单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28751 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-06-13 |
Spatial Heterogeneity of Macrophages in the Human Lung
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657106
PMID:40501812
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了人类肺部不同解剖结构中巨噬细胞的分布及其在吸烟状态下的变化 | 首次报告了人类肺部巨噬细胞亚群在不同解剖结构中的积累比例，并提出了一个新的三级层次命名法来区分转录定义的肺部巨噬细胞亚群 | 样本量较小，仅包括8名无肺部疾病的捐赠者（4名吸烟者和4名非吸烟者） | 确定转录定义的人类巨噬细胞在主要肺部解剖结构中的分布，并识别吸烟引起的分布和编程变化 | 人类肺部巨噬细胞亚群 | 生物医学研究 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫荧光显微镜 | NA | 基因表达数据 | 8名人类捐赠者的肺部组织（4名吸烟者和4名非吸烟者） |
| 202 | 2025-06-13 |
Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657197
PMID:40501904
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research paper | 该论文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的途径间串扰 | 提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，专注于量化信号保真度和特异性，以分析CCC途径间的串扰，并利用超图学习方法编码调控途径中的高阶关系 | 未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性 | 研究细胞间通讯（CCC）诱导的调控网络，特别是途径间的串扰 | 单细胞RNA测序数据中的受体、转录因子和靶基因 | machine learning | NA | scRNA-seq | hypergraph learning | RNA-seq data | NA |
| 203 | 2025-06-13 |
Deciphering the combinatorial expression pattern and genetic regulatory mechanisms of Beats and Sides in the olfactory circuits of Drosophila
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657193
PMID:40502011
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research paper | 该研究通过分析果蝇嗅觉回路中Beats和Sides基因家族的组合表达模式及其遗传调控机制，揭示了这些基因在嗅觉神经元及其突触目标神经元中的特异性表达 | 首次全面描述了Beats和Sides基因家族在果蝇嗅觉回路中的组合表达模式，并探索了这些基因在神经元识别和突触发育中的潜在作用 | 虽然发现了基因组合表达模式，但破坏Beat-IIa-Side-IV相互作用并未导致显著的突触错配，表明可能存在其他补偿机制 | 探究Beats和Sides基因家族在果蝇嗅觉回路组装中的作用 | 果蝇的嗅觉受体神经元(ORNs)及其突触目标投射神经元(PNs) | 神经生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因陷阱转基因驱动系 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 204 | 2025-06-13 |
Highly sensitive and scalable time-resolved RNA sequencing in single cells with scNT-seq2
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657745
PMID:40502146
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research paper | 介绍了一种高灵敏度和可扩展的单细胞时间分辨RNA测序方法scNT-seq2 | 通过系统优化第二链cDNA合成步骤，显著提高了读取对齐率、减少了背景突变并增强了文库复杂性 | 未提及具体的技术应用限制或样本类型的局限性 | 开发一种更高效的工具以在单细胞分辨率下解析基因表达动态 | 4sU标记的K562细胞 | 基因组学 | NA | scNT-seq2, 时间分辨单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量，仅提到4sU标记的K562细胞 |
| 205 | 2025-06-13 |
Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657034
PMID:40502161
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了新生儿期吗啡暴露对青少年小鼠中脑基因表达的影响以及益生菌干预的潜在逆转作用 | 首次提供了新生儿吗啡暴露及益生菌干预后青少年中脑的单细胞RNA测序数据集，揭示了益生菌对吗啡诱导的转录组改变的缓解作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探究早期阿片类药物暴露对神经发育的影响及益生菌干预的治疗潜力 | 青少年小鼠的中脑细胞 | 神经科学 | 疼痛敏感 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 107,427个中脑单细胞 |
| 206 | 2025-06-13 |
Synthbar: A Lightweight Tool for Adding Synthetic Barcodes to Sequencing Reads
2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657070
PMID:40502055
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research paper | 介绍了一个名为Synthbar的轻量级工具，用于在测序读取中添加合成条形码 | 填补了现有工具无法轻松添加合成细胞条形码（CB）的空白，支持用户自定义CB并修改读取结构 | 未提及具体性能指标或与其他工具的对比结果 | 开发一个工具，使得基于微孔板的单细胞RNA测序（scRNA-seq）方法能够兼容需要细胞条形码的计算工具 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 测序数据 | NA |
| 207 | 2025-06-13 |
Microglia activation orchestrates CXCL10-mediated CD8+ T cell recruitment to promote aging-related white matter degeneration
2025-Jun, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01955-w
PMID:40404995
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研究论文 | 该研究探讨了衰老过程中小胶质细胞激活如何通过CXCL10介导的CD8+ T细胞招募促进白质退化 | 揭示了小胶质细胞功能失调通过CXCL10-CXCR3轴招募有害CD8 T细胞的机制，及其在衰老相关白质退化中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证 | 探究衰老过程中白质退化的免疫机制 | 小鼠白质中的小胶质细胞和CD8 T细胞 | 神经退行性疾病研究 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本量（小鼠模型） |
| 208 | 2025-06-13 |
Intrathecal nivolumab and IL-2 for treatment of leptomeningeal metastases in EGFR-mutated lung adenocarcinoma
2025-Jun, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108586
PMID:40412102
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研究论文 | 本文报告了一例使用鞘内注射nivolumab和IL-2治疗EGFR突变肺腺癌软脑膜转移的病例 | 首次报道了鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗对标准系统性和鞘内治疗耐药的NSCLC软脑膜转移病例 | 仅为单病例报告，需要前瞻性临床研究进一步验证 | 评估鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗NSCLC软脑膜转移的可行性、安全性和潜在疗效 | EGFR突变非小细胞肺癌(NSCLC)伴软脑膜转移患者 | 肿瘤免疫治疗 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 临床数据和单细胞测序数据 | 1例患者 |
| 209 | 2025-06-13 |
scExploreR: a flexible platform for democratized analysis of multimodal single-cell data by non-programmers
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656649
PMID:40501593
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research paper | 介绍了一个名为scExploreR的灵活平台，旨在为非程序员提供多模式单细胞数据的民主化分析 | scExploreR作为一个打包的R Shiny应用，能够本地运行或轻松部署在服务器上，提供广泛的绘图定制选项，支持多模式数据处理，无需编程经验即可进行全面的数据分析 | 虽然scExploreR为非程序员提供了强大的分析工具，但对于高度复杂的分析任务，可能仍需要一定的编程知识 | 开发一个平台，使非程序员能够直接探索和分析单细胞数据，弥合生物学家与计算科学家之间的沟通鸿沟 | 多模式单细胞数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | R Shiny | 单细胞数据 | NA |
| 210 | 2025-06-13 |
Chevreul: An R Bioconductor Package for Exploratory Analysis of Full-Length Single Cell Sequencing
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656486
PMID:40501968
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研究论文 | 介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | Chevreul区别于其他scRNA-seq分析工具的特点在于其易用性、能够分析全长RNA测序数据以推断外显子覆盖和转录本异构体，并支持批次校正 | NA | 开发一个工具，使没有编程经验的研究人员能够分析全长scRNA-seq数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA |
| 211 | 2025-06-13 |
SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656357
PMID:40502153
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研究论文 | 介绍了一种名为SMURF的计算工具，用于分析高分辨率空间转录组数据，能够准确地将mRNA分配给单个细胞并分析复杂组织亚结构中的细胞 | SMURF引入了新颖的“软分割”方法，能够准确地将捕获点的mRNA分配给附近的细胞，并能将复杂组织结构中的细胞“展开”并放置在标准笛卡尔坐标上 | NA | 开发一种计算工具，用于高分辨率空间转录组数据的分析，以揭示组织组织和区域变异的原理 | 小鼠小肠 | 空间转录组学 | NA | Visium HD | SMURF | 空间转录组数据 | NA |
| 212 | 2025-06-13 |
Proliferation of Early and Mature Osteoblasts Is Required for Bone Fracture Healing in Mice
2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656371
PMID:40501538
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research paper | 该研究探讨了成骨细胞增殖在小鼠骨折愈合中的作用 | 研究发现成熟成骨细胞在骨折后仍能增殖，并参与矿化骨痂的形成 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 了解细胞增殖在骨折愈合中的具体作用机制 | 小鼠骨折模型中的成骨细胞 | 骨生物学 | 骨折 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 多组转基因小鼠 |
| 213 | 2025-06-13 |
Altered Hepatic Metabolism in Down Syndrome
2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656393
PMID:40502193
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research paper | 该研究通过多组学分析揭示了唐氏综合症患者肝脏代谢的广泛变化，特别是胆汁酸水平升高和肝功能异常的蛋白质特征 | 首次在人群和小鼠模型中系统揭示了唐氏综合症与肝脏代谢紊乱的关联，并发现饮食脂肪调节可显著影响相关基因表达和肝脏病理 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的病理机制验证仍需进一步研究 | 探究唐氏综合症对肝脏代谢的影响及其潜在调控机制 | 唐氏综合症患者(400+人血浆样本)和Dp16小鼠模型 | 代谢组学 | 唐氏综合症 | 多组学分析、bulk RNA测序、单细胞转录组学 | Dp16小鼠模型 | 血浆代谢组数据、RNA测序数据 | 400+人血浆样本和Dp16小鼠模型 |
| 214 | 2025-06-13 |
White and Brown Adipose Tissue Share a Common Fibro-Adipogenic Progenitor Population
2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656577
PMID:40501707
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了白色和棕色脂肪组织中存在共同的纤维脂肪祖细胞群 | 首次在棕色脂肪组织中鉴定出纤维脂肪祖细胞样细胞（FAPLs），扩展了对脂肪祖细胞群体的认识 | 研究仅基于体外培养的脂肪前体细胞，未完全反映体内微环境的影响 | 探究白色和棕色脂肪组织中祖细胞群体的异同及其功能特性 | 培养的白色和棕色脂肪前体细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量（培养的脂肪前体细胞） |
| 215 | 2025-06-13 |
Identification of Synovial Lymphatics in the TMJ and their Roles in Arthritis and Pain
2025-May-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6683299/v1
PMID:40502768
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research paper | 该研究首次识别了颞下颌关节（TMJ）中的滑膜淋巴系统，并探讨了其在关节炎和疼痛中的作用 | 首次发现TMJ中的滑膜淋巴系统，并揭示淋巴功能障碍如何驱动TMJ关节炎和疼痛 | 研究主要基于小鼠模型和人类组织，临床应用的直接证据尚需进一步研究 | 探讨TMJ关节炎中淋巴系统的调控和功能 | 颞下颌关节（TMJ）的淋巴系统 | 生物医学研究 | 关节炎 | 遗传报告小鼠、组织透明化、3D体积成像、功能遗传学、scRNA-seq | 小鼠模型 | 组织样本、基因表达数据 | 遗传报告小鼠和人类组织样本 |
| 216 | 2025-06-13 |
Quantitative molecular cartography of emergency myelopoiesis reveals conserved modules of hematopoietic activation
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656712
PMID:40501607
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，开发了一种通用的细胞注释方法和造血分化定量模型，揭示了不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的分子机制 | 开发了HemaScribe细胞注释方法和HemaScape造血分化定量模型，发现了多种在不同造血干细胞层级上增强骨髓生成的策略，并识别了一个跨多种炎症挑战的髓系前体细胞模块 | NA | 阐明不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的共享或独特分子机制 | 造血干细胞和前体细胞(HSPCs) | 生物医学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | HemaScribe, HemaScape | 基因表达数据 | NA |
| 217 | 2025-06-13 |
sciLaMA: A Single-Cell Representation Learning Framework to Leverage Prior Knowledge from Large Language Models
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.28.635153
PMID:40501921
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研究论文 | 本文介绍了一种名为sciLaMA的新型表示学习框架，旨在通过整合多模态大型语言模型的静态基因嵌入与单细胞RNA测序数据，提升单细胞数据分析的效果 | 提出了一种结合大型语言模型基因嵌入与单细胞RNA测序数据的表示学习框架，解决了现有方法在整合外部生物知识方面的不足 | 未明确提及具体局限性，但暗示了计算成本和表格基因表达数据适用性可能是潜在挑战 | 开发一个计算高效、统一的框架，用于全面的单细胞数据分析和生物学可解释的基因模块发现 | 单细胞RNA测序数据和基因表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 变分自编码器(VAE)与大型语言模型(LLM)结合 | 基因表达数据 | NA |
| 218 | 2025-06-13 |
MIC-Drop-seq: Scalable single-cell phenotyping of mutant vertebrate embryos
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656468
PMID:40502104
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research paper | 介绍了一种名为MIC-Drop-seq的新技术，用于在斑马鱼胚胎中进行大规模单细胞表型分析 | 结合了高通量基因干扰和多重单细胞RNA测序技术，实现了在脊椎动物发育中大规模基因功能图谱的绘制 | 技术主要应用于斑马鱼胚胎，可能在其他模型生物中的应用需要进一步验证 | 开发一种可扩展的平台，用于在脊椎动物发育中以细胞分辨率绘制基因功能 | 斑马鱼胚胎 | 基因组学 | NA | Multiplexed Intermixed CRISPR Droplets, scRNAseq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1,000个斑马鱼胚胎，靶向50个转录调节因子 |
| 219 | 2025-06-13 |
Spatiotemporal Single-Cell Analysis Reveals T Cell Clonal Dynamics and Phenotypic Plasticity in Human Graft-versus-Host Disease
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.24.655962
PMID:40501545
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研究论文 | 该研究通过时空单细胞分析揭示了人类移植物抗宿主病（GVHD）中T细胞克隆动力学和表型可塑性 | 开发了名为DecompTCR的新型计算工具用于纵向TCR分析，并揭示了与GVHD严重程度相关的克隆扩增程序及TCR特征 | 研究样本量相对较小（27例alloHCT受者），可能限制结果的普遍性 | 解析alloHCT后GVHD中复杂的T细胞介导的病理机制 | 27例alloHCT受者的T细胞 | 免疫学 | 移植物抗宿主病 | 混合淋巴细胞反应克隆'指纹识别'、TCR克隆分型、单细胞RNA/TCR测序、空间转录组学 | DecompTCR（新型计算工具） | 单细胞RNA测序数据、TCR序列数据、空间转录组数据 | 27例alloHCT受者的血液和肠道样本 |
| 220 | 2025-06-13 |
Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655632
PMID:40501660
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research paper | 本研究通过多模态单细胞测序和刺激实验，定义了来自不同组织的人类巨噬细胞的转录特征 | 揭示了人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性基因和蛋白质特征，并与小鼠巨噬细胞进行了同源性比较 | 研究样本来源于器官捐献者，可能无法完全代表所有人群 | 探索人类巨噬细胞在不同组织中的转录特征及其在稳态和激活状态下的变化 | 人类巨噬细胞和单核细胞 | 免疫学 | NA | 多模态单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 来自肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结的巨噬细胞样本 |