单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-06-26	SenSkin™: a human skin-specific cellular senescence gene set 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01568-y PMID:39998731	research paper	该研究开发并验证了一个人类皮肤特异性衰老基因集SenSkin™，用于提高衰老细胞检测的敏感性和特异性	提出了首个针对人类皮肤的衰老特异性基因集SenSkin™，并通过多种RNA测序数据集验证其在时序衰老和光老化中的有效性	研究主要基于已有文献和RNA-seq数据，缺乏实验验证	开发一个皮肤特异性的衰老基因集以提高衰老细胞检测的准确性	人类皮肤细胞	生物信息学	皮肤衰老	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个RNA-seq数据集（具体数量未明确说明）
202	2025-06-26	Recent Neuropathology Concepts 2025-Jun, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251320056 PMID:40079493	综述	本文总结了2024年欧洲毒理病理学会大会上关于神经病理学最新概念的讨论，涵盖了人工智能在毒理病理学中的应用、组织可视化与分析新技术以及特定病例报告	强调了人工智能和计算病理学在毒理病理学中的作用，以及新兴技术在药物筛选和开发中的当前和未来影响	NA	探讨神经病理学领域的最新概念和技术进展	毒理病理学家、神经病理学技术、药物筛选方法	数字病理学	NA	人工智能、冷冻荧光断层扫描、血脑屏障类器官、空间转录组学	NA	组织图像、转录组数据	NA
203	2025-06-26	Blocking ITGA5 potentiates the efficacy of anti-PD-1 therapy on glioblastoma by remodeling tumor-associated macrophages 2025-Jun, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70016 PMID:40084746	研究论文	该研究探讨了阻断ITGA5如何通过重塑肿瘤相关巨噬细胞增强抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的疗效	揭示了circSDHAF2通过N-糖基化稳定ITGA5蛋白，促进MES-GBM细胞形成和SPP1+ MDMs的诱导，从而形成免疫抑制微环境的机制，并证明ITGA5阻断可增强抗PD-1疗法的抗肿瘤免疫	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学数据，需要进一步的临床验证	解析胶质母细胞瘤中特定免疫抑制亚群驱动抗PD-1耐药的分子机制，并探索增强免疫疗法疗效的策略	胶质母细胞瘤组织、MES-GBM细胞、SPP1+ MDMs和T细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫共沉淀、RNA免疫沉淀和下拉实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	NA
204	2025-06-26	Mini Review: Spatial Transcriptomics to Decode the Central Nervous System 2025-Jun, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251325204 PMID:40119776	review	这篇迷你综述探讨了空间转录组学（ST）在解码中枢神经系统（CNS）中的作用及其对神经退行性疾病研究的影响	综述了ST技术在提供空间分辨基因表达数据方面的革命性作用，特别是在神经退行性疾病中的应用	当前面临的挑战包括数据解释和分辨率限制	探索ST技术对CNS研究的贡献，特别是在神经退行性疾病中的应用	中枢神经系统（CNS）及神经退行性疾病（如阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化症和肌萎缩侧索硬化症）	digital pathology	neurodegenerative disease	spatial transcriptomics (ST)	NA	gene expression data	NA
205	2025-06-26	New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis 2025-Jun, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-025-04014-2 PMID:40128328	研究论文	本研究探讨了产前暴露于全氟辛烷磺酸（PFOS）对子代大鼠肺发育和功能的影响	首次结合形态学、功能学及单细胞RNA测序分析，揭示了PFOS暴露对肺发育的剂量依赖性影响及其分子机制	研究仅基于大鼠模型，结果外推到人类需谨慎	探究PFOS暴露对肺发育的毒性作用及其分子机制	子代大鼠的肺组织	毒理学	肺损伤	单细胞RNA测序	大鼠模型	基因表达数据、形态学数据、功能学数据	不同剂量组（0, 0.01, 0.1, 1 mg/kg/day）的怀孕大鼠及其子代，在出生后0、4、14、21和60天进行分析
206	2025-06-26	Uncovering somatic genetic drivers in prostate cancer through comprehensive genome-wide analysis 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01623-8 PMID:40156736	研究论文	通过全基因组分析揭示前列腺癌中的体细胞遗传驱动因素	识别了150个与前列腺癌有因果关联的基因，其中MSMB基因在所有四种评估方法中均表现出强一致性	仅44.67%的基因在TCGA数据集中与孟德尔随机化分析结果一致	探索散发性前列腺癌的体细胞遗传驱动因素	前列腺癌相关基因	基因组学	前列腺癌	eQTL分析、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序、共定位分析	NA	基因组数据、RNA测序数据	UK Biobank(9131病例和173,493对照)、PRACTICAL研究(79,148病例和61,106对照)、FinnGen队列(13,216病例和119,948对照)
207	2025-06-26	Bi-level identification of governing equations for nonlinear physical systems 2025-Jun, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-025-00804-x PMID:40346196	研究论文	本文介绍了BILLIE框架，一种通过分层优化策略同时发现和验证非线性物理系统控制方程的方法	利用强化学习的策略梯度算法实现双层优化，同时发现和验证方程，提高了识别控制方程的准确性	未明确提及具体的数据规模或计算资源需求，可能在实际应用中存在限制	识别非线性物理系统的控制方程，以更好地理解这些系统	非线性物理系统，如湍流和三体系统，以及单细胞测序数据中的RNA和蛋白质速度方程	机器学习	NA	强化学习的策略梯度算法	BILLIE框架	观测数据和单细胞测序数据	NA
208	2025-06-26	Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks 2025-Jun, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-025-00809-6 PMID:40425827	research paper	介绍了一种基于空间转录组学的细胞间通信工具STCase，能够识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	提出了一种可解释的多视图图神经网络，通过CCC感知注意力机制识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	未提及具体的技术限制或样本量不足的问题	开发一种工具来识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	细胞间通信（CCC）和空间转录组学数据	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	空间转录组学（ST）	多视图图神经网络	空间转录组学数据	NA
209	2025-06-26	Sparse deconvolution of cell type medleys in spatial transcriptomics 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013169 PMID:40505018	研究论文	提出了一种名为WISpR的机器学习算法，用于在空间转录组学中准确预测细胞类型分布	WISpR算法整合了位点特异性超参数和稀疏驱动建模，克服了现有方法忽视生物学基础约束的缺点	未明确提及具体局限性	提高空间转录组学中细胞类型分布预测的准确性	正常和癌变组织中的细胞类型分布	空间转录组学	癌症	空间转录组学	WISpR（Weight-Induced Sparse Regression）	空间转录组数据	十个数据集
210	2025-06-26	Single cell sequencing and spatial multiomics of diabetic kidney segmentation insights zonation-specific therapeutic metabolic pathways 2025-Jun, Cell insight DOI:10.1016/j.cellin.2025.100252 PMID:40547113	研究论文	通过整合高分辨率空间多组学和单细胞转录组学，研究糖尿病肾病（DN）肾脏区域特异性代谢失调，并探索治疗代谢途径	首次绘制了糖尿病肾脏区域特异性代谢失调的空间图谱，并发现GPX3作为成纤维细胞富集的生物标志物与肾功能障碍密切相关	研究主要基于小鼠模型，临床验证仍需进一步扩展	探索糖尿病肾病肾脏区域特异性代谢失调及其治疗靶点	糖尿病肾病小鼠模型及临床患者样本	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞测序、空间多组学、空间代谢组学、空间蛋白质组学	NA	空间多组学数据、单细胞转录组数据	糖尿病小鼠模型及临床DN患者样本
211	2025-06-26	Secreted Phosphoprotein 1 in Lung Diseases 2025-May-30, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo15060365 PMID:40559389	review	本文综述了分泌磷蛋白1（SPP1）在肺部疾病中的作用及其潜在的治疗靶点	重点探讨了SPP1在间质性肺疾病（ILDs）中的表达及其在纤维化过程中的作用，结合了单细胞RNA测序的最新数据	主要基于现有文献综述，缺乏新的实验数据支持	探讨SPP1在肺部疾病中的病理机制及其作为治疗靶点的潜力	SPP1及其在肺部疾病中的表达和作用	NA	lung cancer	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
212	2025-06-26	MFAP4 Deficiency Attenuates Liver Fibrosis by Regulating Hepatic Stellate Cell Fate through Inhibition of the FAK/PI3K/NFκB Signaling Pathway 2025-May-29, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101548 PMID:40449846	研究论文	本研究探讨了MFAP4通过调节肝星状细胞命运在肝纤维化中的作用机制	揭示了MFAP4通过整合素αvβ3依赖的FAK/PI3K/NFκB信号通路调控肝星状细胞活化和凋亡抵抗的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明MFAP4在肝纤维化发展中的分子机制	肝星状细胞和肝纤维化小鼠模型	肝脏病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、Western blot、定量PCR	基因敲除小鼠模型	基因表达数据和蛋白质数据	野生型和Mfpa4敲除小鼠，以及LX-2细胞系
213	2025-06-26	Exploring the Role of Bifenthrin in Recurrent Implantation Failure and Pregnancy Loss Through Network Toxicology and Molecular Docking 2025-May-29, Toxics IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxics13060454 PMID:40559927	研究论文	本研究探讨了双酚菊酯（BF）通过网络毒理学和分子对接在复发性着床失败（RIF）和复发性妊娠丢失（RPL）中的潜在作用	首次通过整合网络毒理学和分子对接方法，识别了BF与RIF和RPL相关的四个枢纽基因，并构建了诊断模型	缺乏体内和体外实验证据，需要进一步研究阐明BF导致RIF和RPL的具体机制	探究双酚菊酯（BF）与复发性着床失败（RIF）和复发性妊娠丢失（RPL）的潜在关联	双酚菊酯（BF）及其潜在靶点，复发性着床失败（RIF）和复发性妊娠丢失（RPL）患者	网络毒理学	生殖系统疾病	RNA-seq, 分子对接	诊断模型	基因表达数据	来自GEO数据库的RIF和RPL队列数据
214	2025-06-26	A retinoic acid:YAP1 signaling axis controls atrial lineage commitment 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115687 PMID:40343798	research paper	该研究揭示了视黄酸（RA）与YAP1信号轴在心脏祖细胞（CPCs）中调控心房谱系基因表达和心房细胞命运的作用机制	首次发现Hippo效应因子YAP1与TEAD4整合到心房转录因子增强子网络中，并证实YAP1激活CPCs中的RA增强子，揭示了YAP1与RA信号协同诱导心脏发生中心房谱系的新机制	研究主要基于hESC来源的CPCs和小鼠胚胎模型，人类心脏发育的复杂性可能需要更多体内模型验证	阐明视黄酸信号通路调控心脏祖细胞心房谱系分化的分子机制	人类胚胎干细胞来源的心脏祖细胞（hESC-CPCs）和小鼠胚胎第二心区CPCs	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, snATAC-seq（单核染色质可及性测序）	人类胚胎干细胞分化模型、小鼠基因敲除模型、心脏类器官模型	基因组学数据、单细胞转录组数据、表观遗传数据	未明确样本量（使用hESC-CPCs和小鼠胚胎模型）
215	2025-06-26	Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization 2025-May-23, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888 PMID:40412393	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型骨转移生态系统的异质性，揭示了骨转移的趋同和趋异机制	首次在多种癌症类型的骨转移中识别出三种不同的生态系统原型，并验证了这些原型与组织起源之间的相关性	样本量相对较小（42例骨转移样本），且未涵盖所有可能的癌症类型	研究骨转移生态系统的异质性及其机制	42例来自8种癌症类型的骨转移样本	单细胞测序	骨转移	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组化，生物信息学分析	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组化图像，批量RNA测序/微阵列数据	42例骨转移样本（来自8种癌症类型），以及158例骨转移样本的批量RNA测序/微阵列数据（来自超过10种癌症类型）
216	2025-06-26	Integrative Spatial Proteomics and Single-Cell RNA Sequencing Unveil Molecular Complexity in Rheumatoid Arthritis for Novel Therapeutic Targeting 2025-May-22, Proteomes IF:4.0Q2 DOI:10.3390/proteomes13020017 PMID:40559990	研究论文	本研究通过整合空间蛋白质组学和单细胞RNA测序技术，揭示了类风湿性关节炎(RA)的分子复杂性，并提出了新的治疗靶点	结合激光捕获显微切割(LCM)与质谱蛋白质组学及单细胞RNA测序技术，首次在空间和蛋白质水平上解析了RA滑膜组织的异质性	研究样本量有限，且仅针对滑膜组织进行分析，未考虑其他可能受影响的组织	深入理解RA的分子机制并发现新的治疗靶点	类风湿性关节炎患者的滑膜组织	生物医学研究	类风湿性关节炎	激光捕获显微切割(LCM)、质谱蛋白质组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但包括患病和健康对照的滑膜组织样本
217	2025-06-26	Human airway epithelial B-cell activating factor is reduced in early life but is virally induced via JAK/STAT 2025-May-21, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.04.034 PMID:40409377	研究论文	研究人类气道B细胞在早期生命中的发育动态及其与气道上皮细胞的相互作用，特别是在病毒感染时的BAFF产生机制	揭示了BAFF/BAFF受体轴在早期生命B细胞成熟和存活中的关键作用，以及病毒通过JAK/STAT信号诱导BAFF产生的机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，需要更多体内实验验证	理解早期生命气道免疫发育动态及其对病毒感染的响应机制	人类气道B细胞和气道上皮细胞	免疫学	呼吸道病毒感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同年龄组的儿科样本（婴儿<12个月和较大儿童）
218	2025-06-26	HMG Box-containing Protein 1 (HBP1) Protects Against Pancreatic Injury in Acute Pancreatitis but Promotes Neoplastic Progression 2025-May-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101536 PMID:40404099	研究论文	本研究探讨了HMG盒包含蛋白1（HBP1）在急性胰腺炎（AP）和胰腺导管腺癌（PDAC）早期进展中的双重作用	揭示了HBP1在胰腺炎中保护胰腺免受炎症损伤，但在致癌KRAS存在下促进胰腺上皮内瘤变（PanIN）进展的双重功能	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证相对有限	阐明HBP1在胰腺炎发生发展和胰腺肿瘤早期进展中的分子机制	人类胰腺炎样本、小鼠急性胰腺炎模型、胰腺特异性HBP1敲除小鼠、致癌KRAS突变小鼠、人胰腺导管上皮细胞	分子病理学	胰腺癌	空间转录组学、多重蛋白检测、组织学分析、免疫染色	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织病理学图像	人类慢性胰腺炎样本、小鼠模型、体外培养细胞
219	2025-06-26	Calbindin 2 as a Novel Biomarker and Therapeutic Target for Abdominal Aortic Aneurysm: Integrative Analysis of Human Proteomes and Genetics 2025-May-06, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.039195 PMID:40314374	研究论文	本研究通过整合人类蛋白质组和遗传学数据，发现CALB2作为腹主动脉瘤的新型生物标志物和治疗靶点	首次将CALB2与腹主动脉瘤的发病机制联系起来，并验证了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床试验尚未进行	寻找腹主动脉瘤的新型生物标志物和治疗靶点	腹主动脉瘤患者和小鼠模型	生物医学研究	腹主动脉瘤	蛋白质组范围孟德尔随机化、遗传相关性分析、共定位分析、RNA测序、单细胞/单核RNA测序、空间转录组学	载脂蛋白E缺陷小鼠模型	蛋白质组数据、遗传数据、RNA测序数据	NA
220	2025-06-26	Candidate Biomarkers for Hard-to-Heal Wounds Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Wound Fluid in Murine Wound Models 2025 May-Jun, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.70038 PMID:40444294	研究论文	通过小鼠伤口模型中的伤口液单细胞RNA测序，揭示了难愈性伤口的候选生物标志物	首次使用伤口液中的细胞进行单细胞RNA测序，探索不同病理延迟伤口模型中的共同基因表达模式	研究仅基于小鼠模型，结果尚未在临床环境中验证	探索不依赖于单一病理的难愈性伤口治疗靶点	小鼠伤口模型中的伤口液细胞	数字病理	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	三种代表性延迟伤口模型(老年、糖尿病和脂多糖诱导的炎症伤口模型)与正常年轻小鼠的比较