单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21841	2024-08-08	ZERO-INFLATED QUANTILE RANK-SCORE BASED TEST (ZIQRANK) WITH APPLICATION TO SCRNA-SEQ DIFFERENTIAL GENE EXPRESSION ANALYSIS 2021-Dec, The annals of applied statistics DOI:10.1214/21-aoas1442 PMID:35116085	研究论文	本文提出了一种基于零膨胀分位数秩得分检验（ZIQRank）的方法，用于单细胞RNA测序数据中的差异基因表达分析	ZIQRank方法同时处理了单细胞RNA测序数据的多模态和零膨胀特性，通过两部分分位数回归模型进行零计数的逻辑建模和多个预设分位数的秩得分检验，提高了检测差异表达基因的准确性	NA	开发一种新的统计方法，用于提高单细胞RNA测序数据中差异基因表达分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的差异基因表达	生物信息学	脑瘤	scRNA-seq	两部分分位数回归模型	基因表达数据	涉及人类胶质母细胞瘤肿瘤和鼠肠道类器官细胞的数据
21842	2024-08-08	Mitochondrial inhibitors circumvent adaptive resistance to venetoclax and cytarabine combination therapy in acute myeloid leukemia 2021-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-021-00264-y PMID:35122057	研究论文	本文定义了一个'MitoScore'特征，识别AML患者体内高线粒体氧化磷酸化，并研究了线粒体抑制剂如何克服AML对venetoclax和cytarabine联合治疗的适应性抗药性	发现了AML细胞对venetoclax和cytarabine联合治疗的适应性抗药性与线粒体氧化磷酸化、电子传递链复合体及TP53通路的变化有关，并提出了使用线粒体抑制剂来延迟复发的新策略	NA	研究如何克服AML对venetoclax和cytarabine联合治疗的适应性抗药性	急性髓系白血病（AML）细胞及其对特定治疗的抗药性	NA	急性髓系白血病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
21843	2024-08-08	Gradient of Developmental and Injury Response transcriptional states defines functional vulnerabilities underpinning glioblastoma heterogeneity 2021-02, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-020-00154-9 PMID:35122077	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了来自26名患者的69,000多个胶质母细胞瘤干细胞（GSCs），揭示了GSCs在转录水平上的高度异质性，并发现这种异质性可能与正常神经发育和炎症伤口反应的转录状态有关。	首次通过单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9基因敲除筛选，揭示了胶质母细胞瘤干细胞的转录异质性与其功能脆弱性之间的关系。	研究主要集中在细胞培养和基因敲除筛选上，可能未能完全反映肿瘤在体内的复杂环境。	探究胶质母细胞瘤干细胞的转录异质性及其对肿瘤功能的影响。	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）及其转录状态。	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序，CRISPR-Cas9	NA	转录组数据	69,000多个GSCs来自26名患者
21844	2024-08-08	Single-Cell Transcriptome Analysis of Chronic Antibody-Mediated Rejection After Renal Transplantation 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.767618 PMID:35111153	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了慢性抗体介导的排斥反应（cABMR）患者外周血单核细胞的转录组图谱	首次通过单细胞RNA测序技术详细揭示了cABMR中T细胞和B细胞的基因表达变化及其与炎症反应的关系	研究仅限于外周血单核细胞的分析，未涉及肾脏组织中的细胞	探讨慢性抗体介导的排斥反应后肾移植患者免疫细胞的转录组变化及其机制	慢性抗体介导的排斥反应患者的外周血单核细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	cABMR患者和对照组的外周血单核细胞样本
21845	2024-08-08	High Throughput scRNA-Seq Provides Insights Into Leydig Cell Senescence Induced by Experimental Autoimmune Orchitis: A Prominent Role of Interstitial Fibrosis and Complement Activation 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.771373 PMID:35111154	研究论文	本文通过高通量单细胞RNA测序研究了实验性自身免疫性睾丸炎（EAO）诱导的莱迪细胞衰老，并探讨了间质纤维化和补体激活在其中的作用	首次揭示了EAO环境下莱迪细胞衰老的机制，特别是补体激活和间质纤维化在其中的重要作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨慢性炎症环境下莱迪细胞的衰老机制	莱迪细胞在实验性自身免疫性睾丸炎中的衰老过程	数字病理学	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	小鼠模型
21846	2024-08-08	The ALDH Family Contributes to Immunocyte Infiltration, Proliferation and Epithelial-Mesenchymal Transformation in Glioma 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.756606 PMID:35116021	研究论文	本研究探讨了醛脱氢酶家族在胶质瘤中的作用，通过大量RNA测序和单细胞RNA测序分析，发现该家族与肿瘤细胞增殖、迁移及免疫环境调控有关。	首次深入研究了醛脱氢酶家族在胶质瘤中的具体作用，特别是在肿瘤细胞增殖、迁移和免疫环境调控方面。	研究主要基于数据分析，缺乏体内外实验验证。	探讨醛脱氢酶家族在胶质瘤中的作用及其对患者预后的影响。	醛脱氢酶家族在胶质瘤中的作用及其对肿瘤细胞增殖、迁移的影响。	数字病理学	脑瘤	RNA测序	NA	基因表达数据	训练集包含癌症基因组图谱数据，验证集包括中国胶质瘤基因组图谱和基因表达综合数据库的数据。
21847	2024-08-08	Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Neutrophil Heterogeneity and Functional Multiplicity in the Early Stage of Severe Burn Patients 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.792122 PMID:35116026	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了健康捐赠者和早期烧伤患者循环中性粒细胞（PMNs）的转录组图谱，揭示了PMNs的异质性和功能多样性	首次详细分析了早期严重烧伤阶段PMNs的异质性和功能多样性，并发现了先前未描述的转录因子	NA	旨在阐明早期严重烧伤阶段PMNs异质性对病理生理学及相关机制的影响	健康捐赠者和早期烧伤患者的循环中性粒细胞	数字病理学	烧伤	单细胞RNA测序	NA	转录组	健康捐赠者和早期烧伤患者的循环中性粒细胞被分为五个亚群
21848	2024-08-08	Single Cell RNA Sequencing in Autoimmune Inflammatory Rheumatic Diseases: Current Applications, Challenges and a Step Toward Precision Medicine 2021, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2021.822804 PMID:35118101	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在自身免疫性炎症性风湿病研究中的当前应用、挑战及其在精准医学发展中的潜在作用	scRNA-seq技术能够分析单个细胞的整个转录组，揭示复杂的细胞网络，为开发更精准和个性化的治疗方法提供指标	自身免疫性炎症性风湿病的复杂性和患者的高度异质性使得完全理解其病理机制变得困难，且现有的治疗选择有限，长期效果不佳甚至有毒性	深入研究风湿病和药物抵抗的细胞和分子机制，识别新的治疗靶点，并推动基于分层和知情治疗决策的使用	自身免疫性炎症性风湿病	数字病理学	风湿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
21849	2024-08-08	A Systematic Review on PD-1 Blockade and PD-1 Gene-Editing of CAR-T Cells for Glioma Therapy: From Deciphering to Personalized Medicine 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.788211 PMID:35126356	综述	本文综述了PD-1阻断和PD-1基因编辑的CAR-T细胞在胶质瘤治疗中的应用，旨在探讨这两种方法的优缺点，并提出改善胶质瘤患者预后的新策略。	提出了基于单细胞测序的第四代CAR-T细胞，能够覆盖患者来源的新抗原，并抑制相关的抑制性免疫检查点分子，从而改善抗肿瘤免疫反应。	NA	探讨PD-1阻断和PD-1基因编辑的CAR-T细胞在胶质瘤治疗中的应用，提出改善胶质瘤患者预后的新策略。	胶质瘤治疗中的PD-1阻断和PD-1基因编辑的CAR-T细胞。	免疫疗法	胶质瘤	单细胞测序	CAR-T细胞	基因编辑	动物模型
21850	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing in Lung Cancer: Revealing Phenotype Shaping of Stromal Cells in the Microenvironment 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.802080 PMID:35126365	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在肺癌肿瘤微环境中基质细胞研究中的最新进展	单细胞RNA测序技术提供了前所未有的基因表达谱分辨率，使得能够在单细胞水平上进行基因表达的定量分析	NA	深入理解肿瘤微环境中的基质成分，以促进肺癌的诊断和治疗	肺癌肿瘤微环境中的基质细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
21851	2024-08-08	Comprehensive Analysis of Immune-Related Prognosis of TK1 in Hepatocellular Carcinoma 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.786873 PMID:35127491	研究论文	本研究利用TCGA数据库分析了TK1在肝细胞癌中的表达及其对患者生存的影响，并探讨了TK1与免疫细胞浸润的关系及其在肝细胞癌中的预后价值	首次揭示了TK1表达与肝细胞癌中免疫细胞浸润的关联，并建立了基于TK1相关免疫基因的预后风险评分模型	研究主要基于TCGA数据库，可能存在样本量和临床数据的局限性	探讨TK1在肝细胞癌中的免疫相关预后价值及其与免疫细胞浸润的关系	肝细胞癌患者及HepG2细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序分析	COX回归分析	mRNA和蛋白质	TCGA数据库中的肝细胞癌患者样本
21852	2024-08-08	Properties and Roles of γδT Cells in Plasmodium yoelii nigeriensis NSM Infected C57BL/6 Mice 2021, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2021.788546 PMID:35127555	研究论文	本研究探讨了γδT细胞在感染Plasmodium yoelii nigeriensis NSM的C57BL/6小鼠中的性质和作用	通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了γδT细胞的多样性，并揭示了其在感染后的动态变化和激活状态	NA	研究γδT细胞在抗疟疾感染中的作用及其对免疫反应的影响	感染Plasmodium yoelii nigeriensis NSM的C57BL/6小鼠的γδT细胞	免疫学	疟疾	流式细胞术，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	细胞	感染和未感染的C57BL/6小鼠的脾脏γδT细胞
21853	2024-08-08	Regeneration of Jaw Joint Cartilage in Adult Zebrafish 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.777787 PMID:35127702	研究论文	研究探讨成年斑马鱼下颌关节软骨的再生能力及其机制	首次展示了成年斑马鱼能够再生受损的下颌关节软骨，并揭示了参与再生的细胞类型和分子标记	NA	探索斑马鱼下颌关节软骨的再生能力及其潜在的细胞和分子机制	成年斑马鱼的下颌关节软骨	NA	关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	1年龄的斑马鱼
21854	2024-08-08	Single-Cell RNA-Seq Reveals the Promoting Role of Ferroptosis Tendency During Lung Adenocarcinoma EMT Progression 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.822315 PMID:35127731	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了肺腺癌中上皮-间质转化（EMT）与铁死亡倾向之间的调控关系	发现了EMT与铁死亡倾向之间的正相关关系，并构建了分子调控的有向网络	NA	探究肺腺癌中EMT与铁死亡倾向的关联及其对肿瘤转移和免疫治疗反应的影响	肺腺癌细胞中的上皮细胞	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了GEO数据库中的GSE131907数据集
21855	2024-08-08	Haploinsufficiency of PSMD12 Causes Proteasome Dysfunction and Subclinical Autoinflammation 2022-06, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42070 PMID:35080150	研究论文	本研究探讨了由PSMD12半合子不足引起的新型蛋白酶体相关自身炎症综合征（PRAAS）的致病机制	首次发现PSMD12半合子不足导致的炎症标志物及神经发育障碍，扩展了PRAAS的基因型和表型谱	NA	研究PSMD12半合子不足引起的新型PRAAS的致病机制	家族成员的皮肤疹、先天性葡萄膜炎和发育迟缓	NA	自身炎症性疾病	全外显子测序、单细胞RNA测序	NA	RNA	2个家族成员
21856	2024-08-08	Systems-level analysis of transcriptome reorganization during liver regeneration 2022-05-11, Molecular omics IF:3.0Q3 DOI:10.1039/d1mo00382h PMID:35072185	研究论文	本研究通过网络推断和数学建模方法分析了肝脏再生过程中大量RNA测序时间序列数据，揭示了代谢、RNA剪接和细胞周期在肝脏再生中的整体协调作用	本研究通过构建动态调控网络和数学模型，揭示了HNF4A作为关键转录激活因子在肝脏再生中的作用，以及其在调控肝脏再生启动和终止中的双稳态失活机制	NA	理解肝脏在损伤或切除后平衡肝脏功能和增殖需求的调控机制	肝脏再生过程中的转录组重组织	生物信息学	NA	RNA测序	数学模型	RNA测序数据	两组三分之二部分肝切除（PHx）后的肝脏样本
21857	2024-08-08	In Vitro Matured Human Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiomyocytes Form Grafts With Enhanced Structure and Function in Injured Hearts 2022-05-03, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.121.053563 PMID:35089805	研究论文	研究通过在聚二甲基硅氧烷（PDMS）衬里的滚瓶中培养，实现了人多能干细胞衍生的心肌细胞（hPSC-CMs）的大规模成熟制造，并证明了这些细胞移植后在受损心脏中形成具有增强结构和功能的移植物	首次提供了证据表明，移植更成熟的心肌细胞在体内产生更好的结果	文章未明确提及现有研究的局限性	探索人多能干细胞衍生的心肌细胞在心脏再生中的应用潜力，并通过改进培养方法提高其成熟度和移植效果	人多能干细胞衍生的心肌细胞（hPSC-CMs）及其在心脏再生中的应用	细胞生物学	心血管疾病	免疫细胞化学、超微结构分析、荧光钙成像、批量和单细胞转录组学	NA	细胞	使用了一个转基因的人多能干细胞系，生成了超过1×10^8个成熟hPSC-CMs
21858	2024-08-08	Liver stromal cells restrict macrophage maturation and stromal IL-6 limits the differentiation of cirrhosis-linked macrophages 2022-05, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2021.12.036 PMID:35074474	研究论文	本研究探讨了人肝星状细胞如何影响髓系细胞的特性，并利用星状-髓系共培养系统研究了这些相互作用在肝硬化背景下的应用。	发现肝星状细胞通过减少CD14+细胞亚群的频率和影响巨噬细胞的分化，限制了巨噬细胞的成熟，并揭示了IL-6在肝星状细胞限制CD9+巨噬细胞分化中的作用。	NA	研究人肝星状细胞如何影响髓系细胞的特性，并理解星状-髓系共培养系统在肝硬化研究中的应用。	人肝星状细胞和髓系细胞的相互作用。	数字病理学	肝硬化	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	非肝硬化组织样本7例，肝硬化组织样本5例
21859	2024-08-08	Prostate luminal progenitor cells: from mouse to human, from health to disease 2022-04, Nature reviews. Urology DOI:10.1038/s41585-021-00561-2 PMID:35079142	综述	本文综述了前列腺腔内祖细胞的研究进展，从鼠类到人类，从健康到疾病	近年来，单细胞转录组学的兴起使得对鼠类和人类前列腺腔内祖细胞的全面分析成为可能	NA	探讨前列腺腔内祖细胞在前列腺病理生理中的作用及其对雄激素剥夺疗法的抵抗性	前列腺腔内祖细胞	NA	前列腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
21860	2024-08-08	Clonally expanded B cells in multiple sclerosis bind EBV EBNA1 and GlialCAM 2022-03, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04432-7 PMID:35073561	研究论文	本文研究了多发性硬化症（MS）患者脑脊液中的B淋巴细胞与EB病毒EBNA1和GlialCAM的结合，揭示了EBNA1与GlialCAM之间的高亲和力分子模拟机制。	首次展示了EBNA1与GlialCAM之间的高亲和力分子模拟，并提供了结构和功能证据，支持其在多发性硬化症中的病理作用。	NA	探讨EB病毒与多发性硬化症之间的关联机制，并可能指导新疗法的开发。	多发性硬化症患者的B淋巴细胞、EB病毒EBNA1和GlialCAM。	免疫学	多发性硬化症	单细胞测序、蛋白质微阵列、晶体结构分析	NA	蛋白质	NA