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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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201 | 2025-10-05 |
Insulin-like growth factor binding protein 7 identified in aged dental pulp by single-cell RNA sequencing
2025-Oct, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.12.018
PMID:39674503
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究年轻与衰老牙髓组织的异质性,并鉴定出衰老牙髓的新标志物IGFBP7 | 首次在单细胞水平系统揭示牙髓衰老的细胞异质性,发现IGFBP7作为衰老牙髓的新标志物及其延缓细胞衰老的作用机制 | 需要更全面的研究来阐明IGFBP7影响牙髓衰老的确切机制 | 探索年轻与衰老牙髓组织的异质性,寻找衰老牙髓的新标志物并研究其机制 | 年轻和衰老的牙髓组织样本、过氧化氢诱导的牙髓成纤维细胞衰老模型 | 单细胞组学 | 牙髓衰老 | 单细胞RNA测序, RNA-seq, 免疫组织化学染色, SA-β-Gal染色, γ-H2AX染色, F-肌动蛋白细胞骨架染色 | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据, 图像数据 | 8个牙髓样本,共32,012个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
202 | 2025-10-05 |
Comprehensive analysis of heterogeneity and cell-cell interactions in Crohn's disease reveals novel location-specific insights
2025-Oct, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.12.042
PMID:39732334
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析克罗恩病结肠和回肠的异质性及细胞间相互作用 | 发现表达高水平DUOX2和DUOXA2的新型上皮细胞亚群(DUOX2-epi),揭示其在结肠和回肠中通过不同机制触发炎症反应 | 研究仅针对未接受治疗的克罗恩病患者,样本来源有限 | 系统阐明克罗恩病结肠和回肠的异质性,为个体化治疗提供依据 | 克罗恩病患者的结肠和回肠组织 | 单细胞测序分析 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未接受治疗的克罗恩病患者组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
203 | 2025-10-05 |
Multi-omics approach reveals TGF-β signaling-driven senescence in periodontium stem cells
2025-Oct, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.12.037
PMID:39743213
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了TGF-β信号通路通过DNA甲基化调控牙周膜干细胞衰老的机制 | 首次绘制小鼠颌骨组织的空间转录组图谱,并发现TGF-β1通过DNA甲基化介导的PRKAG2基因沉默诱导牙周膜干细胞衰老的新机制 | 研究主要基于体外细胞实验,需要进一步在体内模型中验证 | 阐明TGF-β1在牙周膜干细胞衰老中的作用及其分子机制 | 小鼠颌骨组织和人类牙周膜干细胞 | 空间转录组学 | 牙周疾病 | 空间转录组学, 假时序分析, DNA甲基化分析 | NA | 空间转录组数据, 表观遗传数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
204 | 2025-10-05 |
Parkin modulates the hepatocellular carcinoma microenvironment by regulating PD-1/PD-L1 signalling
2025-Oct, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.12.045
PMID:39755271
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研究论文 | 本研究揭示了Parkin通过调控PD-1/PD-L1信号通路影响肝癌免疫微环境的机制 | 首次发现Parkin作为E3泛素连接酶可诱导PD-1泛素化降解,并阐明其在调节肝癌免疫抑制微环境中的新功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探讨Parkin在肝癌免疫微环境调控中的作用机制 | 四氯化碳诱导的肝肿瘤模型小鼠 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, Western blot, 免疫荧光, 免疫共沉淀, 定量蛋白质组学分析 | Park2-/-基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 免疫组化数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 定量蛋白质组学 | NA | NA |
205 | 2025-10-05 |
Mechanisms of dexamethasone-induced bone toxicity in developing bone: a single-cell perspective
2025-Oct, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/jbmrpl/ziaf146
PMID:41025095
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示地塞米松对发育中骨骼毒性的分子机制 | 首次从单细胞层面系统揭示地塞米松对发育骨骼中成骨细胞、软骨细胞和B细胞谱系的影响 | 研究仅使用C57BL/6JRj雄性小鼠模型,未涉及其他品系或雌性动物 | 阐明地塞米松诱导发育骨骼毒性的分子机制 | 骨骼未成熟的C57BL/6JRj雄性小鼠 | 单细胞生物学 | 骨骼发育障碍 | 单细胞RNA测序,微计算机断层扫描 | NA | 单细胞转录组数据,影像数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
206 | 2025-10-05 |
Highly accurate reference and method selection for universal cross-dataset cell type annotation with CAMUS
2025-Oct-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280821.125
PMID:41034048
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研究论文 | 提出一种跨数据集细胞类型注释方法CAMUS,通过通用参考数据和方法选择策略实现高精度细胞注释 | 首次提出通用参考数据和方法选择策略,显著提高跨数据集细胞注释准确性 | NA | 开发高精度的跨数据集细胞类型注释方法 | 单细胞RNA测序数据和单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞测序数据 | 672对跨物种scRNA-seq数据集,80个scST数据集,5个scATAC-seq数据集 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
207 | 2025-10-05 |
Tracking clonal evolution during treatment in ovarian cancer using cell-free DNA
2025-Oct-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09580-0
PMID:41034582
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研究论文 | 开发CloneSeq-SV方法追踪卵巢癌治疗期间克隆演化过程 | 利用肿瘤克隆特异性结构变异作为高灵敏度内源性循环DNA标记,实现克隆群体相对丰度测量和进化分析 | 样本量有限(18例患者),需要更大规模验证 | 研究高级别浆液性卵巢癌治疗过程中耐药性的克隆演化机制 | 18例高级别浆液性卵巢癌患者 | 基因组学 | 卵巢癌 | 单细胞全基因组测序,靶向深度测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,转录组数据,循环DNA | 18例HGSOC患者从诊断到复发的多年时间序列样本 | NA | 单细胞全基因组测序,靶向深度测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
208 | 2025-10-05 |
Identifying candidate genes for spermatogenic failure and predicting ICSI outcomes using single-cell RNA sequencing and protein-protein interaction networks
2025-Sep-30, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deaf186
PMID:41033661
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和蛋白质相互作用网络,开发机器学习框架识别精子发生障碍候选基因并预测ICSI治疗结局 | 首次将单细胞转录组数据与蛋白质相互作用网络结合,利用机器学习方法同时实现基因筛选和临床结局预测 | 训练数据依赖文献整理和数据库标注,可能存在分类错误或注释偏差;缺乏实验验证;外部队列样本量有限且多样性不足 | 提高精子发生障碍相关基因筛选效率并预测ICSI治疗结局 | 精子发生障碍患者(包括无精子症、弱精子症、畸形精子症) | 机器学习 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, 全外显子测序, 蛋白质相互作用网络分析 | 随机森林, Node2Vec | 单细胞转录组数据, 蛋白质相互作用数据, 临床数据 | 34名精子发生障碍亚型患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 全外显子测序 | NA | NA |
209 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomic analyses provide insights into SPP1+ TAM-mediated immune suppression and CD8+ T cell dysfunction in lung cancer
2025-Sep-29, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04180-3
PMID:41021043
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示SPP1+肿瘤相关巨噬细胞通过A2AR信号通路介导CD8+ T细胞功能失调的免疫抑制机制 | 首次系统比较原发性和脑转移性肺癌中SPP1+ TAM与CD8+ T细胞的相互作用,并证实抗SPP1治疗可逆转T细胞耗竭 | 研究主要基于单细胞测序数据和体外实验,缺乏体内动物模型验证 | 探究SPP1+肿瘤相关巨噬细胞在肺癌免疫抑制中的作用机制 | 肺癌原发灶和脑转移灶中的免疫细胞,特别是SPP1+ TAM和CD8+ T细胞 | 单细胞转录组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫荧光,qPCR,Western blot,共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,免疫荧光图像 | 肺癌原发和脑转移组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
210 | 2025-10-05 |
Multi-omics analysis of ILF2 reveals its prognostic value and functional roles across pan-cancer
2025-Sep-29, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03609-6
PMID:41021104
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研究论文 | 通过多组学分析揭示ILF2在泛癌中的预后价值和功能作用 | 首次对ILF2进行系统性泛癌分析,涵盖表达模式、预后意义、遗传变异、免疫浸润和治疗反应等多个维度 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证功能机制 | 阐明ILF2在泛癌中的生物学功能和临床意义 | 多种癌症类型和ILF2基因 | 生物信息学 | 泛癌分析(特别关注肝细胞癌) | 多组学分析,单细胞RNA测序 | 生物信息学分析模型 | 基因组数据,转录组数据,临床数据 | 多种癌症类型的多组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,多组学分析 | NA | NA |
211 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals NFATc1-mediated regulatory mechanisms of vascular smooth muscle cell osteogenic transformation in the osteosarcoma microenvironment
2025-Sep-29, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03606-9
PMID:41021149
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤微环境中血管平滑肌细胞成骨转化的NFATc1介导的调控机制 | 首次在单细胞分辨率下揭示NFATc1在骨肉瘤微环境中血管平滑肌细胞成骨转化中的分布特征和共表达网络 | 需要功能扰动实验来建立因果关系 | 研究骨肉瘤微环境中血管平滑肌细胞成骨转化的调控机制 | 新鲜骨肉瘤组织中的血管平滑肌细胞 | 单细胞组学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | k-近邻/Louvain聚类 | 单细胞基因表达数据 | 未明确样本数量 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium, NovaSeq 6000 | 10x Chromium Single Cell 3' v3试剂 |
212 | 2025-10-05 |
Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data establishes a cuproptosis-related gene predictive signature in breast cancer
2025-Sep-29, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03525-9
PMID:41021161
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,建立了乳腺癌中铜死亡相关基因的预测特征 | 首次系统评估铜死亡相关基因在乳腺癌中的预后意义,并构建了基于四个关键基因的预后特征模型 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 建立乳腺癌铜死亡相关基因的预后预测模型 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,加权基因共表达网络分析(WGCNA) | 预后特征模型 | 基因表达数据 | TCGA和GEO队列的多组学数据 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
213 | 2025-10-05 |
Identification of prognostic biomarkers associated with T and melanoma cell subpopulations in melanoma through integrating machine learning and multiomics
2025-Sep-29, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03701-x
PMID:41021162
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研究论文 | 本研究通过整合机器学习和多组学数据,识别了与黑色素瘤预后相关的T细胞和黑色素瘤细胞亚群,并构建了新型预后风险评分模型 | 首次鉴定出MITF+T细胞和M2细胞亚群与黑色素瘤预后的关联,并采用72种机器学习算法组合开发共识预后模型 | NA | 识别黑色素瘤预后相关的细胞亚群并构建预后预测模型 | 黑色素瘤患者和相关的细胞亚群 | 机器学习 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | 预后风险评分模型, 机器学习算法组合 | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 来自GEO数据库的多个数据集(GSE200218, GSE215121, GSE65904)和TCGA-SKCM数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 基因表达分析 | NA | NA |
214 | 2025-10-05 |
Cell division cycle 25 C (CDC25C) mediates cell-cycle progression and immune evasion in glioma
2025-Sep-29, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03596-8
PMID:41021167
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研究论文 | 本研究探讨CDC25C在胶质瘤细胞周期进展和免疫逃逸中的关键作用 | 首次系统揭示CDC25C通过调控CDK1-Cyclin B1轴促进胶质瘤细胞增殖并与免疫抑制微环境形成关联 | 研究主要基于细胞系实验和生物信息学分析,缺乏体内实验验证 | 阐明CDC25C在胶质瘤进展和免疫逃逸中的分子机制 | 胶质瘤患者样本和U87MG胶质瘤细胞系 | 癌症生物学 | 胶质瘤 | RNA测序, siRNA干扰, EdU染色, 流式细胞术, Western blot | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 多个公共数据库(TCGA, CGGA, GEO)的胶质瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
215 | 2025-10-05 |
Deciphering key chemotherapeutic drug targets within tyrosine metabolism for breast cancer and advancing a wide-ranging diagnostic strategy
2025-Sep-29, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03577-x
PMID:41021173
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研究论文 | 本研究通过整合分析乳腺癌转录组数据,探索酪氨酸代谢在乳腺癌中的作用及其与化疗反应的关系 | 开发了酪氨酸代谢共表达预后模型,其性能优于传统临床指标,并识别出MAOA和MAOB两个关键基因作为连接免疫治疗和化疗的重要潜在生物标志物 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探索酪氨酸代谢在乳腺癌早期诊断和治疗中的作用机制 | 乳腺癌患者转录组数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 转录组分析,单细胞RNA测序,分子对接 | 机器学习算法Extra Trees (BO) | 转录组数据 | TCGA和GEO数据库中的乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
216 | 2025-10-05 |
FGL1-mediated lymph node metastasis in stage T1 non-small cell lung cancer: therapeutic targeting
2025-Sep-29, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-025-00709-5
PMID:41024301
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研究论文 | 本研究揭示了FGL1在T1期非小细胞肺癌纵隔淋巴结转移中的关键作用机制 | 首次发现FGL1+细胞亚群介导T1期NSCLC的N2淋巴结转移,并验证了靶向FGL1的新型基因治疗方法 | 研究机制尚未完全阐明,临床转化需要进一步验证 | 探究T1期非小细胞肺癌纵隔淋巴结转移的分子机制并开发靶向治疗策略 | T1期非小细胞肺癌患者样本和细胞模型 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 单细胞测序,转录组测序,代谢组测序,质谱分析 | NA | 单细胞数据,转录组数据,代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
217 | 2025-10-05 |
Activation and spatial redistribution of RNA splicing factors trigger hepatic regeneration
2025-Sep-29, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101654
PMID:41033443
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研究论文 | 本研究通过时空测序和单细胞RNA测序揭示了RNA剪接因子在肝脏再生中的关键作用及其空间分布特征 | 首次发现RNA剪接因子的空间重分布驱动肝脏再生起始,并鉴定Hnrnpu为关键剪接因子 | 研究主要基于小鼠模型和肝细胞类器官,人类样本验证相对有限 | 探索肝脏再生启动的精确空间和分子机制 | 再生肝脏、肝细胞类器官(Hep-Orgs)、基因敲除小鼠模型 | 空间转录组学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD) | 时空测序, 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 基因敲除小鼠模型和肝细胞类器官 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
218 | 2025-10-05 |
Macrophages mediate acute kidney allograft rejection via a toll-like receptor 4-dependent mechanism
2025-Sep-29, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.09.014
PMID:41033459
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研究论文 | 本研究揭示巨噬细胞通过TLR4/HIF1α依赖机制介导急性肾移植排斥反应 | 首次证明髓系细胞特异性TLR4缺失可显著抑制急性肾移植排斥,并发现HIF1α是TLR4下游关键靶点 | 研究基于小鼠模型,临床转化需进一步验证 | 探究巨噬细胞在急性肾移植排斥反应中的作用机制 | 髓系细胞特异性TLR4基因敲除小鼠的肾移植模型 | 免疫学 | 肾移植排斥反应 | 单细胞RNA测序,免疫分型,药理学抑制 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据,免疫组化数据,功能指标 | 未明确样本数量的小鼠模型 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
219 | 2025-10-05 |
An Integrated Single-Cell Atlas of the Mouse Ileum Links Nutrient Metabolism with Epithelial and Immune Crosstalk
2025-Sep-29, The Journal of nutrition
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.tjnut.2025.09.034
PMID:41033583
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研究论文 | 本研究构建了首个整合的小鼠回肠单细胞图谱,揭示了上皮细胞分化、营养代谢程序及上皮-免疫细胞互作 | 首次整合绘制小鼠回肠单细胞图谱,发现肠上皮细胞亚群具有特定营养代谢功能,并鉴定浆细胞样树突状细胞为上皮-免疫互作的核心调控者 | 仅使用8周龄雄性C57BL/6J小鼠,样本来源单一,未涵盖不同年龄、性别或疾病状态 | 绘制回肠细胞异质性图谱,定义上皮分化、营养代谢程序及上皮-免疫相互作用 | 8周龄雄性C57BL/6J小鼠的回肠细胞 | 单细胞组学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序 | Seurat聚类分析,伪时间轨迹分析,细胞-细胞通讯分析 | 单细胞基因表达数据 | 32,076个回肠细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
220 | 2025-10-05 |
Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq identifies transcriptional and epigenetic blueprint guiding osteoclastogenic trajectory
2025-Sep-28, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf084
PMID:40577680
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq分析,揭示了指导破骨细胞生成轨迹的转录和表观遗传蓝图 | 首次在单细胞分辨率上整合多组学分析,发现IRF8作为破骨细胞生成的主要负调控因子 | 研究仅限于小鼠模型,人类样本验证尚需进行 | 阐明破骨细胞生成的转录和表观遗传调控机制 | 野生型和IRF8条件性敲除小鼠的破骨细胞及其前体细胞 | 单细胞多组学 | 骨溶解性疾病 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 批量RNA-seq, ChIP-seq | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 批量RNA-seq, 染色质免疫沉淀测序 | NA | NA |