单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-09-08	Identification of Core gene expression alterations regulated by gut microbiota in tumor progression and immunotherapy resistance through integrative pan-cancer analysis 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146911 PMID:40819753	研究论文	通过整合性泛癌分析识别肠道微生物在肿瘤进展和免疫治疗耐药中调控的核心基因表达变化	开发了微生物相关特征评分（MAS）方法，首次在33种癌症和29种正常组织中量化微生物驱动的转录改变，并结合单细胞和空间转录组学验证	研究主要基于计算分析和初步实验验证，需要更多功能性实验和临床队列验证	揭示肠道微生物通过基因表达调控影响癌症进展和免疫治疗耐药的机制	33种癌症类型和29种正常组织，重点关注肝细胞癌（HCC）	生物信息学	肝细胞癌	整合性泛癌分析、单细胞转录组、空间转录组、机器学习算法	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据、转录组数据	33种癌症类型和29种正常组织的多组学数据
202	2025-09-08	Integrative spatial multi-omics identifies the TEK receptor tyrosine kinase as a central biomacromolecule of endothelial-immune interactions in glioblastoma 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146964 PMID:40834945	研究论文	本研究通过整合空间多组学分析，发现TEK受体酪氨酸激酶是胶质母细胞瘤内皮-免疫相互作用的核心生物大分子，并验证其作为潜在治疗靶点	首次通过多组学整合方法揭示TEK在胶质母细胞瘤微环境中的关键作用，并发现三个具有强结合亲和力的TEK靶向小分子候选物	NA	探索胶质母细胞瘤微环境中内皮-免疫相互作用的分子机制并识别治疗靶点	胶质母细胞瘤微环境中的内皮细胞、恶性细胞和免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、全基因组关联研究、结构基药物筛选、免疫组化、免疫荧光、分子对接、分子动力学模拟	NA	基因组数据、转录组数据、空间组学数据、蛋白质结构数据	NA
203	2025-09-08	stImage: a versatile framework for optimizing spatial transcriptomic analysis through customizable deep histology and location informed integration 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf429 PMID:40905789	研究论文	介绍stImage开源R包，通过深度学习和54种整合策略优化空间转录组分析	首个在统一框架中完全协同基因表达、组织学特征和精确空间坐标的方法，提供诊断图指导用户选择最佳整合策略	NA	开发一个全面灵活的空间转录组分析框架，提升组织生物学见解	空间转录组数据（基因表达、组织学图像和空间信息）	数字病理学	NA	空间转录组学（ST），深度学习	深度学习（具体架构未指定）	基因表达数据、组织学图像、空间坐标	多个数据集（具体样本数量未说明）
204	2025-09-08	Steatohepatitis alters lymphocytes cytotoxicity and localization, accelerating colorectal liver metastases 2025-Aug-28, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2025.101222 PMID:40882404	研究论文	本研究探讨代谢相关脂肪肝病（MAFLD）通过改变肝脏免疫细胞毒性和定位促进结直肠癌肝转移的机制	首次揭示高脂饮食和西方饮食通过不同免疫机制（IL-10/TGF-β1升高和细胞毒性标志物表达降低）促进肝转移，并发现CD8+ T细胞耗竭反而增强NK细胞杀伤能力	研究基于小鼠模型，结果需要人类数据验证；饮食诱导的MAFLD/MASH模型可能无法完全模拟人类疾病进展	阐明MAFLD代谢应激下肝脏免疫细胞变化及其对结直肠癌肝转移早期阶段的影响	小鼠模型（MC38癌细胞注射诱导的CRLM模型）和肝脏免疫细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌肝转移	scRNA-seq, RT-PCR, 免疫组织化学	NA	基因表达数据、组织学数据	饮食诱导的MAFLD/MASH小鼠模型（具体数量未明确说明）
205	2025-09-08	Nitrogen-Driven Orchestration of Lateral Root Development: Molecular Mechanisms and Systemic Integration 2025-Aug-21, Biology DOI:10.3390/biology14081099 PMID:40906392	综述	本文综述了氮素如何通过分子机制和系统整合调控植物侧根发育	整合了氮素感知、信号转导与侧根发育的分子网络，并强调了系统信号通路和碳氮平衡等新兴领域	NA	阐明氮素作为主要营养元素调控根系构型的分子机制与系统整合	植物侧根发育过程	植物分子生物学	NA	单细胞转录组学、先进成像技术	NA	NA	NA
206	2025-09-08	Integrative analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq to identify lactylation-related gene signatures in lung ischemia-reperfusion injury after lung transplantation 2025-Aug-19, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115361 PMID:40914702	研究论文	通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据识别肺移植后缺血再灌注损伤中与乳酸化修饰相关的基因特征	首次在肺移植缺血再灌注损伤中系统研究蛋白质乳酸化修饰作用，并整合多组学数据与机器学习方法发现新型生物标志物	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型，需要进一步临床验证	探究蛋白质乳酸化修饰在肺移植缺血再灌注损伤中的分子机制并寻找治疗靶点	肺移植后发生缺血再灌注损伤的组织样本和小鼠模型	生物信息学	肺移植并发症	scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, LASSO, random forest, western blotting, RT-qPCR	机器学习算法（LASSO、随机森林）	转录组数据、单细胞数据、实验验证数据	两个公共数据集（GSE145989、GSE18995）和小鼠模型实验样本
207	2025-09-08	SMAD1/5-mediated recruitment of the histone demethylase KDM1A controls cell fate programs in embryonic stem cells 2025-Aug-12, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110591 PMID:40812426	研究论文	本研究揭示了SMAD1/5通过招募组蛋白去甲基化酶KDM1A调控胚胎干细胞命运程序的转录抑制机制	首次发现SMAD1/5通过招募KDM1A去除H3K4me1/2标记来抑制增强子活性，调控细胞特异性基因表达程序	研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型，人类细胞中的适用性尚未验证	阐明SMAD1/5在胚胎干细胞中的分子机制和功能	小鼠胚胎干细胞（mESCs）	表观遗传学	NA	scRNA-seq, ChIP-seq	NA	基因组测序数据，单细胞转录组数据	Smad1/5双敲除和野生型小鼠胚胎干细胞
208	2025-09-08	The urokinase receptor/uPAR is a major effector of p53 gain-of-function mutations in gemcitabine-treated pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Aug-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110561 PMID:40759369	研究论文	本研究揭示p53功能获得性突变通过上调uPAR表达促进胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移的机制	首次发现TP53功能获得性突变直接调控PLAUR/uPAR表达，并阐明其在吉西他滨治疗后持续激活ERK信号通路和促进癌细胞侵袭的关键作用	主要基于细胞系实验和生物信息学分析，缺乏体内动物模型验证和临床前瞻性研究数据	探究胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移的分子机制	胰腺导管腺癌细胞系（PANC1、MIA PaCa-2）和TCGA数据库中的PDAC患者数据	肿瘤生物学	胰腺癌	scRNA-Seq、基因沉默、TCGA数据挖掘、信号通路分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、临床生存数据	两种PDAC细胞系和TCGA数据库中的PDAC患者样本
209	2025-09-08	Novel Insights into T-Cell Exhaustion and Cancer Biomarkers in PDAC Using ScRNA-Seq 2025-Aug-07, Biology DOI:10.3390/biology14081015 PMID:40906153	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示胰腺导管腺癌中T细胞耗竭和癌症生物标志物的新见解	识别出16个癌症和T细胞的新型标志物，为PDAC免疫景观研究提供新基础	需要进一步的临床研究来验证这些新型标志物作为潜在治疗靶点	研究PDAC中T细胞耗竭机制和癌症生物标志物	人类PDAC数据集中的癌细胞和T细胞	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, PPI分析, GEPIA2, TISCH2	NA	单细胞RNA测序数据	来自原发性肿瘤和邻近正常组织的人类PDAC公开数据集
210	2025-09-08	Mechanistic Study of NT5E in Reg3β-Induced Macrophage Polarization and Cooperation with Plasma Proteins in Myocarditis Injury and Repair 2025-Aug-07, Biology DOI:10.3390/biology14081017 PMID:40906170	研究论文	本研究探讨NT5E通过Reg3β调控巨噬细胞极化并与血浆蛋白协同影响心肌炎损伤修复的机制	首次整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和分子对接等多方法揭示NT5E在巨噬细胞极化及心肌炎免疫调控中的双重作用	研究主要基于分子和细胞水平实验，尚未进行动物模型或临床试验验证	阐明NT5E调控巨噬细胞极化及与血浆蛋白互作影响心肌炎发展的分子机制	巨噬细胞、血浆蛋白、免疫细胞类型及心肌炎相关病理过程	分子生物学与免疫学	心血管疾病	RNA测序、Western blotting、qPCR、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据、药物结合数据	涉及80种血浆蛋白及12种免疫细胞类型的分析
211	2025-09-08	Giardia-induced Type 2 mucosal immunity attenuates intestinal inflammation caused by co-infection or colitis in mice 2025-Aug, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02051-2 PMID:40629110	研究论文	本研究揭示贾第虫通过诱导2型黏膜免疫反应减轻小鼠肠道炎症	首次证明贾第虫通过STAT6依赖性机制促进IL-10产生型Th2细胞扩增，实现寄生虫持续感染与炎症保护的双重效果	研究局限于小鼠模型，人类临床适用性需进一步验证	探究贾第虫感染对肠道炎症的免疫调节机制	尼日利亚学龄儿童和小鼠模型	免疫学	肠道感染性疾病	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	尼日利亚儿童群体及小鼠实验模型
212	2025-09-08	Tracking clonal dynamics of CD8 T cells and immune dysregulation in progression of systemic lupus erythematosus with nephritis 2025-Aug, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01504-2 PMID:40744996	研究论文	通过单细胞测序技术研究系统性红斑狼疮肾炎进展中CD8 T细胞的克隆动态与免疫失调机制	首次整合单细胞RNA与T细胞受体测序揭示CD8效应T细胞克隆扩张是疾病恶化的关键驱动因素，并发现干扰素信号通路与细胞毒性T细胞功能障碍的关联	样本量较小（6名SLE患者），需外部数据集验证	探究系统性红斑狼疮疾病活动性波动的免疫机制并寻找潜在治疗靶点	系统性红斑狼疮患者及健康捐赠者的外周血单核细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 批量RNA测序	NA	单细胞转录组数据, TCR序列数据	6名SLE患者（19个样本）和32名健康捐赠者，外部验证含79对照/62患者（批量测序）和99对照/162患者（单细胞测序）
213	2025-09-08	Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher 2025-Jul-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03682-8 PMID:40702544	研究论文	提出一种名为Decipher的深度生成模型，用于整合和可视化正常与扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态	开发了能够联合建模和可视化跨条件单细胞基因组学数据的生成模型，揭示共享和中断的细胞状态动态	NA	整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征从正常到异常细胞状态的转变	单细胞RNA测序数据	计算生物学	胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌	单细胞RNA-seq	深度生成模型	基因表达数据	NA
214	2025-09-08	Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial 2025-Jun-09, Journal of sport and health science IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.jshs.2025.101063 PMID:40499717	研究论文	一项随机对照试验表明，新辅助化疗期间的运动预康复可增强食管腺癌肿瘤的免疫反应	首次通过随机对照试验证明运动预康复能显著增加肿瘤浸润淋巴细胞（尤其是CD8+ T细胞和NK细胞）并促进三级淋巴结构成熟	样本量较小（n=22），未观察到临床结局（如生存率）的显著差异	探究运动预康复是否增强新辅助化疗期间肿瘤的免疫浸润	局部晚期食管癌患者	临床医学	食管癌	多光谱免疫组化（mIHC）、NanoString空间转录组学、心肺功能测试（VO2peak）	NA	组织切片、基因表达数据、生理指标	22例患者（预康复组11人 vs 对照组11人）
215	2025-09-08	Transmembrane Serine Protease TMPRSS11B promotes an acidified tumor microenvironment and immune suppression in lung squamous cell carcinoma 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646727 PMID:40235980	研究论文	本研究揭示跨膜丝氨酸蛋白酶TMPRSS11B通过促进肿瘤微环境酸化和免疫抑制驱动肺鳞癌进展	首次发现TMPRSS11B在Krt13+ hillock样细胞中的特异性表达，并证实其通过调节乳酸代谢导致肿瘤微环境酸化和M2样巨噬细胞浸润	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究TMPRSS11B对肿瘤微环境及免疫系统的影响，寻找肺鳞癌治疗新靶点	肺鳞状细胞癌（LUSC）模型和免疫细胞	肿瘤免疫学	肺癌	RNA FISH、空间转录组学、超pH敏感纳米颗粒成像、代谢物分析	NA	分子表达数据、空间转录组数据、代谢物数据	免疫健全小鼠模型和SNL（Sftpc-Cre; Nkx2-1fl/fl; Trp53fl/fl）自体模型
216	2025-09-08	Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations 2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.20.633917 PMID:39896662	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肺结节病患者和健康对照的BAL细胞，揭示免疫细胞亚群的转录组特征和细胞间互作差异	首次在单细胞水平系统鉴定肺结节病相关的巨噬细胞亚群及其基因表达特征，并发现疾病进展相关的分子变化	样本量较小（16例患者和14例对照），且仅限于BAL细胞分析	鉴定与肺结节病风险和进展相关的细胞特异性分子变化	肺结节病患者（进行性和非进行性）和健康对照的支气管肺泡灌洗（BAL）细胞	单细胞组学	肺结节病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	Seurat聚类分析，CellChat细胞通讯分析	单细胞转录组数据	16例肺结节病患者（8例进行性，8例非进行性）和14例健康对照
217	2025-09-08	Identification of sepsis biomarkers through glutamine metabolism-mediated immune regulation: a comprehensive analysis employing mendelian randomization, multi-omics integration, and machine learning 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1640425 PMID:40909263	研究论文	通过整合孟德尔随机化、多组学分析和机器学习方法，识别与谷氨酰胺代谢介导的免疫调节相关的脓毒症生物标志物	首次结合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习算法，系统揭示谷氨酰胺代谢通过NK细胞免疫表型影响脓毒症风险的机制，并鉴定出四个关键分子标志物	研究主要基于公共数据库和回顾性数据，需要进一步实验验证和前瞻性临床研究确认生物标志物的临床应用价值	识别脓毒症的早期诊断生物标志物并阐明其免疫代谢机制	脓毒症患者和健康对照者的免疫细胞及血浆代谢物	生物信息学	脓毒症	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、机器学习算法(CatBoost/XGBoost/NGBoost)、RT-qPCR	CatBoost, XGBoost, NGBoost	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	多个公共数据集(GSE167363、GSE236713、GSE28750)包含1400种血浆代谢物、731种免疫细胞表型和脓毒症GWAS数据
218	2025-09-08	Identification of cuproptosis-related genes in chronic apical periodontitis based on bulk and single-cell RNA sequencing analyses and experimental validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1559220 PMID:40909264	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序分析及实验验证，识别了慢性根尖周炎中与铜死亡相关的基因	首次将铜死亡机制与慢性根尖周炎联系起来，并发现COL4A1-Fibro和APOE-Macro细胞间互作可能促进疾病发生发展	样本量较小（CAP和HC各3例用于scRNA-seq分析），需要更大规模研究验证	探究铜死亡相关基因在慢性根尖周炎中的作用机制	人类慢性根尖周炎组织样本和健康对照组织	生物信息学	口腔炎症疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR, 免疫组化染色(IHC)	ROC曲线分析	RNA测序数据, 基因表达数据	GEO数据库数据集(GSE237398, GSE223924, GSE171213)及临床样本(CAP=3, HC=3)
219	2025-09-08	Programmed cell death-driven remodeling of the melanoma microenvironment enables prognostic stratification and therapeutic prediction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1612217 PMID:40909289	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序数据，全面分析了黑色素瘤中程序性细胞死亡（PCD）的异质性及其与肿瘤微环境、预后和免疫治疗反应的关联	首次在黑色素瘤中系统评估PCD活性跨细胞类型的分布，并开发了一个基于15个基因的预后特征模型，能够有效预测患者生存和免疫治疗反应	研究依赖于回顾性数据，需要进一步实验验证PCD机制的具体作用	全面表征黑色素瘤中PCD相关特征及其与肿瘤异质性、预后和免疫治疗结果的关系	黑色素瘤患者（皮肤和肢端亚型）的单细胞和批量RNA测序数据	计算生物学	黑色素瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, AUCell评分, CellChat, ESTIMATE, CIBERSORT, TMB分析	LASSO, Ridge, XGBoost	基因表达数据	多个黑色素瘤队列（具体数量未在摘要中明确说明）
220	2025-09-08	Developing a prognostic model of glutamine metabolism-related genes associated with clinical features and immune status in melanoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1485006 PMID:40909968	研究论文	本研究通过生物信息学分析构建了与黑色素瘤临床特征和免疫状态相关的谷氨酰胺代谢相关基因预后模型	首次识别了八个关键谷氨酰胺代谢相关基因并构建风险模型，揭示了其与免疫细胞浸润和免疫检查点表达的关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅部分基因在A375细胞中得到确认	开发黑色素瘤的预后预测模型并探索谷氨酰胺代谢与免疫状态的关系	黑色素瘤患者基因表达数据和临床特征	生物信息学	黑色素瘤	生物信息学分析、scRNA-seq数据处理、RT-PCR验证	Cox回归风险模型、列线图	基因表达数据、临床数据	来自GEO和TCGA-SKCM数据库的黑色素瘤患者数据