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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2026-04-01 |
Identifying Potential Drug Targets in the Knee Osteoarthritis: Insights from the Druggable Genome
2025-Dec-16, Rejuvenation research
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/15491684251403435
PMID:41457786
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研究论文 | 本研究通过可成药基因组和孟德尔随机化分析,旨在识别膝骨关节炎的潜在药物靶点 | 整合了不同组织和细胞水平的表达数量性状位点数据,并应用药物靶点MR、单细胞MR、基于汇总数据的MR以及遗传信息空间映射框架进行多维度分析 | 需要未来进一步的实验来验证所识别靶点在膝骨关节炎中的作用机制 | 寻找膝骨关节炎的潜在药物靶点 | 膝骨关节炎 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 孟德尔随机化分析,单细胞MR分析,空间转录组学 | NA | 基因组关联研究数据,表达数量性状位点数据,蛋白质数量性状位点数据,空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 202 | 2026-04-01 |
Lactylated histone H4K8 regulation of MFN2/Wnt signaling integrates glycolytic metabolism and Müller cell activation in the pathogenesis of glaucoma
2025-12, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107178
PMID:41197676
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白H4K8乳酸化通过调控MFN2/Wnt信号通路,整合糖酵解代谢与Müller细胞活化,在青光眼发病机制中的作用 | 首次发现乳酸化组蛋白H4K8在青光眼视网膜中特异性富集于MFN2启动子区,并揭示了一个连接线粒体动力学与Wnt/β-catenin信号通路的乳酸响应性表观遗传回路 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未在人类患者中进行验证;MFN2作为治疗靶点的具体干预策略和安全性有待进一步探索 | 探究青光眼发病过程中代谢压力、表观遗传调控与神经胶质-神经元相互作用的分子机制 | 青光眼视网膜组织、Müller胶质细胞、视网膜神经节细胞、光感受器细胞 | 表观遗传学与代谢神经科学 | 青光眼 | CUT&Tag全基因组分析、单细胞RNA测序、体内实验 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 203 | 2026-04-01 |
Quantum annealing for enhanced feature selection in single-cell RNA sequencing data analysis
2025-Dec, Quantum machine intelligence
IF:4.1Q2
DOI:10.1007/s42484-025-00312-1
PMID:41884061
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研究论文 | 本研究将量子退火赋能的二次无约束二进制优化方法应用于单细胞RNA测序数据的特征选择,以识别与细胞分化及抗癌药物耐药性相关的关键基因 | 首次将量子退火赋能的QUBO方法应用于scRNA-seq数据的特征选择,能够揭示传统方法可能遗漏的复杂基因表达模式 | 未明确说明量子退火与传统方法在计算效率或准确性方面的定量比较,也未讨论该方法在更大规模数据集上的可扩展性 | 开发一种基于量子退火的增强型特征选择方法,以改进单细胞RNA测序数据的分析和解释 | 人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究中的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 量子退火赋能的二次无约束二进制优化 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 204 | 2026-04-01 |
Single-cell RNA profiling of blood CD4+ T cells identifies distinct helper and dysfunctional regulatory clusters in children with SLE
2025-Nov, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02297-2
PMID:41120754
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了儿童系统性红斑狼疮患者血液中CD4⁺ T细胞的异质性,识别了不同的辅助性和功能失调性调节性T细胞亚群 | 首次在儿童SLE患者中应用单细胞RNA测序技术,系统描绘了CD4⁺ T细胞亚群的复杂性,并发现了与狼疮肾炎相关的功能失调性T细胞亚群扩张 | 研究样本仅限于儿童患者,未包含成人SLE群体;单细胞测序技术可能无法完全捕获所有细胞状态 | 探究系统性红斑狼疮患者CD4⁺ T细胞亚群的异质性及其在疾病中的作用 | 儿童系统性红斑狼疮患者和健康捐赠者的血液CD4⁺ T细胞 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 儿童SLE患者和健康捐赠者的血液CD4⁺ T细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 205 | 2026-04-01 |
Pancreatic hypersecretion of amyloid-forming human amylin dysregulates the neuro-immune axis and B cell development in a model of type-2 diabetes
2025-11, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2025.107153
PMID:41135632
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研究论文 | 本研究探讨了2型糖尿病中胰腺过度分泌的人胰淀素如何通过影响外周和神经免疫反应,特别是B细胞发育,导致免疫失调和神经退行性变化 | 首次揭示了人胰淀素在2型糖尿病中通过下调脑血管ICAM-1和上调B细胞CXCR4表达,导致免疫细胞迁移减少和B细胞发育缺陷,并发现CXCL12/CXCR4信号轴作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于转基因动物模型,人类数据仅通过单细胞测序初步验证,慢性暴露机制和临床转化需进一步探索 | 探究2型糖尿病中胰腺人胰淀素积累如何影响外周和神经免疫反应,特别是与认知衰退和神经退行性变相关的机制 | 转基因大鼠和小鼠模型,以及2型糖尿病患者的单细胞测序数据 | 免疫学与神经科学交叉研究 | 2型糖尿病 | 单细胞测序,转基因动物模型,免疫细胞分析 | 转基因动物模型(大鼠和小鼠) | 基因表达数据,免疫细胞计数数据 | 转基因大鼠和小鼠模型,以及2型糖尿病患者单细胞测序样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 206 | 2026-04-01 |
Identification of tumor initiating cells and early marker genes in normal colonic epithelium that lead to neoplastic transformation
2025-Oct-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7914753/v1
PMID:41282138
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,在正常结肠上皮中识别了肿瘤起始细胞及其早期标志基因,揭示了从正常组织向癌前病变转变的分子机制 | 首次在组织学正常的结肠黏膜中识别出肿瘤起始细胞,并揭示了这些细胞在肿瘤发生早期的转录和通路重编程事件 | 样本量较小(仅7名受试者),且研究主要基于单细胞转录组数据,需要进一步的功能验证 | 识别结肠癌发生早期的肿瘤起始细胞和分子标志物,以理解肿瘤起始机制 | 人类结肠组织,包括正常外观黏膜、腺瘤和腺癌 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,RNA-FISH | NA | 单细胞转录组数据 | 7名人类受试者的配对正常和病变结肠组织活检 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10X Genomics平台 | NA |
| 207 | 2026-04-01 |
Single-Cell Profiling of HDAC Inhibitor-Induced EBV Lytic Heterogeneity Defines Abortive and Refractory States in B Lymphoblasts
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.09.681362
PMID:41279324
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,分析了HDAC抑制剂在EBV阳性B淋巴细胞中诱导的病毒裂解异质性,定义了流产性和难治性状态 | 首次在单细胞水平上揭示了HDAC抑制剂诱导EBV裂解反应中的异质性,并识别了与NF-κB活性和免疫信号相关的基因上调在流产性裂解细胞中的作用 | 研究仅基于四种EBV阳性细胞系,且裂解反应仅在少数细胞中成功,可能限制了结果的普遍性 | 探究HDAC抑制剂在EBV相关恶性肿瘤中诱导病毒裂解反应的机制及宿主因素的作用 | 四种EBV阳性细胞系:P3HR1-ZHT BL、Jijoye BL、IBL-1免疫母细胞淋巴瘤和感染衍生的淋巴母细胞样细胞系 | 单细胞组学 | EBV相关恶性肿瘤(如伯基特淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、鼻咽癌、胃癌) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 四种EBV阳性细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 208 | 2026-04-01 |
Inflammatory macrophages drive smooth muscle dedifferentiation via YAP signaling in murine deep vein thrombosis
2025-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.24.678378
PMID:41040135
|
研究论文 | 本研究揭示了在深静脉血栓形成早期,炎症巨噬细胞通过抑制YAP信号通路驱动平滑肌细胞去分化的机制 | 首次在深静脉血栓模型中利用单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞与平滑肌细胞之间的相互作用,并确定了YAP信号通路作为关键调控机制 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究深静脉血栓形成过程中平滑肌细胞表型变化的分子机制 | 小鼠深静脉血栓模型中的静脉平滑肌细胞和炎症巨噬细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, Western印迹, qRT-PCR | NA | RNA测序数据, 蛋白质数据 | 雄性和雌性小鼠的深静脉血栓模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 209 | 2026-04-01 |
Single-cell transcriptomic profiling of C. elegans Q neuroblast lineage during migration and differentiation
2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.09.675151
PMID:40964368
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,对秀丽隐杆线虫Q神经母细胞谱系在迁移和分化过程中的转录组进行解析,揭示了其发育的分子机制 | 首次构建了Q神经母细胞谱系的高分辨率转录组分化图谱,发现了新的基因表达模式,并揭示了Wnt信号通路在左右不对称迁移中的作用 | 研究主要基于转录组数据,功能验证相对有限,且样本来自特定发育阶段,可能未覆盖所有动态变化 | 探究神经母细胞迁移和分化的分子机制,以理解神经系统发育 | 秀丽隐杆线虫的Q神经母细胞谱系细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,FACS | NA | 单细胞转录组数据 | 不同发育阶段的Q谱系细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 210 | 2026-04-01 |
SWIFT-seq enables comprehensive single-cell transcriptomic profiling of circulating tumor cells in multiple myeloma and its precursors
2025-Sep, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-01006-0
PMID:40781193
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SWIFT-seq的单细胞测序工作流程,用于对多发性骨髓瘤及其前体疾病中的循环肿瘤细胞进行全面的单细胞转录组分析 | 开发了SWIFT-seq工作流程,首次实现了对多发性骨髓瘤中循环肿瘤细胞的全面单细胞转录组和B细胞受体测序分析,并建立了基于测序的CTC计数策略和分类器 | 未明确说明样本处理或数据分析的具体技术限制 | 开发非侵入性血液检测方法,以改善多发性骨髓瘤的诊断、监测和预后评估 | 多发性骨髓瘤患者及其前体疾病患者的循环肿瘤细胞和骨髓细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序, B细胞受体测序 | 分类器 | 单细胞转录组数据 | 101名患者和健康捐赠者的配对骨髓和循环肿瘤细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 211 | 2026-04-01 |
scSpatialSIM: a simulator of spatial single-cell molecular data
2025-Sep, SoftwareX
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.softx.2025.102223
PMID:41908069
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研究论文 | 本文介绍了scSpatialSIM,一个用于模拟生物真实空间单细胞分子数据的R包 | 开发了一个无需参考数据集即可高效模拟单细胞空间模式的工具,支持细胞聚类、共定位、组织隔室和组织孔洞等特征,并能模拟分类和连续数据 | 仅限于模拟细胞聚类和共定位,而非更广泛的组织水平子域 | 为空间分子数据分析提供基准测试和比较工具,促进空间统计方法的评估 | 空间单细胞分子数据,包括细胞表型和基因/蛋白表达 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学,多重免疫荧光 | NA | 空间分子数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 212 | 2026-04-01 |
Spatial transcriptomics: a bibliometric analysis with large language model on English literatures
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf553
PMID:41139313
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文献计量分析 | 本文利用大语言模型对空间转录组学领域的英文文献进行了文献计量分析 | 首次结合大语言模型对空间转录组学领域进行文献计量分析,使分析结果更全面和具体 | 分析仅基于Web of Science数据库的1197篇文献,可能未涵盖所有相关研究 | 分析空间转录组学领域的研究趋势、期刊分布和关键词,以识别关键研究领域 | 2015年至2024年间Web of Science数据库中的1197篇空间转录组学相关出版物 | 生物信息学 | 癌症 | 文献计量分析,大语言模型 | 大语言模型 | 文本 | 1197篇出版物 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 213 | 2026-04-01 |
Integrating single-cell and single-nucleus datasets improves bulk RNA-seq deconvolution
2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.671333
PMID:40894744
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研究论文 | 本文系统评估了整合单细胞RNA测序和单核RNA测序数据以提升批量RNA测序去卷积准确性的策略 | 首次系统比较了多种整合scRNA-seq和snRNA-seq数据的方法,包括主成分偏移、条件与非条件变分自编码器以及跨模态差异表达基因过滤,并提出了优先使用scRNA-seq参考并过滤跨模态差异表达基因的明确指南 | 研究仅在四种组织中进行评估,可能未覆盖所有细胞类型或组织特异性;在缺乏匹配scRNA-snRNA细胞类型的情况下,方法性能可能受限 | 提升批量RNA测序去卷积的准确性,通过整合单细胞和单核RNA测序数据 | 四种不同组织中的单细胞和单核RNA测序数据,以及真实的脂肪组织批量RNA测序样本 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 批量RNA测序 | 条件变分自编码器, 非条件变分自编码器 | RNA测序数据 | 四种不同组织的数据集,以及来自多个供体的真实脂肪组织批量样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 214 | 2026-04-01 |
Quantum Annealing for Enhanced Feature Selection in Single-Cell RNA Sequencing Data Analysis
2025-Aug-15, ArXiv
PMID:40832053
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研究论文 | 本研究提出了一种基于量子退火的QUBO方法,用于单细胞RNA测序数据中的特征选择,以识别与细胞分化及抗癌药物耐药性相关的关键基因 | 首次将量子退火赋能的二次无约束二进制优化(QUBO)应用于单细胞RNA测序数据的特征选择,能够揭示传统方法可能遗漏的复杂基因表达模式 | 未提及具体的数据集规模、量子硬件实现细节或与传统方法的定量比较结果 | 开发增强单细胞RNA测序数据分析与解释的特征选择方法 | 人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究中的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 量子退火赋能的QUBO(二次无约束二进制优化) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 215 | 2026-04-01 |
Autoimmune origin for immune checkpoint inhibitor-diabetes revealed by deep immune phenotyping of the pancreas
2025-Aug-14, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011818
PMID:40813111
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研究论文 | 本文通过胰腺深度免疫表型分析,揭示了免疫检查点抑制剂糖尿病(CPI-D)的自身免疫起源 | 首次在CPI-D患者中利用手术切除的胰腺组织进行单细胞RNA测序和免疫表型分析,直接观察胰岛相关的淋巴细胞浸润,为CPI-D的自身免疫机制提供了直接证据 | 研究仅基于单一病例,样本量有限,可能无法代表所有CPI-D患者的情况 | 探究免疫检查点抑制剂糖尿病(CPI-D)的发病机制,特别是其自身免疫或自身炎症起源 | 一名无糖尿病或自身免疫病史的转移性黑色素瘤患者,在接受CPI治疗后发生CPI-D并随后发展为胰腺癌 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序,免疫表型分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫表型数据 | 1名患者的胰腺手术切除组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 216 | 2026-04-01 |
Progress and new challenges in image-based profiling
2025-Aug-07, ArXiv
PMID:40799808
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综述 | 本文回顾了基于图像的细胞表型分析在计算方面的演变,详细介绍了当前流程、讨论了局限性,并强调了未来的发展方向 | 深度学习从根本上重塑了基于图像的细胞表型分析,改进了特征提取、可扩展性和多模态数据整合 | 该领域仍面临重大挑战,需要创新解决方案 | 为研究人员提供导航这一快速发展的领域进展和新挑战的路线图 | 基于图像的细胞表型分析的计算方法 | 计算机视觉 | NA | 显微镜成像 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 217 | 2026-04-01 |
The Dichotomy of Tumor Control by Recruited and Resident Tumor-Associated Macrophages
2025-Jul-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6977440/v1
PMID:40630529
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞中招募型和驻留型亚群在肿瘤控制中的双重作用,并探索了靶向特定巨噬细胞亚群的治疗策略 | 首次明确区分了驻留性间质巨噬细胞亚群在肿瘤中的促瘤或抑瘤功能,并利用空间转录组学证实了其定位和趋化因子谱的差异,同时提出CCR5阻断作为增强肿瘤控制的新方法 | 研究主要基于小鼠模型,人类肿瘤中的巨噬细胞亚群功能可能有所不同,且CCR5阻断疗法的长期安全性和有效性需进一步验证 | 探究肿瘤相关巨噬细胞不同亚群在肿瘤进展和控制中的作用机制,并开发靶向巨噬细胞的治疗策略 | 肿瘤相关巨噬细胞,包括招募型巨噬细胞和驻留型间质巨噬细胞亚群 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤,肺腺癌 | 空间转录组学,基因敲除小鼠模型,CCR5阻断 | Pf4 Cx3cr1小鼠模型 | 空间转录组数据,免疫组织化学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 218 | 2026-04-01 |
Cell-Type Annotation for scATAC-Seq Data by Integrating Chromatin Accessibility and Genome Sequence
2025-06-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15070938
PMID:40723810
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研究论文 | 提出了一种名为scAttG的新型深度学习框架,通过整合染色质可及性与基因组序列信息,用于scATAC-seq数据的细胞类型注释 | 首次将图注意力网络(GATs)与卷积神经网络(CNNs)相结合,同时利用染色质可及性信号和基因组序列特征,解决了现有跨组学和组内方法在数据对齐与批次效应方面的局限性 | 论文未明确说明模型在跨物种或跨组织类型应用中的泛化能力,也未详细讨论计算资源需求或运行时间效率 | 开发一种更准确、更稳健的单细胞ATAC-seq数据细胞类型注释方法 | 单细胞ATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | scATAC-seq | GAT, CNN | 基因组序列, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 219 | 2026-04-01 |
Single cell RNA sequencing shows that cells expressing Sox9 postnatally populate most skeletal lineages in mouse bone
2025-Jun-03, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf043
PMID:40143416
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪,揭示了小鼠骨骼中Sox9表达细胞在出生后对多数骨骼谱系的贡献 | 首次证明出生后骨骼中的多种成骨细胞前体均源自Sox9表达祖细胞,并鉴定了一类位于软骨膜和生长板软骨柱之间的独特软骨细胞亚群 | 研究仅基于小鼠模型,未在人类或其他物种中验证 | 探究小鼠骨骼生长过程中成骨细胞谱系的细胞来源 | 小鼠骨骼中的细胞类型,包括生长板软骨细胞、软骨膜细胞和CXCL12富集的网状骨髓基质细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 220 | 2026-04-01 |
Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes
2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654940
PMID:40475580
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学探索了1型糖尿病自然史中胰腺及胰腺引流淋巴结的炎症反应特征 | 首次在人类1型糖尿病中结合空间转录组学与公共单细胞RNA测序数据,揭示了胰腺及引流淋巴结中淋巴毒素-β等特异性炎症特征 | 样本来源有限,仅包括非糖尿病患者和高风险自身抗体阳性个体,未涵盖疾病所有阶段 | 解析1型糖尿病发病过程中胰腺及引流淋巴结的炎症分子特征 | 人类胰腺组织及胰腺引流淋巴结组织 | 空间转录组学 | 1型糖尿病 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 包括非糖尿病患者和高风险自身抗体阳性个体的胰腺及淋巴结样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |