单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-09-29	Mechanically activated snai1b coordinates the initiation of myocardial delamination for trabeculation 2025-Sep-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62285-w PMID:40993149	研究论文	本研究揭示机械激活的snai1b阳性心肌细胞通过启动分层过程协调心脏肌小梁形成的机制	首次发现snai1b阳性心肌细胞在机械力激活下启动分层过程，且这些细胞不表现典型的上皮-间质转化特征	研究主要基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性需进一步验证	探究心肌细胞分层和肌小梁形成的分子机制	斑马鱼胚胎心肌细胞	发育生物学	心血管疾病	CRISPR激活/抑制、单细胞转录组测序、空间转录组学、4-D应变分析	斑马鱼模型	基因表达数据、影像数据	4天受精后斑马鱼心室心肌细胞
202	2025-09-29	Lung NR3C1+ and CXCR6high T cells distinguish immunopathogenesis of human emphysema 2025-Sep-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08698-1 PMID:40993192	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示肺气肿中T细胞亚群的免疫病理特征	首次发现NR3C1+和CXCR6high CD4 T细胞亚群在肺气肿中的特异性分布及其与肺功能的相关性	研究样本量有限，仅基于两个独立单细胞测序数据集	探究T细胞在吸烟者慢性阻塞性肺疾病肺气肿发病机制中的作用	人类肺组织样本中的T细胞亚群	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	两个独立的人类肺组织单细胞测序数据集
203	2025-09-29	Multi-omics integration reveals key miRNAs, immune inflammation, and signaling pathways in Alzheimer's disease: Implications for targeted therapy 2025-Sep-24, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147874 PMID:41005404	研究论文	通过多组学整合分析揭示了阿尔茨海默病中关键miRNAs、免疫炎症和信号通路的作用	整合三种组学数据集识别AD相关关键基因和信号通路，提出免疫调节与神经再生相结合的治疗框架	候选miRNAs对成熟神经元标志物影响有限，需要合适的神经元环境才能诱导神经元分化	阐明阿尔茨海默病的分子机制并探索靶向治疗策略	阿尔茨海默病患者的多组学数据（miRNA-seq、RNA-seq、单细胞转录组）和神经元细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	多组学分析、miRNA-seq、RNA-seq、单细胞转录组测序	NA	基因组数据、转录组数据	三种组学数据集（具体样本数量未明确说明）
204	2025-09-29	Amyloid-β-driven Alzheimer's disease reshapes the colonic immune system in mice 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116109 PMID:40885186	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了阿尔茨海默病小鼠模型中结肠免疫系统的变化及其与大脑的关联	首次在阿尔茨海默病模型中系统揭示肠道免疫系统变化与大脑免疫细胞迁移的关联，并发现菊粉益生元纤维的干预效果	研究基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证	探索阿尔茨海默病中肠脑轴的免疫学特征	5XFAD淀粉样蛋白小鼠模型的结肠免疫细胞和大脑组织	免疫学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序，流式细胞术，生物信息学分析	NA	基因表达数据，流式细胞数据	5XFAD阿尔茨海默病小鼠模型
205	2025-09-29	Single-cell RNA sequencing in high-burden viral respiratory infections: Decoding immune cell subsets and immune-related differential gene expression 2025-Sep-23, Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases DOI:10.1016/j.meegid.2025.105834 PMID:40998072	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在高负担病毒性呼吸道感染研究中的应用，重点解析免疫细胞亚群和免疫相关差异基因表达	系统总结了scRNA-seq在揭示COVID-19和流感等病毒感染中新型免疫细胞亚群和关键生物标志物方面的最新发现	在其他微生物来源的呼吸道感染中应用有限	解析高负担病毒性呼吸道感染的免疫景观和分子机制	人类外周血、支气管肺泡灌洗液、小鼠肺组织及外植体	生物信息学	呼吸道感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	来自人类和小鼠模型的多个公开数据集
206	2025-09-29	A multi-omic analysis to investigate the causal associations between circulating proteins and risk of spontaneous abortion and their potential implications 2025-Sep-22, JBRA assisted reproduction DOI:10.5935/1518-0557.20250031 PMID:40674570	研究论文	通过孟德尔随机化分析循环蛋白与自然流产风险的因果关系	整合多组学数据（蛋白质组、转录组）探索自然流产的遗传机制和细胞类型特异性表达	排除了性别间差异表达的蛋白质，可能存在遗漏重要生物标志物的风险	探究循环蛋白与自然流产风险的因果关系及潜在治疗靶点	自然流产相关遗传变异和循环蛋白	生物信息学	自然流产	孟德尔随机化、pQTL分析、KEGG通路富集、单细胞转录组分析	NA	遗传数据、蛋白质表达数据、单细胞转录组数据	NA
207	2025-09-29	Orlistat Confers Neuroprotection in Traumatic Brain Injury by Modulating Microglial Lipid Metabolism 2025-Sep-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14181469 PMID:41002434	研究论文	本研究探讨奥利司他通过调节小胶质细胞脂质代谢在创伤性脑损伤中的神经保护作用	首次发现奥利司他通过靶向小胶质细胞脂蛋白脂肪酶介导的神经炎症发挥神经保护作用	研究主要基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	探索奥利司他在创伤性脑损伤中的神经保护潜力及作用机制	小鼠创伤性脑损伤模型和小胶质细胞	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序、分子对接、转录组学、代谢组学	小鼠TBI模型	行为学数据、组织学数据、分子数据	未明确样本数量的小鼠模型
208	2025-09-29	Astrocytes in Fear Memory Processing: Molecular Mechanisms Across the Amygdala-Hippocampus-Prefrontal Cortex Network 2025-Sep-16, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14181444 PMID:41002409	综述	本文综述了星形胶质细胞在杏仁核-海马-前额叶皮层网络中调控恐惧记忆处理的分子机制	挑战了传统以神经元为中心的记忆处理观点，揭示了星形胶质细胞在恐惧记忆不同阶段的关键作用及其区域特异性功能	NA	探讨星形胶质细胞在恐惧记忆处理中的分子机制及其对恐惧相关疾病的治疗意义	星形胶质细胞在杏仁核-海马-前额叶皮层网络中的功能	神经科学	创伤后应激障碍(PTSD)和焦虑症	空间转录组学、光遗传学、化学遗传学	NA	NA	NA
209	2025-09-29	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Cell Heterogeneity and Altered Signaling Pathways in Jellyfish Sting Patients 2025-Sep-15, Marine drugs IF:4.9Q1 DOI:10.3390/md23090358 PMID:41003327	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示水母蜇伤患者的免疫细胞异质性和信号通路改变	首次在单细胞分辨率下描绘水母蜇伤后的免疫失调图谱，识别出MMP9+单核细胞和S100A12+中性粒细胞的关键炎症作用	仅分析一名严重患者的样本，样本量有限	探究水母蜇伤后的免疫机制和潜在治疗靶点	水母蜇伤患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	中毒性疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	一名严重水母蜇伤患者和健康对照者
210	2025-09-29	Morphological and Transcriptomic Analyses of the Adrenal Gland in Acomys cahirinus: A Novel Model for Murine Adrenal Physiology 2025-Sep-12, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14181431 PMID:41002397	研究论文	本研究通过形态学和转录组学分析比较Acomys cahirinus与小鼠的肾上腺结构与基因表达，评估其作为人类肾上腺疾病模型的潜力	首次在Acomys cahirinus中发现类似人类肾上腺皮质的网状带结构，并通过GTEx比较证实其基因表达谱更接近人类肾上腺而非小鼠	需要进一步开展单细胞转录组学和功能实验验证其转化潜力	评估Acomys cahirinus作为人类肾上腺疾病研究模型的适用性	Acomys cahirinus和小鼠的肾上腺组织	生物医学研究	肾上腺疾病	转录组分析、qRT-PCR、CAGE-seq、通路分析	动物模型	基因表达数据、形态学数据	NA
211	2025-09-29	Comprehensive Characterization of Long Non-Coding RNAs in Porcine Tissues: Expression Patterns and Functional Insights During Oocyte Development 2025-Sep-09, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14181409 PMID:41002376	研究论文	本研究通过分析猪多种组织及卵母细胞发育阶段的RNA-seq数据，系统性表征了长链非编码RNA的表达模式和功能	首次系统性地表征了猪多个组织中lncRNA的表达谱，并揭示了卵母细胞发育过程中差异表达lncRNAs的功能	NA	阐明猪长链非编码RNA在组织特异性表达和卵母细胞发育中的功能作用	猪的14种组织和卵母细胞发育五个阶段的单细胞	生物信息学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	607个组织RNA-seq数据集（14种组织），63个单细胞RNA-seq数据集（卵母细胞五个发育阶段），以及37个人类和鼠类卵母细胞RNA-seq数据集
212	2025-09-29	Piezo1 promotes M1 macrophage polarization and impairs osteogenic differentiation in bone infection 2025-Sep-07, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.168042 PMID:40925468	研究论文	本研究探讨Piezo1在骨感染中促进巨噬细胞M1极化并损害成骨分化的机制	首次揭示Piezo1通过介导巨噬细胞与骨髓间充质干细胞的相互作用影响骨感染中的骨再生过程	研究主要基于动物模型和体外实验，人类临床验证尚需进一步研究	探究Piezo1在骨感染过程中对巨噬细胞极化和成骨分化的调控作用	大鼠感染性骨缺损模型、人类感染骨组织、小鼠单核巨噬细胞和骨髓间充质干细胞	骨生物学	骨感染	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、间接共培养实验	动物模型、细胞共培养模型	基因表达数据、细胞功能数据	大鼠模型、人类骨组织样本、小鼠细胞系
213	2025-09-29	Dissecting microbial communities with single-cell transcriptome analysis 2025-Sep-04, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adp6252 PMID:40906858	综述	本文综述了单细胞转录组分析技术在微生物群落研究中的应用进展与挑战	将单细胞基因表达分析技术从人类生物学领域扩展到微生物群落研究，揭示微生物亚群间的功能异质性	技术应用仍面临挑战，未明确说明具体技术限制	解析微生物群落功能及其在人类健康与疾病中的作用	微生物群落，特别是肠道微生物群落	微生物组学	肠道相关疾病	单细胞转录组分析，单细胞基因表达分析	NA	基因表达数据	NA
214	2025-09-29	Single-cell analysis of human fibrous dysplasia bone reveals a fibrotic transcriptome and GNAS variants in endothelial, perivascular, and stromal cells 2025-Sep-04, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.07.018 PMID:40848713	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类纤维性发育不良骨组织，揭示纤维化转录组特征及GNAS变异在多种细胞类型中的分布	首次在骨骼基质谱系外的内皮细胞和周细胞中发现GNAS c.602G>A和c.601C>T变异，并鉴定出跨FD细胞谱系的共同纤维化转录组特征	样本来源仅限于人类骨组织，未涉及其他组织或动物模型验证	探究体细胞嵌合对纤维性发育不良疾病机制的细胞和分子影响	人类纤维性发育不良和非FD骨组织中的非造血细胞	单细胞基因组学	纤维性发育不良	单细胞RNA测序、GNAS基因分型、BaseScope检测	NA	单细胞转录组数据	FD和非FD人类骨组织样本（具体数量未明确说明）
215	2025-09-29	Tenascin-C Expression in Relation to Tumor-Stroma Interaction in Ameloblastoma 2025-Sep-03, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104237 PMID:40912374	研究论文	本研究探讨了细胞外基质糖蛋白Tenascin-C在成釉细胞瘤进展中的作用及其与肿瘤-基质相互关系的关联	首次发现成釉细胞瘤细胞分泌TN-C至基质中，并通过肿瘤-基质相互作用增强TN-C表达，促进肿瘤细胞迁移	研究主要基于体外实验和有限的组织样本，需要更大规模的临床验证	阐明TN-C在成釉细胞瘤进展中的分子机制及其临床意义	成釉细胞瘤组织标本和AM-1细胞系	病理学	成釉细胞瘤	免疫组织化学、RNA原位杂交、共培养实验、空间转录组学	细胞共培养模型	组织图像、基因表达数据	成釉细胞瘤组织标本和细胞系
216	2025-09-29	GreenCells: A comprehensive resource for single-cell analysis of plant lncRNAs 2025-Sep-03, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110678 PMID:40912654	研究论文	开发了专门用于单细胞水平植物lncRNA研究的综合数据库GreenCells	首个专门针对植物lncRNA的单细胞数据库，填补了现有数据库主要关注蛋白质编码基因的空白	NA	研究植物长链非编码RNA在单细胞水平的表达和功能	8种植物物种的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	整合8种植物物种的scRNA-seq数据，识别2177个lncRNA标记基因和68,869个蛋白质编码标记基因
217	2025-09-29	Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches 2025-Sep, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00985-4 PMID:40442367	研究论文	本研究通过免疫活性小鼠模型揭示了胶质母细胞瘤从团块生长向浸润生长转变的机制，发现小胶质细胞通过plexin-B2介导的排列引导肿瘤细胞集体迁移	首次发现小胶质细胞在肿瘤浸润前沿形成'oncostreams'结构引导集体迁移，并鉴定plexin-B2在解决细胞碰撞和细胞外基质重构中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	探究胶质母细胞瘤浸润生长的细胞机制和微环境调控	胶质母细胞瘤细胞、肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞(TAMs)	癌症生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、免疫组织化学、基因敲除	免疫活性小鼠模型	基因表达数据、组织图像数据	小鼠模型和人类胶质母细胞瘤样本
218	2025-09-29	A Human Immuno-Lung Organoid Model to Study Macrophage-Mediated Lung Cell Senescence Upon SARS-CoV-2 Infection 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503932 PMID:40712141	研究论文	本研究开发了人源免疫-肺类器官模型，用于研究SARS-CoV-2感染后巨噬细胞介导的肺细胞衰老机制	建立了包含hPSC来源肺泡和气道类器官与巨噬细胞共培养的免疫-肺类器官模型，首次发现THBS1-(ITGA3+ITGB1)信号轴在驱动肺细胞衰老中的作用	NA	研究SARS-CoV-2感染后巨噬细胞介导的肺损伤机制	非COVID和COVID-19肺组织样本、人源免疫-肺类器官模型	数字病理	COVID-19	空间转录组分析(NanoString CosMx)、类器官培养	免疫-肺类器官模型	空间转录组数据、组织样本	非COVID和COVID-19肺组织外植体和尸检样本
219	2025-09-29	Single-cell transcriptional analysis of murine mesenteric lymph nodes following oral lyso-phosphatidylserine nanoparticle administration reveals cellular heterogeneity in tolerance features 2025-Sep, Journal of pharmaceutical sciences IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.xphs.2025.103919 PMID:40712826	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析口服含溶血磷脂酰丝氨酸纳米颗粒后小鼠肠系膜淋巴结的免疫细胞反应，揭示其诱导免疫耐受的细胞异质性特征	首次利用单细胞转录组技术系统解析LysoPS纳米颗粒口服后肠系膜淋巴结中各免疫细胞的耐受特征及细胞间通讯机制	研究仅限于小鼠模型，人体内的耐受机制尚未明确	阐明LysoPS纳米颗粒通过口服途径诱导免疫耐受的细胞分子机制	小鼠肠系膜淋巴结中的B细胞、T细胞和NK细胞	免疫学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	小鼠模型样本
220	2025-09-29	SmartImpute is a targeted imputation framework for single-cell transcriptome data 2025-Aug-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101122 PMID:40763742	研究论文	提出一种针对单细胞转录组数据的靶向插补框架SmartImpute	采用改进的生成对抗插补网络(GAIN)与多任务判别器，专注于预定义标记基因，在填补缺失值的同时保留真实生物零值	NA	提高单细胞RNA测序数据的生物学相关性和计算效率	头颈鳞状细胞癌、人类骨髓和肺癌的单细胞RNA测序数据	生物信息学	头颈癌、肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	改进的生成对抗插补网络(GAIN)	单细胞转录组数据、空间转录组数据	超过一百万细胞的数据集