单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-08-29	Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653262 PMID:40661452	研究论文	本文通过纵向单细胞RNA测序研究慢性粒细胞白血病进展，揭示微观转录状态如何聚合形成宏观疾病表型	结合状态转换理论，首次系统阐明单细胞水平连续转录微状态如何汇聚成临床相关的宏观白血病表型	NA	解析单细胞与批量转录组数据中的疾病特异性信息，阐明离散疾病状态从噪声数据中涌现的机制	慢性粒细胞白血病（CML）的进展过程	单细胞组学	白血病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	状态转换理论	单细胞转录组数据	NA
202	2025-08-29	Chronic hyperactivation of midbrain dopamine neurons causes preferential dopamine neuron degeneration 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.05.588321 PMID:38645054	研究论文	通过化学遗传学小鼠模型研究慢性多巴胺神经元过度激活导致帕金森病特征性神经元退行性变的机制	首次建立慢性多巴胺神经元过度激活的动物模型，揭示神经活动增强导致黑质多巴胺神经元选择性易损性的直接证据	动物模型与人类疾病存在差异，需进一步验证临床相关性	探究慢性神经活动改变在多巴胺神经元退化中的作用机制	中脑多巴胺神经元（特别是黑质致密部神经元）	神经科学	帕金森病	化学遗传学（DREADD）、电生理记录、空间转录组学	DREADD小鼠模型	电生理数据、行为数据、分子表达数据	转基因小鼠模型及人类患者样本对照
203	2025-08-29	Erythroid progenitor cell-mediated spleen-tumor interaction deteriorates cancer immunity 2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417473122 PMID:40014568	研究论文	本文揭示红细胞祖细胞介导的脾脏-肿瘤相互作用通过免疫抑制机制恶化癌症免疫	首次发现肿瘤通过劫持EPCs建立脾脏与肿瘤间的免疫抑制桥梁，并阐明其通过CCL5/CCR5轴迁移及PD-L1介导的免疫抑制机制	NA	探究肿瘤发展中系统性免疫的动态变化及EPCs在肿瘤免疫抑制中的作用	红细胞祖细胞(EPCs)、脾脏、肿瘤微环境、头颈鳞状细胞癌患者样本	肿瘤免疫学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	NA（涉及头颈鳞状细胞癌患者队列分析）
204	2025-08-29	A transcriptome-wide association study integrating multi-omics bioinformatics and Mendelian randomization reveals the prognostic value of ADAMDEC1 in colon cancer 2025-02, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-024-03910-3 PMID:39680087	研究论文	本研究通过整合多组学数据和孟德尔随机化方法，鉴定ADAMDEC1作为结肠癌预后保护因子	首次结合单细胞测序数据、批量转录组数据和孟德尔随机化分析，系统识别与结肠癌预后因果关联的基因	NA	识别与结肠癌预后有因果关联的基因，改善患者生存率	结肠癌患者及其相关基因与细胞类型	生物信息学	结肠癌	单细胞测序, 批量转录组分析, 孟德尔随机化(SMR), GWAS, 免疫组化(IHC)	scissor算法, 两样本孟德尔随机化	基因表达数据, 基因型数据, 临床预后数据, 图像数据	多个数据集（包括GSE17536和GSE39582）及真实世界组织样本
205	2025-08-29	Cholinergic waves have a modest influence on the transcriptome of retinal ganglion cells 2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.05.627027 PMID:39713433	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析β2KO小鼠视网膜神经节细胞的转录组变化，探讨胆碱能波对发育的影响	首次在单细胞水平揭示胆碱能波对特定类型RGC转录组的细微调控，而非先前认为的广泛影响	研究仅关注出生后第一周，可能未完全捕捉长期效应；样本限于小鼠模型	探究β2尼古丁乙酰胆碱受体缺失对视网膜神经节细胞基因表达的影响	野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位杂交、全细胞记录	NA	RNA序列数据	野生型和β2KO小鼠出生后第一周的视网膜神经节细胞
206	2025-08-29	Toll-like receptor agonists promote the formation of tertiary lymphoid structure and improve anti-glioma immunity 2025-Jan-12, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae167 PMID:39188155	研究论文	本研究探讨了通过Toll样受体激动剂在胶质瘤微环境中诱导三级淋巴结构形成以增强抗肿瘤免疫的策略	首次发现TLR激动剂联合胶质瘤抗原颅内给药可成功诱导GME中TLS形成，并揭示了巨噬细胞/小胶质细胞与Th17细胞通过LTα/β-LTβR相互作用的新型诱导机制	临床研究仅为初步转化性研究，样本量有限，需要更大规模的临床试验验证	探索将胶质瘤微环境从免疫抵抗状态转化为激活状态的治疗策略	胶质瘤小鼠模型和初步临床研究受试者	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-Seq, BCR/TCR测序, 染色分析, 抗体中和	NA	基因组测序数据, 免疫组化数据, 临床数据	胶质瘤荷瘤小鼠模型和初步临床研究样本
207	2025-08-29	Lessons learned from spatial transcriptomic analyses in clear-cell renal cell carcinoma 2025-Jan-09, Nature reviews. Urology DOI:10.1038/s41585-024-00980-x PMID:39789293	综述	本文总结了空间转录组学在透明细胞肾细胞癌研究中的应用与发现	揭示了肿瘤微环境中空间依赖的细胞互作、代谢异质性分布以及三级淋巴结构的作用机制	目前仅针对透明细胞肾癌亚型进行研究，缺乏其他亚型数据	探讨空间转录组技术在肾细胞癌生物标志物开发中的潜力	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤微环境	空间转录组学	肾细胞癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA（基于现有研究综述，未明确样本数量）
208	2025-08-29	Contributions of T Cell Signaling for Wound Healing 2024-11-14, Journal of burn care & research : official publication of the American Burn Association IF:1.5Q3 DOI:10.1093/jbcr/irae151 PMID:39110034	研究论文	本研究利用scRNA-seq和免疫荧光成像技术，揭示了T细胞在伤口愈合炎症阶段的不同亚群及其信号贡献	首次发现并验证了伤口愈合过程中存在耗竭T细胞，并解析了不同T细胞亚群的特异性信号功能	耗竭T细胞的分子机制和对伤口愈合的具体贡献仍需未来深入研究	探究T细胞在伤口愈合过程中的信号传导机制	伤口愈合过程中的T细胞亚群（活化T细胞、细胞毒性T细胞、耗竭T细胞、调节性T细胞）	免疫学	伤口愈合障碍	scRNA-seq, 免疫荧光成像	NA	单细胞RNA测序数据, 图像数据	NA
209	2025-08-29	The unveiled mosaic of intra-tumor heterogeneity in ovarian cancer through spatial transcriptomic technologies: A systematic review 2024-11, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.08.001 PMID:39111726	系统综述	本文系统综述了空间转录组技术在揭示卵巢癌肿瘤内异质性及其微环境组成方面的应用与发现	聚焦空间转录组技术揭示卵巢癌中基因表达的空间分布模式及其对治疗反应和预后的影响	NA	总结空间转录组技术如何增进对卵巢癌肿瘤异质性和微环境的理解	卵巢癌肿瘤组织及其微环境中的细胞类型、状态和相互作用	数字病理	卵巢癌	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	转录组数据，空间分布数据	NA
210	2025-08-29	Perivascular NOTCH3+ Stem Cells Drive Meningioma Tumorigenesis and Resistance to Radiotherapy 2024-Oct-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1459 PMID:38742767	研究论文	研究发现血管周围NOTCH3+干细胞驱动脑膜瘤发生和放疗抵抗，并验证靶向NOTCH3的治疗策略	首次鉴定NOTCH3+干细胞作为脑膜瘤发生和放疗抵抗的关键驱动因素，并开发靶向NOTCH3的抗体治疗	NA	探究脑膜瘤发生和放疗抵抗的细胞类型与信号机制	人类、犬类和鼠类脑膜瘤样本	肿瘤生物学	脑膜瘤	单细胞转录组学、谱系追踪、成像技术、基因工程小鼠模型、异种移植	NA	基因表达数据、影像数据	跨物种（人、犬、鼠）脑膜瘤样本
211	2025-08-29	DC-derived CXCL10 promotes CTL activation to suppress ovarian cancer 2024-10, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.05.013 PMID:38823437	研究论文	本研究探讨树突状细胞（DCs）及其CXCL10标记基因在卵巢癌微环境中激活细胞毒性T淋巴细胞（CTLs）的作用及其对疾病进展的影响	首次通过scRNA-seq和免疫浸润分析明确DC来源的CXCL10作为调控CTL激活的关键因子，并证实其抑制卵巢癌生长和转移的机制	NA	阐明DC来源的CXCL10在卵巢癌免疫微环境中的功能及治疗潜力	卵巢癌微环境中的树突状细胞和细胞毒性T淋巴细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	scRNA-seq, 免疫浸润分析, 体外实验, 动物模型	NA	单细胞RNA测序数据, 实验数据	NA
212	2025-08-29	WITHDRAWN: Single-cell RNA Sequencing Revealing that MMP12+ Macrophages are Associated with Cancer Liver Metastasis 2024-09-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673337385240827061539 PMID:39279118	撤稿声明	作者要求撤回一篇关于MMP12+巨噬细胞与癌症肝转移关系的单细胞RNA测序研究论文	NA	NA	NA	NA	NA	癌症肝转移	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
213	2025-08-29	Integration of single-cell RNA sequencing of endothelial cells and proteomics to unravel the role of ICAM1-PTGS2 communication in apical periodontitis: A laboratory investigation 2024-09, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14080 PMID:38713190	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和蛋白质组学技术，探讨ICAM1-PTGS2信号通路在根尖周炎内皮细胞中的作用机制	首次结合scRNA-seq和蛋白质组学分析根尖周炎内皮细胞异质性，并揭示ICAM1通过调控铁死亡相关蛋白PTGS2影响炎症微环境的新机制	样本量较小（5例CAP样本），且主要基于体外细胞实验（HUVECs和THP-1巨噬细胞），临床直接证据有限	阐明根尖周炎中内皮细胞的多样性及ICAM1-PTGS2通讯在炎症调控中的作用	慢性根尖周炎患者组织样本、人脐静脉内皮细胞（HUVECs）、THP-1来源的巨噬细胞	单细胞组学	根尖周炎	scRNA-seq, 蛋白质组学, 实时PCR, 蛋白质印迹, 免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	5例CAP样本（GSE181688和GSE197680数据集），另含体外细胞实验
214	2025-08-29	Inhalable Stem Cell Exosomes Promote Heart Repair After Myocardial Infarction 2024-Aug-27, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.065005 PMID:39186525	研究论文	本研究开发了一种通过吸入方式递送干细胞外泌体的非侵入性方法（SCENT），用于促进心肌梗死后的心脏修复	首次提出吸入式外泌体递送方法，并发现内皮细胞CD36敲除通过调节能量代谢改善心脏功能的新机制	研究主要基于动物模型（小鼠和猪），尚未进行人体临床试验	开发一种非侵入性、可重复的心脏修复治疗方法，并探索其作用机制	心肌梗死模型小鼠（C57BL/6）和猪	再生医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、心脏磁共振成像、超声心动图	动物疾病模型（小鼠和猪心肌梗死模型）	影像数据、测序数据、组织学数据	小鼠和猪心肌梗死模型，治疗组连续7天接受外泌体吸入治疗
215	2025-08-29	A single-cell transcriptomic map of the developing Atoh1 lineage identifies neural fate decisions and neuronal diversity in the hindbrain 2024-08-19, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.007 PMID:39106860	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了小鼠后脑Atoh1谱系神经元的命运决定机制和多样性	首次提供了Atoh1谱系神经元的高分辨率转录组图谱，发现了增殖性单极刷细胞前体细胞群，并证实了其在髓母细胞瘤亚型起源中的潜在作用	研究仅限于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证	解析Atoh1转录因子在后脑神经元发育中的命运决定机制和细胞多样性	发育中小鼠后脑的Atoh1谱系神经元	单细胞组学	脑肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ATOH1 DNA结合分析	NA	单细胞转录组数据, DNA结合数据	小鼠后脑Atoh1谱系神经元单细胞样本
216	2025-08-29	Disease-associated astrocyte epigenetic memory promotes CNS pathology 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07187-5 PMID:38509377	研究论文	本研究识别了一种表观遗传控制的记忆性星形胶质细胞亚群，其在再次刺激时表现出加剧的促炎反应，并促进中枢神经系统病理	首次揭示了星形胶质细胞通过ACLY-p300表观遗传机制形成免疫记忆，并证实其在多发性硬化症病理中的关键作用	主要基于EAE动物模型，人类数据主要来自体外实验和组织样本分析，需要更多临床验证	探究疾病相关星形胶质细胞的稳定性及其对过去刺激事件的整合能力	星形胶质细胞亚群，特别是在多发性硬化症和实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型中的细胞	神经科学	多发性硬化症	单细胞RNA测序，ATAC-seq，ChIP-seq，FIND-seq，体内CRISPR-Cas9基因扰动	NA	基因组学数据，表观遗传学数据，免疫组织化学数据	EAE急性和慢性模型动物，人类星形胶质细胞体外培养，多发性硬化症病变组织样本
217	2025-08-29	deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq 2024-01-30, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03177-y PMID:38291503	研究论文	开发了一种用于单细胞RNA测序样本解复用的新算法deMULTIplex2	采用受条形码交叉污染机制模型启发的算法，使用广义线性模型和期望最大化方法概率性确定细胞样本身份	NA	解决单细胞RNA测序中样本解复用的技术挑战	单细胞RNA测序数据中的样本条形码	生物信息学	NA	scRNA-seq，样本复用技术	广义线性模型，期望最大化算法	基因表达数据	NA
218	2025-08-29	Heat Inactivation of Nipah Virus for Downstream Single-Cell RNA Sequencing Does Not Interfere with Sample Quality 2024-01-09, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13010062 PMID:38251369	研究论文	本文验证了在单细胞RNA测序流程中通过热灭活尼帕病毒的有效性，且不影响样本质量	发现并验证在cDNA合成后增加热灭活步骤可有效灭活BSL-4级病原体尼帕病毒，同时保持scRNA-seq数据质量	研究仅针对尼帕病毒和特定商业平台，未测试其他BSL-4病原体或平台	开发适用于BSL-4病原体的单细胞RNA测序安全流程	尼帕病毒（NiV）及感染细胞样本	生物信息学	病毒感染	scRNA-seq, 热灭活	NA	RNA测序数据	未明确具体样本数量，但基于微流控平台测试
219	2025-08-29	Microfluidics-free single-cell genomics with templated emulsification 2023-Nov, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01685-z PMID:36879006	研究论文	提出一种无需微流控设备的单细胞基因组学方法，基于模板乳化实现高效单细胞封装和条形码标记	开发了粒子模板乳化技术，仅需涡旋仪即可生成均匀液滴乳液，摆脱了对专业微流控设备和硬件的依赖	NA	开发更简单、灵活且可扩展的单细胞测序工作流程	单细胞（包括小鼠-人类混合样本、人类乳腺组织和混合表型急性白血病细胞）	基因组学	乳腺癌、急性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多组学测量	NA	基因组数据、转录组数据	数千个样本或数百万个细胞
220	2025-08-29	Excess pancreatic elastase alters acinar-β cell communication by impairing the mechano-signaling and the PAR2 pathways 2023-07-11, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2023.05.007 PMID:37339634	研究论文	本研究探讨胰腺弹性蛋白酶（PE）通过影响机械信号和PAR2通路调控β细胞存活及其在2型糖尿病中的作用	首次发现PE在T2D患者中上调并通过抑制机械信号和PAR2通路负调控β细胞存活，并鉴定出telaprevir作为有效PE抑制剂	NA	识别β细胞营养因子并开发对抗糖尿病的治疗策略	人类和啮齿类动物的β细胞及T2D患者的胰岛	糖尿病研究	2型糖尿病	高通量筛选、磷酸抗体微阵列、单细胞RNA测序	NA	分子和细胞生物学数据	人类T2D患者胰岛及啮齿类动物模型