单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-10-03	Identifying candidate genes for spermatogenic failure and predicting ICSI outcomes using single-cell RNA sequencing and protein-protein interaction networks 2025-Sep-30, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deaf186 PMID:41033661	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和蛋白质相互作用网络，开发机器学习框架识别精子发生障碍候选基因并预测ICSI治疗结局	首次将单细胞转录组数据与PPI网络结合，利用Node2Vec网络嵌入和随机森林算法，实现了精子发生障碍基因的高效筛选和ICSI结局预测	模型训练依赖文献和数据库标注的基因标签，可能存在误分类或注释偏差；缺乏实验验证，外部队列样本量有限且多样性不足	改进精子发生障碍的基因识别方法并预测ICSI治疗结果	人类精子发生障碍患者（包括无精症、弱精症、畸形精子症）	生物信息学	男性不育症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全外显子测序(WES)、蛋白质相互作用网络分析	随机森林、Node2Vec	单细胞转录组数据、蛋白质相互作用数据、临床数据	34名精子发生障碍亚型患者
202	2025-10-03	Single-cell transcriptomic analyses provide insights into SPP1+ TAM-mediated immune suppression and CD8+ T cell dysfunction in lung cancer 2025-Sep-29, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04180-3 PMID:41021043	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了SPP1+肿瘤相关巨噬细胞通过A2AR信号通路介导CD8+ T细胞功能失调的免疫抑制机制	首次系统比较原发性和脑转移性肺癌中SPP1+ TAM与CD8+ T细胞的相互作用，并证实抗SPP1治疗可逆转T细胞耗竭	研究主要基于单细胞测序数据和体外实验，需要进一步体内验证	探究SPP1+ TAM在肺癌免疫抑制中的作用机制及治疗潜力	肺癌原发灶和脑转移灶的免疫细胞，特别是SPP1+ TAM和CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、qPCR、Western blot、共培养实验	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据、免疫荧光图像、分子生物学数据	肺癌原发和脑转移组织样本（具体数量未明确说明）
203	2025-10-03	Multi-omics analysis of ILF2 reveals its prognostic value and functional roles across pan-cancer 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03609-6 PMID:41021104	研究论文	通过多组学分析揭示ILF2在泛癌中的预后价值和功能作用	首次对ILF2进行系统性泛癌分析，涵盖表达模式、预后意义、基因变异、免疫浸润和治疗反应等多个维度	ILF2在泛癌中的具体分子机制仍需进一步实验验证	探究ILF2在多种癌症中的生物学功能和临床意义	多种癌症类型（特别关注肝细胞癌）和ILF2基因	生物信息学	泛癌分析（特别关注肝细胞癌）	多组学分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	多种癌症类型的样本（具体数量未明确说明）
204	2025-10-03	Single-cell RNA sequencing reveals NFATc1-mediated regulatory mechanisms of vascular smooth muscle cell osteogenic transformation in the osteosarcoma microenvironment 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03606-9 PMID:41021149	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤微环境中血管平滑肌细胞成骨转化的NFATc1介导调控机制	首次在单细胞水平揭示NFATc1在骨肉瘤血管平滑肌细胞成骨转化中的关键作用及其与代谢和基质重塑的关联网络	需要功能扰动实验来建立因果关系	探究骨肉瘤微环境中血管平滑肌细胞成骨转化的调控机制	新鲜骨肉瘤组织中的血管平滑肌细胞	单细胞测序分析	骨肉瘤	单细胞RNA测序（10x Genomics Chromium平台）	k-近邻/Louvain聚类	单细胞RNA测序数据	未明确样本数量，但鉴定出9个主要细胞类别
205	2025-10-03	Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data establishes a cuproptosis-related gene predictive signature in breast cancer 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03525-9 PMID:41021161	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了乳腺癌中铜死亡相关基因的预后预测模型	首次系统评估铜死亡相关基因在乳腺癌中的预后价值，并构建了基于四个关键基因的预后特征模型	研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	建立乳腺癌铜死亡相关基因的预后预测模型	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNAseq)、批量RNA测序、WGCNA分析	预后风险评分模型	RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌队列样本
206	2025-10-03	Identification of prognostic biomarkers associated with T and melanoma cell subpopulations in melanoma through integrating machine learning and multiomics 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03701-x PMID:41021162	研究论文	本研究通过整合机器学习和多组学数据，识别了与黑色素瘤预后相关的T细胞和黑色素瘤细胞亚群，并构建了新的预后风险评分模型	首次识别出与黑色素瘤预后相关的MITF+T细胞和M2细胞亚群，并采用72种机器学习算法组合开发了共识预后模型	NA	识别黑色素瘤预后相关的细胞亚群并构建预后预测模型	黑色素瘤患者	机器学习	黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	多种机器学习算法组合	基因表达数据	来自GEO数据库(GSE200218、GSE215121、GSE65904)和TCGA-SKCM数据库的样本
207	2025-10-03	Cell division cycle 25 C (CDC25C) mediates cell-cycle progression and immune evasion in glioma 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03596-8 PMID:41021167	研究论文	本研究探讨CDC25C在胶质瘤细胞周期进展和免疫逃逸中的关键作用	首次系统揭示CDC25C通过调控CDK1-Cyclin B1轴促进胶质瘤增殖并驱动免疫抑制微环境形成的双重机制	研究主要基于细胞系模型，临床样本验证仍需扩展	阐明CDC25C在胶质瘤进展和肿瘤免疫中的功能机制	胶质瘤组织和U87MG胶质瘤细胞系	肿瘤生物学	胶质瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blot	NA	转录组数据、单细胞数据、实验数据	TCGA、CGGA、GEO数据库的批量转录组数据集和单细胞RNA测序数据，以及U87MG细胞系实验
208	2025-10-03	Deciphering key chemotherapeutic drug targets within tyrosine metabolism for breast cancer and advancing a wide-ranging diagnostic strategy 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03577-x PMID:41021173	研究论文	本研究通过整合分析乳腺癌转录组数据，探索酪氨酸代谢在乳腺癌中的作用及其与化疗反应的关系	开发了酪氨酸代谢共表达预后模型，其性能优于传统临床指标；识别出MAOA和MAOB两个关键基因及其互作网络；建立了基于机器学习算法的早期诊断模型	NA	探索酪氨酸代谢在乳腺癌早期诊断和治疗中的作用机制	乳腺癌患者转录组数据	生物信息学	乳腺癌	转录组分析、差异表达分析、富集分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序分析、hdWGCNA分析、分子对接、机器学习算法	Extra Trees (BO)	转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌样本数据
209	2025-10-03	FGL1-mediated lymph node metastasis in stage T1 non-small cell lung cancer: therapeutic targeting 2025-Sep-29, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00709-5 PMID:41024301	研究论文	本研究揭示了FGL1在T1期非小细胞肺癌纵隔淋巴结转移中的关键作用机制	首次发现表达FGL1的CCNE1(+)细胞亚群介导T1期NSCLC的N2淋巴结转移，并验证了靶向FGL1的新型基因治疗方法	NA	探究T1期非小细胞肺癌纵隔淋巴结转移的分子机制并开发靶向治疗方案	T1期非小细胞肺癌患者样本及相关细胞模型	肿瘤分子机制研究	肺癌	单细胞测序、转录组测序、代谢组测序、质谱分析	NA	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	NA
210	2025-10-03	Activation and spatial redistribution of RNA splicing factors trigger hepatic regeneration 2025-Sep-29, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101654 PMID:41033443	研究论文	本研究通过时空测序和单细胞RNA测序揭示了RNA剪接因子在肝脏再生中的关键作用及其空间分布特征	首次发现RNA剪接因子的空间重分布驱动肝脏再生起始波，并鉴定Hnrnpu为关键剪接因子	研究主要基于小鼠模型和肝细胞类器官，人类临床验证仍需进一步研究	探究肝脏再生启动的精确空间和分子机制	再生肝脏组织、肝细胞类器官(Hep-Orgs)、基因敲除小鼠模型	分子生物学	肝脏疾病	时空测序、高通量单细胞RNA测序、基因敲除	NA	基因表达数据、空间转录组数据	基因敲除小鼠模型和肝细胞类器官样本
211	2025-10-03	Macrophages mediate acute kidney allograft rejection via a toll-like receptor 4-dependent mechanism 2025-Sep-29, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.09.014 PMID:41033459	研究论文	本研究揭示了巨噬细胞通过TLR4/HIF1α依赖机制介导急性肾移植排斥反应	首次证明髓系细胞特异性TLR4缺失可显著抑制急性肾移植排斥，并发现HIF1α是TLR4的关键下游靶点	研究基于小鼠模型，需要在人类患者中进一步验证	探究巨噬细胞在急性肾移植排斥反应中的作用机制	髓系细胞特异性TLR4基因敲除小鼠	免疫学	肾移植排斥反应	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，药理学HIF1α抑制，免疫分型	NA	基因表达数据，免疫细胞分型数据	使用髓系细胞特异性TLR4基因敲除小鼠模型
212	2025-10-03	An Integrated Single-Cell Atlas of the Mouse Ileum Links Nutrient Metabolism with Epithelial and Immune Crosstalk 2025-Sep-29, The Journal of nutrition IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.tjnut.2025.09.034 PMID:41033583	研究论文	本研究构建了首个整合的小鼠回肠单细胞图谱，揭示了上皮细胞分化和免疫细胞互作与营养代谢的关联	首次提供小鼠回肠的整合单细胞图谱，发现肠上皮细胞亚群具有不同的营养代谢功能，并识别出浆细胞样树突状细胞是免疫-上皮互作的核心调控者	研究仅使用8周龄雄性C57BL/6J小鼠，样本来源相对单一	绘制回肠细胞异质性图谱，定义上皮细胞分化、营养代谢程序以及上皮-免疫互作	小鼠回肠细胞	单细胞生物学	肠道疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Seurat聚类分析，伪时间轨迹分析，细胞-细胞通讯分析	基因表达数据	32,076个回肠细胞，来自C57BL/6J小鼠
213	2025-10-03	Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq identifies transcriptional and epigenetic blueprint guiding osteoclastogenic trajectory 2025-Sep-28, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf084 PMID:40577680	研究论文	通过整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq分析，揭示破骨细胞生成过程中的转录和表观遗传调控机制	首次在单细胞分辨率上整合多组学数据解析破骨细胞生成轨迹，发现IRF8作为破骨细胞生成的主要负调控因子	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚需进一步研究	阐明破骨细胞生成过程中的转录和表观遗传调控机制	野生型和IRF8条件性敲除小鼠的造血干细胞、祖细胞和单核细胞	生物信息学	骨溶解性疾病	单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、bulk RNA-seq、ChIP-seq	NA	基因组学数据、表观遗传学数据	小鼠模型样本（具体数量未明确说明）
214	2025-10-03	Spatiomolecular mapping reveals anatomical organization of heterogeneous cell types in the human nucleus accumbens 2025-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.10.675374 PMID:40964296	研究论文	本研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，构建了人类伏隔核细胞类型和空间域的空间分子图谱	首次在人类大脑中发现连续的D1和D2中型多棘神经元空间表达梯度，揭示了比传统核心-壳层划分更复杂的组织结构	研究基于10名神经正常成年捐赠者的死后组织样本，样本量相对有限	解析人类伏隔核的细胞多样性和空间组织特征及其与神经精神疾病的关联	人类伏隔核组织中的细胞类型和空间域	空间转录组学	神经精神疾病	空间转录组学、单核RNA测序、分层连锁不平衡评分回归	NA	转录组数据	10名神经正常成年捐赠者的死后伏隔核组织
215	2025-10-03	High Treg and PMN-MDSC densities are a hallmark of tertiary lymphoid structures in fatal cases of cervical cancer 2025-Sep-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012613 PMID:40998518	研究论文	本研究探讨三级淋巴结构在HPV相关宫颈癌中的组成特征及其与患者预后的关系	首次揭示宫颈癌中三级淋巴结构富含Treg和PMN-MDSC的特征，并发现其组成而非数量与患者生存相关	研究样本量有限，且机制研究仍需进一步验证	分析三级淋巴结构在HPV诱导的宫颈癌和头颈鳞癌中的密度、组成及预后影响	宫颈癌和头颈鳞癌患者组织样本	数字病理学	宫颈癌	多重免疫荧光、免疫组织化学、空间转录组学、流式细胞术	NA	组织切片图像、基因表达数据、细胞表型数据	宫颈癌和头颈鳞癌患者组织样本（具体数量未明确说明）
216	2025-10-03	Myasthenia thymus reprograms class-switched B cells into BAFF-dependent survivors 2025-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.19.677075 PMID:41000735	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示重症肌无力胸腺中B细胞通过BAFF生存信号逃避免疫耐受检查点的新机制	首次发现胸腺中病理性的类别转换B细胞通过上调TNFRSF17转向BAFF依赖的生存机制，绕过正常的抗原特异性选择	研究主要基于人类胸腺样本，需要进一步验证这些机制在外周组织中的存在和功能	探究重症肌无力胸腺中B细胞逃避免疫耐受检查点的生存机制	人类胸腺样本中的B细胞和T滤泡辅助细胞	免疫学	重症肌无力	单细胞RNA测序、V(D)J repertoire分析、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	237,661个细胞，来自人类胸腺样本
217	2025-10-03	Recent insights in the development and functions of insect hemocytes 2025-Sep-15, Current opinion in insect science IF:5.8Q1 DOI:10.1016/j.cois.2025.101434 PMID:40962030	综述	本文综述了昆虫血细胞发育和功能研究的最新进展	总结了单细胞RNA测序技术在识别血细胞过渡状态和免疫反应变化中的应用，扩展了对固着血细胞功能的理解	NA	探讨昆虫血细胞的个体发育和功能机制	果蝇、蚊子和鳞翅目昆虫的血细胞	昆虫免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
218	2025-10-03	Decoding the Tumor Microenvironment: Insights and New Targets from Single-Cell Sequencing and Spatial Transcriptomics 2025-Sep-09, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47090730 PMID:41020852	综述	本文探讨单细胞测序和空间转录组学技术在解析肿瘤微环境中的应用与进展	整合单细胞测序与空间转录组学技术，在单细胞分辨率下揭示肿瘤微环境的异质性和空间动态	NA	探索肿瘤微环境的分子机制并发现新的治疗靶点	肿瘤微环境中的信号通路和细胞相互作用	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序(SCS), 空间转录组学(ST)	NA	基因表达数据, 空间定位数据	NA
219	2025-10-03	Leveraging RNA-seq deconvolution to improve complex in vitro model characterization 2025-Sep, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110510 PMID:40701251	研究论文	本研究评估RNA-seq反卷积方法在复杂体外模型表征中的应用效果	利用公开可用的scRNA-seq数据集通过反卷积方法预测复杂体外模型的细胞比例，并评估不同插补方法对反卷积准确性的影响	不同反卷积方法的准确性存在显著差异	开发改进复杂体外模型表征的新方法	基于干细胞的人类肠道类器官CIVM和新生啮齿动物睾丸CIVM	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, 反卷积方法	NA	基因表达数据	两种复杂体外模型系统
220	2025-10-03	The urokinase receptor/uPAR is a major effector of p53 gain-of-function mutations in gemcitabine-treated pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Sep, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110561 PMID:40759369	研究论文	本研究揭示了在吉西他滨治疗的胰腺导管腺癌中，p53功能获得性突变通过上调uPAR表达促进化疗耐药和癌细胞侵袭的机制	首次发现TP53功能获得性突变通过上调PLAUR/uPAR表达介导胰腺癌化疗耐药和侵袭性增强的具体信号通路	研究主要基于细胞系实验，需要更多体内实验验证；EGFR在uPAR信号通路中的具体作用机制尚未完全阐明	探究p53功能获得性突变在胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移中的分子机制	胰腺导管腺癌细胞系(PANC1和MIA PaCa-2)和人类PDAC单细胞测序数据	癌症生物学	胰腺癌	scRNA-Seq、基因沉默、TCGA数据挖掘	细胞系模型	基因表达数据、单细胞测序数据、临床生存数据	两个胰腺癌细胞系和TCGA数据库中的PDAC患者数据