单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-04-26	Distinct deregulation trends of transcriptional protein complexes in aging naive T cells 2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae231 PMID:39437255	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据和蛋白质相互作用网络，揭示了衰老对幼稚CD4+和CD8+ T细胞中转录蛋白复合物的不同影响	首次揭示了衰老对幼稚CD4+和CD8+ T细胞中转录蛋白复合物的不同调控趋势，并发现SMAD3和BCL11A复合物可作为衰老的标志物	研究仅关注了幼稚T细胞，未考虑其他T细胞亚群或免疫细胞类型	探究衰老对T细胞亚群中转录蛋白复合物的影响及其在免疫系统功能衰退中的作用	幼稚CD4+和CD8+ T细胞	免疫学	老年病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自3个不同年龄组的幼稚CD4+和CD8+ T细胞
202	2025-04-26	Single-cell transcriptome analysis reveals atypical monocytes circulating ahead of acute graft-versus-host disease clinical onset 2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae229 PMID:39432735	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了急性移植物抗宿主病(aGVHD)临床发病前循环中的非典型单核细胞	发现aGVHD临床发病前18天外周血中存在特定的单核细胞和细胞毒性T细胞亚群，这些细胞具有特定的标志物上调	样本量较小，仅包括3名aGVHD患者和4名对照	探索aGVHD发病前的早期生物标志物	接受异基因造血干细胞移植(HSCT)的患者	数字病理学	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	3名aGVHD患者(发病前和发病后)和4名对照HSCT受者
203	2025-04-26	Screening and validating genes associated with cuproptosis in systemic lupus erythematosus by expression profiling combined with machine learning 2025-Mar-07, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2024.10996 PMID:39388708	研究论文	通过机器学习和单细胞RNA测序技术筛选和验证与系统性红斑狼疮中铜死亡相关的基因	首次结合机器学习和单细胞RNA测序技术系统性研究与铜死亡相关的基因在系统性红斑狼疮中的作用	研究依赖于公开数据集，样本量有限，实验验证仅针对部分基因	识别系统性红斑狼疮中与铜死亡相关的基因，并验证其作为生物标志物的潜力	系统性红斑狼疮患者的外周血样本	生物信息学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qPCR	最小绝对收缩和选择算子（LASSO）、支持向量机递归特征消除（SVM-RFE）	基因表达数据	两个公开数据集（GSE65391和GSE61635）及单细胞RNA测序数据（GSE162577）
204	2025-04-26	Pharmacological activation of STAT1-GSDME pyroptotic circuitry reinforces epigenetic immunotherapy for hepatocellular carcinoma 2025-Mar-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332281 PMID:39486886	research paper	本研究通过筛选基因组发现干扰素-γ（IFNγ）通路缺陷与免疫检查点阻断（ICB）治疗无效的肿瘤相关，并开发了一种针对肝细胞癌（HCC）的联合治疗方法	揭示了选择性HDAC抑制剂CXD101与ICB联合治疗通过激活STAT1-GSDME焦亡回路增强抗肿瘤免疫的新机制	研究主要基于临床前模型，临床效果需进一步验证	开发针对HCC患者ICB耐药的治疗策略	肝细胞癌（HCC）患者和ICB耐药模型	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序、单细胞多组学、染色质免疫沉淀测序	NA	基因组数据、转录组数据	来自pembrolizumab试验（NCT03419481）的HCC患者样本和4种ICB耐药模型
205	2025-04-26	scCrab: A Reference-Guided Cancer Cell Identification Method based on Bayesian Neural Networks 2025-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00655-6 PMID:39348073	研究论文	提出了一种基于贝叶斯神经网络的参考引导癌症细胞识别方法scCrab，用于单细胞RNA测序数据中的癌症细胞识别	结合贝叶斯神经网络和多头自注意力机制，能够整合外部参考数据作为先验信息，提高了识别性能	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	开发一种高效的癌症细胞识别计算方法，以替代耗时且重复性差的手动识别方法	单细胞RNA测序数据中的癌症细胞	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	贝叶斯神经网络(BNN)与线性回归模型	单细胞RNA测序数据	多个数据集，具体数量未提及
206	2025-04-26	When is prostate cancer really cancer? 2025-Mar-01, Journal of the National Cancer Institute DOI:10.1093/jnci/djae200 PMID:39350309	research paper	本文探讨了前列腺癌（尤其是Grade Group 1）是否应被标记为“癌症”，并总结了国际研讨会的关键讨论点	挑战了传统对Grade Group 1前列腺癌的分类，提出了基于现代诊断路径和空间转录组学的新观点	缺乏关于患者在没有癌症诊断的情况下是否会坚持监测的数据	减少前列腺癌死亡率，同时最小化过度诊断和过度治疗带来的危害	前列腺癌（特别是Grade Group 1）	digital pathology	prostate cancer	空间转录组学	NA	NA	NA
207	2025-04-26	Integrating Metabolic RNA Labeling-Based Time-Resolved Single-Cell RNA Sequencing with Spatial Transcriptomics for Spatiotemporal Transcriptomic Analysis 2025-Mar, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401297 PMID:39390840	研究论文	该论文提出了一种将基于代谢RNA标记的时间分辨单细胞RNA测序与空间转录组学相结合的新方法，用于时空转录组分析	首次将时间分辨scRNA-seq与空间转录组学整合，用于揭示GBM中细胞间通讯对基因表达的调控	未提及样本量是否足够大或是否涵盖其他类型肿瘤	探索GBM中基因表达的时空动态调控机制	胶质母细胞瘤(GBM)细胞及其微环境中的肿瘤相关巨噬细胞	单细胞转录组学	胶质母细胞瘤	代谢RNA标记、时间分辨scRNA-seq(Well-TEMP-seq)、空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	未明确说明具体样本数量
208	2025-04-26	Identification of novel biomarkers for atherosclerosis using single-cell RNA sequencing and machine learning 2025-Mar, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-024-10077-w PMID:39400603	研究论文	通过单细胞RNA测序和机器学习技术识别动脉粥样硬化的新型生物标志物	结合单细胞RNA测序、WGCNA、差异表达分析和多种机器学习方法（LASSO和SVM-RFE）识别并验证了动脉粥样硬化的潜在诊断标志物C1QC和COL1A1	研究结果仍需在更大规模的临床样本中进一步验证	识别动脉粥样硬化的新型生物标志物以改进其诊断和治疗	动脉粥样硬化患者和正常人的样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、免疫荧光、免疫组化、ELISA分析	LASSO、SVM-RFE	RNA测序数据、免疫细胞浸润数据	256个差异表达基因（来自AS和正常样本）、GSE21545数据集验证、小鼠和人类样本
209	2025-04-26	Sandwich Therapy with Radionuclide Combined with Intralesional Injections Based on Differences in the Spatial Structure Components of Keloids 2025-Mar, Aesthetic plastic surgery IF:2.0Q2 DOI:10.1007/s00266-024-04442-y PMID:39402198	research paper	该研究设计了一种基于瘢痕疙瘩空间结构成分差异的改良‘三明治’疗法，结合放射性核素和病灶内注射，以减少并发症	基于单细胞测序分析和病理学发现瘢痕疙瘩血管壁中高表达的基因和通路，设计出针对其空间结构差异的精准靶向疗法	样本量较小（40例患者，41个部位），且缺乏长期随访数据	开发一种减少瘢痕疙瘩治疗并发症的新方法	瘢痕疙瘩患者	digital pathology	keloid	单细胞测序分析、超声、H&E染色、CD34染色、eNOS染色	NA	基因表达数据、超声图像、病理切片	40例患者，41个瘢痕疙瘩部位
210	2025-04-26	SCG2 Mediates HNSCC Progression With CCL2/TGFβ1high M2 Macrophage Infiltration 2025-Mar, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15154 PMID:39404611	研究论文	本研究揭示了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中M2巨噬细胞极化的机制，并确定了潜在的治疗靶点	发现SCG2作为HNSCC中M2巨噬细胞极化的关键因子，并验证了其在肿瘤预后中的重要作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	揭示HNSCC中M2巨噬细胞极化的机制并寻找治疗靶点	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）	生物信息学	头颈癌	生物信息学分析、单细胞转录组测序、基因敲除、细胞共培养	NA	转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的HNSCC批量转录组数据
211	2025-04-26	Integrating spatial transcriptomics and single-nucleus RNA-seq revealed the specific inhibitory effects of TGF-β on intramuscular fat deposition 2025-Mar, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2696-5 PMID:39422812	研究论文	本研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了TGF-β对肌肉内脂肪沉积的特异性抑制作用	首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了TGF-β信号通路在肌肉内脂肪沉积中的特异性调控作用	研究主要基于猪和小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究肌肉内脂肪沉积的调控机制及其在肌肉萎缩和修复中的作用	猪的背最长肌和肥胖小鼠模型	生物医学	肥胖相关肌肉萎缩	空间转录组学(ST)和单核RNA测序(single-nucleus RNA-seq)	NA	基因表达数据	不同肌肉内脂肪含量的猪背最长肌样本和肥胖小鼠模型
212	2025-04-26	Unraveling aging from transcriptomics 2025-Mar, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2024.09.006 PMID:39424502	综述	本文综述了转录组学技术在衰老研究中的最新进展及其在生物标志物发现、分子通路阐明和靶向治疗策略开发中的应用	总结了不同类型转录本（如mRNA、lncRNA、tRNA和miRNA）在衰老研究中的最新突破，并讨论了它们对未来研究的潜在影响	NA	阐明衰老的生物学机制及年龄相关疾病，促进健康长寿	衰老过程中的转录组变化	生物信息学	老年疾病	bulk RNA-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
213	2025-04-26	The Microscope and Beyond: Current Trends in the Characterization of Kidney Allograft Rejection From Tissue Samples 2025-Mar-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000005153 PMID:39436268	综述	本文综述了当前和新兴的创新工具在从组织样本中增强对肾移植排斥反应表征的潜力	讨论了数字病理工作流程、深度学习、多重免疫组化、单细胞转录组学和空间转录组学等新兴技术在肾移植排斥反应表征中的应用	Banff分类法目前仍以活检为中心，主要依赖半定量组织学评分系统，缺乏可重复性和精细度	增强对肾移植排斥反应的表征和理解	肾移植排斥反应的组织样本	数字病理	肾移植排斥反应	多重免疫组化、单细胞转录组学、空间转录组学	深度学习	组织样本、转录组数据	NA
214	2025-04-26	Bioengineered Extracellular Vesicles Delivering siMDM2 Sensitize Oxaliplatin Therapy Efficacy in Colorectal Cancer 2025-Mar, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202403531 PMID:39440640	研究论文	本研究通过生物工程改造的细胞外囊泡递送siMDM2，增强奥沙利铂在结直肠癌治疗中的疗效	结合单细胞转录组测序与动态网络生物标志物（DNB）方法，发现线粒体电子传递链复合物I的功能抑制是奥沙利铂获得性耐药的早期事件，并构建了携带siMDM2的工程化细胞外囊泡	研究主要基于小鼠模型和PDX模型，尚未在人体临床试验中验证	探索结直肠癌奥沙利铂耐药的早期机制并开发新的治疗策略	结直肠癌细胞、小鼠模型和患者来源的异种移植（PDX）模型	癌症治疗	结直肠癌	单细胞转录组测序、动态网络生物标志物（DNB）分析、电穿孔技术	患者来源的异种移植（PDX）模型、肝肺转移小鼠模型	转录组数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及多种小鼠模型和PDX模型
215	2025-04-26	Active immunologic participation and metabolic shutdown of kidney structural cells during kidney transplant rejection 2025-Mar, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2024.10.015 PMID:39461479	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了18例肾移植活检样本，揭示了肾脏结构细胞在移植排斥反应中的主动免疫参与和代谢关闭现象	首次系统性地描述了肾脏结构细胞（包括内皮细胞和上皮细胞）在移植排斥反应中的主动免疫参与和代谢变化	样本量相对较小（18例活检样本来自14名受者），且为观察性研究	阐明肾脏结构细胞在移植排斥反应中的作用机制	肾移植患者的活检样本中的肾脏结构细胞和浸润免疫细胞	单细胞组学	肾移植排斥反应	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	18例肾移植活检样本（来自14名受者）
216	2025-04-26	Glial 'omics in ischemia: Acute stroke and chronic cerebral small vessel disease 2025-Mar, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24634 PMID:39463002	research paper	本文探讨了胶质细胞在急性缺血性中风和慢性脑小血管病中的多组学研究	结合单细胞RNA测序、空间转录组学和核糖体标记策略，揭示了胶质细胞亚群在缺血条件下的新功能和基因表达模式	NA	阐明胶质细胞在急性和慢性脑血管疾病中的反应机制	胶质细胞（包括小胶质细胞和星形胶质细胞）在缺血条件下的反应	digital pathology	cardiovascular disease	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 核糖体标记策略	NA	转录组数据, 空间表达数据	NA
217	2025-04-26	Seq-Scope: repurposing Illumina sequencing flow cells for high-resolution spatial transcriptomics 2025-Mar, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01065-0 PMID:39482362	研究论文	Seq-Scope是一种利用Illumina测序平台进行高分辨率空间转录组分析的新方法	通过重新利用Illumina测序平台，实现了亚微米级分辨率的高通量空间转录组分析，克服了现有技术在分辨率、转录覆盖范围、操作复杂性和成本方面的限制	需要研究人员具备分子生物学、组织学和基本Unix技能	开发一种高分辨率、高覆盖度的空间转录组分析方法	新鲜冷冻组织切片	空间转录组学	NA	Illumina测序	NA	转录组数据	7 mm × 7 mm或更大的多个组织切片区域
218	2025-04-26	A multiplex single-cell RNA-Seq pharmacotranscriptomics pipeline for drug discovery 2025-Mar, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41589-024-01761-8 PMID:39482470	研究论文	本文介绍了一种用于药物发现的多重单细胞RNA-Seq药物转录组学流程	通过活细胞条形码技术和抗体-寡核苷酸结合物，实现了高通量药物转录组分析，结合了药物筛选与96重单细胞RNA测序	研究主要针对高级别浆液性卵巢癌（HGSOC），可能不适用于其他癌症类型	探索癌症药物反应的基因调控动态，开发个性化药物测试方法	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）细胞	药物发现	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），活细胞条形码技术	NA	单细胞转录组数据	45种药物处理的HGSOC细胞，涵盖13种不同作用机制的药物类别
219	2025-04-26	Recent advances in basic research on prostate cancer: Where we are heading? 2025-Mar, International journal of urology : official journal of the Japanese Urological Association IF:1.8Q3 DOI:10.1111/iju.15628 PMID:39474871	综述	本文综述了前列腺癌基础研究的最新进展，重点关注前列腺癌细胞及其肿瘤微环境	强调了液体活检在实时肿瘤监测中的应用以及单细胞RNA测序和空间转录组学在肿瘤微环境研究中的潜力	未提及具体临床转化应用的挑战	概述前列腺癌基础研究的现状和未来方向	前列腺癌细胞及其肿瘤微环境	肿瘤学	前列腺癌	液体活检、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
220	2025-04-26	Integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq data to explore diverse cell death patterns and develop a programmed cell death-related relapse prediction model in pediatric B-ALL 2025-02-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86148-y PMID:39955305	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，探索了儿童B-ALL中多种细胞死亡模式，并开发了一个与程序性细胞死亡相关的复发预测模型	首次在儿童B-ALL中系统分析了16种PCD模式的活性，并构建了包含7个关键PCD相关基因的复发预测模型	研究结果需要在更大样本量的独立队列中进行验证	识别PCD相关生物标志物并开发儿童B-ALL患者的复发预测模型	儿童B-ALL患者	生物信息学	B细胞急性淋巴细胞白血病	bulk RNA-seq, scRNA-seq	Cox回归模型	RNA-seq数据	多个队列的儿童B-ALL患者样本