单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-05-23	Astrocytic AEG-1 drives neuroinflammation and enhances seizure susceptibility 2025-May-16, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106957 PMID:40383165	研究论文	本研究探讨了星形胶质细胞中AEG-1基因在神经炎症和癫痫易感性中的作用	首次揭示了AEG-1通过NF-κB信号通路介导神经炎症和癫痫易感性的机制	研究主要基于小鼠模型和体外培养的星形胶质细胞，人类临床相关性尚需进一步验证	探究AEG-1在神经炎症和癫痫易感性中的分子机制	小鼠模型和体外培养的星形胶质细胞	神经科学	癫痫	单细胞RNA测序	小鼠炎症模型	基因表达数据	NA
202	2025-05-23	The battle within: Discovering new insights into phytopathogen interactions and effector dynamics 2025-May-15, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2025.128220 PMID:40398012	综述	本文全面回顾了植物病原体相互作用中的效应子动态及其在宿主免疫防御和病原体毒力策略中的作用	强调了元种群动态和快速适应在效应子与植物抗性蛋白互作中的作用，以及环境变化对宿主-病原体互作的影响	NA	探讨植物病原体相互作用机制及效应子动态，为疾病管理策略提供理论基础	植物病原体效应子与宿主免疫系统的相互作用	植物病理学	植物病害	生物信息学、单细胞转录组学	NA	NA	NA
203	2025-05-23	NanoCRISPR-assisted biomimetic tissue-equivalent patch regenerates the intervertebral disc by inhibiting endothelial-to-mesenchymal transition 2025-May-14, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123404 PMID:40398216	研究论文	该研究提出了一种纳米CRISPR辅助的生物仿生组织等效补片，通过抑制内皮-间质转化来再生椎间盘	使用纳米CRISPR系统靶向消除VEGF介导的血管生成因子，并结合仿生纳米纤维支架促进椎间盘修复	NA	解决椎间盘纤维环损伤后的生物修复和血管生成问题	椎间盘纤维环(AF)和血管内皮生长因子(VEGF)	生物医学工程	椎间盘退行性疾病	单细胞RNA测序、纳米CRISPR系统	NA	NA	NA
204	2025-05-23	Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and its insights into cellular heterogeneity in atherosclerosis 2025-May-07, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2025.107499 PMID:40345606	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在动脉粥样硬化（AS）中揭示细胞异质性的应用及其对疾病机制的深入理解	通过scRNA-seq技术重新定义了动脉粥样硬化斑块病理学，识别了多种细胞类型及其在斑块稳定性和炎症中的特定作用	综述性文章，未涉及具体实验数据或新发现	探讨scRNA-seq在心血管疾病（CVD）特别是动脉粥样硬化（AS）研究中的应用及其对疾病机制的贡献	小鼠和人类组织中的非病变和动脉粥样硬化主动脉的细胞群体	生物医学研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
205	2025-05-23	Multi-Omics Biomarkers for Predicting Efficacy of Biologic and Small-Molecule Therapies in Adults With Inflammatory Bowel Disease: A Systematic Review 2025-May, United European gastroenterology journal IF:5.8Q1 DOI:10.1002/ueg2.12720 PMID:39656426	综述	本文系统回顾了用于预测炎症性肠病成人患者对生物制剂和小分子药物治疗效果的多组学生物标志物	重点评估了整合多组学数据的模型对预测治疗反应的影响，并探讨了可能对多种治疗干预反应产生不同影响的特定生物标志物	NA	推进精准医学领域，提高炎症性肠病治疗的精确性	炎症性肠病成人患者	精准医学	炎症性肠病	多组学方法（包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学和代谢组学）	整合多组学数据的模型	多组学数据	NA
206	2025-05-23	A STT3A-dependent PD-L1 glycosylation modification mediated by GMPS drives tumor immune evasion in hepatocellular carcinoma 2025-May, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01432-0 PMID:39690246	研究论文	本文探讨了GMPS通过调控PD-L1的糖基化修饰促进肝细胞癌免疫逃逸的机制	首次揭示了GMPS通过STT3A依赖的PD-L1糖基化修饰驱动肿瘤免疫逃逸的新机制，并验证了GMPS抑制剂angustmycin A的治疗潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果仍需进一步验证	探究肝细胞癌免疫逃逸的分子机制并寻找潜在治疗靶点	肝细胞癌组织和CD8+T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	蛋白质组学分析、scRNA-Seq	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	晚期肝细胞癌组织样本（具体数量未说明）
207	2025-05-23	Optimized inner ear organoids for efficient hair cell generation and ototoxicity response modeling 2025-May, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2803-1 PMID:39862345	研究论文	本文介绍了一种新型的一步自组织内耳类器官系统，用于高效生成毛细胞并模拟耳毒性反应	开发了一种优化的小分子一步自组织内耳类器官系统，绕过多步扩增和强制分化协议的需求	未提及样本量大小或实验重复次数	开发高效的内耳毛细胞生成模型用于药物发现和毛细胞保护机制研究	哺乳动物耳蜗毛细胞	生物医学工程	听力损失	单细胞RNA测序	内耳类器官系统	基因表达数据	NA
208	2025-05-23	Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants 2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110460 PMID:39993695	研究论文	使用数字空间分析技术对肾移植中抗体介导的排斥反应进行空间转录组学研究	通过数字空间分析技术定位了急性抗体介导排斥反应期间肾小球中的分子特征，揭示了天然免疫细胞和HLA II类抗原的转录上调以及足细胞特征基因的下调	研究仅基于单一患者的4次活检样本，样本量较小	研究肾移植中抗体介导排斥反应的分子机制	肾移植患者的活检样本	数字病理学	肾脏疾病	Digital Spatial Profiling	NA	空间转录组数据	4份来自同一患者的活检样本
209	2025-05-23	Histological signatures map anti-fibrotic factors in mouse and human lungs 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08727-3 PMID:40108456	研究论文	该研究通过分析小鼠和人类肺部的组织学特征，揭示了抗纤维化因子在纤维化过程中的作用	首次绘制了肺部纤维化过程中基质变化的时空图谱，并鉴定了促进纤维化和抗纤维化的成纤维细胞亚型	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索肺部纤维化过程中基质重塑的分子机制	小鼠和人类肺部组织	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序、空间转录组分析	NA	组织学图像、转录组数据	小鼠模型和人类特发性肺纤维化样本
210	2025-05-23	Clinical efficacy and chemoresistance analysis of precision neoadjuvant chemotherapy for borderline resectable pancreatic cancer: a prospective, single-arm pilot study 2025-May-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002342 PMID:40146255	研究论文	本研究评估了基于患者来源类器官（PDOs）的新辅助化疗（NAC）在临界可切除胰腺癌（BRPC）中的临床疗效和安全性	利用PDOs进行药物敏感性测试以调整治疗方案，并探索了吉西他滨耐药的潜在机制	单臂试点研究，样本量较小（19例患者）	评估基于PDOs的NAC在BRPC患者中的临床疗效和安全性，并探索吉西他滨耐药的分子机制	临界可切除胰腺癌（BRPC）患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq分析	NA	临床数据和转录组数据	19例符合条件的BRPC患者
211	2025-05-23	Quasi-spatial single-cell transcriptome based on physical tissue properties defines early aging associated niche in liver 2025-May, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00857-7 PMID:40325195	research paper	该研究开发了一种名为FiNi-seq的方法，通过利用组织的物理特性富集与衰老相关的纤维化微环境，并进行单细胞RNA测序和单核ATAC测序分析，以探索衰老初期微环境	开发了FiNi-seq方法，利用组织对酶消化的抵抗性选择性富集纤维化微环境，实现了准空间分析，并发现了具有衰老表型的Wif1和Smoc1产生的间充质细胞群	由于衰老细胞稀少和当前组学工具的技术偏差，衰老细胞群在一般分析流程中常被忽略	探索衰老初期微环境中的细胞特性和多样性及其对组织微环境的影响	年轻和年老雄性小鼠的肝脏	digital pathology	geriatric disease	single-cell RNA sequencing, single-nuclei ATAC sequencing (ATAC-seq), fibrotic niche enrichment sequencing (FiNi-seq)	NA	RNA-seq, ATAC-seq	年轻和年老雄性小鼠的肝脏样本
212	2025-05-23	Inactivation of GSK3β by Ser389 phosphorylation prevents thymocyte necroptosis and impacts Tcr repertoire diversity 2025-May, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01441-z PMID:39779909	研究论文	本研究通过高分辨率单细胞RNA测序分析，揭示了DN3和DN4胸腺细胞在Tcrb和Tcra基因重组过程中的G2M细胞周期检查点，并发现GSK3β通过Ser389磷酸化失活对胸腺细胞存活及TCRα/β库多样性的影响	发现了GSK3β通过Ser389磷酸化失活对胸腺细胞在V(D)J重组过程中存活的关键作用，以及这一过程对TCRα/β库多样性的影响	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类细胞中验证	探究胸腺细胞在Tcrb和Tcra基因重组过程中的细胞周期检查点和存活机制	小鼠DN3和DN4胸腺细胞	分子生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	个体分选的小鼠DN3和DN4胸腺细胞
213	2025-05-23	Comprehensive Multi-Omics Analysis of Copper Metabolism Related Molecular Subtypes and Prognostic Risk Stratification in Colon Adenocarcinoma 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70591 PMID:40391581	研究论文	通过多组学分析铜代谢相关分子亚型，构建结肠腺癌预后风险分层模型	首次结合铜代谢相关基因（CMRG）构建结肠腺癌预后风险模型，并通过单细胞测序揭示CMRG在肿瘤微环境中的空间和细胞分布	研究主要基于TCGA和GEO数据库，需要进一步临床样本验证	探究铜代谢在结肠腺癌进展中的作用并寻找潜在治疗靶点	结肠腺癌（COAD）	生物信息学	结肠癌	多组学分析、单细胞测序、western blot、PCR、siRNA、集落形成实验、Transwell实验	CMRG-based风险模型	基因组数据、转录组数据	TCGA和GEO数据库样本
214	2025-05-23	SOX4 as a Key Oncogene Driving Tumor Invasion in Retinoblastoma 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.24 PMID:40402518	研究论文	本研究探讨了SOX4在视网膜母细胞瘤（RB）侵袭中的作用及其潜在的致癌途径	揭示了SOX4在RB侵袭中的关键作用，并发现其通过调控Wnt/β-catenin和cyclin D1信号通路促进肿瘤侵袭	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本的验证可能不足	探索SOX4在RB侵袭中的作用及其分子机制	人类视网膜、眼内RB和眼外RB样本，以及RB细胞系（Y79, WERI-RB1）	肿瘤学	视网膜母细胞瘤	RNA-seq, scRNA-seq, siRNA介导的敲除	正交异种移植模型	RNA测序数据	人类视网膜、眼内RB和眼外RB样本，以及两种RB细胞系
215	2025-05-23	Distinct Transcriptomic Profiles of Cultured Anterior and Posterior Populations of Human Infant Scleral Fibroblasts: Including Dopamine Receptors 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.29 PMID:40402520	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了婴儿巩膜成纤维细胞前后亚群的转录组差异，并探讨了多巴胺受体在巩膜重塑中的调控作用	首次全面描绘了婴儿巩膜成纤维细胞的转录组特征，揭示了前后亚群的异质性，并阐明了多巴胺受体活性在巩膜重塑中的调控机制	研究仅针对2岁以下婴儿样本，结果可能无法推广至其他年龄段人群	探究巩膜成纤维细胞的异质性及其在多巴胺信号调控下的分子机制	婴儿巩膜成纤维细胞（前部、赤道部、后部）	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq（10x Genomics平台）	NA	单细胞转录组数据	3个月至2岁婴儿的巩膜成纤维细胞
216	2025-05-23	Lipoxin A4/FPR2 Signaling Mitigates Ferroptosis of Alveolar Epithelial Cells via NRF2-Dependent Pathway During Lung Ischemia-Reperfusion Injury 2025-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401475R PMID:40270323	研究论文	本研究探讨了Lipoxin A4 (LxA)通过FPR2/NRF2信号通路减轻肺泡上皮细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤(IRI)中的作用	首次揭示了LxA/FPR2信号通过NRF2依赖的途径减轻肺泡上皮细胞铁死亡的新机制	研究主要基于小鼠模型，在人体中的效果需要进一步验证	探究LxA是否能够通过FPR2/NRF2通路保护肺组织免受IRI引起的铁死亡	肺泡II型上皮细胞(ATII cells)	呼吸系统疾病	肺缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序	小鼠肺缺血再灌注模型和原位肺移植模型	基因表达数据、氧化脂质水平数据	C57BL/6野生型小鼠、Fpr2和Nrf2敲除小鼠、人肺移植患者组织样本
217	2025-05-23	Vagal Sensory Gut-Brain Pathways That Control Eating-Satiety and Beyond 2025-Apr, Comprehensive Physiology IF:4.2Q1 DOI:10.1002/cph4.70010 PMID:40229922	review	本文综述了迷走神经在肠道与大脑之间传递信息的多重作用，挑战了其仅作为饱腹感信号被动传递者的传统观点	揭示了迷走神经传入神经元（VANs）的多样化亚群、多种感觉模式及其在摄食行为、代谢和认知中的复杂作用	综述性文章，未涉及具体实验数据或样本量的限制	探讨迷走神经感觉通路在肠道-大脑通信中的多重作用，超越饱腹感信号传递	迷走神经传入神经元（VANs）及其下游大脑回路	神经科学	NA	单细胞转录组学、神经回路映射、功能成像	NA	NA	NA
218	2025-05-23	Single-cell omics technologies - Fundamentals on how to create single-cell looking glasses for reproductive health 2025-Apr, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2024.08.041 PMID:40253074	综述	本文回顾了单细胞组学技术在妇科疾病和女性生命周期中的系统性生物适应研究中的应用	探讨了单细胞技术在生殖医学中的最新应用，包括测序和蛋白质组学方法，以及空间转录组学和高维蛋白质组成像	讨论了单细胞技术在数据分析和临床转化中的统计限制和计算挑战	研究单细胞技术在妇科疾病和女性生殖健康中的应用，以开发新的诊断方法和靶向治疗	女性生殖道组织、妊娠及妊娠相关疾病、妇科恶性肿瘤、子宫和卵巢生理及衰老	生物医学	妇科疾病	单细胞测序、蛋白质组学、空间转录组学、高维蛋白质组成像	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	NA
219	2025-05-23	Ophiopogonin C protects against acute lung injury by fatal sepsis through pyroptosis macrophage 2025-Mar-26, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156698 PMID:40397999	research paper	研究探讨了麦冬皂苷C通过抑制巨噬细胞焦亡来对抗致命性脓毒症引起的急性肺损伤的保护机制	揭示了麦冬皂苷C通过抑制DDX3X和NLRP3之间的相互作用来减少巨噬细胞焦亡的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究麦冬皂苷C对致命性脓毒症引起的急性肺损伤的保护作用及机制	小鼠模型和脓毒症患者的单细胞数据	医学研究	急性肺损伤	单细胞RNA测序、分子对接模型	小鼠脓毒症模型	实验数据、单细胞数据	小鼠模型和脓毒症患者的单细胞数据
220	2025-05-23	Contribution of germline and somatic mutations to risk of neuromyelitis optica spectrum disorder 2025-Mar-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100776 PMID:39986280	research paper	该研究通过基因组范围的荟萃分析和单细胞RNA测序，探讨了神经脊髓炎视神经谱系障碍（NMOSD）的遗传和体细胞突变背景	发现了与NMOSD风险相关的CCR6常见变异和体细胞嵌合染色体改变（mCAs），并揭示了这些突变在CD4T细胞亚群中的疾病特异性表达数量性状位点效应	样本量相对较小，特别是单细胞RNA测序分析部分仅包括25名患者和101名对照	探索神经脊髓炎视神经谱系障碍（NMOSD）的遗传和体细胞突变背景	日本人群中的NMOSD患者（240名患者和50,578名对照）及单细胞RNA测序样本（25名患者和101名对照）	genetics	neuromyelitis optica spectrum disorder	genome-wide meta-analysis, single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	NA	genomic data, RNA-seq data	240 patients and 50,578 controls for genome-wide meta-analysis, 25 patients and 101 controls for scRNA-seq