单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27901 篇文献，本页显示第 21701 - 21720 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21701 | 2024-08-08 |
Dysregulated ligand-receptor interactions from single-cell transcriptomics
2022-06-13, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac294
PMID:35482476
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研究论文 | 本文开发了一种名为scLR的统计方法，用于检测两种条件下失调的配体-受体相互作用，通过建模配体和受体表达产物的分布，考虑样本间变异和小样本量问题。 | scLR方法同时考虑配体和受体的表达，从多个单细胞转录组数据中识别跨条件失调的相互作用。 | NA | 研究细胞间通讯中的配体-受体相互作用，特别是在不同生物条件下的失调情况。 | 单细胞转录组数据中的配体-受体相互作用。 | 生物信息学 | COVID-19感染、肺纤维化 | 单细胞转录组学 | 统计模型 | 转录组数据 | 小样本量 |
| 21702 | 2024-08-08 |
Imputing dropouts for single-cell RNA sequencing based on multi-objective optimization
2022-06-13, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac300
PMID:35485740
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研究论文 | 本文开发了一种基于多目标优化的单细胞RNA测序数据丢弃值填补方法 | 该方法假设数据结合了三种潜在结构，并通过多目标优化学习这些结构的组合权重和潜在结构，从而进行丢弃值的填补 | NA | 解决单细胞RNA测序中的丢弃值问题 | 单细胞RNA测序数据中的丢弃值 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多目标优化 | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 21703 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-Seq of human esophageal epithelium in homeostasis and allergic inflammation
2022-06-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.159093
PMID:35472002
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了人类食管上皮细胞在稳态和过敏性炎症状态下的基因表达变化 | 揭示了过敏性炎症中食管上皮细胞分化程序的阻断，以及与该阻断相关的转录因子失调和细胞间通讯改变 | NA | 探究食管上皮细胞在过敏性炎症中的动态变化，为理解食管健康和疾病提供框架 | 人类食管上皮细胞 | 数字病理学 | 过敏性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 21704 | 2024-08-08 |
New insights into tuft cell formation: Implications for structure-function relationships
2022-06, Current opinion in cell biology
IF:6.0Q1
DOI:10.1016/j.ceb.2022.102082
PMID:35468541
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研究论文 | 本文总结了关于簇细胞发育和功能在不同疾病状态和器官系统中的最新研究 | 利用单细胞转录组学和计算生物学的新进展，深入探讨了簇细胞形成和成熟的遗传和环境因素 | NA | 探讨簇细胞的形成及其在结构-功能关系中的作用 | 簇细胞的形成和功能 | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 21705 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA Sequencing Identified Novel Nr4a1+ Ear2+ Anti-Inflammatory Macrophage Phenotype under Myeloid-TLR4 Dependent Regulation in Anti-Glomerular Basement Membrane (GBM) Crescentic Glomerulonephritis (cGN)
2022-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202200668
PMID:35484716
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）、伪时间轨迹重建和基序富集分析，揭示了在抗肾小球基底膜（anti-GBM）新月体肾小球肾炎（cGN）中，髓系TLR4严格调控下的巨噬细胞多样性，并发现了一种新的Nr4a1 Ear2+抗炎巨噬细胞表型。 | 发现了一种由髓系TLR4缺失诱导的新修复巨噬细胞表型（Nr4a1 Ear2+），该表型显著上调了抗炎和组织修复相关信号，从而抑制了anti-GBM cGN中的M1促炎反应。 | NA | 揭示髓系TLR4依赖的Nr4a1/Ear2负反馈机制在巨噬细胞介导的进行性肾损伤中的先前未被识别的作用。 | 抗肾小球基底膜（anti-GBM）新月体肾小球肾炎（cGN）中的巨噬细胞。 | 数字病理学 | 肾小球肾炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 21706 | 2024-08-08 |
Single-cell atlas of the aging mouse colon
2022-May-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104202
PMID:35479413
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研究论文 | 本文通过大规模单细胞测序技术研究了衰老小鼠结肠上皮细胞和免疫细胞的变化 | 发现了新的特定区域标记物以及与衰老相关的细胞组成和信号通路变化，如从吸收性向分泌性上皮细胞的转变，幼稚淋巴细胞的耗竭以及eIF2信号的诱导 | NA | 探究衰老过程中结肠特定区域的变化及其影响 | 衰老小鼠的结肠上皮细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 大量小鼠结肠上皮细胞和免疫细胞 |
| 21707 | 2024-08-08 |
Epigenetics of alcohol-related liver diseases
2022-May, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2022.100466
PMID:35462859
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综述 | 本文综述了酒精相关性肝病（ARLD）中酒精诱导的表观遗传改变的当前知识，包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA变化、3D染色质结构和增强子-启动子相互作用等 | 利用下一代测序、DNA甲基化分析、组蛋白修饰分析和机器学习等创新技术，对ARLD的病理生理学有了重大理解 | NA | 总结酒精相关性肝病中的表观遗传改变，并探讨其在诊断和管理中的临床应用 | 酒精相关性肝病中的表观遗传变化及其临床应用 | 表观遗传学 | 肝病 | 下一代测序、DNA甲基化分析、组蛋白修饰分析、单细胞测序 | 机器学习 | DNA、RNA、染色质结构 | NA |
| 21708 | 2024-08-08 |
Novel spike-ins for single-cell sequencing enable ground-truth RNA counting
2022-05, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01456-9
PMID:35468968
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21709 | 2024-08-08 |
Molecular spikes: a gold standard for single-cell RNA counting
2022-05, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01446-x
PMID:35468967
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研究论文 | 本文介绍了分子尖峰（molecular spikes），一种用于单细胞RNA计数的RNA spike-ins，其中包含内置的唯一分子标识符（UMIs），用于识别单细胞RNA测序（scRNA-seq）中准确RNA计数的关键实验和计算条件 | 首次引入分子尖峰作为评估单细胞RNA计数性能的实验策略，并开发了相应的R包UMIcountR，以改进新方法的验证和细胞mRNA量的估计与调整 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序中的RNA计数准确性 | 单细胞RNA测序中的RNA计数性能 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 21710 | 2024-08-08 |
Mesenchymal stem cell treatment restores liver macrophages homeostasis to alleviate mouse acute liver injury revealed by single-cell analysis
2022-05, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2022.106229
PMID:35470065
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研究论文 | 本文通过单细胞分析揭示间充质干细胞治疗恢复肝脏巨噬细胞稳态以缓解小鼠急性肝损伤 | 本文利用单细胞RNA测序技术精确区分巨噬细胞群体，并揭示间充质干细胞的免疫调节机制 | NA | 研究间充质干细胞治疗急性肝损伤的机制 | 小鼠急性肝损伤及间充质干细胞的治疗效果 | 数字病理学 | 肝损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | C57BL/6小鼠 |
| 21711 | 2024-08-08 |
β-Hydroxybutyrate suppresses colorectal cancer
2022-05, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-04649-6
PMID:35477756
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研究论文 | 本研究通过在小鼠模型中进行饮食筛选，发现酮体β-羟基丁酸（BHB）通过表面受体Hcar2和转录调节因子Hopx抑制结直肠癌的生长 | 首次揭示了BHB通过特定信号通路抑制结直肠癌的机制，并提供了新的预防和治疗策略 | NA | 探索新的结直肠癌预防和治疗策略 | 结直肠癌及其相关代谢物β-羟基丁酸的作用机制 | NA | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 21712 | 2024-08-08 |
Mechanical tension mobilizes Lgr6+ epidermal stem cells to drive skin growth
2022-04-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abl8698
PMID:35476447
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研究论文 | 本文通过在小鼠中使用受控的组织扩张系统，揭示了皮肤生长的细胞和分子机制 | 首次详细描述了机械张力如何通过激活Lgr6+表皮干细胞来驱动皮肤生长，并揭示了Hippo通路在此过程中的作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现 | 探索成年哺乳动物皮肤尺寸变化的机制，并开发增强皮肤生长的治疗方法 | 皮肤生长的细胞和分子机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 三维组织重建 | 小鼠模型 |
| 21713 | 2024-08-08 |
Reference-free cell type deconvolution of multi-cellular pixel-resolution spatially resolved transcriptomics data
2022-04-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30033-z
PMID:35487922
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研究论文 | 本文开发了一种无需参考的细胞类型反卷积方法STdeconvolve，用于解析多细胞像素分辨率的空间转录组数据 | STdeconvolve能够在没有外部单细胞转录组参考的情况下，有效恢复细胞类型的转录组特征及其在像素中的比例 | NA | 解决多细胞像素分辨率空间转录组数据中细胞类型特异性空间模式和基因表达变异识别的难题 | 多细胞像素分辨率的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | 多种空间转录组技术（如Spatial Transcriptomics, 10X Visium, DBiT-seq, Slide-seq）的数据 |
| 21714 | 2024-08-08 |
Systematic evaluation of colorectal cancer organoid system by single-cell RNA-Seq analysis
2022-04-28, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02673-3
PMID:35484598
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，系统评估了来自结直肠癌患者的患者源性类器官在不同培养基中的基因表达模式 | 首次详细比较了不同培养基中结直肠类器官的基因表达模式，并发现条件培养基在长期培养肿瘤上皮细胞方面优于化学定义培养基 | NA | 评估结直肠癌患者源性类器官的培养条件和生物学特性 | 结直肠癌患者的类器官及其对应的肿瘤和正常组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自7名患者的类器官及其对应的肿瘤和正常组织 |
| 21715 | 2024-08-08 |
Nonlesional lupus skin contributes to inflammatory education of myeloid cells and primes for cutaneous inflammation
2022-04-27, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abn2263
PMID:35476593
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研究论文 | 本研究通过综合单细胞RNA测序和空间RNA测序分析了狼疮患者正常皮肤、病变皮肤和循环免疫细胞，揭示了非病变皮肤在狼疮皮肤红斑狼疮（CLE）发病机制中的作用 | 首次全面探讨了非病变角质形成细胞在疾病易感性中的作用，并展示了狼疮患者正常皮肤中I型干扰素富集的预病变环境 | NA | 探究皮肤红斑狼疮（CLE）的免疫发病机制 | 狼疮患者的正常皮肤、病变皮肤和循环免疫细胞 | NA | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序，空间RNA测序 | NA | RNA | 来自狼疮患者的正常皮肤、病变皮肤和循环免疫细胞样本 |
| 21716 | 2024-08-08 |
A high-resolution route map reveals distinct stages of chondrocyte dedifferentiation for cartilage regeneration
2022-Apr-27, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-022-00209-w
PMID:35477573
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研究论文 | 本研究通过时间序列图谱展示了软骨细胞去分化的分子细节和相关临床生物标志物，并开发了一个双相去分化模型。 | 本研究首次揭示了软骨细胞去分化的早期和晚期阶段，并使用化学抑制剂BTB06584展示了这两个阶段的不同恢复潜力。 | NA | 研究软骨细胞去分化的分子机制，以改善基于细胞的软骨再生临床结果。 | 软骨细胞的去分化过程及其在软骨再生中的应用。 | 数字病理学 | 关节软骨损伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、活细胞代谢检测、转座酶可及染色质高通量测序（ATAC-seq） | 双相去分化模型 | 基因表达数据、细胞代谢数据、染色质可及性数据 | NA |
| 21717 | 2024-08-08 |
Modeling Effects of Immunosuppressive Drugs on Human Hearts Using Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiac Organoids and Single-Cell RNA Sequencing
2022-04-26, Circulation
IF:35.5Q1
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21718 | 2024-08-08 |
Detection of Biomarkers for Epithelial-Mesenchymal Transition with Single-Cell Trajectory Inference
2022-04-15, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2704127
PMID:35468686
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研究论文 | 本文提出了一种基于单细胞轨迹推断的方法来检测上皮-间质转化（EMT）过程中的生物标志物 | 本文提出了一种新的方法，通过差异表达分析来检测EMT进展和逆转谱系的生物标志物，并成功发现了两种未被现有方法检测到的潜在生物标志物PLPP4和LTB | NA | 研究目的是开发一种新的方法来检测与EMT相关的生物标志物 | 研究对象是EMT过程中的生物标志物 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 21719 | 2024-08-08 |
Reduced IRF4 expression promotes lytic phenotype in Type 2 EBV-infected B cells
2022-04, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1010453
PMID:35472072
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研究论文 | 本文比较了T1和T2 EBV感染的淋巴母细胞样细胞系（LCLs）中的细胞和病毒基因表达，发现T2 LCLs具有更多的裂解感染细胞和差异表达的细胞基因。 | 研究发现T2 EBV感染的B细胞中IRF4表达减少，这有助于裂解和潜伏表型，并通过单细胞RNA测序验证了这一发现。 | NA | 探讨T1和T2 EBV感染的B细胞中细胞和病毒基因表达的差异。 | T1和T2 EBV感染的淋巴母细胞样细胞系（LCLs）。 | NA | NA | RNA测序 | NA | RNA | 约600个差异表达的细胞基因 |
| 21720 | 2024-08-08 |
Forward single-cell sequencing into clinical application: Understanding of cancer microenvironment at single-cell solution
2022-04, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.782
PMID:35474615
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research paper | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在理解癌症微环境分子机制中的应用及其在临床和转化医学中的潜力 | 强调将scRNA-seq技术转化为临床应用的目标，并探讨其在疾病分子机制探索和治疗反应预测中的价值 | 目前仍存在大量挑战需要克服，包括scRNA-seq在临床实践中的常规应用问题 | 推动单细胞测序技术进入临床应用，并探讨其在临床决策中的作用 | 癌症微环境及其在疾病分子机制、治疗反应预测和患者预后中的作用 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |