单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 21661 - 21680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21661 | 2024-08-08 |
Single-Cell Sequencing Reveals an Intrinsic Heterogeneity of the Preovulatory Follicular Microenvironment
2022-01-29, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom12020231
PMID:35204732
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术，揭示了人类排卵前卵泡微环境的内在异质性 | 首次详细探索了排卵前卵泡中颗粒细胞和免疫细胞的功能及其转录组特征 | NA | 深入理解排卵前卵泡微环境的转录组景观，为卵子成熟和排卵过程的调控提供见解 | 人类排卵前卵泡中的颗粒细胞和免疫细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组 | 六个人类排卵前卵泡 |
| 21662 | 2024-08-08 |
Relationship between Macrophage and Radiosensitivity in Human Primary and Recurrent Glioblastoma: In Silico Analysis with Publicly Available Datasets
2022-Jan-27, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines10020292
PMID:35203505
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研究论文 | 研究了人原发性和复发性胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞与放射敏感性的关系，使用公开数据集进行计算分析 | 首次探讨了M1/M2巨噬细胞比例与胶质母细胞瘤放射敏感性之间的关系，并分析了其对患者生存率的影响 | 研究依赖于公开数据集，可能存在数据质量和代表性的限制 | 探讨胶质母细胞瘤中巨噬细胞与放射敏感性的关系及其对患者生存率的影响 | 人原发性和复发性胶质母细胞瘤中的巨噬细胞及放射敏感性 | 数字病理学 | 脑癌 | CIBERSORTx算法 | NA | 基因表达数据 | 包括来自TCGA、CGGA、Ivy Glioblastoma Atlas Project、GSE84465、GLASS和GSE121810等多个数据集的样本 |
| 21663 | 2024-08-08 |
Targets and Potential Mechanism of Scutellaria baicalensis in Treatment of Primary Hepatocellular Carcinoma Based on Bioinformatics Analysis
2022, Journal of oncology
DOI:10.1155/2022/8762717
PMID:35190740
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析，探讨了黄芩（Scutellaria baicalensis）在治疗原发性肝细胞癌（HCC）中的靶点和潜在机制 | 本研究首次通过基因表达模式聚类和差异分析，结合加权基因共表达网络分析（WGCNA）等方法，系统地分析了黄芩在HCC治疗中的作用机制 | 研究主要基于生物信息学分析，未进行体内外实验验证，因此其结果的临床应用还需进一步实验支持 | 旨在通过生物信息学手段分析黄芩在治疗肝细胞癌中的靶点和机制，为肝细胞癌的诊断、治疗和药物开发提供建议 | 研究对象为黄芩和肝细胞癌（HCC） | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞测序技术 | NA | 基因表达数据 | 使用黄芩处理的HepG2细胞在不同时间点的基因表达数据 |
| 21664 | 2024-08-08 |
T Cell Receptor Repertoire Analysis Reveals Signatures of T Cell Responses to Human Mycobacterium tuberculosis
2022, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2022.829694
PMID:35197957
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研究论文 | 本文通过结合单细胞TCR测序、单细胞RNA测序和流式细胞术，分析了结核性胸腔积液中的T细胞受体库，揭示了T细胞对人类结核分枝杆菌的反应特征 | 本文首次鉴定了一种新的多功能CD4 T细胞亚群，具有CD1限制性、T1和细胞毒性特征，可能提供对结核分枝杆菌的保护性免疫 | NA | 研究T细胞受体库的特征，以理解T细胞适应性免疫在感染机制中的作用 | 结核性胸腔积液中的T细胞 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞TCR测序、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 41,718个CD3 T细胞，包括30,515个CD4 T细胞和11,203个CD8 T细胞 |
| 21665 | 2024-08-08 |
Deep Immune Phenotyping and Single-Cell Transcriptomics Allow Identification of Circulating TRM-Like Cells Which Correlate With Liver-Stage Immunity and Vaccine-Induced Protection From Malaria
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.795463
PMID:35197971
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研究论文 | 本文通过深度免疫表型分析和单细胞转录组学研究，识别出与肝脏阶段免疫和疫苗诱导的疟疾保护相关的循环TRM样细胞 | 本文首次发现循环中的TRM样细胞与肝脏阶段疟疾疫苗的保护效果相关，并提供了监测肝脏TRM细胞的蓝图 | 需要定期进行肝脏采样以评估免疫治疗反应，但在大规模人类试验中不可行 | 研究肝脏组织驻留记忆CD8+ T细胞及其循环对应物在疟疾疫苗保护中的作用 | 肝脏CD8+ TRM细胞及其循环对应物 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA序列 | 包括肝脏细针抽吸物和外周血样本 |
| 21666 | 2024-08-08 |
Dimensionality Reduction and Louvain Agglomerative Hierarchical Clustering for Cluster-Specified Frequent Biomarker Discovery in Single-Cell Sequencing Data
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.828479
PMID:35198011
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研究论文 | 本文介绍了一种利用降维和层次凝聚聚类Louvain的方法，用于在单细胞测序数据中发现特定聚类的频繁生物标志物。 | 本文提出了一种结合降维和层次凝聚聚类的框架，有效发现单细胞RNA测序数据中的特定聚类频繁生物标志物。 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序数据中高维度聚类面临的挑战，并发现特定聚类的频繁生物标志物。 | 单细胞RNA测序数据中的特定聚类频繁生物标志物。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA | 单细胞RNA测序数据 | 23,630个特征和1,872个样本（细胞） |
| 21667 | 2024-08-08 |
A multi-omics approach to identify molecular alterations in a mouse model of heart failure
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.68232
PMID:35198060
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研究论文 | 本研究通过多组学方法分析了压力超负荷诱导的心力衰竭小鼠模型中的分子改变 | 本研究首次综合分析了scRNA-seq、scATAC-seq、bulk ATAC-seq和miRNA-seq数据，揭示了心力衰竭发病机制中的基因表达改变和免疫细胞功能 | NA | 探究压力超负荷诱导的心力衰竭发病机制中的分子改变 | 心力衰竭小鼠模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq, bulk ATAC-seq, miRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 心力衰竭小鼠模型与对照组小鼠 |
| 21668 | 2024-08-08 |
Analysis of unc-62 expression pattern in C. elegans embryonic AWC neurons
2022, microPublication biology
DOI:10.17912/micropub.biology.000530
PMID:35198862
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研究论文 | 本文分析了C. elegans胚胎AWC神经元中unc-62表达模式 | 使用了综合的fosmid拯救转基因技术来分析unc-62在AWC发育中的表达模式 | 结果表明unc-62在AWC神经元中的表达水平可能无法检测或稳定性较低 | 研究unc-62在C. elegans胚胎AWC神经元发育中的功能 | C. elegans胚胎AWC神经元中的unc-62表达 | NA | NA | fosmid拯救转基因技术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 21669 | 2024-08-08 |
Single Cell RNA Sequencing in NASH
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2128-8_15
PMID:35212995
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中肝脏非实质细胞的异质性 | 采用微滴式单细胞RNA测序技术，能够识别和表征不同的肝细胞类型，特别是肝巨噬细胞 | NA | 探讨NASH中肝脏非实质细胞的异质性及其在疾病进展中的作用 | 小鼠肝脏中的髓系细胞群体 | 数字病理学 | 脂肪肝病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 来自健康和NASH肝脏的细胞样本 |
| 21670 | 2024-08-08 |
Joint gene network construction by single-cell RNA sequencing data
2023-06, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1111/biom.13645
PMID:35184277
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研究论文 | 本文提出了一种基于单细胞RNA测序数据构建联合基因网络的方法JGNsc，该方法在Gaussian图形模型框架下，通过混合插补过程和非参数变换来处理数据稀疏性问题，并构建跨条件的联合基因网络。 | JGNsc方法结合了贝叶斯零膨胀泊松模型和迭代低秩矩阵补全步骤，有效插补由技术伪影引起的零膨胀计数，并通过非参数变换构建联合Gaussian图形模型。 | 文章未明确提及现有方法的局限性。 | 旨在通过单细胞RNA测序数据构建基因调控网络，以更好地理解人类疾病和性状的潜在遗传结构。 | 研究对象包括髓母细胞瘤和胶质母细胞瘤的临床研究数据。 | 基因组学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | Gaussian图形模型 | RNA测序数据 | 文章未明确提及样本数量。 |
| 21671 | 2024-08-08 |
QuantISH: RNA in situ hybridization image analysis framework for quantifying cell type-specific target RNA expression and variability
2022-07, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1038/s41374-022-00743-5
PMID:35169222
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研究论文 | 本文介绍了一种名为QuantISH的开源RNA原位杂交图像分析框架，用于量化特定细胞类型中的目标RNA表达及其变异性。 | QuantISH框架是模块化的，可适应多种图像和样本类型及染色协议，提高了RNA-ISH图像分析的自动化程度。 | NA | 开发一种自动化分析方法，用于处理大量RNA原位杂交实验数据，并量化特定细胞类型中的RNA表达及其变异性。 | 高级别浆液性癌（HGSC）中的癌细胞分类和信号表达量化。 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA原位杂交（RNA-ISH） | NA | 图像 | NA |
| 21672 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals B cell-T cell interactions in vascular adventitia of hyperhomocysteinemia-accelerated atherosclerosis
2022-07, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-021-00904-0
PMID:35175542
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21673 | 2024-08-08 |
Defined tumor antigen-specific T cells potentiate personalized TCR-T cell therapy and prediction of immunotherapy response
2022-06, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-022-00627-9
PMID:35165422
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研究论文 | 本文研究了通过单细胞mRNA测序和TCR测序技术，从肿瘤及其邻近组织中鉴定肿瘤特异性T细胞，并利用这些T细胞的TCR进行个性化TCR-T细胞治疗，以预测免疫治疗反应 | 首次发现CXCL13作为CD4和CD8肿瘤特异性T细胞的独特标记，并利用Tas TCRs进行个性化TCR-T细胞治疗 | NA | 开发个性化TCR-T细胞治疗策略，并预测免疫治疗反应 | 肿瘤特异性T细胞及其TCR | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞mRNA测序（scRNA-seq），TCR测序（TCR-seq），流式细胞术（FACS） | TCR-T细胞 | 细胞 | NA |
| 21674 | 2024-08-08 |
Optimising protein detection with fixable custom oligo-labelled antibodies for single-cell multi-omics approaches
2022-Jun, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.202100213
PMID:35174641
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研究论文 | 本文介绍了一种可调节的寡核苷酸-抗体偶联方法，用于优化单细胞多组学方法中的蛋白质检测 | 提出了一种简单的可调节寡核苷酸-抗体偶联方法，提高了低表达目标蛋白的检测灵敏度 | 需要进一步优化大型抗体面板，并确保寡核苷酸标记抗体的功能协同性 | 优化寡核苷酸标记抗体，以提高单细胞RNA测序多组学实验中弱蛋白目标的检测 | 单细胞RNA测序多组学实验中的蛋白质检测 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 寡核苷酸标记抗体的批次中，每个抗体的平均标记数从1到6不等 |
| 21675 | 2024-08-08 |
Assessing reproducibility of high-throughput experiments in the case of missing data
2022-05-10, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.9334
PMID:35178743
|
研究论文 | 本文开发了一种回归模型，用于评估高吞吐量实验中操作因素选择对可重复性的影响，特别是在大量测量数据缺失的情况下 | 本文通过引入潜在变量方法，扩展了用于评估操作因素对可重复性影响的对应曲线回归方法，以纳入缺失值，提高了检测可重复性差异的准确性 | NA | 评估高吞吐量实验中操作因素选择对可重复性的影响 | 高吞吐量生物实验中的可重复性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 回归模型 | 基因表达数据 | 使用HCT116细胞的单细胞RNA测序数据集 |
| 21676 | 2024-08-08 |
BHLHE40 Regulates the T-Cell Effector Function Required for Tumor Microenvironment Remodeling and Immune Checkpoint Therapy Efficacy
2022-05-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0129
PMID:35181783
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研究论文 | 本文研究了转录因子BHLHE40在免疫检查点疗法（ICT）中调控T细胞效应功能的作用，以及其在肿瘤微环境重塑和ICT疗效中的关键角色 | 首次报道了BHLHE40在ICT中对肿瘤抗原特异性CD8+和CD4+ T细胞的上调作用，并揭示了BHLHE40依赖的基因表达变化和免疫细胞重塑 | 研究主要在免疫编辑的肿瘤小鼠模型中进行，可能需要进一步在人类样本中验证 | 阐明BHLHE40在免疫检查点疗法中的作用机制及其作为预测或预后生物标志物的潜力 | BHLHE40在T细胞中的作用及其对ICT疗效的影响 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 免疫编辑的肿瘤小鼠模型 |
| 21677 | 2024-08-08 |
Intra- and extra-cranial BCOR-ITD tumours are separate entities within the BCOR-rearranged family
2022-05, The journal of pathology. Clinical research
DOI:10.1002/cjp2.255
PMID:35174661
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研究论文 | 研究探讨了BCOR-ITD肿瘤家族中脑内和脑外肿瘤的同质性，通过临床、影像学、组织病理学和分子特征进行分析 | 首次通过全转录组测序和DNA甲基化分析，揭示了BCOR-ITD肿瘤家族中脑内和脑外肿瘤的分子差异 | 研究基于回顾性病例，样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 旨在探究BCOR-ITD肿瘤家族中不同部位肿瘤的同质性和分子特征 | BCOR-ITD肿瘤家族中的脑内和脑外肿瘤 | 数字病理学 | NA | 全转录组测序，DNA甲基化分析 | NA | 表达数据，DNA甲基化数据 | 33例，包括10例CNS BCOR-ITD和23例BCOR-ITD肉瘤 |
| 21678 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing data analysis based on non-uniform ε-neighborhood network
2022-04-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac114
PMID:35188181
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研究论文 | 本文提出了一种基于非均匀ε-邻域网络的单细胞RNA测序数据分析框架 | 该框架通过非均匀ε-邻域网络一致地实现了数据可视化、细胞聚类和轨迹推断，相较于现有方法在聚类和细胞伪时间排序方面表现更优 | NA | 研究单细胞RNA测序数据分析中的数据可视化、细胞聚类和轨迹推断 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非均匀ε-邻域网络 | 基因表达数据 | 合成数据集和真实数据集 |
| 21679 | 2024-08-08 |
scGAC: a graph attentional architecture for clustering single-cell RNA-seq data
2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac099
PMID:35176138
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研究论文 | 本文提出了一种新的无监督聚类方法scGAC，用于单细胞RNA测序数据，通过构建细胞图并利用图注意力自动编码器学习细胞的聚类友好表示，最终通过自优化方法获得细胞聚类 | scGAC方法通过图注意力自动编码器捕捉细胞间的潜在关系，并采用网络去噪技术优化细胞图，从而提高了聚类性能 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图注意力自动编码器 | RNA测序数据 | 16个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 21680 | 2024-08-08 |
NeuCA web server: a neural network-based cell annotation tool with web-app and GUI
2022-04-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac108
PMID:35176143
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research paper | 本文介绍了一个基于神经网络的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具——NeuCA网络服务器，该工具通过网页应用和图形用户界面自动分配细胞标签。 | NeuCA网络服务器是首个实现神经网络架构的网页应用工具，提供了超过20个预训练的分类器，适用于常用的组织类型。 | NA | 开发一个自动化的工具，用于准确注释单细胞RNA测序数据中的细胞类型。 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | RNA测序数据 | NA |