单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 28289 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-05-28 |
Integrating single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq data to explore the key role of fatty acid metabolism in hepatocellular carcinoma
2025-01-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85506-0
PMID:39814999
|
research paper | 该研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探索脂肪酸代谢在肝细胞癌（HCC）中的关键作用 | 首次结合单细胞RNA测序和WGCNA分析，识别出与HCC预后相关的脂质代谢基因，并发现PTGES3作为核心基因与免疫细胞浸润及不良预后相关 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据 | 探索脂质代谢在肝细胞癌进展中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力 | 肝细胞癌（HCC）患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 分子对接 | NA | RNA测序数据, 临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的HCC患者转录组和临床数据集 |
| 202 | 2025-05-28 |
Multimodal screen identifies noise-regulatory proteins
2025-01-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.015
PMID:39406240
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序、蛋白质组学和调控因子富集分析，识别出32个潜在的噪声调控蛋白，并发现SON蛋白能在不改变平均表达水平的情况下调控转录噪声 | 首次发现一类能够独立于平均表达水平调控基因表达噪声的蛋白质，特别是SON蛋白的噪声调控功能及其对细胞命运选择的影响 | 研究仅在小鼠胚胎干细胞中验证了SON蛋白的功能，尚未在其他细胞类型或生物体中广泛验证 | 探索是否存在能够独立于平均表达水平调控基因表达噪声的蛋白质或通路 | 基因表达噪声调控蛋白，特别是SON蛋白 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、调控因子富集分析、长读长RNA测序、总RNA测序 | NA | RNA测序数据、蛋白质组数据 | NA |
| 203 | 2025-05-28 |
Refining breast cancer genetic risk and biology through multi-ancestry fine-mapping analyses of 192 risk regions
2025-Jan, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-02031-y
PMID:39753771
|
research paper | 通过多祖先精细定位分析192个风险区域，优化乳腺癌遗传风险和生物学理解 | 识别了332个独立的乳腺癌风险关联信号，包括131个先前未报告的信号，并将50个信号的潜在因果变异缩小到单个变异 | 虽然识别了大量关联信号和候选易感基因，但大多数因果变异和目标基因仍未知 | 优化乳腺癌遗传风险和生物学理解 | 172,737名女性乳腺癌病例和242,009名对照的基因组关联研究数据 | 基因组学 | 乳腺癌 | 基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、体外实验 | NA | 基因组数据 | 172,737名女性乳腺癌病例和242,009名对照 |
| 204 | 2025-05-28 |
scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data
2025, BMC methods
DOI:10.1186/s44330-025-00029-4
PMID:40401145
|
research paper | 介绍了一种名为scAI-SNP的工具，用于直接从单细胞基因组数据推断祖先信息 | 开发了scAI-SNP工具，能够直接从单细胞数据中推断祖先，解决了自我报告种族和民族信息的偏差和不可用性问题 | NA | 确保单细胞图谱能够代表人类遗传多样性，通过推断数据捐赠者的祖先信息 | 单细胞基因组数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | 单细胞基因组数据 | 3201名来自26个种群群体的个体 |
| 205 | 2025-05-28 |
Bulk and single-cell RNA sequencing identify prognostic signatures related to FGFBP2+ NK cell in hepatocellular carcinoma
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19337
PMID:40416605
|
research paper | 本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别了与FGFBP2+ NK细胞相关的肝细胞癌（HCC）预后标志物 | 首次利用单细胞RNA测序技术分析FGFBP2+ NK细胞在HCC中的异质性及其与预后的关系，并构建了RiskScore模型 | 研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏独立队列验证 | 识别与FGFBP2+ NK细胞相关的HCC预后标志物，探索其作为潜在治疗靶点的可能性 | 肝细胞癌（HCC）组织和FGFBP2+ NK细胞 | digital pathology | liver cancer | bulk RNA-seq, scRNA-seq | RiskScore model | RNA sequencing data | 未明确说明样本数量，数据来源于公共数据库 |
| 206 | 2025-05-28 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal correlation between RNA methylation-related miRNA risk model and immune infiltration in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1553239
PMID:40416872
|
research paper | 该研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了RNA甲基化相关miRNA风险模型与肝细胞癌免疫浸润之间的相关性 | 首次构建了基于RNA甲基化相关miRNAs（RMRMs）的风险评分模型，并发现其与HCC免疫微环境的相关性 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验 | 探索RNA甲基化相关miRNAs在肝细胞癌免疫微环境中的作用及其预后预测价值 | 肝细胞癌（HCC）患者样本和Huh-7细胞系 | digital pathology | liver cancer | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、miRNA测序 | machine learning | RNA-seq数据、单细胞数据、空间转录组数据 | 未明确说明患者样本量（包含高风险和低风险组），体外实验使用Huh-7细胞系 |
| 207 | 2025-05-28 |
Uncovering key regulatory pathways and prognostic biomarkers in the tumor microenvironment of high-grade serous ovarian cancer through single-cell RNA sequencing and experimental validation
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1591430
PMID:40416874
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和实验验证，揭示了高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中的关键调控通路和预后生物标志物 | 发现了PTN信号通路作为潜在治疗靶点，并确定SDC4作为预后不良的生物标志物 | 需要进一步研究以全面阐明SDC4在卵巢癌进展中的功能作用 | 识别高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中的新型调控靶点和信号通路 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR、Western blotting | NA | RNA测序数据、临床数据 | GSE146026数据集中的HGSOC样本、TCGA数据集、OVCAR3和SKOV3卵巢癌细胞系 |
| 208 | 2025-05-28 |
Acetylcholine from tuft cells promotes M2 macrophages polarization in Hirschsprung-associated enterocolitis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1559966
PMID:40416975
|
研究论文 | 本研究探讨了乙酰胆碱（ACH）在先天性巨结肠相关肠炎（HAEC）中的抗炎机制及其来源 | 首次发现tuft细胞分泌的ACH通过促进M2巨噬细胞极化在HAEC中发挥抗炎作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证 | 探索ACH在HAEC中的抗炎机制，为HAEC的防治提供新方向 | 先天性巨结肠相关肠炎（HAEC） | 医学研究 | 先天性巨结肠 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq）、免疫荧光、Western blot、RT-qPCR、ELISA、类器官培养 | Ednrb-/-小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据 | 未明确说明样本数量，使用Ednrb-/-小鼠和体外培养的类器官 |
| 209 | 2025-05-28 |
Single-cell transcriptomic analysis identifies a stress response Schwann cell subtype
2025, Open medicine (Warsaw, Poland)
DOI:10.1515/med-2025-1186
PMID:40417312
|
research paper | 通过单细胞转录组学分析，鉴定出一种与压力感知相关的雪旺细胞亚型（SRSCs），并揭示其在周围神经损伤修复中的关键作用 | 首次发现并命名了一种新的雪旺细胞亚型（SRSCs），揭示了其在压力感知和神经损伤修复中的独特功能 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究雪旺细胞在周围神经系统中的异质性及其在神经损伤修复中的作用 | 正常和脊髓神经损伤小鼠模型的背根神经节中的雪旺细胞 | 单细胞转录组学 | 周围神经疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠背根神经节细胞 |
| 210 | 2025-05-28 |
Integration of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing to Identify RNA Modifications-Related Prognostic Signature in Ovarian Cancer
2025, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S523878
PMID:40417417
|
研究论文 | 通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别与RNA修饰相关的卵巢癌预后特征基因 | 首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别与RNA修饰相关的卵巢癌预后基因，并构建风险预测模型 | 研究依赖于公共数据库的数据，未进行独立队列验证 | 识别和验证与RNA修饰相关的卵巢癌预后基因 | 卵巢癌患者 | 数字病理 | 卵巢癌 | RNA测序（包括批量RNA测序和单细胞RNA测序），RT-qPCR | LASSO回归 | RNA测序数据 | 公共数据库中的卵巢癌患者RNA测序数据 |
| 211 | 2025-05-28 |
Association of High Tumor-Stroma Ratio with Prostate Cancer Progression: Insights from Clinical and Genomic Data
2025, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S515066
PMID:40417419
|
研究论文 | 本研究探讨了肿瘤间质比例（TSR）在前列腺癌中的预后价值，并通过临床病理数据和RNA测序技术探索了肿瘤-间质相互作用及潜在治疗靶点 | 首次系统评估TSR在前列腺癌中的预后意义，发现间质细胞相关基因BGN可作为潜在治疗靶点，并预测了针对高TSR患者的抗癌药物靶点 | 研究采用回顾性设计，需要前瞻性验证 | 评估肿瘤间质比例在前列腺癌中的预后价值并探索肿瘤-间质相互作用机制 | 前列腺腺癌患者（两个队列：TCGA队列453例和LUSH队列320例） | 数字病理学 | 前列腺癌 | bulk/single-cell RNA测序、数字图像分析、定量实时PCR、体外实验和体内异种移植实验 | 多变量Cox回归 | 临床病理数据、RNA测序数据、图像数据 | 773例前列腺癌患者（TCGA 453例 + LUSH 320例） |
| 212 | 2025-05-28 |
Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals increased arachidonic acid metabolism in osteoarthritic chondrocytes
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1552029
PMID:40417665
|
research paper | 通过整合分析大量和单细胞RNA测序数据，揭示了骨关节炎软骨细胞中花生四烯酸代谢的增加 | 首次揭示了MIF刺激软骨细胞通过激活ERK/PLA2G4A信号通路增加花生四烯酸产生的机制 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证样本量有限 | 探究骨关节炎中软骨细胞的代谢调控机制 | 人类膝关节软骨细胞 | digital pathology | osteoarthritis | RNA-seq, scRNA-seq, GSVA, WGCNA, qPCR, WB, ELISA, IHC | NA | RNA sequencing data, protein expression data | 公共数据库数据及OA患者软骨样本 |
| 213 | 2025-05-28 |
Near-infrared fluorescent nanoprobe enables noninvasive, longitudinal monitoring of graft outcome in RPE transplantation
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1583790
PMID:40417666
|
研究论文 | 开发了一种近红外荧光纳米探针，用于无创、长期监测视网膜色素上皮细胞移植后的移植效果和免疫排斥反应 | 利用近红外荧光纳米探针标记供体RPE细胞，实现了移植细胞在体内的长期追踪和免疫排斥反应的评估 | 纳米探针信号强度随时间减弱，且信号分布扩展至脉络膜，可能影响长期监测的准确性 | 开发一种简单有效的方法，用于定量评估RPE细胞移植的治疗效果和免疫排斥反应 | 视网膜色素上皮细胞（RPE）移植和免疫排斥反应 | 生物医学工程 | 视网膜退行性疾病 | 近红外荧光成像、免疫荧光染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 荧光信号图像、RNA测序数据 | 小鼠模型 |
| 214 | 2025-05-28 |
Potential Role of CD99 Signaling Pathway in Schwann Cell Dysfunction in Diabetic Foot Ulcers Based on Single-Cell Transcriptome Analysis
2025, Journal of diabetes research
IF:3.6Q2
DOI:10.1155/jdr/9935400
PMID:40420926
|
research paper | 该研究通过单细胞转录组分析探讨了CD99信号通路在糖尿病足溃疡中雪旺细胞功能障碍中的潜在作用 | 首次揭示了CD99信号通路在糖尿病足溃疡非愈合组中的上调及其在雪旺细胞功能障碍中的关键作用 | 研究结果主要基于生物信息学分析和小鼠模型验证，尚未在人体临床试验中得到证实 | 探究糖尿病足溃疡中雪旺细胞功能障碍的分子机制 | 糖尿病足溃疡患者的足部皮肤样本和小鼠伤口模型 | digital pathology | diabetic foot ulcers | scRNA-seq | NA | gene expression data | 覆盖非糖尿病患者、无DFU糖尿病患者、DFU愈合者和DFU非愈合者的足部皮肤样本 |
| 215 | 2025-05-28 |
Exploring shared pathogenic mechanisms and biomarkers in hepatic fibrosis and inflammatory bowel disease through bioinformatics and machine learning
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1533246
PMID:40421012
|
研究论文 | 通过生物信息学和机器学习探索肝纤维化和炎症性肠病的共同致病机制和生物标志物 | 确定了肝纤维化和炎症性肠病的共同生物标志物，并揭示了它们在免疫、代谢和纤维化方面的相似性 | 当前在识别共病病例的共同生物标志物方面存在限制，阻碍了早期双重诊断和治疗干预 | 探索肝纤维化和炎症性肠病的共同致病机制和生物标志物 | 肝纤维化和炎症性肠病的基因表达数据和免疫细胞浸润情况 | 生物信息学 | 肝纤维化和炎症性肠病 | WGCNA, PPI网络, 机器学习算法, CIBERSORT算法, 单细胞测序分析 | 逻辑回归模型 | 基因表达数据 | NA |
| 216 | 2025-05-28 |
Single-cell atlas of endothelial cells in atherosclerosis: identifying C1 CXCL12+ ECs as key proliferative drivers for immunological precision therapeutics in atherosclerosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1569988
PMID:40421026
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术绘制了动脉粥样硬化中内皮细胞的图谱，并鉴定了C1 CXCL12+ ECs作为疾病进展的关键驱动因素 | 首次在单细胞水平上全面描绘了动脉粥样硬化中内皮细胞的异质性，并鉴定了C1 CXCL12+ ECs这一关键亚群及其在疾病进展中的作用 | 研究主要基于体外实验验证，需要进一步的体内实验和临床研究来验证这些发现 | 探索动脉粥样硬化中内皮细胞的异质性及其在疾病进展中的作用 | 动脉粥样硬化中的内皮细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 |
| 217 | 2025-05-28 |
Investigation of the Significance of Blood Signatures on Sepsis-Induced Acute Lung Injury in Sepsis Within 24 Hours
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/5684300
PMID:40421173
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学和机器学习方法，探讨了脓毒症患者外周全血中生物标志物对脓毒症诱导的急性肺损伤（ALI）的影响 | 首次利用机器学习算法识别了脓毒症相关的关键基因，并验证了SLPI作为脓毒症发病24小时内的重要生物标志物及其在ALI中的作用 | 研究主要基于公开数据集和动物实验，临床样本验证不足 | 探索脓毒症诱导急性肺损伤的早期血液生物标志物 | 脓毒症患者外周全血样本和脓毒症诱导ALI动物模型 | 生物信息学 | 脓毒症/急性肺损伤 | scRNA-seq, CIBERSORT, 机器学习 | 多种机器学习算法 | 基因表达数据 | GSE54514数据集（611个差异表达基因）和GSE95233数据集（1150个差异表达基因） |
| 218 | 2025-05-28 |
Single-cell transcriptomics and machine learning unveil ferroptosis features in tumor-associated macrophages: Prognostic model and therapeutic strategies for lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1598756
PMID:40421217
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和机器学习揭示了肿瘤相关巨噬细胞中铁死亡的特性，并构建了肺腺癌的预后风险模型 | 首次基于巨噬细胞铁死亡相关基因（HLF、HPCAL1、NUPR1）构建了肺腺癌预后模型，揭示了高风险组的免疫微环境特征和药物敏感性差异 | 研究依赖于公开数据集，未进行大规模独立队列验证 | 筛选巨噬细胞中铁死亡相关基因并构建肺腺癌预后风险模型 | 肺腺癌（LUAD）肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs） | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞转录组学、Western blot分析 | Cox回归风险模型（结合LASSO、SVM、XGBoost等8种机器学习算法） | 基因表达数据 | 整合TCGA-LUAD、GSE131907和GSE13213数据集 |
| 219 | 2025-05-28 |
Deciphering Intercellular Communication of the Immune Landscape within Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease Microenvironment at Single-Cell Resolution
2025 Jan-Dec, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.1159/000545663
PMID:40421435
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据解析了常染色体显性多囊肾病（ADPKD）微环境中免疫景观的细胞间通讯 | 首次在单细胞分辨率下揭示了ADPKD微环境中单核吞噬细胞、T细胞和成纤维细胞的复杂互作网络，并发现特定巨噬细胞亚群通过IL-10信号驱动囊肿细胞增殖 | 样本量相对较小（7例ADPKD和3例健康肾脏样本），且仅基于转录组数据未进行功能验证 | 解析ADPKD微环境中的关键细胞类型及其相互作用机制 | ADPKD患者和健康人的肾脏组织样本 | 单细胞组学 | 常染色体显性多囊肾病 | 单细胞转录组测序、CellChat细胞通讯分析、VISION通路富集分析、pySCENIC调控网络分析、Monocle V3伪时序分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 7例ADPKD患者和3例健康人的肾脏样本 |
| 220 | 2025-05-28 |
Ligand-receptor dynamics in heterophily-aware graph neural networks for enhanced cell type prediction from single-cell RNA-seq data
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1547231
PMID:40421418
|
研究论文 | 本文探讨了图神经网络（GNNs）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的应用，特别关注异质性感知的GNN模型以提高细胞类型预测的准确性 | 通过从LIANA提取配体-受体（L-R）关联并构建基于L-R信息的细胞-细胞关联网络，增强了细胞通讯通路的生物相关性和准确性，同时探索了专门处理异质性数据的先进图神经网络方法 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型预测的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Graph Convolutional Networks (GCN), GraphSAGE, Graph Attention Networks (GAT), MixHop, Gated Bi-Kernel GNNs (GBK-GNN) | 基因表达谱和配体-受体相互作用数据 | 六个不同的数据集 |