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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2026-07-15 |
Evaluating glycolysis-associated biomarkers for radiotherapy sensitivity in head and neck squamous cancer
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1736778
PMID:42445170
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研究论文 | 本研究评估了头颈鳞状细胞癌中糖酵解相关生物标志物对放疗敏感性的影响,并开发了一个糖酵解相关的放射敏感性指数 | 首次开发基于糖酵解相关基因的放射敏感性指数(RI),并整合单细胞RNA测序揭示糖酵解与免疫逃避的关系 | 未提及明确的局限性,但基于公开数据集和体外实验,缺乏多中心验证和体内实验支持 | 开发糖酵解相关生物标志物以预测头颈鳞癌的放疗敏感性 | 头颈鳞状细胞癌患者及其肿瘤组织 | 机器学习 | 头颈鳞状细胞癌 | RNA-seq、单细胞RNA测序、Cox回归分析 | Cox回归模型 | 基因表达数据、临床数据 | 491名头颈鳞癌患者的基因表达和临床数据 | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 202 | 2026-07-15 |
CD4+ T cell signature in long COVID: insights from an unvaccinated cohort
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1823850
PMID:42445202
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研究论文 | 通过分析未接种疫苗的新冠患者队列,研究长期新冠中CD4+ T细胞的特征 | 首次在未接种疫苗且排除再感染干扰的队列中,通过单细胞RNA测序揭示长期新冠患者CD4+ T细胞存在急性活化特征和干扰素相关基因上调,而非克隆扩增 | 样本量较小(6例LC和4例RC),且仅关注CD4+ T细胞,未涵盖其他免疫细胞类型 | 探究长期新冠的免疫学机制,识别其主要免疫特征 | 未接种疫苗的巴西新冠患者(LC组和RC组) | 数字病理学 | COVID-19后遗症 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 104名患者用于体液免疫分析;6名LC和4名RC用于CD4+ T细胞分析 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3' 表达分析 |
| 203 | 2026-07-15 |
An integrated network toxicology and multi-omics study identifies ENO1 as a candidate mediator in benzo[a]pyrene-related gastric cancer progression
2026, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2026.1857843
PMID:42445243
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研究论文 | 本研究通过整合毒理基因组学与多组学优先化方法,结合初步验证,识别苯并[a]芘相关胃癌进展中的候选介质ENO1 | 首次通过整合网络毒理学与多组学方法,结合单细胞RNA测序和初步实验验证,系统识别BaP相关胃癌进展的关键候选介质ENO1,并构建跨平台优先化框架 | 初步验证仅限于体外实验,缺乏体内模型和临床样本验证;ENO1与BaP的蛋白水平相互作用仍需进一步结构生物学验证 | 识别苯并[a]芘相关胃癌进展的候选生物介质 | 胃癌细胞系及肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 毒理基因组学、多组学分析、单细胞RNA测序、分子对接 | 人工神经网络、LASSO回归 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 基于公共转录组数据集及单细胞RNA测序数据,具体样本量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 204 | 2026-07-15 |
Mapping safety in space: the emerging role of spatial transcriptomics in safe drug development
2026, Frontiers in toxicology
IF:3.6Q2
DOI:10.3389/ftox.2026.1817521
PMID:42445318
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review | 综述空间转录组学在药物开发中评估安全性的作用及平台选择策略 | 系统评估不同空间转录组平台在临床前安全性研究中的适用性,强调平台特异性优势与药物开发考量 | 空间转录组学方法成本高、数据复杂且需专业分析技能,实际应用中存在局限 | 为临床前安全性研究中的空间转录组平台选择提供指导 | 空间转录组技术及其在药物安全性评估中的应用 | machine learning | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 空间转录组学平台,如10x Visium |
| 205 | 2026-07-15 |
SLECA: A Single-Cell Atlas of Systemic Lupus Erythematosus Enabling Rare-Cell Discovery Using Graph Transformer
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0163
PMID:42445523
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研究论文 | 提出了SLECA,首个大规模系统性红斑狼疮单细胞转录组图谱,结合图变换器框架用于稀有细胞发现 | 首次构建大规模SLE单细胞转录组图谱并结合图变换器框架,实现了可解释的疾病相关稀有细胞群体发现 | 未明确提及局限性,但可能受限于样本来源和数据分析的偏差 | 建立系统性红斑狼疮单细胞图谱,并开发可解释的稀有细胞发现方法 | 系统性红斑狼疮患者及健康对照的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | 图变换器 | 单细胞转录数据 | 366个样本,整合了标准化的临床和生物学元数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 206 | 2026-07-15 |
TelomereHunter2: improved in silico telomere analysis software for precision oncology and single-cell studies
2026, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbag187
PMID:42445596
|
研究论文 | 开发了TelomereHunter2软件,用于从测序数据中改进端粒分析,以支持精准肿瘤学和单细胞研究 | 通过容器化软件并提升最多74%的运行时间,简化了与精准肿瘤学工作流的整合,并扩展支持非人类基因组和单细胞测序方法 | 仅在试点数据集上进行了验证,未提及在大型或多样化数据集上的全面测试 | 开发可持续的端粒分析框架,提升软件在精准肿瘤学和单细胞研究中的适用性 | 端粒生物学及其在肿瘤发生、衰老和基因组稳定性中的作用 | 机器学习 | 肿瘤 | NGS | NA | DNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 207 | 2026-07-14 |
Microbial single-cell RNA sequencing by split-pool barcoding
2021-02-19, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aba5257
PMID:33335020
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研究论文 | 本文介绍了微SPLiT方法,一种针对革兰氏阴性和阳性细菌的高通量单细胞RNA测序技术,可解析异质性转录状态 | 首次开发适用于细菌的单细胞RNA测序方法微SPLiT,通过分裂池条形码技术克服了现有方法与细菌不兼容的限制 | 未提及具体局限性,但可能包括对细菌细胞壁处理的要求及对稀有转录状态的检测灵敏度限制 | 开发一种高通量细菌单细胞RNA测序方法,用于解析细菌群落中的异质性基因表达 | 超过25,000个不同生长阶段的细菌细胞 | 机器学习 | NA | RNA-seq,单细胞RNA测序,分裂池条形码技术 | NA | 基因表达数据,转录组数据 | 超过25,000个细菌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 微SPLiT(微生物分裂池连接转录组学)方法 |
| 208 | 2026-07-14 |
Prokaryotic single-cell RNA sequencing by in situ combinatorial indexing
2020-10, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-020-0729-6
PMID:32451472
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研究论文 | 介绍了一种通过原位组合索引进行原核生物单细胞RNA测序的新方法PETRI-seq | 克服了原核生物低mRNA丰度、缺乏polyA尾和细胞壁厚等技术障碍,实现了低成本、高通量的原核生物单细胞转录组分析 | 未提及具体局限性,但可能包括对特定细菌种类的适用性需进一步验证 | 开发一种可用于原核生物单细胞转录组测序的实用技术 | 大肠杆菌和金黄色葡萄球菌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 数万个细胞(单次实验) | NA | 单细胞RNA测序 | PETRI-seq | PETRI-seq基于原位组合索引技术 |
| 209 | 2026-07-13 |
GLASS-seq: a gel-anchored, ligation-assisted, scalable biosensing platform for low-cost regional spatial transcriptomics
2026-Nov-01, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2026.118973
PMID:42379044
|
研究论文 | 提出GLASS-seq平台,一种基于凝胶锚定和连接辅助的低成本空间转录组学方法,能以约100微米分辨率对感兴趣区域进行定量RNA检测 | 将原位连接和水凝胶锚定与阵列化分子传感器结合,通过数字测序读出实现低成本、可扩展的区域空间转录组分析 | NA | 开发一种经济、可扩展的空间转录组学平台,用于大规模队列研究和转化应用 | 小鼠组织(脑、心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏) | 数字病理学 | NA | RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 测序数据 | 小鼠脑切片中731个基因面板覆盖212个网格采样感兴趣区域 | Illumina | 空间转录组学 | NA | GLASS-seq平台包含水凝胶锚定和原位连接,通过PCR添加空间条码生成感兴趣区域索引文库 |
| 210 | 2026-07-13 |
Imbalanced neurogenesis and gliogenesis in the developing neocortex of mice lacking the proteoglycan Tsukushi
2026-Sep, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2026.05.009
PMID:42217743
|
研究论文 | 研究缺失蛋白聚糖Tsukushi的小鼠新皮层发育中神经发生与胶质发生的失衡 | 首次揭示了蛋白聚糖TSK在调控新皮层神经发生和胶质发生平衡中的作用,并发现其缺失会导致脑积水 | 未涉及TSK作用的具体分子机制及其在人类疾病中的相关性 | 探究蛋白聚糖Tsukushi在哺乳动物新皮层发育中调节神经发生与胶质发生的作用 | 新生小鼠新皮层组织 | 神经发育生物学 | 脑积水 | 单细胞转录组学, mRNA和蛋白质水平验证 | NA | 单细胞转录组数据 | 正常小鼠和TSK基因敲除小鼠的新皮层样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 211 | 2026-07-13 |
Molecular Characterization and Immune Modulation of Schwann Cells in Vestibular Schwannoma
2026-08, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70179
PMID:42226390
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序全面探究前庭神经鞘瘤中雪旺细胞的分子特征及其在肿瘤微环境中的潜在免疫调控作用 | 识别了一个新型雪旺细胞亚群Schwann 4,该亚群显著表达MHC II类分子并富集PI3K信号、黏着斑和细胞黏附相关通路,揭示了其在肿瘤免疫调节中的潜在作用 | 候选药物如前庭神经鞘瘤的适用性需要专门验证 | 探究前庭神经鞘瘤中雪旺细胞的分子特征及其免疫调控功能 | 前庭神经鞘瘤中的雪旺细胞 | 机器学习 | 前庭神经鞘瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 212 | 2026-07-13 |
Early Developmental Neuronal Activity Impacts Oligodendrocyte Differentiation Through AMPA Receptors
2026-08, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70157
PMID:42334020
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研究论文 | 本研究探讨早期发育中谷氨酸能神经元活动如何通过AMPAR信号调控少突胶质细胞的分化和成熟 | 首次揭示在髓鞘形成前的早期大脑发育阶段,神经元活动减少反而促进少突胶质细胞分化,这与成熟大脑中的机制相反 | 未明确AMPAR信号在分化起始与成熟步骤中的具体分子机制,且研究仅限于小鼠模型 | 阐明早期脑发育中神经元活动对少突胶质细胞成熟的影响及其分子机制 | 小鼠嗅觉系统、体感皮层和胼胝体中的少突胶质细胞前体细胞和少突胶质细胞 | 神经科学, 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 体内化学遗传学, 离体皮质切片培养 | NA | 基因表达数据 | NA(涉及小鼠模型,未明确具体数量) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 213 | 2026-07-13 |
Single-cell profiling unveils an exhaustion trajectory of ZNF683hi tissue-resident alveolar CD8+ T cells in checkpoint inhibitor pneumonitis
2026-Jul-10, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2026.101180
PMID:42263685
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研究论文 | 通过单细胞测序揭示免疫检查点抑制剂相关性肺炎中ZNF683高表达组织驻留肺泡CD8+ T细胞的耗竭轨迹 | 首次在单细胞层面阐明CIP与放射性肺炎的差异化T细胞分化机制,发现肺泡CD8+耗竭T细胞分别来源于组织驻留ZNF683高表达CD8+ T细胞和外周来源GZMK高表达CD8+ T细胞 | 样本量较小(发现队列19例,验证队列5例),可能影响结果的统计稳健性和泛化性 | 阐明免疫检查点抑制剂相关性肺炎(CIP)与放射性肺炎(RP)的分子机制差异,为肺癌患者ICI再挑战提供临床决策依据 | 接受免疫检查点抑制剂治疗的肺癌患者支气管肺泡灌洗液和外周血中的免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、单细胞T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据、单细胞TCR序列数据 | 发现队列7例CIP、6例RP、6例初治对照,验证队列5例接受ICI联合放疗的RP患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序及单细胞TCR测序系统 |
| 214 | 2026-07-13 |
Single-cell analysis reveals impaired Müller glia-mediated intercellular communication and photoreceptor pathology in USH1C retinal organoids
2026-Jul-09, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-026-06321-y
PMID:42426189
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析USH1C患者视网膜类器官,揭示Müller胶质细胞介导的细胞间通讯受损及感光细胞病理变化 | 首次利用患者来源的诱导多能干细胞生成USH1C视网膜类器官,结合单细胞测序揭示Müller胶质细胞中细胞粘附和Wnt信号通路改变在视网膜退化中的关键作用 | NA | 阐明USH1C基因突变导致视网膜退化的细胞和分子机制 | 两名USH1C患者的诱导多能干细胞来源的视网膜类器官 | 数字病理学 | 尤塞氏综合征1型 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个USH1C患者样本的健康和病变视网膜类器官 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 215 | 2026-07-13 |
An efficient method for tissue-specific protoplast isolation suitable for single-cell RNA sequencing and transient gene expression analysis in saffron (Crocus sativus L.)
2026-Jul-08, BMC biotechnology
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12896-026-01187-1
PMID:42421006
|
研究论文 | 建立了一种适用于藏红花组织特异性原生质体分离的高效方法,可用于单细胞RNA测序和瞬时基因表达分析 | 首次详细报道了藏红花原生质体的分离、评估及应用,优化了不同组织的酶解条件,并成功构建单细胞文库 | 根原生质体活力较低(约61%),且原生质体质量受发育阶段和采样位置影响 | 建立高效的藏红花原生质体分离方法,以推动分子生物学研究进展 | 藏红花的顶芽、花瓣、叶片和根组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 非开花和开花顶芽的原生质体用于单细胞文库构建 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 216 | 2026-07-13 |
A multi-omics approach to maize (Zea mays) tassel development
2026-Jul-08, BMC plant biology
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12870-026-09413-w
PMID:42414910
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研究论文 | 通过多组学方法研究玉米雄穗发育过程中转录组、小RNA和蛋白质组的动态变化 | 首次结合转录组、小RNA和蛋白质组多组学数据系统分析玉米雄穗发育四个阶段的分子调控网络,发现GSL4基因影响雄穗分枝长度,并鉴定出126个核心miRNA和阶段特异性miRNA | 研究仅涵盖四个发育阶段(0.5-2.0 cm),时间分辨率有限,且未深入验证所有鉴定因子的功能 | 全面解析玉米雄穗发育过程中的转录组、小RNA和蛋白质组调控程序,包括花药细胞类型的最初指定 | 玉米(Zea mays)雄穗发育的四个阶段(0.5-2.0 cm) | 机器学习和生物信息学 | NA | RNA-seq, 小RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 转录组数据、小RNA数据、蛋白质组数据 | 四个发育阶段的玉米雄穗样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 217 | 2026-07-13 |
Spatial transcriptome and single-cell reveal the role of sorbitol metabolism in hepatocellular carcinoma progression and tumor microenvironment
2026-Jul-07, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2026.100451
PMID:42413619
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研究论文 | 整合单细胞转录组和空间转录组数据,揭示山梨醇代谢在肝细胞癌进展和肿瘤微环境中的作用 | 首次建立山梨醇代谢评分系统,结合空间转录组学定位ALDH3A1+恶性细胞在肿瘤侵袭前沿的分布,并识别出SQSTM1作为潜在治疗靶点 | 未提及具体局限性 | 阐明山梨醇代谢在肝细胞癌进展中的生物学功能和临床意义 | 肝细胞癌患者样本及细胞系 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学, 机器学习 | CIBERSORT, CellMiner | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 转录组数据 | 67例肝细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 218 | 2026-07-13 |
SegJointGene: joint cell segmentation and spatial gene prioritization by information entropy guided convolutional neural networks
2026-Jul-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag447
PMID:42345533
|
研究论文 | 开发了一个名为SegJointGene的深度学习框架,联合进行细胞分割和空间基因优先级排序,通过信息熵引导的卷积神经网络整合核图像与空间基因或蛋白表达数据 | 首次提出信息熵引导的卷积神经网络与计算信息丢弃评分相结合的方法,能够识别对细胞类型特异性分割重要的基因,并迭代优化基因优先级和细胞边界 | 未提及 | 解决空间测序技术中密集细胞包装组织的准确细胞分割问题,通过整合分子信息提高分割精度 | 模拟数据集和真实空间数据集,包括小鼠海马体和全脑不同区域的空间转录组数据,以及人类扁桃体空间蛋白质组数据 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | 卷积神经网络 | 图像 | 模拟数据集和三个真实空间数据集:小鼠海马体空间转录组、全脑不同区域空间转录组、人类扁桃体空间蛋白质组 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 219 | 2026-07-13 |
Aucan targets CDK2 to suppress glioblastoma progression by inhibiting PI3K/AKT pathway-mediated proliferation and inducing apoptosis
2026-Jul, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2026.117893
PMID:41846012
|
研究论文 | 评估松萝酸(Aucan)通过靶向CDK2抑制PI3K/AKT通路介导的增殖并诱导凋亡,从而抑制胶质母细胞瘤进展的作用机制 | 首次整合网络药理学、孟德尔随机化和单细胞RNA测序,鉴定CDK2为松萝酸抗胶质母细胞瘤的关键靶点,并阐明其通过PI3K/AKT通路的机制 | 未提及在临床样本中的验证以及长期安全性和毒性数据 | 评估松萝酸对胶质母细胞瘤的抗肿瘤活性并探索其作用机制 | 胶质母细胞瘤细胞系及异种移植裸鼠模型 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 体外细胞实验及皮下、原位异种移植裸鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 220 | 2026-07-13 |
Single-cell transcriptomic analyses provide insights into TME related with tumor-promoting in AIDS-CNS-DLBCL
2026-07, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2026.111263
PMID:42208778
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示艾滋病相关中枢神经系统弥漫大B细胞淋巴瘤中与肿瘤促进相关的肿瘤微环境 | 首次在艾滋病相关CNS-DLBCL中发现具有神经特征的肿瘤细胞亚群(神经信号细胞),并阐明其通过ERK通路激活和免疫微环境重塑促进肿瘤进展的机制 | 样本量较小(7例艾滋病患者和2例免疫功能正常患者),可能限制结果的普适性 | 探究艾滋病相关CNS-DLBCL的肿瘤微环境特征及致病机制 | 艾滋病相关CNS-DLBCL患者和免疫功能正常CNS-DLBCL患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 艾滋病相关CNS-DLBCL | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 7例艾滋病患者和2例免疫功能正常患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |