单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28561 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-06-07 |
A Multimodal Spatial and Epigenomic Atlas of Human Adult Lung Topography
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655666
PMID:40475598
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research paper | 本文介绍了一个整合的多模态单核人类肺图谱（snHLA），通过分析来自11名健康成年人的746,047个细胞核，绘制了临床相关的远端气道、肺泡和间质的高分辨率参考图谱 | 整合了snRNA-seq和SNARE-seq2技术，同时分析了同一细胞核的染色质可及性和基因表达，识别了70个分子上不同的细胞群体和332,846个可及染色质区域，提出了新的转录调控因子 | 研究仅基于11名健康成年人的样本，可能无法完全代表所有人群的肺组织结构 | 开发高分辨率的肺疾病易感空间参考图谱，以减轻肺疾病的深远影响 | 人类肺组织的远端气道、肺泡和间质 | digital pathology | lung cancer | snRNA-seq, SNARE-seq2, MERFISH, 多重免疫荧光 | NA | 单核RNA测序数据、空间转录组数据、染色质可及性数据 | 746,047个细胞核，来自11名健康成年人的49个肺组织块 |
| 202 | 2025-06-07 |
Exploring the immune environment of glioblastoma through single-cell RNA sequencing in humanized mouse models
2025-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.17.654526
PMID:40475625
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研究论文 | 通过在人源化小鼠模型中进行单细胞RNA测序，探索胶质母细胞瘤的免疫环境 | 建立了一种独特的人源化胶质母细胞瘤小鼠模型，该模型利用患者来源的异种移植（PDXs）在人源化小鼠中，增强了肿瘤多样性并模拟了复发性人类胶质母细胞瘤的免疫细胞特征 | 研究中使用的免疫缺陷小鼠模型可能无法完全模拟人类免疫系统的复杂性 | 分析胶质母细胞瘤的肿瘤免疫景观并评估新疗法，特别是免疫疗法 | 人源化小鼠模型中的胶质母细胞瘤患者来源的异种移植（PDXs） | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学 | 人源化小鼠模型 | RNA测序数据、图像数据 | 两种免疫缺陷小鼠模型，使用人脐带血来源的CD34+造血干细胞祖细胞进行人源化 |
| 203 | 2025-06-07 |
3D organoids containing endothelial and neural cells generation by serial inductions of differentiation on human iPSC-derived embryoid bodies
2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.20.653559
PMID:40475416
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研究论文 | 通过在人iPSC衍生的胚胎体上连续诱导分化，生成包含内皮细胞和神经细胞的3D器官样体 | 开发了一种新型3D器官样体，同时包含神经细胞和内皮细胞，模拟了体内神经和内皮细胞的发育过程 | NA | 研究人脑发育和神经障碍中内皮细胞与神经细胞的相互作用 | 人iPSC衍生的胚胎体 | 数字病理学 | 神经障碍 | scRNA-Seq, RNA-Seq, siRNA处理 | 3D器官样体模型 | 基因表达数据 | NA |
| 204 | 2025-06-07 |
Mapping satellite glial cell heterogeneity reveals distinct spatial organization and signifies functional diversity in the dorsal root ganglion
2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654813
PMID:40475507
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research paper | 该研究首次全面描述了小鼠背根神经节（DRG）中卫星胶质细胞（SGCs）的异质性，并通过单细胞RNA测序、免疫组化和先进成像技术识别、验证并空间定位了不同的SGC亚群 | 首次在小鼠DRG中识别并空间定位了四种不同的SGC亚群，揭示了它们在感觉处理中的潜在功能多样性 | 研究主要基于小鼠模型，人类DRG的发现仅为初步观察，需要进一步验证 | 探索背根神经节中卫星胶质细胞的异质性及其功能意义 | 小鼠和人类背根神经节中的卫星胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序、免疫组化、杂交和先进成像技术 | NA | 基因表达数据和图像数据 | NA |
| 205 | 2025-06-07 |
Oncogenic drivers shape the tumor microenvironment in human gliomas
2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.654515
PMID:40475555
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研究论文 | 本文通过多组学和空间转录组学分析，研究了人类胶质瘤中致癌驱动因素对肿瘤微环境的影响 | 揭示了致癌基因扩增方式（线性染色体增益与ecDNA）如何塑造不同的肿瘤结构和转录动态，以及IDH突变型胶质瘤与胶质母细胞瘤在微环境中的差异 | 样本量相对较小（93个胶质瘤样本），且仅针对特定类型的胶质瘤进行了分析 | 探讨基因组改变如何影响胶质瘤微环境 | 人类胶质瘤（IDH突变型胶质瘤和IDH野生型胶质母细胞瘤） | 数字病理学 | 胶质瘤 | 全基因组测序、染色质构象捕获（Hi-C）、RNA-seq、单细胞空间转录组学（Xenium） | NA | 基因组数据、转录组数据、空间转录组数据 | 93个胶质瘤样本（来自69名患者，包括46个IDH突变型胶质瘤和47个IDH野生型胶质母细胞瘤） |
| 206 | 2025-06-07 |
Single-cell transcriptome of retinal myeloid cells in response to transplantation of human neurons reveals reversibility of microglial activation
2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.654622
PMID:40475635
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了视网膜髓系细胞在人类神经元移植后的反应，揭示了小胶质细胞激活的可逆性 | 首次展示了视网膜髓系细胞在移植后的双向激活轨迹，并发现其激活过程与神经退行性疾病中的小胶质细胞激活模式相似 | 研究仅观察了移植后3天的细胞反应，缺乏长期跟踪数据 | 探究视网膜髓系细胞在神经元移植后的激活机制及其异质性 | 视网膜小胶质细胞/巨噬细胞和移植的人类视网膜神经节细胞(RGC) | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 10X Genomics Chromium平台, RNA Velocity分析 | NA | 单细胞转录组数据, 免疫荧光图像 | 3-6月龄knock-in小鼠视网膜样本，每个样本最多10,000个活细胞用于测序 |
| 207 | 2025-06-07 |
Optimizing Single-Cell Long-Read Sequencing for Enhanced Isoform Detection in Pancreatic Islets
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651101
PMID:40475445
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研究论文 | 本研究优化了单细胞长读长测序协议，以提高胰腺胰岛中异构体的检测能力 | 优化了5'端文库制备协议，并展示了靶向胰岛素转录本耗竭策略在提高信息读长检测中的效用 | 技术挑战包括读长不足和较高的错误率 | 提高胰腺胰岛中异构体的检测能力，以更深入地了解转录组复杂性和细胞异质性 | 胰腺胰岛中的单细胞RNA测序 | 基因组学 | 糖尿病 | 单细胞长读长测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 208 | 2025-06-07 |
Efficient profiling of total RNA in single cells with STORM-seq
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.03.14.484332
PMID:40475517
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研究论文 | 介绍了一种名为STORM-seq的单细胞总RNA测序技术，能够高效检测非编码转录本和全长RNA覆盖 | STORM-seq是目前复杂度最高的单细胞RNA测序技术，能够准确测量转录异构体和临床相关基因融合，并重建转座因子的表达谱 | 需要标准实验室设备，可能对某些实验室实施存在限制 | 开发一种更高效、更全面的单细胞RNA测序技术 | 单细胞中的总RNA，包括非编码转录本和转录异构体 | 基因组学 | NA | scRNA-seq, STORM-seq | NA | RNA测序数据 | 人类输卵管上皮细胞 |
| 209 | 2025-06-07 |
Tacrolimus prolongs corneal allograft survival and prevents dendritic cell infiltration in a myeloid-derived suppressor cell-dependent manner
2025-May-19, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1016/j.ajt.2025.05.018
PMID:40398562
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研究论文 | 研究他克莫司（FK506）通过诱导髓源性抑制细胞（MDSC）抑制早期树突状细胞（DC）激活，从而延长角膜移植物存活的细胞机制 | 揭示了FK506通过MDSC依赖性方式抑制DC激活和免疫细胞浸润，从而延长角膜移植物存活的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证 | 探究FK506在角膜移植术后免疫抑制和移植物存活延长的细胞机制 | 小鼠角膜穿透性角膜移植模型 | 免疫学 | 角膜移植排斥 | 单细胞RNA测序分析、免疫荧光染色 | 小鼠模型 | 基因表达数据、图像数据 | 未明确说明小鼠数量 |
| 210 | 2025-06-07 |
Study on Liver Sinusoidal Endothelial Cell Fenestrations Based on Cellular Omics-Structure Integration Technology and Its Application in Metabolic Diseases
2025-May-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.653525
PMID:40475559
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研究论文 | 本研究开发了一种新的细胞组学-结构整合（COSI）技术平台，用于在单细胞水平同时获取基因表达谱和超分辨率细胞结构信息 | 开发了能够同时获取单细胞基因表达谱和超分辨率荧光图像的COSI技术平台，填补了现有空间组学和细胞生物学研究的空白 | 技术主要针对缺乏特定标记物的细胞结构研究，可能不适用于所有细胞类型 | 研究肝脏窦状内皮细胞窗孔形成机制及其在代谢疾病中的应用 | 肝脏窦状内皮细胞 | 细胞生物学 | 代谢疾病 | 单细胞转录组学、超分辨率荧光显微镜、电子显微镜、深度学习分辨率增强 | 深度学习 | 基因表达数据、荧光图像、电子显微镜图像 | 原发性肝脏窦状内皮细胞、非酒精性脂肪性肝炎（NASH）和糖尿病小鼠模型 |
| 211 | 2025-06-07 |
Reparative immunological consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease
2025-May-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-333558
PMID:39961646
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research paper | 该研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制 | 揭示了SCT主要通过影响肠道髓系谱系，恢复支持黏膜愈合的巨噬细胞，并发现了CD患者造血干细胞（HSCs）的功能异质性 | 样本量较小（n=19），且研究结果需要进一步验证 | 理解SCT后免疫系统如何重建，以及SCT是否可作为细胞疗法恢复适当的免疫细胞群 | 难治性克罗恩病（CD）患者 | 细胞疗法 | 克罗恩病 | CyTOF, scRNA-seq, 小鼠异种移植模型 | NA | 血液和肠道样本 | 19名难治性CD患者 |
| 212 | 2025-06-07 |
Stratifin is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury
2025-Apr-23, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521
PMID:40280276
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research paper | 该研究探讨了Stratifin（SFN）在胃急性损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生（SPEM）过程中的必要性 | 首次揭示了SFN通过调节EGFR/ERK信号通路在急性损伤后主细胞转分化为SPEM中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证 | 探究SFN在胃黏膜损伤后主细胞转分化和SPEM发展中的作用机制 | 小鼠胃主细胞和SPEM细胞 | 分子生物学 | 胃疾病 | 单细胞RNA测序，免疫组化 | Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型 | 基因表达数据，组织图像数据 | 使用Mist1CreERT2; LSL-tdTomato小鼠和Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型进行研究 |
| 213 | 2025-06-07 |
Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveal intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits
2025-Apr-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.02.012
PMID:40081369
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research paper | 该研究提出了一种结合成像空间转录组学和并行光学检测引导RNA的方法（Perturb-FISH），用于在单细胞分辨率下研究空间和功能生物学的遗传和分子关联 | Perturb-FISH方法首次将高度多路复用的单细胞转录组读数与光学筛选结合，揭示了细胞内、细胞间及功能转录回路 | NA | 开发一种新方法来研究空间和功能生物学的遗传和分子关联 | 培养的单核细胞、三维异种移植模型、人类诱导多能干细胞（hIPSC）星形胶质细胞 | 分子生物学 | 自闭症谱系障碍 | Perturb-FISH, 单细胞RNA测序（Perturb-seq） | NA | 转录组数据、光学成像数据 | NA |
| 214 | 2025-06-07 |
Thymic and T-cell intrinsic critical roles associated with severe combined immunodeficiency and Omenn syndrome due to a heterozygous variant (G201R) in PSMB10
2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1082
PMID:39734035
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research paper | 该研究对一名携带PSMB10杂合变体（G201R）的婴儿进行了免疫学和分子特征分析，揭示了该变体与严重联合免疫缺陷和Omenn综合征的关联 | 首次详细描述了PSMB10杂合变体（G201R）对免疫系统发育和功能的严重影响，包括对T细胞选择和多样性的影响 | 研究仅基于一名患者的数据，样本量较小，可能限制结论的普遍性 | 探讨PSMB10杂合变体（G201R）对免疫系统发育和功能的影响 | 一名携带PSMB10杂合变体（G201R）的婴儿 | 免疫学 | 严重联合免疫缺陷和Omenn综合征 | 流式细胞术、免疫印迹、人工胸腺器官培养、单细胞RNA测序 | NA | 分子和细胞数据 | 1名患者及其父母 |
| 215 | 2025-06-07 |
Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets
2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.038465
PMID:40094187
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研究论文 | 通过靶向单核RNA测序数据集探索人类脂肪组织中保守的亚群 | 定义了人类脂肪组织中的祖细胞群体，并测试了人类壁细胞的成脂潜能，揭示了人类脂肪细胞群体与小鼠的不同 | 研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证 | 分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群体并测试其成脂潜能 | 人类脂肪组织中的壁细胞（包括周细胞和平滑肌细胞） | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色 | NA | RNA测序数据、图像数据 | 人类脂肪组织样本（包括血管周围、棕色和白色脂肪组织） |
| 216 | 2025-06-07 |
Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.04.640006
PMID:40093165
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，解码了果蝇腿部运动神经元回路的发育过程 | 开发了新型计算工具ConnectionMiner，整合scRNAseq和连接组数据，揭示了转录因子和细胞粘附分子在运动神经元分子多样性中的作用 | 研究仅针对果蝇腿部运动系统，结果在其他生物系统中的普适性有待验证 | 解析运动神经元回路在发育过程中的建立机制 | 果蝇腿部运动神经元和前运动神经元 | 神经科学 | NA | scRNAseq, 电子显微镜 | ConnectionMiner | 基因表达数据, 连接组数据 | 多个时间点的果蝇腿部运动神经元 |
| 217 | 2025-06-07 |
Identification of Causal Plasma Proteins in Hepatocellular Carcinoma via Two-Sample Mendelian Randomization and Integrative Transcriptomic‒Proteomic Analysis
2025-03-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0553
PMID:39991825
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研究论文 | 通过双样本孟德尔随机化和整合转录组-蛋白质组分析，识别与肝细胞癌（HCC）有因果关系的血浆蛋白 | 利用UK Biobank Pharma Proteomics Project的大规模血浆蛋白质组数据，结合孟德尔随机化方法，识别出7种与HCC有潜在因果关系的血浆蛋白，并通过单细胞RNA测序数据和分子对接验证了这些蛋白的潜在药物靶点 | 研究依赖于现有数据库的数据，可能受限于样本量和数据覆盖范围 | 识别肝细胞癌的早期诊断和治疗靶点 | 肝细胞癌（HCC）患者和潜在的血浆蛋白标志物 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 双样本孟德尔随机化（MR）、整合转录组-蛋白质组分析、单细胞RNA测序、分子对接 | NA | 蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据 | UK Biobank Pharma Proteomics Project的蛋白质组数据及单细胞数据集GSE166635 |
| 218 | 2025-06-07 |
transCAE: Enhancing Cell Type Annotation in Single-cell RNA-seq Data with Transfer Learning and Convolutional Autoencoder
2025-Feb-15, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.168936
PMID:39798891
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research paper | 该论文提出了一种名为transCAE的算法，通过结合迁移学习和卷积自编码器来提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性 | transCAE算法整合了无监督降维和有监督细胞类型分类，充分利用参考和查询数据集的信息，显著提高了分类准确性并有效缓解了批次效应 | 算法的性能仍然依赖于参考数据集的质量，且在处理多平台数据时可能仍面临挑战 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 卷积自编码器(CAE)结合迁移学习 | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量，但涉及多个参考和查询数据集 |
| 219 | 2025-06-07 |
Unveiling patterns in spatial transcriptomics data: a novel approach utilizing graph attention autoencoder and multiscale deep subspace clustering network
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae103
PMID:39804726
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研究论文 | 本文提出了一种名为STMSGAL的新框架，用于分析空间转录组数据，结合了图注意力自编码器和多尺度深度子空间聚类 | STMSGAL框架通过构建细胞类型感知的共享最近邻图(ctaSNN)和使用图注意力自编码器及多尺度深度子空间聚类，显著提高了空间转录组数据的分析能力 | NA | 提高空间转录组数据的分析能力，以更好地理解组织结构和生物功能 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 空间转录组学(ST) | 图注意力自编码器(Graph Attention Autoencoder), 多尺度深度子空间聚类网络(Multiscale Deep Subspace Clustering Network) | 空间转录组数据 | 4个10x Genomics Visium数据集, 1个小鼠视觉皮层STARmap数据集, 2个Stereo-seq小鼠胚胎数据集 |
| 220 | 2025-06-07 |
Characterisation of macrophages in healthy and diseased livers in mice: identification of necrotic lesion-associated macrophages
2025, eGastroenterology
DOI:10.1136/egastro-2025-100189
PMID:40212045
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研究论文 | 本研究通过多重免疫荧光染色、高级图像分析和单细胞RNA测序技术，对小鼠健康和病变肝脏中的巨噬细胞进行了详细表征 | 发现坏死病变相关巨噬细胞亚群，并揭示其在坏死病灶清除中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，人类肝脏中的情况可能有所不同 | 探究健康和病变肝脏中巨噬细胞的异质性、空间分布及与其他细胞的相互作用 | 小鼠肝脏中的Kupffer细胞和单核来源巨噬细胞 | 免疫学 | 肝病 | 多重免疫荧光染色、高级图像分析、scRNA-seq | 小鼠模型 | 图像数据、基因表达数据 | 未明确说明样本数量，使用健康和ConA处理的小鼠肝脏 |