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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2026-06-10 |
Multi-Omics Integration Reveals Incomplete Reactivation of Developmental Cell-Cycle Programs in Adult Human Infarcted Hearts
2026-Jun, Chemical biology & drug design
IF:3.2Q3
DOI:10.1111/cbdd.70337
PMID:42260994
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研究论文 | 整合多组学数据揭示成人人类梗死心脏中发育性细胞周期程序的不完全再激活 | 首次通过多组学整合分析(单核RNA-seq、空间转录组学、bulk RNA-seq和ATAC-seq)揭示成人心脏梗死后细胞周期活跃的心肌细胞未能完成分裂的分子机制,特别是后期有丝分裂和胞质分裂执行机制的不完全再激活,并识别出ANLN、KIF18A、MDK、RTKN2和SOX11等关键基因 | 仅基于公共数据集进行分析,且研究主要聚焦于基因表达和表观遗传调控,可能未覆盖蛋白水平或翻译后修饰的影响 | 探究成人心肌细胞在急性心肌梗死后为何无法完成细胞分裂的分子机制 | 人类胎儿心脏和成人梗死心脏样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, ATAC-seq | NA | 测序数据, 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 多个公共数据集,包括人类胎儿心脏和成人梗死心脏样本 | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq | NA | NA |
| 202 | 2026-06-10 |
Single-cell profiling reveals peripheral blood immune landscape remodelling in breast cancer lymph node metastasis
2026-Jun, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70686
PMID:42261224
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研究论文 | 单细胞图谱揭示乳腺癌淋巴结转移中外周血免疫景观重塑 | 首次通过单细胞RNA/T细胞受体测序揭示乳腺癌淋巴结转移阳性和阴性患者外周血免疫景观的差异,并发现LGALS9-HAVCR2检查点互作在转移中起关键作用 | 样本量较小,仅6例患者的外周血单核细胞进行单细胞测序,额外14例乳腺癌组织数据用于验证 | 研究乳腺癌淋巴结转移中全身免疫环境的变化及其在促进转移中的作用 | 乳腺癌淋巴结转移阳性和阴性患者的外周血免疫细胞及其在肿瘤微环境中的功能 | 机器学习和数字病理 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序和单细胞T细胞受体测序 | NA | 单细胞基因表达数据和T细胞受体序列数据 | 6例乳腺癌患者的外周血单核细胞(3例淋巴结转移阳性,3例阴性)及14例乳腺癌组织数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序和单细胞T细胞受体测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 和单细胞T细胞受体测序 |
| 203 | 2026-06-10 |
Endogenously generated Dutch-type Aβ non-fibrillar aggregates dysregulate presynaptic neurotransmission in the absence of detectable inflammation
2026-Jun, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.71426
PMID:42261875
|
研究论文 | 研究荷兰型Aβ非纤维聚集体在无炎症条件下对突触前神经传递的调控作用 | 首次发现内源性荷兰型Aβ非纤维聚集体在无炎症反应情况下即可导致突触前神经传递功能障碍,并揭示其与线粒体复合体I活性降低的相关性 | 未明确提及研究局限性 | 探究荷兰型Aβ非纤维聚集体积累对大脑突触功能、转录组、超微结构和代谢的影响 | APPE693Q转基因小鼠模型 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | APPE693Q转基因小鼠脑样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 204 | 2026-06-10 |
NEDD8 Promotes the Progression and Inflammation of Keratoconus by Increasing the Expression of YAP1
2026-Jun-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.6.14
PMID:42262027
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术,发现NEDD8通过调控Hippo-YAP信号通路促进圆锥角膜的进展和炎症 | 首次揭示NEDD8在圆锥角膜中通过调控Hippo-YAP通路介导机械信号传导的分子机制,并证实其作为潜在治疗靶点的价值 | NA | 阐明NEDD8在Hippo-YAP信号通路中的调控作用及其对圆锥角膜病理的影响 | 圆锥角膜患者中央角膜组织及HTK细胞 | 数字病理学 | 圆锥角膜 | 单细胞RNA测序、机械拉伸实验、功能获得/缺失实验、配体-受体互作分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 未提及具体样本量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 单细胞转录组测序平台 |
| 205 | 2026-06-10 |
Identification of zinc finger protein-related feature genes in ischemic stroke via explainable machine learning: A comprehensive analysis
2026-May-30, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.154013
PMID:42259201
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研究论文 | 通过可解释机器学习方法识别缺血性卒中中锌指蛋白相关特征基因并进行综合分析 | 首次系统整合多组学数据与多种机器学习算法,结合孟德尔随机化、贝叶斯共定位及单细胞测序分析,鉴定出ZNF438、ZNF566和ZNF608作为缺血性卒中的新型生物标志物,并构建了具有高诊断性能的模型 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据,缺乏大规模前瞻性队列验证;单细胞测序分析未提供样本量信息;药物筛选结果需进一步实验验证 | 系统鉴定缺血性卒中相关的锌指蛋白特征基因并评估其作为生物标志物的潜力 | 锌指蛋白相关基因,重点关注ZNF438、ZNF566和ZNF608 | 机器学习 | 脑血管疾病 | RNA-seq, scRNA-seq | LASSO, SVM-RFE, 随机森林, 深度学习 | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 来自GEO数据库的转录组数据集及外部验证集,具体样本量未说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 206 | 2026-06-10 |
Circadian rhythm disruption aggravates periodontitis via orchestrating TREM2+ macrophage-mediated bone resorption
2026-May-28, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2026.124503
PMID:42214611
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示昼夜节律紊乱通过TREM2+巨噬细胞介导的骨吸收加剧牙周炎 | 首次发现昼夜节律紊乱通过BMAL1-TREM2调控轴驱动TREM2+巨噬细胞亚群扩增,进而加剧牙周炎骨破坏 | 未明确阐述人体研究验证及长期昼夜节律干预的临床效果 | 探索昼夜节律紊乱加剧牙周炎的分子机制及潜在治疗靶点 | CRD小鼠模型及牙周组织中的巨噬细胞亚群 | 机器学习 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, CUT&Tag测序 | NA | 基因表达数据 | CRD小鼠模型牙周组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, CUT&Tag测序 | NA | NA |
| 207 | 2026-06-10 |
Molecular signatures and lineage diversification of neurogenic and gliogenic radial glia in the gyrencephalic ferret cortex
2026-May-27, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-10366-x
PMID:42203905
|
研究论文 | 利用脑回雪貂模型系统表征皮层放射状胶质细胞的分子图谱和谱系动态,揭示保守的神经发生和胶质发生调控程序 | 首次在脑回雪貂模型中系统解析了外侧放射状胶质细胞中ERK和PKA信号通路相互增强的机制,并发现其协同调控神经发生、抑制胶质发生并延长神经发生期;同时鉴定了胶质源性放射状胶质细胞的区域特化机制 | 未提供明确的局限性信息 | 探究脑回雪貂皮层中放射状胶质细胞的分子特征和谱系分化机制,以及其与人类皮层进化扩张的关联 | 脑回雪貂和人类皮层组织 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未提供具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 208 | 2026-06-10 |
Tanreqing injection regulates Sema7a/Plxnc1 signaling pathway mediated neutrophil extracellular trap formation to alleviate lipopolysaccharide-induced acute lung injury
2026-May-23, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2026.121397
PMID:41713818
|
研究论文 | 探讨痰热清注射液通过调控Sema7a/Plxnc1信号通路介导的中性粒细胞胞外陷阱形成来缓解脂多糖诱导的急性肺损伤 | 首次揭示了痰热清注射液通过抑制Sema7a/Plxnc1信号通路减少中性粒细胞胞外陷阱形成来缓解急性肺损伤的分子机制,并发现其活性成分黄芩苷可竞争性抑制Sema7a与Plxnc1的结合 | 未提及明显的局限性 | 评估痰热清注射液对急性肺损伤的治疗效果并阐明其分子机制 | 脂多糖诱导的急性肺损伤大鼠模型 | 机器学习 | 急性肺损伤 | 超高效液相色谱-四极杆-电喷雾质谱(UHPLC-QE-MS),代谢组学,RNA测序,单细胞测序,分子对接 | NA | 基因表达数据,代谢组数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 209 | 2026-06-10 |
Single-cell RNA Sequencing for Profiling Ganglionic and Aganglionic Colonic Segments from Patients with Hirschsprung Disease
2026-May-22, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69825
PMID:42258412
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术分析先天性巨结肠症患者有神经节和无神经节结肠段的转录特征 | 首次通过标准化单细胞RNA测序工作流程,在单细胞水平上揭示HSCR患者有神经节与无神经节结肠段之间免疫微环境的显著差异 | 未提及明显局限性 | 表征先天性巨结肠症患者有神经节和无神经节结肠段的转录景观 | 先天性巨结肠症患者的结肠组织(有神经节和无神经节段) | 数字病理学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 来自HSCR患者的结肠组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 210 | 2026-06-10 |
Optimized Preparation of Whole Murine Tumor-Bearing Lung Tissue for Flow Cytometry and Single-Cell RNA-Sequencing
2026-May-22, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/70452
PMID:42258443
|
研究论文 | 提出一种从荷瘤小鼠肺组织中制备高质量单细胞悬液的优化方案,用于流式细胞术和单细胞RNA测序 | 针对荷瘤肺组织纤维化和异质性导致的单细胞制备难题,开发了一套包含组织灌注、可控酶解和温和机械解离的标准化流程,成功获得>85%的活细胞率 | 未说明 | 建立从健康及荷瘤小鼠肺组织中高效分离活单细胞的实验方案,以支持单细胞RNA测序研究 | Kras突变驱动的NSCLC小鼠模型中的tdTomato标记肿瘤细胞及健康肺组织细胞 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | 未说明 | 单细胞转录组数据 | 未见明确样本量描述,涉及Kras; tdTomato报告基因小鼠模型的荷瘤及健康肺组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 未说明 |
| 211 | 2026-06-10 |
Single-cell analysis identifies endothelial venous thromboembolism signatures as predictors of immunotherapy resistance and survival across cancers
2026-May-19, Journal of thrombosis and haemostasis : JTH
IF:5.5Q1
DOI:10.1016/j.jtha.2026.05.009
PMID:42162740
|
研究论文 | 通过单细胞分析识别肿瘤相关内皮细胞的静脉血栓栓塞特征,作为癌症免疫治疗耐药和生存预测因子 | 首次系统性地在多种肿瘤中基于单细胞RNA测序数据定义内皮细胞静脉血栓栓塞转录特征,并构建了具有预后和免疫治疗反应预测价值的Endo.VTM模型 | 该研究主要基于公共数据库数据,缺乏独立的前瞻性临床验证队列 | 表征肿瘤微环境中静脉血栓栓塞相关的转录特征,识别内皮特异性风险基因,并建立连接高凝状态、免疫功能障碍和肿瘤进展的预后模型 | 肿瘤相关内皮细胞 | 机器学习 | 肿瘤相关静脉血栓栓塞 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、CRISPR-Cas9依赖筛选 | 预后模型(Endo.VTM) | 基因表达数据 | 38个单细胞RNA测序数据集,涵盖多种肿瘤类型;使用TCGA和GEO的批量RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 212 | 2026-06-10 |
Integrated transcriptomic analysis reveals lymphatic Icam1-mediated immune dynamics after myocardial infarction
2026-May-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
研究论文 | 通过整合转录组分析揭示了心肌梗死后淋巴管内皮细胞中Icam1介导的免疫动态变化 | 首次使用LEC特异性Icam1条件敲除小鼠模型,并结合单细胞RNA测序和空间转录组学,系统性研究了Icam1在心肌梗死后免疫微环境重塑中的作用 | 未明确说明限制,但可能包括小鼠模型与人类差异及时间点选择 | 阐明淋巴管内皮细胞中Icam1如何调控心肌梗死后免疫微环境 | 心肌梗死后小鼠心脏中的淋巴管内皮细胞和免疫细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 条件敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 心肌梗死后3、7、21和42天的小鼠心脏样本 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 213 | 2026-06-10 |
In Silico Reconstruction of Primary and Metastatic Tumor Architecture Using Geographic Information System-Augmented Spatial Transcriptomics
2026-May-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-3161
PMID:41734374
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研究论文 | 利用地理信息系统增强的空间转录组学在计算机中重构原发性和转移性肿瘤结构 | 提出了一种结合通路或细胞类型富集分析与空间自相关测量的生物信息学分析框架(GIS-ROTA),在识别空间域之前考虑生物学功能,提供直接可解释性并减少传统分析方法中聚类结果的主观性 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种利用地理信息系统增强的空间转录组学分析方法,以揭示肿瘤微环境中的功能性空间域 | 原发性和转移性雌激素受体阳性乳腺癌肿瘤样本 | 计算病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | 原发性和转移性雌激素受体阳性乳腺癌肿瘤样本(具体数量未提供) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学实验 |
| 214 | 2026-06-10 |
Serglycin Drives LAG3+ Treg Differentiation and Immunosuppression in Gastric Cancer
2026-May-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-3071
PMID:41734377
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研究论文 | 研究肿瘤细胞来源的Serglycin通过CD44-TGFβRI-SMAD3信号通路驱动LAG3阳性调节性T细胞分化,从而促进胃癌免疫抑制的机制 | 首次揭示SRGN-CD44信号通过糖酵解-氧化-泛素化级联反应调控LAG3蛋白稳定性进而促进Treg分化的新机制,为靶向该通路改善胃癌免疫治疗提供临床前证据 | 已有研究主要聚焦于胃癌中SRGN促进肿瘤进展的功能,但本研究通过单细胞RNA测序分析进一步阐明其在免疫调节中的具体作用 | 探究肿瘤细胞来源的Serglycin在胃癌免疫调节中的功能及驱动LAG3阳性Treg分化的分子机制 | 胃癌患者肿瘤组织及配对邻近正常胃黏膜组织中的CD4+调节性T细胞 | machine learning | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组测序数据 | 23对胃癌组织及相邻正常胃黏膜组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 整合了已发表的单细胞RNA测序数据集 |
| 215 | 2026-06-10 |
Glomerular Endothelial Rarefaction Associated With Hypoxic Neutrophils Marks Renal Pathology Activity in Lupus Nephritis
2026-May-15, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70220
PMID:42138328
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研究论文 | 本研究探讨狼疮性肾炎患者肾组织中与低氧中性粒细胞相关的肾小球内皮稀疏化及其在肾病理活动中的标志作用 | 首次通过空间转录组学和多重循环免疫荧光技术揭示狼疮性肾炎中肾小球低氧微环境与中性粒细胞胞外陷阱形成的关联,并提出尿液中中性粒细胞货物蛋白可作为疾病活动性的无创生物标志物 | 研究样本量有限,且未进行纵向随访以验证低氧中性粒细胞与肾损伤进展的因果关系 | 探究狼疮性肾炎患者肾组织中低氧和免疫介导损伤的空间转录组特征 | 狼疮性肾炎患者肾活检组织及肾移植健康对照组织 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 空间转录组学、多重循环免疫荧光、酶联免疫吸附测定 | NA | 空间基因表达数据、免疫荧光图像 | 狼疮性肾炎患者和肾移植对照组的肾活检样本(具体数量未在摘要中说明) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学分析 |
| 216 | 2026-06-10 |
Lense: Optimizing data preprocessing in single-cell omics using LLMs
2026-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.07.723465
PMID:42182127
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研究论文 | 介绍一种名为Lense的基于语言模型的方法,用于自动优化单细胞组学数据预处理 | 利用大语言模型自动选择最优预处理流程,无需手动调参,并整合到Seurat平台中 | 未在标题和摘要中明确说明局限性 | 优化单细胞组学数据预处理,提高鲁棒性 | 单细胞组学数据,尤其是空间转录组学等新兴平台的数据 | 机器学习 | NA | 单细胞组学 | 大语言模型 | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 217 | 2026-06-10 |
Gut-brain axis-mediated mechanisms and immune regulatory pathways in vascular dementia: Insights into microbiota-derived metabolites and novel therapeutic strategies
2026-May-08, Behavioural brain research
IF:2.6Q3
DOI:10.1016/j.bbr.2026.116113
PMID:41722735
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研究论文 | 本研究通过整合框架分析肠道微生物及其代谢物通过肠脑轴影响血管性痴呆的分子机制,并鉴定PIK3CG为关键致病基因 | 首次结合多机器学习方法(LASSO、神经网络、SVM-RFE)与SHAP分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序及肠道微生物-代谢物-靶点网络和分子对接,系统揭示血管性痴呆中肠脑轴介导的免疫调节通路及潜在治疗策略 | 未在独立队列或动物模型中验证PIK3CG的因果关系及代谢物-蛋白质相互作用的体内效果 | 阐明血管性痴呆中肠脑轴介导的分子机制并探索基于肠道微生物代谢物的新型治疗策略 | 血管性痴呆相关的差异表达基因、肠道微生物代谢物及免疫调节通路 | 自然语言处理 | 血管性痴呆 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | LASSO, 神经网络, SVM-RFE | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 218 | 2026-06-10 |
Hepatocyte-targeted Bap1 reduction in the liver primes an inflammatory transcriptional response
2026-May-06, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkag047
PMID:41712409
|
研究论文 | 通过CRISPR/Cas9技术在小鼠肝细胞特异性敲除Bap1,结合空间转录组学和分析免疫组化,研究Bap1缺失对肝脏生物学和损伤应答的影响 | 首次在体内小鼠模型中通过AAV8介导的CRISPR/Cas9实现肝细胞特异性Bap1敲除,并结合单细胞分辨率空间转录组学与定量纹理分析,揭示Bap1在肝脏免疫细胞反应中的关键调控作用 | 未提及 | 探究Bap1在肝脏中的正常功能及其缺失对肝脏损伤应答和免疫环境的影响 | 小鼠肝细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | CRISPR/Cas9基因组编辑, 空间转录组学, 免疫组化, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据, 图像 | 小鼠肝脏组织样本 | NA | 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 219 | 2026-06-10 |
Lense: optimizing data preprocessing in single-cell omics using large language models
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag288
PMID:42242684
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研究论文 | 介绍Lense,一种利用大语言模型自动优化单细胞组学数据预处理的框架 | 首次将大语言模型应用于单细胞组学数据预处理流程的自动化选择,替代传统手动调参方式 | 依赖低维可视化图的质量比较,可能难以处理需要更复杂评估指标的预处理步骤 | 开发自动化方法提升单细胞组学数据预处理的鲁棒性和效率 | 单细胞组学数据(包括空间转录组数据)的预处理流程优化 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 大语言模型 | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 220 | 2026-06-10 |
Xenium-based spatial transcriptomic analyses uncover prognosis-associated heterogeneity in the tumor microenvironment (TME) of angioimmunoblastic T-cell lymphoma (AITL)
2026-May, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.70035
PMID:41711078
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研究论文 | 利用基于Xenium的空间转录组技术分析血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤(AITL)肿瘤微环境中的预后相关异质性 | 首次在AITL中鉴定出具有干性特征的NEIL3+滤泡辅助T细胞(Tfh)新亚群,并揭示难治/复发型与治疗响应型肿瘤微环境在免疫细胞组成和组织上的显著差异 | 未明确提及,但样本量较小(10例临床样本),可能限制结果的普适性 | 阐明难治/复发型AITL的肿瘤微环境异质性及潜在的预后和治疗靶点 | 10例血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤(AITL)临床样本 | 数字病理学 | 血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤(AITL) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 10例临床样本(包括难治/复发型和治疗响应型) | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | 基于Xenium的空间转录组分析 |