本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2141 | 2025-11-22 |
Multidimensional tumor-blood profiling uncovers systemic lymphocyte-monocyte imbalance in pituitary neuroendocrine tumors
2025-Nov-18, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02489-0
PMID:41253784
|
研究论文 | 通过多维肿瘤-血液分析揭示垂体神经内分泌肿瘤中系统性淋巴细胞-单核细胞失衡 | 首次系统揭示垂体神经内分泌肿瘤通过激素分泌活性导致外周免疫系统失衡的机制 | 样本来源主要为回顾性数据,需要更多前瞻性研究验证 | 探究垂体神经内分泌肿瘤对外周免疫网络的调控作用 | 垂体神经内分泌肿瘤患者、外周血单个核细胞、正常垂体组织 | 生物信息学 | 垂体神经内分泌肿瘤 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | 随机森林分类器 | 基因表达数据, 单细胞数据, 临床数据 | 883个肿瘤样本, 283个PBMC样本(108患者+175对照), 69个单细胞样本, 600个验证样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2142 | 2025-11-22 |
Single-cell integration analysis reveals molecular signatures of the tumor microenvironment in early-onset colorectal cancer
2025-Nov-18, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01129-8
PMID:41254101
|
研究论文 | 通过单细胞整合分析揭示早发性结直肠癌肿瘤微环境的分子特征 | 首次通过单细胞RNA测序系统比较早发性与标准发病结直肠癌的分子和免疫特征差异 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 探究早发性结直肠癌的分子和免疫特征差异 | 168名22-91岁结直肠癌患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 168名结直肠癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2143 | 2025-11-22 |
Metabolomic and transcriptomic profiling of HNSCC identifies AMIGO2 as a therapeutic target modulating tumor microenvironment
2025-Nov-18, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01132-z
PMID:41254143
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示头颈鳞状细胞癌中AMIGO2作为调控肿瘤微环境的治疗靶点 | 首次整合空间代谢组学/转录组学、单细胞转录组学和批量多组学数据,发现AMIGO2通过调节嘌呤代谢影响肿瘤微环境 | NA | 探索头颈鳞状细胞癌代谢重编程与肿瘤微环境的相互作用机制 | 头颈鳞状细胞癌及癌前病变患者 | 多组学分析 | 头颈鳞状细胞癌 | 空间代谢组学, 空间转录组学, 单细胞转录组学, 批量多组学 | NA | 代谢组数据, 转录组数据 | 头颈鳞状细胞癌和癌前病变临床队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2144 | 2025-11-22 |
Progression-free survival for unresectable non-metastatic locally advanced pancreatic cancer after surgical microwave ablation plus durvalumab and tremelimumab: phase-2 non-randomized prospective clinical trial
2025-Nov-18, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-025-01186-x
PMID:41254229
|
研究论文 | 评估微波消融联合免疫检查点抑制剂治疗不可切除局部晚期胰腺癌的疗效及免疫机制 | 首次将微波消融与双免疫检查点抑制剂联合用于胰腺癌治疗,并通过单细胞技术分析免疫微环境变化 | 样本量较小(12例患者),T细胞受体指标与无进展生存期无显著统计学关联 | 评估联合疗法对胰腺癌无进展生存期的影响及免疫机制 | 12例不可切除非转移性局部晚期胰腺导管腺癌患者 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组测序,T细胞受体分析 | NA | 单细胞转录组数据,临床数据 | 12例患者(其中6例进行单细胞分析,3例有配对样本) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2145 | 2025-11-22 |
Rethinking p16, p53, and HPV in HNCSCC through lessons from glioblastoma subclonal evolution toward patient-centric N-of-1 single-cell RNA sequencing paradigm
2025-Nov-16, World journal of clinical cases
IF:1.0Q3
DOI:10.12998/wjcc.v13.i32.104208
PMID:41256339
|
综述 | 重新评估头颈部皮肤鳞状细胞癌中p16、p53和HPV的作用,借鉴胶质母细胞瘤亚克隆进化研究,提出以患者为中心的单细胞RNA测序新范式 | 提出将头颈部皮肤鳞状细胞癌与胶质母细胞瘤的亚克隆进化机制相类比,倡导从静态生物标志物转向动态N-of-1单细胞研究范式 | 基于文献综述而非原始研究,需要多方法和分子验证来证实理论框架 | 重新评估HNCSCC中p16、p53和HPV的生物标志物作用,建立更精准的个体化癌症诊疗框架 | 头颈部皮肤鳞状细胞癌和胶质母细胞瘤患者 | 数字病理学 | 皮肤鳞状细胞癌, 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学整合 | NA | 基因组, 转录组, 蛋白质组, 肿瘤微环境数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学分析 | NA | NA |
| 2146 | 2025-11-22 |
Antiviral Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia
2025-Nov-14, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiaf367
PMID:40628395
|
研究论文 | 本研究通过分析HIV-1治疗中断前后血浆蛋白质组和单细胞转录组,揭示了病毒反弹前的免疫反应特征 | 首次发现CD16++单核细胞在可检测病毒反弹前显著增加并表现抗病毒基因表达特征 | 研究样本量有限,且仅关注外周血单核细胞 | 识别治疗中断后病毒反弹的早期信号,为延长HIV-1缓解期提供策略 | HIV-1感染者的外周血单核细胞和血浆样本 | 单细胞组学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据 | 治疗中断前后多个时间点的系列样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 血浆蛋白质组学 | NA | NA |
| 2147 | 2025-11-22 |
Endothelial circadian rhythm genes as prognostic modulators of tumor progression and immune interactions: insights from pan-cancer single-cell rna sequencing
2025-Nov-06, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003848
PMID:41202314
|
研究论文 | 通过泛癌单细胞RNA测序分析内皮细胞昼夜节律基因在肿瘤进展和免疫相互作用中的预后调控作用 | 首次系统研究内皮细胞昼夜节律基因在肿瘤微环境中的失调及其临床意义,建立了基于昼夜节律相关基因的预后风险模型 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证来确认机制 | 探究内皮细胞昼夜节律基因在多种癌症中的失调及其临床意义 | 15个独立数据集的单细胞RNA测序数据,涵盖多种癌症类型的内皮细胞 | 生物信息学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序,LASSO回归,Kaplan-Meier生存分析 | 风险预测模型 | 单细胞RNA测序数据 | 15个独立数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2148 | 2025-11-22 |
Single-cell profiling unveils the immuno-favorable tumor microenvironment remodeling after successful neoadjuvant therapy for advanced gallbladder cancer
2025-Nov-06, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003883
PMID:41202319
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示新辅助治疗对晚期胆囊癌肿瘤微环境的免疫有利重塑 | 首次在晚期胆囊癌中系统揭示新辅助 chemo-immunotherapy 治疗后肿瘤微环境的单细胞水平重塑特征,特别是发现滤泡辅助T细胞扩增和三级淋巴结构形成等关键免疫变化 | 样本量有限,仅分析了成功降期患者的肿瘤微环境,缺乏治疗无效患者的对照分析 | 评估新辅助 chemo-immunotherapy 在晚期胆囊癌中的治疗效果并研究相关肿瘤微环境改变 | 晚期胆囊癌患者 | 单细胞分析 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据, 组织图像数据 | 成功降期的晚期胆囊癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录omics | NA | NA |
| 2149 | 2025-11-22 |
Unveiling gastric stem cell dynamics in gastric atrophy and carcinogenesis: revisiting mechanisms and advancing experimental models - a narrative review
2025-Nov-04, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003733
PMID:41186567
|
综述 | 本叙述性综述深入探讨胃干细胞在胃萎缩和癌变过程中的动态作用机制及实验模型进展 | 提出胃干细胞在癌变过程中表现为克隆扩张而非耗竭的新范式,并倡导整合猫螺杆菌诱导模型与非他莫昔依赖谱系追踪的创新实验体系 | 指出化学致癌模型转化相关性有限及他莫昔芬依赖谱系追踪系统存在混杂效应的方法学局限 | 阐明胃干细胞在胃萎缩和癌变过程中的动态作用机制 | 胃干细胞(GSCs) | 数字病理 | 胃癌 | 谱系追踪、空间转录组学、类器官培养 | NA | 实验数据、文献资料 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2150 | 2025-11-22 |
Tenascin-C Expression in Relation to Tumor-Stroma Interaction in Ameloblastoma
2025-Nov, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2025.104237
PMID:40912374
|
研究论文 | 本研究探讨了细胞外基质糖蛋白Tenascin-C在成釉细胞瘤进展中的作用及其与肿瘤-基质相互关系的关联 | 首次发现成釉细胞瘤细胞来源的TN-C通过肿瘤-基质相互作用促进肿瘤细胞迁移,并确定其在侵袭前沿和恶性转化区域的特异性表达 | 研究主要基于体外细胞系实验和有限的组织样本,需要更大规模的临床验证 | 阐明TN-C在成釉细胞瘤进展中的分子机制及其临床意义 | 成釉细胞瘤组织标本和AM-1细胞系 | 数字病理学 | 成釉细胞瘤 | 免疫组织化学、RNA原位杂交、空间转录组学 | NA | 组织图像、基因表达数据 | 成釉细胞瘤组织标本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2151 | 2025-11-22 |
Histology-Based Virtual RNA Inference Identifies Pathways Associated With Metastasis Risk in Colorectal Cancer
2025-Nov, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2025.100866
PMID:40803647
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于组织学图像的虚拟RNA推断方法,用于识别结直肠癌转移风险相关的通路 | 首次利用匹配的大规模结直肠癌空间转录组数据训练深度学习模型,直接从H&E染色组织图像推断空间转录组水平的分子信息 | 仅凭组织学图像无法完全捕获某些肿瘤相关通路 | 开发从标准H&E组织图像推断空间分子信息的方法,用于结直肠癌预后评估 | 结直肠癌患者组织样本 | 数字病理 | 结直肠癌 | 空间转录组学,深度学习 | UNI, ResNet-50, Vision Transformer, Vision Mamba | 组织图像,基因表达数据 | 45名患者,超过300,000个Visium位点 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 2152 | 2025-11-22 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Bidirectional Development of Infantile Hemangioma
2025-Nov-01, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.10.593
PMID:41177260
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示婴儿血管瘤的双向发育机制 | 首次在人类婴儿血管瘤中构建单细胞图谱,发现血管瘤壁细胞通过释放VEGFA和PGF配体促进内皮细胞增殖和血管生成的新机制 | 样本量较小(仅3名婴儿),缺乏功能验证实验 | 深入理解婴儿血管瘤的发病机制和潜在治疗策略 | 3名婴儿血管瘤患者的肿瘤组织样本 | 单细胞测序 | 婴儿血管瘤 | 单细胞RNA测序,免疫荧光共定位 | NA | 单细胞转录组数据,免疫荧光图像 | 3名婴儿血管瘤患者的36,237个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2153 | 2025-11-22 |
Monohaloacetamide disinfection by-products are potential risk factors for the quality of mouse oocytes
2025-Nov-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119343
PMID:41187544
|
研究论文 | 本研究系统评估了单卤乙酰胺对雌性小鼠的生殖毒性及其分子机制 | 首次系统比较不同单卤乙酰胺的生殖毒性等级,并通过单细胞RNA测序揭示其分子机制 | 研究仅使用小鼠模型,人类相关性需进一步验证;暴露浓度可能高于实际环境水平 | 评估单卤乙酰胺消毒副产物的生殖毒性及其作用机制 | 雌性小鼠卵母细胞 | 毒理学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,氧化应激生物标志物检测,线粒体功能测定 | 小鼠模型 | 基因表达数据,组织病理学图像,生化指标 | 未明确具体样本数量,但涉及雌性小鼠群体实验 | NA | 单细胞RNA测序 | Smart-seq2 | Smart-seq2单细胞RNA测序技术 |
| 2154 | 2025-11-22 |
Leptin Receptor-Expressing (LepR+) Fibroblasts Activated by BMP Signaling Promote Bone Resorption in Developmental Odontogenic Cysts
2025-Nov, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2025.104239
PMID:40946915
|
研究论文 | 本研究揭示了发育性牙源性囊肿中表达瘦素受体的成纤维细胞通过BMP信号通路促进骨吸收的新机制 | 首次发现LepR+成纤维细胞通过与活化浆细胞的相互作用驱动发育性牙源性囊肿的骨吸收过程 | 研究样本量有限,仅针对最常见的发育性牙源性囊肿(含牙囊肿)进行分析 | 阐明发育性牙源性囊肿中骨吸收的原因和机制 | 发育性牙源性囊肿(含牙囊肿)和埋伏牙的牙滤泡组织 | 单细胞基因组学 | 牙源性囊肿 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 含牙囊肿和埋伏牙牙滤泡组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2155 | 2025-11-22 |
ITGB5-mediated biomechanical regulation in pancreatic ductal adenocarcinoma stroma impacts tumor progression and prognosis
2025-Oct-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07119-5
PMID:41121153
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据与生物力学分析,揭示ITGB5在胰腺导管腺癌基质中的生物力学调控作用及其对肿瘤进展的影响 | 首次整合磁共振弹性成像、原子力显微镜和单细胞RNA测序技术系统研究PDAC的生物力学特性,并发现ITGB5作为CAFs中调控基质硬度的关键基因 | 对临床预后的影响仍需临床研究证实,目前仅为单中心前瞻性研究 | 探索胰腺导管腺癌基质硬化机制并寻找新的治疗靶点 | 胰腺导管腺癌组织样本、癌症相关成纤维细胞、动物模型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 磁共振弹性成像, 原子力显微镜, 加权基因共表达网络分析 | WGCNA, 预后预测模型 | 转录组数据, 生物力学数据, 单细胞测序数据 | 来自TCGA的PDAC样本数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2156 | 2025-11-22 |
Keratin 15 Regulates Cell Proliferation in Outer Enamel Epithelium
2025-Oct-16, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345251368346
PMID:41103018
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了角蛋白15在牙釉质外上皮细胞增殖调控中的关键作用 | 首次发现角蛋白15是牙釉质外上皮的特异性标记基因,并阐明其通过抑制p38 MAPK通路调控牙上皮细胞增殖的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系,在人类牙齿发育中的直接适用性需要进一步验证 | 探究牙釉质外上皮在牙齿发育中的功能角色和分子机制 | 小鼠牙胚(出生后7天切牙和胚胎14天第一磨牙)及牙上皮细胞系CLDE | 发育生物学 | 牙齿发育异常 | 单细胞RNA测序,体外器官培养,基因敲低 | NA | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | 小鼠牙胚样本和牙上皮细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2157 | 2025-11-22 |
Single cell transcriptional profiling of monocytes from asthma patients show a predisposition for an inflammatory response
2025-Oct-14, Cytotherapy
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.jcyt.2025.07.008
PMID:41263748
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析哮喘患者单核细胞的转录特征及其对γMSCs治疗的反应 | 首次在单细胞水平揭示哮喘患者单核细胞的干扰素反应特征及γMSCs治疗对单核细胞转录组的调控作用 | 样本量有限,需要更大规模研究验证 | 比较哮喘患者与健康对照单核细胞转录组差异,评估γMSCs治疗对哮喘患者单核细胞的影响 | 哮喘患者和健康对照者的血液单核细胞 | 单细胞组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 哮喘患者和健康对照的血液单核细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2158 | 2025-11-22 |
Molecular signals associated with intraperitoneal chemotherapy resistance in gastric cancer with peritoneal metastasis through PIPS GC trial integrated translational research
2025-Oct-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-19515-4
PMID:41083688
|
研究论文 | 通过PIPS-GC临床试验的整合转化研究,识别胃癌腹膜转移患者对腹腔内紫杉醇联合系统化疗反应的生物标志物 | 首次通过整合全外显子组测序、转录组测序和空间转录组学分析,发现THSD4作为预测胃癌腹膜转移化疗反应的潜在生物标志物 | 样本量较小(仅9例患者),需要进一步研究验证THSD4的临床实用性 | 识别能够预测胃癌腹膜转移患者对腹腔内紫杉醇联合系统化疗反应的生物标志物 | 胃癌腹膜转移患者 | 数字病理学 | 胃癌 | 全外显子组测序,转录组测序,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因组数据,转录组数据,空间转录组数据 | 9例胃癌患者(6例反应组,3例无反应组) | NA | 全外显子组测序,转录组测序,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 2159 | 2025-11-22 |
GSTA1 Conferred Tolerance to Osimertinib and Provided Strategies to Overcome Drug-Tolerant Persister in EGFR-Mutant Lung Adenocarcinoma
2025-Oct-10, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2025.10.001
PMID:41076079
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示EGFR突变肺腺癌中奥希替尼诱导的药物耐受持续细胞形成机制,并提出联合GSTA1抑制剂的新治疗策略 | 首次发现RSPH1-CALML4-GSTA1调控轴在药物耐受持续细胞形成中的作用,阐明GSTA1通过促进奥希替尼降解和PROS1-AXL信号介导免疫抑制的新机制 | 样本量有限,机制研究仍需进一步验证 | 阐明EGFR突变肺腺癌中奥希替尼诱导药物耐受持续细胞的分子机制并开发克服策略 | 接受一线奥希替尼治疗的肺腺癌患者样本和临床前模型 | 单细胞转录组学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 接受奥希替尼治疗的肺腺癌患者队列(包含基线、药物耐受持续和稳定耐药状态样本) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2160 | 2025-11-22 |
Single-Cell RNA-Seq Dissects Specific Marker in Glioblastoma Based on Gene Regulatory Networks
2025-Oct, Iranian journal of biotechnology
IF:1.6Q4
DOI:10.30498/ijb.2025.528387.4159
PMID:41255833
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据构建基因调控网络,解析胶质母细胞瘤的分子亚型特异性标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和基因调控网络分析胶质母细胞瘤亚型特异性调控机制,发现GATA3作为新型预后标志物 | 样本量有限,需要更大规模验证;分析方法依赖于计算推断的拷贝数变异和转录因子结合基序 | 识别胶质母细胞瘤的关键调控因子和亚型特异性标志物,改善患者分层和治疗效果 | 胶质母细胞瘤恶性细胞及其分子亚型(前神经型、经典型、间充质型) | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,基因调控网络分析,差异基因表达分析,配体-受体相互作用分析 | 共识聚类,基因调控网络模型 | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |