单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-07-02	Machine learning-guided single-cell multiomics uncovers GDF15-driven immunosuppressive niches in NSCLC: A translational framework for overcoming anti-PD-1 resistance 2025-Jun-28, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102459 PMID:40582068	研究论文	通过机器学习引导的单细胞多组学分析，揭示了非小细胞肺癌中GDF15驱动的免疫抑制微环境，并提出了克服抗PD-1耐药的转化框架	开发了一种加速斜向随机生存森林模型，在预测准确性上优于传统的Cox回归和深度学习方法，并首次将GDF15定位为预测ICB耐药的生物标志物	研究样本量相对较小（n=156），且功能研究仅限于Lewis肺癌细胞，未涵盖其他NSCLC亚型	识别免疫检查点阻断（ICB）疗效的决定因素，并开发预测ICB耐药的生物标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者样本和Lewis肺癌细胞	机器学习	肺癌	单细胞RNA测序、非负矩阵分解	Accelerated Oblique Random Survival Forest	多组学数据、单细胞RNA测序数据	156例NSCLC患者样本
202	2025-07-02	From roots to nodules: regulation of organogenesis in nitrogen-fixing symbiosis 2025-Jun-28, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2025.102755 PMID:40582138	review	本文综述了固氮共生中器官发生的调控机制，特别是豆科植物根瘤的发育过程	探讨了根瘤与侧根在发育过程中的相似性与进化分歧，并介绍了单细胞和空间转录组学等新兴工具的应用	主要关注豆科植物（Papilionoideae 分支），可能不适用于其他固氮植物	理解固氮共生中器官发生的分子和细胞机制	豆科植物的根瘤和侧根	植物生物学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、先进成像技术、系统基因组学	NA	基因表达数据、成像数据	NA
203	2025-07-02	Multipotent lineage potential in B cell acute lymphoblastic leukemia is associated with distinct cellular origins and clinical features 2025-Jun-27, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00987-2 PMID:40579588	研究论文	本研究通过整合89个B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）样本的单细胞转录组测序（scRNA-seq）数据与正常人类B细胞发育的单细胞图谱，探讨了B-ALL的发育起源及其与谱系可塑性和治疗反应的关系	揭示了B-ALL亚型中多能祖细胞的富集及其与谱系可塑性的关联，并开发了一个与较差生存率独立相关的'多能性评分'	研究样本量相对较小（89个B-ALL样本），且未涉及所有已知的B-ALL亚型	探讨B-ALL的发育起源及其与谱系可塑性和治疗反应的关系	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）	单细胞转录组学	B细胞急性淋巴细胞白血病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	89个B-ALL样本
204	2025-07-02	Single-cell multi-omics analysis reveals the plasticity of isthmus stem cells in gastric carcinogenesis 2025-Jun-27, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110662 PMID:40580616	研究论文	通过单细胞多组学测序技术，揭示了胃峡部干细胞在胃癌发生中的可塑性及其重要作用	整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，首次识别出胃峡部干细胞在胃癌中的三种状态，并重构了胃癌细胞的谱系轨迹	样本量有限，未涉及胃癌不同亚型的比较分析	探究胃癌发生过程中细胞组成和发育轨迹	胃癌患者的配对肿瘤和癌旁组织样本	单细胞组学	胃癌	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞多组学数据	未明确说明样本数量
205	2025-07-02	Enhancing ovarian cancer prognosis with an artificial intelligence-derived model: Multi-omics integration and therapeutic implications 2025-Jun-27, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102439 PMID:40580871	研究论文	本研究通过整合多组学数据和人工智能技术，开发了一个用于卵巢癌预后预测的AI衍生预后指数（AIDPI）模型，并探讨了其治疗意义	利用多数据集分析和机器学习算法构建AIDPI模型，首次将MFAP4基因鉴定为卵巢癌的潜在治疗靶点	研究主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床验证	开发高精度的卵巢癌预后预测工具并探索其治疗应用	卵巢癌患者	数字病理	卵巢癌	RNA测序（bulk和single-cell），DNA甲基化分析	机器学习集成模型	转录组数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的多中心数据集
206	2025-07-02	Lymph node fibroblast phenotypes and immune crosstalk regulated by podoplanin activity 2025-Jun-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115908 PMID:40581928	研究论文	探讨淋巴节点中成纤维细胞表型及免疫交互受podoplanin活性调控的机制	首次直接测试了PDPN信号在成体淋巴节点FRCs中的需求，并揭示了PDPN缺失如何影响炎症信号和基质-免疫细胞交互	研究主要基于小鼠模型，未涉及人类样本	研究淋巴节点中成纤维细胞与免疫细胞交互的分子机制	淋巴节点中的成纤维网状细胞(FRCs)及免疫细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	条件性体内缺失模型	基因表达数据	未明确提及样本数量
207	2025-07-02	Single-cell RNA profiling identifies immune cell population shifts in diabetes associated mucosal inflammation 2025-Jun-27, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.06.008 PMID:40582570	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病相关牙周炎症中免疫细胞群体的变化，特别是γ T细胞在糖尿病增强的牙周破坏中的核心作用	首次发现γ T细胞作为糖尿病增强牙周破坏的中央介质，并验证了IL-17A产生的γ T细胞在糖尿病小鼠和人类样本中的显著扩张	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能需要在更大规模的人类研究中进一步验证	探究糖尿病与牙周疾病之间破坏性协同作用的机制	糖尿病牙周组织中的免疫细胞群体	免疫学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNAseq), 流式细胞术	NA	RNA测序数据, 流式细胞数据	糖尿病小鼠和人类糖尿病牙周标本
208	2025-07-02	The NF-κB/LY6E axis promotes oral squamous cell carcinoma stemness by responding to interaction with macrophages 2025-Jun-27, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114661 PMID:40582585	研究论文	本研究探讨了NF-κB/LY6E轴在口腔鳞状细胞癌(OSCC)干细胞特性中的作用及其与巨噬细胞相互作用的机制	揭示了NF-κB/LY6E轴作为响应巨噬细胞-OSCC细胞相互作用的关键信号枢纽，促进癌症干细胞特性	未提及具体样本量或实验设计的局限性	探索调控OSCC癌症干细胞特性的肿瘤-免疫细胞相互作用的关键信号轴	口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞和巨噬细胞	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), CytoTRACE分析	NA	基因表达数据	NA
209	2025-07-02	Single-cell sequencing has revealed the palmitoylation landscape in lung adenocarcinoma and identified ABHD17C as a novel biomarker 2025-Jun-27, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.024 PMID:40582697	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了肺腺癌中的蛋白质棕榈酰化景观，并鉴定出ABHD17C作为一种新型生物标志物	首次在单细胞水平上描绘了肺腺癌中的蛋白质棕榈酰化景观，并发现ABHD17C作为C4上皮亚型的关键标志物	研究主要聚焦于肺腺癌，未涉及其他癌症类型	探索肿瘤细胞中蛋白质棕榈酰化的异质性及其在肿瘤进展中的作用	肺腺癌(LUAD)中的上皮细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明样本数量，但分析了23种棕榈酰转移酶和7种去棕榈酰转移酶
210	2025-07-02	Uncovering minimal pathways in melanoma initiation 2025-Jun-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60742-0 PMID:40571713	研究论文	该研究揭示了黑色素瘤起始过程中的最小通路，特别是在仅携带Braf突变的小鼠中观察到的肿瘤发生机制	发现仅Braf突变即可引发黑色素瘤，并鉴定出一种类似神经嵴的细胞类型作为恶性细胞的前体	未能找到解释大多数肿瘤发生的de novo突变或结构变异	探索黑色素瘤起始的遗传机制和细胞起源	小鼠模型中的黑色素瘤	肿瘤生物学	黑色素瘤	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	NA
211	2025-07-02	Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters 2025-Jun-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115907 PMID:40580476	研究论文	研究通过一项为期3年的研究，调查了78名未报告有症状感染的个体中，重复接种COVID-19疫苗对适应性免疫的长期影响	揭示了重复疫苗接种后T细胞反应的稳定性和多样性，以及无症状感染对T细胞表型的影响	样本量较小（78人），且仅针对未报告症状感染的个体，可能无法代表更广泛人群	探讨重复COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响	78名未报告有症状感染的个体	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	78名未报告有症状感染的个体
212	2025-07-02	Identification and validation of synergistic drug strategies targeting macrophage polarization in triple-negative breast cancer via single-cell transcriptomics and deep learning 2025-Jun-26, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102457 PMID:40580873	研究论文	通过单细胞转录组学和深度学习，识别并验证针对三阴性乳腺癌中巨噬细胞极化的协同药物策略	开发了一个基于巨噬细胞分化的分类器（MMDCSS），并发现非那雄胺作为ZBTB20调节剂能够逆转肿瘤诱导的M2巨噬细胞极化	研究样本量较小（24名TNBC患者），且未涉及临床试验	探索三阴性乳腺癌中巨噬细胞极化的调控机制及其治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者的肿瘤微环境（TME）中的巨噬细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、伪时间轨迹映射	深度学习	转录组数据	24名TNBC患者
213	2025-07-02	Investigating the dynamic signaling pathways involved in the specialization and differentiation of epiblast cells in early human embryos 2025-Jun-26, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2025.05.014 PMID:40581241	研究论文	通过分析人类胚胎单细胞RNA测序数据，研究外胚层细胞特化和分化过程中的动态信号通路	揭示了BMP、WNT、FGF、LIF和TGFβ等多条信号通路在外胚层发育中的作用，并提出了内细胞团和外胚层可能作为信号枢纽协调关键细胞间通讯事件的新观点	需要进一步的蛋白质水平和功能验证	探究人类胚胎早期发育过程中外胚层细胞特化和分化的调控机制	人类早期胚胎的外胚层细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涵盖植入前、植入后、原肠胚形成前和早期原肠胚形成阶段的人类胚胎样本
214	2025-07-02	Rab27a+CAF exosomal miR-9-5p promotes osteosarcoma progression via CREBRF/MAPK signaling pathway 2025-Jun-26, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111964 PMID:40581265	研究论文	本研究探讨了Rab27a+CAF外泌体miR-9-5p通过CREBRF/MAPK信号通路促进骨肉瘤进展的机制	首次揭示了Rab27a+CAF外泌体miR-9-5p通过靶向抑制CREBRF激活MAPK信号通路促进骨肉瘤进展的分子机制	研究主要基于体外和小鼠模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明CAF外泌体miRNA调控骨肉瘤进展的分子机制	骨肉瘤患者血清和组织样本、小鼠模型	肿瘤生物学	骨肉瘤	小RNA测序、qRT-PCR、单细胞RNA测序、双荧光素酶报告基因检测	皮下骨肉瘤小鼠模型	RNA测序数据、qRT-PCR数据、单细胞RNA测序数据	骨肉瘤患者血清和组织样本（具体数量未明确）、小鼠模型
215	2025-07-02	Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro 2025-Jun-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115909 PMID:40570367	研究论文	研究细胞因子混合物对人THP-1巨噬细胞的重新编程，使其表现出与阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型	首次使用细胞因子混合物（IL-4、CSF1、IL-34和TGF-β）在体外重编程人巨噬细胞，模拟阿尔茨海默病相关的小胶质细胞和脂质相关巨噬细胞（DLAM）的转录状态	研究仅限于体外模型，未在体内验证其生理相关性	探索细胞因子如何调控巨噬细胞向神经退行性疾病相关表型转变	人THP-1巨噬细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、转录组分析、功能实验（细胞运动性、吞噬作用、溶酶体活性和代谢分析）	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
216	2025-07-02	Gene-regulatory programs that specify age-related differences during thymocyte development 2025-Jun-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115903 PMID:40570375	研究论文	本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育程序的转录和染色质可及性图谱，揭示了不同基因调控程序的个体发育及其与年龄相关差异的联系	识别了从发育早期就随年龄分化的基因模块，揭示了新生小鼠在早期胸腺细胞发育中具有更开放的染色质，并利用CRISPR扰动方法结合单细胞RNA测序发现了保守的转录调控因子Zbtb20	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他物种	探究T细胞发育过程中与年龄相关的基因调控程序差异	新生和成年小鼠的T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序，CRISPR扰动	NA	转录组数据，染色质可及性数据	新生和成年小鼠的T细胞样本
217	2025-07-02	Histopathologic Evaluation and Single-Cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients with Inflammatory Bowel Disease 2025-Jun-24, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101563 PMID:40571096	研究论文	本研究通过组织病理学评估和单细胞空间转录组学技术，揭示了与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常	首次结合组织病理学特征和单细胞空间转录组学分析，揭示了J型储袋失败的分子机制和预测标志物	研究为回顾性病例对照设计，样本量虽大但来自单一医疗中心	探究与回肠储袋-肛管吻合术(IPAA)失败相关的组织病理学特征和分子机制	417名接受IPAA手术的溃疡性结肠炎患者	数字病理学	炎症性肠病	单细胞空间转录组学、免疫组织化学(CD68 IHC)	NA	组织病理图像、基因表达数据	417名患者(其中部分进行单细胞空间转录组分析)
218	2025-07-02	scGT: Integration algorithm for single-cell RNA-seq and ATAC-seq based on graph transformer 2025-Jun-24, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf357 PMID:40581778	研究论文	提出了一种基于Graph Transformer的单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合算法scGT	利用数据集中相关性特征增强的图结构来协调多组学数据的表示，实现更准确的多组学整合和标签传递	未明确提及具体局限性	开发高性能单细胞多组学数据整合算法	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞ATAC测序(scATAC-seq)	Graph Transformer	单细胞测序数据	能够整合数百万个细胞的数据集
219	2025-07-02	Distinct expression of CD56 and CD19 marks molecular and functional endotypes of tetanus- versus RBD-specific human bone marrow plasma cells 2025-Jun-24, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf059 PMID:40581803	研究论文	本研究探讨了CD19和CD56在抗原特异性和总人类骨髓浆细胞(BMPC)上的共表达，揭示了它们在分子和功能上的差异	首次详细比较了破伤风类毒素(TT)和SARS-CoV-2刺突蛋白受体结合域(RBD)特异性BMPC的CD56和CD19表达模式，并发现了它们在转录特征和功能上的显著差异	研究主要基于流式细胞术和单细胞RNA测序数据，缺乏直接的体内功能验证实验	探究不同抗原特异性骨髓浆细胞亚群的表型和转录特征差异	人类骨髓浆细胞(BMPC)，特别是TT特异性和RBD特异性BMPC亚群	免疫学	传染病(破伤风和COVID-19)	多参数流式细胞术，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	流式细胞数据，RNA测序数据	未明确说明样本数量的人类骨髓浆细胞
220	2025-07-02	Direct single cell-type gene expression analysis in peripheral blood: novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for detection of bacterial infection 2025-Jun-23, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf103 PMID:40581066	研究论文	开发了一种名为DIRECT LS-TA的新型比率生物标志物，用于直接从外周血中定量单核细胞特异性基因表达，无需细胞分选	提出了无需细胞分选即可定量单核细胞特异性基因表达的新方法，并鉴定了两个新的单核细胞参考基因PSAP和CTSS	方法在多数据集中的验证结果未提及样本的具体多样性或潜在的混杂因素	开发一种直接从外周血中定量单核细胞特异性基因表达的方法，用于细菌感染的检测	外周血中的单核细胞	基因表达分析	细菌感染	单细胞RNA测序的替代方法，比率生物标志物分析	数学模型的ICEBERG图	基因表达数据	多个数据集，具体样本数量未明确说明