单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-08-05	Single cell RNA-sequencing reveals BHLHE40 and NDRG1 as key regulatory molecules modulating the trophoblastic senescence in preeclampsia 2025-Aug, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.06.009 PMID:40517485	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示BHLHE40和NDRG1作为调节子痫前期滋养细胞衰老的关键调控分子	首次通过整合生物信息学分析和实验验证，揭示了BHLHE40和NDRG1在子痫前期滋养细胞衰老中的关键调控作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，体内功能验证和临床转化仍需进一步研究	探索子痫前期滋养细胞衰老的分子机制和关键调控靶点	子痫前期患者的胎盘组织和LPS诱导的子痫前期大鼠模型	生物信息学	子痫前期	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ChIP检测, 批量转录组测序	WGCNA, nomogram模型	RNA测序数据	来自GEO数据库的多个数据集(GSE173193, GSE24129, GSE75010)以及人类PE胎盘和LPS诱导的PE大鼠模型
202	2025-08-05	From Molecular Chaos to Precision Medicine in the Treatment of Cardiac Hypertrophy: A Rational Use of Natural Products by Integrating Artificial Intelligence and Multi-Omics Data 2025-Aug-01, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107898 PMID:40754044	综述	本文提出了一种结合天然产物、人工智能和多组学技术的创新方法，用于治疗心脏肥大	结合天然产物与AI及多组学技术，提出针对心脏肥大的精准药物治疗策略	NA	探索心脏肥大的精准治疗方法	心脏肥大的分子机制及治疗策略	精准医疗	心血管疾病	单细胞空间转录组学、机器学习算法	机器学习	多组学数据	NA
203	2025-08-05	Molecular insights into the causal role of TG/IDL in rheumatoid arthritis: Integrating Mendelian randomization and single-cell RNA sequencing 2025-Aug-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123883 PMID:40754101	研究论文	本研究整合了孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，探讨了TG/IDL与类风湿性关节炎之间的因果关系及其分子机制	首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，揭示了TG/IDL作为类风湿性关节炎风险因素的分子机制，并鉴定了关键基因ABCA1、PLTP和GAS6的治疗潜力	研究结果主要基于小鼠模型和体外细胞培养，需要进一步在人体临床试验中验证	探讨TG/IDL与类风湿性关节炎之间的因果关系及其分子机制	类风湿性关节炎患者滑膜组织、胶原诱导性关节炎小鼠模型和成纤维样滑膜细胞培养	分子生物学	类风湿性关节炎	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	胶原诱导性关节炎(CIA)小鼠模型	基因组关联研究(GWAS)数据、单细胞RNA测序数据	NA
204	2025-08-05	Single-Cell Omics Analysis Reveals Immunological Dysregulation in COVID-19 and HIV: Identifying a Shared Abnormality of B Cell Activation via the Unfolded Protein Response and Diagnostic Biomarkers Using Machine Learning Algorithms 2025-Aug, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70538 PMID:40757697	研究论文	通过单细胞组学分析揭示COVID-19和HIV的免疫失调，发现B细胞通过未折叠蛋白反应异常激活的共同机制，并利用机器学习算法开发诊断生物标志物	首次在单细胞水平上揭示了COVID-19和HIV感染之间的相互作用，并发现B细胞中未折叠蛋白反应通路的异常激活是两种疾病的共同发病机制	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证	探究COVID-19和HIV共同感染的分子机制	COVID-19和HIV感染患者的外周血细胞亚群	生物信息学	COVID-19, HIV	单细胞转录组测序	机器学习模型	转录组数据	大量批量转录组数据集验证
205	2025-08-05	Preliminary Study on GZMA- and GSDMB-Associated Pyroptosis and CD8+ T Cell-Mediated Immune Evasion in Skin Cutaneous Melanoma 2025-Jul-31, Current topics in medicinal chemistry IF:2.9Q3 DOI:10.2174/0115680266416033250731102049 PMID:40755114	研究论文	本研究探讨了GZMA和GSDMB相关的细胞焦亡及CD8+ T细胞介导的免疫逃逸在皮肤黑色素瘤中的作用	首次基于单细胞和批量RNA-seq数据，结合细胞焦亡特征，揭示了GZMA和GSDMB在皮肤黑色素瘤中的表达模式及其与预后的关系	未发现显著的细胞焦亡相关差异表达基因，且细胞焦亡通路在肿瘤组未被激活	揭示皮肤黑色素瘤基于细胞焦亡特征的潜在发病机制	皮肤黑色素瘤(SKCM)患者	肿瘤免疫学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, qRT-PCR, CCK-8, 伤口愈合实验, Transwell实验	NA	RNA-seq数据, 临床信息	来自TCGA和GEO数据库的SKCM患者数据
206	2025-08-05	Traditional medicine Kuanxiong Aerosol alleviates atherosclerotic plaque inflammation by mitigating CX3CR1+ macrophage apoptosis via the cGAS-STING pathway 2025-Jul-30, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157120 PMID:40753933	research paper	研究探讨传统中药宽胸气雾剂通过cGAS-STING通路减轻动脉粥样硬化斑块炎症的机制	首次阐明宽胸气雾剂对巨噬细胞亚群的调控作用及其抗凋亡功能	研究主要基于ApoE-/-小鼠模型，人类样本验证不足	探索宽胸气雾剂治疗动脉粥样硬化的潜力及机制	ApoE-/-小鼠及CX3CR1+巨噬细胞亚群	心血管疾病研究	心血管疾病	UHPLC-HRMS、单细胞RNA测序、生物信息学分析、分子对接	ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化模型	基因表达数据、组织学数据	未明确提及具体样本量，使用ApoE-/-小鼠模型
207	2025-08-05	Analyses of Nogo-Family Genes in Mouse and Human Microglia Omics Datasets Identify LINGO1 as a Candidate Drug Target in Alzheimer's Disease 2025-Jul-30, Current neuropharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.2174/011570159X359944250722061312 PMID:40754867	研究论文	本研究通过分析小鼠和人类小胶质细胞组学数据集，探讨了Nogo家族基因的表达模式，并发现LINGO1作为阿尔茨海默病的潜在药物靶点	首次在小鼠和人类小胶质细胞中全面分析Nogo家族基因的表达模式，并发现LINGO1在人类AD小胶质细胞中的高度富集	研究主要依赖公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索Nogo信号系统在小胶质细胞中的功能及其在阿尔茨海默病中的作用	小鼠和人类小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	RNA-seq, RiboTag翻译分析, 单细胞测序	NA	组学数据	21个人类脑细胞单细胞测序数据集
208	2025-08-05	Single-Cell Transcriptomics: Technical Advances, Applications and Challenges in Cancer Drug Discovery 2025-Jul-30, Current cancer drug targets IF:2.3Q3 DOI:10.2174/0115680096372729250715050452 PMID:40754872	综述	本文全面概述了单细胞RNA测序技术的基本流程、发展轨迹及其在癌症药物发现中的应用，并探讨了该技术面临的挑战和未来方向	单细胞RNA测序技术为癌症药物发现提供了高分辨率的基因表达分析，能够深入理解肿瘤异质性并识别潜在药物靶点	文章讨论了单细胞RNA测序技术面临的挑战，但未具体说明技术限制或样本量不足等问题	增强读者对单细胞测序的理解，启发肿瘤药物开发的新思路，支持临床研究的转化应用	单细胞RNA测序技术在癌症药物发现中的应用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
209	2025-08-05	NNMT inhibition in cancer-associated fibroblasts restores antitumour immunity 2025-Jul-23, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09303-5 PMID:40702186	研究论文	本文探讨了NNMT在高级别浆液性卵巢癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	发现NNMT通过诱导H3K27me3低甲基化驱动CAFs分泌补体，吸引免疫抑制性MDSCs，并开发了特异性NNMT抑制剂以恢复抗肿瘤免疫	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	研究NNMT在肿瘤微环境中的免疫调节作用及其作为治疗靶点的潜力	高级别浆液性卵巢癌、乳腺癌和结肠癌的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和免疫细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌、乳腺癌、结肠癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、高通量筛选	小鼠肿瘤模型	RNA测序数据、免疫组化数据	多种小鼠癌症模型
210	2025-08-05	Renin Cells Drive Kidney Neurovascular Development and Arterial Remodeling when Renin Activity is Deficient 2025-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.08.663706 PMID:40672316	研究论文	该研究通过新型超亮肾素细胞特异性tdTomato报告小鼠、高分辨率3D成像和单细胞RNA测序技术，揭示了肾素细胞在肾脏神经血管发育和动脉重塑中的作用	使用新型超亮肾素细胞特异性tdTomato报告小鼠和高分辨率3D成像技术，首次详细描绘了肾素细胞与神经纤维及周围细胞的相互作用	研究依赖于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索肾素细胞在肾脏神经血管发育和动脉重塑中的功能	肾素细胞及其与周围神经纤维和细胞的相互作用	细胞生物学	肾脏疾病	单细胞RNA-Seq, 高分辨率3D成像	tdTomato报告小鼠	图像, 基因表达数据	小鼠模型
211	2025-08-05	Comparative ScRNA-Seq Profiling of Antigen-Specific CD4+ T cells in Semi-Allogeneic Transplantation and Pregnancy Reveals Intersecting Signatures of Rejection and Tolerance 2025-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.06.663404 PMID:40672265	研究论文	通过单细胞RNA测序比较半同种异体移植和妊娠中抗原特异性CD4+ T细胞的转录状态，揭示排斥和耐受的交叉特征	首次在移植和妊娠模型中系统比较了抗原特异性CD4+ T细胞的转录状态，发现了排斥和成功妊娠中激活的滤泡和非滤泡效应表型的显著重叠	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	探索移植和妊娠免疫中抗原特异性CD4+ T细胞的转录状态差异	抗原特异性CD4+ T细胞（包括常规T细胞和调节性T细胞）	免疫学	移植排斥/妊娠免疫	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠模型（包括初次妊娠、父系皮肤致敏妊娠模型、同种异体心脏移植模型）及部分人类数据集
212	2025-08-05	Metabolic Analysis of Tumor Cells Within Ameloblastoma at the Single-Cell Level 2025-Jul, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15239 PMID:39737843	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性	首次在单细胞水平上揭示了成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性，并确定了线粒体编程和糖酵解是影响肿瘤细胞代谢特征的主要因素	研究仅基于3个供体的17,284个细胞，样本量相对较小	表征成釉细胞瘤肿瘤细胞在单细胞分辨率下的代谢异质性	成釉细胞瘤肿瘤细胞	单细胞组学	成釉细胞瘤	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	3个供体的17,284个细胞
213	2025-08-05	CCL19+ Fibroblasts Promote Tertiary Lymphoid Structure in Oral Lichen Planus: A Retrospective Study 2025-Jul, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15266 PMID:39962879	研究论文	本研究探讨了口腔扁平苔藓(OLP)中适应性免疫的启动机制，特别关注诱导性三级淋巴结构(iTLSs)和基质-免疫微环境的作用	首次在单细胞分辨率水平上揭示了OLP中iTLSs的细胞组成和成纤维细胞-免疫细胞相互作用，并发现CCL19+成纤维细胞在T细胞趋化中的关键作用	这是一项回顾性研究，样本量有限，且机制研究主要在组织水平进行	阐明口腔扁平苔藓的发病机制，特别是三级淋巴结构和基质-免疫微环境的作用	口腔扁平苔藓患者组织和临床数据	数字病理学	口腔疾病	单细胞RNA测序，多重免疫荧光染色	NA	基因表达数据，图像数据	回顾性收集的OLP患者临床数据
214	2025-08-05	Chikungunya virus persists in joint-associated macrophages and promotes chronic disease 2025-Jun-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6917990/v1 PMID:40678223	research paper	该研究探讨了基孔肯雅病毒在关节相关巨噬细胞中的持续存在及其对慢性疾病的促进作用	通过scRNA-seq、空间转录组学和流式细胞术，发现关节相关组织中炎症性巨噬细胞的积累及其携带的CHIKV RNA，揭示了CD4 T细胞在炎症中的潜在作用	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类慢性疾病的机制	研究基孔肯雅病毒等关节致病性甲病毒导致慢性疾病的机制	感染甲病毒的小鼠关节相关组织	病毒学	基孔肯雅病毒感染	scRNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术	NA	RNA-seq数据, 流式细胞数据	感染甲病毒的小鼠关节相关组织样本
215	2025-08-05	Exact Expectation of Complete Spatial Randomness for Nearest Neighbor G(r): A Scalable Alternative to Permutations 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.11.659088 PMID:40666920	研究论文	提出了一种无需置换的闭式解析解方法，用于快速计算最近邻空间随机性（CSR）的均值和方差	提供了闭式解析解替代计算昂贵的置换方法，显著提高了计算效率和可重复性	未明确提及方法在其他类型空间数据或更大样本量下的适用性	开发一种快速、可重复的空间随机性计算方法，用于流行病学、组织生物学等领域	空间点模式数据，特别是免疫荧光样本中的细胞分布	空间分析	肾细胞癌	多重免疫荧光	解析解方法	空间点数据	模拟样本30个点，真实肾细胞癌样本未明确数量
216	2025-08-05	Spatially-distinct programming of macrophage diversity within the granulomas of Mycobacterium tuberculosis infected nonhuman primates 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.12.659348 PMID:40667206	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，分析了非人灵长类动物早期结核病模型中肺组织和肉芽肿内巨噬细胞的表型和功能多样性	揭示了巨噬细胞在结核病肉芽肿中的空间分布多样性及其与结核分枝杆菌感染的关联	研究仅限于早期结核病模型，未涵盖疾病进展的后期阶段	探究结核病肉芽肿中巨噬细胞的表型和功能多样性及其在结核病发病机制中的作用	非人灵长类动物早期结核病模型中的巨噬细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序, 免疫荧光	NA	RNA测序数据, 图像数据	非人灵长类动物早期结核病模型的肺组织和肉芽肿样本
217	2025-08-05	Identification of the CD8 + T-cell Related Signature for Predicting the Prognosis of Gastric Cancer Based on Integrated Analysis of Bulk and Single-cell RNA Sequencing Data 2024-Sep-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000528 PMID:38809517	research paper	该研究通过整合大量和单细胞RNA测序数据，识别了与CD8 + T细胞相关的特征，用于预测胃癌患者的预后	首次探索了CD8 + T细胞在胃癌中的作用，并构建了一个新的风险模型和定量列线图来预测预后和指导免疫治疗决策	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	预测胃癌患者的预后并指导免疫治疗决策	胃癌患者的基因表达数据和CD8 + T细胞相关基因	digital pathology	gastric cancer	RNA-seq, scRNA-seq	risk model, nomogram	gene expression data	数据来源于The Cancer Genome Atlas数据库和GSE134520数据集
218	2025-08-05	TIGIT Blockade Reshapes the Tumor Microenvironment Based on the Single-cell RNA-Sequencing Analysis 2024-Jun-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000511 PMID:38545758	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究TIGIT阻断对肿瘤微环境的改变及其在癌症免疫治疗中的潜力	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析TIGIT阻断后肿瘤微环境的变化，揭示了TIGIT阻断对Treg细胞、NK细胞和cDC1细胞的影响及其机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探究TIGIT阻断对肿瘤免疫微环境的影响及其在癌症治疗中的应用	小鼠模型中的T细胞、NK细胞和cDC1细胞	肿瘤免疫学	恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明小鼠数量
219	2025-08-05	AI identifies potent inducers of breast cancer stem cell differentiation based on adversarial learning from gene expression data 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae207 PMID:38701411	研究论文	利用基于对抗学习的人工智能方法，从基因表达数据中识别能够有效诱导乳腺癌干细胞分化的小分子	采用对抗学习方法消除不同数据域间的偏差，基于转录组数据预测小分子的分化诱导能力	仅验证了六种高分分子中的五种，样本量有限	开发针对乳腺癌干细胞的靶向治疗策略	乳腺癌干细胞（MDA-MB-231和MCF7细胞系）	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度神经网络（DNN）与对抗学习	基因表达数据	公开可用的未处理人类诱导多能干细胞单细胞RNA-Seq数据及LINCS数据库药物诱导基因表达谱
220	2025-08-05	scCRT: a contrastive-based dimensionality reduction model for scRNA-seq trajectory inference 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae204 PMID:38701412	研究论文	本文介绍了一种名为scCRT的新型降维模型，用于单细胞RNA测序数据的轨迹推断	scCRT整合了细胞级和集群级的对比学习模块，以利用上游分析的先验信息，提高轨迹推断的准确性	未明确提及具体局限性	开发一种专门用于单细胞RNA测序轨迹推断的降维模型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	对比学习模型	基因表达数据	54个真实数据集和81个合成数据集，总计135个数据集