单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-09-10	Dynamic and precise electromagnetic levitation of single cells 2025-Sep-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2512246122 PMID:40920932	研究论文	介绍了一种名为Electro-LEV的新型平台，用于在三维微流体环境中动态精确操控单细胞电磁悬浮	整合电磁与磁悬浮原理，实现单细胞在3D环境中的动态位置控制，并能区分单细胞与细胞簇的悬浮行为差异	NA	开发高精度细胞操控技术，提升细胞分选纯度和效率	单细胞和细胞簇	生物医学工程	NA	电磁悬浮技术	NA	物理位置数据	多种颗粒和细胞类型（具体数量未明确说明）
202	2025-09-10	Acrylamide-induced noradrenergic axon degeneration is promoted via a non-cell autonomous mechanism, involving microglial Tnfaip2/TNF-α and oxidative stress pathways 2025-Sep-15, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.139125 PMID:40664071	研究论文	本研究揭示了丙烯酰胺通过小胶质细胞介导的非细胞自主机制促进去甲肾上腺素能轴突变性，涉及Tnfaip2/TNF-α和氧化应激通路	首次发现丙烯酰胺通过小胶质细胞分泌因子（而非直接神经毒性）驱动轴突变性，并鉴定Tnfaip2为关键介质	NA	探究环境毒物丙烯酰胺诱导认知功能障碍的分子机制	小鼠模型、BV2小胶质细胞系、1C11神经元系	神经毒理学	神经退行性疾病	RNA-seq（bulk和单细胞）、条件培养基实验、基因敲除	NA	转录组数据、细胞实验数据	NA
203	2025-09-10	Mitoribosome-Targeting Antibiotics Suppress Osteoclastogenesis and Periodontitis-Induced Bone Loss by Blocking Mitochondrial Protein Synthesis 2025-Sep-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202501619R PMID:40923938	研究论文	本研究探讨靶向线粒体核糖体的抗生素radezolid通过抑制线粒体蛋白合成来抑制破骨细胞分化和牙周炎骨丢失的机制	首次发现radezolid通过靶向线粒体功能抑制破骨细胞分化，并证实其在牙周炎治疗中的新治疗策略	研究主要基于细胞模型和大鼠模型，尚未进行人体临床试验	研究radezolid抑制破骨细胞分化及治疗牙周炎的潜力	破骨细胞（RAW264.7和骨髓来源巨噬细胞）及牙周炎大鼠模型	生物医学研究	牙周炎	scRNA-seq，流式细胞术，电子显微镜	NA	基因表达数据，细胞图像，动物模型数据	健康个体和严重慢性牙周炎患者的牙周组织（具体数量未说明），细胞系和大鼠模型
204	2025-09-10	p53 maintains lineage fidelity during lung capillary injury-repair in neonatal hyperoxia 2025-Sep-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182880 PMID:40763040	研究论文	本研究揭示p53在新生儿高氧损伤后肺毛细血管修复过程中维持内皮细胞谱系保真度的关键作用	发现p53通过调控过渡性内皮细胞状态参与毛细血管修复，并首次在人类BPD合并肺动脉高压病例中验证该基因特征的保守性	NA	探究p53在新生儿高氧所致肺损伤修复过程中的分子机制及其与支气管肺发育不良（BPD）的关系	新生儿高氧损伤模型中的肺毛细血管内皮细胞亚群	分子病理学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA
205	2025-09-10	Identifying potential therapeutic targets in periodontitis: a multi-omics approach integrating bulk and single-cell RNA sequencing with Mendelian randomization 2025-Sep-09, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04580-3 PMID:40921808	研究论文	本研究通过整合批量与单细胞RNA测序及孟德尔随机化方法，识别牙周炎潜在治疗靶点基因	首次结合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和转录组学整合分析，发现CXCR4等4个牙周炎关键枢纽基因	基于公共数据库的回顾性分析，需实验验证	识别牙周炎的分子机制和潜在治疗靶点	牙周炎患者基因表达数据	生物信息学	牙周病	RNA-seq, scRNA-seq, Mendelian randomization, eQTL分析	LASSO, 随机森林	基因表达数据	3个独立GEO数据集（具体样本量未说明）
206	2025-09-10	Intestinal epithelial Ceacam1 deficiency prevents steroid-refractory acute gut graft-versus-host disease 2025-Sep-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186984 PMID:40923321	研究论文	本研究通过多组学技术发现肠道上皮细胞CEACAM1缺失可有效预防类固醇难治性急性肠道移植物抗宿主病	首次揭示肠道上皮细胞CEACAM1在SR-Gut-aGVHD中的关键作用机制，并证明其缺失可通过调节免疫细胞亚群和肠道菌群来预防疾病	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化效果仍需进一步验证	探究肠道上皮细胞CEACAM1在类固醇难治性急性肠道移植物抗宿主病发病机制中的作用	小鼠模型和人类样本中的肠道上皮细胞及免疫细胞	免疫学	移植物抗宿主病	成像质谱流式细胞术(IMC)、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、ATAC测序、高维流式细胞术	NA	多组学数据（转录组、表观基因组、蛋白质组）	小鼠模型和人类SR-Gut-aGVHD样本
207	2025-09-10	Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover the prognostic, epigenetic, and immunological roles of FANCC in low-grade glioma 2025-Sep-09, Neurological research IF:1.7Q4 DOI:10.1080/01616412.2025.2556255 PMID:40923898	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示了FANCC基因在低级别胶质瘤中的预后、表观遗传和免疫调控作用	首次报道FANCC作为低级别胶质瘤的致癌驱动因子，发现其通过免疫微环境重编程和DNA修复失调协同促进肿瘤进展	NA	全面研究FANCC在低级别胶质瘤中的临床意义、预后价值和分子机制，以确定新的治疗靶点	低级别胶质瘤(LGG)患者样本	数字病理	脑肿瘤	单细胞转录组学、空间转录组学、GSEA分析	NA	转录组数据、空间分布数据	NA
208	2025-09-10	NOTCH3 drives fatty acid oxidation and ferroptosis resistance in aggressive meningiomas 2025-Sep-09, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-025-05208-5 PMID:40924320	研究论文	本研究揭示NOTCH3通过促进脂肪酸氧化和抑制铁死亡在侵袭性脑膜瘤中的致癌机制	首次发现NOTCH3通过调控脂肪酸氧化代谢重编程介导脑膜瘤铁死亡抵抗的新机制	研究主要基于细胞系模型，需要进一步在体内模型和临床样本中验证	探究NOTCH3在侵袭性脑膜瘤中的代谢调控作用	人脑膜瘤细胞系（CH157-MN）和患者来源的原代脑膜瘤细胞	肿瘤代谢	脑膜瘤	单细胞RNA测序、非靶向代谢组学、脂质组学、批量RNA测序	细胞过表达模型	转录组数据、代谢组数据	人脑膜瘤细胞系及患者来源的原代细胞系（具体数量未明确说明）
209	2025-09-10	Single-cell RNA sequencing: enhancing the predictive accuracy of tumor immunotherapy efficacy 2025-Sep-08, Essays in biochemistry IF:5.6Q1 DOI:10.1042/EBC20253017 PMID:40857744	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在肿瘤免疫治疗疗效预测和生物标志物发现中的应用现状与挑战	系统探讨了scRNA-seq技术与生物材料在肿瘤免疫治疗中的整合应用潜力	未涉及具体实验验证数据，主要基于现有文献分析	提升肿瘤免疫治疗疗效预测准确性	肿瘤微环境（TME）中的免疫细胞	生物信息学	肿瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	NA
210	2025-09-10	OmnibusX: A unified platform for accessible multi-omics analysis 2025-Sep-08, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013480 PMID:40920823	研究论文	介绍OmnibusX平台，一个集成化、隐私优先的统一多组学数据分析工具	整合多种组学分析流程与用户友好界面，提供本地化数据处理和高精度细胞类型预测等专有模块	NA	降低多组学数据分析的技术门槛并增强可重复性	多组学数据分析平台用户	生物信息学	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, spatial transcriptomics	NA	多组学数据	NA
211	2025-09-10	Cytotoxic CX3CR1+ Vδ1 T cells clonally expand in an interplay of CMV, microbiota, and HIV-1 persistence in people on antiretroviral therapy 2025-Sep-08, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1013489 PMID:40920867	研究论文	本研究揭示了HIV-1感染者中Vδ1 γδ T细胞的克隆扩增机制及其与CMV、微生物组和HIV-1病毒库控制的关联	首次综合解析Vδ1 T细胞在HIV-1感染者中的表型、功能、单细胞转录组和受体库特征，并阐明其与CMV、微生物组的多重触发关系	样本量较小（15名HIV-1感染者与15名对照），且为观察性研究	探究HIV-1感染者Vδ1 T细胞的扩增机制及其对病毒库控制的潜在作用	HIV-1感染者的血液和十二指肠上皮内淋巴细胞	免疫学	HIV-1感染	单细胞转录组测序、表型分析、功能分析	NA	生物样本数据、测序数据	30人（15名HIV-1感染者+15名HIV阴性对照）
212	2025-09-10	Protective Role of Apelin in a Mouse Model of Post-Intensive Care Syndrome 2025-Sep-08, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2025-0028OC PMID:40920972	研究论文	本研究通过小鼠模型和临床数据分析，探讨Apelin-APJ信号通路在重症监护后综合征（PICS）中的保护作用及分子机制	首次将Apelin-APJ信号通路损伤与PICS发病机制联系起来，并发现肌肉特异性Apelin过表达可改善症状	需要进一步研究明确组织特异性作用，目前机制尚未完全阐明	探究PICS的分子机制并寻找潜在治疗靶点	小鼠模型和COVID-19相关ARDS幸存者	基础医学研究	重症监护后综合征	单细胞RNA测序、转录组分析、动物模型构建	小鼠疾病模型	基因表达数据、临床数据、行为学数据	小鼠模型和人类患者样本（具体数量未明确说明）
213	2025-09-10	Extracellular Matrix and Fibroblast Activation in Lymphangioleiomyomatosis 2025-Sep-08, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2025-0237OC PMID:40920984	研究论文	本研究探讨淋巴管平滑肌瘤病（LAM）中细胞外基质（ECM）和成纤维细胞活化的作用机制及潜在治疗策略	通过单细胞测序技术识别LAM细胞的癌症干细胞样状态，并揭示mTORC1驱动的4E-BP1/eIF4E翻译调控对ECM基因的超越转录控制的作用	研究基于特定细胞亚群分析，未涉及整体动物模型或临床疗效验证	阐明LAM疾病中ECM基因表达调控机制及开发靶向治疗策略	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者来源的细胞及成纤维细胞	分子病理学	淋巴管平滑肌瘤病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据	NA（未明确样本数量）
214	2025-09-10	Standardizing single-cell approaches to osteoarthritis: Toward a comprehensive cellular atlas 2025-Sep-04, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.08.016 PMID:40914548	评论	本文探讨了单细胞RNA测序在骨关节炎研究中的应用，并呼吁标准化细胞类型注释与数据整合以构建全面的细胞图谱	提出通过标准化注释和整合新旧数据集来构建更完整的骨关节炎单细胞图谱的创新方向	NA	推动骨关节炎单细胞研究标准化，构建全面细胞图谱	骨关节炎关节组织细胞	数字病理学	骨关节炎	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
215	2025-09-10	Longitudinal single-cell RNA model aids prediction of EGFR-TKI resistance 2025-Sep-04, Carcinogenesis IF:3.3Q2 DOI:10.1093/carcin/bgaf038 PMID:40739818	研究论文	本研究利用纵向单细胞RNA测序数据探索肺腺癌EGFR-TKI耐药机制并建立预测模型	首次结合纵向scRNA-seq与机器学习构建EGFR耐药评分(ERscore)系统，在单细胞水平解析耐药肿瘤细胞亚群与代谢特征	NA	研究肺腺癌EGFR-TKI耐药机制并开发预测工具	EGFR突变肺腺癌患者的肿瘤样本（治疗前后配对样本）	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), inferCNV算法, 基因评分方法	机器学习模型（具体类型未明确说明）	单细胞RNA测序数据	NA（未明确说明具体样本数量）
216	2025-09-10	Contribution of S1pr1-featured astrocyte subpopulation to cisplatin-induced neuropathic pain in male mice 2025-Sep-03, Pain IF:5.9Q1 DOI:10.1097/j.pain.0000000000003780 PMID:40899794	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示顺铂诱导神经病理性疼痛中S1pr1高表达星形胶质细胞亚群的作用及Wnt信号通路机制	首次发现顺铂特异性增加脊髓中S1pr1high星形胶质细胞比例并鉴定其特有的Wnt信号通路激活机制	研究仅使用雄性小鼠模型，未探讨性别差异影响	解析顺铂诱导神经病理性疼痛的细胞与分子机制	雄性小鼠脊髓组织与星形胶质细胞亚群	神经科学	神经病理性疼痛	单细胞转录组学、鞘内注射、药理学拮抗	NA	基因表达数据	雄性小鼠脊髓样本（具体数量未明确说明）
217	2025-09-10	Reproducible single-cell annotation of programs underlying T cell subsets, activation states and functions 2025-Sep-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02793-1 PMID:40903640	研究论文	开发T-CellAnnoTator（TCAT）流程，通过量化预定义基因表达程序改进T细胞表征	提出同时量化T细胞激活状态和细胞亚群的创新分析框架，识别传统分类无法捕捉的连续状态	NA	改进T细胞表征方法并识别可重复的基因表达程序	T细胞及其基因表达程序	生物信息学	肿瘤免疫	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自700个个体、38种组织和5种疾病背景的1,700,000个T细胞
218	2025-09-10	Unraveling the developmental heterogeneity of human retinal ganglion cells within the developing retina to study to the continuity of maturation 2025-Sep-03, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2025.08.025 PMID:40912448	研究论文	利用单细胞RNA测序技术解析人视网膜发育过程中视网膜神经节细胞的连续成熟轨迹	提出视网膜神经节细胞成熟是连续非离散过程的假设，并通过伪时间分析首次构建了RGC的完整成熟轨迹图谱	研究仅涵盖胎儿8-27周的发育阶段，未涉及出生后及成年期视网膜成熟过程	解析人视网膜发育过程中细胞类群的成熟异质性，特别是视网膜神经节细胞的连续成熟过程	人胎儿视网膜组织及视网膜神经节细胞（RGC）	单细胞基因组学	NA	scRNAseq（单细胞RNA测序），伪时间分析	NA	单细胞转录组数据	胎儿8-27周期间的人视网膜样本
219	2025-09-10	Nerve-associated macrophages control adipose homeostasis across lifespan and restrain age-related inflammation 2025-Sep-02, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00952-9 PMID:40897908	研究论文	本研究通过单细胞测序和流式细胞术揭示了神经相关巨噬细胞（NAMs）在调控脂肪组织稳态和抑制年龄相关炎症中的关键作用	首次发现CD169+CD11c+神经相关巨噬细胞（NAMs）这一特殊巨噬细胞亚群，并证明其随年龄减少会导致脂肪组织炎症增加和脂解功能受损	研究仅限于小鼠模型，人类中的类似机制尚需验证	探究脂肪组织巨噬细胞在年龄相关炎症（inflammaging）中的调控机制	小鼠脂肪组织中的巨噬细胞亚群	免疫学	年龄相关疾病	单细胞测序、多参数流式细胞术、血管内标记	NA	单细胞测序数据、流式细胞数据	不同年龄阶段的小鼠脂肪组织样本
220	2025-09-10	Benchmarking sketching methods on spatial transcriptomics data 2025-Sep-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672376 PMID:40909701	研究论文	系统评估不同采样方法在空间转录组数据上的表现，并提出空间感知的优化策略	首次系统比较多种采样方法在空间转录组数据中的应用，并提出结合空间平滑的杠杆评分方法以平衡转录组异质性和空间结构保持	研究基于有限数据集和模拟数据，未涵盖所有可能的组织类型和技术平台	解决空间转录组数据分析中的计算瓶颈，通过智能子采样实现高效无偏分析	空间转录组数据（包括小鼠卵巢、MERFISH脑数据、人类乳腺癌和肺癌数据）及模拟数据	空间转录组学	乳腺癌、肺癌	空间转录组技术（ST）、MERFISH	随机SVD、空间权重矩阵	空间转录组数据、基因表达数据、空间坐标数据	多个真实数据集（包含数十万细胞/位置）及模拟数据