单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-09-20	Recent insights into the pathogenesis and therapeutic targets of chronic liver diseases 2023-Oct, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2023-100020 PMID:38074919	综述	本文概述了慢性肝病（包括酒精性肝病、非酒精性脂肪肝和肝癌）的发病机制研究进展及治疗靶点	聚焦非编码RNA、自噬、肝外信号传导和巨噬细胞等新兴机制，并探讨单细胞RNA测序技术在肝病研究中的应用	基于会议内容总结，未提出原始实验数据或临床验证结果	深入理解慢性肝病的发病机制并探索潜在治疗靶点	酒精性肝病(ALD)、非酒精性脂肪肝(NAFLD)和肝癌	肝病学	慢性肝病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	NA	NA
202	2025-09-20	Unraveling Vulnerabilities in Endocrine Therapy-Resistant HER2+/ER+ Breast Cancer 2023-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.21.554116 PMID:37662291	研究论文	本研究开发并表征了两种内分泌治疗耐药（ETR）的HER2+/ER+乳腺癌体外模型，以探索潜在的治疗脆弱性	首次通过两种不同表型的ETR模型揭示脂质代谢重编程和铁死亡途径是HER2+/ER+乳腺癌的新治疗靶点	研究基于体外细胞模型，尚未进行体内或临床验证	识别内分泌治疗耐药的HER2+/ER+乳腺癌的分子脆弱性	BT-474和MDA-MB-361乳腺癌细胞系及其长期雌激素剥夺（LTED）衍生株	肿瘤生物学	乳腺癌	全基因组测序、单细胞RNA测序、生长测定、PAM50分子分型	体外细胞模型	基因组数据、转录组数据、表型数据	两种乳腺癌细胞系（BT-474和MDA-MB-361）及其LTED变异株
203	2025-09-20	Cellular Atlas of Senescent Lineages in Radiation- or Immunotherapy-Induced Lung Injury by Single-Cell RNA-Sequencing Analysis 2023-08-01, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2023.02.005 PMID:36792015	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示放疗或免疫疗法诱导肺损伤中衰老细胞谱系的细胞图谱	首次系统识别了肺损伤中30种细胞亚群，并发现衰老样成纤维细胞通过单核因子信号驱动病理重塑	研究基于小鼠模型和有限人类细胞系数据，人类体内验证尚不充分	阐明免疫疗法和放疗诱导肺损伤的共同病理机制	C57/BL6小鼠肺组织、人类和小鼠细胞系及公共肺纤维化数据集	单细胞基因组学	肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Seurat分析流程、Cellchat、Monocol、SCENIC	NA	单细胞转录组数据、组织染色数据	75,396个细胞（来自小鼠肺组织），涵盖多个时间点（7/30/60天）
204	2025-09-20	CCL5-producing migratory dendritic cells guide CCR5+ monocytes into the draining lymph nodes 2023-06-05, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20222129 PMID:36946983	研究论文	本研究揭示了迁移性树突状细胞通过产生CCL5引导CCR5+单核细胞进入引流淋巴结的机制	发现单核细胞通过CCR5受体而非CCR7依赖的途径进入淋巴结，并明确迁移性cDCs分泌CCL5在这一过程中的引导作用	NA	探究单核细胞进入引流淋巴结的分子机制	树突状细胞、单核细胞、淋巴结免疫微环境	免疫学	NA	scRNA-seq、嵌合体小鼠模型	NA	基因表达数据、细胞迁移数据	使用多种基因缺陷小鼠模型（Ccl5-/-, Ccr2-/-, Ccr5-/-, Ccr7-/-, Batf3-/-）
205	2025-09-20	Diagnostic Evidence GAuge of Single cells (DEGAS): a flexible deep transfer learning framework for prioritizing cells in relation to disease 2022-02-01, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01012-2 PMID:35105355	研究论文	提出DEGAS框架，通过深度迁移学习将疾病信息从患者迁移到细胞，以关联细胞与疾病属性	引入'印象'概念作为可迁移信息，实现从患者到细胞的疾病属性关联，框架具有高度灵活性和广泛适用性	NA	开发深度迁移学习框架，优先筛选与疾病相关的细胞	单细胞和患者批量组织转录组数据	机器学习	多形性胶质母细胞瘤、阿尔茨海默病、多发性骨髓瘤	单细胞转录组测序、批量组织转录组测序	深度迁移学习	转录组数据	十个不同的单细胞和患者批量组织转录组数据集
206	2025-09-19	IV Immunoglobulin Is Associated With Epigenetic, Ribosomal, and Immune Changes in Pediatric Acute-Onset Neuropsychiatric Syndrome 2025-Nov, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200467 PMID:40953324	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了IV免疫球蛋白对儿童急性发作性神经精神综合征（PANS）患者外周免疫细胞基因表达的影响	首次在单细胞水平揭示IVIg治疗对PANS患者表观遗传、核糖体和免疫通路的调控作用，并提出PANS可能是一种表观遗传免疫性脑部疾病	样本量较小（5例患者和4例对照），且为开放标签设计，缺乏随机对照	研究IV免疫球蛋白对PANS患者细胞特异性基因表达的影响，验证神经免疫假说	5名PANS患儿和4名健康对照儿童的外周免疫细胞	免疫学	儿童神经精神疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	5名PANS患者（中位年龄8岁）和4名对照（中位年龄13.5岁），共测序144,470个细胞
207	2025-09-19	Chd4 remodels chromatin to control retinal cell type specification and lineage termination 2025-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204697 PMID:40905097	研究论文	本研究通过条件性敲除Chd4基因，探讨其在视网膜细胞类型时序性分化及谱系终止中的染色质重塑作用	首次揭示Chd4通过限制基因组可及性来抑制祖细胞身份并促进分化，明确了其在谱系终止阶段而非早期时序转换中的特异性功能	研究局限于小鼠视网膜模型，未涉及其他神经发育系统或人类细胞验证	阐明染色质重塑因子Chd4在神经祖细胞时序性分化中的调控机制	小鼠视网膜神经祖细胞及其分化的视网膜神经节细胞、无长突细胞、视杆细胞和Müller胶质细胞	发育生物学	NA	条件性基因敲除、CUT&RUN-seq、ATAC-seq、单细胞转录组测序	NA	基因组可及性数据、转录组数据	Chd4条件性敲除小鼠模型及对照组的视网膜组织样本
208	2025-09-19	APOE deficiency inhibits amyloid-facilitated (A) tau pathology (T) and neurodegeneration (N), halting progressive ATN pathology in a preclinical model 2025-Oct, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03036-7 PMID:40307424	研究论文	本研究通过临床前模型证明APOE缺失可抑制淀粉样蛋白驱动的tau病理和神经退行性变	首次在ATN模型中揭示APOE缺失通过阻止致密核心斑块形成和抑制小胶质细胞转化来阻断AD病理进展	研究基于小鼠模型，结果向人类临床转化需进一步验证	探究APOE在淀粉样蛋白促进的tau病理和神经退行性变中的作用机制	5xFAD与TauP301S杂交小鼠构建的ATN模型	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 组织染色（W02, ThioS）	转基因小鼠模型	基因表达数据, 组织病理学数据	转基因小鼠模型，具体数量未明确说明
209	2025-09-19	Functional defects in FOXG1 variants predict the severity of brain anomalies in FOXG1 syndrome 2025-Oct, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03077-y PMID:40524015	研究论文	本研究通过分析FOXG1基因变异的功能缺陷与大脑异常严重程度之间的关联，开发了一种预测FOXG1综合征严重程度的分层方法	结合蛋白表达、COUP-TFI抑制能力和神经元迁移实验，首次建立了FOXG1综合征患者严重程度的预测范式	样本量较小（14例），结果可能需要更大规模研究验证	探究FOXG1基因变异如何影响其功能特性，并建立基因型-表型关联预测模型	14名携带FOXG1变异的个体及小鼠胚胎大脑	神经发育疾病研究	神经发育障碍	荧光素酶报告实验、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、子宫内电穿孔（IUE）	NA	基因测序数据、蛋白表达数据、影像数据	14名FOXG1变异个体
210	2025-09-19	Spatial transcriptomics exploration of the primary neuroblastoma microenvironment in archived FFPE samples unveils novel paracrine interactions 2025-Oct, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6457 PMID:40778592	研究论文	利用空间转录组学技术探索存档FFPE样本中的神经母细胞瘤微环境，揭示新型旁分泌相互作用	首次在存档FFPE样本中应用空间转录组学，发现未分化癌细胞与巨噬细胞间的CCL18-PITPNM3信号轴，以及肾上腺皮质样基质细胞与癌细胞之间的ALKAL2-ALK/NRTN-RET新型旁分泌相互作用	研究仅基于两名患者的样本，样本量有限	解析高风险神经母细胞瘤的肿瘤微环境空间异质性和局部信号动态	未经治疗和化疗治疗的高风险神经母细胞瘤患者存档FFPE组织	数字病理学	神经母细胞瘤	空间转录组学	NA	空间转录组数据	两名患者的存档FFPE组织样本
211	2025-09-19	The immune landscape of pediatric (extra)cranial solid tumors: A systematic review and integration of immunohistochemistry and single-cell RNA sequencing data 2025-Oct-01, European journal of cancer (Oxford, England : 1990) DOI:10.1016/j.ejca.2025.115708 PMID:40857838	系统综述	通过整合免疫组化和单细胞RNA测序数据，系统分析儿童（颅外）实体瘤的免疫微环境特征	首次系统整合IHC和sc/snSeq数据，构建儿童肿瘤免疫图谱并开发公开可用的交互式热图工具	分析方法存在异质性，部分肿瘤类型样本量有限	揭示儿童实体瘤的独特免疫景观以指导免疫治疗策略开发	儿童颅内外实体瘤（35种肿瘤类型）	肿瘤免疫学	儿童实体瘤（包括脑瘤和软组织肉瘤等）	免疫组化(IHC), 单细胞/单核RNA测序(sc/snSeq)	NA	分子生物学数据（基因表达）、蛋白质表达数据	47项IHC研究（2187个肿瘤样本），26项sc/snSeq研究（272个肿瘤样本）
212	2025-09-19	Expression and Clinical Implications of LAG-3 in Small Cell Lung Cancer 2025-Sep-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202502183R PMID:40960909	研究论文	本研究评估了LAG-3在小细胞肺癌中的表达及其作为免疫治疗生物标志物的潜力	首次系统评估28种免疫检查点分子在SCLC中的表达，发现LAG-3表达最高且与预后正相关	NA	探索PD-L1之外可能适用于免疫检查点抑制剂的分子标志物	小细胞肺癌细胞系和肿瘤样本	数字病理学	肺癌	RNA-seq, 微阵列, scRNA-seq, 免疫组化	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	多个公共数据集和内部数据集（包括CCLE、IMpower133等）
213	2025-09-19	Screening and Validation of Genes Associated With Lysosomal-Dependent Cell Death in Colorectal Cancer 2025-Sep-18, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.70024 PMID:40964747	研究论文	本研究通过筛选与溶酶体依赖性细胞死亡相关的基因，构建结直肠癌的风险模型和预后生物标志物	首次将溶酶体依赖性细胞死亡相关基因与结直肠癌预后关联，并构建包含ATP6V0A4、CLU和IL13RA2的多基因风险模型	NA	识别结直肠癌的潜在治疗靶点和预后指标	结直肠癌患者和正常样本	生物信息学	结直肠癌	RNA-seq, 单细胞测序, Cox回归分析, LASSO分析	Cox风险比例模型	基因表达数据	TCGA-CRC和GSE17538数据集中的结直肠癌样本及临床样本
214	2025-09-19	Spatial transcriptomics of intraductal carcinoma of the prostate 2025-Sep-18, Histopathology IF:3.9Q1 DOI:10.1111/his.15551 PMID:40964799	研究论文	利用空间转录组学技术研究前列腺导管内癌的基因表达和拷贝数变异特征	首次应用Visium空间基因表达平台分析IDC-P的转录组和CNV模式，揭示其与常规腺癌的生物学差异及潜在分子多样性	样本量较小（n=6），需谨慎解读结果并在更大队列中进一步验证	表征前列腺导管内癌（IDC-P）的分子特征及其与预后的关系	前列腺导管内癌（IDC-P）组织样本	数字病理学	前列腺癌	Visium空间基因表达平台，主成分分析，差异基因表达分析，InferCNV分析	NA	空间转录组数据，基因表达数据，拷贝数变异数据	6例前列腺癌患者样本
215	2025-09-19	KC1036, a multi-kinase inhibitor with anti-angiogenic activity, can effectively suppress the tumor growth of Ewing sarcoma 2025-Sep-18, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-025-10008-6 PMID:40965696	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析尤文肉瘤的肿瘤微环境细胞通讯网络，并评估新型多激酶抑制剂KC1036在临床前模型中的抗肿瘤效果	首次绘制尤文肉瘤的全面细胞通讯图谱，并发现KC1036（靶向VEGFR2、MET和AXL）在临床前模型中比现有药物（pazopanib、cabozantinib、doxorubicin）具有更优疗效	研究基于临床前模型（CDX和PDX），尚未进行人体临床试验	开发尤文肉瘤的替代治疗策略，特别是针对化疗耐药患者	尤文肉瘤细胞系、细胞系衍生异种移植模型（CDX）和初治患者衍生异种移植模型（PDX）	肿瘤学研究	尤文肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、异种移植模型	NA	基因表达数据	多个细胞系及CDX/PDX模型（具体数量未明确说明）
216	2025-09-19	Deciphering context-specific gene programs from single-cell and spatial transcriptomics data with DeCEP 2025-Sep-17, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279689.124 PMID:40841173	研究论文	提出DeCEP计算框架，用于从单细胞和空间转录组数据中解析上下文特异性基因程序	利用功能基因列表和有向图构建功能网络，基于网络拓扑识别上下文依赖的枢纽基因，并在特定背景下实现更细粒度的基因程序表征	NA	解析生物系统中复杂的基因程序，理解其在健康和疾病中的作用	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组（ST）数据	生物信息学	阿尔茨海默病, 癌症	scRNA-seq, ST	计算框架（基于功能网络和拓扑分析）	基因表达数据	模拟和真实生物数据集（包括正常肝组织、阿尔茨海默病和癌症案例）
217	2025-09-19	A complete Sigmodon hispidus genome and dynamic single-cell transcriptomics reveal evolutionarily conserved responses to RSV infection 2025-Sep-17, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adw7535 PMID:40961223	研究论文	本研究报道了棉鼠（Sigmodon hispidus）的完整基因组和RSV感染过程中的单细胞转录组图谱，揭示了其作为人类RSV感染模型的进化保守性	首次提供了棉鼠的染色体级别基因组和呼吸道单细胞转录组动态图谱，揭示了RSV感染的靶细胞类型和宿主-病毒互作机制	NA	探索棉鼠作为人类呼吸道合胞病毒（RSV）研究模型的分子基础和治疗靶点发现	棉鼠（Sigmodon hispidus）和呼吸道合胞病毒（RSV）	基因组学	呼吸道病毒感染	单细胞转录组测序（scRNA-seq），系统发育分析	NA	基因组数据，单细胞转录组数据	NA
218	2025-09-19	PD-1-targeted cis-delivery of an IL-2 variant induces a multifaceted antitumoral T cell response in human lung cancer 2025-Sep-17, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr3718 PMID:40961225	研究论文	研究PD1-IL2v融合蛋白通过靶向PD-1介导IL-2变体递送，在人类肺癌模型中激发多维度抗肿瘤T细胞反应	首次在人类模型系统中揭示PD1-IL2v通过同时靶向CD8和CD4 T细胞诱导抗肿瘤反应，并发现CXCR6上调和CXCL13表达增强等新机制	研究基于肺癌患者来源肿瘤片段平台，尚未进行大规模临床试验验证	开发新一代癌症免疫疗法，研究PD-1靶向IL-2变体递送对肿瘤免疫反应的调控机制	人类肺癌模型系统中的T细胞（CD8 T细胞和常规CD4 T细胞）	免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）, 患者来源肿瘤片段（PDTF）平台	NA	基因表达数据	肺癌患者来源肿瘤片段（具体数量未明确说明）
219	2025-09-19	Immune landscape in liver of neonatal mice with phlebotomy-induced anemia 2025-Sep-17, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-025-04361-x PMID:40962864	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了放血诱导贫血新生小鼠肝脏的免疫细胞图谱	首次在新生小鼠放血诱导贫血模型中揭示肝脏免疫景观变化，发现单核细胞增多和淋巴细胞减少的现象	研究基于小鼠模型，结果向人类早产儿的直接转化需谨慎	探究贫血对新生小鼠肝脏造血微环境和免疫细胞组成的影响	新生C57BL/6小鼠	免疫学	贫血	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	基因表达数据	NA
220	2025-09-19	Glycans on non-structural protein 1 prevent premature T-cell mediated dengue virus clearance 2025-Sep-17, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00311-6 PMID:40962941	研究论文	本研究揭示了登革病毒非结构蛋白1（NS1）上N207位聚糖通过调控PD-L1/PD-1轴抑制早期炎症反应和T细胞凋亡的免疫逃避机制	首次发现NS1蛋白N207位聚糖缺失可加速病毒清除并减弱免疫病理，揭示PD-L1/PD-1轴在登革热发病机制中的新作用	研究基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证	探究登革病毒NS1蛋白糖基化修饰的生物学功能及其在免疫调节中的作用	登革病毒NS1蛋白糖基化突变体及感染小鼠的免疫应答	病毒免疫学	登革热	RNA测序（bulk和单细胞）、细胞因子检测、免疫表型分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	临床相关重症登革热小鼠模型