单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-10-01	Endothelial POFUT1 controls injury-induced liver fibrosis by repressing fibrinogen synthesis 2024-07, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.032 PMID:38460791	研究论文	本研究揭示了内皮细胞POFUT1通过抑制纤维蛋白原合成来调控损伤诱导的肝纤维化的新机制	首次发现POFUT1通过NOTCH/HES1/STAT3信号通路抑制纤维蛋白原表达，并鉴定纤维蛋白原作为驱动肝纤维化的新型旁分泌信号	研究主要基于小鼠模型，临床相关性分析依赖于现有单细胞RNA测序数据集	探究肝窦内皮细胞表达的POFUT1在肝纤维化中的作用机制	内皮特异性Pofut1基因敲除小鼠、肝窦内皮细胞(LSECs)、肝星状细胞(HSCs)、肝硬化患者样本	分子病理学	肝纤维化/肝硬化	RNA测序、qPCR、蛋白质印迹、ELISA、组织学分析、电子显微镜、免疫染色、RNA原位杂交	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织学图像	内皮特异性Pofut1敲除小鼠模型，肝硬化患者和健康个体的肝单细胞RNA测序数据集
202	2025-10-01	Van Gogh-like 2 is essential for the architectural patterning of the mammalian biliary tree 2024-07, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.030 PMID:38460794	研究论文	本研究揭示了平面细胞极性蛋白VANGL2在哺乳动物胆道系统结构模式形成中的关键作用	首次发现VANGL2通过调控细胞间接触形成和肌动蛋白细胞骨架极化来协调胆管形态发生	生化信号与导管模式形成之间的具体联系机制仍需进一步阐明	阐明胆管板从简单上皮细胞片转化为复杂连接胆管系统的机制	小鼠胚胎肝脏、胆道上皮细胞、胆管器官样模型	发育生物学	肝胆疾病	单细胞RNA测序、遗传学工具、器官样模型	NA	基因表达数据、显微图像数据	胚胎小鼠肝脏样本
203	2025-10-01	Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness 2024-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.10.574997 PMID:38260455	研究论文	本研究通过表观基因组分析发现了一类新型机械敏感基因组增强子，这些增强子能够响应细胞外基质硬度调控基因表达	首次识别出专门响应机械微环境的基因组增强子类别——机械增强子，并证明通过表观遗传编辑可以重编程细胞对机械环境的响应	机械增强子在各种细胞类型和组织环境中的普遍性及具体作用机制仍需进一步研究	探索机械微环境如何通过表观遗传机制精确调控细胞转录和表型	细胞对细胞外基质硬度的响应机制	表观遗传学	NA	全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑、单细胞RNA-seq CRISPR筛选	NA	基因组表观遗传数据、单细胞转录组数据	NA
204	2025-10-01	Leveraging single-cell transcriptomic data to uncover immune suppressive cancer cell subsets in triple-negative canine breast cancers 2024, Frontiers in veterinary science IF:2.6Q1 DOI:10.3389/fvets.2024.1434617 PMID:39376916	研究论文	利用单细胞转录组数据识别三阴性犬乳腺癌中的免疫抑制癌细胞亚群	首次通过整合单细胞RNA测序数据系统鉴定犬三阴性乳腺癌中的免疫调节亚群	基于已发表数据集进行二次分析，样本量有限（30只犬）	鉴定和表征三阴性犬乳腺癌中的免疫抑制细胞亚群	犬三阴性乳腺癌细胞	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	30只犬的6组数据集
205	2025-10-01	Rapid and signal crowdedness-robust in situ sequencing through hybrid block coding 2023-11-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2309227120 PMID:37963245	研究论文	提出一种结合混合区块编码和分子稀释策略的新型原位测序方法SPRINTseq，用于快速高分辨率的空间转录组分析	开发了混合区块编码和分子稀释策略，解决了现有方法在分辨率、灵敏度或速度方面的限制	NA	开发快速且对信号拥挤具有鲁棒性的原位测序技术，以探索细胞和亚细胞水平的转录分布	小鼠大脑冠状切片中的453,843个细胞，使用108个基因panel	空间转录组学	阿尔茨海默病	原位测序，下一代靶向测序	NA	转录组数据，空间分布数据	4个小鼠大脑冠状切片中的453,843个细胞，恢复超过1.42亿个转录本
206	2025-10-01	NMDAR antagonists suppress tumor progression by regulating tumor-associated macrophages 2023-11-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2302126120 PMID:37967215	研究论文	本研究揭示了NMDAR在肿瘤相关巨噬细胞中的免疫抑制功能及其拮抗剂的抗肿瘤作用	首次发现NMDAR通过钙内流和活性氧生成调控肿瘤相关巨噬细胞的免疫抑制功能，并证明NMDAR拮抗剂可增强抗肿瘤免疫	研究仅针对肝细胞肉瘤和纤维肉瘤模型，未验证其他肿瘤类型	探究NMDAR在肿瘤微环境中对巨噬细胞的调控机制及治疗潜力	肿瘤相关巨噬细胞、T细胞、NK细胞	肿瘤免疫学	肝细胞肉瘤、纤维肉瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	临床前肝肿瘤模型
207	2025-10-01	Controlling donor and newborn neuron migration and maturation in the eye through microenvironment engineering 2023-11-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2302089120 PMID:37931105	研究论文	本研究通过微环境工程方法调控供体和新生神经元在眼中的迁移与成熟过程	建立了'计算机模拟-体外实验-体内验证'框架，利用SDF1分子构建人工梯度显著提升视网膜神经节细胞的迁移效率	仅测试了六种受体-配体候选物中的最优分子，未验证其他候选分子的效果	开发控制移植后供体细胞功能的微环境工程技术	视网膜神经节细胞(RGCs)和干细胞来源的神经元	神经再生工程	青光眼和视神经病变	单细胞转录组分析、计算机模拟分析、体外功能实验	NA	转录组数据、实验观察数据	人类发育视网膜单细胞转录组数据
208	2025-10-01	A cellular and molecular spatial atlas of dystrophic muscle 2023-07-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2221249120 PMID:37410813	研究论文	本研究通过整合空间转录组学和单细胞RNAseq数据，构建了营养不良肌肉的高分辨率细胞和分子空间图谱	首次结合空间转录组学和单细胞RNAseq技术，揭示了DMD肌肉中细胞群体的非均匀分布和异步再生过程	研究基于D2-mdx小鼠模型，需要进一步验证在人类DMD肌肉中的适用性	研究杜氏肌营养不良症(DMD)中异步肌肉再生对疾病进展的生物学机制	严重营养不良的D2-mdx小鼠模型的肌肉组织	空间生物学	杜氏肌营养不良症	空间转录组学、单细胞RNAseq	NA	空间转录组数据、单细胞RNAseq数据	D2-mdx小鼠肌肉组织样本
209	2025-10-01	Integrative in situ mapping of single-cell transcriptional states and tissue histopathology in a mouse model of Alzheimer's disease 2023-03, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01251-x PMID:36732642	研究论文	开发了一种结合空间转录组学和蛋白质检测的新方法，用于绘制阿尔茨海默病小鼠模型中的单细胞转录状态和组织病理学	首次将高分辨率空间转录组学与蛋白质检测在同一组织切片中结合，实现了亚细胞分辨率下的分子与病理关联分析	目前仅在阿尔茨海默病小鼠模型中验证，尚未在人类组织或其他疾病模型中应用	开发能够全面捕捉复杂疾病时空动态变化的研究方法	阿尔茨海默病小鼠模型的脑组织（8月龄和13月龄）	空间转录组学	阿尔茨海默病	STARmap PLUS（空间转录组学结合蛋白质检测）	NA	空间转录组数据、蛋白质表达数据、组织图像	阿尔茨海默病小鼠模型在不同时间点（8月和13月）的脑组织样本
210	2025-10-01	Decoding molecular and cellular heterogeneity of mouse nucleus accumbens 2021-12, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-021-00938-x PMID:34663959	研究论文	通过单细胞RNA测序和多重误差鲁棒荧光原位杂交技术解析小鼠伏隔核的分子和细胞异质性	首次结合单细胞转录组和空间信息构建小鼠伏隔核的空间分辨细胞分类体系	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	揭示伏隔核功能多样性的分子、细胞和解剖学基础	小鼠伏隔核脑区细胞	神经科学	神经疾病	单细胞RNA测序、多重误差鲁棒荧光原位杂交	NA	基因表达数据、空间定位数据	NA
211	2025-09-30	Activated MAFB in ovarian cancer promotes cytoskeletal remodeling and immune microenvironment suppression by interfering with m6A modifications through WTAP competition 2025-Oct, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03522-w PMID:40796955	研究论文	本研究揭示了MAFB通过竞争WTAP干扰m6A修饰，促进卵巢癌细胞骨架重塑和免疫微环境抑制的新机制	首次发现MAFB通过竞争性结合m6A甲基转移酶复合物核心组分WTAP，建立MAFB-WTAP-CD55调控轴，连接转录调控与表观转录组修饰	NA	探索卵巢癌免疫逃避的分子机制，识别关键调控因子	卵巢癌患者临床队列和单细胞转录组数据	癌症生物学	卵巢癌	单细胞转录组测序，临床队列分析，临床前模型验证	NA	转录组数据，临床数据	多个临床队列和单细胞转录组数据集
212	2025-09-30	Taurine improves bovine oocyte maturation through recovering mitochondrial dysfunction and oxidative stress-induced apoptosis after microplastics exposure 2025-Oct, Journal of dairy science IF:3.7Q2 DOI:10.3168/jds.2025-26435 PMID:40818686	研究论文	本研究探讨微塑料暴露对牛卵母细胞的生殖毒性及牛磺酸的修复作用	首次揭示微塑料通过线粒体功能障碍导致牛卵母细胞成熟失败，并发现牛磺酸可逆转此毒性效应	研究仅使用牛卵母细胞，未涉及其他物种验证	探究微塑料对雌性生殖系统的毒性机制及牛磺酸的保护作用	牛卵母细胞	生殖毒理学	生殖系统疾病	免疫荧光染色、单细胞转录组测序	NA	图像数据、基因表达数据	未明确样本数量
213	2025-09-30	Immunopathogenesis of IgG4-related disease in the era of single-cell RNA sequencing and highly multiplex immunofluorescence 2025-Sep-29, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2025.2567589 PMID:40999941	综述	本文总结了单细胞RNA测序和高重免疫荧光技术在IgG4相关疾病免疫发病机制研究中的最新进展	利用单细胞技术发现了新的免疫细胞亚群，包括GZMK+细胞毒性Tfh细胞、MKI67+B细胞和双阴性3型B细胞	需要进一步开展空间转录组学和蛋白质组学研究，改进动物模型，并将机制发现与靶向治疗联系起来	探讨IgG4相关疾病的免疫发病机制	浆母细胞、活化B细胞、细胞毒性T淋巴细胞、T滤泡辅助细胞、巨噬细胞、树突状细胞等免疫细胞及成纤维细胞	免疫学	IgG4相关疾病	单细胞RNA测序、高重免疫荧光	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	NA
214	2025-09-30	The Biomarkers and Underlying Mechanisms of Mitochondrial and PCD Related Genes in Epilepsy by Combining Transcriptome and Single-Cell Sequencing 2025-Sep-29, Journal of Korean Neurosurgical Society IF:1.4Q3 DOI:10.3340/jkns.2024.0230 PMID:41017268	研究论文	本研究通过结合转录组和单细胞测序技术，识别了与癫痫中线粒体和程序性细胞死亡相关的生物标志物LTBR和IRF1	首次将线粒体相关基因和程序性细胞死亡相关基因与癫痫联系起来，并采用多种算法和单细胞测序技术进行综合分析	LTBR不适合作为药物靶点，研究样本量有限	探索癫痫中线粒体和程序性细胞死亡相关基因的生物标志物及其机制	癫痫患者样本和对照样本	生物信息学	癫痫	转录组测序、单细胞RNA测序、RT-qPCR、分子对接	Spearman相关分析、ROC曲线分析	基因表达数据	使用GSE134697和GSE168375两个数据集，并包含临床样本验证
215	2025-09-30	Pathogenicity of Mediator Complex Subunit 27 (MED27) in a Neurodevelopmental Disorder with Cerebellar Atrophy 2025-Sep-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202505535 PMID:41017421	研究论文	本研究探讨MED27基因变异导致神经发育障碍伴小脑萎缩的致病机制	首次通过体外干细胞和体内小鼠模型阐明MED27部分功能缺失导致小脑萎缩的分子机制，并建立了研究介体亚基致病性变异的原型	研究主要聚焦于MED27的致病机制，对其他介体亚基的研究仍需进一步验证	揭示MED27相关神经发育障碍的致病机制并开发精准基因疗法	携带MED27患者特异性变异的体外干细胞和Med27功能缺失小鼠模型	神经发育疾病研究	神经发育障碍	单细胞分辨率空间转录组学、转录组分析	小鼠模型、干细胞模型	基因表达数据、染色质相互作用数据	MED27变异患者群体及对应的动物和细胞模型
216	2025-09-30	Extracellular Vesicle-Packaged circTAX1BP1 from Cancer-Associated Fibroblasts Regulates RNA m6A Modification through Lactylation of VIRMA in Colorectal Cancer Cells 2025-Sep-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202514008 PMID:41017455	研究论文	本研究揭示了癌症相关成纤维细胞通过细胞外囊泡传递circTAX1BP1调控结直肠癌肝转移的新机制	首次发现CAF来源的EV-packaged circTAX1BP1通过促进VIRMA乳酸化修饰调控RNA m6A修饰，并鉴定出ITGA11 myCAFs亚群在正反馈环路中的关键作用	机制研究主要基于体外实验和PDX模型，需要进一步临床验证	探索结直肠癌肝转移的分子机制并寻找治疗靶点	结直肠癌细胞、癌症相关成纤维细胞(CAFs)、细胞外囊泡(EVs)	癌症生物学	结直肠癌	单细胞RNA测序、PDX模型	NA	测序数据、实验数据	包含PDX模型在内的多个实验体系
217	2025-09-30	Redox Regulation of Microvascular Physiology and Pathophysiology: Insights into Therapeutic Strategies and Limitations 2025-Sep-29, Antioxidants & redox signaling IF:5.9Q1 DOI:10.1177/15230864251372607 PMID:41020442	综述	探讨氧化还原机制在微血管生理和病理生理中的调控作用及治疗策略	强调微血管与大血管对ROS/RNS反应的差异，提出单细胞RNA测序揭示不同血管床内皮细胞的独特基因特征	技术挑战限制了可靠关联ROS/RNS水平与微血管结果的能力，缺乏针对微血管氧化还原信号的成功疗法	阐明氧化还原介导的微血管功能障碍在疾病发病机制中的具体作用	微血管内皮细胞及其对活性氧/活性氮物种(ROS/RNS)的响应	血管生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
218	2025-09-30	Multi-omics genetic study revealing ferroptosis regulator CTSB driving prostate cancer progression by modulating the immune microenvironment 2025-Sep-29, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04593-y PMID:41020944	研究论文	通过多组学孟德尔随机化研究揭示铁死亡调节因子CTSB通过调控免疫微环境驱动前列腺癌进展	首次提供铁死亡-免疫相互作用在前列腺癌中因果作用的证据，发现CTSB是关键因果风险因子	研究主要基于遗传学证据，需要进一步实验验证机制细节	探究铁死亡基因/蛋白表达与前列腺癌的遗传因果关系及免疫介导机制	前列腺癌患者样本和731种免疫细胞类型	生物信息学	前列腺癌	多组学孟德尔随机化、单细胞RNA测序、基因集富集分析、免疫浸润分析	孟德尔随机化模型	基因组数据、转录组数据、蛋白组数据	涉及多种前列腺癌组织和细胞样本，具体样本量未明确说明
219	2025-09-30	Single-cell transcriptomic analyses provide insights into SPP1+ TAM-mediated immune suppression and CD8+ T cell dysfunction in lung cancer 2025-Sep-29, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04180-3 PMID:41021043	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了SPP1+肿瘤相关巨噬细胞通过A2AR信号通路介导CD8+ T细胞功能失调的免疫抑制机制	首次系统比较原发性和脑转移性肺癌中SPP1+ TAM与CD8+ T细胞的相互作用，并证实抗SPP1治疗可逆转T细胞耗竭	研究主要基于临床前模型，需要进一步临床试验验证	探究SPP1+ TAM介导的免疫抑制机制及其在肺癌治疗中的潜在价值	肺癌原发灶和脑转移灶的免疫微环境，特别是SPP1+ TAM和CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、qPCR、Western blot、共培养实验	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据、细胞功能数据	肺癌原发和脑转移组织样本（具体数量未明确说明）
220	2025-09-30	Multi-omics analysis of ILF2 reveals its prognostic value and functional roles across pan-cancer 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03609-6 PMID:41021104	研究论文	通过多组学分析揭示ILF2在泛癌中的预后价值和功能作用	首次对ILF2进行系统性泛癌分析，涵盖表达模式、预后意义、遗传变异、免疫浸润特征和治疗反应等多个维度	ILF2在泛癌中的具体分子机制仍需进一步实验验证	探究ILF2在多种癌症中的生物学功能和临床意义	多种癌症类型，特别关注肝细胞癌	生物信息学	泛癌分析（包括肝细胞癌等多种恶性肿瘤）	多组学分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	多种癌症类型的临床样本和数据集