单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-05-17	Endoluminal Biopsy for Vein of Galen Malformation 2024-Nov-01, Neurosurgery IF:3.9Q1 DOI:10.1227/neu.0000000000002986 PMID:38747605	研究论文	本研究探讨了使用腔内组织取样（ETS）对Galen静脉畸形（VOGM）进行原位分析的可行性及其在理解VOGM遗传学、发病机制和维护方面的潜在价值	首次应用ETS技术对VOGM病变进行原位分析，结合单细胞RNA测序技术，揭示了VOGM内皮细胞的转录组特征	样本量较小（6名患者），且未进行DNA测序以评估体细胞和第二击突变	开发VOGM的分子遗传学分类方案，并为个性化药物治疗或基因治疗提供依据	Galen静脉畸形（VOGM）患者及其家族成员	数字病理	脑血管疾病	单细胞RNA测序，腔内组织取样（ETS）	NA	RNA测序数据	6名患者，共进行10次ETS操作
202	2025-05-17	Integrated transcriptomics of human blood vessels defines a spatially controlled niche for early mesenchymal progenitor cells 2024-10-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.06.015 PMID:39025061	研究论文	通过空间和单细胞转录组学，研究人类血管壁中外膜间充质祖细胞的表型、潜力和微解剖分布	首次详细研究了人类血管外膜干细胞生态位，并发现CD201高表达的原始细胞在间充质祖细胞层级中的关键作用	研究主要关注血管外膜中的间充质祖细胞，可能未涵盖其他潜在的重要细胞类型或机制	解析人类血管壁中祖细胞的分布和功能，为细胞治疗提供理论基础	人类血管壁中的间充质祖细胞	单细胞转录组学	NA	空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类和小鼠的血管组织
203	2025-05-17	A spatiotemporal molecular atlas of mouse spinal cord injury identifies a distinct astrocyte subpopulation and therapeutic potential of IGFBP2 2024-10-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.06.016 PMID:39029468	research paper	该研究通过解析小鼠脊髓损伤后的时空分子图谱，发现了一类表达Igfbp2的星形胶质细胞亚群，并探讨了IGFBP2的治疗潜力	识别了一类新的星形胶质细胞亚群Astro-GMii，并揭示了IGFBP2在促进神经元修复和功能恢复中的新作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	解析脊髓损伤后的分子和细胞变化，探索潜在的治疗靶点	小鼠脊髓损伤模型	分子生物学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、空间数据分析	NA	基因表达数据、空间数据	NA
204	2025-05-17	Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.19.558457 PMID:37786690	research paper	研究发现人类癌症中桥粒基因频繁发生遗传变异，尤其在皮肤黑色素瘤中突变率超过70%，并探讨了这些突变如何通过影响肿瘤微环境促进黑色素瘤增殖	首次揭示了桥粒基因突变在黑色素瘤中的高频率发生及其通过微环境调控促进肿瘤增殖的新机制	研究主要关注原发性黑色素瘤，未深入探讨转移性黑色素瘤中桥粒突变的影响	探究桥粒基因突变在肿瘤微环境中的作用及其对黑色素瘤增殖的影响	人类黑色素瘤样本及角质形成细胞	肿瘤生物学	黑色素瘤	空间转录组学、蛋白质免疫荧光技术、共培养实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但涉及原发性黑色素瘤活检样本及体外共培养体系
205	2025-05-17	TREM2 macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH 2024-Sep-18, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001098 PMID:39292863	研究论文	该研究探讨了减肥手术通过TREM2+巨噬细胞改善代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)的机制	揭示了减肥手术通过TREM2+巨噬细胞的免疫调节机制改善MASH，而非仅通过营养限制和吸收不良	研究基于小鼠模型，人类临床相关性尚需验证	阐明减肥手术改善MASH的免疫调节机制	肥胖和代谢综合征患者	免疫代谢	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
206	2025-05-17	HKDC1 promotes liver cancer stemness under hypoxia through stabilizing β-catenin 2024-Sep-06, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001085 PMID:39250463	研究论文	本文研究了HKDC1在缺氧条件下通过稳定β-连环蛋白促进肝癌干细胞特性的机制	发现HKDC1在肝癌转移中的特异性作用及其通过稳定β-连环蛋白增强肝癌细胞干性的分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探究HKDC1在肝癌转移中的特异性作用及其分子机制	肝癌细胞、肝癌小鼠模型和肝癌患者肿瘤组织	肿瘤生物学	肝癌	RNA原位杂交、单细胞RNA测序、代谢组学分析	小鼠肝癌模型	RNA测序数据、代谢组学数据	来自两种肝癌小鼠模型的肿瘤和类器官，以及HCC和胆管癌患者的肿瘤组织
207	2025-05-17	A single-cell transcriptomic map of the developing Atoh1 lineage identifies neural fate decisions and neuronal diversity in the hindbrain 2024-08-19, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.007 PMID:39106860	research paper	该研究通过单细胞转录组测序和ATOH1 DNA结合分析，揭示了小鼠后脑Atoh1谱系神经元在发育过程中的命运决定和多样性	首次提供了Atoh1谱系神经元的高分辨率转录组图谱，鉴定了特定脑干核的标志物，并发现转录异质性祖细胞需要ATOH1进行正确迁移	研究仅限于小鼠模型，人类相关神经元的验证需要进一步研究	解析Atoh1谱系神经元在发育过程中的分子机制和细胞多样性	小鼠后脑发育过程中的Atoh1谱系神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序，ATOH1 DNA结合分析	NA	转录组数据	小鼠后脑Atoh1谱系神经元
208	2025-05-17	scRNA-seq reveals transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages 2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596468 PMID:38853846	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫的转录动态	首次通过单细胞RNA测序揭示了宿主和寄生虫在感染过程中的转录变化，提供了寄生虫发育的蓝图	研究仅关注了人类巨噬细胞中的感染过程，未涉及其他可能的宿主细胞类型或器官系统	探究微孢子虫在人类巨噬细胞中的感染机制及其发育轨迹	Encephalitozoon intestinalis寄生虫和人类巨噬细胞	基因组学	机会性感染疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及人类巨噬细胞和寄生虫的转录组分析
209	2025-05-17	Inferring B Cell Phylogenies from Paired H and L Chain BCR Sequences with Dowser 2024-May-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300851 PMID:38557795	研究论文	本研究探讨了如何利用配对的H和L链BCR序列推断B细胞系统发育树，并发现整合L链能显著提高树的准确性和可重复性	首次系统评估了配对H和L链序列在B细胞系统发育树构建中的作用，并提出使用最大似然法处理混合数据类型时的优化方案	当部分L链缺失时（如混合单细胞和批量测序数据），许多系统发育方法会估计出显著偏差的分支长度	优化B细胞系统发育树的构建方法	B细胞受体（BCR）的H和L链序列	生物信息学	NA	单细胞测序、批量测序	最大似然法	基因序列数据	NA
210	2025-05-17	Accurate single-molecule spot detection for image-based spatial transcriptomics with weakly supervised deep learning 2024-May-15, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.04.006 PMID:38754367	研究论文	介绍了一种名为Polaris的分析流程，用于基于图像的空间转录组学数据，结合深度学习模型和概率基因解码器来准确量化单细胞基因表达	提出了一种结合深度学习和概率基因解码器的统一解决方案，用于分析多种空间转录组学数据	NA	开发一种自动化的分析流程，用于准确量化单细胞基因表达	基于图像的空间转录组学数据	数字病理学	NA	MERFISH, seqFISH, ISS	深度学习模型	图像	NA
211	2025-05-17	Targeting SCD triggers lipotoxicity of cancer cells and enhances anti-tumor immunity in breast cancer brain metastasis mouse models 2024-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.06.592766 PMID:38766019	研究论文	本研究探讨了靶向SCD酶如何通过触发癌细胞脂毒性并增强抗肿瘤免疫力来治疗乳腺癌脑转移	首次揭示了SCD抑制剂在乳腺癌脑转移模型中通过重塑脂质组、增强抗肿瘤免疫反应及抑制免疫抑制途径的双重作用机制	研究仅限于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	探索SCD抑制剂作为乳腺癌脑转移治疗新策略的有效性	乳腺癌细胞及乳腺癌脑转移小鼠模型	肿瘤代谢与免疫治疗	乳腺癌脑转移	脂质组学分析、qPCR、Western blot、单细胞RNA测序	小鼠脑转移模型	分子生物学数据、单细胞转录组数据	未明确说明样本量（基于小鼠模型研究）
212	2025-05-17	Single-cell RNA sequencing comparison of the human metastatic prostate spine tumor microenvironment 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102805 PMID:38341849	研究论文	本文介绍了一种从手术室到实验室处理前列腺癌患者临床标本的单细胞测序方案	提出了一种针对脊柱转移性前列腺癌患者临床标本的单细胞处理和分析方案	仅针对前列腺癌脊柱转移患者的样本，未涉及其他类型肿瘤	开发用于识别骨性脊柱转移患者预后标志物和治疗靶点的方案	前列腺癌脊柱转移患者的临床标本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，仅提及前列腺癌患者样本
213	2025-05-17	Protocol to study the inheritance and propagation of non-genetically encoded states using barcode decay lineage tracing 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102809 PMID:38180835	研究论文	本文介绍了一种使用条形码衰减谱系追踪技术研究非遗传编码状态继承和传播的协议	开发了BdLT-Seq技术，能够在保持同源性的同时评估克隆进化，并比较同源细胞谱系间的非遗传分子特征	需要参考Shlyakhtina等人的完整细节来执行该协议	研究非遗传编码状态的继承和传播	细胞谱系	分子生物学	NA	BdLT-Seq（条形码衰减谱系追踪结合单细胞转录组分析）	NA	单细胞转录组数据	NA
214	2025-05-17	Spatial Pathomics Toolkit for Quantitative Analysis of Podocyte Nuclei with Histology and Spatial Transcriptomics Data in Renal Pathology 2024-Feb, Proceedings of SPIE--the International Society for Optical Engineering DOI:10.1117/12.3006318 PMID:40375953	research paper	本文介绍了空间病理组学工具包（SPT），用于定量分析肾病理学中的足细胞核与组织学和空间转录组学数据	开发了一个包含实例对象分割、病理组学特征生成和稳健统计分析的综合工具包，用于足细胞核的形态和空间特征分析	未提及具体样本量或数据集的多样性限制	推进肾病理学中的细胞空间病理组学研究	足细胞核	digital pathology	renal disease	spatial transcriptomics	NA	image, spatial transcriptomics data	NA
215	2025-05-17	Hepatic lipid-associated macrophages mediate the beneficial effects of bariatric surgery against MASH 2023-Nov-02, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3446960/v1 PMID:37961666	研究论文	该研究揭示了减肥手术通过肝脏脂质相关巨噬细胞（LAMs）改善代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）的机制	发现减肥手术（VSG）通过TREM2表达的LAMs增强溶酶体活性和抑制炎症，独立于体重减轻改善MASH	研究主要基于小鼠模型，人类中的效果和机制尚需进一步验证	探究减肥手术改善MASH的免疫调节机制	肥胖和代谢综合征患者及小鼠模型	代谢疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
216	2025-05-16	Microglial intervention in ischemic stroke: Roles and intervention strategies 2026-Feb-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01166 PMID:39995094	综述	本文综述了小胶质细胞在缺血性卒中中的双重作用及潜在干预策略	探讨了小胶质细胞动态激活与极化状态对卒中病程的影响，并提出了针对关键通路的实验性治疗策略	未提及具体临床转化障碍或现有干预策略的局限性	阐明小胶质细胞在缺血性卒中中的作用机制并探索干预策略	小胶质细胞及其在缺血性卒中中的功能状态	神经科学	缺血性卒中	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA	NA
217	2025-05-16	Blood-brain barrier disruption and neuroinflammation in the hippocampus of a cardiac arrest porcine model: Single-cell RNA sequencing analysis 2026-Feb-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01269 PMID:40146000	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究心脏骤停猪模型中血脑屏障破坏和神经炎症的细胞和分子机制	首次在心脏骤停后脑损伤中应用单细胞转录组分析，揭示了未被识别的细胞亚群、改变的细胞通讯网络和新的分子机制	研究仅关注了6和24小时两个时间点，可能无法全面反映动态变化过程	探究心脏骤停后脑损伤的细胞和分子机制，寻找神经保护和修复的新靶点	心室颤动诱导心脏骤停的猪模型海马组织	神经科学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Western blotting、qRT-PCR、免疫荧光染色	猪心脏骤停模型	RNA测序数据	心脏骤停后6小时和24小时以及假手术对照组的猪海马组织样本
218	2025-05-16	A single-cell landscape of the regenerating spinal cord of zebrafish 2026-Feb-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01163 PMID:40326988	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了斑马鱼脊髓损伤后不同阶段的细胞群，揭示了脊髓再生的分子和细胞机制	首次在单细胞水平上描绘了斑马鱼脊髓再生过程中的细胞群变化，并揭示了神经元和胶质细胞在再生中的关键作用	研究仅针对斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性尚需验证	探索斑马鱼脊髓再生的分子和细胞机制	斑马鱼脊髓损伤模型	再生医学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
219	2025-05-16	Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials 2025-Sep, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123275 PMID:40138961	研究论文	开发了一种电导性心脏芯片模型，用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子反应	开发了具有电导性的3D心脏芯片模型（eHOC），相比非导电模型，其表现出增强的收缩功能、改善的钙瞬变和心脏相关基因表达的增加	NA	构建一种更接近人体心肌电导特性的体外心脏组织模型，用于药物测试和疾病建模	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）衍生的心肌细胞（hiCMs）和心脏成纤维细胞（hiCFs）	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	3D电导性心脏芯片模型（eHOC）	基因表达数据	NA
220	2025-05-16	PINK1 link mitochondria-ER contacts controls deposition of intramuscular fat in pigs 2025-May-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151672 PMID:40138759	研究论文	本研究探讨了PINK1如何通过调节线粒体-内质网相互作用来调控猪肌肉内脂肪沉积	揭示了PINK1在调控猪肌肉内脂肪沉积中的新作用，特别是其通过线粒体-内质网接触调控脂肪沉积的机制	研究主要基于猪模型，结果在人类或其他动物中的适用性尚不明确	探究PINK1在调控猪肌肉内脂肪沉积中的作用及其分子机制	猪的肌肉内脂肪沉积	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个猪品种的肌肉组织样本