单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-07-04	Clearance of p21 highly expressing senescent cells accelerates cutaneous wound healing 2025-Jan, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00755-4 PMID:39537987	research paper	该研究通过Xenium空间转录组学技术识别了一种在伤口愈合过程中诱导产生的具有促炎特征的p21高表达衰老细胞群，并发现清除这些细胞可以加速伤口闭合	首次识别并描述了p21高表达衰老细胞群在伤口愈合中的独特作用，揭示了其通过NF-κB抑制部分介导的机制	未明确p21高表达衰老细胞群的具体分子机制及其与其他类型衰老细胞的相互作用	探究衰老细胞在组织重塑中的多功能性，特别是p21高表达细胞在伤口愈合中的作用	p21高表达的衰老细胞	生物医学	伤口愈合	Xenium空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
202	2025-07-04	Triple-Negative Breast Cancer on the Rise: Breakthroughs and Beyond 2025, Breast cancer (Dove Medical Press) DOI:10.2147/BCTT.S516125 PMID:40599557	综述	本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）的发病率上升、分子遗传学特征、治疗进展及个性化诊断和治疗的新趋势	总结了TNBC的最新治疗进展，包括免疫检查点抑制剂、PARP抑制剂和抗体药物偶联物的应用，以及机器学习成像和空间转录组学等诊断工具的进展	作为综述文章，未涉及原始研究数据，主要依赖已有文献的综合分析	探讨TNBC的发病率、分子机制、治疗选择和诊断技术的进展	三阴性乳腺癌（TNBC）及其患者群体	数字病理学	乳腺癌	机器学习成像、空间转录组学	NA	NA	NA
203	2025-07-04	Identification of anoikis-related subtypes and a risk score prognosis model, the association with TME landscapes and therapeutic responses in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1602831 PMID:40599775	研究论文	本研究通过分析肝癌中与失巢凋亡相关基因的表达、突变和拷贝数变异，建立了预后风险评分模型，并探讨了其与肿瘤微环境特征和免疫治疗反应的关系	首次在肝癌中鉴定了两种不同的失巢凋亡亚型，并开发了一个基于TTC26和TPX2的双基因预后模型，揭示了TTC26在肝癌细胞增殖、迁移和侵袭中的促进作用	研究主要基于公共数据集，需要更多独立队列验证模型的临床适用性	阐明失巢凋亡相关基因在肝癌中的预后意义和治疗相关性	肝癌患者和肝癌细胞系	肿瘤基因组学	肝癌	WGCNA, LASSO Cox回归, 单细胞RNA-seq	预后风险评分模型	基因表达数据, 突变数据, 拷贝数变异数据	公共数据集中的肝癌样本
204	2025-07-04	Single-cell RNA sequencing: new insights for pulmonary endothelial cells 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1576067 PMID:40599812	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肺内皮细胞（PECs）研究中的新见解及其在生理和病理条件下的应用	利用scRNA-seq技术揭示了PECs在表型多样性和分子特征上的异质性，及其在肺微环境中的空间定位依赖性	未提及具体的技术限制或样本量不足等问题	探讨scRNA-seq在PECs研究中的应用及其对肺病理生理学治疗的推动作用	肺内皮细胞（PECs）	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
205	2025-07-04	Tumor-associated macrophage-based predictive and prognostic model for hepatocellular carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325120 PMID:40601653	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和批量测序数据，构建了一个基于肿瘤相关巨噬细胞的肝细胞癌预测和预后模型	整合scRNAseq和批量测序数据，构建了能够有效分层HCC患者的预后模型，并揭示了肿瘤微环境中免疫细胞浸润的差异模式	需要在更大规模的前瞻性研究中验证结果，并进一步研究TAMs在HCC进展中的功能影响	研究肝细胞癌的肿瘤微环境及其与肿瘤相关巨噬细胞的相互作用，以改善患者分层和指导新治疗方法的开发	肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）、批量测序、生物信息学分析（差异基因表达分析、Cox回归、逻辑回归建模）	Cox回归、逻辑回归模型	RNA测序数据	多个HCC队列
206	2025-07-04	Identification of three T cell-related genes as diagnostic and prognostic biomarkers for triple-negative breast cancer and exploration of potential mechanisms 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1584334 PMID:40606662	研究论文	本研究通过识别与T细胞相关的三个基因（CACNA1H、KCNJ11和S100B）作为三阴性乳腺癌（TNBC）的诊断和预后生物标志物，并探索其潜在机制	首次将CACNA1H、KCNJ11和S100B识别为TNBC的诊断和预后生物标志物，并揭示其与免疫细胞浸润及信号通路的关联	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证，样本来源可能有限	识别TNBC的诊断和预后生物标志物，并探索其潜在机制	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习算法、GSEA分析	逻辑回归（LR）模型	转录组数据、临床数据	来自TCGA-BRCA数据集和GEO数据库的样本
207	2025-07-04	Comprehensive bioinformatics analysis of the common mechanism of atherosclerosis and atrial fibrillation: emphasizing mitochondrial metabolic disorder and immune inflammation 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1595048 PMID:40607061	研究论文	通过生物信息学分析揭示动脉粥样硬化和心房颤动的共同机制，重点关注线粒体代谢紊乱和免疫炎症	首次整合多组学数据探索AS与AF的共病机制，发现MRPS23作为连接线粒体功能障碍与免疫失调的新型生物标志物	需在临床前模型和临床队列中进一步验证MRPS23的诊断和治疗价值	揭示动脉粥样硬化(AS)和心房颤动(AF)的共同分子通路，并识别诊断生物标志物	AS和AF患者的转录组数据集	生物信息学	心血管疾病	GO/KEGG富集分析、WGCNA、LASSO/SVM/随机森林算法、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习(LASSO/SVM/随机森林)	转录组数据	多个公共转录组数据集（具体数量未明确说明）
208	2025-07-04	Interferon Regulatory Factor 4 Recruits Immature B Cells to Signal Tertiary Lymphoid Structure Immaturity and Progression of Clear Cell Renal Cell Carcinoma 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.113737 PMID:40607252	研究论文	该研究通过整合转录组和临床数据，构建了与三级淋巴结构(TLS)相关的预后风险评分，并探讨了干扰素调节因子4(IRF4)在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的作用	揭示了IRF4在促进TLS不成熟和免疫功能障碍中的机制作用，并提出了一个潜在的免疫治疗靶点	研究主要基于ccRCC患者数据，结果在其他癌症类型中的普适性尚不明确	探讨TLS在ccRCC中的预后相关性和调控机制	928名ccRCC患者和ccRCC细胞系(786-O和769-P)	数字病理学	肾细胞癌	机器学习算法、免疫组织化学、多重免疫荧光分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	NA	转录组数据、临床数据、图像数据	928名ccRCC患者
209	2025-07-04	Integrative multi-omics analysis of IFNγ-induced macrophages and atherosclerotic plaques reveals macrophage-dependent STAT1-driven transcription in atherosclerosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1590953 PMID:40607379	研究论文	本研究通过整合多组学分析，探讨了IFNγ诱导的巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块中STAT1驱动的转录机制	揭示了STAT1与PU.1协同作用在巨噬细胞特异性IFNγ激活转录反应中的新机制，并提出了新的生物标志物和治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能不完全反映人类动脉粥样硬化的复杂性	探究巨噬细胞STAT1介导的信号在动脉粥样硬化进展中的作用	IFNγ诱导的巨噬细胞和人类及小鼠动脉粥样硬化病变	分子生物学	心血管疾病	ATAC-seq, ChIP-seq, RNA-seq, scRNA-seq	LDLr-/-和ApoE-/-高脂饮食小鼠模型	基因组和转录组数据	人类颈动脉和冠状动脉粥样硬化病变样本及小鼠主动脉病变样本
210	2025-07-04	Integrative analysis of T cell-associated markers in Ewing sarcoma reveals prognostic signatures and immune dynamics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1586544 PMID:40607387	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序、WGCNA和批量RNA-seq分析，探索了尤文肉瘤中T细胞相关标志物的预后特征和免疫动态	鉴定了CLEC11A、BDP1和ID3作为关键的T细胞相关预后标志物，并构建了一个预测生存结果的模型，同时揭示了ID3在免疫逃逸和肿瘤增殖中的作用	研究样本量较小，且需要进一步实验验证模型的临床适用性	探索尤文肉瘤中T细胞相关标志物的预后特征和免疫动态，以改善预后评估和免疫治疗策略	尤文肉瘤患者和细胞系	digital pathology	Ewing sarcoma	单细胞RNA测序, WGCNA, 批量RNA-seq, CIBERSORT算法	Cox回归模型	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但使用了外部数据集进行验证
211	2025-07-04	Single-cell analysis of peripheral blood and pleural effusion reveals functional diversity of γδ T cells in tuberculosis infection 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1605827 PMID:40607390	研究论文	通过单细胞测序分析结核病患者外周血和胸腔积液中γδ T细胞的功能多样性	首次在结核病患者中鉴定出7种γδ T细胞亚群，并发现Vδ2细胞具有强效应功能和高FCGR3A表达	未明确γδ T细胞亚群在结核病免疫反应中的具体作用机制	探索γδ T细胞在结核病免疫反应中的作用及其亚群分化机制	结核病患者的外周血单个核细胞(PBMC)和结核性胸腔积液(TPE)	免疫学	结核病	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	结核病患者的外周血和胸腔积液样本
212	2025-07-04	Decoding neuroinflammation in Alzheimer's disease: a multi-omics and AI-driven perspective for precision medicine 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1616899 PMID:40607399	研究论文	本文探讨了阿尔茨海默病中的神经炎症，结合多组学和AI驱动的方法，旨在实现精准医疗	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术高分辨率分析AD脑组织细胞异质性，结合AI分析和多组学平台解码AD复杂的免疫炎症网络	未提及具体样本量或实验验证的局限性	解码阿尔茨海默病中的神经炎症机制，推动精准医疗发展	阿尔茨海默病（AD）脑组织中的细胞异质性和免疫炎症网络	精准医疗	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），AI分析，多组学平台	NA	单细胞RNA测序数据，多组学数据	NA
213	2025-07-04	Landscape analysis of matrix metalloproteinases reveals key prognostic markers for prostate cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1582992 PMID:40607407	研究论文	本研究全面分析了基质金属蛋白酶（MMPs）在前列腺癌（PCa）中的作用，并确定了MMP11作为关键预后标志物	首次全面评估MMPs在PCa中的表达特征及预后价值，并揭示MMP11通过重塑肿瘤微环境促进PCa进展的新机制	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏大规模临床样本验证和体内实验数据	探索MMPs在PCa中的全面作用及其作为治疗靶点的潜力	前列腺癌组织和细胞	肿瘤生物学	前列腺癌	COX回归分析、单细胞转录组分析、空间转录组分析	NA	基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据	来自UCSC和GEO数据库的多个数据集
214	2025-07-04	The functional and clinical significance of nucleoporin NUP153 across human cancers: a systematic study based on multi-omics analysis and bench work validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1613688 PMID:40607419	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，探讨了核孔蛋白NUP153在多种癌症中的功能和临床意义	首次系统性地研究了NUP153在多种癌症中的表达模式、突变情况、诊断价值及其与肿瘤免疫微环境的关系，并通过实验验证了其在胃癌中的表达和作用	需要进一步研究阐明NUP153在癌症中的具体分子机制，并探索其临床适用性	探索核孔蛋白NUP153在人类癌症中的功能和临床意义	多种人类癌症（包括胆管癌、结直肠癌、头颈部鳞状细胞癌、胃癌等）	癌症研究	多种癌症（包括胃癌、胆管癌、结直肠癌等）	多组学分析（TCGA、GTEx数据库）、GSEA、TIMER数据库分析、免疫组化、RT-qPCR、单细胞分析、空间转录组学	NA	基因表达数据、药物敏感性数据、免疫细胞浸润数据	来自TCGA、GTEx等公共数据库的大量样本，以及通过免疫组化和RT-qPCR验证的胃癌组织样本
215	2025-07-04	Identification and validation of a KRAS-macrophage-associated gene signature as prognostic biomarkers and potential therapeutic targets in melanoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1566432 PMID:40607411	研究论文	本研究通过多平台方法识别并验证了一个与KRAS信号和巨噬细胞浸润相关的基因特征，作为黑色素瘤的预后生物标志物和潜在治疗靶点	开发了一个新的KRAS-巨噬细胞预后相关基因（KMPAG）特征，改进了黑色素瘤的诊断和预后能力，并揭示了CLEC4A在黑色素瘤进展中的关键作用	研究依赖于公共数据库的数据，实验验证仅限于基因修饰的黑色素瘤细胞系，未涉及动物模型或临床试验	探索KRAS信号在黑色素瘤肿瘤微环境中的作用，特别是与巨噬细胞浸润的关系，并开发预后生物标志物	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者和基因修饰的黑色素瘤细胞系	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因集富集分析（GSEA）、免疫组织化学（IHC）	LASSO回归模型	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的基因表达数据，具体样本数量未明确说明
216	2025-07-04	Tppp3 is a novel molecule for retinal ganglion cell identification and optic nerve regeneration 2024-12-29, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01917-6 PMID:39734233	研究论文	本文研究了Tppp3在视网膜神经节细胞(RGCs)神经保护和轴突再生中的作用	首次揭示了Tppp3在哺乳动物轴突再生中的作用，并开发了一种新的RGC神经保护和轴突再生治疗策略	研究仅基于啮齿动物模型，尚未在人类中进行验证	探索促进中枢神经系统(CNS)轴突再生的分子调节剂	视网膜神经节细胞(RGCs)和视神经	再生医学	中枢神经系统损伤	单细胞RNA测序，批量RNA测序	视神经挤压(ONC)模型	RNA测序数据	小鼠、猕猴和人类的RGCs
217	2025-07-04	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-12-18, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01906-9 PMID:39696694	研究论文	研究探讨了利鲁唑（RZ）通过增加BDNF水平逆转颅脑放射治疗引起的认知衰退和神经退行性后果的效果	首次在颅脑放射治疗小鼠模型中验证了RZ通过增加BDNF水平改善认知功能的作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索缓解放射治疗引起的认知功能障碍（RICD）的神经保护方法	接受颅脑放射治疗的小鼠模型	神经科学	脑癌	空间转录组学分析、双免疫荧光染色、生化评估	小鼠模型	基因表达数据、行为学数据	接受9 Gy颅脑放射的成年小鼠，分为RT+Vehicle和RT+RZ组
218	2025-07-04	Spatial transcriptomics in focal cortical dysplasia type IIb 2024-11-30, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01897-7 PMID:39614299	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，探究了局灶性皮质发育不良IIb型（FCD IIb）中异常神经元和气球细胞区域的转录变化	首次在FCD IIb中构建了异常神经元和气球细胞区域的转录组空间图谱，揭示了这些区域在mTOR信号通路、自噬和炎症反应中的潜在作用	样本量较小（仅3例患者），可能影响结果的普遍性	探究FCD IIb中异常神经元和气球细胞区域的分子特征及其在癫痫发生中的作用	局灶性皮质发育不良IIb型患者的脑组织样本	数字病理学	癫痫	空间转录组学	NA	转录组数据	3例FCD IIb患者的新鲜冷冻脑组织样本
219	2025-07-04	TLR8 agonist selgantolimod regulates Kupffer cell differentiation status and impairs HBV entry into hepatocytes via an IL-6-dependent mechanism 2024-Nov-11, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331396 PMID:38697771	研究论文	研究TLR8激动剂selgantolimod通过IL-6依赖机制调节Kupffer细胞分化状态并抑制HBV进入肝细胞的作用	揭示了selgantolimod通过调节Kupffer细胞转录组和细胞间通讯，间接抑制HBV进入肝细胞的新机制	研究主要基于体外实验和转录组数据分析，需要更多体内实验验证	阐明selgantolimod在肝脏微环境中的免疫调节作用和对HBV感染的抑制机制	Kupffer细胞、肝细胞和HBV病毒	免疫学	慢性乙型肝炎	单细胞RNA-seq、RNA-seq	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用了公开的单细胞RNA-seq数据和实验模型
220	2025-07-04	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.23.614590 PMID:39386496	研究论文	研究探讨了利鲁唑（RZ）通过增加BDNF水平逆转颅脑放疗引起的认知功能下降和神经退行性后果的潜力	首次在颅脑放疗小鼠模型中验证了RZ通过提升BDNF水平改善认知功能及神经保护作用，并采用空间转录组学揭示其分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证效果	探索缓解颅脑放疗引起的认知功能障碍（RICD）的治疗方法	接受颅脑放疗的成年小鼠	神经科学	脑癌	空间转录组学分析、双免疫荧光染色、生化评估	小鼠颅脑放疗模型	基因表达数据、行为学数据、蛋白质水平数据	未明确说明小鼠数量，实验组包括RT+Veh和RT+RZ组