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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-10-31 |
Mesencephalic Astrocyte-Derived Neurotrophic Factor Binds BAX to Preserve Mitochondrial Homeostasis and Energy Metabolism for Relieving Myocardial Hypertrophy
2025-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202502835
PMID:40739335
|
研究论文 | 本研究探讨中脑星形胶质细胞源性神经营养因子(MANF)通过结合BAX蛋白维持线粒体稳态和能量代谢来缓解心肌肥厚的机制 | 首次发现MANF与促凋亡蛋白BAX相互作用,抑制其线粒体转位,从而减少线粒体损伤和心肌细胞死亡 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需要进一步验证 | 探究MANF在心肌肥厚中的作用机制 | 心肌细胞特异性MANF基因敲除小鼠模型 | 分子生物学 | 心肌肥厚 | 单细胞RNA测序,代谢组学分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,代谢数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 202 | 2025-10-31 |
Immune Cell Dynamics in Cardiac Diseases: Insights From Single-Cell Sequencing
2025-Oct, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70846
PMID:41139809
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综述 | 本文通过单细胞测序技术系统总结免疫细胞在心脏疾病中的动态调控机制 | 首次基于单细胞测序技术全面揭示心脏疾病中免疫细胞的异质性、可塑性及细胞间相互作用 | NA | 阐明免疫细胞在心脏疾病发生发展中的动态调控机制,为精准治疗提供新靶点 | 心脏疾病中的免疫细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞基因组和转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 203 | 2025-10-31 |
In Vivo Reprogramming Dysfunctional Retinal Ganglion Cells and Visual-phototransduction via Wireless Charging Nanogold for Leber's Hereditary Optic Neuropathy
2025-Oct, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202504509
PMID:40852879
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研究论文 | 开发无线充电金纳米颗粒用于治疗Leber遗传性视神经病变,通过线粒体靶向基因递送和电刺激恢复视觉光转导功能 | 首次将无线充电金纳米颗粒同时作为基因递送平台和电刺激介导的光转导恢复工具,实现线粒体靶向治疗 | 研究主要基于小鼠模型和患者来源的视网膜类器官,临床转化效果需进一步验证 | 开发Leber遗传性视神经病变的新型基因治疗方法 | 视网膜神经节细胞、Müller胶质细胞、光感受器细胞 | 基因治疗 | Leber遗传性视神经病变 | 单细胞RNA测序、时空转录组分析、iPSC分化视网膜类器官 | NA | 基因表达数据、电生理数据、转录组数据 | LHON小鼠模型和患者来源的iPSC分化视网膜类器官 | NA | 单细胞RNA测序, 时空转录组分析 | NA | NA |
| 204 | 2025-10-31 |
The overexpression of HOXC6 in LUSC and pan-squamous cell carcinomas indicates the coexistence of nuclear division regulatory mechanisms
2025-Oct, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/18758592251390255
PMID:41160411
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析HOXC6在肺鳞癌及其他鳞状细胞癌中的表达模式及功能 | 首次在泛鳞状细胞癌层面系统分析HOXC6的表达特征,并揭示其通过调控有丝分裂影响肿瘤发展的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析,需要更多实验验证HOXC6调控有丝分裂的具体分子机制 | 探究HOXC6在肺鳞癌及泛鳞状细胞癌中的表达模式、功能及其与肿瘤微环境的关系 | 肺鳞癌、宫颈鳞癌、食管鳞癌、喉鳞癌和口腔鳞癌组织样本 | 生物信息学 | 肺鳞癌 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 免疫组织化学, CRISPR基因敲除 | NA | 基因表达数据, 组织切片图像 | 多种鳞状细胞癌组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 205 | 2025-10-31 |
PreDigs: A Database of Context-specific Cell Type Markers and Precise Cell Subtypes for Digestive Cell Annotation
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf066
PMID:40795159
|
研究论文 | 开发了一个用于消化系统细胞注释的数据库PreDigs,包含124个单细胞RNA测序数据集和142种细胞类型的本体树 | 构建了首个针对消化系统的细胞标记物数据库,统一了细胞亚型标识和命名,并提供了三种不同应用场景的细胞类型标记物 | NA | 解决大规模数据集整合和细胞类型识别标准化问题,促进胃肠道肿瘤细胞组成研究 | 消化系统细胞,特别是胃肠道肿瘤相关细胞 | 生物信息学 | 胃肠道肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 单细胞RNA测序数据 | 超过340万个细胞,来自124个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 206 | 2025-10-31 |
Identification of shared pathogenetic mechanisms between endometriosis and RSA based on comprehensive bioinformatics analysis
2025-Sep, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03596-1
PMID:40705269
|
研究论文 | 通过生物信息学分析识别子宫内膜异位症和复发性自然流产之间的共享分子机制和关键基因 | 首次发现FXYD1作为连接子宫内膜异位症和复发性自然流产的关键枢纽基因,并通过单细胞RNA测序验证其在基质细胞和蜕膜细胞中的表达 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证功能机制 | 探索子宫内膜异位症和复发性自然流产之间的共享分子机制 | 子宫内膜异位症和复发性自然流产患者样本 | 生物信息学 | 妇科疾病 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序,WGCNA,功能富集分析 | 差异表达基因分析,共表达网络分析 | 基因表达数据 | GSE7305和GSE165004数据集 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 207 | 2025-10-31 |
Identification of m5C-related genes and subclusters in recurrent pregnancy loss
2025-Sep, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03580-9
PMID:40751792
|
研究论文 | 通过生物信息学方法鉴定复发性流产中m5C相关基因及其亚群 | 首次将复发性流产患者分为两个不同亚群,并分析其免疫微环境差异 | 样本量较小(48例子宫内膜组织样本) | 阐明m5C相关基因与复发性流产发病机制的关系 | 复发性流产患者的子宫内膜组织 | 生物信息学 | 复发性流产 | 机器学习,单细胞RNA测序,基因集富集分析 | 机器学习模型,列线图 | 基因表达数据 | 48例子宫内膜组织样本(24例RPL样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 208 | 2025-10-31 |
Spatial transcriptomics: a bibliometric analysis with large language model on English literatures
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf553
PMID:41139313
|
文献计量分析 | 使用大语言模型对空间转录组学英文文献进行文献计量分析 | 首次将大语言模型应用于空间转录组学领域的文献计量分析,使研究结果更加全面和具体 | 仅基于Web of Science数据库的1197篇英文文献(2015-2024年),可能存在文献覆盖不全的局限性 | 分析空间转录组学领域的研究趋势、期刊分布和关键词演变 | 1197篇空间转录组学相关英文文献 | 自然语言处理 | 癌症 | 文献计量分析,大语言模型 | 大语言模型 | 文本 | 1197篇文献 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 209 | 2025-10-31 |
scDETECT: a novel statistical model accounting for cell type correlation in single-cell RNA-seq differential expression analysis
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf556
PMID:41139925
|
研究论文 | 开发了一种考虑细胞类型相关性的单细胞RNA-seq差异表达分析新方法 | 首次在单细胞RNA-seq差异表达分析中通过贝叶斯层次模型考虑细胞类型相关性 | NA | 提高单细胞RNA-seq差异表达分析的准确性和统计功效 | 单细胞RNA-seq数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯层次模型 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 210 | 2025-10-31 |
scVGAMF: a novel imputation method for scRNA-seq data by integrating linear and non-linear features
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf562
PMID:41139927
|
研究论文 | 提出一种整合线性和非线性特征的单细胞RNA测序数据插补新方法scVGAMF | 首次将非负矩阵分解与变分图自编码器结合,同时捕捉scRNA-seq数据中的线性和非线性特征 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中dropout事件导致的缺失值问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解, 变分图自编码器, 全连接神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 211 | 2025-10-31 |
ChromoPattern: characterizing chromosomal rearrangement patterns of copy number alteration in heterogeneous tumor cell populations at single-cell resolution
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf563
PMID:41148222
|
研究论文 | 开发了ChromoPattern计算框架,用于在单细胞分辨率下量化肿瘤细胞群中与复杂拷贝数变异机制相关的染色体重排模式 | 首个能够在单细胞分辨率下系统量化四种不同染色体重排模式的计算框架,揭示了振荡模式在肿瘤异质性和进化中的关键作用 | 方法验证主要基于模拟数据和有限的实际样本,需要更广泛的临床应用验证 | 研究染色体不稳定性导致的拷贝数变异模式在肿瘤异质性和进化中的作用 | 肝癌细胞系和乳腺癌患者的单细胞DNA测序数据 | 计算生物学 | 癌症 | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序 | 计算框架 | 基因组测序数据, 转录组测序数据 | 肝癌细胞系和乳腺癌患者样本 | NA | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 212 | 2025-10-31 |
spRefine Denoises and Imputes Spatial Transcriptomics with a Reference-Free Framework Powered by Genomic Language Model
2025-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.22.649977
PMID:40631230
|
研究论文 | 提出了一种基于基因组语言模型的无参考框架spRefine,用于空间转录组数据的去噪和插补 | 首次将基因组语言模型应用于空间转录组数据的联合去噪和插补,无需参考数据集 | 未明确说明 | 解决空间转录组数据的高噪声和基因测量缺失问题 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | 衰老相关疾病 | 深度学习,基因组语言模型 | 深度学习框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 213 | 2025-10-31 |
NEUROD1 efficiently converts peripheral blood cells into neurons with partial reprogramming by pluripotency factors
2025-May-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2401387122
PMID:40299704
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过NEUROD1和四种山中因子将外周血细胞直接重编程为神经元的高效方法 | 首次使用外周血细胞替代成纤维细胞,通过五种关键转录因子组合在3周内实现谷氨酸能神经元直接重编程,无需iPSC中间阶段 | 未明确说明重编程效率的具体数值和神经元功能的全面验证 | 开发一种非侵入性、高效快速的神经元直接重编程方法 | 外周血细胞 | 细胞重编程 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 全基因组亚硫酸氢盐测序, Cre-LoxP谱系追踪 | NA | 基因表达数据, 甲基化数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 全基因组测序 | NA | NA |
| 214 | 2025-10-31 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data
2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.02.636138
PMID:39974940
|
研究论文 | 介绍了一个用于从高分辨率空间组学数据中识别空间可变特征的快速准确工具scBSP | 利用稀疏矩阵运算显著提高计算效率,能够处理数百万细胞级别的二维和三维数据,是目前处理此类数据最快的工具 | NA | 开发高效识别空间组学数据中空间可变特征的计算工具 | 空间组学数据中的空间可变基因和空间可变峰 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间组学测序 | 稀疏矩阵运算 | 空间组学数据 | 181,367个位点,19,950个基因 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium空间转录组平台 |
| 215 | 2025-10-31 |
Proteome-wide and network pharmacology integration identifies sunitinib as a potential therapeutic for type 2 diabetes targets
2025, Therapeutic advances in endocrinology and metabolism
IF:3.9Q2
DOI:10.1177/20420188251376325
PMID:41146943
|
研究论文 | 通过全蛋白质组孟德尔随机化分析和网络药理学整合,识别出舒尼替尼作为2型糖尿病的潜在治疗药物 | 首次将全蛋白质组孟德尔随机化分析与网络药理学整合,系统识别2型糖尿病治疗靶点并发现舒尼替尼的潜在治疗价值 | 需要未来临床试验验证研究结果并评估舒尼替尼的实际疗效 | 识别2型糖尿病的潜在生物标志物和治疗靶点 | 人类蛋白质组与2型糖尿病关联 | 生物信息学 | 2型糖尿病 | 孟德尔随机化分析,蛋白质-蛋白质相互作用网络,通路富集分析,单细胞RNA测序 | 逆方差加权MR,贝叶斯加权MR | 蛋白质组数据,基因组数据 | deCODE Genetics: 35,559个体(4,907种蛋白质); FinnGen研究: 65,085例T2D病例,335,112例对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 216 | 2025-10-31 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable genes from spatial transcriptomic data
2024-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.06.592851
PMID:38765956
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研究论文 | 开发了一个名为scBSP的快速准确工具,用于从空间转录组数据中识别空间可变基因 | 实现了稀疏矩阵运算,显著提高了计算效率和内存使用,能在10秒内处理包含19,950个基因和181,367个点的高清空间转录组数据 | NA | 开发高效识别空间可变基因的计算工具 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | 稀疏矩阵运算 | 空间转录组数据 | 19,950个基因,181,367个点,可达数百万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 217 | 2025-10-30 |
Biomimetic bone niche reconstructs proliferation-inhibited and therapy-resistant bone-metastatic prostate cancer
2026-Feb, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.09.041
PMID:41141585
|
研究论文 | 开发了一种模拟骨微环境的3D生物仿生平台,用于研究前列腺癌骨转移中的增殖抑制和耐药机制 | 首次通过整合磷酸钙支架、脱细胞基质、间充质干细胞和成骨细胞构建了能够诱导前列腺癌细胞进入增殖抑制状态的仿生骨微环境 | 模型仍需进一步验证其在更广泛临床样本中的适用性 | 研究前列腺癌骨转移中增殖抑制和耐药机制 | 前列腺癌细胞、间充质干细胞、成骨细胞 | 组织工程与癌症研究 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、3D组织工程 | 3D生物仿生模型 | 转录组数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 218 | 2025-10-30 |
SIGLEC15 modulates the immunosuppressive microenvironment and suppresses malignant phenotypes in triple-negative breast cancer
2026-Jan, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2025.101799
PMID:41158758
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研究论文 | 本研究探讨SIGLEC15在三阴性乳腺癌中调节免疫抑制微环境及抑制恶性表型的作用机制 | 首次系统揭示SIGLEC15通过调控EMT和免疫浸润双重机制影响乳腺癌恶性表型 | 研究样本量有限,机制研究仍需进一步深入验证 | 阐明SIGLEC15在乳腺癌中的功能作用及相关分子机制 | 乳腺癌患者样本、小鼠模型和乳腺癌细胞系 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | mRNA测序、单细胞RNA测序、体内外实验验证 | 动物模型、细胞模型 | RNA测序数据、蛋白质表达数据 | 基于人群的数据集和患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 219 | 2025-10-30 |
GPC2-CAR T cells have potent preclinical activity against orthotopic medulloblastoma xenografts
2025-Dec-18, Molecular therapy. Oncology
DOI:10.1016/j.omton.2025.201067
PMID:41159102
|
研究论文 | 本研究评估了GPC2-CAR T细胞在髓母细胞瘤异种移植模型中的临床前抗肿瘤活性 | 首次开发针对GPC2的CAR-T疗法,并在髓母细胞瘤模型中证明其通过静脉或脑室内给药均能显著诱导肿瘤消退 | 研究仅限于临床前动物模型,尚未在人体临床试验中验证 | 开发针对髓母细胞瘤的新型CAR-T免疫疗法 | 髓母细胞瘤细胞系D283和患者来源异种移植细胞系MAF1433 | 免疫治疗 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学染色,细胞因子检测 | CAR-T细胞疗法 | 基因表达数据,单细胞测序数据,免疫染色图像 | 两个髓母细胞瘤细胞系(D283和MAF1433)及患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 220 | 2025-10-30 |
Primed human pluripotent stem cell-derived blastocyst-like cell aggregates with partial lineage specification
2025-Dec, Regenerative therapy
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.reth.2025.10.007
PMID:41142457
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研究论文 | 本研究开发了一种从primed人多能干细胞直接生成人类囊胚样细胞聚集体的方法 | 使用热响应水凝胶直接从primed hPSCs生成囊胚样细胞聚集体,避免了传统方法对naïve hPSCs的依赖 | 相当比例的细胞仍保持未分化状态,未完全实现谱系特化 | 建立更易操作的人类早期发育研究模型 | primed人多能干细胞衍生的囊胚样细胞聚集体 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,免疫细胞化学,体外植入实验 | NA | 图像,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |