单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30851 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-09-09 |
Transcription factors that define the epigenome structures and transcriptomes in microglia
2025-Sep, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2025.104814
PMID:40425139
|
研究论文 | 本文通过基因组学技术鉴定调控小胶质细胞转录组程序的关键转录因子 | 发现PU.1、Irf8、Sall1和Smad4四种转录因子形成增强子复合物作为谱系决定因子，并揭示TGF-β驱动转录因子结合的机制 | NA | 解析小胶质细胞表观基因组结构和转录组的调控机制 | 小胶质细胞及其转录因子调控网络 | 基因组学 | 神经炎症性疾病与神经退行性疾病 | ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN, 单细胞RNA-seq | NA | 基因组测序数据 | NA |
| 202 | 2025-09-09 |
CD300A+ CD8+ T Cells as Predictive Biomarkers for Achieving Functional Cure in Chronic Hepatitis B Patients Undergoing Pegylated Interferon-Alpha Therapy
2025-Sep, Alimentary pharmacology & therapeutics
IF:6.6Q1
DOI:10.1111/apt.70214
PMID:40454546
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和T细胞受体测序技术，鉴定CD300A+ CD8+ T细胞作为慢性乙型肝炎患者聚乙二醇干扰素-α治疗中获得功能性治愈的预测生物标志物 | 首次发现CD300A+ CD8+ T细胞亚群在功能性治愈患者中显著富集，并具有克隆扩增增强、细胞毒性提高和HBV抗原特异性等特征 | 研究样本量有限，且结果需要在更大规模队列中进一步验证 | 寻找能够预测慢性乙型肝炎患者聚乙二醇干扰素-α治疗疗效的生物标志物 | 慢性乙型肝炎患者 | 免疫学 | 慢性乙型肝炎 | 单细胞转录组测序、T细胞受体测序、流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞数据 | 发现队列和独立验证队列的慢性乙型肝炎患者 |
| 203 | 2025-09-09 |
An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus
2025-Sep, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02022-0
PMID:40739059
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研究论文 | 本研究通过整合单核与空间转录组学数据，构建了人类海马体的分子图谱，揭示了其细胞类型的空间组织和功能特征 | 首次结合空间转录组学（SRT）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，使用非负矩阵分解（NMF）和标签转移方法整合分析，揭示了人类海马体神经元细胞类型的空间分布和突触特化模式 | 研究仅基于10名神经典型成年捐赠者的样本，样本量相对有限，且主要聚焦前海马体区域 | 解析人类海马体的细胞类型空间组织与分子特征，探索其与认知和情绪功能的关联 | 人类海马体组织，特别是前海马体区域的细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学（SRT），单核RNA测序（snRNA-seq），非负矩阵分解（NMF），标签转移 | NA | 转录组数据，空间位置数据 | 10名神经典型成年捐赠者的海马体样本 |
| 204 | 2025-09-09 |
Single-cell RNA-sequencing as a potential approach for studying intratumor heterogeneity in pleural mesothelioma
2025-Sep, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108679
PMID:40782703
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探索胸膜间皮瘤的瘤内异质性 | 首次应用单细胞RNA测序技术分析多部位肿瘤样本中的瘤内异质性 | NA | 表征胸膜间皮瘤的瘤内异质性以解释治疗反应差的原因 | 胸膜间皮瘤患者的多部位肿瘤样本 | 生物信息学 | 胸膜间皮瘤 | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 205 | 2025-09-09 |
Regional Transcriptomic Architecture of Glioblastoma Reveals NUCB2 as a Key Orchestrator of Tumour Aggression and Immune Dysfunction
2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70814
PMID:40913484
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序分析揭示NUCB2作为胶质母细胞瘤侵袭性和免疫功能障碍的关键调控因子 | 首次发现NUCB2在肿瘤中心区域神经祖细胞样肿瘤细胞中显著上调，并证实其同时调控肿瘤干细胞增殖和免疫抑制功能 | 基于公共数据集分析，需要实验验证NUCB2作为治疗靶点的临床可行性 | 阐明胶质母细胞瘤空间分子程序驱动肿瘤进展的机制 | 胶质母细胞瘤中心和外周区域的细胞群体 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个公共数据集中的多样化细胞群体 |
| 206 | 2025-09-09 |
Single cell RNA sequencing reveals the reshaping effect of perfluorooctanoic acid on the intestinal microenvironment of mice
2025-Sep-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118540
PMID:40570792
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示全氟辛酸对小鼠肠道微环境的重塑作用 | 首次在单细胞分辨率下全面解析PFOA诱导的肠道微环境重塑，发现Ada肠上皮细胞异常增殖及CCR1-CCL5轴介导的巨噬细胞-CD8 T细胞互作新机制 | 研究主要聚焦雌性小鼠，性别差异影响的全面性有待进一步验证 | 探究全氟辛酸(PFOA)对肠道微环境的具体影响机制 | C57BL/6小鼠（雌雄双性别）的肠道组织 | 单细胞组学 | 胃肠道疾病 | scRNA-seq, 流式细胞术, 免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据 | C57BL/6小鼠（0/1/5/10 mg/kg/day剂量组，雌雄各半），雌鼠肠道组织进行scRNA-seq |
| 207 | 2025-09-09 |
Plant metabolism: zoom in to the single-cell level
2025-Sep-01, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiaf375
PMID:40889291
|
综述 | 本文综述了单细胞水平技术在植物代谢研究中的应用，强调细胞类型特异性代谢物积累及其调控网络 | 整合质谱成像、单细胞转录组和多组学技术，实现细胞分辨率下代谢物与基因表达的直接可视化 | NA | 揭示植物特异性代谢的细胞类型水平调控机制，推动精准代谢工程 | 模型植物和药用植物中的稀有或特化细胞类型 | 植物代谢组学 | NA | 质谱成像、单细胞转录组学、多组学技术 | NA | 代谢组数据、转录组数据、多组学数据 | NA |
| 208 | 2025-09-09 |
Correction to 'Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline'
2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf126
PMID:40918070
|
correction | 对先前发表的Immunopipe单细胞RNA测序和TCR测序数据分析流程文章进行更正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 209 | 2025-09-09 |
Cross-platform transcriptomic data integration identifies an overactive neuro-immune signature in human osteoarthritis synovium
2025-Aug-30, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.08.013
PMID:40889615
|
研究论文 | 通过跨平台转录组数据整合分析，鉴定出人类骨关节炎滑膜中过度活跃的神经免疫特征 | 首次采用加权Z检验整合多个公共转录组数据集，系统揭示骨关节炎滑膜中神经免疫相互作用的分子网络，并预测滑膜细胞与背根神经节伤害性感受器之间的潜在互作 | 研究基于公共数据库的二次分析，缺乏实验验证；样本量有限（N=153），且仅关注终末期骨关节炎 | 表征骨关节炎滑膜的转录表型，重点关注与疼痛相关的信号通路 | 人类非骨关节炎和骨关节炎患者的滑膜组织 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序、多组学数据分析 | 加权Z检验整合分析、基因调控网络分析 | 转录组数据 | 153名受试者（来自8个GEO数据集） |
| 210 | 2025-09-09 |
Cholinergic Waves Have a Modest Influence on the Transcriptome of Retinal Ganglion Cells
2025-Aug-27, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0165-25.2025
PMID:40695599
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胆碱能波对小鼠视网膜神经节细胞转录组的类型特异性影响 | 首次在单细胞水平揭示胆碱能波对特定功能类型RGC转录组的微妙调控，而非此前认为的广泛影响 | 研究仅关注出生后第一周，未探讨更长期发育影响；样本来源于基因敲除模型，可能存在补偿机制 | 探究β2KO小鼠模型中胆碱能波缺失对视网膜神经节细胞基因表达的影响 | 野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs） | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位杂交、全细胞记录 | NA | 基因表达数据、电生理数据 | 野生型和β2KO小鼠出生后第一周的视网膜神经节细胞 |
| 211 | 2025-09-09 |
A Benchmark of Semi-Supervised scRNA-seq Integration Methods in Real-World Scenarios
2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.23.671952
PMID:40909636
|
研究论文 | 系统评估五种半监督单细胞RNA测序整合方法在真实场景下的性能表现 | 首次在六种不同数据集和五种实际标注场景下系统比较半监督与无监督整合方法 | 仅评估了五种半监督方法，可能未涵盖所有现有方法 | 评估半监督scRNA-seq整合方法在实际应用中的有效性和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | scANVI, scGEN, ssSTACAS, scDREAMER, ItClust | 基因表达数据 | 六个不同数据集 |
| 212 | 2025-09-09 |
Integration of phospho-signaling and transcriptomics in single cells reveals distinct Th17 cell fates
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116006
PMID:40674215
|
研究论文 | 开发并应用Vivo-seq平台，在单细胞水平同时捕获转录组和磷酸化信号状态，揭示Th17细胞分化机制 | 首创Vivo-seq平台，通过深共晶溶剂固定细胞，实现转录组与磷酸化信号的多维度单细胞同步检测 | NA | 解析Th17细胞分化过程中转录与信号通路的协同调控机制 | T辅助17细胞（Th17 cells） | 单细胞多组学 | 免疫相关疾病 | scRNA-seq, 细胞内转录组和表位索引测序 | NA | 单细胞转录组数据、磷酸化蛋白数据 | NA |
| 213 | 2025-09-09 |
A spatiotemporal atlas of mouse gastrulation and early organogenesis to explore axial patterning and project in vitro models onto in vivo space
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116047
PMID:40728928
|
研究论文 | 构建了一个小鼠原肠胚形成和早期器官发生的时空图谱，用于探索轴向模式并将体外模型投影到体内空间 | 整合了E7.25和E7.5天的空间转录组数据与现有单细胞RNA-seq图谱，创建了包含15万多个细胞的高分辨率时空图谱 | NA | 研究小鼠胚胎发育过程中的空间分化模式和细胞命运决定机制 | 小鼠胚胎（E6.5-E9.5天） | 发育生物学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | 计算分析流程 | 空间转录组数据，单细胞RNA-seq数据 | 超过150,000个细胞，涵盖E6.5至E9.5天的小鼠胚胎 |
| 214 | 2025-09-09 |
Single-cell omics reveal the mechanisms of traditional Chinese medicines
2025-Aug-26, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157204
PMID:40916282
|
综述 | 本文探讨单细胞组学技术在揭示中药多组分复杂作用机制中的变革性潜力 | 首次系统阐述单细胞组学技术如何解析中药的细胞异质性和多组分协同作用机制 | 存在技术局限性和数据复杂性等挑战 | 推动中药现代化和科学验证 | 传统中药及其活性成分 | 生物医学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学 | NA | 基因组、转录组、蛋白质组、代谢组数据 | NA |
| 215 | 2025-09-09 |
A Low Sodium Diet Activates HSD2 Neurons in the Nucleus Tractus Solitarii to Promote Sodium Appetite Via the cAMP/MAPK Signaling Pathway
2025-Aug-26, Journal of integrative neuroscience
IF:2.5Q3
DOI:10.31083/JIN42286
PMID:40919635
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研究论文 | 本研究探讨低钠饮食通过激活NTS中的HSD2神经元经cAMP/MAPK信号通路促进钠食欲的神经机制 | 首次揭示HSD2神经元通过cAMP/MAPK信号通路介导钠食欲，并明确其下游神经投射靶点 | 研究仅使用小鼠模型，未在其它物种验证；神经元激活对自主神经功能的影响需进一步探讨 | 阐明低钠饮食条件下钠食欲的神经生物学机制 | 小鼠模型中的HSD2神经元及其神经通路 | 神经科学 | NA | scRNA-seq, 药理学干预, 顺行追踪, 免疫组化 | NA | 基因表达数据, 生理参数数据, 神经成像数据 | 小鼠模型（具体数量未明确说明） |
| 216 | 2025-09-09 |
Stem cells within the HPA axis in tissue homeostasis and disease
2025-Aug-22, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxaf039
PMID:40590582
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综述 | 本文总结了HPA轴内干细胞在组织稳态和疾病中的作用，包括其起源、分布及性别特异性活动 | 强调单细胞RNA测序揭示的干细胞群体异质性，并讨论体外分化HPA轴干细胞的新策略 | 对HPA轴动态组织可塑性机制的理解仍有限，尤其在人类研究中 | 探讨HPA轴干细胞在生理和病理条件下的调控功能及治疗潜力 | 下丘脑-垂体-肾上腺轴（HPA轴）中的干细胞和祖细胞 | NA | 代谢疾病、癌症 | 单细胞RNA测序、谱系追踪 | NA | NA | NA |
| 217 | 2025-09-09 |
Integrated spatial and functional metabolic profiling identified the thick ascending limb as a mitochondrial vulnerability hub in acute kidney injury
2025-Aug-22, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.07.021
PMID:40850621
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研究论文 | 通过整合空间和功能代谢分析，发现髓袢升支粗段是急性肾损伤中的线粒体脆弱性中心 | 首次结合空间转录组学、单细胞转录组学和同位素示踪成像技术，系统性揭示肾脏能量代谢的空间分布特征，并发现特定肾段对麻醉药物的代谢敏感性 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类移植样本，临床推广需进一步验证 | 探究急性肾损伤的代谢机制及其与临床麻醉药物的关联 | 小鼠模型和人类肾移植受者 | 代谢组学 | 急性肾损伤 | 空间转录组学、单细胞转录组学、免疫荧光、同位素示踪成像 | NA | 空间转录组数据、单细胞数据、影像数据 | 小鼠缺血-再灌注模型及人类肾移植样本（具体数量未明确说明） |
| 218 | 2025-09-09 |
Human single-cell atlas analysis reveals heterogeneous endothelial signaling
2025-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.15.670370
PMID:40894541
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研究论文 | 通过整合人类15个组织的单细胞RNA测序数据，系统分析内皮细胞异质性及其在组织微环境中的信号交互 | 开发计算流程分析代谢物或蛋白质介导的细胞间通讯，并首次使用主题建模识别组织特异性的内皮细胞交互模式 | 研究仅基于scRNA-seq数据，可能未完全捕捉蛋白质修饰或空间组织等层面信息 | 探究内皮细胞在不同组织和血管类型中的异质性及微环境调控机制 | 人类15个组织中的内皮细胞及其他组织驻留细胞 | 单细胞基因组学 | NA | scRNA-seq, 主题建模, 细胞间通讯分析 | 主题模型 | 单细胞RNA测序数据 | 超过300万个单细胞，涵盖15个人体组织 |
| 219 | 2025-09-09 |
TissueFormer: a neural network for labeling tissue from grouped single-cell RNA profiles
2025-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.17.670735
PMID:40894666
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研究论文 | 提出一种基于Transformer的神经网络TissueFormer，用于从单细胞RNA测序数据中推断群体水平标签 | 首次利用Transformer架构分析细胞群体组成信号，突破传统单细胞水平分析方法，能同时保持单细胞分辨率 | NA | 开发能够利用细胞组成信息推断组织身份和疾病状态的计算方法 | 小鼠大脑空间转录组数据中的细胞群体 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | Transformer | 单细胞RNA表达数据 | NA |
| 220 | 2025-09-09 |
Reviewing the Developing Significance of the Serine Protease PRSS23
2025-Aug-18, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL27294
PMID:40917042
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综述 | 本文综述了丝氨酸蛋白酶PRSS23在多种生理和病理过程中的作用及其研究进展 | 整合了PRSS23从最初发现到近期在癌症、发育生物学和单细胞技术应用中的多功能性研究 | NA | 总结PRSS23的生物学功能和临床意义 | 丝氨酸蛋白酶PRSS23及其在正常生理和疾病中的作用 | 分子生物学 | 乳腺癌、胃癌、硬皮病 | scRNA-seq、生物信息学分析 | NA | 文献数据 | NA |