单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-07-03	Stem Cells within the HPA Axis in Tissue Homeostasis and Disease 2025-Jul-01, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf039 PMID:40590582	综述	本文综述了HPA轴中干细胞在组织稳态和疾病中的作用，包括其起源、定位、性别特异性活动以及在病理生理条件下的功能	总结了单细胞RNA测序揭示的HPA轴干细胞群体的异质性，并探讨了在衰老过程中替换丢失或受损干细胞的新兴策略	对HPA轴干细胞动态组织可塑性的机制理解仍有限，尤其是在人类中的研究不足	探讨HPA轴中干细胞在组织稳态和疾病中的作用及其潜在治疗应用	HPA轴中的干细胞和祖细胞	干细胞生物学	代谢疾病、癌症、应激相关疾病	单细胞RNA测序、体外分化技术	NA	NA	NA
202	2025-07-03	Inhibitor of DNA-Binding 3 Is a Novel Regulator of Limbal Epithelial Cell Migration Via the EphA2/Akt Signaling Pathway 2025-Jul-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.9.2 PMID:40590805	研究论文	本研究探讨了DNA结合抑制因子3（ID3）通过EphA2/Akt信号通路调控角膜缘上皮细胞迁移的新机制	首次揭示了ID3通过EphA2/Akt信号轴调控角膜上皮伤口愈合的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证	探索角膜伤口愈合过程中细胞迁移的调控机制	角膜缘上皮细胞	细胞生物学	角膜损伤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, siRNA转染, 划痕实验	NA	RNA测序数据, 细胞迁移数据	野生型角膜细胞和ID3敲除的角膜缘上皮细胞
203	2025-07-03	MIF-mediated crosstalk between THRSP+ hepatocytes and CD74+ lipid-associated macrophages in hepatic periportal zone drives MASH 2025-Jul-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001429 PMID:40590856	research paper	该研究揭示了THRSP通过MIF介导招募CD74+脂质相关巨噬细胞（LAMs）在肝脏门静脉周围区域驱动代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）进展的机制	发现了THRSP通过MIF介导的与CD74+ LAMs的交互在MASH进展中的关键作用，并提出了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究MASH进展中肝脏门静脉周围区域的空间分区及细胞间交互机制	MASH小鼠模型及患者肝脏组织	digital pathology	metabolic dysfunction-associated steatohepatitis	spatial transcriptomics (ST), CellPhoneDB分析	小鼠基因过表达/敲除模型	基因表达数据、空间转录组数据	MASH小鼠及患者肝脏组织样本（具体数量未明确说明）
204	2025-07-03	Salidroside Alleviates Renal Ischemia-reperfusion Injury by Inhibiting Macrophage Pyroptosis Through HIF Signaling 2025-Jul-01, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02328-y PMID:40591075	研究论文	研究红景天中的活性成分红景天苷（Sa）通过抑制HIF信号通路减轻巨噬细胞焦亡，从而缓解肾缺血再灌注损伤（RIRI）的保护作用	揭示了红景天苷通过抑制ROS-HIF-1α正反馈环路，减少NLRP3炎症小体激活和巨噬细胞焦亡的新机制	需要进一步研究验证其临床潜力和分子特异性	探索红景天苷在肾缺血再灌注损伤中的保护作用及其机制	小鼠RIRI模型和巨噬细胞	病理学	肾缺血再灌注损伤	多组学分析、单细胞RNA测序、网络药理学	小鼠模型	实验数据、测序数据	小鼠模型和巨噬细胞样本
205	2025-07-03	ScReNI: Single-cell Regulatory Network Inference Through Integrating scRNA-seq and scATAC-seq Data 2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf060 PMID:40591481	research paper	本文提出了一种名为ScReNI的新算法，用于通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）数据推断单细胞水平的基因调控网络	ScReNI算法通过整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，利用最近邻算法和修改后的随机森林推断基因表达与染色质可及性之间的非线性调控关系，能够分析配对和非配对数据集，并在基于网络的细胞聚类中表现出更高的准确性	NA	开发一种能够推断单细胞特异性调控网络的新算法	单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	随机森林	单细胞测序数据	NA
206	2025-07-03	LEGEND: Identifying Co-expressed Genes in Multimodal Transcriptomic Sequencing Data 2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf056 PMID:40591483	研究论文	介绍了一种名为LEGEND的计算方法，用于整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，以识别共表达基因	LEGEND是一种新颖的计算方法，首次整合了scRNA-seq和SRT数据，采用创新的层次聚类算法，最大化簇内冗余和簇间互补性，从而更有效地捕捉基因共表达和空间一致性的细微模式	未明确提及具体限制，但可能包括数据整合的复杂性和计算资源需求	揭示生物或病理过程中共功能基因的共表达模式	共表达基因	生物信息学	NA	scRNA-seq, SRT	层次聚类算法	转录组数据	NA
207	2025-07-03	miRNA centered regulatory networks identify FN1 and miR27b as metastatic drivers in HPV negative head and neck cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08646-3 PMID:40593296	研究论文	本研究通过分析HPV阴性头颈部鳞状细胞癌的转录组数据，开发了一个基于miRNA调控网络的转移预测模型，并识别出miR-27b和FN1作为转移的关键驱动因素	利用miRNA中心的调控网络结合调节组数据，构建了预测性能优越的转移预测模型（AUC 0.805），并首次揭示了miR-27b通过负调控FN1表达影响转移的机制	研究样本量虽然较大（333例），但仍需更多独立队列验证模型的普适性	阐明HPV阴性头颈部鳞癌转移的调控机制并开发预测模型	HPV阴性头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	肿瘤基因组学	头颈部鳞癌	转录组测序、单细胞RNA-seq	miRNA调控网络模型	RNA-seq数据	333例HPV阴性HNSC肿瘤样本
208	2025-07-03	Integrated eQTL-pQTL Mendelian randomization and single-cell sequencing reveal therapeutic targets in ovarian clear cell cancer 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03043-8 PMID:40593373	研究论文	通过整合eQTL-pQTL孟德尔随机化和单细胞测序技术，探索卵巢透明细胞癌的治疗靶点	结合eQTL-pQTL孟德尔随机化和单细胞测序技术，首次在卵巢透明细胞癌中鉴定出潜在的治疗靶点PPP1R14A和PTGS2	研究结果需要进一步的实验验证和机制阐明	寻找卵巢透明细胞癌的新治疗靶点	卵巢透明细胞癌(OCCC)	基因组学	卵巢癌	eQTL-pQTL分析、孟德尔随机化(MR)、单细胞测序、药物筛选、分子对接	NA	基因组数据、单细胞测序数据	来自eQTLGen consortium和deCODE的大规模GWAS队列数据，以及GEO数据库中的单细胞测序数据
209	2025-07-03	Production of live monkeys and their genetically matched embryonic stem cells from single embryos 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60694-5 PMID:40593544	研究论文	该研究成功从单个胚胎中培育出活猴及其基因匹配的胚胎干细胞，为再生医学提供了新的研究模型	首次通过胚胎分裂技术同时获得活猴及其基因匹配的自体胚胎干细胞，并比较了不同类型干细胞的特性	研究样本量较小，仅涉及三只猴子，且人类胚胎干细胞的应用潜力仍需进一步验证	开发基因匹配的胚胎干细胞用于再生医学	非人灵长类动物（猴子）和人类胚胎	再生医学	NA	胚胎分裂技术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三只活猴及其干细胞
210	2025-07-03	Single cell sequencing and computational findings reveal anti-estrogen receptor-positive breast cancer roles of formononetin 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06133-3 PMID:40594685	研究论文	本研究通过单细胞测序和计算生物学方法揭示了染料木素在抗雌激素受体阳性乳腺癌中的作用	首次在单细胞水平上使用系统生物学方法研究染料木素的靶点及其抗ER阳性乳腺癌的机制	缺乏单细胞水平的药物发现研究	探究染料木素在ER阳性乳腺癌中的靶点和分子机制	ER阳性乳腺癌细胞和正常乳腺组织	计算生物学	乳腺癌	单细胞测序、网络药理学	NA	基因表达数据	多种细胞类型（基质细胞、上皮细胞、成纤维细胞、中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和巨噬细胞）的差异表达基因分析
211	2025-07-03	Single-cell RNA-seq analysis of mouse carotid artery under disturbed flow and human carotid plaques identifies key cell populations in atherosclerosis development 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07395-7 PMID:40594772	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠颈动脉在扰动血流和人类颈动脉斑块中的细胞群，揭示了动脉粥样硬化发展的关键细胞群	首次系统性地阐明了扰动血流下细胞群的功能变化，并识别了CD36阳性内皮细胞、VEGFA巨噬细胞和外膜成纤维细胞在动脉粥样硬化中的关键作用	研究依赖于公共数据库数据，可能受限于原始数据的质量和样本量	探究扰动血流如何加剧动脉粥样硬化的发展	小鼠颈动脉和人类颈动脉斑块	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, GSEA, GO, scFEA, CellChat, Cytosig	NA	RNA测序数据	多个公共数据库数据集(GSE159677, GSE43292, GSE163154, GSE41571, PRJNA722117)
212	2025-07-03	The Key Role of COA6 in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma: Metabolic Reprogramming and Regulation of the Immune Microenvironment 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70685 PMID:40596639	research paper	本研究探讨了COA6在胰腺导管腺癌(PDAC)中的关键作用，特别是在代谢重编程和免疫微环境调控方面	首次揭示了COA6通过调控OXPHOS途径影响PDAC的肿瘤微环境并促进药物耐药性	需要进一步研究开发针对COA6的靶向治疗方法	探索COA6在PDAC中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	胰腺导管腺癌细胞系SW1990和PANC-1	肿瘤生物学	胰腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 药物预测, 分子对接	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	PDAC肿瘤组织与正常组织的比较
213	2025-07-03	Global Thyroid Cancer Patterns and Predictive Analytics: Integrating Machine Learning for Advanced Diagnostic Modelling 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70676 PMID:40596746	研究论文	本研究通过整合机器学习技术，探讨了甲状腺癌的分子特征和诊断标志物，以促进早期检测和靶向治疗的发展	揭示了甲状腺癌中髓系细胞介导的MIF和GALECTIN信号网络在肿瘤发展和免疫抑制中的关键作用，并开发了具有高区分能力的计算诊断算法	需要在更大规模和异质性患者群体中进行前瞻性验证以确认临床效用	提高对甲状腺癌分子发病机制的理解并开发先进的诊断模型	甲状腺癌标本	机器学习	甲状腺癌	定量PCR、ELISA、单细胞转录组学	惩罚回归模型（Ridge, Lasso）	基因表达数据、细胞因子浓度数据	未明确提及具体样本数量，但使用了GSE27155数据集进行外部验证
214	2025-07-03	Integrated bulk and single-cell RNA sequencing reveals a cuproptosis-related LncRNA prognostic signature in neuroblastoma 2025-Jul-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14463-8 PMID:40596995	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了铜死亡相关长链非编码RNA在神经母细胞瘤中的预后特征	首次构建了基于铜死亡相关lncRNA的神经母细胞瘤预后模型，并整合单细胞测序分析验证其临床价值	研究样本量有限，需要更大规模队列验证模型的普适性	探索铜死亡相关lncRNA在神经母细胞瘤预后评估中的作用	神经母细胞瘤患者RNA测序数据和单细胞测序数据	生物信息学	神经母细胞瘤	RNA-seq, scRNA-seq, Lasso回归, CIBERSORT, inferCNV	Cox回归风险模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
215	2025-07-03	stGRL: spatial domain identification, denoising, and imputation algorithm for spatial transcriptome data based on multi-task graph contrastive representation learning 2025-Jul-01, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02290-z PMID:40597202	研究论文	提出了一种名为stGRL的新型深度多任务图神经网络模型，用于解决空间转录组数据的高丢失率和噪声问题	stGRL采用编码器-解码器架构和ZINB分布来重建输入数据，并结合图对比表示学习以提高节点嵌入的一致性，从而提升聚类性能	NA	解决空间转录组数据的高丢失率和噪声问题，提升下游分析性能	空间转录组数据	数字病理学	乳腺癌, 卵巢癌	空间转录组学	多任务图神经网络	空间转录组数据	多种空间转录组数据集
216	2025-07-03	Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA 2025-Jul-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11747-y PMID:40597567	research paper	提出了一种基于共表达的跨组织基因表达相互作用分析方法crossWGCNA，用于研究乳腺癌中基质-上皮细胞的通讯	开发了crossWGCNA方法，能够无偏地识别高度相互作用的基因，并适用于批量、单细胞和空间转录组数据	未提及具体局限性	研究生物系统中细胞、组织或器官间的分子相互作用	乳腺癌中的基质-上皮细胞通讯	生物信息学	乳腺癌	bulk, single cell和spatial transcriptomics	crossWGCNA	转录组数据	NA
217	2025-07-03	Single-cell transcriptome of mouse hippocampus identifies neural precursor-like cells, and reveals IL15Rα knock out-mediated neuron remodeling 2025-Jul-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11785-6 PMID:40597645	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析揭示了IL15Rα敲除对小鼠海马体细胞功能的影响，并发现了一种具有前体样属性的神经元（PLN）	发现了一种新型的神经元类型PLN，并提出了其在调节兴奋-抑制平衡中的潜在作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	研究IL15Rα敲除对成年小鼠海马体细胞功能的影响	小鼠海马体细胞	神经科学	精神疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	64,399个单细胞转录组（来自野生型和敲除型小鼠）
218	2025-07-03	Single-cell sequencing reveals the role of SALL4 in cervical cancer development 2025-Jul-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14469-2 PMID:40597906	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探讨了SALL4在宫颈癌发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	首次利用单细胞测序技术揭示了SALL4在宫颈癌细胞增殖、迁移和粘附中的关键作用	研究主要基于HeLa细胞系，可能无法完全代表所有宫颈癌亚型的生物学特性	探究SALL4在宫颈癌发展中的作用及其治疗潜力	宫颈癌细胞（HeLa细胞）	肿瘤生物学	宫颈癌	单细胞测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量（使用HeLa细胞系进行实验）
219	2025-07-03	Mechanical force-induced oncostatin M secretion by Jun-positive neutrophils promotes craniofacial bone regeneration for midface hypoplasia treatment 2025-Jul-01, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04458-4 PMID:40598376	研究论文	本研究探讨了机械力诱导的中性粒细胞分泌oncostatin M（OSM）在颅面骨再生中的作用，为治疗中面部发育不全提供了新的机制理解	首次揭示了Jun阳性中性粒细胞（Jun-Neu）通过分泌OSM促进骨再生的机制，并明确了机械力通过PI3K-AKT通路激活中性粒细胞的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	阐明经缝牵引成骨（TSDO）诱导骨再生的分子机制	小鼠模型中的颧颌缝（ZMS）区域和中性粒细胞	骨再生医学	颅面畸形	单细胞RNA测序，CellChat分析，体外拉伸实验	小鼠TSDO模型	基因表达数据，细胞信号数据	4周龄C57BL/6小鼠和中性粒细胞耗竭小鼠
220	2025-07-03	Spatial transcriptomics and multi-omics reveal relapse and resistance mechanisms of EndMT-derived CAFs mediated by TNC and FLNC in glioblastoma 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06743-5 PMID:40598496	research paper	该研究通过空间转录组学和多组学分析，揭示了胶质母细胞瘤中由TNC和FLNC介导的内皮-间质转化(EndMT)衍生的癌症相关成纤维细胞(CAFs)在复发和耐药机制中的作用	首次发现TNC和FLNC通过介导EndMT过程促进CAFs形成，并揭示了天然产物punicalin(PNC)通过靶向TNC和FLNC逆转耐药性的新机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需要进一步验证	探索胶质母细胞瘤复发和化疗耐药的分子机制	胶质母细胞瘤组织样本、TMZ敏感和耐药细胞系、HCMECs细胞	digital pathology	glioblastoma	spatial transcriptome sequencing, RNA-seq, LFQ proteomics, immunohistochemical staining	in vivo TMZ-resistant model	transcriptomic data, proteomic data, histological image	原发性和复发性胶质瘤组织芯片样本、建立的TMZ耐药模型