单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-06-06	Progressive accumulation of circulating CD27-CD28- effector/memory CD8+ T cells in patients with lung cancer blunts responses to immune checkpoint inhibitor therapy 2025-May, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01448-7 PMID:40307573	research paper	该研究揭示了肺癌患者外周血CD8+ T细胞亚群的改变及其对免疫检查点抑制剂治疗反应的影响	首次系统性地描述了肺癌如何通过诱导CD8+ T细胞稳态失调来对抗潜在的肿瘤反应性T细胞	研究样本量相对有限（224例患者），且机制研究有待深入	探究肺癌对全身CD8+ T细胞区室的影响及其临床意义	肺癌患者的外周血CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	224例肺癌患者（来自四个独立队列）
202	2025-06-06	Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes epithelial-mesenchymal transition in diffuse-type gastric cancer via cAMP response element-binding protein pathway, showing poor prognosis 2025-May, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01447-8 PMID:40369121	研究论文	本研究通过构建大规模信号网络和实验验证，揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）分泌的fibulin-5通过CREB通路促进弥漫型胃癌（DGC）的上皮-间质转化（EMT），并与患者不良预后相关	首次发现CAFs分泌的fibulin-5通过CREB通路促进DGC的EMT，并证实其作为预后标志物的潜力	研究主要基于体外实验和回顾性数据分析，需要进一步的前瞻性临床研究验证	探索弥漫型胃癌（DGC）的特异性生物标志物及其分子机制	弥漫型胃癌（DGC）患者样本、癌症相关成纤维细胞（CAFs）和癌细胞系	肿瘤生物学	胃癌	RNA测序、免疫组织化学染色、单细胞RNA测序、原代培养、类器官培养和共培养系统	数学模型	RNA测序数据、组织微阵列数据、单细胞RNA测序数据和临床数据	三个基因组数据库（TCGA、GSE62254和GSE26253）的数据、组织微阵列块、患者血液样本
203	2025-06-06	Clofarabine Enhances the Transduction Efficiency of Recombinant AAV2 in the Retina 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.42 PMID:40434346	研究论文	研究氯法拉滨如何提高重组AAV2在视网膜中的转导效率及其机制	发现氯法拉滨能通过同步细胞周期和重编程转录景观，显著提高rAAV2在视网膜中的转导效率	研究仅限于小鼠模型和ARPE-19细胞，尚未在人类中进行验证	探索核糖核苷酸还原酶抑制剂增强rAAV2在视网膜中转导效率的机制	小鼠视网膜和ARPE-19细胞	基因治疗	眼科疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	小鼠和ARPE-19细胞
204	2025-06-06	Recent Advances in Stem Cells of Corneal Epithelia 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.45 PMID:40440164	综述	本文综述了角膜上皮干细胞（CESCs）的最新研究进展，包括其位置、群体维持机制和异质性	通过角膜上皮谱系追踪、活体成像和单细胞RNA测序等新技术，揭示了CESCs的意外特性	讨论了当前研究的局限性，并指出CESCs领域亟待解决的关键问题	深入理解CESCs的特性以推动角膜疾病的再生医学治疗	角膜上皮干细胞（CESCs）	再生医学	角膜疾病	谱系追踪、活体成像、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
205	2025-06-06	Microglial colonization routes and their impacts on cellular diversity 2025-Apr-25, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2025.04.004 PMID:40288616	review	本文探讨了小胶质细胞在脑部发育过程中的不同定植路线及其对细胞多样性的影响	聚焦于小胶质细胞多样性的形成机制，特别是通过不同定植路线的影响	小胶质细胞多样性机制仍不完全清楚，且主要关注第一种假设	研究小胶质细胞多样性的形成机制及其在脑发育中的作用	小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
206	2025-06-06	Multi-Omic Insight Into the Molecular Networks in the Pathogenesis of Coronary Artery Disease 2025-Apr, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.037203 PMID:40135555	研究论文	通过整合多组学数据，研究冠状动脉疾病（CAD）的分子网络机制	利用基于摘要数据的孟德尔随机化和共定位分析整合多组学数据，揭示了TAGLN2、APOB、GIP等基因与CAD风险的关联	未提及具体样本量，且部分潜在因果/风险基因仍未被识别	探索冠状动脉疾病的分子机制和潜在因果基因	冠状动脉疾病（CAD）患者	生物信息学	心血管疾病	基因甲基化、表达和蛋白质水平的整合分析，单细胞RNA测序	孟德尔随机化和共定位分析	多组学数据（基因甲基化、表达、蛋白质水平）	NA
207	2025-06-06	BubR1 Controls Heart Development by Promoting Expression of Cardiogenesis Regulators 2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.038286 PMID:40055864	研究论文	该研究揭示了BubR1在心脏发育中的关键作用，通过促进心脏生成调节因子的表达来确保心脏形态发生的正确时机	首次揭示了BubR1通过调控关键心脏生成基因的表达和Wnt信号通路来影响心脏发育的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类心脏发育的差异可能影响结果的普适性	探究BubR1基因突变导致先天性心脏缺陷的分子机制	小鼠胚胎心脏发育过程	发育生物学	先天性心脏病	单细胞RNA测序、轨迹分析、CellChat分析	条件性基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用条件性Bub1b敲除小鼠胚胎
208	2025-06-06	Pharmacological activation of STAT1-GSDME pyroptotic circuitry reinforces epigenetic immunotherapy for hepatocellular carcinoma 2025-Mar-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332281 PMID:39486886	研究论文	本研究通过药理学激活STAT1-GSDME焦亡回路，增强表观遗传免疫疗法对肝细胞癌的治疗效果	揭示了选择性HDAC抑制剂CXD101与ICB联合治疗通过STAT1-GSDME焦亡回路增强抗肿瘤免疫的新机制	研究主要基于临床前模型，临床转化效果需进一步验证	开发针对肝细胞癌免疫检查点阻断(ICB)耐药的新型联合治疗策略	肝细胞癌(HCC)患者和ICB耐药模型	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序、单细胞多组学分析、染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)	NA	基因表达数据、表观遗传数据	来自pembrolizumab临床试验(NCT03419481)的HCC患者样本和4种ICB耐药模型
209	2025-06-06	Deep learning in single-cell and spatial transcriptomics data analysis: advances and challenges from a data science perspective 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf136 PMID:40185158	review	本文综述了深度学习在单细胞和空间转录组数据分析中的进展与挑战，从数据科学的角度进行了系统分析	系统地评估了58种计算方法在21个数据集上的性能，揭示了模型性能在不同基准数据集和评估指标间的显著差异，并提出了未来发展的三个关键方向	高质量标注数据集仍然有限，且生物组织的复杂相关性使得准确重建细胞状态和空间环境具有挑战性	探讨深度学习在单细胞和空间转录组数据分析中的应用及其面临的挑战	单细胞和空间转录组数据	machine learning	NA	单细胞测序、空间转录组	深度学习	基因表达、表观遗传修饰、代谢物水平、空间位置等多模态数据	21个数据集来自9个基准测试
210	2025-06-06	When is prostate cancer really cancer? 2025-Mar-01, Journal of the National Cancer Institute DOI:10.1093/jnci/djae200 PMID:39350309	research paper	探讨前列腺癌（尤其是Grade Group 1）是否应被标记为'癌症'，基于其惰性特征及现代诊断路径的调整	提出重新定义GG1前列腺癌的标签，基于其无转移能力及在现代诊断中的'偶然发现'性质，并探讨了空间转录组学对癌症定义的挑战	未明确说明研究样本量及具体研究方法，更多是基于讨论和现有研究的总结	减少前列腺癌死亡率，同时最小化过度诊断和过度治疗带来的危害	Grade Group 1前列腺癌及其诊断标签	NA	prostate cancer	空间转录组学	NA	NA	NA
211	2025-06-06	Adverse effects of progestin-primed ovarian stimulation: combination of clinical study and single-cell analysis 2025-Jan-20, Reproductive biomedicine online IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.rbmo.2025.104833 PMID:40467355	研究论文	本研究探讨了孕激素促排卵方案(PPOS)与GnRH拮抗剂方案在生殖结局上的差异，并结合临床研究和单细胞分析进行了评估	首次结合临床数据和单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)评估PPOS方案对生殖结局的影响，并发现mtDNA基因表达升高可能与卵母细胞质量下降相关	研究为回顾性队列设计，样本量相对有限(临床907例，单细胞分析16例)，且仅针对卵巢储备正常的年轻患者(<40岁)	比较PPOS与GnRH拮抗剂方案在体外受精(IVF)周期中的效果差异	接受首次IVF周期的不孕症患者(907例临床研究，16例单细胞分析)	生殖医学	不孕症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，逆概率治疗加权(IPTW)	NA	临床数据和单细胞基因表达数据	临床研究907例(PPOS组299例，GnRH拮抗剂组608例)，单细胞分析16例(每组8例)
212	2025-06-06	JARID1D-dependent androgen receptor and JunD signaling activation of osteoclast differentiation inhibits prostate cancer bone metastasis through demethylating H3K4 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104135 PMID:39816691	research paper	该研究揭示了JARID1D通过去甲基化H3K4调控雄激素受体和JunD信号通路，抑制前列腺癌骨转移的机制	首次发现JARID1D通过H3K4me3去甲基化活性动态调控AR表达，并揭示其通过MAOA-RANKL通路影响破骨细胞分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究前列腺癌骨转移的表观遗传调控机制	前列腺癌细胞和骨转移过程	肿瘤生物学	前列腺癌	ChIP, 免疫荧光, western blotting, 单细胞测序	小鼠模型	分子生物学数据	NA
213	2025-06-06	Study on DNA Damage Gene in Spermatogonial Stem Cells from Idiopathic Nonobstructive Azoospermia: A Bioinformatics Investigation Based on scRNA-seq Data 2025, Cytogenetic and genome research IF:1.7Q3 DOI:10.1159/000545275 PMID:40101697	研究论文	基于scRNA-seq数据，研究特发性非梗阻性无精子症中精原干细胞DNA损伤基因的生物信息学分析	揭示了睾丸微环境和DNA损伤在调控人类精原干细胞中的可预测机制，并提出了男性不育的潜在治疗靶点	需要进一步研究以确认预测的潜在机制、通路和治疗靶点	探究DNA损伤与男性不育之间的关系，特别是精原干细胞的基因组稳定性机制	特发性非梗阻性无精子症（NOA）和正常睾丸的精原干细胞	生物信息学	男性不育	scRNA-seq, WGCNA分析, LASSO回归, MNC计算算法	NA	单细胞RNA测序数据	特发性非梗阻性无精子症和正常睾丸的scRNA-seq数据集
214	2025-06-06	Bulk and single-cell RNA-sequencing analyses revealed potential key genes and the role of CCL19/CCL21-CCR7 axis in hidradenitis suppurativa 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322565 PMID:40455785	研究论文	通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，揭示了化脓性汗腺炎(HS)中潜在的关键基因及CCL19/CCL21-CCR7轴的作用	整合三种机器学习方法并验证独立数据集，成功鉴定出AKR1B10、IGFL2、WNK2、SLAMF7和CCR7作为HS治疗的潜在枢纽基因和治疗靶点	NA	识别HS病变和周围血中的关键基因表达模式、枢纽基因，并分析CCL19/CCL21-CCR7轴的潜在作用	化脓性汗腺炎(HS)病变和周围血	生物信息学	化脓性汗腺炎	批量RNA测序, 单细胞RNA测序	机器学习	RNA测序数据	NA
215	2025-06-06	Targeting myeloid cells in pancreatic ductal adenocarcinoma: from primary tumors to liver metastasis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1555036 PMID:40458409	综述	本文探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）中原发肿瘤和肝转移中髓系细胞的靶向治疗策略	重点分析了PDAC不同阶段（原发肿瘤、转移前微环境和转移部位）的免疫抑制机制，并探讨了靶向髓系细胞的创新治疗策略	临床数据主要来自晚期疾病患者，与临床前研究主要关注原发肿瘤的情况存在差异	研究PDAC中髓系细胞在肿瘤微环境中的作用及靶向治疗策略	胰腺导管腺癌（PDAC）的原发肿瘤和肝转移	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学	NA	NA	NA
216	2025-06-06	CX3CR1+ Monocytes/Macrophages Promote Regional Immune Injury in Mesangial Proliferative Glomerulonephritis through Crosstalk with Activated Mesangial Cells 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0716 PMID:40458609	研究论文	本研究探讨了CX3CR1+单核细胞/巨噬细胞通过与激活的系膜细胞相互作用促进系膜增生性肾小球肾炎（MsPGN）区域免疫损伤的机制	揭示了CX3CL1-CX3CR1轴作为MsPGN治疗新靶点的证据，并验证了CX3CL1单克隆抗体quetmolimab的治疗效果	研究主要基于动物模型和临床标本，尚未进行大规模临床试验	探究MsPGN区域免疫损伤的机制并寻找潜在治疗靶点	系膜增生性肾小球肾炎（MsPGN）患者和动物模型	免疫学	肾小球肾炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞通讯分析（cellchat analysis）、RNA-seq、Luminex多重免疫分析	动物模型	基因表达数据、蛋白质数据	临床标本和MsPGN动物模型
217	2025-06-06	CD151 Promotes Cancer Progression in Triple-Negative Breast Cancer by Inducing EMT through the MAPK Signaling Pathway 2025, Breast cancer (Dove Medical Press) DOI:10.2147/BCTT.S518760 PMID:40458675	研究论文	本研究探讨了CD151在三阴性乳腺癌（TNBC）中通过MAPK信号通路诱导上皮间质转化（EMT）从而促进癌症进展的机制	揭示了CD151通过与整合素α3β1结合激活MAPK信号通路进而诱导EMT的新机制	研究主要基于体外实验和临床样本分析，缺乏体内动物模型的验证	阐明CD151在TNBC中的促肿瘤作用及其分子机制	TNBC临床样本和细胞系	肿瘤生物学	乳腺癌	免疫组织化学、Western blotting、RNA干扰、单细胞RNA测序、免疫共沉淀	NA	蛋白质表达数据、基因表达数据	TNBC临床样本和细胞系（具体数量未明确说明）
218	2025-06-06	Cellular Heterogeneity and IL-17 Pathway Dynamics Reveal Insights into the Transition from Ulcerative Colitis to Colorectal Cancer Through scRNA-Seq Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S505313 PMID:40458692	research paper	通过单细胞RNA测序分析揭示了从溃疡性结肠炎到结直肠癌转变过程中的细胞异质性和IL-17通路动态	揭示了IL-17信号通路、Treg细胞扩增和C-MYC激活在疾病进展中的潜在作用	样本量较小，仅包括一名患者的组织样本	研究溃疡性结肠炎（UC）向结直肠癌（CACRC）转变过程中的分子和细胞变化	UC和CACRC患者的组织样本	digital pathology	colorectal cancer	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	一名患者的正常结肠、UC病变组织和CACRC组织样本
219	2025-06-06	[Donor T cell exhaustion and immune tolerance after allogeneic hematopoietic cell transplantation] 2025, [Rinsho ketsueki] The Japanese journal of clinical hematology DOI:10.11406/rinketsu.66.339 PMID:40467463	研究论文	本文探讨了同种异体造血细胞移植后供体T细胞耗竭与免疫耐受的机制	通过单细胞RNA测序发现钙调磷酸酶抑制剂（CNIs）抑制供体T细胞耗竭，同时诱导效应样耗竭T细胞，这些细胞在慢性GVHD发展中起关键作用	目前主要基于小鼠HCT模型，患者样本数据仍在积累和分析中	研究同种异体造血细胞移植后慢性GVHD的预防机制	供体T细胞	免疫学	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠HCT模型	RNA测序数据	小鼠模型数据，患者样本数据正在积累
220	2025-06-06	Ferroptosis in idiopathic pulmonary fibrosis: mechanisms, impact, and therapeutic opportunities 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567994 PMID:40469306	综述	本文综述了铁死亡在特发性肺纤维化(IPF)中的作用机制、影响及潜在治疗机会	整合了单细胞RNA测序定义的异质性和可塑性，探讨了铁死亡作为IPF治疗靶点的新策略	IPF的确切病因仍不明确，铁死亡在IPF中的具体作用机制仍需进一步研究	探讨铁死亡在IPF发病机制中的作用及潜在治疗靶点	特发性肺纤维化(IPF)及其相关细胞类型(肺泡上皮细胞、巨噬细胞、成纤维细胞)	病理学	特发性肺纤维化	scRNA-seq	NA	分子表达数据	NA