单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28482 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-06-05 |
PML1-Mediated Feedforward Loop Through PI3K and MAPK Axes Drives Endocrine Resistance
2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.15.653365
PMID:40463196
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研究论文 | 该研究揭示了PML1通过PI3K和MAPK信号轴驱动的正反馈环路在雌激素受体阳性乳腺癌内分泌抵抗中的作用 | 首次发现PML1蛋白是克服内分泌抵抗的关键治疗靶点，并阐明了其通过PI3K/MAPK信号轴形成正反馈环路的分子机制 | 研究主要基于细胞实验和部分临床样本分析，尚未进行大规模临床试验验证 | 探索雌激素受体阳性乳腺癌内分泌抵抗的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 雌激素受体阳性乳腺癌细胞及内分泌治疗耐药机制 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | scRNA-seq分析、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质水平数据 | 多种内分泌治疗耐药细胞系（包括4-羟基他莫昔芬、氟维司群、elacestrant和CDK4/6抑制剂耐药细胞） |
| 202 | 2025-06-05 |
Drug and Single-Cell Gene Expression Integration Identifies Sensitive and Resistant Glioblastoma Cell Populations
2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.15.654044
PMID:40462892
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研究论文 | 开发了一个名为ISOSCELES的新框架，用于量化胶质母细胞瘤(GBM)细胞对药物的敏感性和耐药性景观 | 提出了ISOSCELES框架，整合单细胞基因表达和L1000表达特征，预测不同GBM细胞状态对治疗的敏感性和耐药性 | NA | 识别GBM中敏感和耐药的细胞群体，以促进GBM治疗开发 | 胶质母细胞瘤(GBM)肿瘤细胞 | 数字病理 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 新诊断和复发的GBM肿瘤样本 |
| 203 | 2025-06-05 |
Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy
2025-May-14, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842
PMID:40187353
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研究论文 | 通过单细胞元分析揭示T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联 | 首次在六种癌症类型中大规模分析T细胞克隆的动态变化，发现响应与非响应患者之间CD8克隆扩增的显著差异，并揭示了克隆转录状态与患者反应之间的联系 | 研究样本量虽大但仅涵盖六种癌症类型，可能无法代表所有癌症类型的T细胞反应 | 探究T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联 | T细胞克隆 | 免疫治疗 | 癌症 | 单细胞RNA测序/T细胞受体测序 | NA | 单细胞测序数据 | 460个样本中的767,606个T细胞，涵盖六种癌症类型 |
| 204 | 2025-06-05 |
Mapping Inherited Genetic Variation with Opposite Effects on Autoimmune Disease and Four Cancer Types Identifies Candidate Drug Targets Associated with the Anti-Tumor Immune Response
2025-May-14, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16050575
PMID:40428397
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research paper | 该研究通过基因组关联研究（GWAS）和功能基因组分析，识别出与自身免疫/自身炎症性疾病和四种癌症风险相反的遗传变异，并提出了可能的癌症免疫治疗靶点 | 首次系统地搜索具有自身免疫疾病和癌症风险相反效应的遗传变异，并识别出五个可能的癌症免疫治疗靶点基因 | 研究依赖于GWAS数据，可能受到样本选择和统计方法的限制，且功能验证尚未在实验中进行 | 识别与自身免疫疾病和癌症风险相反的遗传变异，以发现潜在的癌症免疫治疗靶点 | 乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌患者及自身免疫/自身炎症性疾病患者 | genetics | breast cancer, prostate cancer, ovarian cancer, endometrial cancer, autoimmune/autoinflammatory diseases | GWAS, RNA-Seq, single-cell RNA-Seq | NA | genomic data, RNA-Seq data | 240,540 癌症病例/317,000 对照, 112,631 自身免疫病例/895,386 对照 |
| 205 | 2025-06-05 |
Sex-dependent effects of peptidylarginine deiminases on neutrophil function and long-term outcomes after spinal cord injury
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652924
PMID:40463031
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research paper | 研究肽基精氨酸脱亚胺酶（PADs）对脊髓损伤后中性粒细胞功能及长期恢复的性别依赖性影响 | 首次描述了脊髓损伤后PAD介导的中性粒细胞功能中的性别差异，并强调了在临床前研究中纳入两性的重要性 | 未观察到PAD4缺失对运动恢复的影响，仅观察到对组织保留的性别依赖性效应 | 探讨PADs在脊髓损伤恢复中的作用及其性别差异 | 小鼠模型中的中性粒细胞功能及脊髓损伤后的恢复情况 | 神经科学 | 脊髓损伤 | scRNA-seq | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和公开的scRNA-seq数据 |
| 206 | 2025-06-05 |
Atlas-scale metabolic activities inferred from single-cell and spatial transcriptomics
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.09.653038
PMID:40463045
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research paper | 该研究提出了scCellFie，一个从人类和小鼠的单细胞及空间转录组数据推断代谢活动的计算框架 | 开发了一个可扩展的计算工具箱scCellFie，用于从转录组数据中提取可解释的代谢功能，并生成了跨人类器官的综合代谢图谱 | 方法依赖于转录组数据间接推断代谢活动，而非直接测量 | 通过计算框架推断单细胞和空间分辨率的代谢活动 | 人类和小鼠的单细胞及空间转录组数据 | computational biology | endometriosis, endometrial carcinoma | single-cell and spatial transcriptomics | scCellFie | transcriptomic data | 约3000万个细胞图谱 |
| 207 | 2025-06-05 |
In situ profiling of plasma cell clonality with image-based single-cell transcriptomics
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.09.653118
PMID:40463110
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research paper | 该文章介绍了一种名为BCR-MERFISH的新技术，用于在组织中原位分析浆细胞的克隆性，并结合转录组分析 | 提出了BCR-MERFISH技术，能够基于V基因使用情况区分浆细胞克隆，并结合转录组分析，填补了现有方法在适应性免疫中功能变异定义的空白 | NA | 开发一种新技术以在组织中原位分析浆细胞的克隆性，并研究其在免疫学问题中的应用 | 浆细胞 | 免疫学 | NA | BCR-MERFISH（B细胞受体多重误差稳健荧光原位杂交） | NA | 单细胞转录组数据 | 细胞培养和小鼠模型 |
| 208 | 2025-06-05 |
Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652873
PMID:40463189
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研究论文 | 本研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果，发现两者在运动恢复和组织病理学上相似，但在特定细胞亚群上存在差异 | 首次对中老年小鼠脊髓损伤后的转录组学变化进行了全面研究，揭示了年龄相关的细胞亚群差异 | 研究仅比较了年轻和中老年两个年龄段，未涵盖更广泛的年龄范围 | 探究年龄对脊髓损伤后病理生物学反应的影响 | 年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠 | 分子病理学 | 脊髓损伤 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 年轻和中老年小鼠群体(具体数量未提及) |
| 209 | 2025-06-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals distinct senotypes and a quiescence-senescence continuum at the transcriptome level following chemotherapy
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.13.653730
PMID:40463227
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示了化疗后转录组水平上不同的衰老类型和静止-衰老连续体 | 结合时间推移成像和单细胞RNA测序技术，区分了静止和衰老状态，并识别了多种衰老类型及其相关通路 | 研究仅基于etoposide处理后的细胞，可能不适用于其他化疗药物 | 区分化疗后细胞静止和衰老状态，并探索其转录组特征 | 化疗处理后的细胞 | 单细胞测序 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 时间推移成像 | NA | 转录组数据, 图像数据 | NA |
| 210 | 2025-06-05 |
Popari: Modeling multisample variation in spatial transcriptomics
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652741
PMID:40462963
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research paper | 介绍了一种名为Popari的概率图模型，用于多样本空间转录组数据的因子分解，以捕捉空间组织的条件特异性变化 | Popari模型通过差异先验和空间下采样技术，实现了多分辨率的层次分析，能够联合学习空间元基因及其在样本间的空间亲和性 | NA | 开发一个通用的、可解释的框架来分析多样本空间转录组数据中的变异 | 多样本空间转录组数据 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病（AD）、卵巢癌 | 空间转录组学技术（SRT） | 概率图模型 | 空间转录组数据 | 多个样本，包括小鼠大脑（STARmap PLUS）、胸腺（Slide-TCR-seq）和卵巢癌（CosMx）数据 |
| 211 | 2025-06-05 |
Pseudoassembly of k-mers
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.11.653354
PMID:40463286
|
research paper | 介绍了一种通过彩色de Bruijn图识别基因组序列变异的方法 | 提出了一种名为klue的程序，能够将k-mer组装成与变异感知的伪对齐扩展兼容的序列 | NA | 识别基因组序列中的变异 | 小鼠黑色素瘤模型的单细胞RNA-seq数据 | genomics | melanoma | single-cell RNA-seq | colored de Bruijn graphs | genomic sequences | NA |
| 212 | 2025-06-05 |
CellTypeAgent: Trustworthy cell type annotation with Large Language Models
2025-May-13, ArXiv
PMID:40463689
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research paper | 介绍了一种名为CellTypeAgent的可信大语言模型代理，用于单细胞RNA测序分析中的细胞类型注释 | 结合大语言模型与相关数据库验证，提高了细胞类型注释的准确性并减少了幻觉现象 | NA | 提高单细胞RNA测序分析中细胞类型注释的效率和可靠性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 大语言模型(LLM) | RNA测序数据 | 9个真实数据集，涉及36个组织的303种细胞类型 |
| 213 | 2025-06-05 |
Bridging Large Language Models and Single-Cell Transcriptomics in Dissecting Selective Motor Neuron Vulnerability
2025-May-12, ArXiv
PMID:40463696
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研究论文 | 提出了一种利用大型语言模型（LLMs）和NCBI基因数据库的基因特异性文本注释生成生物上下文细胞嵌入的新框架 | 通过结合单细胞RNA测序数据和基因描述文本，利用LLMs生成语义丰富的细胞嵌入表示，为细胞类型聚类和细胞脆弱性分析提供更可解释的方法 | NA | 解决计算生物学中通过单细胞水平测序数据理解细胞身份和功能的关键挑战 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的细胞 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | OpenAI text-embedding-ada-002, text-embedding-3-small, text-embedding-3-large, BioBERT, SciBERT | 基因表达数据和文本数据 | NA |
| 214 | 2025-06-05 |
Klf9 promotes the repair of myocardial infarction by regulating macrophage recruitment and polarization
2025-May-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.187072
PMID:40198141
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研究论文 | 研究揭示了Klf9通过调节巨噬细胞招募和极化促进心肌梗死后修复的机制 | 首次揭示了Klf9通过调控IFN-γ/STAT1信号通路影响巨噬细胞表型和功能，从而促进心肌梗死后修复 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证 | 探究Klf9在心肌梗死后巨噬细胞表型和功能调控中的作用 | 心肌梗死小鼠模型和巨噬细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 野生型和Klf9敲除小鼠 |
| 215 | 2025-06-05 |
The brain-body circuit mediates acute stress-induced antiinflammatory reflex in bacterial cystitis by suppressing ILC2 activation
2025-May-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.189362
PMID:40100274
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研究论文 | 本研究揭示了急性应激通过脑-体回路抑制ILC2细胞激活，从而在细菌性膀胱炎中产生抗炎反射的机制 | 首次发现急性应激通过PVN脑区激活抑制ILC2细胞的促炎因子表达，揭示了脑-体回路在UTI治疗中的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床验证 | 探究心理应激如何通过脑-体回路调节膀胱感染的免疫反应 | 小鼠UTI模型中的PVN神经元和ILC2细胞 | 神经免疫学 | 尿路感染/膀胱炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq),逆行标记技术 | 动物模型(小鼠) | 基因表达数据 | 未明确说明数量的小鼠UTI模型 |
| 216 | 2025-06-05 |
Target Screening and Single Cell Analysis of Diabetic Retinopathy and Hepatocarcinoma
2025-May, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70521
PMID:40293350
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析筛选糖尿病视网膜病变（DR）和肝细胞癌（HCC）之间的共享基因和通路，以揭示潜在的治疗靶点 | 首次将铁蛋白吞噬相关基因（FRHG）与DR和HCC联系起来，并利用机器学习模型验证了这些关键枢纽基因的诊断效能 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探索DR和HCC之间的共同病理调控通路和潜在治疗靶点 | 糖尿病视网膜病变（DR）和肝细胞癌（HCC） | 生物信息学 | 糖尿病视网膜病变和肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | GEO数据集GSM7494113（HCC）、GSE209872和GSE160306（大鼠视网膜） |
| 217 | 2025-06-05 |
A Robust Kernel-Based Workflow for Niche Trajectory Analysis
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401199
PMID:40411819
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研究论文 | 提出了一种基于核的稳健工作流程，用于生态位轨迹分析，以模拟组织微环境的空间连续变化 | 提出了一种新的基于核的策略，将生态位的结构组成建模为基因表达空间中的连续函数，无需细胞类型注释 | NA | 克服现有生态位轨迹分析方法的局限性，提高稳健性和准确性 | 组织微环境 | 空间转录组学 | NA | 核方法 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 218 | 2025-06-05 |
The deubiquitinase OTUD3 plays a neuroprotective role by reducing ferroptosis induced by cerebral ischaemia reperfusion via stabilizing PLK1 via deubiquitination
2025-May, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70347
PMID:40462502
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研究论文 | 本文探讨了去泛素化酶OTUD3通过稳定PLK1表达，减少脑缺血再灌注诱导的铁死亡，从而发挥神经保护作用的机制 | 首次阐明OTUD3通过去泛素化PLK1调节PI3K/AKT通路并抑制铁死亡，在脑缺血/再灌注损伤中发挥神经保护作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床中进行验证 | 探究OTUD3在脑缺血再灌注损伤中的神经保护机制 | 小鼠神经元、脑组织及原代皮质神经元 | 神经科学 | 脑缺血再灌注损伤 | 共免疫沉淀-质谱分析、单细胞测序、氧糖剥夺模型 | 小鼠脑缺血再灌注模型 | 分子生物学数据、行为学数据 | 小鼠模型及原代神经元培养 |
| 219 | 2025-06-05 |
SpaMask: Dual masking graph autoencoder with contrastive learning for spatial transcriptomics
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012881
PMID:40179332
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research paper | 提出了一种名为SpaMask的双重掩码图自编码器结合对比学习方法，用于空间转录组数据分析 | SpaMask通过同时掩码部分节点和边，结合MGAE和MGCL模块，提升了模型的性能和鲁棒性 | 未明确提及具体局限性 | 提升空间转录组数据中空间域表征的准确性和鲁棒性 | 空间转录组数据 | digital pathology | NA | spatial resolved transcriptomics (SRT) | GNN, Masked Graph Autoencoders (MGAE), Masked Graph Contrastive Learning (MGCL) | 基因表达数据 | 五个不同平台的八个数据集 |
| 220 | 2025-06-05 |
[Mechanism of Quanduzhong Capsules in treating knee osteoarthritis from perspective of spatial heterogeneity]
2025-Apr, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组数据挖掘和动物实验验证，系统表征了全杜仲胶囊对膝骨关节炎软骨病变的靶向作用，并阐明了相关分子机制 | 首次从空间异质性角度揭示了全杜仲胶囊在膝骨关节炎病理软骨区域的空间特异性靶向作用和保护机制 | 研究主要基于大鼠模型和有限的空间转录组数据集，临床转化需要进一步验证 | 阐明全杜仲胶囊治疗膝骨关节炎的作用机制 | SD大鼠膝骨关节炎模型和临床膝骨关节炎患者的软骨组织 | 生物医学 | 膝骨关节炎 | 空间转录组学、HE染色、免疫组化 | 动物模型 | 空间转录组数据、病理图像数据 | SD大鼠模型和GSE254844数据集中的临床样本 |