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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2161 | 2026-02-15 |
Epithelial HO-1 regulates iron availability and promotes colonic tumorigenesis in a context-dependent manner
2026-Feb-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.181032
PMID:41410530
|
研究论文 | 本研究探讨了结肠上皮细胞中血红素加氧酶-1(HO-1)在结肠炎相关肿瘤发生中的双重作用,揭示其在急性毒性保护与慢性炎症促进肿瘤中的机制 | 首次系统性地揭示了HO-1在结肠上皮细胞中通过调节铁可用性,在慢性炎症背景下促进肿瘤发生的具体机制,并利用单细胞RNA测序技术解析了其调控的细胞程序转变 | 研究主要基于小鼠模型和类器官实验,人类样本验证相对有限,且HO-1作用的组织特异性及在其他肿瘤类型中的普适性仍需进一步探索 | 阐明结肠上皮HO-1在结肠炎相关肿瘤发生中的功能及其调控机制 | 小鼠结肠上皮细胞、人类结肠上皮类器官、结肠肿瘤组织 | 肿瘤生物学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序、类器官培养、铁含量检测、脂质过氧化分析 | NA | 基因表达数据、组织病理学图像、生化检测数据 | 小鼠模型及类器官样本,具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2162 | 2026-02-15 |
CD8+ T cells cross-restricted by HLA-B*57 and HLA-E*01 recognize HIV Gag with different functional profiles
2026-Feb-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.189909
PMID:41411059
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研究论文 | 本研究评估了针对HIV Gag表位KF11、受HLA-E或HLA-B57限制的CD8+ T细胞的功能特性,发现它们具有不同的功能特征 | 首次描述了HIV特异性CD8+ T细胞可同时受HLA-B*57和HLA-E*01:03双重限制,并揭示了这两种限制性等位基因导致的功能差异 | 样本量较小(仅8名HIV感染者),且仅研究了单一Gag表位KF11 | 探究非经典HLA-E限制的HIV特异性CD8+ T细胞的功能特征及其与HLA-B57限制的细胞差异 | HIV感染者(PWH)的CD8+ T细胞 | 免疫学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序、TCR测序、可溶性蛋白分析、HLA-I多聚体染色、体外T细胞报告实验 | NA | 单细胞转录组数据、TCR序列数据、蛋白质组数据 | 8名HIV感染者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2163 | 2026-02-15 |
Insights into KIF11 pathogenesis in microcephaly-lymphedema-chorioretinopathy syndrome from a lymphatic perspective
2026-Feb-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177656
PMID:41427784
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研究论文 | 本研究从淋巴系统角度探讨KIF11基因在微头畸形-淋巴水肿-脉络膜视网膜病变综合征中的致病机制 | 首次揭示KIF11与淋巴管生成关键驱动因子PROX1和VEGFR3之间的直接联系,并利用患者来源细胞和斑马鱼单细胞RNA测序验证其表达模式 | 研究样本量有限,仅基于少数患者和细胞模型,且部分发现(如肠道淋巴管扩张)仅在一名患者中观察到 | 探究KIF11基因变异如何导致淋巴系统功能障碍和淋巴水肿 | 患者来源的淋巴母细胞、人类和小鼠发育组织、斑马鱼内皮前体细胞、人类淋巴管内皮细胞 | 分子生物学与遗传学 | 微头畸形-淋巴水肿-脉络膜视网膜病变综合征 | 单细胞RNA测序、淋巴闪烁扫描术、免疫印迹、细胞迁移和球体萌发实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质水平数据、影像数据 | 患者来源细胞(具体数量未明确)、斑马鱼单细胞数据、人类和小鼠发育组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2164 | 2026-02-15 |
Spatial transcriptomics identifies differentiation, lipid metabolism, and retinoid pathway alterations in acne vulgaris
2026-Feb-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.198021
PMID:41657309
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,揭示了寻常痤疮中皮脂腺分化、脂质代谢和视黄酸信号通路的改变,并确定了AP-1和FABP5作为潜在的治疗靶点 | 开发了专门的分割流程以改善空间转录组数据在复杂皮脂腺结构中的转录本分配,并首次在皮脂细胞中鉴定出PPARG+过渡性基底细胞状态,明确了炎性与非炎性痤疮病变在皮脂生成基因表达上的相反模式 | 研究使用了定制化的靶向基因面板,可能未覆盖痤疮发病机制中涉及的所有相关基因和通路 | 阐明寻常痤疮的发病机制,特别是炎性(脓疱性)和非炎性(粉刺性)病变在基因表达、信号传导和皮脂腺参与方面的差异 | 健康皮肤、非皮损皮肤、粉刺性痤疮皮肤和脓疱性痤疮皮肤 | 空间转录组学 | 寻常痤疮 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2165 | 2026-02-15 |
TGFβ signaling promotes cell cycle progression and resistance to the CDK4/6 inhibitor palbociclib through SOX4 transcriptional modulation in breast cancer cells
2026-Feb-04, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08435-4
PMID:41639049
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研究论文 | 本研究揭示了TGFβ信号通过SOX4转录调控促进乳腺癌细胞周期进程和CDK4/6抑制剂帕博西尼耐药的新机制 | 首次发现TGFβ通过诱导SMAD3与SOX4的相互作用,激活细胞周期和DNA损伤应答通路,从而促进乳腺癌细胞对CDK4/6抑制剂的耐药性 | 研究主要基于细胞系模型和3D培养系统,体内验证和临床相关性需要进一步研究 | 解析TGFβ信号在乳腺癌进展中的时空调控机制及其对靶向治疗耐药的影响 | 人乳腺上皮细胞系(MCF-10A及其HRAS转化型)和原发性乳腺癌肿瘤样本 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 染色质可及性分析、转录组分析、单细胞RNA测序 | 3D细胞培养模型 | 基因组、转录组、单细胞转录组数据 | 等基因细胞系模型(MCF-10A及其HRAS转化型)和原发性乳腺癌肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2166 | 2026-02-15 |
STransfer: a transfer learning-enhanced graph convolutional network for clustering spatial transcriptomics data
2026-Feb-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag049
PMID:41601194
|
研究论文 | 本文提出了一种名为STransfer的迁移学习框架,结合图卷积网络和正点互信息,用于聚类空间转录组数据,以捕获局部和全局空间依赖性 | STransfer通过迁移学习将标记切片的知识迁移到相邻未标记切片,提高了聚类准确性并减少了手动标注成本,同时引入了基于注意力的模块融合多图特征 | NA | 开发一种增强空间转录组数据聚类的方法,以更好地捕获空间结构并处理多切片数据集中的相似性 | 空间转录组数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 图卷积网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2167 | 2026-02-15 |
Multimodal foundation transformer models for multiscale genomics
2026-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02918-6
PMID:41326819
|
综述 | 本文探讨了基于Transformer的模型在整合和分析多尺度基因组学数据(包括基因组序列、单细胞转录组学和空间数据)中的最新进展和应用 | 提出了将Transformer模型分为三个层级的分类框架,并展望了利用交叉注意力机制整合异质模态的模块化‘超级Transformer’架构设计 | 讨论了模型在标记化、可解释性和可扩展性方面面临的挑战 | 为在多尺度、多模态基因组学中利用Transformer模型提供资源和技术路线图 | 多尺度生物数据,包括基因组序列、单细胞转录组学和空间数据 | 机器学习 | NA | NA | Transformer, 大型语言模型 | 基因组序列, 单细胞转录组数据, 空间数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2168 | 2026-02-15 |
SpaceBar enables single-cell-resolution clone tracing with imaging-based spatial transcriptomics
2026-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02968-w
PMID:41413345
|
研究论文 | SpaceBar是一种方法,能够在标准成像空间转录组学流程中同时实现克隆追踪和空间基因表达分析 | 开发了SpaceBar方法,通过96个合成条形码序列组合标记细胞,解决了成像空间转录组学与随机条形码克隆追踪方法不兼容的问题 | NA | 实现在复杂组织环境中同时检测克隆和空间驱动因素 | 细胞 | 空间转录组学 | NA | 成像空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 成像空间转录组学 | NA | NA |
| 2169 | 2026-02-15 |
Bridging the dimensional gap from planar spatial transcriptomics to 3D cell atlases
2026-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02969-9
PMID:41476112
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SpatialZ的计算框架,用于从平面空间转录组学数据生成虚拟切片,从而构建密集的三维细胞图谱 | 开发了SpatialZ框架,能够独立于特定空间技术的基因覆盖限制,在单细胞分辨率下生成虚拟切片,填补了实验测量切片之间的间隙,实现了从稀疏二维切片到密集三维细胞图谱的转换 | 未明确提及具体的技术限制或数据依赖性,可能依赖于输入数据的质量和覆盖范围 | 解决从平面空间转录组学数据构建全面三维细胞图谱的挑战,以更好地理解连续器官组织和空间分子景观 | 小鼠大脑半球(基于BRAIN Initiative Cell Census Network数据)和人类乳腺癌组织(基于成像质谱流式数据) | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学,成像质谱流式 | 计算框架(SpatialZ) | 空间转录组学数据,成像质谱流式数据 | 超过3800万个细胞(来自小鼠大脑半球三维图谱) | NA | 空间转录组学,成像质谱流式 | NA | NA |
| 2170 | 2026-02-15 |
An insulin receptor activity surge in follicle cells drives vitellogenesis by upregulating CrebA
2026-Feb, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00672-6
PMID:41484377
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研究论文 | 本研究揭示了果蝇卵泡细胞中胰岛素受体活性激增通过上调CrebA驱动卵黄生成的作用机制 | 首次在果蝇卵泡细胞中观察到胰岛素受体活性的阶段性激增,并发现该激增受母体高糖饮食干扰;揭示了CrebA作为胰岛素信号阶段特异性效应的关键执行者,将胰岛素信号与卵泡细胞分泌能力提升直接联系起来;证明了胰岛素-FoxO-CrebA调控轴在人类颗粒细胞中的保守性 | 研究主要基于果蝇模型,虽然证明了调控轴在人类细胞中的保守性,但在哺乳动物体内的生理功能验证仍需进一步研究;单细胞RNA-seq分析聚焦于特定发育阶段,对更广泛的发育动态覆盖有限 | 探究胰岛素信号在果蝇卵泡细胞发育和卵黄生成过程中的作用机制 | 果蝇卵泡细胞,人类颗粒细胞 | 发育生物学,细胞信号转导 | NA | 单细胞RNA-seq,相分离报告系统 | NA | 基因表达数据,信号活性数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及果蝇卵泡细胞单细胞测序及人类细胞验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2171 | 2026-02-15 |
Single-cell omics in investigating the effect of CAFs with KRAS overexpression on the malignant progression of anaplastic thyroid cancer
2026-Feb-01, Journal of the Chinese Medical Association : JCMA
IF:1.9Q2
DOI:10.1097/JCMA.0000000000001334
PMID:41486477
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了KRAS过表达的癌症相关成纤维细胞在促进未分化甲状腺癌恶性进展中的作用机制 | 首次在单细胞水平上解析了未分化甲状腺癌中成纤维细胞亚群KRAS的表达特征,并明确了Fib_KRAS+这一特异性亚群在ATC中的存在及其功能 | 研究主要基于体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证;样本量未明确说明;KRAS抑制剂BI-2865的具体作用机制需进一步探究 | 揭示KRAS过表达的癌症相关成纤维细胞对未分化甲状腺癌恶性生物学行为的影响 | 未分化甲状腺癌细胞、癌症相关成纤维细胞、癌旁组织成纤维细胞 | 单细胞组学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2172 | 2026-01-10 |
Revealing high-resolution spatial metagenes from spatial transcriptomics
2026-Feb, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01848-x
PMID:41507531
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2173 | 2026-02-15 |
Microenvironmental niches dictate divergent fibroblast fates in reversible versus progressive lung fibrosis
2026-Feb, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2026.106142
PMID:41619352
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术,比较了不同间质性肺病中微环境对成纤维细胞命运的调控机制 | 首次在疾病原位比较了不同间质性肺病表型中特异性细胞微环境如何塑造成纤维细胞命运,揭示了可逆修复与进行性纤维化之间的转换机制 | 研究主要基于体外实验验证,体内微环境的复杂性可能未被完全模拟 | 探究间质性肺病中成纤维细胞行为决定疾病结局的机制,特别是可逆修复与进行性纤维化之间的转换 | 人外周肺组织样本,包括对照组、机化性肺炎、结缔组织病相关间质性肺病和特发性肺纤维化患者 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫荧光,体外细胞培养 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,图像数据 | 未明确指定样本数量,但包括对照组、OP、CTD-ILD和IPF患者的外周肺组织 | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | 10x Visium | High-Definition Visium空间转录组学平台 |
| 2174 | 2026-02-15 |
A Field-Friendly, Non-Toxic Fixative for Integrated Morphological and Molecular Research in Non-Model Invertebrates
2026-Feb, Ecology and evolution
IF:2.3Q2
DOI:10.1002/ece3.73006
PMID:41675138
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研究论文 | 本文评估了一种名为KINFix的无毒酒精基固定剂,用于非模式无脊椎动物的形态学和分子研究,包括电子显微镜、RNA保存和单细胞RNA测序 | 开发了一种新型无毒固定剂KINFix,能同时保存组织形态、蛋白质和核酸,适用于野外研究和单细胞RNA测序应用 | 固定条件可能需要针对不同物种和组织进行优化 | 评估KINFix固定剂在非模式无脊椎动物中用于形态学和分子研究的适用性 | 来自不同螺旋动物门的四种无脊椎动物物种 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、电子显微镜 | NA | 图像、RNA序列数据 | 四种无脊椎动物物种,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2175 | 2026-02-15 |
Integrated single-cell and transcriptomic analysis of CD8+CD101+TIM3+ T cells in hepatocellular carcinoma: implications for tumor microenvironment and prognostic modeling
2026-Jan-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1639
PMID:41674942
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和转录组学分析,揭示了肝细胞癌中CD8+CD101+TIM3+ T细胞的功能、分化机制及其在肿瘤微环境中的作用,并构建了一个预后模型 | 首次在肝细胞癌中系统研究了CD8+CD101+TIM3+ T细胞的功能、分化轨迹及其与肿瘤微环境的相互作用,并基于此构建了一个新的预后预测模型 | 研究主要基于公共数据库和单细胞测序数据,缺乏体内实验验证;预后模型在验证队列中的表现略低于训练队列 | 探究肝细胞癌中特定T细胞亚群的功能、分化机制及其对免疫治疗和预后的影响 | 肝细胞癌组织中的CD8+CD101+TIM3+ T细胞及其前体细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | Cox回归模型,LASSO回归模型 | 单细胞RNA测序数据,临床数据,转录组数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌样本数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2176 | 2026-02-15 |
Prognostic value of palmitoylation-regulated mechanisms in glioblastoma: integrated multi-omics analysis via least absolute shrinkage and selection operator (LASSO) regression and single-cell sequencing
2026-Jan-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1953
PMID:41674962
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析和单细胞测序,系统探讨了棕榈酰化相关基因在胶质母细胞瘤中的预后价值 | 结合LASSO回归和单细胞RNA测序分析,识别出与患者总生存期显著相关的核心基因,并揭示了它们在关键致癌通路中的富集和异质表达模式 | 研究主要基于公共数据库(如TCGA和GTEx)的转录组数据,可能未涵盖所有临床或分子亚型,且功能验证仅限于细胞系实验 | 系统研究棕榈酰化相关基因在胶质母细胞瘤中的预后意义 | 胶质母细胞瘤组织和正常脑组织 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 转录组分析、单细胞RNA测序、LASSO回归、Kaplan-Meier生存分析 | LASSO回归 | RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据 | 基于TCGA和GTEx数据库的胶质母细胞瘤与正常组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2177 | 2026-02-15 |
Single-cell analysis reveals the prognostic role of immune escape in the colorectal cancer microenvironment
2026-Jan-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1466
PMID:41674966
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结直肠癌肿瘤微环境中的免疫逃逸相关细胞亚型,揭示了其在预后和免疫治疗中的潜在作用 | 首次系统性地对结直肠癌肿瘤微环境中的免疫逃逸相关细胞亚型进行新型分类,并利用CellChat和伪时序分析探索其细胞间相互作用和分化途径 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据,需要通过多重免疫组化等技术进一步验证,且样本量可能有限 | 探索结直肠癌中免疫逃逸相关亚型的新型分类,阐明其机制,并评估其对免疫治疗和预后的价值 | 结直肠癌肿瘤微环境中的免疫逃逸相关细胞亚型,包括癌症相关成纤维细胞、CD8+ T细胞、巨噬细胞和B细胞等 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫组化 | 非负矩阵分解聚类, CellChat, 伪时序分析, SCENIC, Cox比例风险回归, Kaplan-Meier生存分析 | 单细胞RNA测序数据, 免疫组化图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2178 | 2026-02-15 |
Single-patient single-cell RNA sequencing reveals neuroendocrine predominance and immunosuppression in small-cell lung cancer
2026-Jan-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1674
PMID:41674970
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析小细胞肺癌患者的肿瘤组织,揭示了神经内分泌细胞占主导和免疫抑制的肿瘤微环境特征 | 首次在单患者水平使用scRNA-seq深入解析SCLC的瘤内异性和免疫微环境,并识别BEX1和MAP1b作为新的治疗靶点 | 研究仅基于单个患者样本,结果需在更大队列中验证;BEX1和MAP1b的临床实用性尚待后续研究确认 | 表征小细胞肺癌的瘤内异性和免疫抑制肿瘤微环境,并探索潜在治疗靶点 | 小细胞肺癌患者的原发肿瘤组织及相邻非癌组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例SCLC患者的原发肿瘤和相邻非癌组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2179 | 2026-02-15 |
Key genes and pathway differences between serrated polyps and conventional adenomas: insights from multi-omics
2026-Jan-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-2138
PMID:41674976
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了锯齿状息肉与传统腺瘤在关键细胞类型和基因上的差异 | 首次整合CRC GWAS数据与单细胞测序,识别出锯齿状特异性细胞(SSC)作为CRC遗传风险的关键上皮细胞群,并鉴定出六个稳健的风险基因 | NA | 探究锯齿状息肉和传统腺瘤恶性转化过程中的关键细胞类型和基因 | 结直肠癌(CRC)中的锯齿状息肉和传统腺瘤 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞测序, GWAS, TWAS, 精细定位, 孟德尔随机化 | scPagwas, SMR | 基因组, 转录组, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2180 | 2026-02-15 |
Novel fatty acid metabolism-related molecular subtyping and prognostic signature for breast cancer
2026-Jan-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1424
PMID:41674979
|
研究论文 | 本研究开发了一种与脂肪酸代谢相关的基因预后模型,用于乳腺癌的风险分层和预后预测 | 首次整合十种机器学习方法构建脂肪酸代谢相关基因预后模型,并结合单细胞RNA测序和空间转录组学分析验证模型基因的功能和空间表达模式 | 研究主要基于TCGA数据库的回顾性数据,需要前瞻性临床研究进一步验证模型的预测效能 | 识别与脂肪酸代谢相关的有效生物标志物,以改善乳腺癌患者的风险分层和治疗选择 | 乳腺癌患者 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,基因表达分析 | CoxBoost,随机生存森林 | 基因表达数据 | 1,217名乳腺癌患者(TCGA数据库),26名乳腺癌患者(单细胞RNA测序数据) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |