单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-05-12	Single-cell and bulk transcriptome sequencing identifies circadian rhythm disruption and cluster-specific clinical insights in colorectal tumorigenesis 2025-May-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02521-3 PMID:40338428	research paper	该研究通过单细胞和批量转录组测序，探讨了结直肠癌（CRC）中昼夜节律（CR）的失调，并构建了CR亚型分类器，分析了不同CR簇的预后意义、肿瘤微环境状态及对免疫检查点阻断（ICB）治疗的反应	首次在CRC中构建了CR亚型分类器和CR评分系统（CRS），揭示了CR基因与CRC预后之间的潜在联系，并识别了影响CRC预后的潜在靶基因	研究样本量有限，且未进行实验验证CR基因与CRC预后的直接因果关系	探讨昼夜节律失调在结直肠癌发生发展中的作用，并开发基于CR相关基因的预后模型	结直肠癌患者及其肿瘤组织	digital pathology	colorectal cancer	bulk and single-cell RNA sequencing	machine learning	RNA-seq data	未明确提及具体样本数量，但涉及CRC患者和正常组织的转录组数据
202	2025-05-12	Isoform-resolution single-cell RNA sequencing reveals the transcriptional panorama of adult Baoshan pig testis cells 2025-May-08, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11636-4 PMID:40340725	研究论文	本研究通过整合长读长（Nanopore）和短读长（Illumina）单细胞RNA测序技术，对保山猪睾丸细胞进行了转录组分析，揭示了睾丸细胞的异质性和精子发生的分子调控机制	首次在保山猪睾丸中应用长读长和短读长单细胞RNA测序技术，全面解析了睾丸细胞的转录组特征和精子发生的动态过程	研究仅针对保山猪睾丸细胞，结果可能不适用于其他物种或猪的其他品种	解析猪睾丸细胞的异质性和精子发生的分子调控机制	保山猪睾丸细胞	生殖生物学	NA	Nanopore长读长测序, Illumina短读长测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	11,520个单细胞和23,402个基因
203	2025-05-12	Single-cell multi-omics delineates the dynamics of distinct epigenetic codes coordinating mouse gastrulation 2025-May-08, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11619-5 PMID:40340740	研究论文	本研究通过单细胞多组学技术描绘了小鼠原肠胚形成过程中不同表观遗传代码的动态变化	整合scRNA-seq和单细胞ChIP-seq分析揭示了增强子激活与基因表达之间的'时间滞后'过渡模式，并构建了以关键转录因子为中心的基因调控网络	研究仅关注H3K27ac和H3K4me1两种组蛋白修饰，可能忽略了其他重要的表观遗传调控机制	阐明表观遗传重编程在小鼠原肠胚形成过程中的分子协调机制	小鼠胚胎	表观遗传学	先天性疾病	单细胞ChIP-seq, scRNA-seq	NA	表观遗传组数据, 转录组数据	六个连续时间点收集的小鼠胚胎样本
204	2025-05-12	Transcriptome-wide analysis reveals potential roles of CFD and ANGPTL4 in fibroblasts regulating B cell lineage for extracellular matrix-driven clustering and novel avenues for immunotherapy in breast cancer 2025-May-08, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01237-y PMID:40340806	研究论文	通过转录组和基因组数据分析乳腺癌中细胞外基质（ECM）的组成模式及其生物学功能，并探索其对免疫治疗的影响	首次识别了乳腺癌中三种不同的ECM簇，并发现ANGPTL4+和CFD+成纤维细胞通过不同信号通路调控B细胞谱系，为免疫治疗提供了新的生物标志物	研究主要依赖公共数据库数据，缺乏实验验证	探索乳腺癌中ECM的组成模式及其在肿瘤微环境中的作用，以及其对免疫治疗的影响	乳腺癌患者	数字病理	乳腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序、机器学习	非负矩阵分解（NMF）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）	转录组数据、基因组数据	TCGA数据库中的乳腺癌患者数据，以及10个独立公共队列（共6,736例样本）
205	2025-05-12	Identification of the "Collagen-Macrophage" sub-category of patients with colorectal cancer as an extension of the CMS4 subtype with THBS2 as a therapeutic target 2025-May-08, BMC gastroenterology IF:2.5Q2 DOI:10.1186/s12876-025-03918-8 PMID:40340827	research paper	该研究通过整合结肠癌转录组和单细胞转录组数据集，识别出一类富含'胶原蛋白-TAMs'的结直肠癌患者亚群，称为CM类，并发现CAF衍生的THBS2可作为潜在生物标志物	提出了一种新的结直肠癌患者分类系统CM类，作为传统CMS分类系统的扩展，并发现THBS2作为新的潜在免疫治疗联合靶点	未提及研究样本的具体数量或研究人群的详细信息	提高结直肠癌的分类准确性和治疗效果	结直肠癌患者及其肿瘤微环境	digital pathology	colorectal cancer	转录组测序, 单细胞转录组测序	NA	转录组数据, 单细胞数据	NA
206	2025-05-12	High-throughput strategies for monoclonal antibody screening: advances and challenges 2025-May-08, Journal of biological engineering IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13036-025-00513-z PMID:40340930	综述	本文综述了高通量单克隆抗体筛选策略的最新进展与挑战	介绍了抗体库展示、单B细胞抗体技术和单细胞测序等新技术，显著降低了成本并提高了抗体开发效率	未具体讨论这些新技术在实际应用中可能遇到的具体技术障碍或限制条件	探讨高通量抗体开发的最新进展及其相对于传统方法的潜在优势	单克隆抗体的高通量筛选技术	生物医学工程	NA	抗体库展示、单B细胞抗体技术、单细胞测序	NA	NA	NA
207	2025-05-12	scMINER: a mutual information-based framework for clustering and hidden driver inference from single-cell transcriptomics data 2025-May-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59620-6 PMID:40341143	research paper	介绍了一个基于互信息的框架scMINER，用于单细胞转录组数据的聚类和隐藏驱动因子推断	scMINER在细胞聚类和网络推断方面表现出更高的准确性，能够区分密切相关的细胞群体，并在揭示关键转录因子驱动因子方面优于现有方法	未明确提及具体局限性	解决单细胞转录组数据由于随机性和稀疏性带来的聚类和网络推断挑战	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	互信息框架	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
208	2025-05-12	The cancer stem cells characteristics analysis of LGR5 + cells that influence lung cancer risk by using single cell RNA-seq analysis 2025-May-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00585-3 PMID:40341189	research paper	通过单细胞RNA测序分析LGR5+细胞的癌症干细胞特性，研究其对肺癌风险的影响	首次通过单细胞RNA测序技术识别LGR5+干细胞在肺腺癌进展中的关键作用，并发现其hub基因如HLA-DPB1、CD74、CTSH和HLA-DRB5介导独特的转录状态	研究仅基于公开数据库GSE149655的数据，实验验证部分仅使用了BEAS-2B和A549细胞系，可能无法完全代表临床样本的复杂性	探索肺腺癌中癌症干细胞的特性及其在癌症进展中的作用	肺腺癌(LUAD)中的LGR5+干细胞	digital pathology	lung cancer	single cell RNA-seq, qRT-PCR, western blotting, wound healing, trans-well assays, EdU tests, flow cytometry	NA	RNA-seq数据	GSE149655数据集中的单细胞RNA-seq数据，以及BEAS-2B和A549细胞系
209	2025-05-12	Integrated analysis of MIOX gene in prognosis of clear-cell renal cell carcinoma 2025-May-08, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07698-7 PMID:40341358	研究论文	本研究通过整合分析MIOX基因在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)预后中的作用，揭示了其作为独立预后标志物的潜力	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组分析确定了MIOX在ccRCC中的特异性，并验证了其作为独立预后标志物的价值	研究主要基于TCGA数据库，缺乏外部验证队列	探索铁死亡相关基因对ccRCC患者预后的影响	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者	癌症基因组学	肾癌	scRNA-seq, 空间转录组分析, Lasso回归分析, Kaplan-Meier分析	NA	基因表达数据	TCGA数据库中的ccRCC样本与正常组织样本
210	2025-05-12	Single-Cell Transcriptome Reveals the Cellular Response to PEG-Induced Stress in Wheat Leaves 2025-May-07, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c12749 PMID:40287963	研究论文	通过单细胞转录组分析研究小麦叶片在PEG诱导胁迫下的细胞响应机制	首次构建小麦叶片细胞图谱，并揭示不同类型细胞在干旱胁迫下的异质性响应机制	研究仅基于PEG模拟的干旱胁迫，未涉及真实田间干旱条件	探究小麦在干旱胁迫下的细胞水平响应机制	抗旱和易旱小麦幼苗的叶片细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	抗旱和易旱小麦幼苗叶片细胞
211	2025-05-12	Angiotensin-Converting Enzyme-Dependent Intrarenal Angiotensin II Contributes to CTP: Phosphoethanolamine Cytidylyltransferase Downregulation, Mitochondrial Membranous Disruption, and Reactive Oxygen Species Overgeneration in Diabetic Tubulopathy 2025-May, Antioxidants & redox signaling IF:5.9Q1 DOI:10.1089/ars.2024.0637 PMID:39495586	research paper	本研究探讨了血管紧张素转换酶（ACE）依赖的肾内血管紧张素II（AngII）在糖尿病肾小管病变（DT）中对线粒体膜破坏和活性氧（ROS）过度生成的贡献	揭示了ACE依赖的肾内AngII通过下调CTP:磷酸乙醇胺胞苷酰转移酶（PCYT2）导致线粒体膜破坏和ROS过度生成的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究ACE依赖的肾内AngII在糖尿病肾小管损伤中的作用机制	糖尿病小鼠模型和肾小管细胞	糖尿病肾病研究	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	小鼠糖尿病模型	实验数据	未明确说明样本数量，使用高脂饮食/链脲佐菌素诱导的2型糖尿病小鼠
212	2025-05-12	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals an Aggressive Basal-Like Tumor Cell Subpopulation Associated With Poor Prognosis in Intrahepatic Cholangiocarcinoma 2025-May, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16915 PMID:39993788	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肝内胆管癌中与不良预后相关的侵袭性基底样肿瘤细胞亚群	首次在肝内胆管癌中鉴定出一个表达基底上皮相关基因的基底样肿瘤细胞亚群，并揭示了其通过HGF-MET轴与炎症性癌症相关成纤维细胞的相互作用机制	样本量相对较小（26个肿瘤样本），且需要进一步的功能实验验证	解析肝内胆管癌的肿瘤异质性并寻找新的治疗靶点	肝内胆管癌患者的肿瘤组织和肿瘤微环境	癌症基因组学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组测序、免疫组化染色、多重免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、bulk RNA-seq数据	23名患者的26个肿瘤样本（scRNA-seq），6名患者的6个肿瘤切片（空间转录组）
213	2025-05-12	Single-Cell RNA Sequencing in Incontinentia Pigmenti With Neonatal Encephalopathy Reveals Broad Immune Activation Moderated by Steroids 2025-May, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200358 PMID:40020213	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了色素失禁症（IP）伴新生儿脑病患者的细胞特异性基因表达，以及类固醇治疗对免疫激活的影响	首次在IP伴新生儿脑病患者中应用单细胞RNA测序技术，揭示了类固醇治疗对广泛免疫激活的调节作用	样本量小（n=1），结果可能不具有广泛代表性	探究IP伴新生儿脑病的发病机制及类固醇治疗的作用机制	一名IP伴新生儿脑病患者和一名性别匹配的健康幼儿对照	digital pathology	geriatric disease	scRNAseq, HIVE single-cell system	NA	RNA sequencing data	20,411个细胞（来自1名IP患者治疗前后和1名健康对照）
214	2025-05-12	Centromere protein U mediates the ubiquitination and degradation of RPS3 to facilitate temozolomide resistance in glioblastoma 2025-May, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2025.101214 PMID:40023134	研究论文	本研究揭示了CENPU通过介导RPS3的泛素化和降解促进胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药的新机制	首次发现CENPU通过TRIM5α介导RPS3的K214位点多聚泛素化降解，进而激活ERK1/2通路促进DNA损伤修复，导致TMZ耐药	研究主要基于体外器官样模型和小鼠模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药的分子机制并寻找新的治疗靶点	胶质母细胞瘤器官样模型、小鼠模型和患者样本	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	转录组测序、免疫组化、单细胞测序、免疫共沉淀、质谱分析	器官样模型、小鼠颅内/皮下移植瘤模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据、组织病理图像	患者来源的GBM器官样模型和动物模型（具体数量未明确说明）
215	2025-05-12	Hydrogen sulfide improves depression-like behaviors in CUMS-induced mice by regulating autophagy 2025-May, Psychoneuroendocrinology IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.psyneuen.2025.107418 PMID:40023886	研究论文	本研究探讨了硫化氢通过调节自噬改善CUMS诱导小鼠抑郁样行为的机制	首次揭示了硫化氢通过激活PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制自噬并改善突触可塑性损伤的抗抑郁机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探究硫化氢的抗抑郁作用机制及其治疗潜力	慢性不可预测温和应激(CUMS)诱导的抑郁模型小鼠	神经科学	抑郁症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 孟德尔随机化(MR)分析	动物模型	蛋白质表达数据, 行为学数据	CUMS诱导的抑郁模型小鼠
216	2025-05-12	Xin-Fu-Kang oral liquid mitigates chronic heart failure through NR4A1-Dependent regulation of endoplasmic reticulum-mitochondrial crosstalk in Cardiomyocytes 2025-May, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156467 PMID:40036990	研究论文	本研究探讨了心复康口服液通过调节心肌细胞中NR4A1依赖的内质网-线粒体交互作用来缓解慢性心力衰竭的机制	揭示了心复康口服液通过NR4A1依赖的机制调节内质网-线粒体交互作用，从而改善线粒体功能和减少细胞凋亡的新药理作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行人体临床试验	探究心复康口服液治疗慢性心力衰竭的分子机制	心肌细胞和小鼠慢性心力衰竭模型	心血管疾病研究	慢性心力衰竭	单细胞测序(scRNA-seq)、UPLC-QE MS、分子对接	小鼠横向主动脉缩窄(TAC)模型和体外苯肾上腺素诱导的心脏压力超负荷模型	基因表达数据、代谢组学数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和体外培养的H9C2细胞
217	2025-05-12	The Hypoxia-Associated High-Risk Cell Subpopulation Distinctly Enhances the Progression of Glioma 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416231 PMID:40047299	研究论文	本研究通过单细胞测序技术识别了一个与胶质瘤进展相关的独特细胞亚群，并探讨了其在胶质瘤从低级别向高级别转化中的作用	首次聚焦于低级别胶质瘤(LGG)起源的高风险细胞亚群，发现CDC20KIF20APTTG1标记的细胞亚群与胶质瘤进展密切相关	研究主要基于体外和动物实验，临床转化应用仍需进一步验证	探究胶质瘤从低级别向高级别转化的关键细胞亚群及其治疗策略	低级别胶质瘤(LGG)和胶质母细胞瘤(GBM)	肿瘤生物学	胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和多重免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据	多个队列的低级别胶质瘤样本
218	2025-05-12	Single-cell RNA-seq reveals the immune response of Co-infection with streptococcus pneumoniae after influenza A virus by a lung-on-chip: The molecular structure and mechanism of tight junction protein ZO-1 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141815 PMID:40057081	研究论文	本研究利用人肺芯片模型和单细胞RNA测序技术，探讨了甲型流感病毒和肺炎链球菌共感染对肺部免疫反应的影响，重点关注紧密连接蛋白ZO-1的分子结构及作用机制	首次结合人肺芯片模型和单细胞RNA测序技术研究共感染的免疫反应，揭示了ZO-1蛋白在维持肺屏障完整性中的关键作用	研究仅使用体外模型，可能无法完全模拟体内复杂的免疫环境	探究甲型流感病毒和肺炎链球菌共感染对肺部免疫反应的影响机制	人肺芯片模型中的肺细胞和免疫细胞	数字病理学	肺炎	单细胞RNA测序、多重微球免疫分析	人肺芯片模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明样本数量
219	2025-05-12	CO-Releasing Polyoxometalates Nanozyme with Gut Mucosal Immunity and Microbiota Homeostasis Remodeling Effects for Restoring Intestinal Barrier Integrity 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500116 PMID:40079617	研究论文	本研究介绍了一种释放CO的多金属氧酸盐纳米酶（PMC），用于修复炎症性肠病（IBD）中的肠道屏障完整性	PMC通过协调五羰基锰溴化物与钼基POM纳米簇合成，具有靶向积累、高效清除活性氧（ROS）和响应性CO释放的多重治疗效果	NA	开发一种多功能治疗剂，用于修复IBD中的肠道屏障完整性	炎症性肠病（IBD）患者	纳米医学	炎症性肠病	16S rRNA测序、单细胞RNA测序	NA	测序数据	NA
220	2025-05-12	CCL20/CXCL5 Drives Crosstalk Between Anaplastic Thyroid Cancer Stem Cells and Tumor-Associated Macrophages to Promote Tumor Progression 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405399 PMID:40091357	研究论文	探讨肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与未分化甲状腺癌干细胞（ATCSCs）之间的相互作用及其在肿瘤进展中的作用	揭示了CCL20/CXCL5轴在TAMs与ATCSCs之间的关键作用及其通过IRAK-1/NF-κB1/2信号通路调控肿瘤干细胞特性的机制	研究主要基于体外实验和异种移植模型，临床样本验证不足	阐明TAMs与ATCSCs之间的互作机制及其对肿瘤微环境的调控作用	未分化甲状腺癌（ATC）中的肿瘤相关巨噬细胞和癌症干细胞	肿瘤生物学	甲状腺癌	单细胞RNA测序、细胞因子/趋化因子阵列、蛋白质组学、mRNA表达数据集分析	异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，但使用了THP-1-M2细胞和ATCSCs