单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-05-16	Spatial multi-omics: deciphering technological landscape of integration of multi-omics and its applications 2024-08-24, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01596-9 PMID:39182134	review	本文综述了空间多组学技术的发展及其在细胞生物学和人类疾病分子基础研究中的应用	探讨了空间多组学技术在解决单细胞测序空间信息丢失问题上的创新，以及其在揭示空间异质性、构建空间图谱和解码肿瘤免疫学中的空间串扰方面的贡献	NA	回顾多组学技术的当前进展，特别是其在过去十年中的演变和精进，包括通量、分辨率、模态整合和准确性的提升	基因组、转录组、蛋白组、代谢组和表观基因组的整合分析	生物信息学	癌症	空间多组学技术	NA	多组学数据	NA
202	2025-05-16	A single-cell and spatially resolved atlas of human osteosarcomas 2024-08-20, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01598-7 PMID:39164791	research paper	该研究通过单细胞和空间分辨转录组学分析，构建了人类骨肉瘤的细胞组成和组织结构图谱	揭示了骨肉瘤的细胞亚群特征、功能状态及其与化疗的关系，并发现了一个与化疗耐药相关的独特空间生态位	NA	深入理解骨肉瘤的细胞组成和组织结构，为靶向治疗提供基础	人类骨肉瘤	digital pathology	osteosarcoma	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
203	2025-05-16	The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on SARS-CoV-2 Disease, Viral Dynamics, and Antiviral Immune Response in a Nonhuman Primate Model of Coinfection 2024-07-21, Viruses DOI:10.3390/v16071173 PMID:39066335	研究论文	本研究探讨了SIV诱导的免疫缺陷对SARS-CoV-2疾病、病毒动态和抗病毒免疫反应的影响	首次在受控环境中直接评估慢性HIV感染相关免疫缺陷对COVID-19疾病和病毒持续性的影响	样本量较小（仅两只猪尾猕猴），可能影响结果的普遍性	研究免疫缺陷对SARS-CoV-2感染的影响	慢性感染SIVmac239的猪尾猕猴（PTMs）	病毒学	HIV/AIDS, COVID-19	单细胞RNA测序	非人灵长类动物模型	基因表达数据	两只SIV感染的猪尾猕猴和SIV未感染的对照
204	2025-05-16	Type I interferons induce an epigenetically distinct memory B cell subset in chronic viral infection 2024-05-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.03.016 PMID:38593796	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示了慢性病毒感染中记忆B细胞的一个独特亚群，该亚群富含干扰素刺激基因，并探讨了干扰素受体阻断对记忆B细胞表观遗传和表型的影响	发现了慢性病毒感染中一个富含干扰素刺激基因的记忆B细胞新亚群，并证明早期干扰素受体阻断可以改变记忆B细胞的表观遗传特征和表型	研究显示感染4周后的记忆B细胞对干预措施具有抵抗性，暗示存在关键的时间窗口限制	探究慢性病毒感染如何影响记忆B细胞的发育及其可逆性	记忆B细胞在急性和慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染中的差异	免疫学	慢性病毒感染	scATAC-seq, scRNA-seq	NA	单细胞测序数据	NA
205	2025-05-16	Protocol to analyze immune cells in the tumor microenvironment by transcriptome using machine learning 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102684 PMID:38219153	研究论文	提出了一种利用机器学习分析肿瘤微环境中免疫细胞的转录组协议	整合单细胞RNA测序数据，使用机器学习识别与免疫细胞浸润相关的基因，并探索这些基因在预后中的影响	未提及具体样本量或实验验证结果	分析肿瘤微环境中免疫细胞的转录组变化，寻找潜在药物靶点	肿瘤微环境中的免疫细胞	机器学习	癌症	scRNA-seq, 微阵列, bulk RNA-seq	机器学习	转录组数据	NA
206	2025-05-16	Transcription factor NFYa controls cardiomyocyte metabolism and proliferation during mouse fetal heart development 2023-12-18, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.012 PMID:37972593	研究论文	研究转录因子NFYa在小鼠胎儿心脏发育过程中对心肌细胞代谢和增殖的调控作用	揭示了NFYa在调控心脏代谢和增殖中的节点作用，以及其与辅因子SP2在转录水平上激活相关基因的新机制	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的验证	探究NFYa在胎儿心脏发育过程中对心肌细胞代谢和增殖的调控机制	小鼠胎儿心脏中的心肌细胞	发育生物学	心血管疾病	空间转录组分析和单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
207	2025-05-16	Protocol for isolation of signet ring cells from human gastric mucosa 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102695 PMID:37925632	研究论文	本文提出了一种从人类胃黏膜中分离印戒细胞的高活力悬浮液方案	提供了一种新的高活力印戒细胞悬浮液制备协议，适用于多种后续应用如免疫组化染色、流式细胞术和单细胞测序	未提及该方案在临床样本中的验证效果或适用范围	开发一种从胃黏膜组织中分离印戒细胞的标准化流程	人类胃黏膜组织中的印戒细胞	数字病理学	胃癌	免疫组化染色、流式细胞术、单细胞测序	NA	组织样本	未明确说明样本数量
208	2025-05-16	Protocol to combine brain sections from multiple mice into a single block for spatial transcriptomic analyses 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102617 PMID:37742175	研究论文	提出一种将多个小鼠大脑切片合并到单个空间转录组学载玻片上的协议	通过将不同大脑的海马区冷冻切片合并成单个冷冻块，减少了所需试剂的数量	NA	提高空间转录组学分析的样本处理效率并降低成本	小鼠大脑海马区切片	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据和空间标记	多个小鼠大脑切片
209	2025-05-16	Single-cell isolation from full-thickness human intestinal tissue resections for single-cell RNA sequencing 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102686 PMID:37925636	研究论文	本文提出了一种从全层肠道组织切除中分离单细胞的方案，用于单细胞RNA测序	开发了一种从全层肠道组织中分离单细胞的详细方案，包括预处理标本、分离固有层和肌肉层、红细胞裂解等步骤	未提及该方案的适用性限制或潜在问题	开发一种从全层肠道组织中分离单细胞的标准化方案	全层肠道组织切除样本	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序, 10× Chromium平台	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
210	2025-05-16	Protocol for multispectral imaging on cryosections to map myeloid cell heterogeneity in its spatial context 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102601 PMID:37742177	研究论文	提出了一种用于原位多光谱成像的协议，以绘制组织冷冻切片中髓系细胞异质性	结合多光谱成像技术，保留细胞和分子背景，同时识别细胞类型和亚群	需要参考Goossens等人的研究以获取完整执行细节	开发一种协议来映射髓系细胞在组织中的异质性	组织冷冻切片中的髓系细胞	数字病理学	NA	多光谱成像	NA	图像	NA
211	2025-05-16	Protocol for PPP1R15A-inhibited mouse model establishment with subcutaneous B16F1 tumor and single-cell analysis 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102616 PMID:37756156	研究论文	本文提出了一种建立PPP1R15A抑制小鼠模型的协议，用于探索Sephin1对B16F1皮下肿瘤抗肿瘤免疫的影响	使用单细胞转录组和TCR文库构建技术，整合表达和TCR数据，进行基因分化、调控网络和细胞间通讯分析	具体实验细节和操作步骤需参考Wang等人的完整研究	探索PPP1R15A抑制剂Sephin1对小鼠B16F1皮下肿瘤抗肿瘤免疫的影响	B16F1皮下肿瘤小鼠模型	生物医学研究	肿瘤	单细胞转录组测序、TCR测序	小鼠模型	测序数据	NA
212	2025-05-16	Protocol for isolating single cells from human pancreatic cancer tissues and analyzing major immune cell populations using flow cytometry 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102679 PMID:37910511	研究论文	本文提出了一种从人类胰腺癌组织中分离单细胞并使用流式细胞术分析主要免疫细胞群的方案	提供了一种详细的胰腺癌组织免疫细胞分离和分析流程，适用于单细胞RNA测序等相关研究	未提及样本量的具体信息，且依赖于Zhang等人(2023)的详细执行步骤	开发一种标准化流程用于胰腺癌免疫细胞研究	人类胰腺癌组织中的免疫细胞	数字病理学	胰腺癌	流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
213	2025-05-16	TimiGP: An R package to depict the tumor microenvironment from bulk transcriptomics 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102742 PMID:38019649	研究论文	介绍了一个名为TimiGP的R包，用于从批量转录组数据中描绘肿瘤微环境	开发了一个基于基因对的肿瘤免疫微环境分析工具，能够推断细胞间相互作用并揭示免疫细胞相对丰度与患者预后的关联	NA	探索肿瘤微环境中不同免疫细胞类型的临床相关性，以揭示癌症复杂性并开发治疗方法	肿瘤微环境中的免疫细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序，批量基因表达分析	NA	基因表达数据，生存数据	NA
214	2025-05-16	Protocol for nuclear dissociation of the adult C. elegans for single-nucleus RNA sequencing and its application for mapping environmental responses 2023-12-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102756 PMID:38043054	研究论文	介绍了一种用于成年秀丽隐杆线虫核分离的单核RNA测序（snRNA-seq）协议，并应用于酒精暴露环境下的转录组分析	提出了一种克服秀丽隐杆线虫单细胞RNA测序困难的单核RNA测序协议	未提及具体样本量或实验验证的局限性	开发适用于秀丽隐杆线虫的单核RNA测序方法，以研究外部刺激下的细胞反应	成年秀丽隐杆线虫	基因组学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
215	2025-05-16	Heterogeneous murine peribiliary glands orchestrate compartmentalized epithelial renewal 2023-12-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.10.004 PMID:37909044	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示了胆管外分支中腺体的异质性及其在胆管上皮更新中的作用	首次明确了胆管外腺体中不同位置胆管细胞的更新机制及其在组织维持中的作用	研究仅限于小鼠模型，人类胆管系统的可比性尚需验证	阐明胆管外分支上皮更新的细胞机制	小鼠胆管外分支腺体及其上皮细胞	细胞生物学	胆管疾病	无标记克隆命运追踪、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
216	2025-05-16	Neural plate progenitors give rise to both anterior and posterior pituitary cells 2023-12-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.018 PMID:37683631	research paper	该研究挑战了垂体腺细胞仅来源于非神经外胚层的传统观点，揭示了神经板前体细胞对垂体前后叶细胞的贡献以及垂体细胞间的相互作用	研究发现神经板前体细胞（斑马鱼her4.3+和小鼠Sox1+）不仅贡献于神经垂体细胞，还贡献于部分腺垂体细胞，揭示了垂体细胞分化的新机制	研究主要基于斑马鱼和小鼠模型，人类垂体发育是否遵循相同机制尚需验证	探究垂体细胞的起源和分化机制	斑马鱼和小鼠的垂体细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组学、遗传追踪	NA	基因表达数据	斑马鱼和小鼠垂体细胞
217	2025-05-16	Alpha-1 adrenergic signaling drives cardiac regeneration via extracellular matrix remodeling transcriptional program in zebrafish macrophages 2023-11-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.09.011 PMID:37875117	research paper	本文研究了α-1肾上腺素能信号通过调节斑马鱼巨噬细胞的细胞外基质重塑转录程序驱动心脏再生的机制	揭示了肾上腺素能信号通过巨噬细胞表型多样化和细胞外基质重塑转录程序调控心脏再生的新机制	研究仅基于斑马鱼模型，尚未在哺乳动物中进行验证	探究肾上腺素能信号在心脏修复中的作用机制	斑马鱼心脏巨噬细胞	心血管生物学	心血管疾病	单细胞转录组学	斑马鱼模型	转录组数据	NA
218	2025-05-16	The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on Clinical Manifestation, Immune Response, and Viral Dynamics in SARS-CoV-2 Coinfection 2023-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.15.567132 PMID:38014096	研究论文	本研究探讨了SIV诱导的免疫缺陷对SARS-CoV-2共感染的临床表现、免疫反应和病毒动态的影响	首次在控制环境下直接评估慢性HIV感染相关的免疫缺陷对COVID-19疾病和病毒持续性的影响	样本量较小（仅两只猪尾猕猴），且未观察到临床疾病迹象	评估免疫缺陷对SARS-CoV-2感染的影响	两只长期感染SIVmac239的猪尾猕猴（PTM）	免疫学	HIV感染和COVID-19	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	临床数据、病毒动力学数据和免疫反应数据	两只猪尾猕猴
219	2025-05-15	Integrated bioinformatics analysis identifies neutrophils and villous cytotrophoblasts infiltration characterized by BLC6 upregulation as associated with the co-occurrence of gestational diabetes mellitus and pre-eclampsia 2025-Dec, Hypertension in pregnancy IF:1.5Q4 DOI:10.1080/10641955.2025.2475814 PMID:40122115	研究论文	通过整合生物信息学分析，发现中性粒细胞和绒毛细胞滋养层细胞浸润以及BLC6上调与妊娠期糖尿病和先兆子痫的共现相关	首次鉴定出BCL6、DNAH9和SCG2作为妊娠期糖尿病和先兆子痫的共同枢纽基因，并发现BCL6在中性粒细胞和绒毛细胞滋养层细胞中的高表达	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	探究妊娠期糖尿病和先兆子痫共现的枢纽基因和通路	妊娠期糖尿病和先兆子痫患者	生物信息学	妊娠期糖尿病和先兆子痫	生物信息学分析、单细胞测序数据分析	回归模型、ROC分析	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集
220	2025-05-15	Faecalibacterium prausnitzii prevents age-related heart failure by suppressing ferroptosis in cardiomyocytes through butyrate-mediated LCN2 regulation 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2505119 PMID:40364435	研究论文	本研究探讨了老年肠道菌群变化与心力衰竭（HF）之间的潜在联系，发现Faecalibacterium prausnitzii及其代谢产物丁酸盐通过抑制心肌细胞铁死亡预防老年心力衰竭	首次揭示了老年肠道菌群失调通过铁死亡途径导致心力衰竭的机制，并发现Faecalibacterium prausnitzii及其代谢产物丁酸盐的治疗潜力	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索老年肠道菌群变化与心力衰竭的关系及其潜在治疗靶点	老年心力衰竭患者、衰老大鼠模型、心肌细胞	心血管疾病研究	心力衰竭	16S rRNA测序、PCR定量、单细胞测序、基因编辑技术	动物模型（大鼠）	测序数据、PCR数据、单细胞数据	公开可用的单细胞测序数据集、老年HF患者粪便样本、实验大鼠