单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-06-29	Molecular characterization of benign intracranial glioependymal and arachnoid cysts suggest heterogeneous mechanisms of action 2025-Jul-01, Journal of neuropathology and experimental neurology IF:3.2Q2 DOI:10.1093/jnen/nlaf029 PMID:40197611	研究论文	本研究对良性颅内胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿进行了分子特征分析，揭示了其不同的发病机制	首次通过单细胞测序和RNA表达谱比较，揭示了胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿具有不同的细胞特征和表达谱	样本量较小（仅16例患者），且仅对部分病例进行了液体成分分析	探究良性颅内囊肿的形成和生长机制	16例接受手术治疗的良性颅内囊肿患者	神经病理学	颅内囊肿	H&E染色、免疫荧光染色、单细胞测序、RNA表达谱分析	NA	组织样本、液体样本、基因表达数据	16例患者（8例病理样本，4例液体样本）
202	2025-06-29	Regional differences in progenitor metabolism shape brain growth during development 2025-Jun-26, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.04.003 PMID:40300602	研究论文	本研究通过单细胞分辨率的小鼠大脑出生日期图谱和单细胞RNA测序，揭示了大脑发育过程中区域扩张的机制	首次提供了小鼠大脑单细胞分辨率的出生日期图谱，并发现线粒体功能的空间时间异质性调控区域祖细胞循环行为	研究主要基于小鼠模型，人类大脑发育的类似机制尚需进一步验证	探索哺乳动物大脑区域扩张的发育机制	小鼠大脑的发育过程	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
203	2025-06-29	Advantages of cell proliferation and immune regulation in CD146+NESTIN+ HUMSCs: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jun-24, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae063 PMID:39428975	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究CD146+NESTIN+人脐带间充质干细胞（HUMSCs）在细胞增殖和免疫调节方面的优势	首次通过单细胞测序揭示了CD146+Nestin+ HUMSCs在细胞增殖、免疫调节和低分化方面的优势，并比较了不同胎龄HUMSCs和骨髓间充质干细胞（BMSCs）中该亚群的比例差异	样本量较小（仅3名不同胎龄的HUMSCs供体和2个公共数据库的BMSCs数据），可能影响结果的普遍性	探索HUMSCs中CD146+Nestin+亚群的生物学特性及其临床应用潜力	人脐带间充质干细胞（HUMSCs）和骨髓间充质干细胞（BMSCs）	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	3名不同胎龄（22+5周、28周和39周）的HUMSCs供体，以及2个公共数据库的BMSCs数据
204	2025-06-29	Endothelial Cell Phenotypic Plasticity in Cardiovascular Physiology and Disease: Mechanisms and Therapeutic Prospects 2025-Jun-16, American journal of hypertension IF:3.2Q2 DOI:10.1093/ajh/hpaf027 PMID:39989120	research paper	本文探讨了内皮细胞在心血管生理和疾病中的表型可塑性及其机制与治疗前景	利用单细胞RNA测序技术揭示内皮细胞的分子多样性和转录异质性，并探索内皮细胞重编程作为治疗心血管疾病的新策略	文中未明确提及研究的样本量或具体实验设计的局限性	研究内皮细胞的表型可塑性及其在心血管疾病中的作用，以开发靶向治疗策略	内皮细胞（ECs）及其在不同血管床和发育阶段的表型变化	心血管生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
205	2025-06-29	Spatially separated epithelium-associated and lamina propria neutrophils present distinct functional identities in the inflamed colon mucosa 2025-Jun, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.008 PMID:40057307	research paper	该研究揭示了炎症性肠病（IBD）中结肠黏膜内不同空间定位的中性粒细胞（PMNs）具有不同的功能特性	首次研究了空间定位驱动的中性粒细胞功能异质性，并发现上皮相关中性粒细胞（EANs）可能作为疾病驱动因素	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更大规模的人类队列中验证	探究IBD中不同空间定位中性粒细胞的功能差异及其临床意义	结肠黏膜中的中性粒细胞（包括固有层中性粒细胞LPNs和上皮相关中性粒细胞EANs）	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间RNA转录组学、实时活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	UC患者样本和小鼠结肠炎模型
206	2025-05-22	Corrigendum to "Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics" 2025-Jun, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals DOI:10.1016/j.dmd.2025.100088 PMID:40393347	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
207	2025-06-29	Accurate Transcription Factor Activity Inference to Decipher Cell Identity from Single-Cell Transcriptomic Data with MetaTF 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410745 PMID:40397381	研究论文	本文介绍了一个名为metaTF的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性，以更好地理解细胞身份和功能	metaTF框架在估计转录因子活性方面优于现有方法，并在小鼠造血干细胞发育过程中展示了其在表征细胞身份方面的改进效果	NA	通过推断转录因子活性来解密单细胞转录组数据中的细胞身份	小鼠造血干细胞和乳腺癌上皮细胞	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq	metaTF	单细胞转录组数据	NA
208	2025-06-29	mTOR signaling regulates multiple metabolic pathways in human lung fibroblasts after TGF-β and in pulmonary fibrosis 2025-Feb-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00189.2024 PMID:39745695	研究论文	本文探讨了mTOR信号在TGF-β处理后的人类肺成纤维细胞及肺纤维化中调节多种代谢途径的作用	揭示了mTOR和ATF4在肺成纤维细胞中调节氨基酸稳态、糖酵解酶和线粒体电子传递链亚基的新代谢途径	研究主要基于体外实验和公共单细胞RNA-seq数据集，缺乏体内实验验证	研究mTOR和ATF4在肺成纤维细胞代谢重编程中的作用及其在肺纤维化中的潜在治疗靶点	人类肺成纤维细胞及肺纤维化患者的肺组织	细胞生物学	肺纤维化	RNA测序、代谢组学分析、单细胞RNA-seq	NA	转录组数据、代谢组数据	NA
209	2025-06-29	Convergent and divergent immune aberrations in COVID-19, post-COVID-19-interstitial lung disease, and idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jan-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00528.2024 PMID:39510135	研究论文	研究COVID-19、COVID-19后间质性肺疾病(ILD)和特发性肺纤维化(IPF)中循环免疫细胞的转录和表型变化	发现了一个50基因特征，能够预测IPF和COVID-19死亡率，并揭示了单核细胞和T细胞亚群的基因组失衡	样本量相对较小，且未涉及长期随访数据	探究COVID-19、COVID-19后ILD和IPF中免疫细胞的异常变化及其与疾病预后的关系	227名COVID-19、COVID-19后ILD、IPF患者及对照组的全血和外周血单个核细胞(PBMCs)	免疫学	COVID-19, 间质性肺疾病, 特发性肺纤维化	nCounter基因表达分析, Luminex多重检测, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据, 蛋白质水平数据	227名受试者(包括COVID-19、COVID-19后ILD、IPF患者及对照组)
210	2025-06-29	Periplakin Attenuates Liver Fibrosis via Reprogramming CD44Low Cells into CD44High Liver Progenitor Cells 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101498 PMID:40107450	研究论文	本文研究了periakin（PPL）通过将CD44Low细胞重编程为CD44High肝祖细胞（LPCs）来减轻肝纤维化的机制	发现PPL+CD44Low细胞可以重编程为PPL+CD44High LPCs，并证实后者能显著抑制肝纤维化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索PPL在肝纤维化中的作用机制及其潜在治疗应用	肝纤维化患者和小鼠模型中的肝祖细胞（LPCs）	肝脏疾病研究	肝纤维化	单细胞测序、腺病毒转染	小鼠肝纤维化模型	基因表达数据、细胞表型数据	人类肝纤维化患者样本和小鼠模型
211	2025-06-29	THBS2 + cancer-associated fibroblasts promote EMT leading to oxaliplatin resistance via COL8A1-mediated PI3K/AKT activation in colorectal cancer 2024-Dec-28, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02180-y PMID:39732719	研究论文	本研究探讨了THBS2+癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过COL8A1介导的PI3K/AKT激活促进上皮-间质转化（EMT），从而导致结直肠癌（CRC）对奥沙利铂耐药的作用机制	首次发现THBS2+CAFs通过COL8A1-ITGB1-PI3K/AKT信号通路促进EMT和奥沙利铂耐药，为克服CRC耐药提供了新策略	未提及样本量大小，且研究结果主要基于体外实验，临床转化价值需要进一步验证	探索特定CAFs亚群促进结直肠癌奥沙利铂耐药的分子机制	THBS2+癌症相关成纤维细胞（CAFs）和结直肠癌细胞	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学分析	NA	基因表达数据	NA
212	2025-06-29	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	介绍了一种名为随机空间PCA（RASP）的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，能够扩展到具有数十万个位置的ST数据，支持非转录组协变量的灵活整合，并能重建去噪和空间平滑的单个基因表达值	NA	开发一种计算高效的方法，用于高分辨率空间转录组数据的降维分析	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学（ST）	随机两阶段主成分分析（PCA）框架	空间转录组数据	四个公开可用的ST数据集（10x Visium、Stereo-Seq、MERFISH和10x Xenium），涉及人类和小鼠组织
213	2025-06-29	Cholinergic Neuronal Activity Promotes Diffuse Midline Glioma Growth through Muscarinic Signaling 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.21.614235 PMID:39386427	research paper	研究发现胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号促进弥漫性中线胶质瘤的生长	揭示了胆碱能神经元活动通过特定回路促进健康少突胶质前体细胞和恶性胶质瘤增殖的新机制，并发现毒蕈碱受体M1和M3在此过程中的关键作用	研究主要关注胆碱能神经元的作用，其他神经调节神经元亚群的影响仍需进一步探索	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的影响机制	健康少突胶质前体细胞(OPC)和恶性弥漫性中线胶质瘤(DMG)细胞	神经肿瘤学	弥漫性中线胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序、共培养系统	小鼠模型、hiPSC衍生神经元模型	基因表达数据、细胞增殖数据	原发性患者DMG样本和小鼠模型
214	2025-06-29	Distinct tumor-TAM interactions in IDH-stratified glioma microenvironments unveiled by single-cell and spatial transcriptomics 2024-08-16, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01837-5 PMID:39148129	研究论文	通过单细胞和空间转录组学揭示了IDH分层胶质瘤微环境中肿瘤-TAM的独特相互作用	揭示了IDH-WT胶质母细胞瘤中两种具有间充质表型的TAM亚群，与患者生存率较低和对抗PD-1免疫检查点抑制剂的反应减弱相关，并提出了SLAMF9受体作为潜在治疗靶点	研究未涉及IDH突变型胶质瘤中TAMs的详细功能验证	探究IDH分层胶质瘤微环境中肿瘤-TAM的相互作用及其对治疗的影响	胶质瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	胶质瘤	单细胞转录组学, 空间转录组学, bulk RNA-seq, RT-qPCR	NA	转录组数据	NA
215	2025-06-29	Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity 2024-Apr-24, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07221-6 PMID:38658747	研究论文	通过全皮层原位测序技术揭示输入依赖性区域特性	使用BARseq高通量原位测序技术，首次在细胞分辨率下分析了104个细胞类型标记基因在1030万个细胞中的表达，揭示了皮层区域特性与转录组特征的关联	研究仅在小鼠前脑半球进行，结果在人类中的适用性尚不明确	探索大脑皮层神经元转录组特征的空间组织及其发育机制	小鼠前脑皮层神经元	神经科学	NA	BARseq高通量原位测序	NA	基因表达数据	1030万个细胞（包括4,194,658个皮层神经元）来自9个小鼠前脑半球
216	2025-06-29	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.10.588953 PMID:38645099	research paper	该研究探讨了人类特异性增强子HAR在调节神经祖细胞增殖和神经发生能力中的作用，以及对大脑皮层发育和连接性的影响	揭示了人类特异性增强子HAR通过调控WNT信号通路受体，影响神经祖细胞的行为，进而促进大脑皮层的扩展和复杂性	研究主要依赖于基因编辑的小鼠和灵长类模型，可能无法完全模拟人类大脑发育的复杂性	探究人类特异性增强子HAR在人类大脑皮层发育和复杂性中的功能贡献	神经祖细胞（NPCs）、小鼠和灵长类模型、人类和黑猩猩NPCs及皮质类器官	神经科学	NA	基因编辑、实时成像、谱系分析、单细胞RNA测序	基因编辑小鼠和灵长类模型	基因组数据、RNA测序数据、成像数据	基因编辑的小鼠和灵长类模型、人类和黑猩猩NPCs及皮质类器官
217	2025-06-28	Integrated Analyses to Identify the Roles of GPX1 in Frailty and Hypertension 2025-Jun-27, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.125.24664 PMID:40575858	研究论文	本研究通过整合分析确定GPX1在衰弱和高血压中的作用	首次通过2样本孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序验证GPX1与衰弱及高血压的正相关性，并发现甘氨酸和肉碱/麦角硫因作为潜在介导物	研究未涉及GPX1在临床治疗中的实际应用效果验证	识别衰弱和高血压的有效药物靶点	2532个可药物化基因，重点关注GPX1	生物医学研究	老年疾病	2样本孟德尔随机化分析、RNA表达谱分析、单细胞RNA测序、分子对接	孟德尔随机化模型	基因表达数据	NA
218	2025-06-28	Nanomedicine and Spleen-Targeting Strategies for Precision Immunomodulation: Advances, Challenges, and Future Perspectives 2025-Jun-27, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c04836 PMID:40576399	综述	本文综述了脾脏在免疫系统中的生物学作用、靶向脾脏的纳米药物策略及其在肿瘤和自身免疫疾病等疾病中的治疗潜力	探讨了基于系统免疫学方法（如空间转录组学）在全面理解纳米药物靶向脾脏策略中的重要性	未提及具体实验数据或临床研究结果，主要基于现有研究的总结和展望	探讨靶向脾脏的纳米药物策略在免疫调节治疗中的进展、挑战和未来前景	脾脏及其在免疫系统中的作用，以及靶向脾脏的纳米药物	纳米医学	肿瘤, 自身免疫疾病	空间转录组学	NA	NA	NA
219	2025-06-28	Anticancer Treatment Influences TREM2 in Tumor-Associated Macrophages in Lung Cancer 2025-Jun-23, Cancer research and treatment IF:4.1Q2 DOI:10.4143/crt.2024.1245 PMID:40575951	研究论文	本研究探讨了抗癌治疗对肺腺癌肿瘤微环境中TREM2表达巨噬细胞的影响	揭示了化疗药物如顺铂和奥希替尼对TREM2+巨噬细胞比例及功能的调控作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏临床样本验证	探究抗癌治疗对肿瘤微环境中TREM2表达的影响	肺腺癌肿瘤微环境中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	Kras-G12D小鼠模型	基因表达数据	人类和小鼠肺癌组织及THP-1细胞系
220	2025-06-28	Single-Cell RNA Sequencing of Rabbit Sclera at Different Developmental Stages: Unveiling Scleral Cells Atlas and the Heterogeneity of Fibroblasts 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.83 PMID:40576432	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了兔巩膜发育的单细胞转录组图谱，揭示了成纤维细胞的异质性、分化轨迹、基质体表达模式及细胞间通讯，并通过跨物种分析展示了巩膜细胞的保守分子特征	首次构建兔巩膜发育的单细胞图谱，揭示成纤维细胞亚型的异质性及ECM重塑机制，并通过跨物种比较识别保守的共表达模块	研究仅基于新西兰兔模型，未验证人类样本中的保守性结论	解析巩膜发育过程中的细胞异质性及分子机制，为眼部发育及相关疾病（如近视）研究提供基础	新西兰兔胚胎期25天（E25）及出生后7天（P7）、21天（P21）、180天（P180）的巩膜组织	单细胞转录组学	近视	scRNA-seq（DNBelab C Series建库，BGISEQ-2000测序），STAR比对，PISA生成UMI矩阵，Seurat预处理，VIA分化轨迹分析，CellChat细胞通讯分析，AUCell基质体分析，CACIMAR/hdWGCNA跨物种分析	NA	单细胞转录组数据	4个发育时间点（E25, P7, P21, P180）的兔巩膜组织样本