单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-05-02	Caveats in Interpretation of Molecular Diagnostics in Heart Allografts 2024-07-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004895 PMID:38294835	review	本文对使用分子诊断（MDX）区分心脏移植活检中的损伤、T细胞介导的排斥反应或抗体介导的排斥反应的注意事项进行了批判性回顾	指出了分子诊断在心脏移植活检中的局限性，并提出了改进方法，如分析所有可用的活检片段以减少采样问题，以及将空间转录组学纳入工作流程	分子诊断与组织学诊断的一致性较低（低至40%），且存在重叠的模型评分，治疗意义尚未探索	评估分子诊断在心脏移植活检中的应用及其局限性	心脏移植活检中的损伤、T细胞介导的排斥反应或抗体介导的排斥反应	分子诊断	心血管疾病	分子诊断（MDX）、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
202	2025-05-02	MEK1/2-PKM2 Pathway Modulates the Immunometabolic Reprogramming of Proinflammatory Allograft-infiltrating Macrophages During Heart Transplant Rejection 2024-05-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004899 PMID:38238904	研究论文	本研究探讨了MEK1/2-PKM2通路在心脏移植排斥反应中促炎性移植物浸润巨噬细胞的免疫代谢重编程中的作用	首次揭示了MEK1/2-PKM2通路在心脏移植排斥反应中调控巨噬细胞免疫代谢表型的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探究心脏移植排斥反应中巨噬细胞免疫代谢调控的分子机制	心脏移植排斥反应中的移植物浸润巨噬细胞	免疫代谢	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、基因敲除	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据	未明确说明样本数量，使用基因敲除小鼠和药物处理模型
203	2025-05-02	Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung 2024-Feb-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3576483/v2 PMID:38077002	research paper	该研究揭示了成人肺中存在功能性造血祖细胞，这些细胞具有增殖和移植能力，且其基因特征与骨髓中的造血祖细胞不同	首次在人类肺中鉴定出功能性造血祖细胞，并发现其具有独特的基因特征和造血潜力	研究未涉及这些肺源性造血祖细胞在疾病状态下的功能变化	探索成人肺中是否存在功能性造血祖细胞及其特征	成人肺组织中的CD34阳性造血祖细胞	NA	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
204	2025-05-02	Recruitment and Maintenance of CX3CR1+CD4+ T Cells during Helminth Infection 2024-02-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300451 PMID:38180236	研究论文	本研究通过命运映射小鼠模型和单细胞RNA测序分析，揭示了CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的招募、维持及其异质性	首次详细描述了CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的动态变化及其维持机制，并发现BCL6在维持这些细胞中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的招募、维持机制及其功能特性	CX3CR1+CD4+ T细胞	免疫学	蠕虫感染	命运映射小鼠模型、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型（急性Nippostrongylus brasiliensis和慢性Schistosoma mansoni感染模型）
205	2025-05-02	Cellular Senescence Contributes to the Progression of Hyperoxic Bronchopulmonary Dysplasia 2024-Feb, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0038OC PMID:37874230	research paper	该研究探讨了细胞衰老在高氧性支气管肺发育不良（BPD）进展中的作用	揭示了细胞衰老在BPD中的关键作用，并测试了三种不同的治疗方法（KYC、TUDCA和Foxo4 dri）来减轻细胞衰老	研究主要基于动物模型，人类样本较少，可能需要更多临床验证	探究细胞衰老在BPD进展中的作用及潜在治疗方法	人类尸检肺组织和暴露于高氧环境的Sprague-Dawley大鼠幼崽	呼吸系统疾病研究	支气管肺发育不良（BPD）	组织学检查、转录组学、免疫印迹、单细胞RNA测序	动物模型（大鼠）	组织样本、RNA测序数据	人类尸检肺组织和多组大鼠实验样本
206	2025-05-02	GNTD: reconstructing spatial transcriptomes with graph-guided neural tensor decomposition informed by spatial and functional relations 2023-12-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44017-0 PMID:38092776	研究论文	本文提出了一种图引导的神经张量分解模型（GNTD），用于重建组织中的全空间转录组	GNTD模型通过分层张量结构和非线性分解，结合空间和功能关系，提高了从高度稀疏的空间分析数据中重建转录组的准确性	未明确提及具体限制，但可能受限于数据稀疏性和技术局限性	重建组织中的全空间转录组，以更好地理解细胞的结构组织和功能角色	空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组学技术	GNTD（图引导的神经张量分解模型）	空间基因表达数据	22个Visium空间转录组数据集和3个高分辨率Stereo-seq数据集以及模拟数据
207	2025-05-02	Geometric constraint-triggered collagen expression mediates bacterial-host adhesion 2023-12-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43827-6 PMID:38071397	研究论文	研究几何约束对宿主细胞与细菌相互作用的影响及其机制	揭示了空间几何约束如何通过胶原蛋白IV的异质性表达调控细菌与宿主细胞的粘附	研究仅限于体外细胞单层和动物实验，未涉及更复杂的体内环境	探究几何约束对细菌-宿主相互作用的调控机制	细菌与几何约束下的宿主细胞单层	细胞生物学	细菌感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
208	2025-05-02	STalign: Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping 2023-12-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43915-7 PMID:38065970	research paper	开发STalign工具，用于对齐空间转录组数据，考虑部分匹配的组织切片和其他局部非线性畸变	使用微分同胚度量映射（diffeomorphic metric mapping）技术对齐空间转录组数据，显著提高了基因表达和细胞类型在匹配空间位置的对应性	未明确提及具体限制	解决空间转录组数据在不同切片、样本和技术之间比较的挑战	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术（ST）	微分同胚度量映射（diffeomorphic metric mapping）	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
209	2025-05-02	Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping 2023-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.11.534630 PMID:37090640	research paper	开发了一种名为STalign的方法，用于对齐空间转录组学数据，考虑了部分匹配的组织切片和其他局部非线性畸变	使用微分同胚度量映射（diffeomorphic metric mapping）技术对齐空间转录组学数据，显著提高了基因表达和细胞类型在匹配空间位置上的对应性	未明确提及具体局限性	解决空间转录组学数据在不同切片、样本和技术之间比较的挑战	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学（ST）技术	diffeomorphic metric mapping	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠脑部数据集
210	2025-05-02	Cryobanking of Human Distal Lung Epithelial Cells for Preservation of Their Phenotypic and Functional Characteristics 2022-12, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2021-0507MA PMID:36036918	research paper	本文详细介绍了一种用于冷冻保存小鼠或人类肺组织上皮细胞的方法，以保持其表型和功能特性	提出了一种新的冷冻保存方法，能够长期保存远端肺组织的上皮细胞，适用于下游分析和研究社区的资源创建	未提及该方法是否适用于所有类型的肺上皮细胞或是否存在其他潜在限制	开发一种有效的冷冻保存方法，以保持远端肺组织上皮细胞的表型和功能特性	人类和小鼠的远端肺组织上皮细胞	生物医学工程	NA	流式细胞术、上皮类器官形成效率分析、单细胞转录组分析	NA	细胞表型数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类和小鼠的远端肺组织
211	2025-05-02	CD38 Mediates Lung Fibrosis by Promoting Alveolar Epithelial Cell Aging 2022-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202109-2151OC PMID:35687485	研究论文	该研究揭示了CD38在促进肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的关键作用	首次发现CD38作为NAD水解酶在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的核心作用，并验证了靶向CD38的治疗潜力	研究主要基于动物模型，人体治疗效果需要进一步验证	探究肺泡上皮细胞CD38在细胞衰老和肺纤维化中的作用机制	特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织和纤维化小鼠模型	呼吸系统疾病研究	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、实时PCR、流式细胞术、Western blotting	小鼠肺纤维化模型	基因表达数据、蛋白质数据	IPF患者肺组织和纤维化小鼠模型
212	2025-05-01	The mechanism by which MALAT1/CREG1 regulates premature rupture of fetal membrane through autophagy mediated differentiation of amniotic fibroblasts 2025-Aug, Non-coding RNA research IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.ncrna.2025.04.004 PMID:40297152	研究论文	探讨MALAT1/CREG1通过自噬介导的羊膜成纤维细胞分化调节胎膜早破的机制	首次揭示MALAT1通过与CREG1相互作用调节自噬相关分子表达，进而影响羊膜成纤维细胞分化的机制	研究主要基于体外实验和部分临床组织验证，缺乏大规模临床试验验证	探索通过干预成纤维细胞解决羊膜修复相关的科学问题，为临床治疗胎膜早破提供依据	胎膜组织和原代羊膜成纤维细胞	分子生物学	产科疾病	单细胞测序、Sirius染色、荧光染色、拉曼光谱、WB、PCR、RNA Pulldown、RIP、分子对接	NA	分子生物学数据	未明确说明样本数量，涉及临床组织和原代细胞
213	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing reveals tissue-specific transcriptomic changes induced by perfluorooctanesulfonic acid (PFOS) in larval zebrafish (Danio rerio) 2025-Jun-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137515 PMID:39947082	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究全氟辛烷磺酸（PFOS）对斑马鱼幼虫组织特异性转录组变化的影响	首次在斑马鱼幼虫中应用单细胞RNA测序技术揭示PFOS诱导的组织特异性转录组变化	仅研究了16μM PFOS单一浓度下的效应，未涵盖剂量反应关系	探究PFOS对斑马鱼幼虫发育毒性的分子机制	斑马鱼（Danio rerio）幼虫	基因组学	发育毒性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	受精后3-72小时的斑马鱼幼虫（暴露组与对照组）
214	2025-05-01	Uncovering differences in cadmium accumulation capacity of different Ipomoea aquatica cultivars at the level of root cell types 2025-Jun, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhaf077 PMID:40297020	research paper	研究不同品种空心菜在根部细胞类型水平上对镉积累能力的差异	首次在单细胞水平揭示了不同品种空心菜根部细胞类型对镉固定和运输的机制差异	研究仅针对两种特定品种的空心菜，结果可能不适用于其他品种	探究空心菜根部细胞类型在镉积累中的作用机制	QLQ(低镉积累)和T308(高镉积累)两种空心菜品种	植物生理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两种空心菜品种的根部细胞
215	2025-05-01	NEUROD1 efficiently converts peripheral blood cells into neurons with partial reprogramming by pluripotency factors 2025-May-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401387122 PMID:40299704	研究论文	该研究提出了一种优化的方法，利用外周血细胞通过非手术方式转化为神经元，避免了诱导多能干细胞(iPSC)中间步骤	首次展示了NEUROD1与四种Yamanaka重编程因子(OCT3/4, SOX2, KLF4, c-MYC)的独特组合能在3周内高效生成谷氨酸能神经元	未明确说明转化效率和神经元功能的长期稳定性	开发一种微创、高效、快速且便捷的细胞直接重编程方法用于神经系统研究	外周血细胞	细胞重编程	神经系统疾病	单细胞RNA测序、全基因组亚硫酸氢盐测序、Cre-LoxP系统谱系追踪	NA	基因表达数据、甲基化数据	未明确说明具体样本数量
216	2025-05-01	Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Molecular Features Underlying the Disrupted Neurogenesis Following Traumatic Brain Injury 2025-May, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24671 PMID:39760225	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示创伤性脑损伤后神经发生中断的分子特征	首次在单细胞水平上揭示了创伤性脑损伤后神经干细胞倾向于分化为胶质细胞的分子机制，并发现转录因子Dlx2在调控神经干细胞向神经元分化中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究创伤性脑损伤后神经发生中断的分子机制	小鼠脑室下区神经干细胞及其衍生细胞	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	大规模小鼠神经干细胞样本
217	2025-05-01	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Developmental Landscape of Wheat Roots 2025-May, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15321 PMID:39763237	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示小麦根尖细胞的转录组异质性和细胞类型组成	首次报道了小麦中国春品种根尖单细胞的scRNA-seq转录组，定义了细胞类型特异性标记基因，并重构了发育轨迹	仅针对小麦中国春品种进行研究，未涵盖其他小麦品种	解析小麦根尖细胞的转录组特征和发育轨迹	小麦中国春品种根尖单细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	小麦中国春品种根尖单细胞
218	2025-05-01	Myeloid deficiency of Z-DNA binding protein 1 restricts septic cardiomyopathy via promoting macrophage polarisation towards the M2-subtype 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70315 PMID:40289345	研究论文	本研究揭示了Z-DNA结合蛋白1（ZBP1）在脓毒症心肌病中的作用及其通过STAT1-ZBP1轴促进巨噬细胞M2亚型极化的机制	首次发现STAT1-ZBP1轴在巨噬细胞中促进脓毒症心肌病的作用，并证实ZBP1缺失可促进巨噬细胞向M2亚型极化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究ZBP1在脓毒症心肌病中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	LPS处理的小鼠心肌组织、内皮细胞、成纤维细胞和巨噬细胞	心血管疾病	脓毒症心肌病	scRNA-seq、snRNA-seq、免疫荧光、超声心动图	小鼠模型	mRNA测序数据、影像数据	LPS处理的小鼠心肌组织样本
219	2025-05-01	cGAS/STING signalling in macrophages aggravates obliterative bronchiolitis via an IFN-α-dependent mechanism after orthotopic tracheal transplantation in mice 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70323 PMID:40292672	research paper	研究揭示了cGAS/STING信号通路通过IFN-α2依赖性机制在巨噬细胞中加剧小鼠原位气管移植后的闭塞性细支气管炎	首次阐明cGAS/STING信号通路通过IFN-α2依赖性机制在巨噬细胞中促进闭塞性细支气管炎的进展	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究cGAS/STING信号通路在闭塞性细支气管炎发病机制中的作用	小鼠原位气管移植模型和巨噬细胞	免疫学	闭塞性细支气管炎	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫荧光染色、流式细胞术	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本量的小鼠实验
220	2025-05-01	Deciphering of intra-tumoural heterogeneity and the interplay between metastasis-associated meta-program and myofibroblasts in gastric cancer 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70319 PMID:40292733	研究论文	通过单细胞和空间转录组学解析胃癌的肿瘤内异质性，并揭示转移相关元程序与肌成纤维细胞的相互作用机制	鉴定了胃癌中的七个元程序（MP1-MP7），特别是MP7与肌成纤维细胞（myCAFs）的相互作用机制及其在免疫逃逸中的作用，为胃癌治疗提供了新的靶点	研究主要基于单细胞和空间转录组学数据，临床样本验证仍需进一步扩大样本量	解析胃癌的肿瘤内异质性及其与肿瘤微环境中肌成纤维细胞的相互作用	胃癌细胞、肌成纤维细胞（myCAFs）、CD8 T细胞	肿瘤生物学	胃癌	单细胞转录组学、空间转录组学、体外实验、临床样本分析、患者来源类器官模型（PDOs）	NA	转录组数据、临床数据	未明确提及具体样本数量，但涉及临床样本和PDOs模型