单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-07-26	Bioinspired 3D hydrogel scaffold to mimic tumor microenvironment for investigating into the anoikis resistance mechanisms in colorectal cancer 2025-Aug, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102061 PMID:40697318	研究论文	本研究开发了一种仿生复合水凝胶支架（GHP），用于模拟肿瘤微环境（TME），以研究结直肠癌中的失巢凋亡抵抗机制	开发了一种新型仿生复合水凝胶（GHP），能够更好地模拟TME的复杂性，并促进细胞增殖和分化，同时揭示了T细胞介导的抗肿瘤免疫新调控机制	研究主要基于Caco-2细胞系，可能无法完全反映所有结直肠癌细胞的特性	研究结直肠癌中失巢凋亡抵抗的机制	结直肠癌细胞（Caco-2细胞）	生物医学工程	结直肠癌	单细胞RNA测序、放射组学分析	3D细胞培养模型	基因表达数据、影像数据	使用Caco-2细胞进行实验
202	2025-07-26	The potential role of BCL2A1⁺ tissue-resident macrophages in the prognosis of Wilms tumor 2025-Jul-25, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02935-3 PMID:40707992	研究论文	本研究探讨了BCL2A1⁺组织驻留巨噬细胞在Wilms肿瘤预后中的潜在作用	首次在Wilms肿瘤中鉴定出BCL2A1⁺组织驻留巨噬细胞亚群，并揭示其在肿瘤进展中的关键作用	样本量相对较小（120例患者），需要更大规模的研究验证结果	探索Wilms肿瘤进展和免疫治疗的关键机制	Wilms肿瘤患者及其肿瘤和邻近组织	肿瘤免疫学	Wilms肿瘤	CIBERSORT, scRNA-seq, IHC, IF	NA	RNA测序数据, 免疫组织化学数据	120例Wilms肿瘤患者
203	2025-07-26	Metabolic stress and early cell death in photoreceptor precursor cells following retinal transplantation 2025-Jul-25, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04509-w PMID:40708039	研究论文	本研究探讨了视网膜移植后光感受器前体细胞（PRPCs）早期死亡的机制，并评估了宿主视网膜对移植的反应	首次通过单细胞RNA测序（scRNAseq）揭示了代谢应激是早期供体细胞死亡的关键驱动因素，并发现宿主视网膜退化状态对供体细胞存活和整合的影响	研究仅使用了犬类模型，结果可能无法完全转化到人类临床应用中	阐明PRPCs早期损失的机制并优化视网膜退行性疾病的移植策略	人胚胎干细胞（hESC）来源的光感受器前体细胞（PRPCs）和犬类视网膜	视网膜疾病研究	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、非侵入性多模态视网膜成像、免疫组织化学分析	NA	RNA测序数据、图像数据	正常和退化犬类视网膜模型
204	2025-07-26	Activation of S1PR1 by Ponesimod for Multiple Sclerosis Therapy: Uncovering MAPK and PI3K Pathway Mechanisms and Repurposing Potential 2025-Jul-25, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/chem.202404742 PMID:40708468	研究论文	本研究探讨了ponesimod通过激活S1PR1受体治疗多发性硬化症（MS）的机制，并探索了药物再利用的潜力	揭示了ponesimod与S1PR1结合的具体机制，包括W269氨基酸的翻转及其对Gi信号通路的激活作用，同时通过药物再利用发现丙戊酸（VPA）可作为辅助治疗减少肝毒性	研究主要基于计算模拟和动物实验，尚未在人体临床试验中验证VPA的辅助治疗效果	阐明ponesimod治疗多发性硬化症的作用机制并探索优化治疗的策略	S1PR1受体及其信号通路、多发性硬化症	分子药理学	多发性硬化症	元动力学模拟、单细胞转录组学、药物再利用	NA	分子模拟数据、转录组数据	NA
205	2025-07-26	Circulating Immune Cell Signature Analysis in HFpEF Across Species 2025-Jul-25, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326249 PMID:40709473	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了HFpEF患者、HFrEF患者和健康对照者的外周血单核细胞，揭示了HFpEF特有的炎症特征	首次在HFpEF患者中识别出与肥胖相关和肥胖无关的特定炎症转录特征，并在小鼠模型中验证了抗炎药物硝基油酸的部分治疗效果	样本量较小（人类n=21，小鼠模型未明确数量），且未探索其他潜在治疗靶点	探究HFpEF的系统性炎症特征及其治疗可能性	HFpEF患者、HFrEF患者、健康对照者及HFpEF小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、bulk RNA测序	NA	RNA测序数据	人类样本21例（HFpEF=6，HFrEF=8，对照=7）+小鼠模型
206	2025-07-26	Unraveling the Role of MDK-SDC4 Interaction in Pancreatic Cancer-Associated New-Onset Diabetes by Single-Cell Transcriptomic Analysis 2025-Jul-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409987 PMID:40709672	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示MDK-SDC4相互作用在胰腺癌相关新发糖尿病中的作用	首次发现MDK作为肿瘤细胞与β细胞间相互作用的关键介质，并可能作为区分PCAND和T2DM的血液生物标志物	研究未涉及MDK-SDC4相互作用在其他类型糖尿病中的潜在影响	探索胰腺癌相关新发糖尿病(PCAND)的发病机制并寻找早期诊断标志物	胰腺导管腺癌细胞和β细胞	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及PCAND和T2DM患者血浆样本
207	2025-07-26	Inhibition of interferon signaling improves rabbit calicivirus replication in biliary organoid cultures 2025-Jul-25, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00574-25 PMID:40709942	研究论文	本文研究了干扰素信号通路抑制剂Ruxolitinib如何促进兔杯状病毒在胆管类器官培养物中的复制和连续传代	首次实现了兔杯状病毒在细胞培养中的连续传代，并发现干扰素抑制剂能显著提高病毒感染效率	仅实现了四次连续传代，病毒培养系统仍需优化	建立可靠的兔杯状病毒体外培养系统并研究其复制机制	兔杯状病毒(RHDV)和兔肝脏来源的胆管类器官	病毒学	病毒感染	实时定量PCR、免疫荧光分析、单细胞RNA测序	胆管类器官培养系统	分子生物学数据、图像数据	兔肝脏来源的胆管类器官培养物
208	2025-07-26	Single-Cell Sequencing Identifies the Crucial Role of Mitochondrial Fission-Fusion Imbalance in Heart Failure Progression 2025-Jul-25, Journal of cardiovascular translational research IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12265-025-10662-7 PMID:40711504	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组学比较了病理性和生理性心脏肥大的差异，揭示了线粒体融合/分裂失衡在心力衰竭进展中的关键作用	首次在单细胞水平上揭示了线粒体融合/分裂失衡是心力衰竭进展的关键驱动因素，并明确了不同时间点的动态变化	研究仅基于动物模型，尚未在人类样本中验证	阐明心力衰竭的发病机制	病理性和生理性心脏肥大模型	生物医学研究	心血管疾病	单细胞测序，批量转录组学	NA	转录组数据	TAC诱导和运动诱导的心脏肥大模型
209	2025-07-26	Deletion of gasdermin D promotes granulocytic myeloid-derived suppressor cell differentiation by decreased release of mitochondrial DNA to promote tumor escape 2025-Jul-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04104-1 PMID:40711527	研究论文	研究探讨了Gasdermin D（GSDMD）在髓源性抑制细胞（MDSCs）中的激活模式及其对肿瘤逃逸的促进作用	揭示了GSDMD缺失通过减少线粒体DNA释放促进粒细胞性髓源性抑制细胞（G-MDSCs）分化，从而促进肿瘤逃逸的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究GSDMD在MDSCs中的功能及其对肿瘤免疫逃逸的影响	髓源性抑制细胞（MDSCs）和结直肠癌（CRC）	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序分析、免疫组化	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	结直肠癌患者外周血样本和小鼠模型
210	2025-07-26	Combined bulk and single-cell transcriptomic analysis reveals cell-type-specific inflammatory crosstalk in pancreatic cancer 2025-Jul-25, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01815-8 PMID:40711603	研究论文	通过整合批量转录组和单细胞转录组分析，揭示胰腺导管腺癌(PDAC)中细胞类型特异性的炎症互作网络	结合批量转录组和单细胞转录组数据，系统解析了PDAC中非编码RNA、枢纽蛋白编码基因及细胞间通讯通路的调控网络，并发现巨噬细胞-内皮细胞CXCL8-ACKR1信号轴可能驱动肿瘤相关血管生成	研究主要基于生物信息学分析，需进一步实验验证所发现的分子靶点和信号通路的生物学功能	阐明PDAC的复杂分子和细胞景观，寻找潜在的预后生物标志物和治疗靶点	胰腺导管腺癌(PDAC)及其肿瘤微环境(TME)	生物信息学	胰腺癌	批量转录组测序、单细胞RNA-seq(scRNA-seq)、生物信息学分析(GEO2R、DAVID、STRING、GEPIA2、CellChat)	竞争性内源RNA(ceRNA)网络、蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络	转录组数据(mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA)	来自NCBI GEO数据库的多个PDAC及癌旁正常组织转录组数据集
211	2025-07-26	NKG2D-mediated cytotoxicity of CD4 cytotoxic T cells in multiple myeloma 2025-Jul-24, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025875 PMID:40106762	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，揭示了多发性骨髓瘤患者骨髓中CD4+细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）的独特状态及其在抗肿瘤免疫中的作用	首次在多发性骨髓瘤患者中鉴定出NKG2D+CD4+ CTLs亚群，并证明其细胞毒性功能及与患者生存率的相关性	研究样本仅限于多发性骨髓瘤患者，未在其他癌症类型中验证	探索CD4+ T细胞在多发性骨髓瘤抗肿瘤免疫中的具体作用机制	多发性骨髓瘤患者的骨髓CD4+ T细胞	免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序, T细胞受体测序	NA	单细胞转录组数据	多发性骨髓瘤患者骨髓样本（具体数量未明确说明）
212	2025-07-26	High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer 2025-Jul-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adx3800 PMID:40705858	研究论文	介绍了一种名为PEtracer的基于prime editing的进化谱系追踪技术，用于高分辨率空间映射细胞状态和谱系动态	开发了PEtracer技术，结合单细胞测序和多模态成像方法，能够在保留组织细胞上下文的同时高分辨率地分析细胞状态和谱系	NA	研究细胞命运决定的时空动态，特别是在发育和疾病中	细胞状态和谱系动态	数字病理	肿瘤转移	prime editing, MERFISH空间转录组分析	NA	单细胞测序数据, 多模态成像数据	同源小鼠肿瘤转移模型
213	2025-07-26	Single-cell transcriptomics redefines focal neuroendocrine differentiation as a distinct prostate cancer pathology 2025-Jul-24, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70099 PMID:40705968	研究论文	通过单细胞转录组学重新定义局灶性神经内分泌分化作为一种独特的前列腺癌病理学	揭示了神经内分泌前列腺癌（NEPC）不同病理类型之间的独特转录特征，特别是局灶性神经内分泌分化（Focal NED）的独特生物学背景	研究样本量较小，仅包含9个患者来源的异种移植模型	探索神经内分泌前列腺癌不同病理类型的转录异质性	神经内分泌前列腺癌（NEPC）的肿瘤细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	18,632个肿瘤细胞，来自9个患者来源的异种移植模型
214	2025-07-26	Single-Cell Transcription Reveals the Fibroblast Heterogeneity and Neural Cells' Significance in Desmoid Fibromatosis 2025-Jul-24, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70160 PMID:40706632	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示硬纤维瘤中成纤维细胞的异质性及神经细胞在肿瘤微环境中的重要作用	首次揭示了硬纤维瘤中成纤维细胞的异质性，鉴定了硬纤维瘤的特异性标记基因ADAM12和转录因子CREB3L1，并发现神经细胞在维持促纤维化微环境中的主导作用	研究依赖于公共数据(GSE163973)进行比较分析，可能受限于数据的质量和覆盖范围	探索硬纤维瘤的细胞特征及其微环境，为靶向治疗提供新方向	硬纤维瘤(DF)、瘢痕疙瘩成纤维细胞(KF)和正常成纤维细胞(NF)	数字病理学	硬纤维瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包含硬纤维瘤样本及公共数据集GSE163973中的KF和NF样本
215	2025-07-26	Single-cell transcriptomics identifies PDGFRA+ progenitors orchestrating angiogenesis and periodontal tissue regeneration 2025-Jul-24, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00384-6 PMID:40707447	研究论文	通过单细胞转录组学技术，识别了在血管生成和牙周组织再生中起关键作用的PDGFRA+祖细胞	揭示了PDGFRA+间充质干细胞与内皮细胞之间的旁分泌相互作用机制，及其在血管生成-骨生成耦合中的作用	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索牙周组织再生的细胞协调机制	人牙囊和牙乳头细胞	再生医学	牙周病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
216	2025-07-26	A Bayesian nonparametric method for jointly clustering multiple spatial transcriptomic datasets and simultaneous gene selection 2025-Jul-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11693-5 PMID:40707561	研究论文	提出一种贝叶斯非参数聚类算法，用于联合聚类多个空间转录组数据集并同时进行基因选择	能够整合多个供体的空间转录组数据，识别所有供体共有的和每个供体特有的簇，进行信息基因的变量选择，并自动确定簇的数量	未提及具体局限性	解决现有空间转录组聚类算法的局限性，如需要预先知道簇的数量、仅能推断单一供体数据以及无法识别多个供体间的共同信息	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	贝叶斯非参数聚类算法	空间转录组数据	未提及具体样本数量
217	2025-07-26	Single-cell RNA sequencing analysis revealed the immunosuppressive remodeling of tumor-associated macrophages mediated by the MIF-CD74 axis in gastric cancer 2025-Jul-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10301-w PMID:40707596	research paper	通过单细胞RNA测序分析揭示了胃癌中MIF-CD74轴介导的肿瘤相关巨噬细胞的免疫抑制重塑	识别了四种不同的TAM亚群，并揭示了MIF-CD74轴在TAM介导的免疫抑制中的关键作用	样本量较小，仅包含11个胃癌组织	研究胃癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其与肿瘤细胞的代谢相互作用	胃癌组织和肿瘤相关巨噬细胞	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	75,743个细胞来自11个胃癌组织
218	2025-07-26	A multi-omic single-cell landscape reveals transcription and epigenetic regulatory features of t(8;21) AML 2025-Jul-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06659-0 PMID:40707954	研究论文	通过单细胞转录组和染色质可及性的综合分析，揭示了t(8;21)急性髓系白血病(AML)的转录和表观遗传调控特征	整合单细胞转录组和染色质可及性数据，鉴定出TCF12作为AML1-ETO转录因子复合物的核心组分，并发现两个功能不同的T细胞亚群及一个新的白血病CMP样细胞群	研究样本量有限，且仅针对t(8;21) AML亚型	解析t(8;21) AML的异质性细胞特性和基因调控程序	新诊断的t(8;21) AML患者和健康对照的骨髓样本	生物信息学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞ATAC测序	机器学习	单细胞多组学数据	来自t(8;21) AML患者和健康对照的骨髓样本，并在三个独立队列(德国AMLCG1999、GSE106291和TCGA LAML)中验证
219	2025-07-26	Developing a novel aging assessment model to uncover heterogeneity in organ aging and screening of aging-related drugs 2025-Jul-24, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01501-0 PMID:40708007	研究论文	开发了一种新型的多器官衰老评估模型（2A模型），用于揭示器官衰老的异质性并筛选抗衰老药物	构建了小鼠多器官衰老图谱，开发了2A模型，能够有效评估人类和小鼠组织的衰老状态，并筛选出潜在的抗衰老药物	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证可能有限	评估和延缓器官衰老，筛选抗衰老药物	小鼠和人类的16种器官	生物医学	老年疾病	单细胞RNA测序、随机游走算法、加权整合方法	2A模型	基因表达谱、药物基因组数据	小鼠多器官样本和人类组织样本
220	2025-07-26	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cellular Origin and Pathogenesis of Myofibroma in a Neonate: Case Report 2025-Jul-24, Pediatric blood & cancer IF:2.4Q1 DOI:10.1002/pbc.31924 PMID:40708206	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA