本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-10-05 |
Functional diversity of disorder-specific macrophages involved in various diseases
2025-Oct-01, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-025-00390-5
PMID:41035106
|
综述 | 本文综述了疾病特异性巨噬细胞的功能多样性及其在各种疾病中的作用机制 | 超越传统的M1/M2极化模型,基于单细胞RNA测序技术揭示了疾病特异性巨噬细胞的连续转录状态和功能多样性 | NA | 探讨疾病特异性巨噬细胞的起源、转录调控和空间异质性,及其在疾病进展中的独特作用 | 疾病特异性巨噬细胞亚群 | 免疫学 | 多种疾病(包括结核病、肥胖、神经退行性疾病、非酒精性脂肪性肝炎等) | 单细胞RNA测序,多组学整合分析 | NA | 转录组数据,表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 202 | 2025-10-05 |
Single-cell analysis reveals an important role of CD137L+ macrophages in the host response to uropathogenic Escherichia coli infection in the bladder
2025-Oct, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013543
PMID:41042739
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示CD137L+巨噬细胞在膀胱宿主应对尿路致病性大肠杆菌感染中的关键保护作用 | 首次发现CD137L+巨噬细胞通过调节Tregs在UPEC感染中发挥关键免疫调节作用 | 研究局限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究宿主对尿路致病性大肠杆菌感染的免疫反应机制 | 小鼠膀胱免疫细胞 | 单细胞生物学 | 泌尿系统感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠膀胱组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 203 | 2025-10-05 |
Targeting cell-state plasticity driven by FOXM1/CEBPB axis disrupts developmental heterogeneity and therapeutic resistance in hepatocellular carcinoma
2025-Oct-01, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.09.022
PMID:41043722
|
研究论文 | 本研究揭示了FOXM1/CEBPB轴通过调控细胞状态可塑性驱动肝细胞癌发育异质性和治疗耐药性的机制 | 首次发现FOXM1/CEBPB轴作为主控开关调控肝细胞癌发育异质性,并开发了靶向FOXM1的GalNAc偶联siRNA疗法 | 研究主要基于临床前模型,需要进一步临床验证 | 探索肝细胞癌发育异质性和治疗耐药性的分子机制并开发靶向治疗策略 | 肝细胞癌患者样本、体外和体内模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 自调控网络分析 | NA | 基因表达数据 | 来自肝细胞癌患者的公共数据集和内部样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 204 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomics reveals the regulation of bco1 and bco2 genes in the carotenoid metabolism of koi carp
2025-Oct-01, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147965
PMID:41043743
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了锦鲤类胡萝卜素代谢中bco1和bco2基因的调控机制 | 首次构建了锦鲤红白皮肤的单细胞图谱,揭示了色素细胞从白皮向红皮发育的轨迹,并发现bco2基因比bco1具有更广泛的底物特异性 | 研究聚焦于锦鲤特定品种,结论在其他鱼类中的普适性有待验证 | 探究锦鲤皮肤颜色形成的分子机制 | 锦鲤的红白皮肤组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, TEM, HPLC, ISH, 免疫荧光, RNAi, 细胞培养, 基因编辑, RNA-seq, 基因家族分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 锦鲤红白皮肤组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 205 | 2025-10-05 |
DUSP6 is upregulated in metastasis and influences migration and metabolism in pancreatic cancer cells
2025-Sep-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-12967-8
PMID:41028058
|
研究论文 | 本研究探讨DUSP6在胰腺癌转移中的作用及其对细胞迁移和代谢的影响 | 首次揭示DUSP6在胰腺癌转移中独立调控细胞迁移和代谢的双重功能 | 未阐明DUSP6调控迁移和代谢的具体分子机制 | 研究DUSP6在胰腺导管腺癌进展中的作用机制 | 胰腺导管腺癌细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,基因集富集分析,代谢分析 | NA | 基因表达数据,代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 206 | 2025-10-05 |
Crosstalk between the microbiota and intestinal dendritic cells in IBD
2025-Sep-30, Seminars in immunopathology
IF:7.9Q1
DOI:10.1007/s00281-025-01062-9
PMID:41028655
|
综述 | 本文总结了肠道常规树突状细胞在炎症性肠病中的功能及其与微生物群的相互作用 | 整合单细胞测序技术进展,系统阐述微生物群通过cDCs影响IBD的机制,并提出研究DC-T细胞通讯的新方法 | cDCs在IBD中的确切作用仍不明确,微生物群如何影响cDCs功能的机制尚待阐明 | 探讨肠道常规树突状细胞与微生物群在炎症性肠病中的相互作用机制 | 肠道常规树突状细胞(cDCs)、微生物群、T细胞 | 免疫学 | 炎症性肠病 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 207 | 2025-10-05 |
Single-nucleus transcriptomics reveal the morphogenesis and artemisinin biosynthesis in Artemisia annua glandular trichomes
2025-Sep-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63770-y
PMID:41028755
|
研究论文 | 本研究通过单核转录组和空间转录组技术构建了青蒿腺毛发育的高分辨率细胞图谱,揭示了青蒿素生物合成的空间机制 | 首次在单细胞分辨率上系统阐明青蒿腺毛发育的三个阶段及其代谢动态,并精确定位青蒿素主要在10细胞腺毛中的6个特定分泌细胞中产生 | NA | 阐明青蒿腺毛的形态发生和青蒿素生物合成机制 | 青蒿腺毛分泌毛状体 | 空间转录组学 | 疟疾 | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 208 | 2025-10-05 |
Fatty acid metabolism in ischemic stroke: multi-omics biomarker discovery and therapeutic potential of GPR84
2025-Sep-30, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02212-6
PMID:41029687
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析探索脂肪酸代谢在缺血性脑卒中中的作用,并鉴定出VIM、G0S2和GPR84作为新型诊断生物标志物 | 首次系统整合外周血转录组数据识别脂肪酸代谢相关差异基因,发现GPR84可作为治疗靶点,并通过分子对接预测潜在药物 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证生物标志物的临床适用性 | 探索脂肪酸代谢在缺血性脑卒中中的生物标志物和治疗靶点 | 缺血性脑卒中患者的外周血样本 | 生物信息学 | 缺血性脑卒中 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 分子对接 | 广义线性模型, LASSO, 支持向量机, 随机森林 | 基因表达数据 | 多个公共数据集(GSE22255, GSE58294, GSE16561, GSE174574)的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 209 | 2025-10-05 |
MOADE: a multimodal autoencoder for dissociating bulk multi-omics data
2025-Sep-30, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03805-1
PMID:41029754
|
研究论文 | 提出一种多模态自编码器MOADE,用于从批量多组学数据中解析细胞组成 | 通过多模态自编码器将多维特征关联,联合预测个性化多组学谱和细胞组成,利用内部非转录组参考和外部scRNA-seq数据构建伪批量数据 | NA | 开发能够解离批量多组学数据的计算方法 | 多组织类型的多组学数据 | 机器学习 | NA | 多组学分析,单细胞RNA测序 | 自编码器 | 多组学数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,多组学 | NA | NA |
| 210 | 2025-10-05 |
EnsembleRegNet: Interpretable deep learning for transcriptional network inference from single-cell RNA-seq
2025-Sep-30, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 提出EnsembleRegNet深度学习框架,用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 集成编码器-解码器和多层感知器架构,结合HLE二值化、案例删除分析等多种方法增强鲁棒性和生物学可解释性 | NA | 从单细胞RNA测序数据准确推断基因调控网络结构 | 转录因子-靶基因关系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成编码器-解码器, 多层感知器(MLP) | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 211 | 2025-10-05 |
Crocin inhibits neutrophil migration and activation to treat hypoxic pulmonary hypertension through targeting HCK
2025-Sep-25, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157334
PMID:41043333
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示藏红花素通过靶向HCK抑制中性粒细胞迁移和活化,从而治疗缺氧性肺动脉高压 | 首次发现藏红花素通过直接靶向HCK蛋白抑制中性粒细胞功能,并阐明其在缺氧性肺动脉高压治疗中的新机制 | 研究主要基于大鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究藏红花素治疗缺氧性肺动脉高压的药理机制 | 缺氧性肺动脉高压大鼠模型、中性粒细胞、肺动脉平滑肌细胞 | 单细胞测序 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序, 分子对接, CETSA, DARTS, 共培养系统 | NA | 单细胞转录组数据 | 缺氧性肺动脉高压大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 212 | 2025-10-05 |
Urine proteomic signatures of kidney function decline after hospitalization
2025-Sep-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.195577
PMID:40794429
|
研究论文 | 通过尿液蛋白质组学分析识别与住院后肾功能下降相关的蛋白质标志物 | 首次在多个独立队列中系统鉴定与肾功能下降相关的尿液蛋白质标志物,并结合单细胞和空间转录组学确定其在肾脏细胞中的表达定位 | 样本量相对有限(174例患者),随访时间中位数为5.1年 | 探索尿液蛋白质组学在预测住院后肾功能下降中的机制和应用价值 | 急性肾损伤患者和非急性肾损伤患者 | 生物医学信息学 | 肾脏疾病 | 尿液蛋白质组学分析,单细胞转录组学,空间转录组学 | 加权相关网络分析 | 蛋白质组数据,转录组数据,临床数据 | 174例患者(来自ASSESS-AKI队列),4个独立验证队列包括肾脏精准医学项目 | Olink | 蛋白质组学,单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | Olink蛋白质组分析平台,检测2783种尿液蛋白质 |
| 213 | 2025-10-05 |
Th17 cells with regulatory phenotype are the main IL-17F and IL-26 producers in palmoplantar pustulosis
2025-Sep-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.193038
PMID:40985896
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间分析揭示掌跖脓疱病中具有调节表型的Th17细胞是IL-17F和IL-26的主要生产者 | 首次在PPP中发现共表达调节标记(FOXP3, CTLA4, TIGIT)和IL17F/IL26的混合型regTh17细胞群,并揭示其与IL-36G+角质形成细胞的相互作用机制 | 研究样本量有限,需要更大规模验证;机制研究主要基于转录组数据,需要功能实验进一步证实 | 解析掌跖脓疱病的细胞和空间结构特征,深入了解IL-17通路在该疾病中的作用机制 | 掌跖脓疱病患者和健康人的肢端皮肤组织(包括病变、非病变和健康皮肤) | 单细胞生物学 | 皮肤炎症性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq),空间转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据,空间定位数据 | 未明确具体样本数量,包括病变、非病变和健康肢端皮肤 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 214 | 2025-10-06 |
A cross model spatial and single-cell atlas reveals the conserved involvement of osteopontin in polycystic kidney disease
2025-Sep-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.17.676846
PMID:41000888
|
研究论文 | 通过构建跨模型空间和单细胞图谱,揭示骨桥蛋白在多囊肾病中的保守作用机制 | 首次整合多个PKD小鼠模型的单细胞和空间转录组数据,系统揭示SPP1信号通路在疾病进展中的保守作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 阐明多囊肾病进展的细胞和分子机制 | 多囊肾病小鼠模型 | 数字病理学 | 多囊肾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 多个PKD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 215 | 2025-10-05 |
Lipoxin B4 Mitigates TRPV4-Activated Müller Cell Gliosis During Ocular Hypertension
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.17.673801
PMID:41000836
|
研究论文 | 本研究探讨了脂氧素B4在眼高压条件下通过调节TRPV4通道减轻Müller细胞胶质增生的作用机制 | 首次发现Müller细胞是视网膜中脂氧素B4的重要来源,并揭示了TRPV4激活同时触发胶质增生和保护性脂质信号的双重作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,需要进一步验证在人类青光眼患者中的适用性 | 研究脂氧素B4是否调节TRPV4驱动的Müller胶质细胞激活和炎症反应 | 小鼠Müller胶质细胞、原代和永生化Müller细胞 | 神经科学 | 青光眼 | 流式细胞术、免疫染色、qPCR、western blotting、LC-MS/MS脂质组学、单细胞RNA-seq、免疫组织化学 | 小鼠硅油模型诱导的眼高压模型 | 转录组数据、蛋白质表达数据、脂质代谢物数据 | 小鼠模型和体外培养的Müller细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 216 | 2025-10-05 |
Clonal dynamics shaped by diverse drug-tolerant persister states in melanoma resistance
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.16.676608
PMID:41000875
|
研究论文 | 开发MeRLin平台追踪黑色素瘤靶向治疗期间克隆和转录动态,揭示药物耐受持续细胞状态导致耐药性的机制 | 整合细胞条形码、单细胞转录组学、RNA-FISH和计算分析的高分辨率谱系追踪平台,首次系统揭示黑色素瘤中四种保守的持续细胞状态 | 基于患者来源的黑色素瘤模型研究,尚未在临床患者中直接验证 | 解析黑色素瘤靶向治疗耐药机制 | 患者来源的黑色素瘤模型 | 单细胞分析 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组测序, RNA荧光原位杂交, 空间转录组学 | 计算分析模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 患者来源黑色素瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, RNA-FISH | NA | MeRLin平台整合细胞条形码、单细胞转录组学和RNA-FISH技术 |
| 217 | 2025-10-05 |
Integrative Spatial Omics for Systems-Level Mapping of Pathological Niches
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.12.675904
PMID:41000710
|
研究论文 | 开发了一种整合空间组学的多模态分析流程,用于系统级绘制病理微环境 | 首次整合MALDI成像质谱脂质组学、空间转录组学、多重免疫荧光显微镜和组织病理学染色,实现跨分子类别的空间分子分析 | NA | 开发空间组学整合方法以揭示疾病微环境中的空间分子特征 | 阿尔茨海默病的人脑组织和2型糖尿病的人胰腺组织 | 空间组学 | 阿尔茨海默病, 2型糖尿病 | MALDI成像质谱, 空间转录组学, 多重免疫荧光显微镜, 组织病理学染色 | NA | 质谱数据, 转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 成像质谱, 多重免疫荧光 | NA | NA |
| 218 | 2025-10-06 |
Reference-Informed Spatial Domain Detection Using Weak Supervision for Spatial Transcriptomics
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.11.675689
PMID:41000972
|
研究论文 | 提出一种参考信息引导的弱监督对比学习模型GraphScrDom,用于空间转录组数据的组织区域分割 | 首次将专家标注的空间网格/组织学图像涂鸦与参考单细胞RNA-seq数据中的细胞类型特异性基因表达谱相结合进行组织分割 | 仅使用有限的涂鸦标注,可能在某些复杂组织结构中存在分割精度限制 | 开发空间转录组数据的组织区域检测方法 | 空间转录组数据中的组织区域 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | 对比学习模型 | 空间基因表达数据,组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 219 | 2025-10-05 |
Exhausted-like effector CD8 T cells mediate immune-stromal interactions at mucosal Chronic Graft-versus-Host Disease onset
2025-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.11.675642
PMID:41000699
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了耗竭样效应CD8 T细胞在口腔黏膜慢性移植物抗宿主病发病机制中的关键作用 | 首次在口腔黏膜cGVHD发病时鉴定出两个具有耗竭样表型的CD8 T细胞亚群,并揭示了它们从炎症前耗竭状态向终末耗竭状态的转变轨迹 | 样本量有限,Treg功能受损的确切机制尚未完全阐明 | 探究慢性移植物抗宿主病的免疫发病机制 | 口腔黏膜活检组织中的免疫细胞和基质细胞 | 免疫学 | 慢性移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序,伪时间分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 在cGVHD发病时和移植后6个月收集的口腔黏膜活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 220 | 2025-10-06 |
Astrocytic glutamate regulation is shaped by adversity and glucocorticoid signalling
2025-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.24.600362
PMID:41000899
|
研究论文 | 本研究通过单细胞核和空间转录组学揭示了人类皮质星形胶质细胞的多样性及其在精神疾病和逆境暴露中的分子变化 | 首次在人类中系统揭示星形胶质细胞分子多样性及其在精神疾病中谷氨酸相关突触功能的特异性改变,并证实糖皮质激素信号直接调控谷氨酸信号 | 样本数量有限,未完全阐明性别差异的机制 | 探究逆境暴露和糖皮质激素信号如何通过星形胶质细胞影响精神疾病风险 | 人类皮质星形胶质细胞、精神疾病患者、人 pluripotent stem cell 来源的星形胶质细胞模型 | 空间转录组学 | 精神疾病 | 单细胞核转录组学, 空间转录组学, 组织学定量 | 2D和3D细胞模型 | 转录组数据, 空间定位数据 | 约145,000个星形胶质细胞, 超过20,000个组织学定量星形胶质细胞 | NA | 单细胞核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |