单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2161	2025-04-04	A highland-adaptation variant near MCUR1 reduces its transcription and attenuates erythrogenesis in Tibetans 2025-Mar-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100782 PMID:40043709	研究论文	该研究通过全基因组测序和功能研究，揭示了MCUR1基因在高原适应中的新作用及其调控红细胞生成的机制	首次发现MCUR1基因在高原适应中的关键作用，并揭示了其通过线粒体钙稳态调控红细胞生成的新机制	研究主要基于细胞实验，缺乏在体实验验证	探索高原适应的遗传机制	藏族高原居民和汉族低地居民	基因组学	高原适应相关疾病	全基因组测序, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据	藏族高原居民和汉族低地居民的基因组样本
2162	2025-04-04	Spatial transcriptomics identifies novel Pseudomonas aeruginosa virulence factors 2025-Mar-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100805 PMID:40081336	研究论文	本研究利用双重空间转录组学方法，同时捕获铜绿假单胞菌基因与宿主转录组的表达，揭示了感染角膜中病原体和宿主特异性基因表达的差异模式	结合细菌和宿主空间转录组学，揭示了复杂的宿主-病原体相互作用，并发现了新的毒力介质PA2590	研究仅使用小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	研究宿主-病原体相互作用，识别与疾病严重程度相关的生物标志物	铜绿假单胞菌和小鼠模型	空间转录组学	眼部感染	空间转录组学	ridge regression	转录组数据	小鼠感染模型
2163	2025-04-04	20 years of stemness: From stem cells to hypertranscription and back 2025-Mar-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102406 PMID:39919752	综述	本文回顾了过去20年干细胞转录组学的发展，从微阵列技术到单细胞RNA测序的应用，并探讨了干细胞超转录状态的发现	揭示了干细胞超转录状态的存在，并发现20年前的干细胞特征基因标记实际上是超转录的标志	主要基于历史数据的回顾性分析，缺乏新的实验验证	探讨干细胞转录组学的发展历程及其在生理和疾病研究中的意义	胚胎干细胞和成体干细胞	转录组学	NA	微阵列技术, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
2164	2025-04-04	Adverse prognosis gene expression patterns in metastatic castration-resistant prostate cancer 2025-Feb-22, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70001 PMID:39985777	研究论文	该研究通过分析1012个mCRPC组织样本，识别了与临床结果相关的五种基因表达通路簇，并探讨了其预后意义	首次全面分析了mCRPC中预后相关基因表达通路，并揭示了AR信号丢失、高增殖和糖酵解表型作为不良预后通路	仅272例患者有生存数据，样本量相对有限	探究mCRPC中基因表达通路与临床预后的关联	转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)患者	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq, 基因集变异分析	NA	基因表达数据	1012个mCRPC组织样本(来自769名患者)
2165	2025-04-04	CENPF as a Potential Biomarker Associated with the Immune Microenvironment of Renal Cancer 2025 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338251330791 PMID:40165474	研究论文	本研究探讨了中心粒蛋白F（CENPF）作为肾癌潜在预后生物标志物的作用及其与肿瘤免疫微环境的关系	首次发现CENPF在肾癌中的高表达与不良预后相关，并揭示了其与特定免疫细胞亚群的关联	研究主要基于回顾性数据，需要前瞻性研究进一步验证	探索肾癌的新型预后生物标志物及其在肿瘤免疫微环境中的作用	肾癌患者（包括KIRC、KICH和KIRP亚型）的组织和血浆样本	数字病理学	肾癌	qPCR、单细胞测序、CIBERSORT算法	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA数据库中的肾癌样本及GSE159115数据集
2166	2025-04-04	Enhancing pancreatic cancer treatment: the role of H101 oncolytic virus in irreversible electroporation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1546242 PMID:40170848	研究论文	本研究探讨了H101溶瘤病毒与不可逆电穿孔（IRE）联合治疗胰腺癌的效果及其机制	首次提出将H101溶瘤病毒作为IRE治疗的补充疗法，通过激活JNK-MAPK通路增强治疗效果	研究主要基于细胞实验和小鼠模型，尚未进行临床试验	提高胰腺癌治疗效果	胰腺癌细胞和小鼠模型	肿瘤治疗	胰腺癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq	小鼠皮下肿瘤模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
2167	2025-04-04	A Noninvasive Menstrual Blood-Based Diagnostic Platform for Endometriosis Using Digital Droplet Enzyme-Linked Immunosorbent Assay and Single-Cell RNA Sequencing 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0652 PMID:40171018	research paper	开发了一种基于月经血的无创诊断平台，用于子宫内膜异位症的检测，结合了数字液滴酶联免疫吸附试验（ddELISA）和单细胞RNA测序技术	首次将月经血作为无创诊断样本，开发了高灵敏度的ddELISA方法，并结合单细胞RNA测序验证了月经血中子宫内膜细胞的炎症和免疫特性与子宫内膜异位症病变相似	研究中未提及样本的具体数量，且新方法的临床实用性尚需进一步验证	开发一种高特异性、无创的体外诊断方法，用于子宫内膜异位症的检测	月经血中的遗传和炎症标志物	digital pathology	endometriosis	digital droplet enzyme-linked immunosorbent assay (ddELISA), single-cell RNA sequencing	NA	genetic and inflammatory markers, RNA sequencing data	NA
2168	2025-04-04	Spatial genomics reveals cholesterol metabolism as a key factor in colorectal cancer immunotherapy resistance 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1549237 PMID:40171265	研究论文	该研究利用空间转录组学技术揭示了胆固醇代谢在结直肠癌免疫治疗耐药中的关键作用	首次通过空间转录组学技术系统分析了肿瘤微环境中胆固醇代谢与免疫治疗耐药的关系	研究样本量相对较小(16个肿瘤)，且基于小鼠模型(Mc38)的结果需要进一步在人类样本中验证	探索结直肠癌免疫检查点抑制剂(ICI)治疗耐药的分子机制	MC38同源肿瘤模型(小鼠结直肠癌模型)	空间转录组学	结直肠癌	空间转录组学、bulk-RNA测序	MC38同源肿瘤模型	空间转录组数据、bulk-RNA测序数据	16个肿瘤样本，48,636个转录组测序点
2169	2025-04-04	Uncovering the heterogeneity of NK cells on the prognosis of HCC by integrating bulk and single-cell RNA-seq data 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1570647 PMID:40171266	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA-seq数据，揭示了自然杀伤细胞(NK细胞)在肝细胞癌(HCC)预后中的异质性	首次基于NK细胞标志物建立了两基因预后特征，并揭示了其在肿瘤微环境(TME)中的作用，为免疫治疗策略提供了新见解	研究样本量有限，且仅基于特定数据集进行分析	探究NK细胞在HCC肿瘤微环境中的作用及其预后价值	肝细胞癌(HCC)患者及其肿瘤微环境中的NK细胞	数字病理	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), WGCNA, ssGSEA	预后风险评分模型	RNA-seq数据	来自GSE149614和TCGA数据集的样本(具体数量未明确说明)
2170	2025-04-04	Single-Cell Multiomics Identifies Glycan Epitope LacNAc as a Potential Cell-Surface Effector Marker of Peripheral T Cells in Bladder Cancer Patients 2024-12-20, ACS chemical biology IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acschembio.4c00635 PMID:39582226	研究论文	该研究通过单细胞多组学技术，鉴定出糖基化表位LacNAc作为膀胱癌患者外周T细胞的潜在表面效应标记物	首次系统整合了单细胞转录组、T细胞受体(TCR)库和糖基化表位LacNAc分析，揭示了LacNAc在外周T细胞中的新功能	研究仅针对膀胱癌患者，未验证其他癌症类型中LacNAc的功能	探索外周血免疫细胞在肿瘤进展中的表型变化及其分子机制	膀胱癌患者的外周血T细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞多组学分析、化学酶标记、DNA条形码	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据、糖基化数据	膀胱癌患者的外周血样本
2171	2025-04-04	Single-Cell Transcriptomic Dataset of RPGR-associated Retinitis Pigmentosa Patient-Derived Retinal Organoids 2024-Nov-26, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-04124-z PMID:39592612	研究论文	本研究利用来自正常和RPGR突变的人类诱导多能干细胞(hiPSC)在四个发育阶段(40、90、150和200天)的视网膜类器官(ROs)，通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了71,096个细胞，探索RPGR相关视网膜变性的机制	首次提供了RPGR相关视网膜色素变性患者来源的视网膜类器官的单细胞转录组数据集，为探索RPGR突变导致光感受器功能障碍的机制提供了数据资源和参考	研究仅针对RPGR相关视网膜色素变性，可能无法推广到其他类型的视网膜疾病	探索RPGR突变导致光感受器功能障碍的机制，支持靶向治疗的开发	来自正常和RPGR突变的人类诱导多能干细胞(hiPSC)的视网膜类器官(ROs)	数字病理学	视网膜色素变性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	71,096个细胞(33,839个来自对照组，37,257个来自RPGR突变组)
2172	2025-04-04	Loss of PADI2 and PADI4 ameliorates sepsis-induced acute lung injury by suppressing NLRP3+ macrophages 2024-Nov-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181686 PMID:39405117	研究论文	本研究揭示了PADI2和PADI4在脓毒症诱导的急性肺损伤(ALI)中的关键作用及其通过调控NLRP3+巨噬细胞促进炎症消退和组织修复的机制	首次发现PADI2和PADI4双敲除通过抑制NLRP3+促炎巨噬细胞并促进Chil3+髓系细胞向抗炎巨噬细胞分化来改善脓毒症ALI，揭示了PADIs/NLRP3/Ym1通路作为潜在治疗靶点	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究PADI2和PADI4在脓毒症诱导急性肺损伤中的具体作用机制	铜绿假单胞菌肺炎诱导的脓毒症小鼠模型	免疫学	脓毒症/急性肺损伤	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)，基因敲除实验	基因敲除小鼠模型(Padi2-/- Padi4-/- DKO)	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因敲除小鼠模型
2173	2025-04-04	Lenalidomide-induced pure red cell aplasia is associated with elevated expression of MHC-I molecules on erythrocytes 2024-Nov-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54571-w PMID:39578482	research paper	该研究探讨了来那度胺诱导的纯红细胞再生障碍性贫血（PRCA）与红细胞上MHC-I分子表达升高的关联	揭示了来那度胺通过增加红细胞MHC-I表达，进而激活CD8 T细胞导致PRCA的新机制	研究基于单个病例，需要更大样本验证	探究来那度胺治疗导致PRCA的分子机制	多发性骨髓瘤患者	血液病学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	1例多发性骨髓瘤患者
2174	2025-04-04	A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.624210 PMID:39605632	研究论文	本文通过器官靶向单细胞RNA测序技术，揭示了机械敏感离子通道PIEZO2在脂肪感觉神经支配中的关键作用	首次发现PIEZO2在脂肪感觉神经支配中的主导作用，为探索非传统机械活性器官（如脂肪组织）中的机械感觉功能开辟了新途径	研究主要基于小鼠模型，人类脂肪组织中PIEZO2的功能尚需进一步验证	阐明脂肪组织中感觉传入神经的分子机制	脂肪组织感觉神经支配的背根神经节（DRG）神经元	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2175	2025-04-04	Multidimensional profiling of human T cells reveals high CD38 expression, marking recent thymic emigrants and age-related naive T cell remodeling 2024-10-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.08.019 PMID:39321807	研究论文	通过单细胞RNA-seq/ATAC-seq数据分析，识别了人类最近胸腺迁出细胞（RTE）的表面标记物CD38，并研究了其在年龄相关T细胞重塑中的作用	首次通过CD38蛋白表达明确识别CD8和CD4 RTE，并揭示了年龄相关的转录重编程和细胞因子产生的变化	研究样本量相对有限（158人），且未涉及不同疾病状态下的RTE变化	探索人类最近胸腺迁出细胞（RTE）的精确定义及其在免疫衰老中的作用	人类T细胞，特别是CD8和CD4 RTE	免疫学	NA	单细胞RNA-seq/ATAC-seq，光谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，表观遗传数据	158名个体
2176	2025-04-04	Enhancing Endogenous Hyaluronic Acid in Osteoarthritic Joints with an Anti-Inflammatory Supramolecular Nanofiber Hydrogel Delivering HAS2 Lentivirus 2024-10, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202400542 PMID:38593309	研究论文	开发了一种超分子纳米纤维水凝胶HAS2@DexP-Gel，用于增强骨关节炎关节内源性透明质酸的产生并抑制滑膜炎症	使用地塞米松磷酸钠作为载体递送编码透明质酸合成酶2的慢病毒，通过调节滑膜细胞亚群比例和滑膜成纤维细胞与巨噬细胞之间的相互作用优化滑膜组织微环境	研究仅在动物模型中进行，尚未进行人体临床试验	开发一种新型水凝胶治疗策略，用于骨关节炎的治疗	骨关节炎小鼠模型	生物医学工程	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
2177	2025-04-04	Trem2 deficiency attenuates breast cancer tumor growth in lean, but not obese or weight loss, mice and is associated with alterations of clonal T cell populations 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614811 PMID:39386686	research paper	该研究探讨了肥胖与乳腺癌预后之间的关系，以及TREM2在瘦弱、肥胖和减肥小鼠中对乳腺癌肿瘤生长的影响	揭示了TREM2缺乏在瘦弱小鼠中减缓肿瘤生长的机制，并发现了肥胖和减肥条件下免疫反应的显著差异	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索肥胖与乳腺癌预后之间的机制，以及TREM2抑制的潜在疗效	瘦弱、肥胖和减肥小鼠模型中的乳腺癌肿瘤	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序，VDJ测序	基因功能缺失模型	RNA测序数据，免疫细胞数据	瘦弱、肥胖和减肥小鼠模型
2178	2025-04-04	Analyses of combined Merkel cell carcinomas with neuroblastic components suggests that loss of T antigen expression in Merkel cell carcinoma may result in cell cycle arrest and neuroblastic transdifferentiation 2024-09, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6304 PMID:39049595	research paper	该研究分析了两种具有神经母细胞分化的组合性Merkel细胞癌（MCC），并对其形态学、免疫组化、转录组学、遗传学和表观遗传学特征进行了全面表征	首次报道了两种罕见的组合性MCC与神经母细胞分化的病例，并提供了全面的分子特征分析，揭示了T抗原表达缺失可能导致细胞周期停滞和神经母细胞转分化	研究样本量较小（仅2例），可能限制了结论的普遍性	探讨组合性MCC中神经母细胞分化的分子机制	两种具有神经母细胞分化的组合性MCC肿瘤	digital pathology	Merkel cell carcinoma	全外显子测序、空间转录组学、DNA甲基化分析	NA	组织样本、基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	2例组合性MCC/神经母细胞瘤（来自老年男性患者）
2179	2025-04-04	The Loss of PPARγ Expression and Signaling Is a Key Feature of Cutaneous Actinic Disease and Squamous Cell Carcinoma: Association with Tumor Stromal Inflammation 2024-08-15, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13161356 PMID:39195246	研究论文	该研究分析了表皮PPARγ缺陷小鼠的转录组变化，揭示了PPARγ在皮肤光化性疾病和鳞状细胞癌中的关键作用	首次通过单细胞测序验证了PPARγ缺失导致基质区室的变化，并发现PPAR信号通路是光化性角化病和皮肤鳞状细胞癌中共同受抑制的典型通路	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据来源于公开数据库，可能需要进一步实验验证	探究PPARγ在皮肤炎症和癌变过程中的作用机制	PPARγ缺陷小鼠、人类和小鼠的光化性角化病及皮肤鳞状细胞癌样本	肿瘤生物学	皮肤鳞状细胞癌	转录组分析、单细胞测序、基因集富集分析	PPARγ缺陷小鼠模型	转录组数据	PPARγ缺陷小鼠和公开数据库中的人类/小鼠AKs和SCCs样本
2180	2025-04-04	Macrophages protect against sensory axon degeneration in diabetic neuropathy 2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.30.577801 PMID:38352324	研究论文	本文研究了巨噬细胞在糖尿病神经病变中对感觉轴突退化的保护作用	揭示了巨噬细胞在糖尿病神经病变中的新型神经保护作用，延迟了轴突退化的发生	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨炎症在糖尿病周围神经病变(DPN)发病机制中的作用	糖尿病小鼠模型中的巨噬细胞和感觉轴突	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞测序	小鼠高脂高果糖饮食(HFHFD)模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用糖尿病小鼠模型