的成像倍性鉴定技术 |
| 215 | 2026-06-13 |
7-Ketocholesterol promotes T cell migration through Ca2+-NFATc1 pathway-mediated F-actin polymerization and proinflammatory cytokine production in oral lichen planus
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1682589
PMID:41766904
|
研究论文 | 本研究通过代谢组学和单细胞RNA测序发现,7-酮胆固醇通过Ca2+-NFATc1通路促进口腔扁平苔藓中T细胞的F-肌动蛋白聚合和促炎细胞因子产生,从而增强T细胞迁移 | 首次揭示7-酮胆固醇在口腔扁平苔藓T细胞迁移中的促进作用及其通过Ca2+-NFATc1通路的分子机制 | 研究主要基于体外实验和临床样本分析,缺乏体内动物模型验证 | 阐明氧化固醇(特别是7-酮胆固醇)在口腔扁平苔藓发病机制中的作用 | 口腔扁平苔藓患者血浆中的氧化固醇、组织驻留T细胞以及外周T细胞 | 生物信息学, 分子生物学 | 口腔扁平苔藓 | 代谢组学, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光, qRT-PCR, Transwell迁移实验 | NA | 基因表达数据, 代谢物数据 | 口腔扁平苔藓患者血浆和组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 216 | 2026-06-13 |
Decoding the role of RPL38 in lung adenocarcinoma: a multi-omics approach
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1778481
PMID:41766901
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研究论文 | 通过多组学方法解码RPL38在肺腺癌中的作用 | 首次结合多组学分析(包括泛癌队列和空间转录组学)系统揭示RPL38在肺腺癌中的肿瘤促进功能及免疫抑制微环境关联 | 未提及具体局限性 | 阐明RPL38在肺腺癌发展中的功能和临床意义 | 肺腺癌细胞系及皮下异种移植模型 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq、空间转录组学 | NA | 转录组数据(TCGA数据库)、空间转录组数据 | TCGA-LUAD队列(样本数量未明确) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 217 | 2026-06-13 |
Increased secreted PLA2 in epithelial cells promotes the progression of chronic non-atrophic gastritis to chronic atrophic gastritis through the TGF-β signaling
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0343531
PMID:41779702
|
研究论文 | 研究上皮细胞中分泌型磷脂酶A2通过TGF-β信号促进慢性非萎缩性胃炎向慢性萎缩性胃炎进展的机制 | 首次发现PLA2G10在慢性胃炎进展中的关键作用,并揭示其通过TGF-β信号通路调控炎症反应 | 未提及明确局限性 | 探究PLA2G10是否通过TGF-β信号促进CNAG向CAG的进展 | 人胃黏膜上皮细胞(GES-1)和SD大鼠 | 数字病理学 | 胃炎 | RNA微阵列, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 图像 | SD大鼠(CNAG模型)和GES-1细胞系 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 218 | 2026-06-13 |
Integrating computational engines to identify TSPAN6 as a migrasome-associated target for immunotherapy sensitization
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1782717
PMID:41782878
|
研究论文 | 整合计算引擎鉴定TSPAN6为迁移体相关免疫治疗增敏靶点 | 首次发现迁移体相关蛋白TSPAN6在免疫治疗耐药中的关键作用,并通过大规模多组学数据、空间转录组学和药物筛选验证其作为治疗靶点的潜力 | 未明确 | 鉴定调控癌症免疫治疗的迁移体相关靶点 | TSPAN6蛋白及其在免疫治疗中作用的机制 | 机器学习 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、临床样本数据 | 来自17种肿瘤类型5957名患者,以及44名癌症患者的配对血清样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 219 | 2026-06-13 |
Single-cell sequencing reveals reversible glial remodeling in the visual cortex during visual deprivation and recovery
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1730619
PMID:41789061
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术揭示视觉剥夺与恢复过程中视觉皮层胶质细胞的可逆重塑动态变化 | 首次在单细胞水平上系统描绘了视觉剥夺与恢复过程中非神经元细胞(尤其是小胶质细胞和少突胶质细胞)的转录组动态变化,并揭示小胶质细胞-少突胶质细胞轴在皮层可塑性中的关键作用 | 基于豚鼠模型,结果向人类转化的普适性尚需验证;仅观察了短期恢复(1周),长期恢复效应未涉及 | 阐明视觉剥夺(形觉剥夺性近视)及恢复过程中视觉皮层非神经元细胞的动态变化及其功能角色 | 豚鼠初级视觉皮层中的非神经元细胞(小胶质细胞和少突胶质细胞) | 数字病理学 | 近视 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3组豚鼠:正常对照组、形觉剥夺组(单眼剥夺5周)、恢复组(剥夺4周+恢复1周) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 220 | 2026-06-13 |
Identification of FTO as a key m6A demethylase linking immune dysregulation to sepsis pathogenesis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1756059
PMID:41789088
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研究论文 | 通过综合生物信息学和实验分析,鉴定FTO作为关键m6A去甲基化酶,连接免疫失调与脓毒症发病机制 | 利用多种机器学习算法共识特征选择方法,首次鉴定FTO作为脓毒症的潜在诊断生物标志物,并揭示其在巨噬细胞极化和中性粒细胞炎症反应中的调控作用 | 未提及 | 鉴定脓毒症的潜在诊断生物标志物并阐明其分子机制 | 脓毒症患者与健康对照的转录组数据集、单细胞RNA测序数据、体外巨噬细胞和中性粒细胞模型 | 机器学习 | 脓毒症 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | LASSO, 机器学习算法 | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 5个公开数据集(GSE13904, GSE26440, GSE28750, GSE95233, GSE57065),包含脓毒症和健康对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |