单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-06-14	Differentiable Graph Clustering with Structural Grouping for Single-cell RNA-seq Data 2025-Jun-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf347 PMID:40511990	研究论文	提出一种名为DGCSG的新型可微分图聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，通过结合图聚类信息优化细胞特征表示	设计了可微分聚类机制，将K-way归一化切割从离散优化问题转化为可微分学习目标，并通过谱松弛联合优化图注意力自编码器	未明确提及具体局限性	优化单细胞RNA测序数据的聚类分析，以支持细胞水平的生物学研究	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图注意力自编码器(GATE), 自编码器(AE)	基因表达数据	14个scRNA-seq基准数据集
202	2025-06-14	Gene Spatial Integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation 2025-Jun-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350 PMID:40511994	研究论文	本文提出了一种名为Gene Spatial Integration (GSI)的深度学习方法，用于整合和分析空间转录组学数据，特别关注基因的空间分布特征	利用表示学习方法将基因的空间分布特征与基因表达特征整合到同一特征空间，并采用Autoencoder网络提取空间嵌入，有效解决了批次效应问题	目前仅在人类DLPFC数据集上进行了验证，需要更多样本来验证方法的普适性	提升空间转录组学数据分析的准确性和整合能力	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学(ST)	Autoencoder	基因表达数据和空间分布数据	人类DLPFC数据集(具体样本包括151673和151672)
203	2025-06-14	Sparse deconvolution of cell type medleys in spatial transcriptomics 2025-Jun-12, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013169 PMID:40505018	研究论文	本文介绍了一种名为WISpR的机器学习算法，用于在空间转录组学中准确预测细胞类型分布	WISpR算法整合了spot-specific超参数和稀疏驱动建模，克服了现有方法忽略生物学基础约束的局限性	NA	提高空间转录组学中细胞类型分布的预测准确性	空间转录组学数据中的细胞类型分布	空间转录组学	癌症	空间转录组学	WISpR	空间转录组数据	十个数据集
204	2025-06-14	A review of spatial transcriptomics in psoriasis: new insights into cellular contributions 2025-Jun-11, Current opinion in immunology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.coi.2025.102585 PMID:40505496	综述	本文综述了空间转录组学在银屑病研究中的应用及其对理解细胞类型和相互作用的贡献	结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了银屑病皮肤中特定细胞群和失调通路的新见解	NA	总结空间转录组学在银屑病研究中的应用及其对理解细胞类型和相互作用的影响	银屑病皮肤组织	数字病理学	银屑病	空间转录组学(ST), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
205	2025-06-14	Sex-specific neurotoxicity induced by long-term bisphenol A exposure: Single-cell sequencing reveals dual mechanisms involving hippocampal gliosis and neuronal apoptosis 2025-Jun-11, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2025.179810 PMID:40505511	研究论文	本研究探讨了长期暴露于双酚A（BPA）对成年小鼠行为记忆和神经系统的影响，揭示了性别特异性的神经毒性机制	首次结合行为学、形态学分析和单细胞测序技术，揭示了BPA暴露导致的性别特异性神经毒性机制，包括雌性小鼠海马胶质增生和雄性小鼠海马齿状回颗粒神经元凋亡	研究仅在小鼠模型中进行，结果向人类外推需谨慎	探究长期BPA暴露对神经系统的影响及其性别特异性机制	成年小鼠	神经毒理学	神经退行性疾病	单细胞测序	NA	行为学数据、形态学数据、单细胞测序数据	未明确说明小鼠数量
206	2025-06-14	ESC models of autism with copy-number variations reveal cell-type-specific translational vulnerability 2025-Jun-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100877 PMID:40505628	研究论文	通过建立包含63个遗传修饰小鼠胚胎干细胞系的生物资源，研究自闭症谱系障碍(ASD)的细胞类型特异性共同特征	建立了首个包含63个遗传修饰小鼠胚胎干细胞系的ASD遗传模型资源库，并发现神经元中翻译终止和NMD核心成员Upf3b表达减少的共同表型	研究主要基于小鼠模型，与人类ASD可能存在差异	理解ASD的细胞类型特异性病理机制	63个遗传修饰小鼠胚胎干细胞系及其神经分化产物	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序	小鼠胚胎干细胞模型	基因表达数据	63个遗传修饰小鼠胚胎干细胞系，其中12个代表性细胞系进行神经分化分析
207	2025-06-14	Two types of regenerative cell populations appear in acute liver injury 2025-Jun-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102503 PMID:40345206	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究发现急性肝损伤中同时出现两种不同的再生细胞群	揭示了在急性肝损伤中同时出现两种形态、分化、定位、增殖速率和信号响应显著不同的再生细胞群，其中一种群体与坏死组织接触后诱导产生，具有更高的增殖能力和去分化特征	研究基于公开的小鼠数据，可能无法完全反映人类临床情况	探究急性肝损伤中的肝再生机制	对乙酰氨基酚处理的小鼠肝脏再生过程	生物医学	肝病	单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	公开可用的对乙酰氨基酚处理小鼠数据
208	2025-06-14	Impact of HLA alloimmunization on clinical outcomes of severe aplastic anemia treated with immunosuppressive therapy 2025-Jun-10, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015301 PMID:40085951	研究论文	研究HLA同种免疫对接受免疫抑制治疗的严重再生障碍性贫血患者临床结果的影响	首次在大规模患者队列中研究HLA同种免疫与疾病结果的相关性，并使用单细胞RNA测序揭示免疫系统激活机制	研究基于观察性数据，无法确定因果关系	探讨HLA同种免疫对严重再生障碍性贫血患者预后的影响	444名接受免疫抑制治疗的严重再生障碍性贫血患者	血液病学	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序	NA	临床数据和RNA测序数据	444名患者（其中99名存在HLA同种免疫）
209	2025-06-14	Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction 2025-Jun-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.05.004 PMID:40449485	research paper	该研究探讨了抗体Fab和Fc特征在促进结核分枝杆菌限制中的作用	研究发现抗体介导的结核分枝杆菌限制与组织水平免疫反应的重组相关，并依赖于抗体Fab和Fc的合作	研究机制仍不完全清楚，且仅在动物模型中进行验证	探究抗体在结核分枝杆菌控制中的作用机制	结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）	免疫学	结核病（tuberculosis, TB）	单克隆抗体筛选、Fc变体优化、单细胞转录组学	NA	生物分子数据	小鼠模型
210	2025-06-14	Multi-omics analysis of tumor necrosis factor superfamily 4 reveals its prognostic value with T cell exhaustion feature in cancer 2025-Jun-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02666-1 PMID:40493100	研究论文	通过多组学分析探讨肿瘤坏死因子超家族4（TNFSF4）在癌症中的预后价值及其与T细胞耗竭特征的关系	首次在泛癌水平上系统研究了TNFSF4的生物学功能及其与免疫治疗反应的关系	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证	探索TNFSF4在癌症进展和免疫调节中的作用	多种癌症类型及其相关临床数据	生物信息学	癌症	RNA-seq、免疫组化、单细胞RNA-seq	Cox回归模型、基因集富集分析（GSEA）	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库中的多种癌症样本及GEO数据库中的免疫治疗队列
211	2025-06-14	A single-cell RNA-seq dataset of synovial fluid from rheumatoid arthritis treated with TNF-α/JAK inhibitor 2025-Jun-10, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05339-4 PMID:40494845	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了类风湿关节炎患者滑膜液在TNF-α和JAK抑制剂治疗前后的细胞组成、分子信号通路和功能特性	首次提供了TNF-α和JAK抑制剂对类风湿关节炎患者滑膜液细胞的单细胞水平影响数据，填补了该领域的研究空白	研究仅针对滑膜液样本，未包括滑膜组织等其他相关组织的分析	探索TNF-α和JAK抑制剂对类风湿关节炎的治疗机制，推动精准医疗发展	接受tofacitinib或adalimumab治疗的类风湿关节炎患者的滑膜液样本	数字病理学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	100,387个高质量细胞
212	2025-06-14	Multi-omics analysis of canine aging markers and evaluation of stem cell intervention 2025-Jun-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08333-z PMID:40494876	研究论文	通过多组学技术分析犬类衰老标志物并评估干细胞干预效果	鉴定出9个与衰老相关的细胞群和9个跨物种保守的CD8+ T细胞衰老特异性标志物，开发了针对衰老犬的定制代谢评估系统和基于血液的评估框架，并证明过表达NMNAT1的间充质干细胞可延缓或逆转犬类衰老	NA	揭示衰老的分子机制并探索干细胞干预在延缓衰老中的应用	不同年龄段的犬类	生物医学	老年疾病	单细胞RNA测序、多组学技术	NA	RNA测序数据、蛋白质数据、代谢数据	NA
213	2025-06-14	Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment 2025-Jun-10, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00660-y PMID:40495012	研究论文	研究ETV2通过招募抑制因子REST来限制内皮细胞谱系分化的机制	揭示了ETV2作为先驱因子通过招募REST抑制非内皮细胞谱系基因的创新机制	研究主要基于体外诱导多能干细胞模型，未涉及体内验证	探索内皮细胞谱系定向分化的分子机制	人诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞	发育生物学	NA	CUT&RUN, scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	NA
214	2025-06-14	TORC: Target-Oriented Reference Construction for supervised cell-type identification in scRNA-seq 2025-Jun-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03614-6 PMID:40495172	研究论文	本文提出了一种名为TORC的策略，用于在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中构建目标导向的参考数据，以改进监督式细胞类型识别的性能	开发了TORC策略，首次解决了scRNA-seq监督式细胞类型识别中参考数据选择和构建的问题，有效缓解了参考数据和目标数据之间数据分布和细胞类型组成的差异	未提及具体的技术限制或适用范围限制	提高scRNA-seq数据中监督式细胞类型识别的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	模拟数据和真实数据（具体数量未提及）
215	2025-06-14	spaMGCN: a graph convolutional network with autoencoder for spatial domain identification using multi-scale adaptation 2025-Jun-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03637-z PMID:40495225	研究论文	提出了一种名为spaMGCN的新方法，用于空间转录组学分析中的空间域识别，特别是在离散组织分布中表现优异	通过结合空间转录组学和空间表观基因组数据，使用自编码器和多尺度自适应图卷积网络，spaMGCN在识别离散空间域方面优于基线方法	NA	开发一种更有效的空间域识别方法，特别是在离散组织分布中	小鼠脾脏中的离散T细胞区和人类淋巴结中的滤泡细胞	空间转录组学	NA	空间转录组学、空间表观基因组学	自编码器、图卷积网络(GCN)	空间转录组数据、空间表观基因组数据	小鼠脾脏和人类淋巴结样本
216	2025-06-14	Integration of single-cell and spatial transcriptomics by SEU-TCA reveals the spatial origin of early cardiac progenitors 2025-Jun-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03633-3 PMID:40495257	研究论文	本文提出了一种名为SEU-TCA的方法，通过转移成分分析提高单细胞空间映射的准确性，并应用于小鼠原肠胚形成过程中的空间基因表达和调节子活性研究	开发了SEU-TCA方法，显著提高了单细胞空间映射的准确性，并成功应用于识别受Irx1调控的前第二心区祖细胞	未提及具体的样本量限制或技术应用的广泛性限制	提高单细胞空间转录组学中单细胞空间信息的获取准确性，并探索发育生物学中的基因调控机制	小鼠原肠胚形成过程中的心脏祖细胞	空间转录组学	心血管疾病	单细胞转录组测序、空间转录组测序	转移成分分析(TCA)	单细胞转录组数据、空间转录组数据	NA
217	2025-06-14	Regulatory TCRαβ+ double negative T cells suppress γδ T cells and alleviate colitis 2025-Jun-10, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101553 PMID:40505772	研究论文	本文探讨了调节性TCRαβ+双阴性T细胞（DNT）在结肠炎中的作用及其通过抑制γδ T细胞缓解炎症的机制	揭示了DNT细胞通过E-cadherin和NKG2D增强对γδ T细胞的细胞毒性，从而缓解结肠炎的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类DNT细胞的作用尚需进一步验证	探究调节性DNT细胞在结肠炎中的免疫调节作用及其治疗潜力	小鼠结肠炎模型中的DNT细胞和γδ T细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序和过继性转移	NA	RNA测序数据和细胞表型数据	小鼠结肠炎模型
218	2025-06-14	DWI-based Biologically Interpretable Radiomic Nomogram for Predicting 1- year Biochemical Recurrence after Radical Prostatectomy: A Deep Learning, Multicenter Study 2025-Jun-10, Current medical imaging IF:1.1Q3 DOI:10.2174/0115734056403104250527045320 PMID:40511648	研究论文	本研究开发了一种基于深度学习的放射组学列线图，用于预测前列腺癌根治术后1年的生化复发，并探讨了放射组学评分与肿瘤微环境之间的关联	结合深度学习的放射组学特征和临床参数，开发预测模型，并首次探讨放射组学评分与肿瘤微环境的关联	回顾性研究设计可能引入选择偏倚，样本量相对较小	预测前列腺癌根治术后1年内的生化复发	接受根治性前列腺切除术的前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	扩散加权成像(DWI), 单细胞RNA测序	3D U-Net, Cox比例风险回归模型	医学影像, 临床数据	349名患者(两个独立队列), 4名前瞻性参与者的单细胞RNA测序数据
219	2025-06-14	SLC6A6-Mediated Taurine Uptake Sustains Corneal Epithelial Stem/Progenitor Cell Function to Counteract Age-Related Dysfunction 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.25 PMID:40478558	research paper	本研究探讨了SLC6A6介导的牛磺酸转运在维持角膜缘干细胞/祖细胞功能中的作用及其对年龄相关角膜伤口愈合的影响	揭示了SLC6A6介导的牛磺酸摄取在角膜缘干细胞/祖细胞功能维持中的关键作用，并提出了针对年龄相关角膜疾病的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	阐明SLC6A6介导的牛磺酸转运对角膜缘干细胞/祖细胞功能维持的机制及其在年龄相关角膜功能障碍中的作用	小鼠角膜缘干细胞/祖细胞(LSPCs)和TKE2细胞系	细胞生物学	角膜疾病	LC-MS/MS, 单细胞RNA测序, 定量PCR, 免疫荧光	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	C57BL/6J小鼠和TKE2细胞系
220	2025-06-14	Age-Dependent Clonal Expansion of Non-Sperm-Forming Spermatogonial Stem Cells in Mouse Testes 2025-Jun, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70019 PMID:39985763	研究论文	研究探讨了生理衰老对小鼠睾丸中精原干细胞克隆命运行为的影响	揭示了老年小鼠睾丸中非精子形成的精原干细胞克隆的空间扩张现象及其对精子生产和遗传多样性的潜在影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	阐明生理衰老对睾丸开放微环境中精原干细胞克隆命运行为的影响	小鼠睾丸中的精原干细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序、谱系追踪和活体实时成像	NA	基因表达数据和影像数据	老年和年轻小鼠的睾丸组织