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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2026-06-19 |
Identification of Immune-Related Genes in Predicting the Progression of Colitis-Associated Colorectal Cancer: An Integrated Bioinformatics and Experimental Validation Study
2026, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S588177
PMID:42312092
|
研究论文 | 通过整合生物信息学和实验验证,识别与免疫相关的基因以预测结肠炎相关结直肠癌的进展 | 首次利用WGCNA、弹性网络逻辑回归和单细胞RNA测序综合分析,鉴定出与中性粒细胞和树突状细胞相关的13个关键免疫细胞相关CAC基因,并构建了20基因预后签名 | 当前研究主要依赖公共数据库和临床样本验证,尚未进行大规模前瞻性队列验证;免疫疗法反应预测基于TIDE评分,需要进一步实验验证 | 探索免疫细胞相关基因在结肠炎相关结直肠癌进展中的作用及其诊断和预后价值 | 溃疡性结肠炎和结直肠癌患者的数据集及临床样本 | 生物信息学 | 结直肠癌, 溃疡性结肠炎 | WGCNA, 弹性网络逻辑回归, 单细胞RNA测序, AUCell算法, Cox回归, LASSO回归, RT-qPCR | NA | 基因表达数据, 临床样本 | 未明确说明具体样本数量,涉及公共数据集和临床样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 202 | 2026-06-19 |
Development and functional adaptation of intestinal macrophages across the lifespan
2026, Clinical & translational immunology
IF:4.6Q2
DOI:10.1002/cti2.70111
PMID:42312249
|
综述 | 系统整合了从产前到衰老期肠道巨噬细胞的起源、功能多样性和生命周期特异性作用 | 提出了一个统一框架来理解生命周期各阶段肠道巨噬细胞的生物学,整合了谱系追踪、单细胞转录组学和功能研究的最新证据 | 未明确提及局限性 | 提供从产前发育到成年和衰老阶段肠道巨噬细胞起源、异质性和功能的全面综合 | 肠道巨噬细胞 | NA | 炎症性肠病 | 谱系追踪、单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 203 | 2026-06-19 |
Mitochondrial complex II orchestrates divergent effects in CD4+ and CD8+ T cells
2025-12-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI194134
PMID:41392980
|
研究论文 | 探究线粒体复合体II在CD4+和CD8+ T细胞中发挥的差异性调控作用 | 首次揭示线粒体复合体II在CD4+和CD8+ T细胞中产生截然相反的效果,为代谢调控T细胞功能提供了新见解 | 未提及 | 阐明线粒体复合体II在T细胞亚群中的特异性作用及其机制 | T细胞特异性SDHA缺陷小鼠的CD4+和CD8+ T细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 204 | 2026-06-19 |
MicroRNA-mediated neuronal detargeting alters astrocyte cell fate conversion trajectories in vivo
2025-Dec-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09169-3
PMID:41350397
|
研究论文 | 本文通过引入microRNA-124靶序列,提高了星形胶质细胞向神经元重编程的特异性,并揭示了重编程轨迹的分子机制 | 创新点在于利用microRNA-124靶序列实现神经元去靶向,提高了AAV介导的星形胶质细胞重编程的特异性,并通过单细胞转录组学揭示了不同的重编程轨迹 | 目前仅在小鼠体内验证,尚未在人类细胞中验证;重编程效率仍需进一步优化 | 提高星形胶质细胞向神经元重编程的特异性,并解析重编程轨迹的分子机制 | 小鼠大脑中的星形胶质细胞和神经元 | 机器学习 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学, AAV介导的基因传递, 谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 205 | 2026-06-19 |
STING agonists drive recruitment and intrinsic type I interferon responses in monocytic lineage cells for optimal anti-tumor immunity
2025-Dec-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf131
PMID:40633091
|
research paper | 研究STING激动剂通过募集单核细胞系细胞并诱导其内在I型干扰素反应以实现最佳抗肿瘤免疫的机制 | 发现STING激动剂治疗通过CCR5依赖性方式将携带肿瘤抗原的单核细胞从肿瘤迁移至淋巴结,并揭示了IL-18-IL-18R1相互作用在CD8+ T细胞和自然杀伤细胞与单核细胞系细胞之间的关键作用 | 未明确提及局限性 | 探究单核细胞系细胞在STING激动剂诱导的I型干扰素信号传导中的作用及其对肿瘤治疗效率的影响 | 小鼠(MC38和B16F10肿瘤模型)及其单核细胞系细胞 | machine learning | melanoma | single-cell RNA sequencing | NA | gene expression data | 小鼠模型,包括Ccr2缺陷小鼠和Lyz2-Cre-IFNAR1fl/fl小鼠 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序 |
| 206 | 2026-06-19 |
Lipid-laden macrophages in atherosclerosis and cancer
2025-12, Seminars in cancer biology
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.semcancer.2025.09.007
PMID:41005549
|
综述 | 综述了脂质负载巨噬细胞在动脉粥样硬化和癌症中的双重作用,强调其在生理和病理条件下的共有和相异功能 | 比较了动脉粥样硬化和癌症中脂质负载巨噬细胞的分子机制和基因表达谱,并评估了脂质调节策略在癌症治疗中的潜力 | NA | 探讨脂质负载巨噬细胞在动脉粥样硬化和癌症中的功能与潜在治疗策略 | 脂质负载巨噬细胞 | 机器学习 | 动脉粥样硬化, 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 207 | 2026-06-19 |
Simultaneous Measurement of RNA Synthesis and Degradation Rates in Single Cells Unveils the Regulatory Mechanisms of Temporal RNA Dynamics
2025-11-17, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202510939
PMID:41017207
|
研究论文 | 开发了scDUAL-seq技术,能够同时测量单细胞中RNA合成与降解速率,揭示时间动态RNA的调控机制 | 首次在单细胞水平实现同时测量RNA合成和降解速率,通过双核苷类似物脉冲标记、化学核苷转化和单细胞RNA测序整合,提供更准确的RNA动力学速率和调控策略 | 文中未明确说明局限性 | 解决当前转录组学方法无法同时测量单细胞中全转录组RNA合成和降解速率的问题 | 单细胞中的RNA合成与降解速率 | 机器学习 | NA | RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | scDUAL-seq | 整合双核苷类似物脉冲标记、化学核苷转化和单细胞RNA测序 |
| 208 | 2026-06-19 |
Integrated bulk and single-cell transcriptomics identifies shared and specific immune signatures in Takayasu Arteritis
2025-11-11, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-025-03673-x
PMID:41219777
|
研究论文 | 通过整合外周血T细胞亚群的批量RNA测序和主动脉组织的单细胞RNA测序,鉴定高安动脉炎中共享和特异的免疫特征 | 首次整合批量与单细胞转录组学揭示CD4+和CD8+ T细胞在高安动脉炎中的共享和特异性信号通路,并发现EGR1作为跨组织一致上调的关键分子开关和治疗靶点 | 样本量较小(8例治疗初治患者和3例健康对照用于批量测序,3例TAK患者和3例动脉粥样硬化对照用于单细胞测序),可能限制发现的普遍性 | 识别高安动脉炎的机械性生物标志物和治疗靶点 | 高安动脉炎患者和健康对照的外周血CD4+和CD8+ T细胞以及主动脉组织 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 8例治疗初治TAK患者和3例健康对照(外周血),3例TAK患者和3例动脉粥样硬化对照(主动脉组织) | Illumina | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | Illumina NovaSeq | 外周血T细胞亚群的批量RNA-seq和主动脉组织的单细胞RNA-seq均采用Illumina NovaSeq平台 |
| 209 | 2026-06-19 |
Inflammatory factor CCL2 enhances the interaction between monocyte-macrophage cells and liver parenchymal cells to promote liver inflammation and fibrosis in biliary atresia
2025-08-23, BMC pediatrics
IF:2.0Q2
DOI:10.1186/s12887-025-05984-z
PMID:40849451
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序、空间转录组学和孟德尔随机化分析,揭示CCL2在胆道闭锁肝纤维化中的关键促炎作用及其与单核-巨噬细胞的相互作用 | 首次通过多组学整合方法(scRNA-seq+ST+MR)系统解析CCL2驱动的单核-巨噬细胞与肝实质细胞互作在胆道闭锁肝纤维化进展中的动态机制 | 样本量较小(仅4例BA纤维化组织、2例胆总管囊肿和2例正常对照),且空间转录组与单细胞数据的整合分析存在技术可重复性挑战 | 探究胆道闭锁肝纤维化的快速进展中,CCL2介导的炎症-免疫微环境调控机制 | 不同纤维化程度的胆道闭锁肝组织、胆总管囊肿肝组织和正常对照肝组织 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、孟德尔随机化 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 8例样本(4例BA纤维化+2例胆总管囊肿+2例正常对照) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | NA |
| 210 | 2026-06-19 |
Reviewing the Developing Significance of the Serine Protease PRSS23
2025-08-18, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL27294
PMID:40917042
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综述 | 综述丝氨酸蛋白酶PRSS23在正常生理、疾病及实验条件下的表达与功能,汇总其主要研究成果并展望未来方向 | 首次系统整合PRSS23从发现至今的研究进展,包括其在癌症、心脏发育、纤维化疾病等不同场景中的作用,并引入单细胞RNA测序等新技术带来的新发现 | 未提及具体研究局限性,但综述性质决定其依赖现有文献,可能缺乏原始实验数据支撑 | 总结PRSS23当前研究知识并探讨未来研究方向 | 丝氨酸蛋白酶PRSS23 | 机器学习和生物信息学 | 乳腺癌、胃癌、局限性硬皮病等 | 单细胞RNA测序、生物信息学 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics等 | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium等 | 单细胞RNA测序技术具体配置未提及 |
| 211 | 2026-06-19 |
Co-development of mesoderm and endoderm enables organotypic vascularization in lung and gut organoids
2025-Aug-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.041
PMID:40592324
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研究论文 | 本研究通过共分化中胚层和内胚层,在相同球体中血管化肺和肠道类器官,重现器官特异性血管和间质的发育过程 | 首次在诱导多能干细胞来源的类器官中通过共分化中胚层和内胚层实现器官型血管化,并揭示BMP信号调控内胚层-中胚层比例的关键作用 | 未详细提及,但可能包括体外模型与体内环境的差异及移植效率的局限性 | 开发多谱系类器官平台,研究人类器官发生中细胞间通讯及疾病机制 | 诱导多能干细胞(iPSCs)来源的血管化肺和肠道类器官 | 数字病理学 | FOXF1突变相关疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确提及样本量,涉及iPSCs来源类器官及小鼠移植实验 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 212 | 2026-06-19 |
Phillyrin for sepsis-related acute lung injury: A potential strategy suppressing GSK-3β
2025-07, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2025.04.017
PMID:40359720
|
研究论文 | 该研究探讨了连翘苷通过抑制GSK-3β信号缓解脓毒症相关急性肺损伤的作用机制 | 首次结合公共数据库筛选、分子对接、孟德尔随机化分析及体内外实验,系统阐明连翘苷通过靶向抑制GSK-3β促进M2巨噬细胞极化和减少中性粒细胞招募来治疗急性肺损伤 | 研究主要基于LPS诱导的模型,未在临床试验中验证;GSK-3β抑制剂的长期安全性和其他潜在靶点未充分探讨 | 揭示连翘苷缓解脓毒症相关急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征的分子机制 | 脓毒症相关急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征 | 机器学习 | 急性肺损伤,脓毒症 | 单细胞测序,分子对接,分子动力学模拟,孟德尔随机化分析 | NA | 基因表达数据,单细胞数据,蛋白质结构数据 | 公共数据库筛选8331个靶基因,体内实验使用斑马鱼和小鼠模型,体外实验使用巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 213 | 2026-06-19 |
Genetic Associations of Clonal Hematopoiesis With Cardioembolic Stroke: Insights From Genome-Wide Mendelian Randomization, Bulk RNA, Single-Cell RNA Sequencing
2025-07, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70515
PMID:40702735
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化、批量RNA和单细胞RNA测序探索克隆造血与心源性栓塞性中风的遗传关联 | 首次利用双向双样本孟德尔随机化、多组学整合及机器学习方法,系统揭示克隆造血不确定潜能(CHIP)与心源性栓塞性中风(CES)的因果关系,并发现PARP1和CD3G作为关键治疗靶点 | 研究基于GWAS数据和公共转录组数据集,可能存在未校正的混杂因素,且样本量有限,需进一步验证因果关系和靶点的临床适用性 | 阐明克隆造血不确定潜能(CHIP)与缺血性中风(IS)的因果机制,识别关键遗传驱动因子和潜在治疗策略 | 克隆造血不确定潜能(CHIP)和缺血性中风(IS)患者 | 机器学习 | 心血管疾病 | NA | NA | 图像 | NA | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 214 | 2026-06-19 |
CXCL10highTNFαhighKi67+ Microglia Recruit and Activate CD8+ T Cells in the Brainstem During Experimental Cerebral Malaria
2025-06, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70425
PMID:40457525
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研究论文 | 本研究探讨实验性脑型疟疾中小胶质细胞的异质性及其在招募和活化CD8+ T细胞中的作用 | 首次鉴定出CXCL10highTNFαhighKi67+的独特小胶质细胞亚型,并阐明其通过持续相互作用介导CD8+ T细胞招募和活化的机制 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及人类样本;未深入探讨该亚型在其他神经系统疾病中的角色 | 揭示实验性脑型疟疾中小胶质细胞的异质性和功能,及其与CD8+ T细胞相互作用的分子机制 | C57BL/6J小鼠感染伯氏疟原虫ANKA诱导的脑型疟疾模型 | 数字病理学 | 脑型疟疾 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 电子显微镜, 共培养系统, 跨孔迁移实验, 粘附实验, 细胞毒性实验 | NA | 基因表达数据, 图像 | C57BL/6J小鼠感染伯氏疟原虫ANKA,具体数量未明确提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 215 | 2026-06-19 |
Antiviral CD4 + T and myeloid cell responses to influenza vaccines are attenuated in older adults
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651528
PMID:40654992
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研究论文 | 结合体外和离体实验及人类样本,探究老年人在接种流感疫苗后B细胞、CD4+ T细胞和髓系细胞反应的差异 | 首次通过单细胞转录组学揭示老年人T辅助细胞和髓系细胞中干扰素转录信号减弱,并指出髓系细胞转录编程改变是抗病毒T细胞反应降低的原因 | 未明确疫苗配方对髓系细胞反应的具体影响机制,且样本量可能有限 | 评估老年人对流感疫苗的细胞免疫反应,尤其是CD4+ T细胞和髓系细胞反应,并分析年龄相关免疫衰减的机制 | 年轻人和老年人的外周血免疫细胞(B细胞、CD4+ T细胞和髓系细胞) | 数字病理学 | 老年性疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及年轻和老年人类样本(具体数量未在摘要中明确) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'文库制备 |
| 216 | 2026-06-19 |
Single-cell transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity in the aortas of Takayasu arteritis
2025-03-10, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-025-03523-w
PMID:40065428
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示大动脉炎患者主动脉的细胞异质性 | 首次在单细胞水平上描绘了大动脉炎患者主动脉的细胞图谱,发现多种免疫和结构细胞的亚型特异性基因表达特征以及补体信号通路在外周血T细胞中的上调 | 样本量较小(仅3例患者主动脉样本和8例外周血样本),对照组数据来自公开数据库可能存在批次效应 | 探究大动脉炎主动脉组织的细胞异质性并发现潜在治疗靶点 | 大动脉炎患者的主动脉组织及外周血CD4+和CD8+ T细胞 | 机器学习和生物信息学 | 大动脉炎 | 单细胞转录组测序和批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据和批量RNA测序数据 | 3例患者主动脉样本和8例患者及8例健康志愿者的外周血T细胞 | Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞转录组分析和批量RNA测序 |
| 217 | 2026-06-19 |
Evaluating predictive patterns of antigen-specific B cells by single-cell transcriptome and antibody repertoire sequencing
2024-12-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.11.005
PMID:39662471
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research paper | 利用单细胞转录组和抗体库测序评估抗原特异性B细胞的预测模式 | 首次结合单细胞转录组和抗体库测序数据,使用机器学习预测抗原特异性B细胞,并评估了基于基因表达和抗体序列特征的模型性能 | 仅使用小鼠免疫B细胞数据,可能无法直接应用于人类或其他物种;机器学习模型的泛化能力需进一步验证 | 评估机器学习和基于基因表达与抗体库特征的模型在预测抗原特异性B细胞方面的性能 | 来自免疫小鼠的B细胞,标记为抗原特异性或非特异性 | machine learning | NA | 单细胞转录组测序, 抗体库测序 | CNN, LSTM, GAN, 线性模型, 非线性模型, 基于蛋白质语言模型的迁移学习 | 单细胞转录组数据, 抗体库序列数据 | 来自免疫小鼠的B细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 抗体库测序 | NA | NA |
| 218 | 2026-06-19 |
Tracking the gene expression programs and clonal relationships that underlie mast, myeloid, and T lineage specification from stem cells
2024-12-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.11.001
PMID:39615483
|
研究论文 | 利用多能干细胞分化系统,结合时间分辨单细胞RNA测序和转录谱系条形码技术,追踪从干细胞到肥大细胞、髓系和T细胞谱系规范过程中的基因表达程序和克隆关系 | 首次使用时间分辨单细胞RNA测序和转录谱系条形码技术,实时捕捉人类T细胞规范的转录动态和细胞命运限制事件,鉴定出YBX1在T细胞谱系规范中的作用,并揭示肥大细胞和髓系潜能早期在造血过程中相互分叉 | 可能受限于体外分化系统的模型特性,未涉及体内微环境的影响 | 理解人类T细胞规范的转录动态和细胞命运限制事件 | 人类多能干细胞分化而来的造血祖细胞及其衍生的肥大细胞、髓系和T细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序、转录谱系条形码 | 基因调控网络推断 | 单细胞转录组数据 | 时间分辨的单细胞RNA测序数据,涉及体外分化系统的多个时间点样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 219 | 2026-06-19 |
Single-cell RNA sequencing analysis of the retina under acute high intraocular pressure
2024-Nov-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/1673-5374.389363
PMID:38526288
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析急性高眼压下视网膜的细胞组成和分子特征 | 首次揭示高眼压下视网膜的分子变化和细胞间相互作用 | NA | 阐明高眼压下视网膜细胞的分子特征和损伤机制 | 大鼠急性高眼压模型的视网膜细胞 | 机器学习 | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 220 | 2026-06-19 |
Putting proteins in context
2024-10-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.09.009
PMID:39418999
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研究论文 | Li 等人提出了一种几何深度学习方法 PINNACLE,通过综合分析蛋白质相互作用和多器官单细胞转录组学,生成具有生物或环境上下文的蛋白质表示 | 通过结合蛋白质相互作用和多器官单细胞转录组学数据,生成了具有上下文信息的蛋白质表示,填补了传统蛋白质表示方法缺乏生物或环境背景的空白 | NA | 解决蛋白质表示缺乏生物或环境背景的问题,生成具有上下文信息的蛋白质表示 | 蛋白质及其在不同细胞类型中的功能和相互作用 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学、几何深度学习 | 几何深度学习 | 蛋白质相互作用数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |