单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-05-04	Multiomic analysis reveals cellular, transcriptomic and epigenetic changes in intestinal pouches of ulcerative colitis patients 2025-Jan-09, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.11.11.23298309 PMID:38014192	研究论文	通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，对溃疡性结肠炎患者的回肠袋进行了细胞类型分辨的转录组和表观遗传图谱分析	发现了回肠袋中以前未表征的吸收性和分泌性上皮细胞群，这些细胞表达部分结肠特异性基因，同时保持一些回肠特异性基因的表达	样本量较小（患者6人，健康对照6人），可能影响结果的普遍性	研究溃疡性结肠炎患者回肠袋的细胞、转录组和表观遗传变化	溃疡性结肠炎患者的回肠袋组织	生物医学研究	溃疡性结肠炎	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 单细胞表观遗传数据	6名患者（4男2女）和6名健康对照（3男3女）的配对活检样本
202	2025-05-04	Single-Cell RNA Sequencing Reveals LEF1-Driven Wnt Pathway Activation as a Shared Oncogenic Program in Hepatoblastoma and Medulloblastoma 2025-Jan-09, Current oncology (Toronto, Ont.) DOI:10.3390/curroncol32010035 PMID:39851951	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了LEF1驱动的Wnt通路激活在肝母细胞瘤和髓母细胞瘤中的共同致癌程序	发现了LEF1依赖的胚胎程序在两种儿科肿瘤中的共同转录激活，揭示了Wnt信号通路在肿瘤细胞中的调控机制	研究样本量有限，且仅针对两种特定儿科肿瘤	探究肝母细胞瘤和髓母细胞瘤中共同的致癌机制	肝母细胞瘤和髓母细胞瘤	生物信息学	肝母细胞瘤, 髓母细胞瘤	单细胞RNA测序, 多组学数据分析	ROC曲线分析	转录组数据, 单细胞数据	PBTA髓母细胞瘤队列和两个独立的髓母细胞瘤转录组队列
203	2025-05-04	Cholecystokinin (CCK) Is a Mediator Between Nutritional Intake and Gonadal Development in Teleosts 2025-Jan-08, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020078 PMID:39851506	研究论文	本研究探讨了胆囊收缩素（CCK）在鱼类营养摄入与性腺发育之间的中介作用	首次发现CCK通过下丘脑-垂体-性腺轴调控鱼类繁殖，并证实CCK能刺激GnRH3表达及FSH合成与分泌	研究主要基于草鱼模型，结论在其他鱼类中的普适性有待验证	阐明营养摄入影响性腺发育的分子机制	草鱼的下丘脑-垂体-性腺轴	NA	NA	单细胞RNA测序、原代细胞培养	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量（使用原代培养的垂体细胞和卵巢细胞）
204	2025-05-04	Comprehensive Analysis Identifies THEMIS2 as a Potential Prognostic and Immunological Biomarker in Glioblastoma 2025-Jan-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020066 PMID:39851494	研究论文	本研究首次发现THEMIS2作为胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞介导的免疫抑制的关键调节因子	首次识别THEMIS2在胶质母细胞瘤免疫抑制中的关键作用，并探讨其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	未提及具体样本量，且需要进一步实验验证THEMIS2的功能机制	探索胶质母细胞瘤免疫逃逸机制并寻找新的生物标志物和治疗靶点	胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
205	2025-05-04	Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease 2025-Jan, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877241299119 PMID:39584353	研究论文	本研究利用空间基因表达技术探索了早期阿尔茨海默病模型中背侧中缝核（DRN）基因表达的空间差异	首次在临床前AD模型中揭示了DRN亚区对AD病理的差异性易感性，并发现长链非编码RNA Map2k3os可能与tau磷酸化调控相关	空间转录组技术需要结合其他验证方法以克服其局限性	探究5-HT神经元对AD病理易感性或抵抗性的潜在遗传机制	过表达人类tau蛋白的小鼠（htau小鼠）的背侧中缝核	神经科学	阿尔茨海默病	Visium空间基因表达平台、RNAscope、免疫组化评估	htau小鼠模型	空间转录组数据	NA
206	2025-05-04	Single-Cell Insights Into Cellular Response in Abdominal Aortic Occlusion-Induced Hippocampal Injury 2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70154 PMID:39834143	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，探究了腹部主动脉闭塞（AAO）模型小鼠海马区的细胞特异性分子病理学变化	首次在单细胞水平上揭示了AAO诱导的海马损伤的转录组变化，并识别了五种不同的星形胶质细胞亚型	研究仅使用了雄性C57BL/6小鼠，可能限制了结果的普遍性	探究腹部主动脉闭塞引起的海马损伤的细胞特异性分子机制	雄性C57BL/6小鼠（8周龄）的海马组织	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	AAO小鼠模型	单细胞转录组数据	62,624个细胞对应7种细胞类型
207	2025-05-04	Data-driven model discovery and model selection for noisy biological systems 2025-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012762 PMID:39836686	研究论文	提出了一种基于混合动力系统的数据驱动框架，用于模型发现和模型选择，以处理生物系统中的噪声问题	结合神经网络和稀疏回归，有效处理高噪声生物数据，并能够整合部分已知的系统知识	方法在极端噪声条件下可能仍存在性能下降	开发一种能够处理噪声和稀疏数据的生物系统模型发现方法	生物系统的复杂动力学	机器学习	NA	稀疏识别非线性动力学(SINDy), 神经网络	混合动力系统, 神经网络	单细胞转录组数据	NA
208	2025-05-04	Trajectory inference from single-cell genomics data with a process time model 2025-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012752 PMID:39836699	研究论文	提出了一种名为Chronocell的方法，通过生物物理过程模型从单细胞转录组数据中推断细胞轨迹和动态信息	引入了'过程时间'的概念替代传统的'伪时间'，提供了一个具有生物物理意义的轨迹推断框架	过程时间推断可能具有挑战性，数据集质量和模型评估需要特别注意	改进单细胞转录组数据中的细胞轨迹推断方法	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	Chronocell模型	基因表达数据	多种数据集（从类聚类到连续分布）
209	2025-05-04	Exploring Cervical Adenocarcinoma: Epidemiological Insights, Diagnostic and Therapeutic Challenges, and Pathogenetic Mechanisms 2025-Jan, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70620 PMID:39840708	review	本文综述了宫颈腺癌的流行病学特征、诊断与治疗挑战以及最新研究进展	强调了宫颈腺癌与鳞状细胞癌在肿瘤微环境特征上的显著异质性，并总结了常见的临床前模型及其优缺点	对宫颈腺癌与鳞状细胞癌在发病机制上的异同理解有限	探讨宫颈腺癌的流行病学、诊断与治疗挑战及发病机制	宫颈腺癌及其与鳞状细胞癌的比较	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	文献数据	NA
210	2025-05-04	Predicting Outcomes in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Using scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq: A Model Development and Validation Study 2025-Jan, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70617 PMID:39840762	研究论文	该研究通过scRNA-seq和bulk RNA-seq数据开发并验证了一个预测食管鳞状细胞癌(ESCC)预后的模型	基于葡萄糖代谢相关基因集构建风险预后模型，并鉴定出4个枢纽基因(SERP1、CTSC、RAP2B和SSR4)	样本量相对有限，需要更多外部验证	开发ESCC预后预测模型并探索治疗选择	食管鳞状细胞癌患者	数字病理学	食管癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	风险预后模型	基因表达数据	GEO数据库8例、TCGA数据库99例、MSKCC中心140例
211	2025-05-04	Integrated Analysis of Bulk RNA Sequencing, eQTL, GWAS, and Single-Cell RNA Sequencing Reveals Key Genes in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70359 PMID:39853609	research paper	通过整合分析bulk RNA测序、eQTL、GWAS和单细胞RNA测序数据，揭示了肝细胞癌中的关键基因	发现了SERPING1和STEAP3两个基因在肝细胞癌的发生和发展中的关键作用，并揭示了它们在代谢调控和巨噬细胞激活等生物过程中的作用	研究依赖于公开数据集，可能存在样本选择偏差，且实验验证仅限于部分基因	发现肝细胞癌的新分子靶点用于检测和治疗	肝细胞癌（HCC）	digital pathology	liver cancer	bulk RNA测序, eQTL分析, GWAS, 单细胞RNA测序, Western blotting, 免疫组化, 定量PCR	NA	RNA测序数据, 临床数据	三个公开的HCC数据集（来自TCGA和GEO）
212	2025-05-04	A20 as a Potential Therapeutic Target for COVID-19 2025-Jan, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70127 PMID:39853876	review	本文探讨了A20作为COVID-19潜在治疗靶点的作用及其调控机制	提出A20作为调控COVID-19病理过程的关键因子，并探讨其在抗感染和抗炎症中的作用	研究主要基于文献综述和单细胞RNA-seq数据分析，缺乏实验验证	探索A20在COVID-19病理过程中的调控机制及其作为治疗靶点的潜力	COVID-19患者和健康个体的单细胞RNA-seq数据	医学研究	COVID-19	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	来自NCBI GEO数据库的健康个体和不同严重程度COVID-19患者的数据
213	2025-05-04	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Biomechanical Loading-Induced Imbalance in Bone and Fat, Leading to Ossification in Lumbar Intervertebral Disc Nucleus Pulposus Degeneration 2025-Jan, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31506 PMID:39854079	研究论文	通过单细胞转录组分析，研究生物力学负荷对腰椎间盘退变中髓核骨化的影响	发现了一种受生物力学负荷影响的CITED4+METRN+软骨细胞亚群，并揭示了其在髓核骨化中的作用	样本量较小（仅5例新鲜组织），且部分分析基于回顾性样本	探索腰椎间盘退变中髓核骨化的细胞机制和生物力学影响	腰椎间盘髓核组织（L3-S1节段）	单细胞转录组学	腰椎间盘退变	单细胞RNA测序、免疫组织化学、免疫荧光	NA	RNA测序数据、组织病理学图像	5例新鲜NP组织（L3-S1节段）+回顾性石蜡样本
214	2025-05-04	Exploring a pico-well based scRNA-seq method (HIVE) for simplified processing of equine bronchoalveolar lavage cells 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317343 PMID:39854349	研究论文	本研究评估了基于pico-well的HIVE™ scRNA-seq方法在处理马哮喘（EA）患者的支气管肺泡灌洗（BAL）细胞中的应用	HIVE方法具有实用优势，包括适用于野外和临床环境，以及适合处理敏感细胞的温和工作流程	HIVE方法在细胞类型代表性方面存在偏差，特别是粒细胞和肥大细胞的准确性需要进一步优化	评估HIVE™ scRNA-seq方法在马哮喘研究中的应用效果	马哮喘患者的支气管肺泡灌洗（BAL）细胞	数字病理学	马哮喘	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	马哮喘患者的BAL细胞样本
215	2025-05-04	Preliminary screening of new biomarkers for sepsis using bioinformatics and experimental validation 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317608 PMID:39854580	研究论文	通过生物信息学和实验验证筛选脓毒症的新生物标志物	筛选出S100A11、QPCT和IFITM2作为脓毒症的潜在新生物标志物，并通过生物信息学分析和qPCR验证其与患者预后的紧密关联	研究样本来源有限，仅基于公开数据库和部分实验验证，未进行大规模临床验证	筛选脓毒症的新型生物标志物	脓毒症患者的基因表达数据	生物信息学	脓毒症	加权基因共表达网络分析(WGCNA)、meta分析、生存分析、基因集富集分析(GSEA)、单细胞测序、qPCR	NA	基因表达数据	来自中国国家基因库(CNGBdb)的脓毒症数据，具体样本数量未明确说明
216	2025-05-04	Comprehensive transcriptomic analysis integrating bulk and single-cell RNA-seq with machine learning to identify and validate mitochondrial unfolded protein response biomarkers in patients with ischemic stroke 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1582252 PMID:40313716	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，结合机器学习方法，识别并验证了缺血性卒中患者中线粒体未折叠蛋白反应的生物标志物	首次综合运用生物信息学方法和机器学习技术，识别出与缺血性卒中相关的线粒体未折叠蛋白反应生物标志物，并通过实验验证了其诊断价值	研究样本量可能有限，且生物标志物的临床应用价值需要进一步验证	探索线粒体未折叠蛋白反应在缺血性卒中中的分子机制，并寻找相关生物标志物	缺血性卒中患者	生物信息学	缺血性卒中	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 机器学习, RT-qPCR	机器学习	基因表达数据	GSE58294数据集中的样本，以及人类外周血样本
217	2025-05-04	CITED2 Binding to EP300 Regulates Human Spermatogonial Stem Cell Proliferation and Survival Through HSPA6 2025, Stem cells international IF:3.8Q2 DOI:10.1155/sci/2362489 PMID:40313859	研究论文	本研究探讨了CITED2通过结合EP300调控人类精原干细胞增殖和存活的机制	揭示了CITED2在人类精原干细胞中的新功能及其通过HSPA6调节增殖和凋亡的机制	研究主要基于体外细胞系实验，未涉及体内模型验证	阐明人类精原干细胞自我更新和分化的调控机制	人类精原干细胞	生殖生物学	男性不育	单细胞测序、RNA测序、免疫共沉淀	NA	测序数据	人类睾丸GEO数据集中的单细胞测序数据
218	2025-05-04	The malignant signature gene of cancer-associated fibroblasts serves as a potential prognostic biomarker for colon adenocarcinoma patients 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1589678 PMID:40313961	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术识别并验证了与癌症相关成纤维细胞恶性相关的基因标记，特别是FNDC5基因，作为结肠腺癌患者的潜在预后生物标志物	首次通过单细胞RNA测序结合CNV推断和伪时间轨迹分析，识别出与CAFs恶性相关的基因，并验证了FNDC5作为独立预后基因的潜力	样本量相对较小（8,911个细胞），且仅在体外实验中验证了FNDC5的功能	探索癌症相关成纤维细胞在结肠腺癌中的特异性作用，并寻找潜在的预后生物标志物	结肠腺癌患者的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），CNV分析，伪时间轨迹分析	Cox回归模型，LASSO回归	单细胞RNA测序数据	8,911个来自正常和肿瘤样本的细胞
219	2025-05-04	BTG2-deficient mast cells remodel the tumor and tumor-draining lymph node microenvironment leading to chemotherapy resistance in breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1562700 PMID:40313959	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了BTG2缺陷型肥大细胞在乳腺癌肿瘤微环境和肿瘤引流淋巴结中的作用，及其与新辅助化疗耐药性的关联	首次发现低表达BTG2的肥大细胞通过IL-2分泌诱导Treg细胞产生，并通过Tryptase-PAR-2-pERK信号通路促进成纤维前体细胞分化，从而导致化疗耐药	研究样本量较小（仅4例乳腺癌患者），且机制研究主要在鼠模型中进行验证	探究乳腺癌化疗耐药性的免疫调控机制	乳腺癌患者肿瘤引流淋巴结和肿瘤组织中的肥大细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	鼠模型	RNA测序数据	4例乳腺癌患者（敏感组和耐药组各2例）
220	2025-05-04	Revisiting the role of cancer-associated fibroblasts in tumor microenvironment 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1582532 PMID:40313969	综述	本文深入探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤微环境中的作用及其研究挑战	提出了CAF研究中的标准化命名和生物标志物缺乏问题，并探讨了CAFs在免疫逃逸和治疗抵抗中的动态作用	CAFs的异质性和功能多样性尚未完全理解，现有检测方法缺乏标准化和可靠的定量测量	旨在分析CAF研究中的挑战，提出未来研究方向，并强调改进CAF靶向治疗策略的必要性	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肿瘤微环境中的作用	肿瘤生物学	癌症	单细胞转录组学、抗体检测、mRNA探针	NA	NA	NA