单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-05-01	Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma 2024-12-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115045 PMID:39661516	研究论文	本研究探讨了过敏反应中气道伤害感受神经元的分子变化及其重编程机制	发现了一类特定的炎症性迷走神经伤害感受神经元，并揭示了IL-1β、IL-13和BDNF在神经元重编程中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究过敏反应中伤害感受神经元获得促炎特性的机制	气道伤害感受神经元	神经免疫学	哮喘	逆行追踪、谱系报告、单细胞RNA测序	卵清蛋白诱导的小鼠过敏性气道炎症模型	基因表达数据、免疫细胞数据	小鼠模型
202	2025-05-01	Cellular heterogeneity and dynamics of the human uterus in healthy premenopausal women 2024-Nov-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2404775121 PMID:39471215	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，构建了健康绝经前女性子宫的细胞图谱，揭示了子宫细胞的异质性和动态变化	首次构建了包含超过167K细胞的正常子宫细胞图谱，提出了39种子类型的共识注释系统，并鉴定了多种潜在祖细胞	样本量相对较小（5个新样本+15个已发表样本），且仅针对健康绝经前女性	研究健康绝经前女性子宫的细胞异质性和动态变化	人类子宫（子宫内膜和肌层）细胞	单细胞生物学	妇科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	20名健康绝经前女性（5个新样本+15个已发表样本）的50,000多个子宫细胞
203	2025-05-01	Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma 2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.26.525731 PMID:39345572	研究论文	研究探讨了在过敏性气道炎症中，气道伤害感受神经元如何通过细胞因子重编程获得促炎表型	发现了一类独特的炎症性迷走神经伤害感受神经元，并揭示了IL-1β、IL-13和BDNF在神经元重编程中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究过敏性气道炎症中伤害感受神经元获得促炎特性的分子机制	气道伤害感受神经元	神经免疫学	哮喘	逆行追踪、谱系报告、单细胞RNA测序	卵清蛋白小鼠模型	基因表达数据	哮喘小鼠模型
204	2025-05-01	Dissecting tumor transcriptional heterogeneity from single-cell RNA-seq data by generalized binary covariance decomposition 2024-May-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.15.553436 PMID:37645713	research paper	该论文介绍了一种新的统计方法GBCD，用于从单细胞RNA测序数据中解析肿瘤转录异质性，以识别与癌症进展相关的共享转录模式	提出了一种新的统计方法GBCD，能够将转录异质性分解为可解释的组分，包括患者特异性、数据集特异性和与疾病亚型相关的共享组分	方法在存在强烈的肿瘤间异质性时表现更优，但在其他情况下可能效果有限	解析肿瘤转录异质性，识别与癌症进展相关的共享转录模式	胰腺癌腺癌（PDAC）的单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq	GBCD	RNA测序数据	来自三项研究的数据
205	2025-05-01	Restoration of neuronal progenitors by partial reprogramming in the aged neurogenic niche 2024-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00594-3 PMID:38553564	研究论文	本文研究了部分重编程对老年小鼠脑部神经源性生态位的影响，发现其能恢复神经母细胞比例并改善衰老相关的分子特征	首次系统性地研究了部分重编程对老年脑部神经源性生态位的影响，并发现其具有细胞自主性的抗衰老效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索部分重编程对老年脑部神经再生的影响	老年小鼠的脑部神经源性生态位和神经干细胞	神经生物学	衰老相关脑功能衰退	单细胞转录组学	小鼠模型	转录组数据	老年小鼠的脑组织样本和神经干细胞培养物
206	2025-05-01	Preservation of scRNA-Seq Libraries Using Existing Inactivation Protocols 2024-Feb-13, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13020167 PMID:38392905	研究论文	本文探讨了在高防护级别实验室中使用现有核酸提取灭活方案保存单细胞RNA测序文库的可行性	验证了现有灭活方案（Trizol、RLT缓冲液或AVL缓冲液）不影响单细胞测序文库质量，为高防护级别实验室中的单细胞RNA测序提供了解决方案	仅测试了三种灭活方案，未涵盖所有可能的灭活方法	解决高防护级别实验室中进行单细胞RNA测序时样本灭活与保存的技术难题	单细胞RNA测序文库	基因组学	病毒性疾病（埃博拉病毒、马尔堡病毒、拉沙病毒等）	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA序列数据	未明确说明具体样本数量
207	2025-05-01	Angiogenesis-on-a-chip coupled with single-cell RNA sequencing reveals spatially differential activations of autophagy along angiogenic sprouts 2024-01-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44427-0 PMID:38172108	研究论文	通过血管生成芯片与单细胞RNA测序结合，揭示了血管生成芽中自噬的空间差异性激活	首次利用血管生成芯片重建具有清晰端点的3D血管芽，并通过单细胞RNA测序揭示了自噬在血管芽中的空间差异性激活	研究模型可能无法完全模拟体内复杂的血管生成环境	探究自噬在血管生成芽中内皮细胞的功能异质性	血管生成芽中的内皮细胞	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序	血管生成芯片	RNA测序数据	NA
208	2025-05-01	CD38 Mediates Lung Fibrosis by Promoting Alveolar Epithelial Cell Aging 2022-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202109-2151OC PMID:35687485	研究论文	本文研究了CD38在促进肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的作用	发现了CD38在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的关键作用，并提出靶向CD38作为治疗肺纤维化的新策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究CD38在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的作用	肺泡上皮细胞和肺纤维化	NA	肺纤维化	单细胞RNA测序、实时PCR、流式细胞术、Western blotting	NA	基因表达数据	人类IPF肺样本和小鼠模型
209	2025-05-01	The molecular landscape of neural differentiation in the developing Drosophila brain revealed by targeted scRNA-seq and multi-informatic analysis 2021-04-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109039 PMID:33909998	研究论文	通过靶向单细胞mRNA测序和多信息学分析揭示了果蝇大脑发育中神经分化的分子景观	结合先验知识、计算机分析和原位验证的多信息学方法，描述了单一发育快照的分子景观，并提供了用于交互分析scRNA-seq数据集的网络工具MiCV	研究仅基于第三龄幼虫大脑的单一发育快照，可能无法全面反映神经分化过程的动态变化	研究果蝇II型神经母细胞谱系中的神经发生和分化过程	果蝇III龄幼虫大脑中的II型神经母细胞谱系	分子生物学	NA	靶向单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞mRNA测序数据	NA
210	2025-05-01	Topological Methods for Visualization and Analysis of High Dimensional Single-Cell RNA Sequencing Data 2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:30963074	research paper	本文提出了一种利用拓扑数据分析（TDA）方法Mapper来可视化和分析高维单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的新方法	该方法不仅能够捕捉细胞的聚类结构，还能保留细胞的连续基因表达拓扑结构，并通过与基因共表达网络分析结合，揭示基因共表达模块的差异表达模式	NA	开发一种新的scRNA-seq数据可视化方法，以更好地分析细胞异质性和识别细胞类型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	Mapper（TDA的一种方法）	基因表达数据	NA
211	2025-05-01	Parameter tuning is a key part of dimensionality reduction via deep variational autoencoders for single cell RNA transcriptomics 2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:30963075	research paper	本文探讨了在单细胞RNA测序数据降维中，参数调优对深度变分自编码器（VAE）性能的关键影响	揭示了在特定参数配置下，更深的神经网络可能在包含更多观测数据的数据集上表现不佳的反直觉现象，并强调了参数调优对VAE性能的极端敏感性	研究基于模拟数据，可能无法完全反映真实scRNA-seq数据的复杂性	评估变分自编码器在单细胞RNA测序数据降维中的性能及其对参数调优的敏感性	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	VAE (Tybalt)	gene expression data	模拟数据集（未明确具体样本量）
212	2025-04-30	Mendelian randomization combined with single-cell sequencing data analysis of chemokines and chemokine receptors and key genes and molecular mechanisms associated with epilepsy 2025-Apr-29, Neuroreport IF:1.6Q4 DOI:10.1097/WNR.0000000000002168 PMID:40298633	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析，探讨趋化因子及其受体相关基因在癫痫中的功能和潜在调控机制	结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，识别了与癫痫相关的关键基因和免疫细胞类型，并预测了潜在的治疗药物	研究依赖于已有的测序数据，未进行实验验证	探索趋化因子及其受体相关基因在癫痫中的功能和调控机制	癫痫患者中的趋化因子及其受体相关基因	生物信息学	癫痫	孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	6395个差异表达基因(DEGs)来自6个细胞簇
213	2025-04-30	Investigating the Prognostic Role of Telomerase-Related Cellular Senescence Gene Signatures in Breast Cancer Using Machine Learning 2025-Mar-30, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040826 PMID:40299459	研究论文	本研究通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序数据，建立了一个与端粒维持和细胞衰老相关的基因特征，用于乳腺癌的预后预测	提出了一个包含19个关键端粒和衰老相关基因的新型预后特征，并在多个独立队列中验证了其预测准确性	NA	研究端粒酶相关细胞衰老基因特征在乳腺癌预后中的作用	乳腺癌	机器学习	乳腺癌	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组化(IHC)	随机生存森林, ridge回归	RNA测序数据, 单细胞转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的数据
214	2025-04-30	Migrasome-Related Genes as Potential Prognosis and Immunotherapy Response Predictors for Colorectal Cancer 2025-Mar-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040799 PMID:40299331	research paper	该研究通过生物信息学分析迁移体相关基因，识别了T1MP1、CXCL8和MGP在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的重要作用	首次探讨了迁移体相关基因在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的潜在作用，并确定了三个关键基因作为预后生物标志物	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索迁移体相关基因在结直肠癌预后和免疫治疗反应中的作用	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	RNA-seq, WGCNA, 单细胞RNA-seq	风险模型	基因表达数据	TCGA-CRC数据集和GSE231559单细胞RNA-seq数据集
215	2025-04-30	Migrasome Marker Epidermal Growth Factor Domain-Specific O-GlcNAc Transferase: Pan-Cancer Angiogenesis Biomarker and the Potential Role of circ_0058189/miR-130a-3p/EOGT Axis in Hepatocellular Carcinoma Progression and Sorafenib Resistance 2025-Mar-22, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13040773 PMID:40299340	research paper	本研究系统性地探讨了EGFT在多种癌症中的致癌机制，特别是在肝细胞癌（HCC）进展和索拉非尼耐药中的作用	首次将EOGT确立为泛癌血管生成生物标志物，并揭示其在治疗耐药中的作用通过外泌体circRNA介导的调控机制	研究主要基于TCGA/GTEx数据，实验验证局限于Huh7细胞模型，未涵盖所有癌症类型	系统性地探讨EOGT在多种癌症中的致癌机制，特别是在肝细胞癌（HCC）进展和索拉非尼耐药中的作用	33种癌症类型的TCGA/GTEx数据，10个HCC队列，Huh7细胞模型	cancer biology	hepatocellular carcinoma	multi-omics analysis, RNA sequencing, ceRNA network construction, drug sensitivity analysis, immune microenvironment assessment	NA	genomic data, transcriptomics data, cell models	33种癌症类型的TCGA/GTEx数据，10个HCC队列，Huh7细胞模型
216	2025-04-30	Ocular immune privilege in action: the living eye imposes unique regulatory and anergic gene signatures on uveitogenic T cells 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.01.640701 PMID:40297507	research paper	该研究探讨了眼部免疫特权如何通过独特的调节和无能基因特征影响视网膜特异性T细胞，以防止自身免疫性葡萄膜炎的发生	通过单细胞转录组学和功能验证揭示了Tregs和无能T细胞的独特表型，并提出了它们共同增殖前体的平行分化路径	研究主要基于体内免疫特权模型，可能无法完全反映人类疾病的所有复杂性	揭示眼部免疫特权的分子机制，并为自身免疫、癌症和慢性感染中的T细胞调控提供新策略	视网膜特异性T细胞，特别是Foxp3+ T-regulatory cells (Tregs)和无能T细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞转录组学	体内免疫特权模型	基因表达数据	NA
217	2025-04-29	Broflanilide induces zebrafish neurobehavioral defects by interfering with synaptic homeostasis 2025-Jun, Aquatic toxicology (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.aquatox.2025.107355 PMID:40209298	研究论文	研究溴虫氟苯双酰胺对斑马鱼神经行为缺陷的影响及其突触稳态干扰机制	首次揭示了溴虫氟苯双酰胺通过干扰突触稳态导致斑马鱼神经行为缺陷的跨细胞类型转录调控机制	研究仅针对斑马鱼模型，结果外推至其他生物需谨慎	探究溴虫氟苯双酰胺对水生生物神经健康的长期风险及其作用机制	成年斑马鱼	神经毒理学	神经退行性病变	单细胞RNA测序、靶向代谢组学分析	斑马鱼神经行为模型	行为学数据、转录组数据、代谢组数据	暴露于5和25 μg/L溴虫氟苯双酰胺30天的斑马鱼
218	2025-04-29	Spatially resolved multi-omics reveals the renal cortex-metabolic reprogramming of Shenhua Tablet for intervention on IgA nephropathy 2025-Jun, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156742 PMID:40233505	研究论文	通过空间多组学策略探讨肾华片（SHT）干预IgA肾病（IgAN）的分子机制	利用空间多组学策略，首次在空间背景下全面解析SHT治疗IgAN的分子机制，包括代谢重编程和基因表达调控	研究仅基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索SHT干预IgAN的分子机制	IgA肾病大鼠模型	数字病理学	IgA肾病	空间代谢组学、空间转录组学、质谱成像	大鼠模型	代谢物、mRNA	IgA肾病大鼠模型及SHT治疗组
219	2025-04-29	Discovering governing equations of biological systems through representation learning and sparse model discovery 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf048 PMID:40290314	研究论文	提出了一种名为CLERA的新型端到端计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中发现简约的动态模型并识别活跃的基因程序	通过将监督自编码器架构与稀疏非线性动力学识别相结合，CLERA能够同时提取相关的低维表示并揭示驱动过程的潜在动态系统	NA	理解复杂生物系统的调控规则	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	监督自编码器架构与稀疏非线性动力学识别（SINDy）	基因表达数据	合成数据和生物数据
220	2025-04-29	ScRNA-Seq reveals T cell immunity in COVID-19 patients and implications for immunotherapy 2025-May-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114663 PMID:40233451	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在揭示COVID-19患者T细胞免疫异质性及其对免疫治疗影响方面的应用	利用scRNA-seq技术揭示了COVID-19患者中T细胞的异质性和功能障碍，为免疫治疗和疫苗开发提供了新见解	当前针对T细胞的治疗策略效果不一致，需要组合方法	阐明T细胞异质性如何影响COVID-19疾病严重程度	COVID-19患者的T细胞，包括常规T细胞（CD8、CD4 T细胞）和非常规T细胞（NKT细胞、MAIT细胞和γδT细胞）	生物医学	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA