单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-08-06	The role and mechanisms of macrophages in chronic pain: A peripheral-to-central perspective 2025-Sep, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111470 PMID:40683471	review	本文综述了巨噬细胞在慢性疼痛中的作用机制，从外周至中枢的视角	系统分析了巨噬细胞在外周伤害感受器、背根神经节及中枢神经系统中的不同功能，并提出了未来研究方向	巨噬细胞在许多解剖位置中的具体功能角色尚未充分研究且缺乏系统比较	探讨巨噬细胞在慢性疼痛发生和维持中的作用机制	巨噬细胞在外周伤害感受器、背根神经节(DRG)及中枢神经系统(CNS)中的功能	神经免疫学	慢性疼痛	单细胞转录组学	NA	NA	NA
202	2025-08-06	Selective PPARγ modulator alpinetin restores insulin sensitivity and protects from bone loss in type 2 diabetes 2025-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157003 PMID:40570558	研究论文	本研究探讨了天然黄酮类化合物alpinetin作为选择性PPARγ调节剂，在恢复胰岛素敏感性和防止2型糖尿病相关骨丢失方面的作用	首次发现alpinetin可作为选择性PPARγ激动剂，既能改善胰岛素敏感性又能防止骨丢失，相比传统PPARγ激动剂具有更好的安全性	研究主要基于STZ诱导的糖尿病小鼠模型，在人类患者中的效果仍需进一步验证	开发治疗2型糖尿病的新型选择性PPARγ调节剂，同时解决胰岛素抵抗和骨丢失问题	2型糖尿病相关的胰岛素抵抗和骨代谢异常	糖尿病研究	2型糖尿病	分子对接、分子动力学模拟、CETSA、双荧光素酶报告基因检测、单细胞RNA测序、网络药理学	STZ诱导的2型糖尿病小鼠模型	分子相互作用数据、细胞实验数据、动物实验数据、测序数据	体外细胞实验和STZ诱导的T2DM小鼠模型
203	2025-08-06	BCLAF1 restrains stress responses in hematopoietic stem cells to support expansion and repopulation 2025-Aug-12, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014916 PMID:40435510	研究论文	本研究揭示了BCLAF1在造血干细胞（HSCs）应激反应中的调控作用，支持其在胎儿发育和干细胞移植后的扩增与再殖能力	首次发现BCLAF1通过限制HSCs的应激反应来维持其发育和再殖功能	研究主要基于小鼠模型，人类HSCs中的具体机制尚需进一步验证	探究BCLAF1在HSCs发育和应激反应中的功能	胎儿和成年小鼠的造血干细胞	造血干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	NA
204	2025-08-06	Immune-responsive gene 1: The mitochondrial key to Th17 cell pathogenicity in CNS autoimmunity 2025-Aug-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2427052122 PMID:40758870	研究论文	该研究通过RNA-seq分析发现免疫应答基因1（IRG1）在中枢神经系统自身免疫性疾病如多发性硬化症（MS）中起关键作用，并探讨其在致病性Th17细胞调控中的机制	首次揭示了IRG1在调控致病性Th17细胞中的关键作用及其通过NLRP3/IL-1β轴影响巨噬细胞和CD4+ T细胞的机制	研究主要基于动物模型（EAE），尚未在人类MS患者中验证IRG1的功能	探究IRG1在中枢神经系统自身免疫性疾病中的作用机制	致病性Th17细胞、巨噬细胞、CD4+ T细胞	免疫学	多发性硬化症	RNA-seq、单细胞RNA测序、骨髓嵌合体实验	EAE动物模型	基因表达数据	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）动物模型及基因敲除小鼠
205	2025-08-06	A recurrent de novo damaging variant in EMP2 causes progressive symmetric erythrokeratoderma 2025-Aug-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2509896122 PMID:40758889	研究论文	该研究揭示了EMP2基因中的一个反复出现的从头错义变异与进行性对称性红斑角化病谱系中的孟德尔皮肤病相关	首次发现EMP2基因的特定变异与进行性对称性红斑角化病相关，并通过单细胞空间转录组学揭示了EGFR信号通路的异常激活	研究样本可能有限，且需要进一步验证EMP2变异在其他人群中的普遍性	探究导致进行性对称性红斑角化病的遗传机制	进行性对称性红斑角化病患者及其EMP2基因变异	遗传学	皮肤病	单细胞空间转录组学、Western blotting	NA	基因序列数据、蛋白质表达数据	未明确提及具体样本数量
206	2025-08-06	The Key to Spinal Cord Recovery: Harnessing p21 Inhibition to Boost Neural Stem/Progenitor Cell Proliferation 2025-Aug-05, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c05512 PMID:40712080	research paper	该研究开发了一种基于阳离子脂质体的递送系统，通过抑制p21基因来增强脊髓损伤后神经干/祖细胞的增殖能力	首次利用阳离子脂质体递送p21 siRNA来增强神经干/祖细胞增殖，并证实其能促进脊髓损伤后的功能恢复	研究仅在T9脊髓损伤大鼠模型中进行，尚未进行临床前或临床试验	探索通过调控细胞周期来促进脊髓损伤后神经再生的新方法	神经干/祖细胞(NSPCs)和脊髓损伤大鼠模型	神经再生医学	脊髓损伤	单细胞测序、阳离子脂质体递送系统	动物模型(T9脊髓损伤大鼠)	基因表达数据、功能恢复数据	未明确说明实验动物数量
207	2025-08-06	Prg4+ fibroadipogenic progenitors in muscle are crucial for bone fracture repair 2025-Aug-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417806122 PMID:40729389	研究论文	本研究揭示了肌肉中Prg4+纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）在骨折修复中的关键作用	首次发现并证实了肌肉中的Prg4+ FAPs能够迁移至骨折部位并分化为软骨细胞、成骨细胞和骨细胞，为骨折修复提供新的细胞来源	研究主要基于小鼠模型，在人体中的适用性尚需验证；钻孔骨损伤模型中FAPs的贡献显著低于骨折模型	探究肌肉细胞在骨损伤修复中的作用机制	小鼠肌肉中的Prg4+纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）	骨生物学	骨折	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠骨折模型和钻孔骨损伤模型	基因表达数据	NA
208	2025-08-06	Single-Cell Multi-Omics Identifies Specialized Cytotoxic and Migratory CD8+ Effector T Cells in Acute Myocarditis 2025-Aug-05, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.125.073836 PMID:40762079	研究论文	本研究通过单细胞多组学技术，识别了急性心肌炎中具有高细胞毒性和迁移潜能的CD57+CD8+效应T细胞，并揭示了其在上游炎症信号中的作用	首次在急性心肌炎中鉴定出具有高细胞毒性和迁移潜能的CD57+CD8+效应T细胞，并揭示了IL-18信号通路在其功能分化中的关键作用	样本量相对较小（40例患者），且主要基于观察性研究，需要进一步验证	探究急性心肌炎（特别是暴发性心肌炎）的免疫发病机制，寻找新的治疗靶点	急性心肌炎患者（40例，其中24例轻度，16例暴发性）和柯萨奇病毒B3诱导的暴发性心肌炎小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、单细胞T细胞受体测序、飞行时间质谱流式细胞术、Olink蛋白质组学	NA	单细胞多组学数据	40例患者（24例轻度，16例暴发性）和柯萨奇病毒B3诱导的小鼠模型
209	2025-08-06	β-Sitosterol improves murine ulcerative colitis by inhibiting the expression of ribosomal proteins and the attempted polarization of type 1 macrophages 2025-Aug-05, International journal of colorectal disease IF:2.5Q1 DOI:10.1007/s00384-025-04974-y PMID:40762728	研究论文	本研究探讨了β-谷甾醇通过抑制核糖体蛋白表达和1型巨噬细胞极化来改善小鼠溃疡性结肠炎的作用机制	首次揭示了β-谷甾醇通过调控核糖体信号通路抑制MΦ1巨噬细胞极化的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探究β-谷甾醇对溃疡性结肠炎的治疗作用及其分子机制	溃疡性结肠炎小鼠模型和RAW264.7来源的巨噬细胞	分子免疫学	溃疡性结肠炎	scRNA-seq, KEGG分析, FCM, ELISA, Western blotting, qRT-PCR	小鼠溃疡性结肠炎模型	基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞表型数据	未明确说明小鼠数量，使用RAW264.7细胞系
210	2025-08-06	KAFSTExp: Kernel Adaptive Filtering with Nystrom Approximation for Predicting Spatial Gene Expression from Histology Image 2025-Aug-04, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3595101 PMID:40758493	研究论文	提出了一种名为KAFSTExp的框架，利用核自适应滤波和Nystrom近似从组织学图像预测空间基因表达	结合病理基础模型UNI和核最小均方算法，显著提高了预测准确性并降低了计算成本	在有限的ST数据集上可能面临泛化能力不足的问题	预测组织学图像对应的基因表达，以替代昂贵的空间转录组学检测	空间转录组学数据和病理图像	数字病理	肿瘤	核自适应滤波，Nystrom近似	UNI, 核最小均方算法	图像, 基因表达数据	多个ST数据集
211	2025-08-06	Deciphering neutrophil dynamics in the focal lesion tumor microenvironment to overcome immunosuppression in multiple myeloma 2025-Aug-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2025028963 PMID:40758944	研究论文	本研究通过分析多发性骨髓瘤（MM）病灶和骨髓中的髓系细胞，揭示了中性粒细胞在肿瘤微环境中的免疫抑制作用及其临床意义	首次描述了三种不同的CXCR2+成熟中性粒细胞亚群，并发现TREM1+CD10+亚群在病灶中高度富集且具有强效免疫抑制功能	研究主要基于临床前模型，需要进一步临床试验验证CXCR2阻断策略的疗效	阐明中性粒细胞在多发性骨髓瘤肿瘤微环境中的功能机制并探索新的治疗靶点	多发性骨髓瘤患者的病灶组织和骨髓样本	肿瘤免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光成像、功能实验	NA	基因表达数据、影像数据	配对的病灶和骨髓样本（具体数量未明确说明）
212	2025-08-06	Spatial Multi-omics Defines a Shared Tumor Infiltrative Signature at the Resection Margin in High-Grade Gliomas 2025-Aug-04, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4708 PMID:40759029	研究论文	本研究通过空间多组学技术定义了高级别胶质瘤切除边缘共有的肿瘤浸润特征	首次结合单核RNA测序、单核ATAC测序和空间转录组学数据，系统分析了高级别胶质瘤核心区与边缘区的差异，并鉴定出共有的浸润特征	样本量相对有限（4种亚型共36,811个snRNA-seq和30,705个snATAC-seq核），且仅针对特定分子亚型的高级胶质瘤	揭示高级别胶质瘤在切除边缘的残留病变生物学特征	高级别胶质瘤（HGG）的核心区和边缘区组织	数字病理学	胶质瘤	snRNA-seq, snATAC-seq, 空间转录组学, CRISPR/Cas9, ChIP-seq	NA	单细胞多组学数据、空间转录组数据	4种分子亚型HGG（共36,811个snRNA-seq核和30,705个snATAC-seq核）及2例附加HGG的空间转录组数据
213	2025-08-06	Short-chain fatty acids regulate T cell heterogeneity to alleviate recurrent spontaneous abortion 2025-Aug-04, British journal of pharmacology IF:6.8Q1 DOI:10.1111/bph.70155 PMID:40759431	研究论文	研究肠道微生物衍生的短链脂肪酸（SCFAs）在复发性自然流产（RSA）免疫耐受中的作用	发现SCFAs通过调节CD4+ T细胞分化来缓解RSA，并设计了结肠靶向SCFA递送纳米颗粒系统以优化治疗效果	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能有限	探索肠道微生物及其代谢物在RSA免疫调节中的作用	复发性自然流产（RSA）患者和小鼠模型	免疫学	复发性自然流产	单细胞测序、16S rDNA测序、粪便微生物移植（FMT）	小鼠模型	基因组数据、微生物组数据	RSA患者和小鼠模型
214	2025-08-06	Allele-specific expression analysis: pipelines, applications, challenges, and unmet needs 2025-Aug-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110890 PMID:40759060	综述	本文综述了等位基因特异性表达分析的流程、应用、挑战及未满足的需求	对26种前沿的等位基因特异性表达分析流程进行了批判性评估，并提出了未来发展方向	现有流程缺乏端到端解决方案、多组学整合选项有限、对单细胞测序技术支持不足	理解等位基因特异性表达的调控机制及其生物学和临床意义	等位基因特异性表达分析流程	基因组学	NA	单细胞测序、多组学整合	NA	基因组数据	NA
215	2025-08-06	Spatial mutual nearest neighbors for spatial transcriptomics data 2025-Aug-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf403 PMID:40713795	research paper	提出了一种名为spatialMNN的算法，用于整合多个空间转录组样本并识别空间域	该算法首次将空间坐标信息整合到互近邻（MNN）方法中，改进了传统MNN在空间转录组学中的应用	NA	开发一种能够整合空间转录组数据并识别空间域的计算方法	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	k-nearest neighbors (kNN), Louvain算法	空间转录组数据	31个10x Genomics Visium样本
216	2025-08-06	Emerging Molecular Therapeutic Targets in Breast Cancer: Pathologic Identification and Clinical Implications 2025-Aug-02, Human pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1016/j.humpath.2025.105881 PMID:40759284	综述	本文总结了乳腺癌的当前和新兴分子生物标志物，强调它们在推进精准肿瘤学中的作用	介绍了新兴生物标志物如cyclin E过表达、BRCA1/2突变和错配修复缺陷，以及液体活检技术和高通量技术在生物标志物发现中的应用	标准化、可重复性和临床验证方面仍存在挑战	推进乳腺癌的精准肿瘤学研究和临床实践	乳腺癌及其分子生物标志物	数字病理学	乳腺癌	下一代测序（NGS）、液体活检、空间转录组学、多重免疫荧光	NA	分子数据、液体活检数据	NA
217	2025-08-06	Effects of β-catenin deficiency on adipose tissue physiology 2025-Aug-02, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102226 PMID:40759324	研究论文	研究β-catenin缺乏对脂肪组织生理学的影响	揭示了β-catenin在脂肪细胞中缺乏如何影响基因表达及脂肪组织内细胞间的相互作用，特别是发现雄性小鼠中脂肪细胞特异性β-catenin敲除导致脂肪增加和胰岛素抵抗	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索脂肪细胞Wnt/β-catenin信号通路在脂肪组织生理和代谢稳态中的作用	脂肪组织中的脂肪细胞和基质血管细胞（包括脂肪干细胞、巨噬细胞和其他免疫细胞）	代谢生理学	代谢疾病	RNA测序（bulk和单细胞）、流式细胞术、细胞外囊泡分离	小鼠模型（Ctnnb1AdKO）	基因表达数据、代谢表型数据	雄性及雌性脂肪细胞特异性β-catenin敲除小鼠
218	2025-08-06	The urokinase receptor/uPAR is a major effector of p53 gain-of-function mutations in gemcitabine-treated pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Aug-02, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110561 PMID:40759369	研究论文	探讨在胰腺导管腺癌(PDAC)中，化疗如何通过TP53功能获得性突变增加uPAR表达，从而促进癌细胞侵袭和转移	揭示了TP53功能获得性突变通过上调PLAUR/uPAR表达促进PDAC化疗抵抗和癌细胞侵袭的新机制	研究主要基于细胞系和TCGA数据分析，缺乏体内实验验证	阐明PDAC化疗抵抗和癌细胞侵袭性增加的分子机制	胰腺导管腺癌细胞(PANC1和MIA PaCa-2)和TCGA数据库中的PDAC样本	肿瘤生物学	胰腺癌	scRNA-Seq、基因沉默、TCGA数据挖掘	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA数据库中的PDAC样本和两种PDAC细胞系
219	2025-08-06	Upregulation of YY1/EZH2 and MLH1 as Therapeutic Targets for Adult T-Cell Leukemia/Lymphoma 2025-Aug, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70095 PMID:40355804	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了YY1/EZH2和MLH1在成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）中的调控作用及其作为治疗靶点的潜力	首次在单细胞水平上鉴定了ATLL的表观遗传调控轴，并发现YY1/EZH2过表达与疾病侵袭性相关，同时揭示了MLH1通过YY1/EZH2抑制下调可能是治疗侵袭性ATLL的有效策略	研究样本量有限，且机制研究主要在细胞系中进行，需要进一步在更大规模的临床样本和动物模型中验证	探索ATLL的表观遗传调控机制并寻找新的治疗靶点	成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）患者原代细胞和细胞系	肿瘤生物学	白血病/淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、计算机启动子分析（in silico promoter analysis）	NA	单细胞转录组数据	原代ATLL细胞和细胞系（具体数量未明确说明）
220	2025-08-06	Local inflammation at the salmon louse (Lepeophtheirus salmonis) attachment site contributes to copepodid rejection in coho salmon (Oncorhynchus kisutch) 2025-Aug, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-025-03976-0 PMID:40464919	研究论文	本研究调查了大西洋鲑鱼和太平洋鲑鱼对寄生鲑鱼虱的易感性，并比较了不同鲑鱼种在鲑鱼虱附着部位的细胞反应	揭示了银鲑鱼在鲑鱼虱附着部位通过中性粒细胞驱动的快速大规模炎症反应来抵抗寄生	研究仅基于三次连续的挑战试验，样本量和实验条件可能限制结果的普遍性	探究不同鲑鱼种对鲑鱼虱的易感性及抵抗机制	大西洋鲑鱼和太平洋鲑鱼（粉鲑、银鲑和狗鲑）	水产病理学	寄生虫感染	组织学、蛋白质组学和空间转录组学分析	NA	组织样本、蛋白质组数据和转录组数据	四种鲑鱼种在三次挑战试验中的皮肤和鳍样本