单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21681	2024-08-08	ACTIVA: realistic single-cell RNA-seq generation with automatic cell-type identification using introspective variational autoencoders 2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac095 PMID:35179571	研究论文	本文介绍了一种名为ACTIVA的新框架，用于生成真实的单细胞RNA测序（scRNAseq）合成数据，并自动识别细胞类型	ACTIVA使用了一种结合细胞类型信息的单流对抗变分自编码器，能够在单一框架内扩展现有数据集并按需生成特定亚群，相较于传统的scGAN和cscGAN模型，ACTIVA生成的细胞更真实且基因间的成对相关性更好	NA	旨在解决单细胞RNA测序中由于数据量不足导致的下游分析不准确或不可重复的问题	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器	基因表达数据	多个公共scRNAseq数据集
21682	2024-08-08	Temporal transcriptomic analysis using TrendCatcher identifies early and persistent neutrophil activation in severe COVID-19 2022-04-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.157255 PMID:35175937	研究论文	本研究开发了一个名为TrendCatcher的开源R包，用于识别和可视化纵向转录组数据中的动态转录基因特征和生物过程	TrendCatcher应用平滑样条ANOVA模型和断点搜索策略，优化了时间序列转录组数据的分析方法	NA	研究疾病进展过程中基因表达变化的时间特征，以揭示适应性和非适应性反应的生物学机制	COVID-19患者的外周血转录组数据，包括批量和单细胞RNA-Seq时间序列数据	生物信息学	COVID-19	RNA-Seq	平滑样条ANOVA模型	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
21683	2024-08-08	Zebrafish information network, the knowledgebase for Danio rerio research 2022-04-04, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyac016 PMID:35166825	研究论文	本文介绍了斑马鱼信息网络（Zebrafish Information Network, zfin.org），这是一个为斑马鱼（Danio rerio）研究提供遗传和基因组数据的核心数据库。	斑马鱼信息网络最近与其他六个模型生物知识库合作成立了基因组资源联盟，旨在开发可持续的基因组信息资源，以利用模型生物理解人类生物学和疾病的遗传和基因组基础。	NA	提供斑马鱼研究的遗传和基因组数据，并促进这些数据的可发现性、可访问性、互操作性和可重用性。	斑马鱼的基因、等位基因、人类疾病模型、基因表达、表型和基因功能等数据。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
21684	2024-08-08	Key genes in the liver fibrosis process are mined based on single-cell transcriptomics 2022-04-02, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2022.01.094 PMID:35168183	研究论文	本研究通过分析60,000多个人的单细胞转录组，在9个肝硬化组织样本和11个正常肝组织样本中，识别了调节肌成纤维细胞转化的关键调控因子和核心驱动基因	首次在单细胞水平上分析肝星状细胞向肌成纤维细胞转化的核心驱动基因，为肝纤维化的靶向基因诊断和治疗提供了有价值的信息	NA	识别肝纤维化过程中肝星状细胞向肌成纤维细胞转化的关键基因	肝纤维化过程中的关键基因和调控因子	数字病理学	肝纤维化	单细胞转录组分析	单核共识加权基因共表达网络分析（scWGCNA）	转录组	60,000多个单细胞，包括9个肝硬化组织样本和11个正常肝组织样本
21685	2024-08-08	Retinal organoids derived from rhesus macaque iPSCs undergo accelerated differentiation compared to human stem cells 2022-Apr, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13198 PMID:35165951	研究论文	比较猕猴诱导多能干细胞（rhiPSC）与人类胚胎干细胞（hESC）来源的视网膜类器官的发育时间和效率	猕猴iPSCs来源的视网膜类器官比人类干细胞来源的类器官分化速度更快	猕猴iPSCs的培养相对困难	研究非人灵长类动物（NHP）与人类干细胞来源的视网膜类器官的发育差异	猕猴iPSCs与人类hESCs来源的视网膜类器官	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	多个猕猴iPSCs和人类hESCs系
21686	2024-08-08	A road map for happiness: The psychological factors related cell types in various parts of human body from single cell RNA-seq data analysis 2022-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.105286 PMID:35183972	研究论文	本研究通过分析公开的单细胞RNA测序数据，探讨了心理因素“幸福”在人体不同部位细胞类型中的基因表达情况	研究发现幸福相关基因的表达不仅限于神经调节细胞或组织驻留免疫细胞，而是广泛存在于非神经系统直接调节的组织和器官特有细胞中	研究主要基于现有公开数据，未涉及实验验证，且为初步探索，需进一步详细机制研究	探讨心理因素在细胞层面的生理效应机制	心理因素‘幸福’在人体不同细胞类型中的基因表达	NA	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
21687	2024-08-08	The expression pattern of VISTA in the PBMCs of relapsing-remitting multiple sclerosis patients: A single-cell RNA sequencing-based study 2022-Apr, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2022.112725 PMID:35183994	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了复发缓解型多发性硬化症（RRMS）患者外周血单个核细胞（PBMCs）中VISTA的表达模式及其受不同药物影响的表达情况	首次详细研究了RRMS患者PBMCs中VISTA的表达模式，并探讨了不同药物对其表达的影响	需要进一步研究阐明VISTA在上述免疫细胞中的作用	研究RRMS患者PBMCs中VISTA的表达模式及其受药物影响的情况	复发缓解型多发性硬化症患者的外周血单个核细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
21688	2024-08-08	Targeting IRE1 endoribonuclease activity alleviates cardiovascular lesions in a murine model of Kawasaki disease vasculitis 2022-03-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.157203 PMID:35167493	研究论文	研究通过遗传和药物手段减轻内质网应激，探讨其在川崎病血管炎小鼠模型中心血管病变发展的作用	首次探讨了内质网应激在川崎病病理生理学中的潜在作用，并证明了内质网应激与川崎病发病机制的因果关系	NA	研究内质网应激在川崎病心血管病变发展中的作用及潜在治疗靶点	川崎病小鼠模型及人类患者数据	心血管疾病	川崎病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型及人类患者
21689	2024-08-08	Deep structural clustering for single-cell RNA-seq data jointly through autoencoder and graph neural network 2022-03-10, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac018 PMID:35172334	研究论文	提出了一种名为scDSC的深度结构聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，结合了基于零膨胀负二项（ZINB）模型的自动编码器和图神经网络（GNN）模块	scDSC方法通过引入ZINB模型和GNN模块，有效处理了单细胞RNA测序数据中的噪声、高维度和缺失事件问题，并采用相互监督策略统一了两种深度神经架构	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据的聚类分析，以识别潜在的细胞类型	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自动编码器和图神经网络	RNA测序数据	涉及六个真实的单细胞RNA测序数据集
21690	2024-08-08	A human pluripotent stem cell-based model of SARS-CoV-2 infection reveals an ACE2-independent inflammatory activation of vascular endothelial cells through TLR4 2022-03-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.01.015 PMID:35180397	研究论文	本文报道了一种基于人多能干细胞的SARS-CoV-2感染模型，揭示了血管内皮细胞通过TLR4的ACE2非依赖性炎症激活	首次揭示了SARS-CoV-2通过TLR4途径在ACE2缺乏的内皮细胞中诱导炎症激活，并提供了单细胞RNA测序数据支持	研究主要集中在细胞和分子层面，未涉及临床患者的广泛验证	探究SARS-CoV-2诱导的血管内皮炎症的直接致病机制	人多能干细胞衍生的内皮细胞及SARS-CoV-2感染	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括轻度和重度COVID-19患者的循环内皮细胞
21691	2024-08-08	Deterministic scRNA-seq captures variation in intestinal crypt and organoid composition 2022-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-021-01391-1 PMID:35165449	研究论文	本文开发了一种名为DisCo的确定性mRNA捕获珠和细胞共封装滴落系统，用于处理低输入样本（<500个细胞），并展示了其在分析肠道类器官和隐窝细胞异质性方面的应用	DisCo系统通过结合机器视觉和多层微流控技术，实现了对低输入单细胞悬液的高效连续处理，捕获效率超过70%，速度可达每小时350个细胞	NA	开发一种新的单细胞RNA测序方法，以高效处理小规模个体组织样本	肠道类器官和隐窝的细胞异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	分析了31个不同发育阶段的肠道类器官和多个小鼠肠道隐窝
21692	2024-08-08	Aberrant translation regulated by METTL1/WDR4-mediated tRNA N7-methylguanosine modification drives head and neck squamous cell carcinoma progression 2022-03, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12273 PMID:35179319	研究论文	本文研究了tRNA N7-甲基鸟苷（m7G）修饰在头颈鳞状细胞癌（HNSCC）发生和发展中的功能及机制	首次揭示了METTL1/WDR4介导的tRNA m7G修饰在HNSCC进展中的作用	NA	探究tRNA m7G修饰在HNSCC中的功能和机制	tRNA m7G甲基转移酶复合物成分METTL1/WDR4在HNSCC中的作用	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用细胞功能丧失和功能获得实验、异种移植模型、条件性敲除和敲入小鼠模型进行研究
21693	2024-08-08	Deciphering the endometrial niche of human thin endometrium at single-cell resolution 2022-02-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2115912119 PMID:35169075	研究论文	本研究通过单细胞分辨率分析人类薄子宫内膜细胞的转录组，以揭示正常和薄子宫内膜在增殖期的细胞类型、相互作用及其生长机制	首次在单细胞水平上详细描述了薄子宫内膜中细胞类型及其相互作用，并揭示了导致子宫内膜生长不足的信号通路异常	NA	探讨薄子宫内膜的发病机制，并为治疗提供新的策略	人类薄子宫内膜细胞及其在增殖期的转录组	NA	不孕症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
21694	2024-08-08	Application of ATAC-Seq for genome-wide analysis of the chromatin state at single myofiber resolution 2022-02-21, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.72792 PMID:35188098	研究论文	本文首次应用单肌纤维ATAC-Seq技术，对单个肌纤维进行深度测序，以研究不同生理和疾病条件下染色质可及性的变化	首次实现单肌纤维ATAC-Seq，允许对单个肌纤维进行足够深度的测序，以便进行峰识别和不同生物条件下染色质可及性的比较分析	由于骨骼肌的异质性，单独研究肌纤维是一个挑战	探索不同条件下骨骼肌中染色质改变的发生机制	肌纤维的转录和表观遗传特性	数字病理学	肌肉萎缩疾病	ATAC-Seq	NA	基因组数据	涉及休息和再生肌纤维，以及杜氏肌营养不良（mdx）小鼠模型和野生型（WT）肌纤维的比较
21695	2024-08-08	Revealing potential anti-fibrotic mechanism of Ganxianfang formula based on RNA sequence 2022-Feb-18, Chinese medicine IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s13020-022-00579-7 PMID:35180857	研究论文	本研究探讨了甘仙方（GXF）配方对CCl4诱导的肝纤维化大鼠的分子机制	通过整合肝组织RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，揭示了GXF通过调节多种信号通路抑制肝纤维化的机制	NA	探索GXF对CCl4诱导的肝纤维化大鼠的分子机制	GXF配方对CCl4诱导的肝纤维化大鼠的影响	中医药	肝纤维化	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA序列	肝纤维化大鼠模型
21696	2024-08-08	PLCG2 is associated with the inflammatory response and is induced by amyloid plaques in Alzheimer's disease 2022-02-18, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01022-0 PMID:35180881	研究论文	本研究探讨了磷脂酶Cγ2（PLCG2）在阿尔茨海默病（AD）中的表达及其与炎症反应和淀粉样斑块的关系	首次详细分析了PLCG2在AD中的表达与淀粉样斑块密度及微胶质细胞标记物表达水平的关系，并通过单细胞RNA测序数据分析了PLCG2在微胶质细胞中的共表达网络	研究主要基于RNA测序数据和动物模型，需要进一步的人体临床试验验证	探讨PLCG2在AD病理生理中的作用及其作为AD治疗潜在靶点的可能性	PLCG2在AD患者大脑中的表达及其与淀粉样斑块和微胶质细胞的关系	神经科学	阿尔茨海默病	RNA测序	NA	RNA测序数据	1249个样本来自AD患者大脑，以及5xFAD小鼠模型
21697	2024-08-08	Integrating single-cell sequencing data with GWAS summary statistics reveals CD16+monocytes and memory CD8+T cells involved in severe COVID-19 2022-02-17, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01021-1 PMID:35172892	研究论文	本文通过整合单细胞测序数据与全基因组关联研究（GWAS）的汇总统计数据，揭示了CD16+单核细胞和记忆性CD8+T细胞在严重COVID-19中的作用	发现了34个与严重COVID-19显著相关的风险基因，并观察到随着COVID-19严重程度的增加，高表达基因的数量增加	NA	理解宿主遗传结构和病毒免疫，以开发有效的疫苗和治疗方法来控制COVID-19大流行	严重COVID-19患者的免疫细胞亚群及其遗传因素的影响	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	969,689个样本的GWAS汇总统计数据和606,534个细胞的scRNA-seq数据
21698	2024-08-08	Transcriptional heterogeneity of ventricular zone cells in the ganglionic eminences of the mouse forebrain 2022-02-17, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.71864 PMID:35175194	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠前脑神经节隆起（GEs）的室管膜区（VZ）和侧室管膜区（SVZ）中神经前体细胞的转录异质性	揭示了VZ细胞在空间和时间上的遗传多样性，这是之前未被报道的	NA	研究VZ细胞的转录异质性，以增进对前脑细胞命运初始决策的理解	小鼠前脑神经节隆起（GEs）的室管膜区（VZ）和侧室管膜区（SVZ）中的神经前体细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了转基因小鼠系来富集VZ细胞，具体样本数量未明确
21699	2024-08-08	The jam session between muscle stem cells and the extracellular matrix in the tissue microenvironment 2022-Feb-17, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-022-00204-z PMID:35177651	综述	本文综述了肌肉干细胞（MuSC）与细胞外基质（ECM）在组织微环境中的相互作用及其对肌肉维护和修复的重要性	近期研究发现提高了我们对骨骼肌ECM组成的认识，有助于模拟干细胞微环境的结构并增强MuSC的再生能力	仍需进一步了解微环境中的外在信号对MuSC功能的调控以及创新技术，以开发新的肌肉修复疗法	探讨ECM蛋白及其突变或失调如何影响年轻和老年肌肉组织或导致疾病，并提高肌肉修复能力	肌肉干细胞（MuSC）及其微环境中的细胞外基质（ECM）蛋白	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
21700	2024-08-08	A novel method for single-cell data imputation using subspace regression 2022-02-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-06500-4 PMID:35177662	研究论文	本文开发了一种名为scISR的新型插补方法，用于恢复scRNA-seq数据中的缺失值（dropout）	scISR方法通过假设检验技术识别受dropout事件影响最大的零值条目，并使用子空间回归模型估计这些dropout值	NA	克服单细胞RNA测序数据中由于mRNA材料低捕获导致的表达值缺失问题	scRNA-seq数据中的dropout值	生物化学	NA	scRNA-seq	子空间回归模型	scRNA-seq数据	25个公开可用的scRNA-seq数据集