单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-09-06	A Multimodal Spatial and Epigenomic Atlas of Human Adult Lung Topography 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655666 PMID:40475598	研究论文	构建了一个整合多模态单核人类肺图谱，涵盖健康成人肺部的空间和表观基因组特征	首次通过整合snRNA-seq和SNARE-seq2技术，在单核水平同时分析染色质可及性和基因表达，并利用空间转录组学技术MERFISH精确定位细胞亚型	研究仅基于11名健康成年人样本，样本多样性可能有限	开发高分辨率的人类肺部空间参考图谱，以研究肺部疾病的发病机制	人类成人肺部组织，特别是远端气道、肺泡和间质区域	数字病理学	肺部疾病	snRNA-seq, SNARE-seq2, MERFISH, 多重免疫荧光	NA	基因组数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据	49个肺组织块，746,047个细胞核，来自11名健康成年人
202	2025-09-06	Antiviral CD4 + T and myeloid cell responses to influenza vaccines are attenuated in older adults 2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.30.651528 PMID:40654992	研究论文	研究揭示老年人对流感疫苗的CD4+ T细胞和髓系细胞抗病毒反应减弱	通过单细胞转录组学发现老年人T辅助细胞和髓系细胞中干扰素转录特征减弱，并首次提出针对髓系细胞反应定制疫苗的必要性	研究主要基于体外和离体实验，需要进一步体内验证；样本规模和多样性未明确说明	探究不同年龄群体对流感疫苗的B细胞、CD4+ T细胞和髓系细胞免疫反应差异	老年人和年轻成年人的免疫细胞对流感疫苗抗原的反应	免疫学	老年性疾病	单细胞转录组学、体外和离体实验	NA	人类样本数据、转录组数据	NA
203	2025-09-06	Adhesion-Related Pathways and Functional Polarization of Astrocytes in Traumatic Brain Injury: Insights from Single-cell RNA Sequencing 2025-04-27, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-025-08858-w PMID:40287916	研究论文	通过单细胞RNA测序分析创伤性脑损伤后星形胶质细胞的功能异质性和粘附相关通路的调控作用	首次在TBI模型中系统识别星形胶质细胞A1/A2亚型的功能分化轨迹，并揭示细胞粘附通路在功能极化中的关键调控作用	研究基于小鼠模型，人类TBI中的适用性需要进一步验证	解析创伤性脑损伤后星形胶质细胞的功能异质性及其调控机制	小鼠皮层和海马区的星形胶质细胞	生物信息学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	伪时间轨迹分析	基因表达数据	创伤性脑损伤小鼠模型的皮层和海马组织样本
204	2025-09-06	Stable isotope tracing in human plasma-like medium reveals metabolic and immune modulation of the glioblastoma microenvironment 2025-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.29.542774 PMID:37398280	研究论文	开发并验证了一种使用人血浆样培养基和稳定同位素示踪技术，在体外研究胶质母细胞瘤微环境中代谢与免疫相互作用的新方法	首次将人血浆样培养基（HPLM）与稳定同位素示踪技术结合，在保留肿瘤微环境完整性的条件下研究胶质瘤代谢	体外模型仍可能无法完全模拟体内复杂的微环境条件	研究胶质母细胞瘤微环境中的代谢特征和免疫代谢串扰	人胶质瘤外植体和胶质瘤干细胞样细胞系	癌症代谢研究	胶质母细胞瘤	稳定同位素示踪技术（15N2-谷氨酰胺示踪）、空间转录组学	体外细胞培养模型	代谢组学数据、转录组学数据	人IDH野生型胶质母细胞瘤外植体和胶质瘤干细胞系
205	2025-09-06	scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution 2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.19.613754 PMID:39345504	研究论文	提出首个从DNA序列建模单细胞分辨率多模态基因组谱的框架scooby	首次实现单细胞分辨率下从序列直接预测scRNA-seq和scATAC-seq谱，引入细胞特异性解码器并利用预训练基础模型Borzoi	NA	构建能够捕捉细胞异质性的基因调控统一模型	单细胞多模态基因组数据（scRNA-seq和scATAC-seq）	基因组学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 多模态基因组分析	基于Borzoi的深度学习框架	基因组序列数据，单细胞多组学数据	造血系统数据集（具体样本量未明确说明）
206	2025-09-06	A Phase I Clinical Trial Adding OX40 Agonism to In Situ Therapeutic Cancer Vaccination in Patients with Low-Grade B-cell Lymphoma Highlights Challenges in Translation from Mouse to Human Studies 2025-Mar-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2770 PMID:39745391	临床试验	本研究评估了在低级别B细胞淋巴瘤患者中，将OX40激动剂加入原位癌症疫苗疗法的安全性和初步疗效	首次在人体试验中测试OX40激动剂与TLR9激动剂SD101及低剂量放疗的联合疗法，并揭示了临床前模型与人类研究间的转化挑战	样本量较小（14例患者），临床效果不如单独使用TLR9激动剂和放疗，且存在T细胞亚群异质性和可溶性OX40的复杂生物学效应	测试OX40激动剂联合TLR9激动剂和低剂量放疗在低级别B细胞淋巴瘤患者中的安全性和疗效	低级别B细胞淋巴瘤患者	肿瘤免疫治疗	淋巴瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	临床数据、分子生物学数据	14例患者
207	2025-09-06	Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.05.592608 PMID:38766132	研究论文	提出基于Transformer的自监督工作流CellTransformer，用于小鼠大脑空间转录组数据的细粒度区域发现	开发新型编码器-解码器架构CellTransformer，能够分层学习组织特征并发现数百个未标注脑区	NA	解决器官级空间转录组数据分析中的关键瓶颈，实现可扩展的自我监督空间域检测	小鼠大脑组织	空间转录组学	NA	MERFISH, Slide-seqV2, 空间转录组学	Transformer, 编码器-解码器架构	空间转录组数据	四个个体小鼠的900万个细胞，跨越200多个组织切片
208	2025-09-06	Annexin A's Life in Pan-Cancer: Especially in Glioma Immune Cells 2025-02-26, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08827-9 PMID:40011350	研究论文	本研究通过整合多组学数据，全面评估ANXA2和ANXA4在泛癌及胶质瘤中的表达模式、功能影响及与免疫细胞的关联	首次通过单细胞测序分析揭示ANXA2和ANXA4在GBM中主要由M2巨噬细胞表达，并发现其表达水平与巨噬细胞和CD4+静止记忆T细胞存在强相关性	分析工具之间存在不一致性，凸显了需要采用多种方法准确识别差异表达基因的必要性	探究Annexin A家族在癌症特别是胶质瘤免疫细胞中的预后意义和功能作用	多种癌症类型，特别关注胶质母细胞瘤(GBM)和低级别胶质瘤	生物信息学	胶质瘤	多组学数据分析、单细胞测序分析、差异表达基因鉴定、生存分析、共表达研究	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞测序数据	基于TCGA数据库的泛癌样本和胶质瘤样本
209	2025-09-06	Single-cell and spatial transcriptomics reveal a stress-induced EMT-like epithelial subset driving immune activation in silica-injured lung 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1609616 PMID:40547038	研究论文	结合单细胞和空间转录组学揭示二氧化硅损伤肺中应激诱导的EMT样上皮亚群驱动免疫激活	发现了一个新型的应激诱导上皮亚群C0，具有混合表型，通过特定信号通路驱动免疫细胞招募和激活	研究基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证	探究慢性损伤过程中肺上皮细胞调控免疫应答的机制	二氧化硅暴露的小鼠肺部上皮细胞	数字病理学	肺病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据, 空间定位数据	二氧化硅暴露56天的小鼠肺部样本
210	2025-09-06	Supervised Gromov-Wasserstein Optimal Transport with Metric-Preserving Constraints 2025, SIAM journal on mathematics of data science IF:1.9Q1 DOI:10.1137/24m1630499 PMID:40893388	研究论文	提出一种带度量保持约束的监督Gromov-Wasserstein最优传输方法，扩展了传统GW框架并应用于单细胞RNA测序数据对齐	在Gromov-Wasserstein最优传输中引入无穷大成本张量条目，通过求解最小顶点覆盖问题实现高阶约束到耦合矩阵约束的转换	NA	开发一种能够控制距离保持程度的监督最优传输方法，用于部分重叠数据集的对齐	合成数据集和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	监督Gromov-Wasserstein最优传输，mirror-C下降迭代	数值数据，基因表达数据	NA
211	2025-09-06	Machine Learning-Derived Neddylation Gene Signature for Predicting Prognosis and Immunotherapy Benefits in Colorectal Cancer 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S532644 PMID:40894303	研究论文	通过机器学习开发neddylation相关基因标签，用于预测结直肠癌患者的预后和免疫治疗反应	首次结合单细胞RNA测序和十种机器学习算法构建neddylation相关基因标签，并系统分析其与免疫微环境和治疗反应的关系	需要进一步验证	探索neddylation在结直肠癌中的作用并开发预后预测模型	结直肠癌患者	机器学习	结直肠癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习算法	多种机器学习算法组合	基因表达数据	来自TISCH、TCGA和GEO数据库的结直肠癌样本
212	2025-09-06	Cellular interactions and Ion channel signatures in atrial fibrillation remodeling: insights from single-cell analysis and machine learning 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1615574 PMID:40894480	研究论文	通过单细胞分析和机器学习探究心房颤动中心肌细胞相互作用和离子通道特征	首次结合单细胞RNA测序与机器学习算法（LASSO和SVM）系统揭示AF结构重塑中的细胞亚型分化轨迹及离子通道标志物ANO1/GRIK2	研究样本量有限，未进行实验验证预测的药物靶向效果	阐明心房颤动结构重塑和电重塑的细胞分子机制	心房颤动患者和窦性心律对照者的心房成纤维细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 机器学习(LASSO/SVM), GO/KEGG/GSEA富集分析	LASSO, SVM	单细胞转录组数据，微阵列数据	未明确样本数量（AF患者与SR对照组心房成纤维细胞）
213	2025-09-06	eQTL and multi-omics integration reveal PPIH as a prognostic and immunotherapeutic biomarker 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1647722 PMID:40895540	研究论文	通过整合多组学数据识别PPIH作为跨癌种的预后和免疫治疗生物标志物	首次通过孟德尔随机化整合eQTL与GWAS数据，结合单细胞转录组分析揭示PPIH在肿瘤微环境中的新功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅局限于肝癌细胞系	系统识别跨癌种生物标志物并评估其临床应用潜力	多癌种患者数据（食管腺癌、胃癌、肾透明细胞癌等）及肝癌细胞系	生物信息学	多癌种（泛癌）	孟德尔随机化、多组学整合分析、单细胞转录组测序、体外实验	NA	基因组、转录组、单细胞数据	多种癌症类型的GWAS和eQTL汇总统计数据，具体样本量未明确说明
214	2025-09-06	A fusion ORF3a-E subgenomic RNA involved in SARS-CoV-2 infection efficacy by influencing cellular protein synthesis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1619538 PMID:40895568	研究论文	本文发现SARS-CoV-2的一种新型亚基因组RNA（ORF3a-E-sgRNA）通过调控细胞蛋白合成影响病毒感染效率	首次鉴定出同时编码ORF3a和E蛋白的融合型亚基因组RNA，并揭示其通过促进核糖体蛋白RPS3表达增强病毒翻译能力的机制	NA	探究SARS-CoV-2亚基因组RNA在病毒感染过程中的功能机制	SARS-CoV-2病毒及其感染的16HBE人支气管上皮细胞系	病毒学	COVID-19	单细胞测序	NA	RNA测序数据	SARS-CoV-2感染的细胞系（未注明具体样本数量）
215	2025-09-06	The osteosarcoma immune microenvironment in progression: PLEK as a prognostic biomarker and therapeutic target 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1651858 PMID:40895569	研究论文	本研究通过多组学分析发现PLEK是骨肉瘤中与免疫浸润和代谢重编程相关的关键预后生物标志物和潜在治疗靶点	首次将PLEK鉴定为骨肉瘤免疫微环境中的核心调控枢纽，并揭示其在连接免疫应答与代谢重编程中的双重功能	研究主要基于回顾性数据分析，实验验证仅限于体外模型，缺乏体内功能验证和临床前瞻性研究	识别骨肉瘤中的免疫代谢生物标志物，并探讨PLEK在肿瘤微环境中的调控作用	骨肉瘤组织样本、肿瘤浸润免疫细胞（特别是巨噬细胞）、TCGA/GTEx数据库转录组数据	肿瘤免疫学	骨肉瘤	RNA-seq、单细胞RNA-seq、qRT-PCR、Western blot、siRNA敲低、细胞共培养	蛋白相互作用网络分析、GO/KEGG富集分析、CytoHubba算法	转录组数据、单细胞测序数据、蛋白质表达数据	多个骨肉瘤转录组数据集（含TCGA/GTEx数据）和单细胞RNA-seq数据集（GSE162454），实验验证使用临床OS样本
216	2025-09-06	Targeting macrophages and ion homeostasis in T2D: new genes and therapeutic pathways identified 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1514243 PMID:40895573	研究论文	通过单细胞RNA测序和机器学习探索2型糖尿病中巨噬细胞特异性基因表达与异常血单价无机阳离子浓度相关基因的交叉作用，识别关键基因和潜在治疗靶点	整合scRNA-seq与机器学习方法，首次系统鉴定巨噬细胞与离子稳态相关基因（ABRGs）在T2D中的交叉作用网络，并揭示STAT3和特定miRNA的核心调控作用	样本量有限（44例患者），且仅为观察性研究，需进一步实验验证机制	识别2型糖尿病的新型基因标志物和治疗靶点	2型糖尿病患者的胰岛细胞（27例非糖尿病患者和17例T2D患者）	生物信息学	2型糖尿病	scRNA-seq, 机器学习, ssGSEA, 免疫反应富集分析（IREA）	GBM（梯度提升机）	单细胞RNA测序数据	44例人类胰岛样本（27 ND + 17 T2D）
217	2025-09-06	Transcriptomic features of immune inflammation and neural plasticity associated with early neurological improvement in acute ischemic stroke patients with large vessel occlusion 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1581758 PMID:40896336	研究论文	本研究通过转录组分析探讨大血管闭塞性急性缺血性卒中患者早期神经功能改善的外周血mRNA特征及机制	首次揭示ENI组存在免疫激活与神经可塑性抑制的动态平衡，发现NOD样受体/Toll样受体等新型信号通路关联	样本量较小（仅20例患者），回顾性研究设计可能存在选择偏倚	探究血管内取栓后早期神经功能改善的分子机制以指导个体化治疗	大血管闭塞性急性缺血性卒中患者	生物信息学	脑血管疾病	mRNA转录组测序、生物信息分析、蛋白质互作网络分析	NA	转录组数据	20例患者（13例ENI组，7例非ENI组）
218	2025-09-06	Marker genes reveal dynamic features of cell evolving processes 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf185 PMID:40896714	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据揭示细胞演化过程中标记基因的动态特征	发现关键基因在分支点前后呈现不同的统计特征和表达模式，并揭示调控强度、爆发大小和频率沿伪时间轨迹的变化规律	NA	揭示细胞命运决定过程中动态特征并补充现有标记基因筛选方法	小鼠胚胎细胞、小鼠胚胎成纤维细胞、人类骨髓和肠道类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	四个单细胞RNA测序数据集
219	2025-09-06	Natural killer cell subpopulations in the peripheral blood of single ventricle/hypoplastic left heart syndrome patients via single-cell RNA sequencing 2025, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.3389/ebm.2025.10524 PMID:40893145	研究论文	通过单细胞RNA测序分析单心室/左心发育不全综合征患者外周血中的自然杀伤细胞亚群	发现两个新的NK细胞亚群，这些亚群无法通过传统scRNA-seq流程或流式细胞术检测，并揭示了与免疫应答异质性和应激适应相关的独特基因表达谱	样本量较小（仅3例患者和3例健康对照），且使用去标识化样本可能限制临床相关性分析	探究SV/HLHS患者NK细胞的免疫学特征及其在疾病并发症中的作用	单心室/左心发育不全综合征患者和健康对照者的外周血单个核细胞中的自然杀伤细胞	免疫学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	3例SV/HLHS患者和3例健康对照的PBMC样本
220	2025-09-06	Silencing RPL11 attenuates acute kidney injury by suppressing tubular apoptosis and macrophage-driven inflammation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1642446 PMID:40895534	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，揭示核糖体蛋白RPL11在急性肾损伤（AKI）中的关键作用及其机制	首次发现RPL11作为AKI核心调控因子，并开发了肾脏靶向纳米干预技术沉默RPL11	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床转化需进一步验证	探究RPL11在急性肾损伤发病机制中的作用并开发治疗策略	小鼠肾脏组织、HK-2人肾小管上皮细胞系	分子病理学	急性肾损伤	scRNA-seq, RNA-seq, siRNA转染, Western blotting, qPCR, 流式细胞术	NA	基因组数据、蛋白质数据、细胞成像数据	小鼠AKI模型和HK-2细胞模型（具体数量未明确说明）