单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-05-31	UCS: A Unified Approach to Cell Segmentation for Subcellular Spatial Transcriptomics 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202400975 PMID:39763408	研究论文	提出了一种针对亚细胞空间转录组学（SST）数据的统一细胞分割方法（UCS）	UCS方法通过整合核染色和转录数据，利用深度学习技术，为不同平台的SST数据提供高精度的细胞分割	未提及具体的数据集大小或验证范围	提高亚细胞空间转录组学数据中细胞分割的准确性	亚细胞空间转录组学数据	数字病理学	NA	亚细胞空间转录组学（SST）	深度学习	图像和转录数据	NA
202	2025-05-31	Feedback regulation of VISTA and Treg by TNF-α controls T cell responses in drug allergy 2025-May, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16393 PMID:39526799	研究论文	研究TNF-α通过调控VISTA和Treg细胞在药物过敏中控制T细胞反应的反馈机制	揭示了TNF-α在不同阶段的药物特异性T细胞反应中对VISTA和Treg细胞的反馈调控机制，并提出了使用Treg激动剂而非TNF-α拮抗剂治疗进行性SCARs的新策略	免疫发病机制的多样性和复杂性可能影响治疗方案的普适性	阐明SCARs的精确病理过程并优化治疗方案	SCARs患者	免疫学	药物过敏	单细胞测序、体外功能分析和临床分析	NA	临床数据和实验数据	SCARs患者样本
203	2025-05-31	Multi-view clustering for single-cell RNA-seq data based on graph fusion 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf193 PMID:40413869	研究论文	提出了一种基于图融合的多视图聚类算法scMCGF，用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类	利用多视图数据（包括线性与非线性特征、细胞通路评分矩阵等）进行图融合，提高了聚类的准确性和鲁棒性	未明确提及具体局限性，但可能受限于多视图数据的生成与融合计算复杂度	解决单细胞RNA测序数据高维性和频繁丢失事件带来的聚类挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多视图聚类算法（scMCGF）	基因表达数据	13个真实数据集
204	2025-05-31	GAEDGRN: reconstruction of gene regulatory networks based on gravity-inspired graph autoencoders 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf232 PMID:40415678	研究论文	提出了一种基于重力启发的图自动编码器（GIGAE）的新框架GAEDGRN，用于从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络（GRNs）	GAEDGRN通过GIGAE捕捉GRN中的复杂有向网络拓扑，并设计了一种基因重要性评分方法，关注GRN重建过程中的重要基因	未明确提及具体局限性	从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络，以深入了解疾病发病机制	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图自动编码器（GIGAE）	基因表达数据	三种GRN类型的七种细胞类型
205	2025-05-31	Scleraxis-expressing progenitor cells are critical for the maturation of the annulus fibrosus and demonstrate therapeutic potential 2025-May, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.04.009 PMID:40421145	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等方法，揭示了表达Scleraxis（Scx）的祖细胞在纤维环（AF）成熟和修复中的关键作用及其治疗潜力	首次发现Scx能特异性标记外层AF的祖细胞群，并证实其在AF成熟和损伤修复中的关键作用，为AF修复提供了新的细胞治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索纤维环（AF）祖细胞的特性及其在AF成熟和修复中的作用	小鼠椎间盘中的Scx表达祖细胞	细胞生物学	脊柱疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、遗传谱系追踪、体外干细胞实验、消融模型和细胞移植	NA	RNA测序数据	小鼠椎间盘细胞
206	2025-05-31	Endothelial Changes at Different Stages After Ischemic Stroke Contribute to the Regulation of Immune Cell Infiltration 2025-May, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70456 PMID:40421577	research paper	研究探讨了缺血性中风后不同阶段内皮细胞的变化如何调节免疫细胞浸润	揭示了内皮细胞在中风后不同阶段的功能差异及其对免疫细胞浸润的调节机制	研究仅基于小鼠模型，未在人类中进行验证	探究缺血性中风后内皮细胞功能变化与免疫细胞浸润的关系	小鼠的中风模型中的内皮细胞和免疫细胞	脑血管疾病研究	缺血性中风	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫荧光图像	Sham和MCAO小鼠在术后3天和14天的样本
207	2025-05-31	Exploring the impact of the liver-intestine-brain axis on brain function in non-alcoholic fatty liver disease 2025-May, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.jpha.2024.101077 PMID:40433559	研究论文	本研究探讨了非酒精性脂肪肝病(NAFLD)通过肝-肠-脑轴对脑功能的影响及其潜在治疗干预	揭示了NAFLD中微生物群变化、代谢物改变及关键调控分子对脑功能的影响，并发现DCA通过激活JAK2/STAT3通路导致小胶质细胞炎症激活等新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明NAFLD通过肝-肠-脑轴影响脑功能的分子机制并探索潜在治疗靶点	NAFLD患者和小鼠模型	医学研究	非酒精性脂肪肝病	16S rRNA测序、LC-MS非靶向代谢组学、scRNA-seq	小鼠模型	微生物组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	NAFLD患者和健康人的粪便样本、NAFLD小鼠模型
208	2025-05-31	Recent Advances in Stem Cells of Corneal Epithelia 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.45 PMID:40440164	review	本文综述了角膜上皮干细胞（CESCs）的最新研究进展，包括其位置、群体维持机制和异质性	通过角膜上皮谱系追踪、活体成像和单细胞RNA测序等新技术，揭示了CESCs的意外特性	讨论了当前研究的局限性，并指出CESCs领域亟待解决的关键问题	深入理解CESCs的特性以推动其在再生医学中的应用	角膜上皮干细胞（CESCs）	再生医学	角膜疾病	谱系追踪、活体成像、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
209	2025-05-31	Candidate Biomarkers for Hard-to-Heal Wounds Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Wound Fluid in Murine Wound Models 2025 May-Jun, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.70038 PMID:40444294	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术分析小鼠伤口模型中的伤口液体细胞，揭示了难愈性伤口的潜在生物标志物	首次使用单细胞RNA测序技术分析伤口液体细胞，发现了与细胞衰老相关的共同上调基因和免疫反应调节基因的下调	研究仅基于小鼠模型，尚未在临床环境中验证这些生物标志物的适用性	探索不依赖于单一病理学的因素，以填补当前伤口管理中的空白	小鼠伤口模型中的伤口液体细胞	digital pathology	geriatric disease	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	三种代表性延迟伤口模型（老年、糖尿病和脂多糖诱导的炎症伤口模型）与正常年轻小鼠的比较
210	2025-05-31	A tumor necrosis factor-α-responsive cryptic promoter drives overexpression of the human endogenous retrovirus ERVK-7 2025-Apr-30, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.108568 PMID:40316021	研究论文	该研究揭示了人类内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中的过度表达机制及其调控网络	发现了ERVK-7的两个新转录本ERVK-7.long和ERVK-7.short，并阐明了它们在肺腺癌中的细胞谱系特异性表达和炎症信号调控机制	研究主要聚焦于肺腺癌，未涉及其他癌症类型中ERVK-7的作用	探究ERVK-7在肺腺癌中的表达调控机制及其临床意义	人类内源性逆转录病毒ERVK-7及其在肺腺癌中的表达	基因组学	肺腺癌	单细胞转录组测序、表观遗传图谱分析	NA	基因组数据、转录组数据	NA
211	2025-05-31	Suppression of NOX2-Derived Reactive Oxygen Species (ROS) Reduces Epithelial-to-MesEnchymal Transition Through Blocking SiO2-Regulated JNK Activation 2025-Apr-30, Toxics IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxics13050365 PMID:40423444	研究论文	研究探讨了NOX2和JNK信号通路在二氧化硅诱导的肺纤维化中的作用及其相互调控机制	揭示了JNK和NOX2信号通路之间的正反馈循环在二氧化硅诱导的上皮-间质转化(EMT)中的关键作用	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，人类临床数据有限	阐明二氧化硅诱导肺纤维化的分子机制	人类上皮细胞和二氧化硅诱导的小鼠模型	分子病理学	肺纤维化/矽肺病	单细胞测序	NA	分子生物学数据	NA
212	2025-05-31	p63 co-opts the skin Krt8-to-Krt5 transition for enamel organ development 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637463 PMID:39990386	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了p63在牙釉质器官发育中调控Krt8到Krt5过渡的机制	发现p63在牙釉质器官发育中调控Krt8到Krt5过渡的机制，与皮肤发育中的功能相似	研究仅基于小鼠切牙，未涉及其他牙齿类型或物种	探究p63在牙釉质器官发育中的具体作用机制	小鼠切牙的牙釉质器官	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠切牙样本
213	2025-05-31	3D spatial transcriptomics reveals the molecular structure of input and output pathways in the mouse olfactory bulb 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639192 PMID:40060607	研究论文	使用3D空间转录组学技术重建小鼠嗅球的解剖和分子组织，揭示其分子结构	首次全面绘制了嗅球的分子结构图，揭示了嗅球分子结构如何受上皮基因表达程序的指导	研究仅针对小鼠嗅球，未涉及其他物种或脑区	探索脊椎动物大脑对称性的分子基础	小鼠嗅球	神经科学	NA	3D空间转录组学	NA	空间转录组数据	近一千个分子上不同的肾小球
214	2025-05-31	Integrating Dynamical Systems Modeling with Spatiotemporal scRNA-Seq Data Analysis 2025-Apr-22, Entropy (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/e27050453 PMID:40422408	综述	本文综述了如何利用动态系统建模与时空单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析相结合来研究细胞动态行为	整合了时间分辨scRNA-seq、空间转录组学和时间序列空间转录组学数据，结合计算框架如马尔可夫链、随机微分方程和生成模型，重建细胞动态轨迹和命运决定	NA	从系统角度建模和推断细胞动态行为	单细胞RNA测序数据和时空转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学, 时间序列空间转录组学	马尔可夫链, 随机微分方程（SDEs）, 生成模型（如最优传输和薛定谔桥）	基因表达数据, 时空数据	NA
215	2025-05-31	CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data 2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.12.632553 PMID:39868198	research paper	介绍了一个名为CellSP的计算框架，用于识别、可视化和描述mRNA的亚细胞空间模式	提出了'基因-细胞模块'的新概念，用于描述在许多细胞中具有协调亚细胞转录分布的基因集	NA	解决亚细胞转录分布功能相关空间模式的识别和解释工具缺乏的问题	亚细胞空间转录组数据	生物信息学	阿尔茨海默病、肾癌	空间转录组学	NA	mRNA分布数据	多种组织和小鼠模型
216	2025-05-31	SMAD4 and KRAS Status Shapes Cancer Cell-Stromal Cross-Talk and Therapeutic Response in Pancreatic Cancer 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2330 PMID:39841099	research paper	研究探讨了SMAD4和KRAS状态如何影响胰腺癌细胞与基质的相互作用及治疗反应	首次揭示了SMAD4缺失在KRASG12D和KRASG12V驱动的胰腺癌中对肿瘤微环境和治疗敏感性的不同影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类胰腺癌中的适用性需要进一步验证	阐明恶性细胞基因型如何影响胰腺癌细胞与基质细胞的表型及治疗效果	Trp53突变小鼠模型驱动的KRASG12D或KRASG12V胰腺癌	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及多种基因型的小鼠模型
217	2025-05-31	Lineage Tracing and Single-Cell RNA Sequencing Reveal a Common Transcriptional State in Breast Cancer Tumor-Initiating Cells Characterized by IFN/STAT1 Activity 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-4022 PMID:40230213	研究论文	通过谱系追踪和单细胞RNA测序揭示了乳腺癌肿瘤起始细胞中由IFN/STAT1活性调控的共同转录状态	开发了一个STAT响应谱系追踪系统，结合单细胞RNA测序技术，识别了TICs中与IFN/STAT1信号相关的转录状态，并发现了新的细胞表面标记物	STAT信号在某些基底样三阴性乳腺癌异种移植模型中无法检测到TICs，表明STAT信号具有TIC相关和TIC独立的功能	研究乳腺癌肿瘤起始细胞的分子表型及其调控机制	乳腺癌肿瘤起始细胞（TICs）	癌症研究	乳腺癌	谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	异种移植模型和临床样本
218	2025-05-31	Induction of macrophage efferocytosis in pancreatic cancer via PI3Kγ inhibition and radiotherapy promotes tumour control 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333492 PMID:39788719	research paper	该研究探讨了通过抑制PI3Kγ和放疗联合治疗胰腺癌，促进巨噬细胞对凋亡细胞的清除（efferocytosis），从而增强抗肿瘤免疫反应	揭示了PI3Kγ信号在限制炎症性巨噬细胞中的作用，并展示了PI3Kγ抑制与靶向放疗联合如何刺激巨噬细胞从免疫耐受转变为抗原呈递	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索胰腺导管腺癌（PDAC）中免疫抑制机制，并开发新的免疫治疗方法	胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	流式细胞术、多重免疫组化、RNA测序、单细胞RNA测序	LSL-KrasG12D/+;Trp53R172H/+;Pdx1-Cre基因工程小鼠模型	细胞数据、RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和新鲜肿瘤样本
219	2025-05-31	Spatial transcriptomics of the aging mouse brain reveals origins of inflammation in the white matter 2025-Apr-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58466-2 PMID:40185750	研究论文	通过空间转录组学技术研究年轻、中年和老年小鼠大脑，揭示了白质纤维束是炎症的主要焦点	首次系统地研究了自然衰老小鼠大脑的空间转录组特征，并确定了白质纤维束在炎症中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，结果可能需要进一步在人类样本中验证	系统理解年龄诱导的分子变化及其对大脑功能的影响	年轻、中年和老年小鼠的大脑	空间转录组学	老年疾病	空间转录组学、免疫荧光、定量MRI	NA	转录组数据、图像数据	三个年龄组的小鼠大脑（年轻、中年、老年），包括两性
220	2025-05-31	Thymic and T-cell intrinsic critical roles associated with severe combined immunodeficiency and Omenn syndrome due to a heterozygous variant (G201R) in PSMB10 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1082 PMID:39734035	research paper	该研究对一名携带PSMB10杂合变异的婴儿进行了免疫学和分子特征分析，揭示了该变异如何导致严重联合免疫缺陷和Omenn综合征	首次详细描述了PSMB10杂合变异（G201R）对免疫蛋白酶体表达、T细胞发育和选择的负面影响，并提出了胸腺植入可能的治疗益处	研究仅基于单个病例，结果可能需要更大样本量验证	阐明PSMB10杂合变异导致严重联合免疫缺陷和Omenn综合征的免疫学和分子机制	携带PSMB10杂合变异的婴儿及其细胞	免疫学	严重联合免疫缺陷和Omenn综合征	流式细胞术、免疫印迹、人工胸腺器官培养、单细胞RNA测序	人工胸腺器官模型	细胞表型数据、分子表达数据、单细胞转录组数据	1名患者及其父母（作为对照）